src/core/net/sf/basedb/util/overview/loader/RawBioAssayLoader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4740 05 Feb 09 nicklas 1 /**
4740 05 Feb 09 nicklas 2   $Id$
4740 05 Feb 09 nicklas 3
4740 05 Feb 09 nicklas 4   Copyright (C) 2008 Nicklas Nordborg
4740 05 Feb 09 nicklas 5
4740 05 Feb 09 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4740 05 Feb 09 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
4740 05 Feb 09 nicklas 8
4740 05 Feb 09 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4740 05 Feb 09 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4740 05 Feb 09 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4740 05 Feb 09 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
4740 05 Feb 09 nicklas 13
4740 05 Feb 09 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4740 05 Feb 09 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4740 05 Feb 09 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4740 05 Feb 09 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
4740 05 Feb 09 nicklas 18
4740 05 Feb 09 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4740 05 Feb 09 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4740 05 Feb 09 nicklas 21 */
4740 05 Feb 09 nicklas 22 package net.sf.basedb.util.overview.loader;
4740 05 Feb 09 nicklas 23
4740 05 Feb 09 nicklas 24
7303 01 Mar 17 nicklas 25 import java.util.Collections;
7302 01 Mar 17 nicklas 26 import java.util.HashSet;
7302 01 Mar 17 nicklas 27 import java.util.List;
7302 01 Mar 17 nicklas 28 import java.util.Set;
7302 01 Mar 17 nicklas 29
4740 05 Feb 09 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5652 10 Jun 11 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
4740 05 Feb 09 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.Experiment;
5641 25 May 11 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.Extract;
5748 19 Sep 11 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException;
4740 05 Feb 09 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.Item;
4740 05 Feb 09 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
4740 05 Feb 09 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.ItemResultIterator;
4740 05 Feb 09 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
7302 01 Mar 17 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.Type;
7302 01 Mar 17 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
4740 05 Feb 09 nicklas 41 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
4740 05 Feb 09 nicklas 42 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
7302 01 Mar 17 nicklas 43 import net.sf.basedb.util.listable.ExtractToParentExtractTransformer;
7302 01 Mar 17 nicklas 44 import net.sf.basedb.util.listable.SourceItemTransformer;
7302 01 Mar 17 nicklas 45 import net.sf.basedb.util.listable.TransformContext;
4740 05 Feb 09 nicklas 46 import net.sf.basedb.util.overview.Node;
5748 19 Sep 11 nicklas 47 import net.sf.basedb.util.overview.NodeAttribute;
4740 05 Feb 09 nicklas 48 import net.sf.basedb.util.overview.OverviewContext;
7494 04 Jun 18 nicklas 49 import net.sf.basedb.util.overview.filter.BasicItemFilter;
4740 05 Feb 09 nicklas 50 import net.sf.basedb.util.overview.filter.ItemTypeFilter;
4740 05 Feb 09 nicklas 51 import net.sf.basedb.util.overview.node.ChildNodeDirection;
4740 05 Feb 09 nicklas 52 import net.sf.basedb.util.overview.node.NameableNameGenerator;
4740 05 Feb 09 nicklas 53 import net.sf.basedb.util.overview.node.NodeFactory;
4740 05 Feb 09 nicklas 54
4740 05 Feb 09 nicklas 55 /**
4740 05 Feb 09 nicklas 56   Node loader implementation for raw bioassays. The forward-loading
5652 10 Jun 11 nicklas 57   direction goes from {@link DerivedBioAssay}:s -&gt; {@link RawBioAssay}:s -&gt; 
4740 05 Feb 09 nicklas 58   {@link Experiment}:s. The reverse-loading direction is the opposite 
4740 05 Feb 09 nicklas 59   direction.
