src/test/TestAll.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
94 07 Mar 05 nicklas 1 /*
94 07 Mar 05 nicklas 2   $Id$
94 07 Mar 05 nicklas 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Samuel Andersson, Johan Enell, Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
94 07 Mar 05 nicklas 7
2304 22 May 06 jari 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 9   Available at http://base.thep.lu.se/
94 07 Mar 05 nicklas 10
94 07 Mar 05 nicklas 11   BASE is free software; you can redistribute it and/or
94 07 Mar 05 nicklas 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
94 07 Mar 05 nicklas 14   of the License, or (at your option) any later version.
94 07 Mar 05 nicklas 15
94 07 Mar 05 nicklas 16   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
94 07 Mar 05 nicklas 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
94 07 Mar 05 nicklas 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
94 07 Mar 05 nicklas 19   GNU General Public License for more details.
94 07 Mar 05 nicklas 20
94 07 Mar 05 nicklas 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
94 07 Mar 05 nicklas 23 */
5384 13 Aug 10 nicklas 24 import java.util.LinkedHashMap;
94 07 Mar 05 nicklas 25 import java.util.Map;
94 07 Mar 05 nicklas 26
94 07 Mar 05 nicklas 27 public class TestAll
94 07 Mar 05 nicklas 28 {
94 07 Mar 05 nicklas 29
94 07 Mar 05 nicklas 30   public static void main(String[] args)
94 07 Mar 05 nicklas 31   {
5384 13 Aug 10 nicklas 32     Map<String,Boolean> results = new LinkedHashMap<String,Boolean>();
94 07 Mar 05 nicklas 33     TestUtil.checkArgs(args);
94 07 Mar 05 nicklas 34     TestUtil.begin();
94 07 Mar 05 nicklas 35
94 07 Mar 05 nicklas 36     // Authorization system
411 15 Apr 05 enell 37     results.put("TestGroup", TestGroup.test_all());
411 15 Apr 05 enell 38     results.put("TestRole", TestRole.test_all());
411 15 Apr 05 enell 39     results.put("TestUser", TestUser.test_all());
411 15 Apr 05 enell 40     results.put("TestProject", TestProject.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 41
94 07 Mar 05 nicklas 42     // Access control system
411 15 Apr 05 enell 43      results.put("TestRoleKey", TestRoleKey.test_all());
411 15 Apr 05 enell 44      results.put("TestProjectKey", TestProjectKey.test_all());
411 15 Apr 05 enell 45      results.put("TestItemKey", TestItemKey.test_all());
5368 22 Jun 10 nicklas 46      results.put("TestPermissionTemplate", TestPermissionTemplate.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 47
239 23 Mar 05 nicklas 48     // Settings, sessions and client
411 15 Apr 05 enell 49     results.put("TestClient", TestClient.test_all());
411 15 Apr 05 enell 50     results.put("TestHelp", TestHelp.test_all());
411 15 Apr 05 enell 51      results.put("TestGlobalDefaultSetting", TestGlobalDefaultSetting.test_all());
411 15 Apr 05 enell 52      results.put("TestClientDefaultSetting", TestClientDefaultSetting.test_all());
411 15 Apr 05 enell 53      results.put("TestUserDefaultSetting", TestUserDefaultSetting.test_all());
411 15 Apr 05 enell 54      results.put("TestUserClientSetting", TestUserClientSetting.test_all());
411 15 Apr 05 enell 55      results.put("TestSession", TestSession.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 56
94 07 Mar 05 nicklas 57     // Quota and files
412 15 Apr 05 enell 58      results.put("TestQuotaType", TestQuotaType.test_all());
411 15 Apr 05 enell 59      results.put("TestQuota", TestQuota.test_all());
459 26 Apr 05 enell 60      results.put("TestMimeType", TestMimeType.test_all());
470 26 Apr 05 enell 61      results.put("TestPath", TestPath.test_all());
470 26 Apr 05 enell 62      results.put("TestDirectory", TestDirectory.test_all());
