src/test/TestArrayDesign.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
739 09 Jun 05 nicklas 1 /*
739 09 Jun 05 nicklas 2   $Id$
739 09 Jun 05 nicklas 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Johan Enell, Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
739 09 Jun 05 nicklas 7
2304 22 May 06 jari 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 9   Available at http://base.thep.lu.se/
739 09 Jun 05 nicklas 10
739 09 Jun 05 nicklas 11   BASE is free software; you can redistribute it and/or
739 09 Jun 05 nicklas 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
739 09 Jun 05 nicklas 14   of the License, or (at your option) any later version.
739 09 Jun 05 nicklas 15
739 09 Jun 05 nicklas 16   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
739 09 Jun 05 nicklas 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
739 09 Jun 05 nicklas 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
739 09 Jun 05 nicklas 19   GNU General Public License for more details.
739 09 Jun 05 nicklas 20
739 09 Jun 05 nicklas 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
739 09 Jun 05 nicklas 23 */
1401 04 Oct 05 enell 24 import net.sf.basedb.core.ArrayDesign;
1401 04 Oct 05 enell 25 import net.sf.basedb.core.ArrayDesignBlock;
1401 04 Oct 05 enell 26 import net.sf.basedb.core.BaseException;
1401 04 Oct 05 enell 27 import net.sf.basedb.core.BlockInfo;
5026 28 Jul 09 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.DataQuery;
1401 04 Oct 05 enell 29 import net.sf.basedb.core.DbControl;
1401 04 Oct 05 enell 30 import net.sf.basedb.core.Feature;
1401 04 Oct 05 enell 31 import net.sf.basedb.core.FeatureBatcher;
4093 18 Jan 08 enell 32 import net.sf.basedb.core.FeatureIdentificationMethod;
3820 12 Oct 07 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.File;
3820 12 Oct 07 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.FileSetMember;
3820 12 Oct 07 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.DataFileType;
1401 04 Oct 05 enell 36 import net.sf.basedb.core.Item;
4097 23 Jan 08 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException;
5764 27 Sep 11 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.ItemNotFoundException;
5340 10 May 10 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.ItemProxy;
1401 04 Oct 05 enell 40 import net.sf.basedb.core.Permission;
1418 07 Oct 05 nicklas 41 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
1418 07 Oct 05 nicklas 42 import net.sf.basedb.core.DataResultIterator;
1719 15 Dec 05 enell 43 import net.sf.basedb.core.Plate;
3820 12 Oct 07 nicklas 44 import net.sf.basedb.core.Platform;
5764 27 Sep 11 nicklas 45 import net.sf.basedb.core.PlatformVariant;
1534 27 Oct 05 enell 46 import net.sf.basedb.core.Reporter;
1401 04 Oct 05 enell 47 import net.sf.basedb.core.ReporterBatcher;
1418 07 Oct 05 nicklas 48 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
4434 02 Sep 08 nicklas 49 import net.sf.basedb.core.Trashcan;
1719 15 Dec 05 enell 50 import net.sf.basedb.core.Well;
1143 29 Aug 05 nicklas 51 import net.sf.basedb.core.data.FeatureData;
1143 29 Aug 05 nicklas 52 import net.sf.basedb.core.data.ReporterData;
5026 28 Jul 09 nicklas 53 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
1143 29 Aug 05 nicklas 54 import net.sf.basedb.util.FileUtil;
2203 28 Apr 06 nicklas 55 import net.sf.basedb.util.parser.FlatFileParser;
739 09 Jun 05 nicklas 56
1534 27 Oct 05 enell 57 import java.util.ArrayList;
739 09 Jun 05 nicklas 58 import java.util.Date;
4434 02 Sep 08 nicklas 59 import java.util.List;
5340 10 May 10 nicklas 60 import java.util.Set;
1143 29 Aug 05 nicklas 61 import java.util.regex.Pattern;
739 09 Jun 05 nicklas 62
739 09 Jun 05 nicklas 63 public class TestArrayDesign
739 09 Jun 05 nicklas 64 {
739 09 Jun 05 nicklas 65
739 09 Jun 05 nicklas 66   static boolean ok = true;
739 09 Jun 05 nicklas 67   public static void main(String[] args)
739 09 Jun 05 nicklas 68   {
739 09 Jun 05 nicklas 69     TestUtil.checkArgs(args);
739 09 Jun 05 nicklas 70     TestUtil.begin();
739 09 Jun 05 nicklas 71     ok = test_all();
739 09 Jun 05 nicklas 72     TestUtil.stop();
739 09 Jun 05 nicklas 73   }
739 09 Jun 05 nicklas 74
739 09 Jun 05 nicklas 75   static boolean test_all()
739 09 Jun 05 nicklas 76   {
739 09 Jun 05 nicklas 77     write("++Testing array design");
739 09 Jun 05 nicklas 78     write_header();
739 09 Jun 05 nicklas 79     // Standard tests: create, load, list
3820 12 Oct 07 nicklas 80     int id = test_create(Platform.GENERIC, true);
3820 12 Oct 07 nicklas 81     int id2 = test_create(Platform.GENERIC, false);
3820 12 Oct 07 nicklas 82     int id3 = test_create(Platform.AFFYMETRIX, true);
3820 12 Oct 07 nicklas 83     int id4 = test_create(Platform.AFFYMETRIX, false);
4093 18 Jan 08 enell 84     int id6 = test_create(Platform.GENERIC, false);
739 09 Jun 05 nicklas 85     test_load(id);
739 09 Jun 05 nicklas 86     test_list(-1);
739 09 Jun 05 nicklas 87
