src/test/TestArrayBatch.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
982 21 Jul 05 enell 1 /*
982 21 Jul 05 enell 2   $Id$
982 21 Jul 05 enell 3   
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Johan Enell, Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen
982 21 Jul 05 enell 6   
2304 22 May 06 jari 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 8   Available at http://base.thep.lu.se/
982 21 Jul 05 enell 9   
982 21 Jul 05 enell 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
982 21 Jul 05 enell 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
982 21 Jul 05 enell 13   of the License, or (at your option) any later version.
982 21 Jul 05 enell 14   
982 21 Jul 05 enell 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
982 21 Jul 05 enell 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
982 21 Jul 05 enell 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
982 21 Jul 05 enell 18   GNU General Public License for more details.
982 21 Jul 05 enell 19   
982 21 Jul 05 enell 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
982 21 Jul 05 enell 22 */
982 21 Jul 05 enell 23
974 20 Jul 05 enell 24 import java.util.Date;
5340 10 May 10 nicklas 25 import java.util.Set;
974 20 Jul 05 enell 26
974 20 Jul 05 enell 27 import net.sf.basedb.core.ArrayBatch;
974 20 Jul 05 enell 28 import net.sf.basedb.core.ArrayDesign;
974 20 Jul 05 enell 29 import net.sf.basedb.core.BaseException;
974 20 Jul 05 enell 30 import net.sf.basedb.core.DbControl;
974 20 Jul 05 enell 31 import net.sf.basedb.core.Item;
5340 10 May 10 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.ItemProxy;
974 20 Jul 05 enell 33 import net.sf.basedb.core.Permission;
1418 07 Oct 05 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
1418 07 Oct 05 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
3820 12 Oct 07 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.Platform;
4434 02 Sep 08 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.Trashcan;
974 20 Jul 05 enell 38
974 20 Jul 05 enell 39 public class TestArrayBatch
974 20 Jul 05 enell 40 {
974 20 Jul 05 enell 41
974 20 Jul 05 enell 42   static boolean ok = true;
974 20 Jul 05 enell 43   public static void main(String[] args)
974 20 Jul 05 enell 44   {
974 20 Jul 05 enell 45     TestUtil.checkArgs(args);
974 20 Jul 05 enell 46     TestUtil.begin();
974 20 Jul 05 enell 47     ok = test_all();
974 20 Jul 05 enell 48     TestUtil.stop();
974 20 Jul 05 enell 49   }
974 20 Jul 05 enell 50
974 20 Jul 05 enell 51   public static boolean test_all()
974 20 Jul 05 enell 52   {
974 20 Jul 05 enell 53     write("++Testing array batch");
974 20 Jul 05 enell 54     write_header();
974 20 Jul 05 enell 55     // Standard tests: create, load, list
3820 12 Oct 07 nicklas 56     int arraydesign_id = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
1116 23 Aug 05 nicklas 57     int id = test_create(arraydesign_id, true);
1116 23 Aug 05 nicklas 58     int id2 = test_create(arraydesign_id, false);
974 20 Jul 05 enell 59     test_load(id);
974 20 Jul 05 enell 60     test_list(-1);
974 20 Jul 05 enell 61
974 20 Jul 05 enell 62     // Extra tests:
974 20 Jul 05 enell 63
1529 27 Oct 05 nicklas 64     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
1529 27 Oct 05 nicklas 65
974 20 Jul 05 enell 66     // Standard test: Delete
974 20 Jul 05 enell 67     test_delete(id);
974 20 Jul 05 enell 68     test_delete(id2);
974 20 Jul 05 enell 69     TestArrayDesign.test_delete(arraydesign_id);
974 20 Jul 05 enell 70     write("++Testing array batch "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
974 20 Jul 05 enell 71     return ok;
974 20 Jul 05 enell 72   }
974 20 Jul 05 enell 73
5696 12 Aug 11 nicklas 74   static boolean test_list(int expectedResults)
974 20 Jul 05 enell 75   {
974 20 Jul 05 enell 76     DbControl dc = null;
974 20 Jul 05 enell 77     try
974 20 Jul 05 enell 78     {
