src/test/TestAnalyzeUtil.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1906 03 Feb 06 enell 1 /*
1906 03 Feb 06 enell 2   $Id$
1906 03 Feb 06 enell 3
5228 03 Feb 10 nicklas 4   Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
1906 03 Feb 06 enell 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
1906 03 Feb 06 enell 8
1906 03 Feb 06 enell 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1906 03 Feb 06 enell 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1906 03 Feb 06 enell 12   of the License, or (at your option) any later version.
1906 03 Feb 06 enell 13
1906 03 Feb 06 enell 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1906 03 Feb 06 enell 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1906 03 Feb 06 enell 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1906 03 Feb 06 enell 17   GNU General Public License for more details.
1906 03 Feb 06 enell 18
1906 03 Feb 06 enell 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1906 03 Feb 06 enell 21 */
5228 03 Feb 10 nicklas 22 import java.util.HashMap;
1906 03 Feb 06 enell 23 import java.util.List;
1906 03 Feb 06 enell 24 import java.util.Map;
1906 03 Feb 06 enell 25
4537 18 Sep 08 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.BioAssaySet;
1906 03 Feb 06 enell 27 import net.sf.basedb.core.DbControl;
1906 03 Feb 06 enell 28 import net.sf.basedb.core.Experiment;
5228 03 Feb 10 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.Formula;
1906 03 Feb 06 enell 30 import net.sf.basedb.core.Item;
4537 18 Sep 08 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
3820 12 Oct 07 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.Platform;
1906 03 Feb 06 enell 33 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
5228 03 Feb 10 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.RawDataType;
5228 03 Feb 10 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.Transformation;
5228 03 Feb 10 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.Type;
5228 03 Feb 10 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
4537 18 Sep 08 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
5228 03 Feb 10 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
5228 03 Feb 10 nicklas 40 import net.sf.basedb.util.ConsoleProgressReporter;
5228 03 Feb 10 nicklas 41 import net.sf.basedb.util.IntensityCalculator;
5228 03 Feb 10 nicklas 42 import net.sf.basedb.util.IntensityCalculatorUtil;
1906 03 Feb 06 enell 43
5228 03 Feb 10 nicklas 44 public class TestAnalyzeUtil
1906 03 Feb 06 enell 45 {
5228 03 Feb 10 nicklas 46   
5228 03 Feb 10 nicklas 47   private static Map<String, Integer> itemIds = new HashMap<String, Integer>();
5228 03 Feb 10 nicklas 48   private static boolean isSetup = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 49   
5228 03 Feb 10 nicklas 50   static int getItemId(String key)
1906 03 Feb 06 enell 51   {
5228 03 Feb 10 nicklas 52     Integer id = itemIds.get(key);
5228 03 Feb 10 nicklas 53     return id == null ? 0 : id;
5228 03 Feb 10 nicklas 54   }
5228 03 Feb 10 nicklas 55   
5228 03 Feb 10 nicklas 56   static void setItemId(String key, int id)
5228 03 Feb 10 nicklas 57   {
5228 03 Feb 10 nicklas 58     if (id != 0)
5228 03 Feb 10 nicklas 59     {
5228 03 Feb 10 nicklas 60       itemIds.put(key, id);
5228 03 Feb 10 nicklas 61     }
5228 03 Feb 10 nicklas 62   }
5228 03 Feb 10 nicklas 63   
5228 03 Feb 10 nicklas 64   static boolean hasItemId(String key)
5228 03 Feb 10 nicklas 65   {
5228 03 Feb 10 nicklas 66     return itemIds.containsKey(key);
5228 03 Feb 10 nicklas 67   }
5228 03 Feb 10 nicklas 68   
5228 03 Feb 10 nicklas 69   static boolean setupExperiment()
5228 03 Feb 10 nicklas 70   {
5228 03 Feb 10 nicklas 71     if (isSetup) return false;
5228 03 Feb 10 nicklas 72     write("++Setting up experiment");
5228 03 Feb 10 nicklas 73     // Import reporters
5228 03 Feb 10 nicklas 74     TestReporter.test_import_from_file("data/test.rawdata.import.txt", 
5228 03 Feb 10 nicklas 75         "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", "\\t", 4, 3);
5228 03 Feb 10 nicklas 76     
5228 03 Feb 10 nicklas 77     // Create array design
5228 03 Feb 10 nicklas 78     int arrayDesignId = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 79     TestArrayDesign.test_import_from_file(arrayDesignId, "data/test.rawdata.import.txt", 
