src/test/Base1TestPlugin.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4212 10 Apr 08 nicklas 1 /*
4212 10 Apr 08 nicklas 2   $Id$
4212 10 Apr 08 nicklas 3   
4212 10 Apr 08 nicklas 4   Copyright (C) Nicklas Nordborg
4212 10 Apr 08 nicklas 5   
4212 10 Apr 08 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4212 10 Apr 08 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
4212 10 Apr 08 nicklas 8   
4212 10 Apr 08 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
4212 10 Apr 08 nicklas 10   under the terms of the GNU General Public License as published by
4480 05 Sep 08 jari 11   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
4212 10 Apr 08 nicklas 12   (at your option) any later version.
4212 10 Apr 08 nicklas 13   
4212 10 Apr 08 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
4212 10 Apr 08 nicklas 15   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4212 10 Apr 08 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
4212 10 Apr 08 nicklas 17   General Public License for more details.
4212 10 Apr 08 nicklas 18   
4212 10 Apr 08 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4212 10 Apr 08 nicklas 21 */
4720 08 Jan 09 nicklas 22 import java.io.File;
4212 10 Apr 08 nicklas 23 import java.io.IOException;
4212 10 Apr 08 nicklas 24 import java.io.InputStream;
4212 10 Apr 08 nicklas 25 import java.util.ArrayList;
4212 10 Apr 08 nicklas 26 import java.util.List;
4212 10 Apr 08 nicklas 27 import java.util.regex.Pattern;
4212 10 Apr 08 nicklas 28
4212 10 Apr 08 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.Config;
4212 10 Apr 08 nicklas 30 import net.sf.basedb.util.Values;
4212 10 Apr 08 nicklas 31 import net.sf.basedb.util.parser.FlatFileParser;
4212 10 Apr 08 nicklas 32
4212 10 Apr 08 nicklas 33
4212 10 Apr 08 nicklas 34
4212 10 Apr 08 nicklas 35 public class Base1TestPlugin
4212 10 Apr 08 nicklas 36 {
4212 10 Apr 08 nicklas 37
4212 10 Apr 08 nicklas 38   /**
4212 10 Apr 08 nicklas 39    * @param args
4212 10 Apr 08 nicklas 40    * @throws IOException 
4212 10 Apr 08 nicklas 41    */
4212 10 Apr 08 nicklas 42   public static void main(String[] args) throws IOException
4212 10 Apr 08 nicklas 43   {
4212 10 Apr 08 nicklas 44
4212 10 Apr 08 nicklas 45     FlatFileParser ffp = getInitializedFlatFileParser(System.in);
4212 10 Apr 08 nicklas 46     System.out.println("BASEFile");
4212 10 Apr 08 nicklas 47
4212 10 Apr 08 nicklas 48     boolean mergeAssays = false;
4212 10 Apr 08 nicklas 49     boolean offsetPositions = false;
4266 05 May 08 nicklas 50     boolean reporterList = false;
4720 08 Jan 09 nicklas 51     boolean createSubdir = false;
4212 10 Apr 08 nicklas 52     int numSpotSections = 0;
4212 10 Apr 08 nicklas 53     while (ffp.hasMoreSections())
4212 10 Apr 08 nicklas 54     {
4212 10 Apr 08 nicklas 55       FlatFileParser.Line section = ffp.nextSection();
4212 10 Apr 08 nicklas 56       ffp.parseHeaders();
4212 10 Apr 08 nicklas 57       
4212 10 Apr 08 nicklas 58       if ("settings".equals(section.name()))
4212 10 Apr 08 nicklas 59       {
4212 10 Apr 08 nicklas 60         mergeAssays = Values.getBoolean(ffp.getHeader("mergeAssays"));
4212 10 Apr 08 nicklas 61         offsetPositions = Values.getBoolean(ffp.getHeader("offsetPositions"));
