src/test/TestArraySlide.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
982 21 Jul 05 enell 1 import java.util.Date;
5340 10 May 10 nicklas 2 import java.util.Set;
982 21 Jul 05 enell 3
982 21 Jul 05 enell 4 import net.sf.basedb.core.ArrayBatch;
982 21 Jul 05 enell 5 import net.sf.basedb.core.ArraySlide;
982 21 Jul 05 enell 6 import net.sf.basedb.core.BaseException;
982 21 Jul 05 enell 7 import net.sf.basedb.core.DbControl;
982 21 Jul 05 enell 8 import net.sf.basedb.core.Item;
5340 10 May 10 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.ItemProxy;
982 21 Jul 05 enell 10 import net.sf.basedb.core.Permission;
1418 07 Oct 05 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
3820 12 Oct 07 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.Platform;
4434 02 Sep 08 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.Trashcan;
982 21 Jul 05 enell 14
982 21 Jul 05 enell 15 /*
982 21 Jul 05 enell 16   $Id$
982 21 Jul 05 enell 17   
3675 16 Aug 07 jari 18   Copyright (C) 2005 Johan Enell, Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 19   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen
982 21 Jul 05 enell 20   
2304 22 May 06 jari 21   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 22   Available at http://base.thep.lu.se/
982 21 Jul 05 enell 23   
982 21 Jul 05 enell 24   BASE is free software; you can redistribute it and/or
982 21 Jul 05 enell 25   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 26   as published by the Free Software Foundation; either version 3
982 21 Jul 05 enell 27   of the License, or (at your option) any later version.
982 21 Jul 05 enell 28   
982 21 Jul 05 enell 29   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
982 21 Jul 05 enell 30   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
982 21 Jul 05 enell 31   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
982 21 Jul 05 enell 32   GNU General Public License for more details.
982 21 Jul 05 enell 33   
982 21 Jul 05 enell 34   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 35   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
982 21 Jul 05 enell 36 */
982 21 Jul 05 enell 37 public class TestArraySlide
982 21 Jul 05 enell 38 {
982 21 Jul 05 enell 39   static boolean ok = true;
982 21 Jul 05 enell 40   public static void main(String[] args)
982 21 Jul 05 enell 41   {
982 21 Jul 05 enell 42     TestUtil.checkArgs(args);
982 21 Jul 05 enell 43     TestUtil.begin();
982 21 Jul 05 enell 44     ok = test_all();
982 21 Jul 05 enell 45     TestUtil.stop();
982 21 Jul 05 enell 46   }
982 21 Jul 05 enell 47
982 21 Jul 05 enell 48   static boolean test_all()
982 21 Jul 05 enell 49   {
982 21 Jul 05 enell 50     write("++Testing array slide");
982 21 Jul 05 enell 51     write_header();
982 21 Jul 05 enell 52     // Standard tests: create, load, list
3820 12 Oct 07 nicklas 53     int arraydesign_id = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, true);
1116 23 Aug 05 nicklas 54     int arraybatch_id = TestArrayBatch.test_create(arraydesign_id, false);
1116 23 Aug 05 nicklas 55     int id = test_create(arraybatch_id, true);
1116 23 Aug 05 nicklas 56     int id2 = test_create(arraybatch_id, false);
982 21 Jul 05 enell 57     test_load(id);
4434 02 Sep 08 nicklas 58     test_list(-1);
982 21 Jul 05 enell 59
982 21 Jul 05 enell 60     // Extra tests:
982 21 Jul 05 enell 61
1529 27 Oct 05 nicklas 62     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
982 21 Jul 05 enell 63     // Standard test: Delete
982 21 Jul 05 enell 64     test_delete(id);
1116 23 Aug 05 nicklas 65     test_delete(id2);
982 21 Jul 05 enell 66     TestArrayBatch.test_delete(arraybatch_id);
982 21 Jul 05 enell 67     TestArrayDesign.test_delete(arraydesign_id);
