doc/src/docbook/overview/why_base.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3157 05 Mar 07 martin 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
3159 05 Mar 07 martin 2 <!DOCTYPE chapter PUBLIC 
3159 05 Mar 07 martin 3     "-//Dawid Weiss//DTD DocBook V3.1-Based Extension for XML and graphics inclusion//EN" 
3192 13 Mar 07 martin 4     "../../../../lib/docbook/preprocess/dweiss-docbook-extensions.dtd">
3157 05 Mar 07 martin 5 <!--
3192 13 Mar 07 martin 6   $Id$
3157 05 Mar 07 martin 7
5844 01 Nov 11 jari 8   Copyright (C) 2007 Martin Svensson, Jari Häkkinen
5844 01 Nov 11 jari 9   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen
5844 01 Nov 11 jari 10   Copyright (C) 2011 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3157 05 Mar 07 martin 11
3157 05 Mar 07 martin 12   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
3157 05 Mar 07 martin 13   Available at http://base.thep.lu.se/
3157 05 Mar 07 martin 14
3157 05 Mar 07 martin 15   BASE is free software; you can redistribute it and/or
3157 05 Mar 07 martin 16   modify it under the terms of the GNU General Public License
4477 05 Sep 08 jari 17   as published by the Free Software Foundation; either version 3
3157 05 Mar 07 martin 18   of the License, or (at your option) any later version.
3157 05 Mar 07 martin 19
3157 05 Mar 07 martin 20   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
3157 05 Mar 07 martin 21   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5844 01 Nov 11 jari 22   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
3157 05 Mar 07 martin 23   GNU General Public License for more details.
3157 05 Mar 07 martin 24
3157 05 Mar 07 martin 25   You should have received a copy of the GNU General Public License
4509 11 Sep 08 jari 26   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3157 05 Mar 07 martin 27 -->
3157 05 Mar 07 martin 28
5782 04 Oct 11 nicklas 29 <chapter id="why_base" chunked="0">
5782 04 Oct 11 nicklas 30   <?dbhtml filename="why_base.html"?>
4487 08 Sep 08 jari 31   <title>Why use BASE</title>
5844 01 Nov 11 jari 32
5844 01 Nov 11 jari 33   <para>
5844 01 Nov 11 jari 34     BASE was initially developed to manage array-based data but is now
5844 01 Nov 11 jari 35     extended to support storage and analysis of sequencing data. The
5844 01 Nov 11 jari 36     first sequencing application is RNAseq.
5844 01 Nov 11 jari 37   </para>
5844 01 Nov 11 jari 38
5844 01 Nov 11 jari 39   <para>
5844 01 Nov 11 jari 40     We outline two different uses of BASE to give a flavour why you
5844 01 Nov 11 jari 41     should consider to use BASE. The first example describes a
5844 01 Nov 11 jari 42     research project involving sequencing based gene expression
5844 01 Nov 11 jari 43     analysis and the second example describes a microarray service
5844 01 Nov 11 jari 44     facility use of BASE.
5844 01 Nov 11 jari 45   </para>
5844 01 Nov 11 jari 46
5844 01 Nov 11 jari 47   <sect1 id="whybase.scanb">
5844 01 Nov 11 jari 48     <title>Case I: The SCAN-B BASE installation at Department of
5844 01 Nov 11 jari 49     Oncology, Lund University</title>
5844 01 Nov 11 jari 50
5844 01 Nov 11 jari 51     <para>
5844 01 Nov 11 jari 52       <ulink
5844 01 Nov 11 jari 53       url='http://www.med.lu.se/english/klinvetlund/canceromics/consortia/scan_b'>SCAN-B</ulink>
5844 01 Nov 11 jari 54       is a project and network of researchers and clinicians that was
5844 01 Nov 11 jari 55       initialised in the fall 2009. The project is centred on a
5844 01 Nov 11 jari 56       prospective study where all new breast cancer patients in
5844 01 Nov 11 jari 57       southern Sweden are asked to enrol. Within the covered region
5844 01 Nov 11 jari 58       approximately 1500 patients are diagnosed with breast cancer
5844 01 Nov 11 jari 59       annually. The overall aim is to continuously collect and analyse
5844 01 Nov 11 jari 60       the consecutive, population-based, breast cancer
5844 01 Nov 11 jari 61       cohort. Analyses include generation of gene expression and
5844 01 Nov 11 jari 62       sequencing data with the ultimate goal to build an
5844 01 Nov 11 jari 63       infrastructure for future real-time clinical implementation.