4740 05 Feb 09 nicklas 60
4740 05 Feb 09 nicklas 61   @author Nicklas
4740 05 Feb 09 nicklas 62   @version 2.10
4740 05 Feb 09 nicklas 63   @base.modified $Date$
4740 05 Feb 09 nicklas 64 */
4740 05 Feb 09 nicklas 65 public class RawBioAssayLoader
4740 05 Feb 09 nicklas 66   extends BasicItemNodeLoader<RawBioAssay>
4740 05 Feb 09 nicklas 67 {
4740 05 Feb 09 nicklas 68   public RawBioAssayLoader()
4740 05 Feb 09 nicklas 69   {
4740 05 Feb 09 nicklas 70     super(Item.RAWBIOASSAY, ALLOW_ROOT_NODE, 
4740 05 Feb 09 nicklas 71         new NameableNameGenerator<RawBioAssay>("rawbioassay", "Raw bioassay"));
4740 05 Feb 09 nicklas 72   }
4740 05 Feb 09 nicklas 73
4740 05 Feb 09 nicklas 74   /*
4740 05 Feb 09 nicklas 75     From the NodeLoader interface
4740 05 Feb 09 nicklas 76     ------------------------------
4740 05 Feb 09 nicklas 77   */
5748 19 Sep 11 nicklas 78   @Override
5748 19 Sep 11 nicklas 79   public Node createRootNode(DbControl dc, OverviewContext context, RawBioAssay item)
5748 19 Sep 11 nicklas 80   {
5748 19 Sep 11 nicklas 81     Node node = super.createRootNode(dc, context, item);
5748 19 Sep 11 nicklas 82     try
5748 19 Sep 11 nicklas 83     {
5748 19 Sep 11 nicklas 84       Extract extract = item.getParentExtract();
5748 19 Sep 11 nicklas 85       if (extract != null) node.setAttribute(NodeAttribute.EXTRACT, extract);
5748 19 Sep 11 nicklas 86     }
5748 19 Sep 11 nicklas 87     catch (PermissionDeniedException ex)
5748 19 Sep 11 nicklas 88     {}
5748 19 Sep 11 nicklas 89     return node;
5748 19 Sep 11 nicklas 90   }
4740 05 Feb 09 nicklas 91   /**
5748 19 Sep 11 nicklas 92     Create forward-loading raw bioassay nodes from a given parent derived bioassay or
5748 19 Sep 11 nicklas 93     extract node. The returned node is a folder-type node containing item nodes for 
5748 19 Sep 11 nicklas 94     each raw bioassay. If the parent item is an extract only raw bioassays which doesn't
5748 19 Sep 11 nicklas 95     have a parent derived bioassay are loaded.
4740 05 Feb 09 nicklas 96     @return The folder node for the raw bioassays
4740 05 Feb 09 nicklas 97   */
4740 05 Feb 09 nicklas 98   @Override
5748 19 Sep 11 nicklas 99   public Node createForwardNode(DbControl dc, OverviewContext context, Node parentNode)
4740 05 Feb 09 nicklas 100   {
5748 19 Sep 11 nicklas 101     Node returnNode = null;
5748 19 Sep 11 nicklas 102     Item parentType = parentNode.getItemType();
5748 19 Sep 11 nicklas 103     if (parentType == Item.DERIVEDBIOASSAY)
4740 05 Feb 09 nicklas 104     {
5748 19 Sep 11 nicklas 105       returnNode = createForwardNode((DerivedBioAssay)parentNode.getItem(dc), dc, context, parentNode);
4740 05 Feb 09 nicklas 106     }
5748 19 Sep 11 nicklas 107     else if (parentType == Item.EXTRACT)
4740 05 Feb 09 nicklas 108     {
5748 19 Sep 11 nicklas 109       returnNode = createForwardNode((Extract)parentNode.getItem(dc), dc, context, parentNode);
4740 05 Feb 09 nicklas 110     }
6755 20 Feb 15 nicklas 111     else if (parentType == Item.ITEMLIST)
6755 20 Feb 15 nicklas 112     {
6755 20 Feb 15 nicklas 113       ItemListLoader.loadMemberNodes(this, dc, context, parentNode);
6755 20 Feb 15 nicklas 114     }
5748 19 Sep 11 nicklas 115     return returnNode;
4740 05 Feb 09 nicklas 116   }
4740 05 Feb 09 nicklas 117
4740 05 Feb 09 nicklas 118   /**
4740 05 Feb 09 nicklas 119     Create a reverse-loading raw bioassay nodes from a given experiment node.