2959 27 Nov 06 nicklas 88     TestReporter.test_import_from_file("data/test.reportermap.import.txt", 
3626 03 Aug 07 nicklas 89       "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"ID\"\\t\"Name\".*", "\\t", 3, 4);
2959 27 Nov 06 nicklas 90     test_import_from_file(id2, "data/test.reportermap.import.txt", 
4246 24 Apr 08 nicklas 91       "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"ID\"\\t\"Name\".*", null, 0, 2, 1, 3);
4093 18 Jan 08 enell 92     test_add_features(id, FeatureIdentificationMethod.COORDINATES, 10);
4093 18 Jan 08 enell 93     test_add_features(id6, FeatureIdentificationMethod.FEATURE_ID, 10);
1143 29 Aug 05 nicklas 94
1143 29 Aug 05 nicklas 95     write_feature_header();
1143 29 Aug 05 nicklas 96     test_list_features(id, -1);
1143 29 Aug 05 nicklas 97     test_list_features(id3, -1);
1719 15 Dec 05 enell 98     
1719 15 Dec 05 enell 99     // Create arraydesign with wells
2959 27 Nov 06 nicklas 100     TestReporter.test_import_from_file("data/test.plate96.import.txt", 
3626 03 Aug 07 nicklas 101       "Plate\\tRow\\tColumn\\tCluster ID\\tClone ID\\tGene Symbol\\tBarcode", "\\t", 4, 5);
1719 15 Dec 05 enell 102     int plateGeometry = TestPlateGeometry.test_create(8, 12, false);
1719 15 Dec 05 enell 103     int plateType = TestPlateType.test_create(plateGeometry, false);
2959 27 Nov 06 nicklas 104     int[] plateIds = TestPlate.test_import_from_file("data/test.plate96.import.txt", 
2959 27 Nov 06 nicklas 105       "Plate\\tRow\\tColumn\\tCluster ID\\tClone ID\\tGene Symbol\\tBarcode", plateType, 0, 1, 2, 4);
3820 12 Oct 07 nicklas 106     int id5 = test_create(Platform.GENERIC, false);
1719 15 Dec 05 enell 107     test_add_plates(id5, plateIds);
1719 15 Dec 05 enell 108     
1719 15 Dec 05 enell 109     write_plate_header();
1719 15 Dec 05 enell 110     test_list_plates(id5, plateIds.length);
1719 15 Dec 05 enell 111     
1719 15 Dec 05 enell 112     test_add_features_from_wells(id5, plateIds, 10);
1719 15 Dec 05 enell 113     
3820 12 Oct 07 nicklas 114     // Array designs with data in files
3820 12 Oct 07 nicklas 115     int cdfId = TestFile.test_create("data/test.affymetrix.cdf", false, false);
3820 12 Oct 07 nicklas 116     test_set_file(id3, DataFileType.AFFYMETRIX_CDF, cdfId);
3820 12 Oct 07 nicklas 117     test_list_files(id3, 1);
3820 12 Oct 07 nicklas 118
1529 27 Oct 05 nicklas 119     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
739 09 Jun 05 nicklas 120     // Standard test: Delete
739 09 Jun 05 nicklas 121     test_delete(id);
739 09 Jun 05 nicklas 122     test_delete(id2);
974 20 Jul 05 enell 123     test_delete(id3);
974 20 Jul 05 enell 124     test_delete(id4);
1719 15 Dec 05 enell 125     test_delete(id5);
4093 18 Jan 08 enell 126     test_delete(id6);
1143 29 Aug 05 nicklas 127     
1719 15 Dec 05 enell 128     TestPlate.test_delete_all();
1719 15 Dec 05 enell 129     TestPlateType.test_delete(plateType);
1719 15 Dec 05 enell 130     TestPlateGeometry.test_delete(plateGeometry);
3820 12 Oct 07 nicklas 131     TestFile.test_delete(cdfId);
1143 29 Aug 05 nicklas 132     TestReporter.test_delete();
1143 29 Aug 05 nicklas 133
739 09 Jun 05 nicklas 134     write("++Testing array design "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
739 09 Jun 05 nicklas 135     return ok;
739 09 Jun 05 nicklas 136   }
739 09 Jun 05 nicklas 137
3820 12 Oct 07 nicklas 138   static int test_create(String platformId, boolean setAll)
739 09 Jun 05 nicklas 139   {
739 09 Jun 05 nicklas 140     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ARRAYDESIGN)) return 0;
739 09 Jun 05 nicklas 141     int id = 0;
739 09 Jun 05 nicklas 142     DbControl dc = null;
739 09 Jun 05 nicklas 143     try
739 09 Jun 05 nicklas 144     {
739 09 Jun 05 nicklas 145       dc = TestUtil.getDbControl();
5764 27 Sep 11 nicklas 146       ArrayDesign ad = null;
5764 27 Sep 11 nicklas 147       try
5764 27 Sep 11 nicklas 148       {
5764 27 Sep 11 nicklas 149         Platform platform = Platform.getByExternalId(dc, platformId);
5764 27 Sep 11 nicklas 150         ad = ArrayDesign.getNew(dc, platform);
5764 27 Sep 11 nicklas 151       }
5764 27 Sep 11 nicklas 152       catch (ItemNotFoundException ex)
5764 27 Sep 11 nicklas 153       {
5764 27 Sep 11 nicklas 154         PlatformVariant variant = PlatformVariant.getByExternalId(dc, platformId);
5764 27 Sep 11 nicklas 155         ad = ArrayDesign.getNew(dc, variant);
5764 27 Sep 11 nicklas 156       }
739 09 Jun 05 nicklas 157       if (setAll)
739 09 Jun 05 nicklas 158       {
744 10 Jun 05 nicklas 159         ad.setName("Test array design");
739 09 Jun 05 nicklas 160         ad.setDescription("Added at "+new Date());
739 09 Jun 05 nicklas 161       }
739 09 Jun 05 nicklas 162       dc.saveItem(ad);
739 09 Jun 05 nicklas 163       dc.commit();
739 09 Jun 05 nicklas 164       id = ad.getId();
3820 12 Oct 07 nicklas 165       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 166       dc.reattachItem(ad, false);
739 09 Jun 05 nicklas 167       write_item(0, ad);