5844 01 Nov 11 jari 64     </para>
5844 01 Nov 11 jari 65
5844 01 Nov 11 jari 66     <para>
5844 01 Nov 11 jari 67       SCAN-B uses BASE to store and manage all information related to
5844 01 Nov 11 jari 68       enrolled patients and collected sample material including
5844 01 Nov 11 jari 69       clinical information and experimental data. Analysis and
5844 01 Nov 11 jari 70       execution of standard analysis pipelines for sequencing data
5844 01 Nov 11 jari 71       will be performed through BASE.
5844 01 Nov 11 jari 72     </para>
5844 01 Nov 11 jari 73
5844 01 Nov 11 jari 74     <para>
5844 01 Nov 11 jari 75       The SCAN-B BASE installation consists of three main parts;
5844 01 Nov 11 jari 76       first, the hardware on which the system runs; secondly, the BASE
5844 01 Nov 11 jari 77       software and database, as well as configured analysis plugins;
5844 01 Nov 11 jari 78       thirdly, an external file system for storage of sequencing data
5844 01 Nov 11 jari 79       that are referenced from BASE. In addition, maintenance of the
5844 01 Nov 11 jari 80       hardware and configured database/software is required. The
5844 01 Nov 11 jari 81       server hardware comprises one main computer and raided hard
5844 01 Nov 11 jari 82       drive system. It also includes a backup solution configured to
5844 01 Nov 11 jari 83       backup the entire database 2 times per week. Computational nodes
5844 01 Nov 11 jari 84       are connected to the main computer and used to run configured
5844 01 Nov 11 jari 85       analysis plugins in a seamless integrated fashion. Maintenance
5844 01 Nov 11 jari 86       includes managing the backup-schedule, updating the main BASE
5844 01 Nov 11 jari 87       software, developing, configuring, and maintaining analysis
5844 01 Nov 11 jari 88       plugins, and maintaining the underlying database and external
5844 01 Nov 11 jari 89       storage file systems.
5844 01 Nov 11 jari 90     </para>
5844 01 Nov 11 jari 91
5844 01 Nov 11 jari 92     <para>
5844 01 Nov 11 jari 93       Whereas the BASE software itself is freely available to anyone,
5844 01 Nov 11 jari 94       a particular BASE installation at a research site is in general
5844 01 Nov 11 jari 95       not freely accessible. Although BASE can be downloaded and
5844 01 Nov 11 jari 96       installed on a regular of-the-shelf personal computer with
5844 01 Nov 11 jari 97       relative ease by anyone, considerable effort and costs are
5844 01 Nov 11 jari 98       associated with maintaining a BASE installation of the size and
5844 01 Nov 11 jari 99       scope of the SCAN-B BASE installation. A pristine BASE
5844 01 Nov 11 jari 100       installation includes generic features and functionality to
5844 01 Nov 11 jari 101       support a framework of procedures to manage data collection in
5844 01 Nov 11 jari 102       large projects. Within SCAN-B large effort is spent on defining
5844 01 Nov 11 jari 103       the required procedures where laboratory work is mirrored in
5844 01 Nov 11 jari 104       BASE. This implies interplay with adopting the BASE software
5844 01 Nov 11 jari 105       (the <ulink
7982 14 Jun 21 nicklas 106       url='https://baseplugins.thep.lu.se/wiki/net.sf.basedb.reggie'>Reggie
5844 01 Nov 11 jari 107       extension</ulink> is an example of adaptation on BASE to
5844 01 Nov 11 jari 108       specific needs in SCAN-B) and the laboratory work to achieve
5844 01 Nov 11 jari 109       efficient data collection. To achieve high quality data
5844 01 Nov 11 jari 110       production, measures for continuous quality assurance and
5844 01 Nov 11 jari 111       collection of data associated with patients, samples, and
5844 01 Nov 11 jari 112       laboratory processing must also be implemented.
5844 01 Nov 11 jari 113     </para>
5844 01 Nov 11 jari 114
5844 01 Nov 11 jari 115   </sect1>
5844 01 Nov 11 jari 116
5844 01 Nov 11 jari 117
5844 01 Nov 11 jari 118   <sect1 id="whybase.sciblu">
5844 01 Nov 11 jari 119     <title>Case II: The BASE installation at SCIBLU, Department of
5844 01 Nov 11 jari 120     Oncology, Lund University</title>
5844 01 Nov 11 jari 121
5844 01 Nov 11 jari 122     <para>
5844 01 Nov 11 jari 123       In the spring of 2004, Lund University created Swegene Centre
5844 01 Nov 11 jari 124       for Integrative Biology at Lund University (<ulink
5844 01 Nov 11 jari 125       href='http://www.lth.se/sciblu'>SCIBLU</ulink>), which comprise
5844 01 Nov 11 jari 126       the merger of five of the most successful Swegene resource and
5844 01 Nov 11 jari 127       development platforms into one unit, located in the Lund
5844 01 Nov 11 jari 128       University Biomedical Centre (BMC). SCIBLU offers integrated
5844 01 Nov 11 jari 129       service within the main -omics areas. The DNA microarray
5844 01 Nov 11 jari 130       technology within SCIBLU was initially established in 2000 as a
5844 01 Nov 11 jari 131       cancer research resource at the department of Oncology and in
5844 01 Nov 11 jari 132       conjunction with this the development of BASE was initiated.