982 21 Jul 05 enell 68     write("++Testing array slide "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
982 21 Jul 05 enell 69     return ok;
982 21 Jul 05 enell 70   }
982 21 Jul 05 enell 71
1116 23 Aug 05 nicklas 72   static int test_create(int arraybatch_id, boolean setAll)
982 21 Jul 05 enell 73   {
982 21 Jul 05 enell 74     if (arraybatch_id == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ARRAYSLIDE)) return 0;
982 21 Jul 05 enell 75     int id = 0;
982 21 Jul 05 enell 76     DbControl dc = null;
982 21 Jul 05 enell 77     try
982 21 Jul 05 enell 78     {
982 21 Jul 05 enell 79       dc = TestUtil.getDbControl();
982 21 Jul 05 enell 80       ArrayBatch ab = ArrayBatch.getById(dc, arraybatch_id);
982 21 Jul 05 enell 81       ArraySlide as = ab.newArraySlide();
1116 23 Aug 05 nicklas 82       if (setAll)
1116 23 Aug 05 nicklas 83       {
1116 23 Aug 05 nicklas 84         as.setName("Test array slide");
1116 23 Aug 05 nicklas 85         as.setDescription("Added at "+new Date());
1116 23 Aug 05 nicklas 86         as.setBatchIndex(1);
1116 23 Aug 05 nicklas 87         as.setBarcode("ABCDEFG");
1116 23 Aug 05 nicklas 88       }
982 21 Jul 05 enell 89       dc.saveItem(as);
982 21 Jul 05 enell 90       dc.commit();
982 21 Jul 05 enell 91       id = as.getId();
982 21 Jul 05 enell 92       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 93       dc.reattachItem(as, false);
982 21 Jul 05 enell 94       write_item(0, as);
982 21 Jul 05 enell 95       write("--Create array slide OK");
982 21 Jul 05 enell 96     }
982 21 Jul 05 enell 97     catch (Exception ex)
982 21 Jul 05 enell 98     {
982 21 Jul 05 enell 99       write("--Create array slide FAILED");
982 21 Jul 05 enell 100       ex.printStackTrace();
982 21 Jul 05 enell 101       ok = false;
982 21 Jul 05 enell 102     }
982 21 Jul 05 enell 103     finally
982 21 Jul 05 enell 104     {
982 21 Jul 05 enell 105       if (dc != null) dc.close();
982 21 Jul 05 enell 106     }
982 21 Jul 05 enell 107     return id;
982 21 Jul 05 enell 108   }
982 21 Jul 05 enell 109
982 21 Jul 05 enell 110   static void test_load(int id)
982 21 Jul 05 enell 111   {
982 21 Jul 05 enell 112     if (id == 0) return;
982 21 Jul 05 enell 113     DbControl dc = null;
982 21 Jul 05 enell 114     try
982 21 Jul 05 enell 115     {
982 21 Jul 05 enell 116       dc = TestUtil.getDbControl();
982 21 Jul 05 enell 117       ArraySlide as = ArraySlide.getById(dc, id);
982 21 Jul 05 enell 118       write_item(0, as);
982 21 Jul 05 enell 119       write("--Load array slide OK");
982 21 Jul 05 enell 120     }
982 21 Jul 05 enell 121     catch (Exception ex)
982 21 Jul 05 enell 122     {
982 21 Jul 05 enell 123       write("--Load array slide FAILED");
982 21 Jul 05 enell 124       ex.printStackTrace();
982 21 Jul 05 enell 125       ok = false;
982 21 Jul 05 enell 126     }
982 21 Jul 05 enell 127     finally
982 21 Jul 05 enell 128     {
982 21 Jul 05 enell 129       if (dc != null) dc.close();
982 21 Jul 05 enell 130     }
982 21 Jul 05 enell 131   }
982 21 Jul 05 enell 132
5696 12 Aug 11 nicklas 133   static boolean test_list(int expectedResults)
982 21 Jul 05 enell 134   {
982 21 Jul 05 enell 135     DbControl dc = null;
982 21 Jul 05 enell 136     try
982 21 Jul 05 enell 137     {
982 21 Jul 05 enell 138       dc = TestUtil.getDbControl();
4434 02 Sep 08 nicklas 139       ItemResultList<ArraySlide> l = ArraySlide.getQuery().list(dc);
982 21 Jul 05 enell 140       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
982 21 Jul 05 enell 141       {
4434 02 Sep 08 nicklas 142         write_item(i, l.get(i));
982 21 Jul 05 enell 143       }
4434 02 Sep 08 nicklas 144       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
4434 02 Sep 08 nicklas 145       {
4434 02 Sep 08 nicklas 146         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