739 09 Jun 05 nicklas 168       write("--Create array design OK");
739 09 Jun 05 nicklas 169     }
739 09 Jun 05 nicklas 170     catch (Throwable ex)
739 09 Jun 05 nicklas 171     {
739 09 Jun 05 nicklas 172       write("--Create array design FAILED");
739 09 Jun 05 nicklas 173       ex.printStackTrace();
739 09 Jun 05 nicklas 174       ok = false;
739 09 Jun 05 nicklas 175     }
739 09 Jun 05 nicklas 176     finally
739 09 Jun 05 nicklas 177     {
739 09 Jun 05 nicklas 178       if (dc != null) dc.close();
739 09 Jun 05 nicklas 179     }
739 09 Jun 05 nicklas 180     return id;
739 09 Jun 05 nicklas 181   }
739 09 Jun 05 nicklas 182
739 09 Jun 05 nicklas 183   static void test_load(int id)
739 09 Jun 05 nicklas 184   {
739 09 Jun 05 nicklas 185     if (id == 0) return;
739 09 Jun 05 nicklas 186     DbControl dc = null;
739 09 Jun 05 nicklas 187     try
739 09 Jun 05 nicklas 188     {
739 09 Jun 05 nicklas 189       dc = TestUtil.getDbControl();
739 09 Jun 05 nicklas 190       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, id);
739 09 Jun 05 nicklas 191       write_item(0, ad);
739 09 Jun 05 nicklas 192       write("--Load array design OK");
739 09 Jun 05 nicklas 193     }
739 09 Jun 05 nicklas 194     catch (Throwable ex)
739 09 Jun 05 nicklas 195     {
739 09 Jun 05 nicklas 196       write("--Load array design FAILED");
739 09 Jun 05 nicklas 197       ex.printStackTrace();
739 09 Jun 05 nicklas 198       ok = false;
739 09 Jun 05 nicklas 199     }
739 09 Jun 05 nicklas 200     finally
739 09 Jun 05 nicklas 201     {
739 09 Jun 05 nicklas 202       if (dc != null) dc.close();
739 09 Jun 05 nicklas 203     }
739 09 Jun 05 nicklas 204   }
739 09 Jun 05 nicklas 205
739 09 Jun 05 nicklas 206
5696 12 Aug 11 nicklas 207   static boolean test_list(int expectedResults)
739 09 Jun 05 nicklas 208   {
739 09 Jun 05 nicklas 209     DbControl dc = null;
739 09 Jun 05 nicklas 210     try
739 09 Jun 05 nicklas 211     {
739 09 Jun 05 nicklas 212       dc = TestUtil.getDbControl();
1418 07 Oct 05 nicklas 213       ItemQuery<ArrayDesign> q = ArrayDesign.getQuery();
1418 07 Oct 05 nicklas 214       ItemResultList<ArrayDesign> l = q.list(dc);
739 09 Jun 05 nicklas 215       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
739 09 Jun 05 nicklas 216       {
739 09 Jun 05 nicklas 217         write_item(i, l.get(i));
739 09 Jun 05 nicklas 218       }
739 09 Jun 05 nicklas 219       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
739 09 Jun 05 nicklas 220       {
739 09 Jun 05 nicklas 221         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
739 09 Jun 05 nicklas 222       }
739 09 Jun 05 nicklas 223       write("--List array designs OK ("+l.size()+")");
739 09 Jun 05 nicklas 224     }
739 09 Jun 05 nicklas 225     catch (Throwable ex)
739 09 Jun 05 nicklas 226     {
739 09 Jun 05 nicklas 227       write("--List array designs FAILED");
739 09 Jun 05 nicklas 228       ex.printStackTrace();
739 09 Jun 05 nicklas 229       ok = false;
5696 12 Aug 11 nicklas 230       return false;
739 09 Jun 05 nicklas 231     }
739 09 Jun 05 nicklas 232     finally
739 09 Jun 05 nicklas 233     {
739 09 Jun 05 nicklas 234       if (dc != null) dc.close();
739 09 Jun 05 nicklas 235     }
5696 12 Aug 11 nicklas 236     return true;
739 09 Jun 05 nicklas 237   }
739 09 Jun 05 nicklas 238
739 09 Jun 05 nicklas 239
739 09 Jun 05 nicklas 240   static void test_delete(int id)
739 09 Jun 05 nicklas 241   {
739 09 Jun 05 nicklas 242     if (id == 0) return;
739 09 Jun 05 nicklas 243     DbControl dc = null;
739 09 Jun 05 nicklas 244     try
739 09 Jun 05 nicklas 245     {
739 09 Jun 05 nicklas 246       dc = TestUtil.getDbControl();
739 09 Jun 05 nicklas 247       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, id);
739 09 Jun 05 nicklas 248       dc.deleteItem(ad);
5340 10 May 10 nicklas 249       Set<ItemProxy> using = ad.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 250       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 251       {
5340 10 May 10 nicklas 252          throw new BaseException(ad + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 253       }
739 09 Jun 05 nicklas 254       dc.commit();
739 09 Jun 05 nicklas 255       write("--Delete array design OK");
739 09 Jun 05 nicklas 256     }
739 09 Jun 05 nicklas 257     catch (Throwable ex)
739 09 Jun 05 nicklas 258     {
739 09 Jun 05 nicklas 259       write("--Delete array design FAILED");
739 09 Jun 05 nicklas 260       ex.printStackTrace();
739 09 Jun 05 nicklas 261       ok = false;
739 09 Jun 05 nicklas 262     }
739 09 Jun 05 nicklas 263     finally
739 09 Jun 05 nicklas 264     {
739 09 Jun 05 nicklas 265       if (dc != null) dc.close();
739 09 Jun 05 nicklas 266     }
739 09 Jun 05 nicklas 267   }
739 09 Jun 05 nicklas 268
4434 02 Sep 08 nicklas 269   static void test_delete_all()
4434 02 Sep 08 nicklas 270   {
4434 02 Sep 08 nicklas 271     DbControl dc = null;
4434 02 Sep 08 nicklas 272     try
4434 02 Sep 08 nicklas 273     {