5360 11 Jun 10 nicklas 63      results.put("TestFileServer", TestFileServer.test_all());
496 29 Apr 05 enell 64      results.put("TestFile", TestFile.test_all());
642 24 May 05 enell 65     results.put("TestDiskUsage", TestDiskUsage.test_all());
3646 09 Aug 07 nicklas 66     results.put("TestPackedFileExporter", TestPackedFileExporter.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 67
5630 13 May 11 nicklas 68     // Item types, Hardware, software, protocols
5630 13 May 11 nicklas 69     results.put("TestItemSubtype", TestItemSubtype.test_all());
590 13 May 05 enell 70      results.put("TestHardware", TestHardware.test_all());
591 13 May 05 enell 71      results.put("TestSoftware", TestSoftware.test_all());
579 12 May 05 enell 72      results.put("TestProtocol", TestProtocol.test_all());
6990 02 Nov 15 nicklas 73      results.put("TestKit", TestKit.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 74
3586 20 Jul 07 nicklas 75     // File parsing
3586 20 Jul 07 nicklas 76     results.put("TestFlatFileParser", TestFlatFileParser.test_all());
7677 27 Mar 19 nicklas 77     results.put("TestExcelFunctions", TestExcelFunctions.test_all());
3586 20 Jul 07 nicklas 78      
94 07 Mar 05 nicklas 79     // Biomaterials
802 21 Jun 05 nicklas 80     results.put("TestBioSource", TestBioSource.test_all());
802 21 Jun 05 nicklas 81     results.put("TestSample", TestSample.test_all());
802 21 Jun 05 nicklas 82     results.put("TestExtract", TestExtract.test_all());
5632 17 May 11 nicklas 83     results.put("TestTag", TestTag.test_all());
5260 04 Mar 10 nicklas 84     results.put("TestBioPlateType", TestBioPlateType.test_all());
4685 04 Dec 08 martin 85     results.put("TestBioPlate", TestBioPlate.test_all());
5523 02 Dec 10 nicklas 86     results.put("TestBioPlateEvent", TestBioPlateEvent.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 87
3586 20 Jul 07 nicklas 88     // Annotation types and annotations
4541 22 Sep 08 nicklas 89     results.put("TestQuantity", TestQuantity.test_all());
4541 22 Sep 08 nicklas 90     results.put("TestUnit", TestUnit.test_all());
3586 20 Jul 07 nicklas 91     results.put("TestAnnotationType", TestAnnotationType.test_all());
3586 20 Jul 07 nicklas 92     results.put("TestAnnotationTypeCategory", TestAnnotationTypeCategory.test_all());
3586 20 Jul 07 nicklas 93     results.put("TestAnnotation", TestAnnotation.test_all());
3586 20 Jul 07 nicklas 94     results.put("TestAnnotationFlatFileImporter", TestAnnotationFlatFileImporter.test_all());
3586 20 Jul 07 nicklas 95     
94 07 Mar 05 nicklas 96     // Reporters
1682 02 Dec 05 nicklas 97     results.put("TestReporterType", TestReporterType.test_all());
1682 02 Dec 05 nicklas 98     results.put("TestReporter", TestReporter.test_all());
1682 02 Dec 05 nicklas 99     results.put("TestReporterList", TestReporterList.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 100
94 07 Mar 05 nicklas 101     // Array LIMS -- Plates
874 05 Jul 05 nicklas 102     results.put("TestPlateGeometry", TestPlateGeometry.test_all());
874 05 Jul 05 nicklas 103     results.put("TestPlateType", TestPlateType.test_all());
881 06 Jul 05 nicklas 104     results.put("TestPlate", TestPlate.test_all());
881 06 Jul 05 nicklas 105     results.put("TestPlateMapping", TestPlateMapping.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 106
3820 12 Oct 07 nicklas 107     // Experimental platforms and data file types
3820 12 Oct 07 nicklas 108     results.put("TestDataFileType", TestDataFileType.test_all());
3820 12 Oct 07 nicklas 109     results.put("TestPlatform", TestPlatform.test_all());
3820 12 Oct 07 nicklas 110     