4740 05 Feb 09 nicklas 120     The returned node is a folder-type node containing nodes for each raw
4740 05 Feb 09 nicklas 121     bioassay is part of the experiment.
4740 05 Feb 09 nicklas 122     @return The folder node for the raw bioassays
4740 05 Feb 09 nicklas 123   */
4740 05 Feb 09 nicklas 124   @Override
4740 05 Feb 09 nicklas 125   public Node createReverseNode(DbControl dc, OverviewContext context, Node experimentNode)
4740 05 Feb 09 nicklas 126   {
4740 05 Feb 09 nicklas 127     NodeFactory<RawBioAssay> nf = getNodeFactory(dc, context);
4740 05 Feb 09 nicklas 128     Node folderNode = null;
4740 05 Feb 09 nicklas 129     Experiment experiment = (Experiment)experimentNode.getItem(dc);
4740 05 Feb 09 nicklas 130     ItemQuery<RawBioAssay> query = context.initQuery(experiment.getRawBioAssays(), "name");
4740 05 Feb 09 nicklas 131     ItemResultIterator<RawBioAssay> it = query.iterate(dc);
4740 05 Feb 09 nicklas 132     while (it.hasNext())
4740 05 Feb 09 nicklas 133     {
4740 05 Feb 09 nicklas 134       RawBioAssay rba = it.next();
4740 05 Feb 09 nicklas 135       if (folderNode == null)
4740 05 Feb 09 nicklas 136       {
4740 05 Feb 09 nicklas 137         folderNode =  new Node("rawbioassays", "Raw bioassays", experimentNode, ChildNodeDirection.REVERSE);
4740 05 Feb 09 nicklas 138       }
5748 19 Sep 11 nicklas 139       Node rawNode = createItemNode(nf, rba, rba, false, folderNode, ChildNodeDirection.REVERSE);
5748 19 Sep 11 nicklas 140       try
5748 19 Sep 11 nicklas 141       {
5748 19 Sep 11 nicklas 142         // We must set the EXTRACT attribute so that upstream loaders
5748 19 Sep 11 nicklas 143         // follow the correct path when reaching the biomaterials section
5748 19 Sep 11 nicklas 144         rawNode.setAttribute(NodeAttribute.EXTRACT, rba.getParentExtract());
5748 19 Sep 11 nicklas 145       }
5748 19 Sep 11 nicklas 146       catch (PermissionDeniedException ex)
5748 19 Sep 11 nicklas 147       {}
4740 05 Feb 09 nicklas 148     }
4740 05 Feb 09 nicklas 149     postValidateFolder(nf, folderNode, experimentNode, false);
4740 05 Feb 09 nicklas 150     return folderNode;
4740 05 Feb 09 nicklas 151   }
4740 05 Feb 09 nicklas 152   // ------------------------------
4740 05 Feb 09 nicklas 153   
4740 05 Feb 09 nicklas 154   /*
4740 05 Feb 09 nicklas 155     From the AbstractNodeLoader class
4740 05 Feb 09 nicklas 156     ----------------------------------
4740 05 Feb 09 nicklas 157   */
4740 05 Feb 09 nicklas 158   /**
4740 05 Feb 09 nicklas 159     Load property nodes for a raw bioassay:
4740 05 Feb 09 nicklas 160     <ul>
4740 05 Feb 09 nicklas 161     <li>Annotations: {@link AnnotationLoader#createPropertyNode(DbControl, OverviewContext, Node)}
4740 05 Feb 09 nicklas 162     <li>Data files: {@link DataFileLoader#createPropertyNode(DbControl, OverviewContext, Node)}