974 20 Jul 05 enell 79       dc = TestUtil.getDbControl();
1418 07 Oct 05 nicklas 80       ItemQuery<ArrayBatch> q = ArrayBatch.getQuery();
1418 07 Oct 05 nicklas 81       ItemResultList<ArrayBatch> l = q.list(dc);
974 20 Jul 05 enell 82       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
974 20 Jul 05 enell 83       {
1418 07 Oct 05 nicklas 84         write_item(i, l.get(i));
974 20 Jul 05 enell 85       }
974 20 Jul 05 enell 86
974 20 Jul 05 enell 87       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
974 20 Jul 05 enell 88       {
974 20 Jul 05 enell 89         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
974 20 Jul 05 enell 90       }
974 20 Jul 05 enell 91       write("--List array batches OK ("+l.size()+")");
974 20 Jul 05 enell 92     }
974 20 Jul 05 enell 93     catch (Exception ex)
974 20 Jul 05 enell 94     {
974 20 Jul 05 enell 95       write("--List array batches FAILED");
974 20 Jul 05 enell 96       ex.printStackTrace();
974 20 Jul 05 enell 97       ok = false;
5696 12 Aug 11 nicklas 98       return false;
974 20 Jul 05 enell 99     }
974 20 Jul 05 enell 100     finally
974 20 Jul 05 enell 101     {
974 20 Jul 05 enell 102       if (dc != null) dc.close();
974 20 Jul 05 enell 103     }
5696 12 Aug 11 nicklas 104     return true;
974 20 Jul 05 enell 105   }
974 20 Jul 05 enell 106
982 21 Jul 05 enell 107   static void test_delete(int id)
974 20 Jul 05 enell 108   {
974 20 Jul 05 enell 109     if (id == 0) return;
974 20 Jul 05 enell 110     DbControl dc = null;
974 20 Jul 05 enell 111     try
974 20 Jul 05 enell 112     {
974 20 Jul 05 enell 113       dc = TestUtil.getDbControl();
974 20 Jul 05 enell 114       ArrayBatch ab = ArrayBatch.getById(dc, id);
974 20 Jul 05 enell 115       dc.deleteItem(ab);
5340 10 May 10 nicklas 116       Set<ItemProxy> using = ab.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 117       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 118       {
5340 10 May 10 nicklas 119          throw new BaseException(ab + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 120       }
974 20 Jul 05 enell 121       dc.commit();
974 20 Jul 05 enell 122       write("--Delete array batch OK");
974 20 Jul 05 enell 123     }
974 20 Jul 05 enell 124     catch (Exception ex)
974 20 Jul 05 enell 125     {
974 20 Jul 05 enell 126       write("--Delete array batch FAILED");
974 20 Jul 05 enell 127       ex.printStackTrace();
974 20 Jul 05 enell 128       ok = false;
974 20 Jul 05 enell 129     }
974 20 Jul 05 enell 130     finally
974 20 Jul 05 enell 131     {
974 20 Jul 05 enell 132       if (dc != null) dc.close();
974 20 Jul 05 enell 133     }
974 20 Jul 05 enell 134     
974 20 Jul 05 enell 135   }
974 20 Jul 05 enell 136
4434 02 Sep 08 nicklas 137   static void test_load(int id)
974 20 Jul 05 enell 138   {
974 20 Jul 05 enell 139     if (id == 0) return;
974 20 Jul 05 enell 140     DbControl dc = null;
974 20 Jul 05 enell 141     try
974 20 Jul 05 enell 142     {
974 20 Jul 05 enell 143       dc = TestUtil.getDbControl();
974 20 Jul 05 enell 144       ArrayBatch ab = ArrayBatch.getById(dc, id);
974 20 Jul 05 enell 145       write_item(0, ab);
974 20 Jul 05 enell 146       write("--Load array batch OK");
974 20 Jul 05 enell 147     }
974 20 Jul 05 enell 148     catch (Exception ex)
974 20 Jul 05 enell 149     {
974 20 Jul 05 enell 150       write("--Load array batch FAILED");
974 20 Jul 05 enell 151       ex.printStackTrace();
974 20 Jul 05 enell 152       ok = false;
974 20 Jul 05 enell 153     }
974 20 Jul 05 enell 154     finally
974 20 Jul 05 enell 155     {
974 20 Jul 05 enell 156       if (dc != null) dc.close();
974 20 Jul 05 enell 157     }
974 20 Jul 05 enell 158   }
974 20 Jul 05 enell 159
1116 23 Aug 05 nicklas 160   public static int test_create(int arraydesign_id, boolean setAll)
974 20 Jul 05 enell 161   {