4434 02 Sep 08 nicklas 274       dc = TestUtil.getDbControl();
4434 02 Sep 08 nicklas 275       List<ArrayDesign> l = new ArrayList<ArrayDesign>(ArrayDesign.getQuery().list(dc));
5688 10 Aug 11 nicklas 276       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 277       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
4434 02 Sep 08 nicklas 278       dc.commit();
4434 02 Sep 08 nicklas 279       write("--Delete all array designs OK ("+l.size()+")");
4434 02 Sep 08 nicklas 280     }
4434 02 Sep 08 nicklas 281     catch (Throwable ex)
4434 02 Sep 08 nicklas 282     {
4434 02 Sep 08 nicklas 283       write("--Delete all array designs FAILED");
4434 02 Sep 08 nicklas 284       ex.printStackTrace();
4434 02 Sep 08 nicklas 285       ok = false;
4434 02 Sep 08 nicklas 286     }
4434 02 Sep 08 nicklas 287     finally
4434 02 Sep 08 nicklas 288     {
4434 02 Sep 08 nicklas 289       if (dc != null) dc.close();
4434 02 Sep 08 nicklas 290     }
4434 02 Sep 08 nicklas 291   }
4434 02 Sep 08 nicklas 292
4434 02 Sep 08 nicklas 293   
739 09 Jun 05 nicklas 294   static void write_header()
739 09 Jun 05 nicklas 295   {
739 09 Jun 05 nicklas 296     if (!TestUtil.getSilent())
739 09 Jun 05 nicklas 297     {
974 20 Jul 05 enell 298       write("   \tID \tName      \tDescription\tAnnotated\tAffyChipDesign");
974 20 Jul 05 enell 299       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t---------\t--------------");
739 09 Jun 05 nicklas 300     }
739 09 Jun 05 nicklas 301   }
1719 15 Dec 05 enell 302   
1143 29 Aug 05 nicklas 303   static void write_feature_header()
1143 29 Aug 05 nicklas 304   {
1143 29 Aug 05 nicklas 305     if (!TestUtil.getSilent())
1143 29 Aug 05 nicklas 306     {
1143 29 Aug 05 nicklas 307       write("   \tID \tBlock\tRow\tColumn\tPosition\tReporter\tWell");
1143 29 Aug 05 nicklas 308       write("-- \t-- \t-----\t---\t------\t--------\t--------\t----");
1143 29 Aug 05 nicklas 309     }
1143 29 Aug 05 nicklas 310   }
1143 29 Aug 05 nicklas 311
1719 15 Dec 05 enell 312   static void write_plate_header()
1719 15 Dec 05 enell 313   {
1719 15 Dec 05 enell 314     if (!TestUtil.getSilent())
1719 15 Dec 05 enell 315     {
1719 15 Dec 05 enell 316       write("   \tID \tPlate    \tPosition");
1719 15 Dec 05 enell 317       write("-- \t-- \t---------\t-----");
1719 15 Dec 05 enell 318     }
1719 15 Dec 05 enell 319   }
1719 15 Dec 05 enell 320   
739 09 Jun 05 nicklas 321   static void write_item(int i, ArrayDesign ad)
739 09 Jun 05 nicklas 322     throws BaseException
739 09 Jun 05 nicklas 323   {
1719 15 Dec 05 enell 324     if (!TestUtil.getSilent())
1719 15 Dec 05 enell 325     {
3820 12 Oct 07 nicklas 326       write(i+":\t"+ad.getId()+"\t"+ad.getName()+"\t"+ad.getDescription()+"\t"+ad.isAnnotated()+"\t"+ad.getPlatform());
1719 15 Dec 05 enell 327     }
739 09 Jun 05 nicklas 328   }
1719 15 Dec 05 enell 329
2314 23 May 06 nicklas 330   static void write_item(int i, FeatureData f, DbControl dc)
1143 29 Aug 05 nicklas 331     throws BaseException
1143 29 Aug 05 nicklas 332   {
1143 29 Aug 05 nicklas 333     if (!TestUtil.getSilent()) 
1143 29 Aug 05 nicklas 334     {
1719 15 Dec 05 enell 335       write(i+":\t"+f.getId()+"\t"+Feature.getArrayDesignBlock(dc, f)+"\t"+f.getRow()+"\t"+f.getColumn()+"\t"+f.getPosition()+"\t"+f.getReporter()+"\t"+Feature.getWell(dc, f));
1143 29 Aug 05 nicklas 336     }
1143 29 Aug 05 nicklas 337   }
1719 15 Dec 05 enell 338   
1719 15 Dec 05 enell 339   static void write_item(int i, Plate p, int index)
1719 15 Dec 05 enell 340     throws BaseException
1719 15 Dec 05 enell 341   {
1719 15 Dec 05 enell 342     if (!TestUtil.getSilent())
1719 15 Dec 05 enell 343     {
1719 15 Dec 05 enell 344       write(i + ":\t" + p.getId() + "\t" + p.getName() + "\t"+index);
1719 15 Dec 05 enell 345     }
1719 15 Dec 05 enell 346   }
1143 29 Aug 05 nicklas 347
3820 12 Oct 07 nicklas 348   static void write_item(int i, FileSetMember member)
3820 12 Oct 07 nicklas 349     throws BaseException
3820 12 Oct 07 nicklas 350   {
3820 12 Oct 07 nicklas 351     if (!TestUtil.getSilent()) 
3820 12 Oct 07 nicklas 352     {
3820 12 Oct 07 nicklas 353       System.out.println(i+":\t"+member.getId()+"\t"+member.getFile().getName()+"\t"+
3820 12 Oct 07 nicklas 354         member.getDataFileType().getName());
3820 12 Oct 07 nicklas 355     }
3820 12 Oct 07 nicklas 356   }  
3820 12 Oct 07 nicklas 357   
739 09 Jun 05 nicklas 358   static void write(String message)
739 09 Jun 05 nicklas 359   {
739 09 Jun 05 nicklas 360     System.out.println(message);
739 09 Jun 05 nicklas 361   }
739 09 Jun 05 nicklas 362
4093 18 Jan 08 enell 363   static void test_add_features(int arrayDesignId, FeatureIdentificationMethod fiMethod, int numFeatures)
1143 29 Aug 05 nicklas 364   {
1143 29 Aug 05 nicklas 365     if (arrayDesignId == 0) return;
1143 29 Aug 05 nicklas 366     DbControl dc = null;
1143 29 Aug 05 nicklas 367     long time;
1143 29 Aug 05 nicklas 368     try
1143 29 Aug 05 nicklas 369     {