5228 03 Feb 10 nicklas 80       "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", null, 0, 2, 1, 4);
5228 03 Feb 10 nicklas 81     setItemId("arraydesign.generic", arrayDesignId);
5228 03 Feb 10 nicklas 82     
5228 03 Feb 10 nicklas 83     // Create raw bioassays and import raw data
5748 19 Sep 11 nicklas 84     int rba1 = TestRawBioAssay.test_create(Platform.GENERIC, "genepix", "Genepix.1", 0, 0, 0, 0, arrayDesignId, false);
5748 19 Sep 11 nicklas 85     int rba2 = TestRawBioAssay.test_create(Platform.GENERIC, "genepix", "Genepix.2", 0, 0, 0, 0, arrayDesignId, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 86     TestRawBioAssay.test_import_from_file(rba1, "data/test.rawdata.import.txt");
5228 03 Feb 10 nicklas 87     TestRawBioAssay.test_import_from_file(rba2, "data/test.rawdata.import.txt");
5228 03 Feb 10 nicklas 88     setItemId("rawbioassay.generic.1", rba1);
5228 03 Feb 10 nicklas 89     setItemId("rawbioassay.generic.2", rba2);
5228 03 Feb 10 nicklas 90
5228 03 Feb 10 nicklas 91     // Experimental factors
5228 03 Feb 10 nicklas 92     int drugFactor = TestAnnotationType.test_create("Drug resistance", Type.STRING, 0, null, null, Item.RAWBIOASSAY, 1, new String[] { "high", "medium", "low" }, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 93     int tempFactor = TestAnnotationType.test_create("Temperature", Type.FLOAT, 0, null, null, Item.RAWBIOASSAY, 1, null, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 94     TestAnnotation.test_annotatate(Item.RAWBIOASSAY, rba1, drugFactor, 0, "medium");
5228 03 Feb 10 nicklas 95     TestAnnotation.test_annotatate(Item.RAWBIOASSAY, rba2, drugFactor, 0, "high");
5228 03 Feb 10 nicklas 96     TestAnnotation.test_annotatate(Item.RAWBIOASSAY, rba1, tempFactor, 0, 25.0);
5228 03 Feb 10 nicklas 97     TestAnnotation.test_annotatate(Item.RAWBIOASSAY, rba2, tempFactor, 0, 30.0);
5228 03 Feb 10 nicklas 98     setItemId("factor.drug-resistance", drugFactor);
5228 03 Feb 10 nicklas 99     setItemId("factor.temperature", tempFactor);
5228 03 Feb 10 nicklas 100     
5228 03 Feb 10 nicklas 101     // The experiment
5228 03 Feb 10 nicklas 102     int experiment1 = TestExperiment.test_create("genepix", true);
5228 03 Feb 10 nicklas 103     TestExperiment.test_add_experimental_factors(experiment1, drugFactor, tempFactor);
5228 03 Feb 10 nicklas 104     TestExperiment.test_add_rawbioassay(experiment1, rba1, rba2);
5228 03 Feb 10 nicklas 105     setItemId("experiment.genepix", experiment1);
5228 03 Feb 10 nicklas 106     
5228 03 Feb 10 nicklas 107     // Some other useful stuff - extra value types
5228 03 Feb 10 nicklas 108     int intExtraId = TestExtraValueType.test_create("test.int", Type.INT, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 109     int floatExtraId = TestExtraValueType.test_create("test.float", Type.FLOAT, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 110     int stringExtraId = TestExtraValueType.test_create("test.string", Type.STRING, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 111     setItemId("extravaluetype.int", intExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 112     setItemId("extravaluetype.float", floatExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 113     setItemId("extravaluetype.string", stringExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 114     
5228 03 Feb 10 nicklas 115     // formulas
5228 03 Feb 10 nicklas 116     int formulaId = TestFormula.test_create("Mean FG", Formula.Type.INTENSITY_EXPRESSION,
5228 03 Feb 10 nicklas 117         "genepix", new String[] { "raw('ch1FgMean')", "raw('ch2FgMean')" }, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 118     setItemId("formula.intensity.genepix.mean", formulaId);
5228 03 Feb 10 nicklas 119
5228 03 Feb 10 nicklas 120     // create a root bioassay set
5228 03 Feb 10 nicklas 121     int rootId = test_create_root_bioassayset(experiment1, "mean", "Default root");
5228 03 Feb 10 nicklas 122     setItemId("bioassayset.root", rootId);
5228 03 Feb 10 nicklas 123
5228 03 Feb 10 nicklas 124     isSetup = true;
5228 03 Feb 10 nicklas 125     return true;
5228 03 Feb 10 nicklas 126   }
5228 03 Feb 10 nicklas 127   
5228 03 Feb 10 nicklas 128   
5228 03 Feb 10 nicklas 129   static int test_create_root_bioassayset(int experimentId, String intensityFormula, String name)