4740 05 Feb 09 nicklas 163     <li>Platform: {@link PlatformLoader#createPropertyNode(DbControl, OverviewContext, Node)}
4740 05 Feb 09 nicklas 164     <li>Protocol: {@link ProtocolLoader#createPropertyNode(DbControl, OverviewContext, Node)}
4740 05 Feb 09 nicklas 165     <li>Software: {@link SoftwareLoader#createPropertyNode(DbControl, OverviewContext, Node)}
4740 05 Feb 09 nicklas 166     <li>Array design: {@link ArrayDesignLoader#createPropertyNode(DbControl, OverviewContext, Node)}
4740 05 Feb 09 nicklas 167     </ul>
4740 05 Feb 09 nicklas 168   */
4740 05 Feb 09 nicklas 169   @Override
4740 05 Feb 09 nicklas 170   protected void loadPropertyChildNodes(DbControl dc, OverviewContext context, Node rawBioAssayNode)
4740 05 Feb 09 nicklas 171   {
7494 04 Jun 18 nicklas 172     Extract e = getExtract((RawBioAssay)rawBioAssayNode.getItem());
7494 04 Jun 18 nicklas 173     if (e == null || rawBioAssayNode.getFirstParent(new BasicItemFilter(e)) == null)
7494 04 Jun 18 nicklas 174     {
7494 04 Jun 18 nicklas 175       // Only load the extract if it is not already a parent node
7494 04 Jun 18 nicklas 176       getNodeLoader(context, Item.EXTRACT).createReverseNode(dc, context, rawBioAssayNode);
7494 04 Jun 18 nicklas 177     }
4740 05 Feb 09 nicklas 178     getNodeLoader(context, Item.ANNOTATION).createPropertyNode(dc, context, rawBioAssayNode);
5652 10 Jun 11 nicklas 179     getNodeLoader(context, Item.FILESETMEMBER).createPropertyNode(dc, context, rawBioAssayNode);
4740 05 Feb 09 nicklas 180     getNodeLoader(context, Item.PLATFORM).createPropertyNode(dc, context, rawBioAssayNode);
4740 05 Feb 09 nicklas 181     getNodeLoader(context, Item.ARRAYDESIGN).createPropertyNode(dc, context, rawBioAssayNode);
4740 05 Feb 09 nicklas 182     getNodeLoader(context, Item.PROTOCOL).createPropertyNode(dc, context, rawBioAssayNode);
4740 05 Feb 09 nicklas 183     getNodeLoader(context, Item.SOFTWARE).createPropertyNode(dc, context, rawBioAssayNode);
5500 18 Nov 10 nicklas 184     getNodeLoader(context, Item.ANYTOANY).createPropertyNode(dc, context, rawBioAssayNode);
4740 05 Feb 09 nicklas 185   }
4740 05 Feb 09 nicklas 186   /**
4740 05 Feb 09 nicklas 187     Loads all experiment nodes where the given raw bioassay is used.
4740 05 Feb 09 nicklas 188     @see ExperimentLoader#createForwardNode(DbControl, OverviewContext, Node) 
4740 05 Feb 09 nicklas 189   */
4740 05 Feb 09 nicklas 190   @Override
4740 05 Feb 09 nicklas 191   protected void loadForwardChildNodes(DbControl dc, OverviewContext context, Node rawBioAssayNode)
4740 05 Feb 09 nicklas 192   {
4740 05 Feb 09 nicklas 193     getNodeLoader(context, Item.EXPERIMENT).createForwardNode(dc, context, rawBioAssayNode);
4740 05 Feb 09 nicklas 194   }
4740 05 Feb 09 nicklas 195   /**
5652 10 Jun 11 nicklas 196     Loads the derived bioassay node that this raw bioassay is created from.
