src/test/Base1NullPlugin.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2330 29 May 06 enell 1 import java.io.BufferedReader;
2330 29 May 06 enell 2 import java.io.IOException;
2330 29 May 06 enell 3 import java.io.InputStreamReader;
2330 29 May 06 enell 4 import java.io.PrintWriter;
2330 29 May 06 enell 5
2205 28 Apr 06 enell 6 /*
2205 28 Apr 06 enell 7  $Id$
2205 28 Apr 06 enell 8
2205 28 Apr 06 enell 9  Copyright (C) 2006 Johan Enell
2205 28 Apr 06 enell 10
2205 28 Apr 06 enell 11  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2205 28 Apr 06 enell 12  Available at http://base.thep.lu.se/
2205 28 Apr 06 enell 13
2205 28 Apr 06 enell 14  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
2205 28 Apr 06 enell 15  under the terms of the GNU General Public License as published by
4480 05 Sep 08 jari 16  the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
2205 28 Apr 06 enell 17  (at your option) any later version.
2205 28 Apr 06 enell 18
2205 28 Apr 06 enell 19  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
2205 28 Apr 06 enell 20  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2205 28 Apr 06 enell 21  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
2205 28 Apr 06 enell 22  General Public License for more details.
2205 28 Apr 06 enell 23
2205 28 Apr 06 enell 24  You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 25  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2205 28 Apr 06 enell 26  */
2205 28 Apr 06 enell 27
2205 28 Apr 06 enell 28 public class Base1NullPlugin
2205 28 Apr 06 enell 29 {
2205 28 Apr 06 enell 30
2205 28 Apr 06 enell 31   /**
2205 28 Apr 06 enell 32    * @param args
2330 29 May 06 enell 33    * @throws IOException 
2205 28 Apr 06 enell 34    */
2330 29 May 06 enell 35   public static void main(String[] args) throws IOException
2205 28 Apr 06 enell 36   {
2330 29 May 06 enell 37     PrintWriter log = new PrintWriter("base1nullplugin.log");
2330 29 May 06 enell 38     log.println("base1nullplugin started");
2330 29 May 06 enell 39     
2330 29 May 06 enell 40     BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
2330 29 May 06 enell 41     String line = in.readLine();
2330 29 May 06 enell 42     while (line != null)
2330 29 May 06 enell 43     {
4537 18 Sep 08 nicklas 44       if (line.startsWith("assayFields") && line.contains("_xc_"))
4537 18 Sep 08 nicklas 45       {
4537 18 Sep 08 nicklas 46         /*
4537 18 Sep 08 nicklas 47           The file contains extra values. To make the
4537 18 Sep 08 nicklas 48           import work we must remove the _xc_ prefix for the
4537 18 Sep 08 nicklas 49           extra value columns and add a setExtraFloats header
4537 18 Sep 08 nicklas 50         */
4537 18 Sep 08 nicklas 51         String[] columns = line.split("\\t");
4537 18 Sep 08 nicklas 52         line = "assayFields";
4537 18 Sep 08 nicklas 53         String setExtraFloats = "setExtraFloats";
4537 18 Sep 08 nicklas 54         for (int i = 1; i < columns.length; ++i)
4537 18 Sep 08 nicklas 55         {
4537 18 Sep 08 nicklas 56           String column = columns[i];
4537 18 Sep 08 nicklas 57           if (column.startsWith("_xc_"))
4537 18 Sep 08 nicklas 58           {
4537 18 Sep 08 nicklas 59             column = column.substring(4);
4537 18 Sep 08 nicklas 60             setExtraFloats += "\t" + column;
4537 18 Sep 08 nicklas 61           }
4537 18 Sep 08 nicklas 62           line += "\t" + column;
4537 18 Sep 08 nicklas 63         }
4537 18 Sep 08 nicklas 64         System.out.println(setExtraFloats);
4537 18 Sep 08 nicklas 65       }
2330 29 May 06 enell 66       System.out.println(line);
2330 29 May 06 enell 67       log.println(line);
2330 29 May 06 enell 68       line = in.readLine();
2330 29 May 06 enell 69       log.flush();
2330 29 May 06 enell 70     }
2330 29 May 06 enell 71     
2330 29 May 06 enell 72     log.println("base1nullplugin ended");
2330 29 May 06 enell 73     log.close();
2205 28 Apr 06 enell 74   }
2205 28 Apr 06 enell 75
2205 28 Apr 06 enell 76 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:18 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)