4266 05 May 08 nicklas 62         reporterList = Values.getBoolean(ffp.getHeader("reporterList"));
4720 08 Jan 09 nicklas 63         createSubdir = Values.getBoolean(ffp.getHeader("createSubdir"));
4212 10 Apr 08 nicklas 64       }
4266 05 May 08 nicklas 65       else if ("assays".equals(section.name()) && !reporterList)
4212 10 Apr 08 nicklas 66       {
4212 10 Apr 08 nicklas 67         System.out.println("section assays");
4212 10 Apr 08 nicklas 68         if (mergeAssays)
4212 10 Apr 08 nicklas 69         {
4212 10 Apr 08 nicklas 70           System.out.println("count\t1");
4212 10 Apr 08 nicklas 71           System.out.println("columns\tid\tname\tparents");
4212 10 Apr 08 nicklas 72           System.out.println("%");
4212 10 Apr 08 nicklas 73           List<String> parents = new ArrayList<String>();
4212 10 Apr 08 nicklas 74           while (ffp.hasMoreData())
4212 10 Apr 08 nicklas 75           {
4212 10 Apr 08 nicklas 76             FlatFileParser.Data data = ffp.nextData();
7665 20 Mar 19 nicklas 77             parents.add(data.getString(0));
4212 10 Apr 08 nicklas 78           }
4212 10 Apr 08 nicklas 79           System.out.println("1\tA merged assay\t" + Values.getString(parents, "/", true));
4212 10 Apr 08 nicklas 80           System.out.println();
4212 10 Apr 08 nicklas 81         }
4212 10 Apr 08 nicklas 82         else
4212 10 Apr 08 nicklas 83         {
4212 10 Apr 08 nicklas 84           // Just copy all headers...
4212 10 Apr 08 nicklas 85           for (FlatFileParser.Line line : ffp.getLines())
4212 10 Apr 08 nicklas 86           {
4212 10 Apr 08 nicklas 87             if (line.type() == FlatFileParser.LineType.HEADER)
4212 10 Apr 08 nicklas 88             {
4212 10 Apr 08 nicklas 89               System.out.println(line.line());
4212 10 Apr 08 nicklas 90             }
4212 10 Apr 08 nicklas 91           }
4212 10 Apr 08 nicklas 92           System.out.println("%");
4212 10 Apr 08 nicklas 93           // ...and the data
4212 10 Apr 08 nicklas 94           while (ffp.hasMoreData())
4212 10 Apr 08 nicklas 95           {
4212 10 Apr 08 nicklas 96             FlatFileParser.Data data = ffp.nextData();
4212 10 Apr 08 nicklas 97             System.out.println(data.line());
4212 10 Apr 08 nicklas 98           }
4212 10 Apr 08 nicklas 99           System.out.println();
4212 10 Apr 08 nicklas 100         }
4212 10 Apr 08 nicklas 101       }
4212 10 Apr 08 nicklas 102       else if ("spots".equals(section.name()))
4212 10 Apr 08 nicklas 103       {
4212 10 Apr 08 nicklas 104         numSpotSections++;
4212 10 Apr 08 nicklas 105         
4266 05 May 08 nicklas 106         if (reporterList)
4212 10 Apr 08 nicklas 107         {
4266 05 May 08 nicklas 108           if (numSpotSections == 1)
4266 05 May 08 nicklas 109           {
4266 05 May 08 nicklas 110             System.out.println("section\treporterlist");
4266 05 May 08 nicklas 111             System.out.println("name\tA reporter list");
4266 05 May 08 nicklas 112             System.out.println("columns\treporterId\tscore");
4266 05 May 08 nicklas 113             System.out.println("%");
4266 05 May 08 nicklas 114             while (ffp.hasMoreData())
4266 05 May 08 nicklas 115             {