94 07 Mar 05 nicklas 111     // Array LIMS -- Arrays
739 09 Jun 05 nicklas 112      results.put("TestArrayDesign", TestArrayDesign.test_all());
974 20 Jul 05 enell 113      results.put("TestArrayBatch", TestArrayBatch.test_all());
1114 23 Aug 05 enell 114      results.put("TestArraySlide", TestArraySlide.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 115
5642 26 May 11 nicklas 116     // Physical bioassays and raw data
5642 26 May 11 nicklas 117     results.put("TestPhysicalBioAssay", TestPhysicalBioAssay.test_all());
5685 04 Aug 11 nicklas 118     results.put("TestDerivedBioAssay", TestDerivedBioAssay.test_all());
1121 24 Aug 05 nicklas 119      results.put("TestRawBioAssay", TestRawBioAssay.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 120
94 07 Mar 05 nicklas 121     // Misc
411 15 Apr 05 enell 122     results.put("TestSessionControl", TestSessionControl.test_all());
1701 09 Dec 05 nicklas 123     results.put("TestContext", TestContext.test_all());
411 15 Apr 05 enell 124     results.put("TestDbControl", TestDbControl.test_all());
6739 17 Feb 15 nicklas 125     results.put("TestItemList", TestItemList.test_all());
833 28 Jun 05 nicklas 126     results.put("TestNews", TestNews.test_all());
833 28 Jun 05 nicklas 127     results.put("TestMessage", TestMessage.test_all());
5022 26 Jun 09 nicklas 128     results.put("TestAnyToAny", TestAnyToAny.test_all());
5039 10 Aug 09 nicklas 129     results.put("TestChangeHistory", TestChangeHistory.test_all());
833 28 Jun 05 nicklas 130     results.put("TestXMLUtil", TestXMLUtil.test_all());
803 21 Jun 05 samuel 131      results.put("TestParameterType", TestParameterType.test_all());
1343 15 Sep 05 nicklas 132     results.put("TestJarClassLoader", TestJarClassLoader.test_all());
1578 08 Nov 05 nicklas 133     results.put("TestJep", TestJep.test_all());
6372 06 Dec 13 nicklas 134     results.put("TestMACalculator", TestMACalculator.test_all());
5188 09 Nov 09 nicklas 135     results.put("TestEncoderDecoder", TestEncoderDecoder.test_all());
5193 27 Nov 09 nicklas 136     results.put("TestBfs", TestBfs.test_all());
2209 03 May 06 nicklas 137     results.put("TestDbInfo", TestDbInfo.test_all());
3062 15 Jan 07 nicklas 138     results.put("TestPresets", TestPresets.test_all());
3264 23 Apr 07 enell 139     results.put("TestNumberFormat", TestNumberFormat.test_all());
7624 07 Mar 19 nicklas 140     results.put("TestCharsetDetector", TestCharsetDetector.test_all());
5319 20 Apr 10 nicklas 141     results.put("TestMetadata", TestMetadata.test_all());
94 07 Mar 05 nicklas 142
1778 17 Jan 06 enell 143     // Plugins, jobs
1778 17 Jan 06 enell 144     results.put("TestPluginType", TestPluginType.test_all());
1778 17 Jan 06 enell 145     results.put("TestPluginDefinition", TestPluginDefinition.test_all());
1778 17 Jan 06 enell 146     results.put("TestPluginConfiguration", TestPluginConfiguration.test_all());
1778 17 Jan 06 enell 147     results.put("TestJob", TestJob.test_all());
2648 19 Sep 06 nicklas 148     results.put("TestJobAgent", TestJobAgent.test_all());
4372 04 Jul 08 nicklas 149     results.put("TestItemImporter", TestItemImporter.test_all());
1778 17 Jan 06 enell 150     results.put("TestReporterFlatFileImporter", TestReporterFlatFileImporter.test_all());
1778 17 Jan 06 enell 151     results.put("TestReporterMapFlatFileImporter", TestReporterMapFlatFileImporter.test_all());
1778 17 Jan 06 enell 152     results.put("TestPlateFlatFileImporter", TestPlateFlatFileImporter.test_all());
1778 17 Jan 06 enell 153     results.put("TestRawDataFlatFileImporter", TestRawDataFlatFileImporter.test_all());
1793 19 Jan 06 enell 154     results.put("TestPrintMapFlatFileImporter", TestPrintMapFlatFileImporter.test_all());