5844 01 Nov 11 jari 133     </para>
5844 01 Nov 11 jari 134
5844 01 Nov 11 jari 135     <para>
5844 01 Nov 11 jari 136       At SCIBLU a BASE installation is maintained and used as a
5844 01 Nov 11 jari 137       production installation that manages information surrounding
5844 01 Nov 11 jari 138       array fabrication (array LIMS) as well as array data generated
5844 01 Nov 11 jari 139       by the SCIBLU provided services. This particular BASE
5844 01 Nov 11 jari 140       installation was initially set up in 2003 and to date manage
5844 01 Nov 11 jari 141       array data from more than 13 000 hybridisation covering a
5844 01 Nov 11 jari 142       variety of technical platforms such as cDNA, oligo, and BeadChip
5844 01 Nov 11 jari 143       expression arrays, as well as BAC and oligo aCGH arrays.
5844 01 Nov 11 jari 144     </para>
5844 01 Nov 11 jari 145
5844 01 Nov 11 jari 146     <para>
5844 01 Nov 11 jari 147       The SCIBLU BASE installation consists of two main parts; first,
5844 01 Nov 11 jari 148       the hardware on which the system runs; secondly, the BASE
5844 01 Nov 11 jari 149       software and database, as well as configured analysis plugins.
5844 01 Nov 11 jari 150       Regular maintenance of the hardware and configured
5844 01 Nov 11 jari 151       database/software is also required. The hardware comprises one
5844 01 Nov 11 jari 152       main computer and raided hard drive system. It also includes a
5844 01 Nov 11 jari 153       backup solution configured to backup the entire database 2 times
5844 01 Nov 11 jari 154       per week. Finally, the hardware includes 2 computational servers
5844 01 Nov 11 jari 155       connected to the main computer and used to run configured
5844 01 Nov 11 jari 156       analysis plugins in a seamless integrated fashion. The software
5844 01 Nov 11 jari 157       used for the SCIBLU BASE installation is freely available from
5844 01 Nov 11 jari 158       the BASE project site. Maintenance include managing the
5844 01 Nov 11 jari 159       backup-schedule, updating the main BASE software, updating and
5844 01 Nov 11 jari 160       managing probe annotations, management of user accounts,
5844 01 Nov 11 jari 161       configuring and maintaining analysis plugins, and maintaining
5844 01 Nov 11 jari 162       the underlying database.
5844 01 Nov 11 jari 163     </para>
5844 01 Nov 11 jari 164
5844 01 Nov 11 jari 165     <para>
5844 01 Nov 11 jari 166       Users of the microarray services offered by SCIBLU, e.g.,
5844 01 Nov 11 jari 167       expression analysis or aCGH, are provided access to the SCIBLU
5844 01 Nov 11 jari 168       production BASE installation as part of the included
5844 01 Nov 11 jari 169       services. The access comprises user account, access to array
5844 01 Nov 11 jari 170       LIMS (when in-house produced arrays are utilised), and hard
5844 01 Nov 11 jari 171       drive space to cover space needed for storing the data generated
5844 01 Nov 11 jari 172       through the SCIBLU provided service. Additional disk space can
5844 01 Nov 11 jari 173       be acquired and is associated with an additional cost for the
5844 01 Nov 11 jari 174       user. Examples of when additional disk space is needed include
5844 01 Nov 11 jari 175       scenarios where users want to perform extensive data analysis
5844 01 Nov 11 jari 176       within BASE and decide to store the analysis results within
5844 01 Nov 11 jari 177       BASE, e.g., many parallel analysis branches or extensive
5844 01 Nov 11 jari 178       generation of data plots and figures. Other examples include
5844 01 Nov 11 jari 179       when users want to import data from third party providers
5844 01 Nov 11 jari 180       (public data repositories or alternative array data providers)
5844 01 Nov 11 jari 181       to perform meta-analysis with their data generated within
5844 01 Nov 11 jari 182       SCIBLU.
5844 01 Nov 11 jari 183     </para>
5844 01 Nov 11 jari 184
5844 01 Nov 11 jari 185   </sect1>
5844 01 Nov 11 jari 186       
3675 16 Aug 07 jari 187 </chapter>

Generated on Sat Oct  7 02:27:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)