5652 10 Jun 11 nicklas 197     @see DerivedBioAssayLoader#createReverseNode(DbControl, OverviewContext, Node)
4740 05 Feb 09 nicklas 198   */
4740 05 Feb 09 nicklas 199   @Override
4740 05 Feb 09 nicklas 200   protected void loadReverseChildNodes(DbControl dc, OverviewContext context, Node rawBioAssayNode)
4740 05 Feb 09 nicklas 201   {
5652 10 Jun 11 nicklas 202     getNodeLoader(context, Item.DERIVEDBIOASSAY).createReverseNode(dc, context, rawBioAssayNode);
4740 05 Feb 09 nicklas 203   }
4740 05 Feb 09 nicklas 204   // --------------------------------
4740 05 Feb 09 nicklas 205
5748 19 Sep 11 nicklas 206   private Node createForwardNode(DerivedBioAssay bioAssay, DbControl dc, OverviewContext context, Node bioAssayNode)
5748 19 Sep 11 nicklas 207   {
5748 19 Sep 11 nicklas 208     NodeFactory<RawBioAssay> nf = getNodeFactory(dc, context);
5748 19 Sep 11 nicklas 209     Node folderNode = null;
5748 19 Sep 11 nicklas 210     ItemQuery<RawBioAssay> query = context.initQuery(bioAssay.getRawBioAssays(), "name");
5748 19 Sep 11 nicklas 211
7302 01 Mar 17 nicklas 212     // We should only load derived bioassays that has a null extract or an
7302 01 Mar 17 nicklas 213     // extract that is found in the parent chain
7303 01 Mar 17 nicklas 214     Set<Integer> extractIds = getExtractChain(dc, bioAssayNode);
7302 01 Mar 17 nicklas 215     if (extractIds.size() > 0)
5748 19 Sep 11 nicklas 216     {
7302 01 Mar 17 nicklas 217       query.restrict(
7302 01 Mar 17 nicklas 218         Restrictions.or(
7302 01 Mar 17 nicklas 219           Restrictions.eq(Hql.property("parentExtract"), null),
7302 01 Mar 17 nicklas 220           Restrictions.in(Hql.property("parentExtract"), Expressions.parameter("extracts"))
7302 01 Mar 17 nicklas 221         ));
7303 01 Mar 17 nicklas 222       query.setParameter("extracts", extractIds, Type.INT);
5748 19 Sep 11 nicklas 223     }
7302 01 Mar 17 nicklas 224   
5748 19 Sep 11 nicklas 225     ItemResultIterator<RawBioAssay> it = query.iterate(dc);
5748 19 Sep 11 nicklas 226     while (it.hasNext())
5748 19 Sep 11 nicklas 227     {
5748 19 Sep 11 nicklas 228       RawBioAssay rba = it.next();
5748 19 Sep 11 nicklas 229       if (folderNode == null)
5748 19 Sep 11 nicklas 230       {
5748 19 Sep 11 nicklas 231         folderNode =  new Node("rawbioassays", "Raw bioassays", bioAssayNode, ChildNodeDirection.FORWARD);
5748 19 Sep 11 nicklas 232       }
5748 19 Sep 11 nicklas 233       createItemNode(nf, rba, rba, false, folderNode, ChildNodeDirection.FORWARD);
5748 19 Sep 11 nicklas 234     }
5748 19 Sep 11 nicklas 235     postValidateFolder(nf, folderNode, bioAssayNode, false);
5748 19 Sep 11 nicklas 236     return folderNode;
5748 19 Sep 11 nicklas 237   }
5748 19 Sep 11 nicklas 238   
5748 19 Sep 11 nicklas 239   private Node createForwardNode(Extract extract, DbControl dc, OverviewContext context, Node extractNode)
5748 19 Sep 11 nicklas 240   {
5748 19 Sep 11 nicklas 241     NodeFactory<RawBioAssay> nf = getNodeFactory(dc, context);
5748 19 Sep 11 nicklas 242     Node folderNode = null;
7494 04 Jun 18 nicklas 243     // Load raw bioassays linked to the 'extract' if:
7494 04 Jun 18 nicklas 244     // they have no parent bioassay OR
7494 04 Jun 18 nicklas 245     // the parent bioassay has no parent extract OR
7494 04 Jun 18 nicklas 246     // the parent bioassay has a different parent extract
5748 19 Sep 11 nicklas 247     ItemQuery<RawBioAssay> query = RawBioAssay.getQuery();
5748 19 Sep 11 nicklas 248     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentExtract"), Hql.entity(extract)));
