config/dist/mysql-queries.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4888 06 Apr 09 nicklas 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
2959 27 Nov 06 nicklas 2 <!DOCTYPE predefined-queries SYSTEM "predefined-queries.dtd" >
2959 27 Nov 06 nicklas 3 <!--
2959 27 Nov 06 nicklas 4   $Id$
2959 27 Nov 06 nicklas 5
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2006 Nicklas Nordborg
2959 27 Nov 06 nicklas 7
2959 27 Nov 06 nicklas 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2959 27 Nov 06 nicklas 9   Available at http://base.thep.lu.se/
2959 27 Nov 06 nicklas 10
2959 27 Nov 06 nicklas 11   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2959 27 Nov 06 nicklas 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
4474 05 Sep 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2959 27 Nov 06 nicklas 14   of the License, or (at your option) any later version.
2959 27 Nov 06 nicklas 15
2959 27 Nov 06 nicklas 16   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2959 27 Nov 06 nicklas 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2959 27 Nov 06 nicklas 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2959 27 Nov 06 nicklas 19   GNU General Public License for more details.
2959 27 Nov 06 nicklas 20
2959 27 Nov 06 nicklas 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4508 11 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2959 27 Nov 06 nicklas 23 -->
2959 27 Nov 06 nicklas 24 <!--
2959 27 Nov 06 nicklas 25   This file contains HQL and SQL queries that have been modified
2959 27 Nov 06 nicklas 26   specifically for the MySQL database and overrides the queries
2959 27 Nov 06 nicklas 27   found in the common-queries.xml file.
2959 27 Nov 06 nicklas 28 -->
2959 27 Nov 06 nicklas 29 <predefined-queries>
6981 08 Oct 15 nicklas 30   <query id="DROP_NOT_NULL_CONSTRAINT" type="SQL">
6981 08 Oct 15 nicklas 31     <sql>
6981 08 Oct 15 nicklas 32       ALTER TABLE [{1}] MODIFY [{2}] {3} NULL
6981 08 Oct 15 nicklas 33     </sql>
6981 08 Oct 15 nicklas 34     <description>
6981 08 Oct 15 nicklas 35       An SQL query that drops a NOT NULL contraint from column (2) with data type (3)
6981 08 Oct 15 nicklas 36       in a table (1).
6981 08 Oct 15 nicklas 37     </description>
6981 08 Oct 15 nicklas 38   </query>
2959 27 Nov 06 nicklas 39
7135 21 Apr 16 nicklas 40   <query id="AB_INSERT_INTO_PARAMETERVALUES" type="SQL">
7135 21 Apr 16 nicklas 41     <sql>
7136 21 Apr 16 nicklas 42       INSERT INTO [ParameterValues] ([discriminator], [version]) 
7135 21 Apr 16 nicklas 43       VALUES (?, 0)
7135 21 Apr 16 nicklas 44     </sql>
7135 21 Apr 16 nicklas 45     <description>
7135 21 Apr 16 nicklas 46       SQL query for inserting rows into the ParameterValues table.
7135 21 Apr 16 nicklas 47       The primary key (id) must be auto-generated.
7135 21 Apr 16 nicklas 48       Parameters: discriminator
7135 21 Apr 16 nicklas 49     </description>
7135 21 Apr 16 nicklas 50   </query>
7135 21 Apr 16 nicklas 51
7121 19 Apr 16 nicklas 52   <query id="AB_INSERT_INTO_ANNOTATIONS" type="SQL">
7121 19 Apr 16 nicklas 53     <sql>
7259 09 Dec 16 nicklas 54       INSERT INTO [Annotations] ([version], [annotationset_id], [annotationtype_id], [unit_id], [value_id], [last_update], [source], [project_id], [override_id]) 
7259 09 Dec 16 nicklas 55       VALUES (0, ?, ?, ?, ?, ?, 0, ?, ?)
7121 19 Apr 16 nicklas 56     </sql>
7121 19 Apr 16 nicklas 57     <description>
7121 19 Apr 16 nicklas 58       SQL query for inserting rows into the Annotations table.
7121 19 Apr 16 nicklas 59       The primary key (id) must be auto-generated.
7259 09 Dec 16 nicklas 60       Parameters: annotationset_id, annotationtype_id, unit_id, value_id, last_updated, project_id, override_id
7121 19 Apr 16 nicklas 61     </description>
7121 19 Apr 16 nicklas 62   </query>
7121 19 Apr 16 nicklas 63   
7121 19 Apr 16 nicklas 64   <query id="AB_INSERT_INTO_ANNOTATIONSETS" type="SQL">
7121 19 Apr 16 nicklas 65     <sql>
7121 19 Apr 16 nicklas 66       INSERT INTO [AnnotationSets] ([version], [item_type], [item_id]) 
7121 19 Apr 16 nicklas 67       VALUES (0, {1}, ?)
