src/core/net/sf/basedb/util/listable/ToPhysicalBioAssaySourceItemTransformerFactory.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6777 17 Mar 15 nicklas 1 /**
6777 17 Mar 15 nicklas 2   $Id$
6777 17 Mar 15 nicklas 3
6777 17 Mar 15 nicklas 4   Copyright (C) 2015 Nicklas Nordborg
6777 17 Mar 15 nicklas 5
6777 17 Mar 15 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6777 17 Mar 15 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
6777 17 Mar 15 nicklas 8
6777 17 Mar 15 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
6777 17 Mar 15 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
6777 17 Mar 15 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
6777 17 Mar 15 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
6777 17 Mar 15 nicklas 13
6777 17 Mar 15 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6777 17 Mar 15 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6777 17 Mar 15 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6777 17 Mar 15 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
6777 17 Mar 15 nicklas 18
6777 17 Mar 15 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
6777 17 Mar 15 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6777 17 Mar 15 nicklas 21 */
6777 17 Mar 15 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.listable;
6777 17 Mar 15 nicklas 23
6777 17 Mar 15 nicklas 24 import java.util.ArrayList;
6777 17 Mar 15 nicklas 25 import java.util.List;
6777 17 Mar 15 nicklas 26
6777 17 Mar 15 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.Item;
6777 17 Mar 15 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.SyncFilter.SourceItemTransform;
6777 17 Mar 15 nicklas 29
6777 17 Mar 15 nicklas 30 /**
6777 17 Mar 15 nicklas 31   Transformer factory implementation for transforming to physical bioassays.
6777 17 Mar 15 nicklas 32   The current implementation support transforming from:
6777 17 Mar 15 nicklas 33   
6777 17 Mar 15 nicklas 34   <ul>
6777 17 Mar 15 nicklas 35   <li>{@link SourceItemTransform#PARENT_TO_CHILD}: BIOSOURCE, SAMPLE, EXTRACT
6777 17 Mar 15 nicklas 36   <li>{@link SourceItemTransform#CHILD_TO_PARENT}: DERIVEDBIOASSAY, RAWBIOASSAY
6777 17 Mar 15 nicklas 37   </ul>
6777 17 Mar 15 nicklas 38
6777 17 Mar 15 nicklas 39   @author Nicklas
6777 17 Mar 15 nicklas 40   @since 3.5
6777 17 Mar 15 nicklas 41 */
6777 17 Mar 15 nicklas 42 public class ToPhysicalBioAssaySourceItemTransformerFactory 
6777 17 Mar 15 nicklas 43   extends AbstractSourceItemTransformerFactory
6777 17 Mar 15 nicklas 44 {
6777 17 Mar 15 nicklas 45
6777 17 Mar 15 nicklas 46   private static Item[] PARENT_TO_CHILD = 
6777 17 Mar 15 nicklas 47     { Item.BIOSOURCE, Item.SAMPLE, Item.EXTRACT };
6777 17 Mar 15 nicklas 48   
6777 17 Mar 15 nicklas 49   private static Item[] CHILD_TO_PARENT =
6777 17 Mar 15 nicklas 50     { Item.DERIVEDBIOASSAY, Item.RAWBIOASSAY };
6777 17 Mar 15 nicklas 51   
6777 17 Mar 15 nicklas 52   
6777 17 Mar 15 nicklas 53   public ToPhysicalBioAssaySourceItemTransformerFactory() 
6777 17 Mar 15 nicklas 54   {
6777 17 Mar 15 nicklas 55     super(Item.PHYSICALBIOASSAY, PARENT_TO_CHILD, CHILD_TO_PARENT);
6777 17 Mar 15 nicklas 56   }
6777 17 Mar 15 nicklas 57   
6777 17 Mar 15 nicklas 58   
6777 17 Mar 15 nicklas 59   @Override
6790 20 Mar 15 nicklas 60   public SourceItemTransformer create(final Item sourceItemType, final SourceItemTransform transform) 
6777 17 Mar 15 nicklas 61   {
6777 17 Mar 15 nicklas 62     List<SourceItemTransformer> chain = new ArrayList<SourceItemTransformer>();
6790 20 Mar 15 nicklas 63     Item stepBySource = null;
6777 17 Mar 15 nicklas 64     
