src/core/net/sf/basedb/util/listable/PhysicalBioAssayToExtractTransformer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6790 20 Mar 15 nicklas 1 /**
6790 20 Mar 15 nicklas 2   $Id$
6790 20 Mar 15 nicklas 3
6790 20 Mar 15 nicklas 4   Copyright (C) 2015 Nicklas Nordborg
6790 20 Mar 15 nicklas 5
6790 20 Mar 15 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6790 20 Mar 15 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
6790 20 Mar 15 nicklas 8
6790 20 Mar 15 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
6790 20 Mar 15 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
6790 20 Mar 15 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
6790 20 Mar 15 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
6790 20 Mar 15 nicklas 13
6790 20 Mar 15 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6790 20 Mar 15 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6790 20 Mar 15 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6790 20 Mar 15 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
6790 20 Mar 15 nicklas 18
6790 20 Mar 15 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
6790 20 Mar 15 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6790 20 Mar 15 nicklas 21 */
6790 20 Mar 15 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.listable;
6790 20 Mar 15 nicklas 23
6790 20 Mar 15 nicklas 24 import java.util.Set;
6790 20 Mar 15 nicklas 25
6790 20 Mar 15 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.Extract;
6790 20 Mar 15 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.Item;
6790 20 Mar 15 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
6790 20 Mar 15 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
6790 20 Mar 15 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
6790 20 Mar 15 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
6790 20 Mar 15 nicklas 32
6790 20 Mar 15 nicklas 33 /**
6790 20 Mar 15 nicklas 34   Source item transformer implementation that transform physical bioassay items 
6790 20 Mar 15 nicklas 35   to extracts. This implementation will only transform to the physical bioassay:s
6790 20 Mar 15 nicklas 36   immediate parent extract. Grandparents are not included. To do this, combine this
6790 20 Mar 15 nicklas 37   transformed with a {@link ExtractToParentExtractTransformer}.
6790 20 Mar 15 nicklas 38   
6790 20 Mar 15 nicklas 39   @author Nicklas
6790 20 Mar 15 nicklas 40   @since 3.5
6790 20 Mar 15 nicklas 41 */
6790 20 Mar 15 nicklas 42 public class PhysicalBioAssayToExtractTransformer 
6790 20 Mar 15 nicklas 43   extends AbstractSourceItemTransformer
6790 20 Mar 15 nicklas 44 {
6790 20 Mar 15 nicklas 45
6790 20 Mar 15 nicklas 46   /**
6790 20 Mar 15 nicklas 47     Create a new physical bioassay to extract transformer.
6790 20 Mar 15 nicklas 48   */
6790 20 Mar 15 nicklas 49   public PhysicalBioAssayToExtractTransformer() 
6790 20 Mar 15 nicklas 50   {
6790 20 Mar 15 nicklas 51     super(Item.PHYSICALBIOASSAY, Item.EXTRACT);
6790 20 Mar 15 nicklas 52   }
6790 20 Mar 15 nicklas 53   
6790 20 Mar 15 nicklas 54   @Override
6790 20 Mar 15 nicklas 55   public Set<Integer> transform(TransformContext context, Set<Integer> source) 
6790 20 Mar 15 nicklas 56   {
8094 04 Nov 22 nicklas 57     context.collect(getSourceItemType(), source);
6790 20 Mar 15 nicklas 58     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
6848 13 Apr 15 nicklas 59     query.setIncludes(context.getInclude());
6790 20 Mar 15 nicklas 60     query.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "ce"));
6790 20 Mar 15 nicklas 61     query.join(Hql.innerJoin("ce", "event", "evt"));
6790 20 Mar 15 nicklas 62     query.join(Hql.innerJoin("evt", "physicalBioAssay", "pba"));
6790 20 Mar 15 nicklas 63     query.restrict(
6790 20 Mar 15 nicklas 64       Restrictions.in(
6790 20 Mar 15 nicklas 65         Hql.alias("pba"), 
6790 20 Mar 15 nicklas 66         Expressions.parameter("bioAssays")
6790 20 Mar 15 nicklas 67       )
6790 20 Mar 15 nicklas 68     );
8094 04 Nov 22 nicklas 69     return context.avoid(getTargetItemType(), safeIdList(context.getDbControl(), query, "bioAssays", source));
6790 20 Mar 15 nicklas 70   }
6790 20 Mar 15 nicklas 71
6790 20 Mar 15 nicklas 72
6790 20 Mar 15 nicklas 73 }

Generated on Sat Oct  7 02:38:15 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)