5228 03 Feb 10 nicklas 130   {
5228 03 Feb 10 nicklas 131     if (experimentId == 0) return 0;
1906 03 Feb 06 enell 132     int id = 0;
1906 03 Feb 06 enell 133     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 134     long time;
1906 03 Feb 06 enell 135     try
1906 03 Feb 06 enell 136     {
1906 03 Feb 06 enell 137       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 138       Experiment e = Experiment.getById(dc, experimentId);
5228 03 Feb 10 nicklas 139       
5228 03 Feb 10 nicklas 140       List<RawBioAssay> rbaCollection = e.getRawBioAssays().list(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 141       
5228 03 Feb 10 nicklas 142       RawDataType rdt = e.getRawDataType();
5228 03 Feb 10 nicklas 143       IntensityCalculator iCalc = IntensityCalculatorUtil.createJepIntensityCalculator(
5228 03 Feb 10 nicklas 144         dc, rdt, rdt.getIntensityFormula(intensityFormula).getExpressions());
5228 03 Feb 10 nicklas 145       
5228 03 Feb 10 nicklas 146       time = System.currentTimeMillis();
5228 03 Feb 10 nicklas 147       BioAssaySet root = IntensityCalculatorUtil.createRootBioAssaySet(
5228 03 Feb 10 nicklas 148         dc, e, rbaCollection, null, iCalc, TestUtil.getSilent() ? null : new ConsoleProgressReporter());
5228 03 Feb 10 nicklas 149       root.setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 150       root.getTransformation().setName(name);
1906 03 Feb 06 enell 151       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 152
5228 03 Feb 10 nicklas 153       time = System.currentTimeMillis()-time;
5228 03 Feb 10 nicklas 154       int numSpots = root.getNumSpots();
5228 03 Feb 10 nicklas 155       id = root.getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 156       write("--Create root bioassayset using calculator OK ("+numSpots+" spots inserted; "+time+" ms)");
1906 03 Feb 06 enell 157     }
1906 03 Feb 06 enell 158     catch (Throwable ex)
1906 03 Feb 06 enell 159     {
5228 03 Feb 10 nicklas 160       write("--Create root bioassayset using calculator FAILED");
1906 03 Feb 06 enell 161       ex.printStackTrace();
1906 03 Feb 06 enell 162     }
1906 03 Feb 06 enell 163     finally
1906 03 Feb 06 enell 164     {
1906 03 Feb 06 enell 165       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 166     }
1906 03 Feb 06 enell 167     return id;
1906 03 Feb 06 enell 168   }
1906 03 Feb 06 enell 169   
5228 03 Feb 10 nicklas 170   static int clone_bioassay_set(int bioassayset_id, String cloneName)
1906 03 Feb 06 enell 171   {
5228 03 Feb 10 nicklas 172     if (bioassayset_id == 0) return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 173     int id = 0;
1906 03 Feb 06 enell 174     DbControl dc = null;
1906 03 Feb 06 enell 175     try
1906 03 Feb 06 enell 176     {
1906 03 Feb 06 enell 177       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 178       BioAssaySet bas = BioAssaySet.getById(dc, bioassayset_id);
5228 03 Feb 10 nicklas 179       
5228 03 Feb 10 nicklas 180       Transformation t = bas.newTransformation(null);
5228 03 Feb 10 nicklas 181       t.setName(cloneName);
5228 03 Feb 10 nicklas 182       BioAssaySet clone = t.newProduct(null, null, true);
5228 03 Feb 10 nicklas 183       clone.setName(cloneName);
5228 03 Feb 10 nicklas 184       dc.saveItem(t);
5228 03 Feb 10 nicklas 185       dc.saveItem(clone);
5228 03 Feb 10 nicklas 186       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 187       id = clone.getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 188
5228 03 Feb 10 nicklas 189       write("--Clone bioassayset OK ("+cloneName+")");
1906 03 Feb 06 enell 190     }
1906 03 Feb 06 enell 191     catch (Throwable ex)
1906 03 Feb 06 enell 192     {
5384 13 Aug 10 nicklas 193       write("--Clone bioassayset FAILED ("+cloneName+")");
1906 03 Feb 06 enell 194       ex.printStackTrace();
1906 03 Feb 06 enell 195     }
1906 03 Feb 06 enell 196     finally
1906 03 Feb 06 enell 197     {
1906 03 Feb 06 enell 198       if (dc != null) dc.close();
1906 03 Feb 06 enell 199     }
1906 03 Feb 06 enell 200     return id;
5228 03 Feb 10 nicklas 201     
1906 03 Feb 06 enell 202   }
1906 03 Feb 06 enell 203   
5230 04 Feb 10 nicklas 204   static boolean test_delete_bioassayset(int bioAssaySetId)