6790 20 Mar 15 nicklas 65     if (transform == SourceItemTransform.PARENT_TO_CHILD)
6790 20 Mar 15 nicklas 66     {
6790 20 Mar 15 nicklas 67       // Transforming a list of parent items to child physical bioassays
6790 20 Mar 15 nicklas 68       // We do step-wise loading from BIOSOURCE -> SAMPLE -> EXTRACT -> PHYSICALBIOASSAY
6790 20 Mar 15 nicklas 69       if (sourceItemType == Item.BIOSOURCE)
6790 20 Mar 15 nicklas 70       {
6790 20 Mar 15 nicklas 71         // Load child samples of the biosources
6790 20 Mar 15 nicklas 72         chain.add(new BioSourceToSampleTransformer());
6790 20 Mar 15 nicklas 73         stepBySource = Item.SAMPLE;
6790 20 Mar 15 nicklas 74       }
6790 20 Mar 15 nicklas 75       if (sourceItemType == Item.SAMPLE || stepBySource == Item.SAMPLE)
6790 20 Mar 15 nicklas 76       {
7772 17 Feb 20 nicklas 77         // Expand source selection to parents if the children push annotations upwards
7772 17 Feb 20 nicklas 78         if (sourceItemType == Item.SAMPLE) chain.add(new PushToParentsTransformer(sourceItemType));
6790 20 Mar 15 nicklas 79         // Load child samples including the original samples
6790 20 Mar 15 nicklas 80         chain.add(new SampleToChildSampleTransformer(true));
6790 20 Mar 15 nicklas 81         // Transform to child extracts
6790 20 Mar 15 nicklas 82         chain.add(new SampleToExtractTransformer());
6790 20 Mar 15 nicklas 83         stepBySource = Item.EXTRACT;
6790 20 Mar 15 nicklas 84       }
6790 20 Mar 15 nicklas 85       if (sourceItemType == Item.EXTRACT || stepBySource == Item.EXTRACT)
6790 20 Mar 15 nicklas 86       {
7772 17 Feb 20 nicklas 87         // Expand source selection to parents if the children push annotations upwards
7772 17 Feb 20 nicklas 88         if (sourceItemType == Item.EXTRACT) chain.add(new PushToParentsTransformer(sourceItemType));
6790 20 Mar 15 nicklas 89         // Load child extract and include the source extracts
6790 20 Mar 15 nicklas 90         chain.add(new ExtractToChildExtractTransformer(true));
6790 20 Mar 15 nicklas 91         // Load all related physical bioassays
6790 20 Mar 15 nicklas 92         chain.add(new ExtractToPhysicalBioAssayTransformer());
6790 20 Mar 15 nicklas 93       }
6790 20 Mar 15 nicklas 94     }
6790 20 Mar 15 nicklas 95     else if (transform == SourceItemTransform.CHILD_TO_PARENT)
6790 20 Mar 15 nicklas 96     {
6790 20 Mar 15 nicklas 97       // Transforming a list of child items to parent physical bioassays
6791 23 Mar 15 nicklas 98       // We do step-wise loading from RAWBIOASSAY -> DERIVEDBIOASSAY -> PHYSICALBIOASSAY
6791 23 Mar 15 nicklas 99       if (sourceItemType == Item.RAWBIOASSAY)
6790 20 Mar 15 nicklas 100       {
6791 23 Mar 15 nicklas 101         // Load parent derived bioassays
6791 23 Mar 15 nicklas 102         chain.add(new RawBioAssayToDerivedBioAssayTransformer());
6791 23 Mar 15 nicklas 103         stepBySource = Item.DERIVEDBIOASSAY;
6791 23 Mar 15 nicklas 104       }
6791 23 Mar 15 nicklas 105       if (sourceItemType == Item.DERIVEDBIOASSAY || stepBySource == Item.DERIVEDBIOASSAY)
6791 23 Mar 15 nicklas 106       {
6790 20 Mar 15 nicklas 107         // Load parent physical bioassays
6792 23 Mar 15 nicklas 108         chain.add(new DerivedBioAssayToPhysicalBioAssayTransformer());
6790 20 Mar 15 nicklas 109       }
6790 20 Mar 15 nicklas 110     }
6790 20 Mar 15 nicklas 111
6777 17 Mar 15 nicklas 112     
6777 17 Mar 15 nicklas 113     return chain.size() == 0 ? null : new SourceItemTransformerChain(chain);
6777 17 Mar 15 nicklas 114   }
6777 17 Mar 15 nicklas 115
6777 17 Mar 15 nicklas 116 }

Generated on Sat Oct  7 02:38:21 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)