1143 29 Aug 05 nicklas 370       write("--Start adding features ("+numFeatures+" features)");
1143 29 Aug 05 nicklas 371       dc = TestUtil.getDbControl();
1143 29 Aug 05 nicklas 372       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
1438 11 Oct 05 nicklas 373       
1534 27 Oct 05 enell 374       ArrayList<Integer> reporterIds = new ArrayList<Integer>();
1534 27 Oct 05 enell 375       DataResultIterator<ReporterData> it = Reporter.getQuery().iterate(dc);
1534 27 Oct 05 enell 376       while(it.hasNext())
1534 27 Oct 05 enell 377       {
1534 27 Oct 05 enell 378         ReporterData reporter = it.next();
1534 27 Oct 05 enell 379         reporterIds.add(reporter.getId());
1534 27 Oct 05 enell 380       }
1534 27 Oct 05 enell 381       
4257 29 Apr 08 nicklas 382       FeatureBatcher batcher = ad.getFeatureBatcher(fiMethod, null);
1143 29 Aug 05 nicklas 383       int block = 1;
1143 29 Aug 05 nicklas 384       int row = 1;
1143 29 Aug 05 nicklas 385       int column = 1;
4093 18 Jan 08 enell 386       int position = 1;
1401 04 Oct 05 enell 387       ArrayDesignBlock adBlock = ad.addArrayDesignBlock(new BlockInfo(block, (int)Math.ceil(block/4F), ((block-1)%4)+1));
1143 29 Aug 05 nicklas 388       time = System.currentTimeMillis();
1143 29 Aug 05 nicklas 389       for (int i = 0; i < numFeatures; i++)
1143 29 Aug 05 nicklas 390       {
1534 27 Oct 05 enell 391         ReporterData reporter = null;
1534 27 Oct 05 enell 392         if(reporterIds.size() > 0)
1534 27 Oct 05 enell 393         {
1534 27 Oct 05 enell 394           reporter = Reporter.getById(dc, reporterIds.get((int) Math.floor(reporterIds.size() * Math.random())));
1534 27 Oct 05 enell 395         }
2314 23 May 06 nicklas 396         FeatureData data = batcher.newFeature(adBlock, reporter);
1143 29 Aug 05 nicklas 397         data.setRow(row);
1143 29 Aug 05 nicklas 398         data.setColumn(column);
4093 18 Jan 08 enell 399         data.setPosition(position);
4093 18 Jan 08 enell 400         data.setExternalId(reporter.getExternalId() + "." + position);
739 09 Jun 05 nicklas 401
1143 29 Aug 05 nicklas 402         batcher.insert(data);
1143 29 Aug 05 nicklas 403         row++;
4093 18 Jan 08 enell 404         position++;
1143 29 Aug 05 nicklas 405         if (row == 11)
1143 29 Aug 05 nicklas 406         {
1143 29 Aug 05 nicklas 407           row = 1;
1143 29 Aug 05 nicklas 408           column++;
1143 29 Aug 05 nicklas 409           if (column == 11)
1143 29 Aug 05 nicklas 410           {
1143 29 Aug 05 nicklas 411             column = 1;
1143 29 Aug 05 nicklas 412             block++;
1401 04 Oct 05 enell 413             adBlock = ad.addArrayDesignBlock(new BlockInfo(block, (int)Math.ceil(block/4F), ((block-1)%4)+1));
1143 29 Aug 05 nicklas 414           }
1143 29 Aug 05 nicklas 415         }
1143 29 Aug 05 nicklas 416       }
1143 29 Aug 05 nicklas 417       dc.commit();
1143 29 Aug 05 nicklas 418       time = System.currentTimeMillis()-time;
1143 29 Aug 05 nicklas 419       write("--Add features OK ("+time+" ms)");
1143 29 Aug 05 nicklas 420     }
1143 29 Aug 05 nicklas 421     catch (Throwable ex)
1143 29 Aug 05 nicklas 422     {
1143 29 Aug 05 nicklas 423       write("--Add features FAILED");
1143 29 Aug 05 nicklas 424       ex.printStackTrace();
1143 29 Aug 05 nicklas 425       ok = false;
1143 29 Aug 05 nicklas 426     }
1143 29 Aug 05 nicklas 427     finally
1143 29 Aug 05 nicklas 428     {
1143 29 Aug 05 nicklas 429       if (dc != null) dc.close();
1143 29 Aug 05 nicklas 430     }
1143 29 Aug 05 nicklas 431   }
1143 29 Aug 05 nicklas 432
1719 15 Dec 05 enell 433   private static void test_add_features_from_wells(int arrayDesignId, int[] plateIds, int numFeatures)
1719 15 Dec 05 enell 434   {
1719 15 Dec 05 enell 435     if (arrayDesignId == 0) return;
1719 15 Dec 05 enell 436     DbControl dc = null;
1719 15 Dec 05 enell 437     long time;
1719 15 Dec 05 enell 438     try
1719 15 Dec 05 enell 439     {
1719 15 Dec 05 enell 440       write("--Start adding features from wells ("+numFeatures+" features)");
1719 15 Dec 05 enell 441       dc = TestUtil.getDbControl();
1719 15 Dec 05 enell 442       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
3820 12 Oct 07 nicklas 443       if (Platform.AFFYMETRIX.equals(ad.getPlatform().getExternalId()))
1719 15 Dec 05 enell 444       {
1719 15 Dec 05 enell 445         throw new BaseException("Cannot add features from wells on an affy arraydesign");
1719 15 Dec 05 enell 446       }
1719 15 Dec 05 enell 447       ArrayList<Well> wells = new ArrayList<Well>();
1719 15 Dec 05 enell 448       for (int plateId : plateIds)
1719 15 Dec 05 enell 449       {
1719 15 Dec 05 enell 450         Plate plate = Plate.getById(dc, plateId);
1719 15 Dec 05 enell 451         wells.addAll(plate.getWells().list(dc));
1719 15 Dec 05 enell 452       }
4257 29 Apr 08 nicklas 453       FeatureBatcher batcher = ad.getFeatureBatcher(FeatureIdentificationMethod.COORDINATES, null);
1719 15 Dec 05 enell 454       int block = 1;
