src/test/TestArrayDesignBlock.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1439 11 Oct 05 nicklas 1 /*
1439 11 Oct 05 nicklas 2   $Id$
1439 11 Oct 05 nicklas 3   
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Johan Enell, Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
1439 11 Oct 05 nicklas 6   
2304 22 May 06 jari 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 8   Available at http://base.thep.lu.se/
1439 11 Oct 05 nicklas 9   
1439 11 Oct 05 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1439 11 Oct 05 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1439 11 Oct 05 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
1439 11 Oct 05 nicklas 14   
1439 11 Oct 05 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1439 11 Oct 05 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1439 11 Oct 05 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1439 11 Oct 05 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
1439 11 Oct 05 nicklas 19   
1439 11 Oct 05 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1439 11 Oct 05 nicklas 22 */
1439 11 Oct 05 nicklas 23
991 22 Jul 05 enell 24 import net.sf.basedb.core.ArrayDesign;
991 22 Jul 05 enell 25 import net.sf.basedb.core.ArrayDesignBlock;
991 22 Jul 05 enell 26 import net.sf.basedb.core.BaseException;
991 22 Jul 05 enell 27 import net.sf.basedb.core.BlockInfo;
991 22 Jul 05 enell 28 import net.sf.basedb.core.DbControl;
1418 07 Oct 05 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
3820 12 Oct 07 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.Platform;
991 22 Jul 05 enell 31
991 22 Jul 05 enell 32  
991 22 Jul 05 enell 33 /**
991 22 Jul 05 enell 34  
991 22 Jul 05 enell 35  @base.modified $Date$
991 22 Jul 05 enell 36  @author Enell
991 22 Jul 05 enell 37  @version 2.0
991 22 Jul 05 enell 38  */
991 22 Jul 05 enell 39 public class TestArrayDesignBlock
991 22 Jul 05 enell 40 {
991 22 Jul 05 enell 41
991 22 Jul 05 enell 42   static boolean ok = true;
991 22 Jul 05 enell 43
991 22 Jul 05 enell 44   public static void main(String[] args)
991 22 Jul 05 enell 45   {
991 22 Jul 05 enell 46     TestUtil.checkArgs(args);
991 22 Jul 05 enell 47     TestUtil.begin();
991 22 Jul 05 enell 48     ok = test_all();
991 22 Jul 05 enell 49     TestUtil.stop();
991 22 Jul 05 enell 50   }
991 22 Jul 05 enell 51
991 22 Jul 05 enell 52   static boolean test_all()
991 22 Jul 05 enell 53   {
991 22 Jul 05 enell 54     write("++Testing array design block");
991 22 Jul 05 enell 55     write_header();
3820 12 Oct 07 nicklas 56     int arrayDesignId = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
991 22 Jul 05 enell 57     // Standard tests: create, load, list
1060 05 Aug 05 enell 58     int nbr = 10;
1439 11 Oct 05 nicklas 59     int[] id = test_create(arrayDesignId, true, nbr);
1060 05 Aug 05 enell 60     test_load(id[(int) (Math.random()*id.length)]);
1439 11 Oct 05 nicklas 61     test_list(arrayDesignId, nbr);
991 22 Jul 05 enell 62     
1529 27 Oct 05 nicklas 63     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
1529 27 Oct 05 nicklas 64
1439 11 Oct 05 nicklas 65     TestArrayDesign.test_delete(arrayDesignId);
991 22 Jul 05 enell 66     write("++Testing array design block "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
991 22 Jul 05 enell 67     return ok;
991 22 Jul 05 enell 68   }
991 22 Jul 05 enell 69   
1093 19 Aug 05 enell 70   static int[] test_create(int arraydesign_id, boolean setAll, int blocks)
991 22 Jul 05 enell 71   {
991 22 Jul 05 enell 72     int[] id = new int[blocks];
991 22 Jul 05 enell 73     DbControl dc = null;
991 22 Jul 05 enell 74     try
991 22 Jul 05 enell 75     {
991 22 Jul 05 enell 76       dc = TestUtil.getDbControl();
991 22 Jul 05 enell 77       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arraydesign_id);
1299 08 Sep 05 nicklas 78       ad.setName("Array design with blocks");
1060 05 Aug 05 enell 79       
991 22 Jul 05 enell 80       for (int i = 0; i < blocks; i++)
991 22 Jul 05 enell 81       {
1060 05 Aug 05 enell 82         int block = i+1;
1401 04 Oct 05 enell 83         BlockInfo bi = new BlockInfo(block, (int)Math.ceil(block/4F), ((block-1)%4)+1);
1060 05 Aug 05 enell 84         ArrayDesignBlock adb = ad.addArrayDesignBlock(bi);
1093 19 Aug 05 enell 85         if(setAll)
1093 19 Aug 05 enell 86         {
1093 19 Aug 05 enell 87           adb.setBlockSizeX(10);
1093 19 Aug 05 enell 88           adb.setBlockSizeY(10);
1093 19 Aug 05 enell 89         }
991 22 Jul 05 enell 90         id[i] = adb.getId();
991 22 Jul 05 enell 91         write_item(0, adb);