7494 04 Jun 18 nicklas 249     query.join(Hql.leftJoin("parentBioAssay", "parent"));
7494 04 Jun 18 nicklas 250     query.join(Hql.leftJoin("parent", "extract", "parentExtract", null, false));
7494 04 Jun 18 nicklas 251     query.restrict(
7494 04 Jun 18 nicklas 252         Restrictions.or(
7494 04 Jun 18 nicklas 253           Restrictions.eq(Hql.alias("parent"), null),
7494 04 Jun 18 nicklas 254           Restrictions.eq(Hql.alias("parentExtract"), null),
7494 04 Jun 18 nicklas 255           Restrictions.neq(Hql.alias("parentExtract"), Hql.entity(extract))
7494 04 Jun 18 nicklas 256           ));
5748 19 Sep 11 nicklas 257     context.initQuery(query, "name");
5748 19 Sep 11 nicklas 258     ItemResultIterator<RawBioAssay> it = query.iterate(dc);
5748 19 Sep 11 nicklas 259     while (it.hasNext())
5748 19 Sep 11 nicklas 260     {
5748 19 Sep 11 nicklas 261       RawBioAssay rba = it.next();
5748 19 Sep 11 nicklas 262       if (folderNode == null)
5748 19 Sep 11 nicklas 263       {
5748 19 Sep 11 nicklas 264         folderNode =  new Node("rawbioassays", "Raw bioassays", extractNode, ChildNodeDirection.FORWARD);
5748 19 Sep 11 nicklas 265       }
5748 19 Sep 11 nicklas 266       createItemNode(nf, rba, rba, false, folderNode, ChildNodeDirection.FORWARD);
5748 19 Sep 11 nicklas 267     }
5748 19 Sep 11 nicklas 268     postValidateFolder(nf, folderNode, extractNode, false);
5748 19 Sep 11 nicklas 269     return folderNode;
5748 19 Sep 11 nicklas 270   }
5748 19 Sep 11 nicklas 271   
7494 04 Jun 18 nicklas 272   /**
7494 04 Jun 18 nicklas 273     Get the extract that is associated with the current raw bioassay
7494 04 Jun 18 nicklas 274     @return The extract or null if none was found
7494 04 Jun 18 nicklas 275   */
7494 04 Jun 18 nicklas 276   private Extract getExtract(RawBioAssay bioAssay)
7494 04 Jun 18 nicklas 277   {
7494 04 Jun 18 nicklas 278     Extract extract = null;
7494 04 Jun 18 nicklas 279     try
7494 04 Jun 18 nicklas 280     {
7494 04 Jun 18 nicklas 281       extract = bioAssay.getParentExtract();
7494 04 Jun 18 nicklas 282     }
7494 04 Jun 18 nicklas 283     catch (PermissionDeniedException ex)
7494 04 Jun 18 nicklas 284     {}
7494 04 Jun 18 nicklas 285     return extract;
7494 04 Jun 18 nicklas 286   }
7494 04 Jun 18 nicklas 287
7303 01 Mar 17 nicklas 288   private Set<Integer> getExtractChain(DbControl dc, Node node)
7302 01 Mar 17 nicklas 289   {
7302 01 Mar 17 nicklas 290     List<Node> extractNodes = node.findAll(new ItemTypeFilter(Item.EXTRACT));
7302 01 Mar 17 nicklas 291     Set<Integer> extractIds = new HashSet<Integer>(extractNodes.size());
7302 01 Mar 17 nicklas 292     for (Node n : extractNodes)
7302 01 Mar 17 nicklas 293     {
7302 01 Mar 17 nicklas 294       extractIds.add(n.getItem().getId());
7303 01 Mar 17 nicklas 295       if (n.getParent() == null)
7303 01 Mar 17 nicklas 296       {
7303 01 Mar 17 nicklas 297         // We have reach the root node, continue to load parent extracts from here
7303 01 Mar 17 nicklas 298         SourceItemTransformer transformer = new ExtractToParentExtractTransformer(true);
7303 01 Mar 17 nicklas 299         extractIds.addAll(transformer.transform(new TransformContext(dc), Collections.singleton(n.getItem().getId())));
7303 01 Mar 17 nicklas 300         
7303 01 Mar 17 nicklas 301       }
7302 01 Mar 17 nicklas 302     }
7302 01 Mar 17 nicklas 303     return extractIds;
7302 01 Mar 17 nicklas 304   }
7302 01 Mar 17 nicklas 305
4740 05 Feb 09 nicklas 306 }

Generated on Sat Oct  7 02:38:44 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)