7121 19 Apr 16 nicklas 68     </sql>
7121 19 Apr 16 nicklas 69     <description>
7121 19 Apr 16 nicklas 70       SQL query for inserting rows into the AnnotationSets table.
7121 19 Apr 16 nicklas 71       The primary key (id) must be auto-generated.
7121 19 Apr 16 nicklas 72       Parameters: item_id
7121 19 Apr 16 nicklas 73     </description>
7121 19 Apr 16 nicklas 74   </query>
7121 19 Apr 16 nicklas 75   
7132 21 Apr 16 nicklas 76   <query id="DBLOG_INSERT_INTO_CHANGEHISTORYDETAILS" type="SQL">
7132 21 Apr 16 nicklas 77     <sql>
7132 21 Apr 16 nicklas 78       INSERT INTO [ChangeHistoryDetails] 
7132 21 Apr 16 nicklas 79         ([version], [history_id], [change_type], [item_id], [item_type], [change_info], [old_value], [new_value]) 
7132 21 Apr 16 nicklas 80       VALUES (0, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)
7132 21 Apr 16 nicklas 81     </sql>
7132 21 Apr 16 nicklas 82     <description>
7132 21 Apr 16 nicklas 83       SQL query for inserting rows into the ChangeHistoryDetails table.
7132 21 Apr 16 nicklas 84       The primary key (id) must be auto-generated.
7132 21 Apr 16 nicklas 85       Parameters: history_id, change_type, item_id, item_type, change_info, old_value, new_value
7132 21 Apr 16 nicklas 86     </description>
7132 21 Apr 16 nicklas 87   </query>
7121 19 Apr 16 nicklas 88
7290 31 Jan 17 nicklas 89   <query id="PS_FIND_OVERRIDE_ID_FOR_PROJECT_ANNOTATION" type="SQL">
7290 31 Jan 17 nicklas 90     <sql>
7290 31 Jan 17 nicklas 91       UPDATE [Annotations] 
7290 31 Jan 17 nicklas 92       SET [override_id] = COALESCE(
7290 31 Jan 17 nicklas 93         (SELECT [tmp].[id] FROM (
7290 31 Jan 17 nicklas 94           SELECT [id] FROM [Annotations] 
7290 31 Jan 17 nicklas 95           WHERE [annotationset_id] = :annotationSetId
7290 31 Jan 17 nicklas 96           AND [annotationtype_id] = :annotationTypeId
7290 31 Jan 17 nicklas 97           AND [source] = 0 AND [project_id] = 0
7290 31 Jan 17 nicklas 98         ) [tmp] ) 
7290 31 Jan 17 nicklas 99         , 0)
7290 31 Jan 17 nicklas 100       WHERE id = :annotationId
7290 31 Jan 17 nicklas 101     </sql>
7290 31 Jan 17 nicklas 102     <description>
7290 31 Jan 17 nicklas 103       Updates the "override_id" column on a newly created project-specific 
7290 31 Jan 17 nicklas 104       (PRIMARY) annotation to point to the existing default annotation id
7290 31 Jan 17 nicklas 105       or 0 if no default annotation exists. To make this query work in MySQL
7290 31 Jan 17 nicklas 106       we need a double inner subselect to force a temporary table for the
7290 31 Jan 17 nicklas 107       single value we are after.
7290 31 Jan 17 nicklas 108     </description>
7290 31 Jan 17 nicklas 109   </query>
7290 31 Jan 17 nicklas 110   
7290 31 Jan 17 nicklas 111   <query id="PS_UPDATE_PROJECT_ANNOTATION_OVERRIDE_REF_INHERITED" type="HQL">
7290 31 Jan 17 nicklas 112     <sql>
7290 31 Jan 17 nicklas 113       UPDATE [Annotations] 
7290 31 Jan 17 nicklas 114       SET [override_id] = :annotationId
7290 31 Jan 17 nicklas 115       WHERE [annotationset_id] = :annotationSetId
7290 31 Jan 17 nicklas 116       AND [inherited_id] IN (
7290 31 Jan 17 nicklas 117         SELECT [tmp].[id] FROM (
7290 31 Jan 17 nicklas 118           SELECT [id] FROM [Annotations]
7290 31 Jan 17 nicklas 119           WHERE [annotationset_id] = :parentSetId
7290 31 Jan 17 nicklas 120           AND [override_id] = :parentId
7290 31 Jan 17 nicklas 121         ) [tmp]
7290 31 Jan 17 nicklas 122       )
7290 31 Jan 17 nicklas 123     </sql>
7290 31 Jan 17 nicklas 124     <description>
7290 31 Jan 17 nicklas 125       Updates the "override_id" column on project-specific annotations
7290 31 Jan 17 nicklas 126       to point to a newly created default annotation (INHERITED and 
7290 31 Jan 17 nicklas 127       CLONED annotations). The subquery will find project-specific annotation
7290 31 Jan 17 nicklas 128       on the parent annotation set that is overriding the inherited annotation.