4266 05 May 08 nicklas 116               FlatFileParser.Data data = ffp.nextData();
7665 20 Mar 19 nicklas 117               System.out.println(data.getString(2) + "\t" + Math.random());
4266 05 May 08 nicklas 118             }
4266 05 May 08 nicklas 119           }
4266 05 May 08 nicklas 120         }
4266 05 May 08 nicklas 121         else if (!mergeAssays || numSpotSections == 1)
4266 05 May 08 nicklas 122         {
4212 10 Apr 08 nicklas 123           System.out.println("section\tspots");
4212 10 Apr 08 nicklas 124           System.out.println("channels\t" + ffp.getHeader("channels"));
4212 10 Apr 08 nicklas 125           System.out.println("assayFields\t" + ffp.getHeader("assayFields"));
4212 10 Apr 08 nicklas 126           System.out.println("columns\t" + ffp.getHeader("columns"));
4212 10 Apr 08 nicklas 127           System.out.println("count\t" + ffp.getHeader("count"));
4212 10 Apr 08 nicklas 128           System.out.println("assays\t" + (mergeAssays ? "1" : ffp.getHeader("assays")));
4212 10 Apr 08 nicklas 129           System.out.println("%");
4212 10 Apr 08 nicklas 130           String offset = offsetPositions ? "1000" : "";
4212 10 Apr 08 nicklas 131           while (ffp.hasMoreData())
4212 10 Apr 08 nicklas 132           {
4212 10 Apr 08 nicklas 133             FlatFileParser.Data data = ffp.nextData();
4631 07 Nov 08 nicklas 134             System.out.println(offset + data.line().replaceFirst("\\t\\t", "\t0\t"));
4212 10 Apr 08 nicklas 135           }
4212 10 Apr 08 nicklas 136           System.out.println();
4212 10 Apr 08 nicklas 137         }
4720 08 Jan 09 nicklas 138       }  
4212 10 Apr 08 nicklas 139     }
4720 08 Jan 09 nicklas 140     if (createSubdir)
4720 08 Jan 09 nicklas 141     {
4720 08 Jan 09 nicklas 142       File tmpDir = new File(System.getProperty("java.io.tmpdir"));
4720 08 Jan 09 nicklas 143       File subdir = new File(tmpDir, "subdir");
4720 08 Jan 09 nicklas 144       subdir.mkdirs();
4720 08 Jan 09 nicklas 145       File subFile = new File(subdir, "file.txt");
4720 08 Jan 09 nicklas 146       subFile.createNewFile();
4720 08 Jan 09 nicklas 147     }
4212 10 Apr 08 nicklas 148   }
4212 10 Apr 08 nicklas 149   
4212 10 Apr 08 nicklas 150   private static FlatFileParser getInitializedFlatFileParser(InputStream stream)
4212 10 Apr 08 nicklas 151   {
4212 10 Apr 08 nicklas 152     FlatFileParser ffp = new FlatFileParser();
4212 10 Apr 08 nicklas 153     ffp.setSectionRegexp(Pattern.compile("section[\\t ](.*)"));
4212 10 Apr 08 nicklas 154     ffp.setHeaderRegexp(Pattern.compile("(.*?)\\t(.*)"));
4212 10 Apr 08 nicklas 155     ffp.setDataHeaderRegexp(Pattern.compile("%"));
4212 10 Apr 08 nicklas 156     ffp.setDataFooterRegexp(Pattern.compile("^$"));
4212 10 Apr 08 nicklas 157     ffp.setDataSplitterRegexp(Pattern.compile("\\t"));
4212 10 Apr 08 nicklas 158     ffp.setUseNullIfEmpty(false);
4212 10 Apr 08 nicklas 159     ffp.setInputStream(stream, Config.getCharset());
4212 10 Apr 08 nicklas 160     return ffp;
4212 10 Apr 08 nicklas 161   }
4212 10 Apr 08 nicklas 162   
4212 10 Apr 08 nicklas 163   
4212 10 Apr 08 nicklas 164
4212 10 Apr 08 nicklas 165 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)