1719 15 Dec 05 enell 455       int row = 1;
1719 15 Dec 05 enell 456       int column = 1;
1719 15 Dec 05 enell 457       ArrayDesignBlock adBlock = ad.addArrayDesignBlock(new BlockInfo(block, (int)Math.ceil(block/4F), ((block-1)%4)+1));
1719 15 Dec 05 enell 458       time = System.currentTimeMillis();
1719 15 Dec 05 enell 459       for (int i = 0; i < numFeatures; i++)
1719 15 Dec 05 enell 460       {
1719 15 Dec 05 enell 461         Well well = null;
1719 15 Dec 05 enell 462         if (!wells.isEmpty())
1719 15 Dec 05 enell 463         {
1719 15 Dec 05 enell 464           well = wells.get((int) Math.floor(wells.size() * Math.random()));
1719 15 Dec 05 enell 465         }
6870 16 Apr 15 nicklas 466         FeatureData data = batcher.newFeature(adBlock, well);
1719 15 Dec 05 enell 467         data.setRow(row);
1719 15 Dec 05 enell 468         data.setColumn(column);
1719 15 Dec 05 enell 469
1719 15 Dec 05 enell 470         batcher.insert(data);
1719 15 Dec 05 enell 471         row++;
1719 15 Dec 05 enell 472         if (row == 3)
1719 15 Dec 05 enell 473         {
1719 15 Dec 05 enell 474           row = 1;
1719 15 Dec 05 enell 475           column++;
1719 15 Dec 05 enell 476           if (column == 3)
1719 15 Dec 05 enell 477           {
1719 15 Dec 05 enell 478             column = 1;
1719 15 Dec 05 enell 479             block++;
1719 15 Dec 05 enell 480             adBlock = ad.addArrayDesignBlock(new BlockInfo(block, (int)Math.ceil(block/4F), ((block-1)%4)+1));
1719 15 Dec 05 enell 481           }
1719 15 Dec 05 enell 482         }
1719 15 Dec 05 enell 483       }
1719 15 Dec 05 enell 484       dc.commit();
1719 15 Dec 05 enell 485       time = System.currentTimeMillis()-time;
1719 15 Dec 05 enell 486       write("--Add features from wells OK ("+time+" ms)");
1719 15 Dec 05 enell 487     }
1719 15 Dec 05 enell 488     catch (Throwable ex)
1719 15 Dec 05 enell 489     {
1719 15 Dec 05 enell 490       write("--Add features from wells FAILED");
1719 15 Dec 05 enell 491       ex.printStackTrace();
1719 15 Dec 05 enell 492       ok = false;
1719 15 Dec 05 enell 493     }
1719 15 Dec 05 enell 494     finally
1719 15 Dec 05 enell 495     {
1719 15 Dec 05 enell 496       if (dc != null) dc.close();
1719 15 Dec 05 enell 497     }
1719 15 Dec 05 enell 498   }
1719 15 Dec 05 enell 499   
1719 15 Dec 05 enell 500   static void test_add_plates(int arrayDesignId, int[] plateIds)
1719 15 Dec 05 enell 501   {
1793 19 Jan 06 enell 502     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.WRITE, Item.ARRAYDESIGN) || arrayDesignId == 0 || plateIds == null) return ;
1719 15 Dec 05 enell 503     DbControl dc = null;
1719 15 Dec 05 enell 504     try
1719 15 Dec 05 enell 505     {
1719 15 Dec 05 enell 506       dc = TestUtil.getDbControl();
1719 15 Dec 05 enell 507       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
1719 15 Dec 05 enell 508       for (int plateId : plateIds)
1719 15 Dec 05 enell 509       {
1719 15 Dec 05 enell 510         Plate p = Plate.getById(dc, plateId);
1719 15 Dec 05 enell 511         ad.addPlate(p);
1719 15 Dec 05 enell 512       }
1719 15 Dec 05 enell 513       dc.commit();
1719 15 Dec 05 enell 514       write("--Add plates to array design OK");
1719 15 Dec 05 enell 515     }
1719 15 Dec 05 enell 516     catch (Throwable ex)
1719 15 Dec 05 enell 517     {
1719 15 Dec 05 enell 518       write("--Add plates to array design FAILED");
1719 15 Dec 05 enell 519       ex.printStackTrace();
1719 15 Dec 05 enell 520       ok = false;
1719 15 Dec 05 enell 521     }
1719 15 Dec 05 enell 522     finally
1719 15 Dec 05 enell 523     {
1719 15 Dec 05 enell 524       if (dc != null) dc.close();
1719 15 Dec 05 enell 525     }
1719 15 Dec 05 enell 526   }
1719 15 Dec 05 enell 527
1143 29 Aug 05 nicklas 528   static void test_list_features(int arrayDesignId, int expectedResults)
1143 29 Aug 05 nicklas 529   {
1143 29 Aug 05 nicklas 530     if (arrayDesignId == 0) return;
1143 29 Aug 05 nicklas 531     DbControl dc = null;
1143 29 Aug 05 nicklas 532     try
1143 29 Aug 05 nicklas 533     {
1143 29 Aug 05 nicklas 534       dc = TestUtil.getDbControl();
1143 29 Aug 05 nicklas 535       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
1438 11 Oct 05 nicklas 536       
5026 28 Jul 09 nicklas 537       DataQuery<FeatureData> query = ad.getFeatures();
5026 28 Jul 09 nicklas 538       query.join(Hql.innerJoin(null, "arrayDesignBlock", "blk", null, true));
5026 28 Jul 09 nicklas 539       query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "rpt", null, true));
5026 28 Jul 09 nicklas 540       DataResultIterator<FeatureData> it = query.iterate(dc);
1418 07 Oct 05 nicklas 541       int counter = 0;
1418 07 Oct 05 nicklas 542       while (it.hasNext())
1143 29 Aug 05 nicklas 543       {
1418 07 Oct 05 nicklas 544         write_item(counter, it.next(), dc);
1418 07 Oct 05 nicklas 545         ++counter;
1143 29 Aug 05 nicklas 546       }