7290 31 Jan 17 nicklas 129       
7290 31 Jan 17 nicklas 130       To make this query work in MySQL we need a double inner subselect 
7290 31 Jan 17 nicklas 131       to force a temporary table for the values we are after.
7290 31 Jan 17 nicklas 132     </description>
7290 31 Jan 17 nicklas 133   </query>
7290 31 Jan 17 nicklas 134   
7290 31 Jan 17 nicklas 135   <query id="PS_FIND_OVERRIDE_ID_FOR_PROJECT_ANNOTATION_INHERITED" type="SQL">
7290 31 Jan 17 nicklas 136     <sql>
7290 31 Jan 17 nicklas 137       UPDATE [Annotations] 
7290 31 Jan 17 nicklas 138       SET [override_id] = COALESCE(
7290 31 Jan 17 nicklas 139         (SELECT [tmp].[id] FROM (
7290 31 Jan 17 nicklas 140           SELECT [id] FROM [Annotations] 
7290 31 Jan 17 nicklas 141           WHERE [annotationset_id] = :annotationSetId
7290 31 Jan 17 nicklas 142           AND [inherited_id] = :parentOverrideId
7290 31 Jan 17 nicklas 143           AND [source] &lt;&gt; 0 
7290 31 Jan 17 nicklas 144           AND [project_id] = 0
7290 31 Jan 17 nicklas 145         ) [tmp])
7290 31 Jan 17 nicklas 146         , 0)
7290 31 Jan 17 nicklas 147       WHERE id = :annotationId
7290 31 Jan 17 nicklas 148     </sql>
7290 31 Jan 17 nicklas 149     <description>
7290 31 Jan 17 nicklas 150       Updates the "override_id" column on a newly created project-specific 
7290 31 Jan 17 nicklas 151       (CLONED or INHERITED) annotation to point to the existing default 
7290 31 Jan 17 nicklas 152       annotation id or 0 if no default annotation exists.
7290 31 Jan 17 nicklas 153       
7290 31 Jan 17 nicklas 154       To make this query work in MySQL we need a double inner subselect 
7290 31 Jan 17 nicklas 155       to force a temporary table for the values we are after.
7290 31 Jan 17 nicklas 156     </description>
7290 31 Jan 17 nicklas 157   </query>
7121 19 Apr 16 nicklas 158
7290 31 Jan 17 nicklas 159   <query id="PS_RESET_OVERRIDE_ON_PROJECT_ANNOTATIONS" type="HQL">
7290 31 Jan 17 nicklas 160     <sql>
7290 31 Jan 17 nicklas 161       UPDATE [Annotations]  
7290 31 Jan 17 nicklas 162       SET [override_id] = 0
7290 31 Jan 17 nicklas 163       WHERE [override_id] IN (:deletedAnnotations)
7290 31 Jan 17 nicklas 164       OR [inherited_id] IN (
7290 31 Jan 17 nicklas 165         SELECT [tmp].[id] FROM (
7290 31 Jan 17 nicklas 166           SELECT [id] FROM [Annotations] 
7290 31 Jan 17 nicklas 167           WHERE [override_id] IN (:deletedPrimaryAnnotations)
7290 31 Jan 17 nicklas 168         ) [tmp]
7290 31 Jan 17 nicklas 169       )
7290 31 Jan 17 nicklas 170     </sql>
7290 31 Jan 17 nicklas 171     <description>
7290 31 Jan 17 nicklas 172       Reset the "override_id" column on project-specific annotations
7290 31 Jan 17 nicklas 173       that points to a default annotation that has been removed.
7290 31 Jan 17 nicklas 174
7290 31 Jan 17 nicklas 175       To make this query work in MySQL we need a double inner subselect 
7290 31 Jan 17 nicklas 176       to force a temporary table for the values we are after.
7290 31 Jan 17 nicklas 177     </description>
7290 31 Jan 17 nicklas 178   </query>
7290 31 Jan 17 nicklas 179   
2959 27 Nov 06 nicklas 180 </predefined-queries>

Generated on Sat Oct  7 02:26:57 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)