4239 22 Apr 08 nicklas 155     results.put("TestGalExporter", TestGalExporter.test_all());
3471 11 Jun 07 nicklas 156     results.put("TestDirty", TestDirty.test_all());
3626 03 Aug 07 nicklas 157     results.put("TestIlluminaImporter", TestIlluminaImporter.test_all());
5759 26 Sep 11 nicklas 158     results.put("TestGtfInputStream", TestGtfInputStream.test_all());
5764 27 Sep 11 nicklas 159     results.put("TestGtfImporters", TestGtfImporters.test_all());
1778 17 Jan 06 enell 160     
1470 14 Oct 05 nicklas 161     // Experiments
1555 02 Nov 05 nicklas 162     results.put("TestExtraValueType", TestExtraValueType.test_all());
2576 23 Aug 06 nicklas 163     results.put("TestFormula", TestFormula.test_all());
1470 14 Oct 05 nicklas 164     results.put("TestExperiment", TestExperiment.test_all());
4232 17 Apr 08 nicklas 165     
4232 17 Apr 08 nicklas 166     // Complex tests
7837 28 Aug 20 nicklas 167     results.put("TestSourceItemTransformer", TestSourceItemTransformer.test_all());
5228 03 Feb 10 nicklas 168     results.put("TestGenericOverview", TestGenericOverview.test_all());
5228 03 Feb 10 nicklas 169     
5228 03 Feb 10 nicklas 170     // Analysis test
5228 03 Feb 10 nicklas 171     TestAnalyzeUtil.setupExperiment();
5228 03 Feb 10 nicklas 172     results.put("TestBasicAnalysis", TestBasicAnalysis.test_all());
5974 17 Feb 12 nicklas 173     results.put("TestReporterCloneTemplate", TestReporterCloneTemplate.test_all());
5228 03 Feb 10 nicklas 174     results.put("TestIntensityCalculatorPlugin", TestIntensityCalculatorPlugin.test_all());
5228 03 Feb 10 nicklas 175     results.put("TestLowessNormalization", TestLowessNormalization.test_all());
5228 03 Feb 10 nicklas 176     results.put("TestMedianRatioNormalization", TestMedianRatioNormalization.test_all());
5233 04 Feb 10 nicklas 177     results.put("TestBaseFileExporterImporter", TestBaseFileExporterImporter.test_all());
5233 04 Feb 10 nicklas 178     results.put("TestBfsExporterImporter", TestBfsExporterImporter.test_all());
4232 17 Apr 08 nicklas 179     results.put("TestBase1PluginExecuter", TestBase1PluginExecuter.test_all());
5319 20 Apr 10 nicklas 180     results.put("TestExternalProgramExecutor", TestExternalProgramExecutor.test_all());
5228 03 Feb 10 nicklas 181     TestAnalyzeUtil.cleanupExperiment();
1470 14 Oct 05 nicklas 182
94 07 Mar 05 nicklas 183     int failures = 0;
94 07 Mar 05 nicklas 184     for (Map.Entry<String,Boolean> entry : results.entrySet())
94 07 Mar 05 nicklas 185     {
94 07 Mar 05 nicklas 186       if (!entry.getValue())
94 07 Mar 05 nicklas 187       {
94 07 Mar 05 nicklas 188         System.out.println(entry.getKey() + " FAILED");
94 07 Mar 05 nicklas 189         failures++;
94 07 Mar 05 nicklas 190       }
94 07 Mar 05 nicklas 191     }
94 07 Mar 05 nicklas 192     if (failures == 0)
94 07 Mar 05 nicklas 193     {
358 04 Apr 05 nicklas 194       System.out.println("++All "+(results.size())+" tests successful!");
94 07 Mar 05 nicklas 195     }
94 07 Mar 05 nicklas 196     else
94 07 Mar 05 nicklas 197     {
94 07 Mar 05 nicklas 198       System.out.println("++"+failures + " tests failed!");
94 07 Mar 05 nicklas 199       System.out.println("++"+(results.size()-failures) + " tests succeeded!");
94 07 Mar 05 nicklas 200     }
94 07 Mar 05 nicklas 201     System.out.print("++Cleaning up. Please wait...");
94 07 Mar 05 nicklas 202     TestUtil.stop();
94 07 Mar 05 nicklas 203     System.out.println("done!");
94 07 Mar 05 nicklas 204   }
94 07 Mar 05 nicklas 205
94 07 Mar 05 nicklas 206 }
94 07 Mar 05 nicklas 207

Generated on Sat Oct  7 02:41:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)