1418 07 Oct 05 nicklas 547       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != counter)
1143 29 Aug 05 nicklas 548       {
1418 07 Oct 05 nicklas 549         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+counter);
1143 29 Aug 05 nicklas 550       }
1418 07 Oct 05 nicklas 551       write("--List features OK ("+counter+")");
1143 29 Aug 05 nicklas 552     }
1143 29 Aug 05 nicklas 553     catch (Throwable ex)
1143 29 Aug 05 nicklas 554     {
1143 29 Aug 05 nicklas 555       write("--List features FAILED");
1143 29 Aug 05 nicklas 556       ex.printStackTrace();
1143 29 Aug 05 nicklas 557       ok = false;
1143 29 Aug 05 nicklas 558     }
1143 29 Aug 05 nicklas 559     finally
1143 29 Aug 05 nicklas 560     {
1143 29 Aug 05 nicklas 561       if (dc != null) dc.close();
1143 29 Aug 05 nicklas 562     }
1143 29 Aug 05 nicklas 563   }
1143 29 Aug 05 nicklas 564
1719 15 Dec 05 enell 565   static void test_list_plates(int arrayDesignId, int expectedResults)
1719 15 Dec 05 enell 566   {
1719 15 Dec 05 enell 567     if (arrayDesignId == 0) return;
1719 15 Dec 05 enell 568     DbControl dc = null;
1719 15 Dec 05 enell 569     try
1719 15 Dec 05 enell 570     {
1719 15 Dec 05 enell 571       dc = TestUtil.getDbControl();
1719 15 Dec 05 enell 572       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
1719 15 Dec 05 enell 573       
1719 15 Dec 05 enell 574       ItemQuery<Plate> plates = ad.getPlates();
1719 15 Dec 05 enell 575       int counter = 0;
1719 15 Dec 05 enell 576       for (Plate p : plates.list(dc))
1719 15 Dec 05 enell 577       {
1721 15 Dec 05 enell 578         write_item(counter, p, ad.getPlatePosition(p));
1719 15 Dec 05 enell 579         counter++;
1719 15 Dec 05 enell 580       }
1719 15 Dec 05 enell 581       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != counter)
1719 15 Dec 05 enell 582       {
1719 15 Dec 05 enell 583         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+counter);
1719 15 Dec 05 enell 584       }
1719 15 Dec 05 enell 585       write("--List plates OK ("+counter+")");
1719 15 Dec 05 enell 586     }
1719 15 Dec 05 enell 587     catch (Throwable ex)
1719 15 Dec 05 enell 588     {
1719 15 Dec 05 enell 589       write("--List plates FAILED");
1719 15 Dec 05 enell 590       ex.printStackTrace();
1719 15 Dec 05 enell 591       ok = false;
1719 15 Dec 05 enell 592     }
1719 15 Dec 05 enell 593     finally
1719 15 Dec 05 enell 594     {
1719 15 Dec 05 enell 595       if (dc != null) dc.close();
1719 15 Dec 05 enell 596     }
1719 15 Dec 05 enell 597   }
1719 15 Dec 05 enell 598
4246 24 Apr 08 nicklas 599   static void test_import_from_file(int arrayDesignId, String filename, String headerRegexp, 
4246 24 Apr 08 nicklas 600       String ignoreRegexp, int blockCol, int rowCol, int colCol, int reporterCol)
1143 29 Aug 05 nicklas 601   {
1143 29 Aug 05 nicklas 602     if (arrayDesignId == 0) return;
1143 29 Aug 05 nicklas 603     write("--Start import features from file (" + filename + ")");
1143 29 Aug 05 nicklas 604     DbControl dc = null;
1143 29 Aug 05 nicklas 605     long time;
1143 29 Aug 05 nicklas 606     int i = 0;
1143 29 Aug 05 nicklas 607     try
1143 29 Aug 05 nicklas 608     {
1143 29 Aug 05 nicklas 609       dc = TestUtil.getDbControl();
1143 29 Aug 05 nicklas 610       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
4257 29 Apr 08 nicklas 611       FeatureBatcher featureBatcher = ad.getFeatureBatcher(FeatureIdentificationMethod.COORDINATES, null);
1143 29 Aug 05 nicklas 612       ReporterBatcher reporterBatcher = ReporterBatcher.getNew(dc);
1143 29 Aug 05 nicklas 613     
1143 29 Aug 05 nicklas 614       FlatFileParser parser = new FlatFileParser();
1479 19 Oct 05 nicklas 615       parser.setDataHeaderRegexp(Pattern.compile(headerRegexp));
2203 28 Apr 06 nicklas 616       parser.setDataSplitterRegexp(Pattern.compile("\\t"));
4246 24 Apr 08 nicklas 617       if (ignoreRegexp != null)
4246 24 Apr 08 nicklas 618       {
4246 24 Apr 08 nicklas 619         parser.setIgnoreRegexp(Pattern.compile(ignoreRegexp));
4246 24 Apr 08 nicklas 620       }
2992 01 Dec 06 enell 621       parser.setInputStream(FileUtil.getInputStream(new java.io.File(filename)), "ISO-8859-1");
1143 29 Aug 05 nicklas 622       parser.parseHeaders();
1143 29 Aug 05 nicklas 623       
1143 29 Aug 05 nicklas 624       ArrayDesignBlock adBlock = null;
1143 29 Aug 05 nicklas 625       
1143 29 Aug 05 nicklas 626       time = System.currentTimeMillis();
1143 29 Aug 05 nicklas 627       while (parser.hasMoreData())
1143 29 Aug 05 nicklas 628       {
1143 29 Aug 05 nicklas 629         FlatFileParser.Data parsedData = parser.nextData();
7665 20 Mar 19 nicklas 630         String reporterId = parsedData.getString(reporterCol);
1594 14 Nov 05 nicklas 631         ReporterData reporter = reporterId == null ? null : reporterBatcher.getByExternalId(reporterId);
7665 20 Mar 19 nicklas 632         int block = parsedData.getInt(blockCol);
1143 29 Aug 05 nicklas 633         if (adBlock == null || adBlock.getBlockNumber() != block)