991 22 Jul 05 enell 92       }
991 22 Jul 05 enell 93       dc.commit();
991 22 Jul 05 enell 94       write("--Create array design block OK");
991 22 Jul 05 enell 95     }
991 22 Jul 05 enell 96     catch (Throwable ex)
991 22 Jul 05 enell 97     {
991 22 Jul 05 enell 98       write("--Create array design block FAILED");
991 22 Jul 05 enell 99       ex.printStackTrace();
991 22 Jul 05 enell 100       ok = false;
991 22 Jul 05 enell 101     }
991 22 Jul 05 enell 102     finally
991 22 Jul 05 enell 103     {
991 22 Jul 05 enell 104       if (dc != null) dc.close();
991 22 Jul 05 enell 105     }
991 22 Jul 05 enell 106     return id;
991 22 Jul 05 enell 107   }
991 22 Jul 05 enell 108
991 22 Jul 05 enell 109   static void test_load(int id)
991 22 Jul 05 enell 110   {
991 22 Jul 05 enell 111     if (id == 0) return;
991 22 Jul 05 enell 112     DbControl dc = null;
991 22 Jul 05 enell 113     try
991 22 Jul 05 enell 114     {
991 22 Jul 05 enell 115       dc = TestUtil.getDbControl();
991 22 Jul 05 enell 116       ArrayDesignBlock adb = ArrayDesignBlock.getById(dc, id);
991 22 Jul 05 enell 117       write_item(0, adb);
991 22 Jul 05 enell 118       write("--Load array design block OK");
991 22 Jul 05 enell 119     }
991 22 Jul 05 enell 120     catch (Throwable ex)
991 22 Jul 05 enell 121     {
991 22 Jul 05 enell 122       write("--Load array design block FAILED");
991 22 Jul 05 enell 123       ex.printStackTrace();
991 22 Jul 05 enell 124       ok = false;
991 22 Jul 05 enell 125     }
991 22 Jul 05 enell 126     finally
991 22 Jul 05 enell 127     {
991 22 Jul 05 enell 128       if (dc != null) dc.close();
991 22 Jul 05 enell 129     }
991 22 Jul 05 enell 130     
991 22 Jul 05 enell 131   }
991 22 Jul 05 enell 132
1439 11 Oct 05 nicklas 133   static void test_list(int arrayDesignId, int expectedResults)
991 22 Jul 05 enell 134   {
1439 11 Oct 05 nicklas 135     if (arrayDesignId == 0) return;
991 22 Jul 05 enell 136     DbControl dc = null;
991 22 Jul 05 enell 137     try
991 22 Jul 05 enell 138     {
991 22 Jul 05 enell 139       dc = TestUtil.getDbControl();
1439 11 Oct 05 nicklas 140       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
1439 11 Oct 05 nicklas 141       ItemResultList<ArrayDesignBlock> l = ad.getArrayDesignBlocks().list(dc);
991 22 Jul 05 enell 142       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
991 22 Jul 05 enell 143       {
991 22 Jul 05 enell 144         write_item(i, l.get(i));
991 22 Jul 05 enell 145       }
991 22 Jul 05 enell 146       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
991 22 Jul 05 enell 147       {
991 22 Jul 05 enell 148         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
991 22 Jul 05 enell 149       }
991 22 Jul 05 enell 150       write("--List array design blocks OK ("+l.size()+")");
991 22 Jul 05 enell 151     }
991 22 Jul 05 enell 152     catch (Throwable ex)
991 22 Jul 05 enell 153     {
991 22 Jul 05 enell 154       write("--List array design blocks FAILED");
991 22 Jul 05 enell 155       ex.printStackTrace();
991 22 Jul 05 enell 156       ok = false;
991 22 Jul 05 enell 157     }
991 22 Jul 05 enell 158     finally
991 22 Jul 05 enell 159     {
991 22 Jul 05 enell 160       if (dc != null) dc.close();
991 22 Jul 05 enell 161     }
991 22 Jul 05 enell 162   }
991 22 Jul 05 enell 163
991 22 Jul 05 enell 164   static void write_header()
991 22 Jul 05 enell 165   {
991 22 Jul 05 enell 166     if (!TestUtil.getSilent())
991 22 Jul 05 enell 167     {
1060 05 Aug 05 enell 168       write("  \tID\tBlock\tMetaGridX\tMetaGridY\tBlockSizeX\tBlockSizeY\tArrayDesign");
1060 05 Aug 05 enell 169       write("--\t--\t-----\t---------\t---------\t----------\t----------\t-----------");
991 22 Jul 05 enell 170     }
991 22 Jul 05 enell 171   }
991 22 Jul 05 enell 172   
991 22 Jul 05 enell 173   static void write_item(int i, ArrayDesignBlock adb)
991 22 Jul 05 enell 174     throws BaseException
991 22 Jul 05 enell 175   {
991 22 Jul 05 enell 176     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+adb.getId()+"\t"+adb.getBlockNumber()
1060 05 Aug 05 enell 177         +"\t"+adb.getMetaGridX()+"\t"+adb.getMetaGridY()+"\t"+adb.getBlockSizeX()+"\t"+adb.getBlockSizeY()+"\t"+adb.getArrayDesign().getId());
991 22 Jul 05 enell 178   }
991 22 Jul 05 enell 179   
991 22 Jul 05 enell 180   static void write(String message)
991 22 Jul 05 enell 181   {
991 22 Jul 05 enell 182     System.out.println(message);
991 22 Jul 05 enell 183   }
991 22 Jul 05 enell 184 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:27 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)