974 20 Jul 05 enell 162     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ARRAYBATCH)) return 0;
974 20 Jul 05 enell 163     int id = 0;
974 20 Jul 05 enell 164     DbControl dc = null;
974 20 Jul 05 enell 165     try
974 20 Jul 05 enell 166     {
974 20 Jul 05 enell 167       dc = TestUtil.getDbControl();
974 20 Jul 05 enell 168       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arraydesign_id);
974 20 Jul 05 enell 169       ArrayBatch ab = ad.newArrayBatch();
1116 23 Aug 05 nicklas 170       if (setAll)
974 20 Jul 05 enell 171       {
974 20 Jul 05 enell 172         ab.setName("Test array batch");
974 20 Jul 05 enell 173         ab.setDescription("Added at "+new Date());
974 20 Jul 05 enell 174       }
974 20 Jul 05 enell 175       dc.saveItem(ab);
974 20 Jul 05 enell 176       dc.commit();
974 20 Jul 05 enell 177       id = ab.getId();
974 20 Jul 05 enell 178       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 179       dc.reattachItem(ab, false);
974 20 Jul 05 enell 180       write_item(0, ab);
974 20 Jul 05 enell 181       write("--Create array batch OK");
974 20 Jul 05 enell 182     }
974 20 Jul 05 enell 183     catch (Throwable  ex)
974 20 Jul 05 enell 184     {
974 20 Jul 05 enell 185       write("--Create array batch FAILED");
974 20 Jul 05 enell 186       ex.printStackTrace();
974 20 Jul 05 enell 187       ok = false;
974 20 Jul 05 enell 188     }
974 20 Jul 05 enell 189     finally
974 20 Jul 05 enell 190     {
974 20 Jul 05 enell 191       if (dc != null) dc.close();
974 20 Jul 05 enell 192     }
974 20 Jul 05 enell 193     return id;
974 20 Jul 05 enell 194   }
974 20 Jul 05 enell 195
4434 02 Sep 08 nicklas 196   static void test_delete_all()
4434 02 Sep 08 nicklas 197   {
4434 02 Sep 08 nicklas 198     DbControl dc = null;
4434 02 Sep 08 nicklas 199     try
4434 02 Sep 08 nicklas 200     {
4434 02 Sep 08 nicklas 201       dc = TestUtil.getDbControl();
4434 02 Sep 08 nicklas 202       ItemResultList<ArrayBatch> l = ArrayBatch.getQuery().list(dc);
5688 10 Aug 11 nicklas 203       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 204       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
4434 02 Sep 08 nicklas 205       dc.commit();
4434 02 Sep 08 nicklas 206       write("--Delete all array batches OK ("+l.size()+")");
4434 02 Sep 08 nicklas 207     }
4434 02 Sep 08 nicklas 208     catch (Throwable ex)
4434 02 Sep 08 nicklas 209     {
4434 02 Sep 08 nicklas 210       write("--Delete all array batches FAILED");
4434 02 Sep 08 nicklas 211       ex.printStackTrace();
4434 02 Sep 08 nicklas 212       ok = false;
4434 02 Sep 08 nicklas 213     }
4434 02 Sep 08 nicklas 214     finally
4434 02 Sep 08 nicklas 215     {
4434 02 Sep 08 nicklas 216       if (dc != null) dc.close();
4434 02 Sep 08 nicklas 217     }
4434 02 Sep 08 nicklas 218   }
4434 02 Sep 08 nicklas 219
974 20 Jul 05 enell 220   static void write_header()
974 20 Jul 05 enell 221   {
974 20 Jul 05 enell 222     if (!TestUtil.getSilent())
974 20 Jul 05 enell 223     {
974 20 Jul 05 enell 224       write("   \tID \tName      \tDescription\tArray design");
974 20 Jul 05 enell 225       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t------------");
974 20 Jul 05 enell 226     }
974 20 Jul 05 enell 227   }
974 20 Jul 05 enell 228   
974 20 Jul 05 enell 229   static void write_item(int i, ArrayBatch ab)
974 20 Jul 05 enell 230     throws BaseException
974 20 Jul 05 enell 231   {
974 20 Jul 05 enell 232     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+ab.getId()+"\t"+ab.getName()+"\t"+
974 20 Jul 05 enell 233       ab.getDescription()+"\t"+ab.getArrayDesign());
974 20 Jul 05 enell 234   }
974 20 Jul 05 enell 235   
974 20 Jul 05 enell 236   static void write(String message)
974 20 Jul 05 enell 237   {
974 20 Jul 05 enell 238     System.out.println(message);
974 20 Jul 05 enell 239   }
974 20 Jul 05 enell 240 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)