config/test/performance.properties

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3659 13 Aug 07 nicklas 1 #  $Id: base.config.in 2932 2006-11-17 11:29:27Z nicklas $
3659 13 Aug 07 nicklas 2 #
3675 16 Aug 07 jari 3 #  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
3659 13 Aug 07 nicklas 4 #
3659 13 Aug 07 nicklas 5 #  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
3659 13 Aug 07 nicklas 6 #  Available at http://base.thep.lu.se/
3659 13 Aug 07 nicklas 7 #
3659 13 Aug 07 nicklas 8 #  BASE is free software; you can redistribute it and/or
3659 13 Aug 07 nicklas 9 #  modify it under the terms of the GNU General Public License
4474 05 Sep 08 jari 10 #  as published by the Free Software Foundation; either version 3
3659 13 Aug 07 nicklas 11 #  of the License, or (at your option) any later version.
3659 13 Aug 07 nicklas 12 #
3659 13 Aug 07 nicklas 13 #  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
3659 13 Aug 07 nicklas 14 #  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3659 13 Aug 07 nicklas 15 #  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
3659 13 Aug 07 nicklas 16 #  GNU General Public License for more details.
3659 13 Aug 07 nicklas 17 #
3659 13 Aug 07 nicklas 18 #  You should have received a copy of the GNU General Public License
4508 11 Sep 08 jari 19 #  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3659 13 Aug 07 nicklas 20 # ----------------------------------------
3659 13 Aug 07 nicklas 21
3659 13 Aug 07 nicklas 22
3659 13 Aug 07 nicklas 23 # Name of formula to use for intensity calculation
3659 13 Aug 07 nicklas 24 intensity.genepix    Mean FG - Mean BG
3659 13 Aug 07 nicklas 25
3659 13 Aug 07 nicklas 26 # JEP expression to use for filtering
3659 13 Aug 07 nicklas 27 filter.expression    ch(1) > 100 && ch(2) > 100
3659 13 Aug 07 nicklas 28
3659 13 Aug 07 nicklas 29 # LOWESS options
3659 13 Aug 07 nicklas 30 lowess.fitFraction  0.33
3659 13 Aug 07 nicklas 31 lowess.delta      0.1
3659 13 Aug 07 nicklas 32 lowess.iterations    4
3659 13 Aug 07 nicklas 33 lowess.blockGroup    12
3659 13 Aug 07 nicklas 34
3659 13 Aug 07 nicklas 35

Generated on Sat Oct  7 02:27:01 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)