1143 29 Aug 05 nicklas 634         {
2459 30 Jun 06 nicklas 635           adBlock = ad.addArrayDesignBlock(new BlockInfo(block, 0, 0));
1143 29 Aug 05 nicklas 636         }
1143 29 Aug 05 nicklas 637         FeatureData featureData = featureBatcher.newFeature(adBlock, reporter);
7665 20 Mar 19 nicklas 638         featureData.setRow(parsedData.getInt(rowCol));
7665 20 Mar 19 nicklas 639         featureData.setColumn(parsedData.getInt(colCol));
1143 29 Aug 05 nicklas 640
4097 23 Jan 08 nicklas 641         try
4097 23 Jan 08 nicklas 642         {
4097 23 Jan 08 nicklas 643           featureBatcher.insert(featureData);
4097 23 Jan 08 nicklas 644           i++;
4097 23 Jan 08 nicklas 645         }
4097 23 Jan 08 nicklas 646         catch (ItemAlreadyExistsException ex)
4097 23 Jan 08 nicklas 647         {
4097 23 Jan 08 nicklas 648           // Ignore duplicate features
4097 23 Jan 08 nicklas 649         }
1143 29 Aug 05 nicklas 650       }
1143 29 Aug 05 nicklas 651       dc.commit();
1143 29 Aug 05 nicklas 652       time = System.currentTimeMillis()-time;
1143 29 Aug 05 nicklas 653
1143 29 Aug 05 nicklas 654       write("--Import features from file OK ("+i+", time="+time+" ms)");
1143 29 Aug 05 nicklas 655     }
1143 29 Aug 05 nicklas 656     catch (Throwable ex)
1143 29 Aug 05 nicklas 657     {
1143 29 Aug 05 nicklas 658       write("--Import features from file FAILED ("+i+")");
1143 29 Aug 05 nicklas 659       ex.printStackTrace();
1143 29 Aug 05 nicklas 660       ok = false;
1143 29 Aug 05 nicklas 661     }
1143 29 Aug 05 nicklas 662     finally
1143 29 Aug 05 nicklas 663     {
1143 29 Aug 05 nicklas 664       if (dc != null) dc.close();
1143 29 Aug 05 nicklas 665     }
1143 29 Aug 05 nicklas 666   }
1143 29 Aug 05 nicklas 667
3820 12 Oct 07 nicklas 668   static void test_set_file(int arrayDesignId, String fileType, int fileId)
3820 12 Oct 07 nicklas 669   {
3820 12 Oct 07 nicklas 670     if (arrayDesignId == 0 || fileId == 0) return;
3820 12 Oct 07 nicklas 671     DbControl dc = null;
3820 12 Oct 07 nicklas 672     try
3820 12 Oct 07 nicklas 673     {
3820 12 Oct 07 nicklas 674       dc = TestUtil.getDbControl();
3820 12 Oct 07 nicklas 675       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
3820 12 Oct 07 nicklas 676       DataFileType type = DataFileType.getByExternalId(dc, fileType);
3820 12 Oct 07 nicklas 677       File file = File.getById(dc, fileId);
3820 12 Oct 07 nicklas 678       ad.getFileSet().setMember(file, type);
5623 06 May 11 nicklas 679       ad.getFileSet().validate(dc);
3820 12 Oct 07 nicklas 680       dc.commit();
3820 12 Oct 07 nicklas 681       write("--Set file OK ("+fileType+")");
3820 12 Oct 07 nicklas 682     }
3820 12 Oct 07 nicklas 683     catch (Throwable ex)
3820 12 Oct 07 nicklas 684     {
3820 12 Oct 07 nicklas 685       write("--Set file FAILED ("+fileType+")");
3820 12 Oct 07 nicklas 686       ex.printStackTrace();
3820 12 Oct 07 nicklas 687       ok = false;
3820 12 Oct 07 nicklas 688     }
3820 12 Oct 07 nicklas 689     finally
3820 12 Oct 07 nicklas 690     {
3820 12 Oct 07 nicklas 691       if (dc != null) dc.close();
3820 12 Oct 07 nicklas 692     }
3820 12 Oct 07 nicklas 693   }
3820 12 Oct 07 nicklas 694     
3820 12 Oct 07 nicklas 695   static void test_list_files(int arrayDesignId, int expectedResults)
3820 12 Oct 07 nicklas 696   {
3820 12 Oct 07 nicklas 697     if (arrayDesignId == 0) return;
3820 12 Oct 07 nicklas 698     DbControl dc = null;
3820 12 Oct 07 nicklas 699     try
3820 12 Oct 07 nicklas 700     {
3820 12 Oct 07 nicklas 701       dc = TestUtil.getDbControl();
3820 12 Oct 07 nicklas 702       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
3820 12 Oct 07 nicklas 703       ItemResultList<FileSetMember> l = ad.getFileSet().getMembers().list(dc);
3820 12 Oct 07 nicklas 704       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
3820 12 Oct 07 nicklas 705       {
3820 12 Oct 07 nicklas 706         write_item(i, l.get(i));
3820 12 Oct 07 nicklas 707       }
3820 12 Oct 07 nicklas 708       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
3820 12 Oct 07 nicklas 709       {
3820 12 Oct 07 nicklas 710         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
3820 12 Oct 07 nicklas 711       }
3820 12 Oct 07 nicklas 712       write("--List files OK ("+l.size()+")");
3820 12 Oct 07 nicklas 713     }
3820 12 Oct 07 nicklas 714     catch (Throwable ex)
3820 12 Oct 07 nicklas 715     {
3820 12 Oct 07 nicklas 716       write("--List files FAILED");
3820 12 Oct 07 nicklas 717       ex.printStackTrace();
3820 12 Oct 07 nicklas 718       ok = false;
3820 12 Oct 07 nicklas 719     }
3820 12 Oct 07 nicklas 720     finally
3820 12 Oct 07 nicklas 721     {
3820 12 Oct 07 nicklas 722       if (dc != null) dc.close();
3820 12 Oct 07 nicklas 723     }
3820 12 Oct 07 nicklas 724   }
739 09 Jun 05 nicklas 725 }
739 09 Jun 05 nicklas 726

Generated on Sat Oct  7 02:41:27 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)