5230 04 Feb 10 nicklas 205   {
5230 04 Feb 10 nicklas 206     if (bioAssaySetId == 0) return true;
5230 04 Feb 10 nicklas 207     boolean ok = true;
5230 04 Feb 10 nicklas 208     DbControl dc = null;
5230 04 Feb 10 nicklas 209     try
5230 04 Feb 10 nicklas 210     {
5230 04 Feb 10 nicklas 211       dc = TestUtil.getDbControl();
5230 04 Feb 10 nicklas 212       BioAssaySet bas = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5230 04 Feb 10 nicklas 213       dc.deleteItem(bas);
5230 04 Feb 10 nicklas 214       dc.commit();
5230 04 Feb 10 nicklas 215       write("--Delete bioassayset OK");
5230 04 Feb 10 nicklas 216     }
5230 04 Feb 10 nicklas 217     catch (Throwable ex)
5230 04 Feb 10 nicklas 218     {
5230 04 Feb 10 nicklas 219       write("--Delete bioassayset FAILED");
5230 04 Feb 10 nicklas 220       ex.printStackTrace();
5230 04 Feb 10 nicklas 221       ok = false;
5230 04 Feb 10 nicklas 222     }
5230 04 Feb 10 nicklas 223     finally
5230 04 Feb 10 nicklas 224     {
5230 04 Feb 10 nicklas 225       if (dc != null) dc.close();
5230 04 Feb 10 nicklas 226     }
5230 04 Feb 10 nicklas 227     return ok;
5230 04 Feb 10 nicklas 228   }
5230 04 Feb 10 nicklas 229   
5228 03 Feb 10 nicklas 230   static void cleanupExperiment()
5228 03 Feb 10 nicklas 231   {
5228 03 Feb 10 nicklas 232     if (!isSetup) return;
5228 03 Feb 10 nicklas 233     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
5228 03 Feb 10 nicklas 234     write("--Cleaning up experiment");
5228 03 Feb 10 nicklas 235     
5228 03 Feb 10 nicklas 236     TestExperiment.test_delete(getItemId("experiment.genepix"));
5228 03 Feb 10 nicklas 237     TestRawBioAssay.test_delete(getItemId("rawbioassay.generic.1"));
5228 03 Feb 10 nicklas 238     TestRawBioAssay.test_delete(getItemId("rawbioassay.generic.2"));
5228 03 Feb 10 nicklas 239     
5228 03 Feb 10 nicklas 240     TestAnnotationType.test_delete(getItemId("factor.drug-resistance"));
5228 03 Feb 10 nicklas 241     TestAnnotationType.test_delete(getItemId("factor.temperature"));
5228 03 Feb 10 nicklas 242     TestExtraValueType.test_delete(getItemId("extravaluetype.int"));
5228 03 Feb 10 nicklas 243     TestExtraValueType.test_delete(getItemId("extravaluetype.float"));
5228 03 Feb 10 nicklas 244     TestExtraValueType.test_delete(getItemId("extravaluetype.string"));
5228 03 Feb 10 nicklas 245     TestFormula.test_delete(getItemId("formula.intensity"));
5228 03 Feb 10 nicklas 246
5228 03 Feb 10 nicklas 247     TestArrayDesign.test_delete(getItemId("arraydesign.generic"));
5228 03 Feb 10 nicklas 248     
5228 03 Feb 10 nicklas 249     TestReporter.test_delete();
5228 03 Feb 10 nicklas 250   }
5228 03 Feb 10 nicklas 251   
5228 03 Feb 10 nicklas 252   static int getBioAssaySetIdByName(int experimentId, String name)
5228 03 Feb 10 nicklas 253   {
5228 03 Feb 10 nicklas 254     if (experimentId == 0) return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 255     int id = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 256     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 257     try
5228 03 Feb 10 nicklas 258     {
5228 03 Feb 10 nicklas 259       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 260       Experiment e = Experiment.getById(dc, experimentId);
5228 03 Feb 10 nicklas 261       ItemQuery<BioAssaySet> query = e.getBioAssaySets();
5228 03 Feb 10 nicklas 262       query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("name"), Expressions.string(name)));
5228 03 Feb 10 nicklas 263       List<BioAssaySet> list = query.list(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 264       if (list.size() > 0) id = list.get(0).getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 265       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 266     }
5228 03 Feb 10 nicklas 267     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 268     {
5228 03 Feb 10 nicklas 269       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 270     }
5228 03 Feb 10 nicklas 271     return id;
5228 03 Feb 10 nicklas 272   }
5228 03 Feb 10 nicklas 273   
1906 03 Feb 06 enell 274   static void write(String message)
1906 03 Feb 06 enell 275   {
1906 03 Feb 06 enell 276     System.out.println(message);
1906 03 Feb 06 enell 277   }
1906 03 Feb 06 enell 278 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)