src/test/BfsExtraFileGenerator.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5285 24 Mar 10 nicklas 1
5285 24 Mar 10 nicklas 2 /*
5285 24 Mar 10 nicklas 3   $Id $
5285 24 Mar 10 nicklas 4
5285 24 Mar 10 nicklas 5   Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
5285 24 Mar 10 nicklas 6
5285 24 Mar 10 nicklas 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5285 24 Mar 10 nicklas 8   Available at http://base.thep.lu.se/
5285 24 Mar 10 nicklas 9
5285 24 Mar 10 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5285 24 Mar 10 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
5285 24 Mar 10 nicklas 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5285 24 Mar 10 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
5285 24 Mar 10 nicklas 14
5285 24 Mar 10 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5285 24 Mar 10 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5285 24 Mar 10 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5285 24 Mar 10 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
5285 24 Mar 10 nicklas 19
5285 24 Mar 10 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
5285 24 Mar 10 nicklas 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5285 24 Mar 10 nicklas 22 */
5285 24 Mar 10 nicklas 23 import java.io.BufferedReader;
5285 24 Mar 10 nicklas 24 import java.io.File;
5285 24 Mar 10 nicklas 25 import java.io.IOException;
5285 24 Mar 10 nicklas 26 import java.io.InputStreamReader;
5285 24 Mar 10 nicklas 27 import java.io.PrintWriter;
5285 24 Mar 10 nicklas 28
5285 24 Mar 10 nicklas 29 /**
5285 24 Mar 10 nicklas 30   A simple program that expects a BFS metadata file
5285 24 Mar 10 nicklas 31   as input. If a [files] section is found it will add
5285 24 Mar 10 nicklas 32   a couple of extra file entries to it. 
5285 24 Mar 10 nicklas 33   It accepts one parameter on the command line:
5285 24 Mar 10 nicklas 34   
5285 24 Mar 10 nicklas 35   nosdata: Remove the [sdata] section and a all file 
5285 24 Mar 10 nicklas 36             entries in the files section.
5285 24 Mar 10 nicklas 37   
5285 24 Mar 10 nicklas 38   @author nicklas
5285 24 Mar 10 nicklas 39   @since 2.15
5285 24 Mar 10 nicklas 40 */
5285 24 Mar 10 nicklas 41 public class BfsExtraFileGenerator
5285 24 Mar 10 nicklas 42 {
5285 24 Mar 10 nicklas 43   public static void main(String[] args) 
5285 24 Mar 10 nicklas 44   {
5285 24 Mar 10 nicklas 45     String cmd = args.length > 0 ? args[0] : null;
5285 24 Mar 10 nicklas 46     boolean nosdata = "nosdata".equals(cmd);
5285 24 Mar 10 nicklas 47
5285 24 Mar 10 nicklas 48     try
5285 24 Mar 10 nicklas 49     {
5285 24 Mar 10 nicklas 50       BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
5285 24 Mar 10 nicklas 51       String line = in.readLine();
5285 24 Mar 10 nicklas 52       boolean skipSection = false;
5285 24 Mar 10 nicklas 53       
5285 24 Mar 10 nicklas 54       while (line != null)
5285 24 Mar 10 nicklas 55       {
5285 24 Mar 10 nicklas 56         if (skipSection)
5285 24 Mar 10 nicklas 57         {
5285 24 Mar 10 nicklas 58           // Skip lines until a new section is found
5285 24 Mar 10 nicklas 59           if (line.startsWith("["))
5285 24 Mar 10 nicklas 60           {
5285 24 Mar 10 nicklas 61             skipSection = false;
5285 24 Mar 10 nicklas 62           }
5285 24 Mar 10 nicklas 63           else
5285 24 Mar 10 nicklas 64           {
5285 24 Mar 10 nicklas 65             line = null;
5285 24 Mar 10 nicklas 66           }
5285 24 Mar 10 nicklas 67         }
5285 24 Mar 10 nicklas 68         
5285 24 Mar 10 nicklas 69         if ("[files]".equals(line))
5285 24 Mar 10 nicklas 70         {
5285 24 Mar 10 nicklas 71           // Print out extra files
5285 24 Mar 10 nicklas 72           line =
5285 24 Mar 10 nicklas 73             "[files]\n" +
5285 24 Mar 10 nicklas 74             "x-file1\tfile1.txt\n" +
5285 24 Mar 10 nicklas 75             "x-file2\tfile2.txt";
5285 24 Mar 10 nicklas 76           skipSection = nosdata;
5285 24 Mar 10 nicklas 77         }
5285 24 Mar 10 nicklas 78         else if ("[sdata]".equals(line))
5285 24 Mar 10 nicklas 79         {
5285 24 Mar 10 nicklas 80           skipSection = nosdata;
5285 24 Mar 10 nicklas 81           if (skipSection) line = null;
5285 24 Mar 10 nicklas 82         }
5285 24 Mar 10 nicklas 83         if (line != null) System.out.println(line);
5285 24 Mar 10 nicklas 84         line = in.readLine();
5285 24 Mar 10 nicklas 85       }
5285 24 Mar 10 nicklas 86             
5285 24 Mar 10 nicklas 87       createFile("file1.txt");
5285 24 Mar 10 nicklas 88       createFile("file2.txt");
5285 24 Mar 10 nicklas 89     }
5285 24 Mar 10 nicklas 90     catch (Throwable t)
5285 24 Mar 10 nicklas 91     {
5285 24 Mar 10 nicklas 92       t.printStackTrace();
5285 24 Mar 10 nicklas 93       System.exit(1);
5285 24 Mar 10 nicklas 94     }
5285 24 Mar 10 nicklas 95   }
5285 24 Mar 10 nicklas 96   
5285 24 Mar 10 nicklas 97   private static void createFile(String name)
5285 24 Mar 10 nicklas 98     throws IOException
5285 24 Mar 10 nicklas 99   {
5285 24 Mar 10 nicklas 100     File f = new File(name);
5285 24 Mar 10 nicklas 101     PrintWriter pw = new PrintWriter(f);
5285 24 Mar 10 nicklas 102     for (int i = 0; i < 100; ++i)
5285 24 Mar 10 nicklas 103     {
5285 24 Mar 10 nicklas 104       pw.println(Math.random());
5285 24 Mar 10 nicklas 105     }
5285 24 Mar 10 nicklas 106     pw.close();
5285 24 Mar 10 nicklas 107   }
5285 24 Mar 10 nicklas 108   
5285 24 Mar 10 nicklas 109 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)