4434 02 Sep 08 nicklas 147       }
982 21 Jul 05 enell 148       write("--List array slides OK ("+l.size()+")");
982 21 Jul 05 enell 149     }
4434 02 Sep 08 nicklas 150     catch (Throwable ex)
982 21 Jul 05 enell 151     {
982 21 Jul 05 enell 152       write("--List array slides FAILED");
982 21 Jul 05 enell 153       ex.printStackTrace();
982 21 Jul 05 enell 154       ok = false;
5696 12 Aug 11 nicklas 155       return false;
982 21 Jul 05 enell 156     }
982 21 Jul 05 enell 157     finally
982 21 Jul 05 enell 158     {
982 21 Jul 05 enell 159       if (dc != null) dc.close();
982 21 Jul 05 enell 160     }
5696 12 Aug 11 nicklas 161     return true;
982 21 Jul 05 enell 162   }
982 21 Jul 05 enell 163
4434 02 Sep 08 nicklas 164
982 21 Jul 05 enell 165   static void test_delete(int id)
982 21 Jul 05 enell 166   {
982 21 Jul 05 enell 167     if (id == 0) return;
982 21 Jul 05 enell 168     DbControl dc = null;
982 21 Jul 05 enell 169     try
982 21 Jul 05 enell 170     {
982 21 Jul 05 enell 171       dc = TestUtil.getDbControl();
982 21 Jul 05 enell 172       ArraySlide as = ArraySlide.getById(dc, id);
982 21 Jul 05 enell 173       dc.deleteItem(as);
5340 10 May 10 nicklas 174       Set<ItemProxy> using = as.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 175       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 176       {
5340 10 May 10 nicklas 177          throw new BaseException(as + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 178       }
982 21 Jul 05 enell 179       dc.commit();
982 21 Jul 05 enell 180       write("--Delete array slide OK");
982 21 Jul 05 enell 181     }
982 21 Jul 05 enell 182     catch (Exception ex)
982 21 Jul 05 enell 183     {
982 21 Jul 05 enell 184       write("--Delete array slide FAILED");
982 21 Jul 05 enell 185       ex.printStackTrace();
982 21 Jul 05 enell 186       ok = false;
982 21 Jul 05 enell 187     }
982 21 Jul 05 enell 188     finally
982 21 Jul 05 enell 189     {
982 21 Jul 05 enell 190       if (dc != null) dc.close();
982 21 Jul 05 enell 191     }
982 21 Jul 05 enell 192   }
982 21 Jul 05 enell 193
4434 02 Sep 08 nicklas 194   static void test_delete_all()
4434 02 Sep 08 nicklas 195   {
4434 02 Sep 08 nicklas 196     DbControl dc = null;
4434 02 Sep 08 nicklas 197     try
4434 02 Sep 08 nicklas 198     {
4434 02 Sep 08 nicklas 199       dc = TestUtil.getDbControl();
4434 02 Sep 08 nicklas 200       ItemResultList<ArraySlide> l = ArraySlide.getQuery().list(dc);
5688 10 Aug 11 nicklas 201       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 202       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
4434 02 Sep 08 nicklas 203       dc.commit();
4434 02 Sep 08 nicklas 204       write("--Delete all array slides OK ("+l.size()+")");
4434 02 Sep 08 nicklas 205     }
4434 02 Sep 08 nicklas 206     catch (Throwable ex)
4434 02 Sep 08 nicklas 207     {
4434 02 Sep 08 nicklas 208       write("--Delete all array slides FAILED");
4434 02 Sep 08 nicklas 209       ex.printStackTrace();
4434 02 Sep 08 nicklas 210       ok = false;
4434 02 Sep 08 nicklas 211     }
4434 02 Sep 08 nicklas 212     finally
4434 02 Sep 08 nicklas 213     {
4434 02 Sep 08 nicklas 214       if (dc != null) dc.close();
4434 02 Sep 08 nicklas 215     }
4434 02 Sep 08 nicklas 216   }
4434 02 Sep 08 nicklas 217
4434 02 Sep 08 nicklas 218   
982 21 Jul 05 enell 219   static void write_header()
982 21 Jul 05 enell 220   {
982 21 Jul 05 enell 221     if (!TestUtil.getSilent())
982 21 Jul 05 enell 222     {
982 21 Jul 05 enell 223       write("   \tID \tName      \tDescription\tIndex\tBarcode\tArray batch");
982 21 Jul 05 enell 224       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t-----\t-------\t-----------");
982 21 Jul 05 enell 225     }
982 21 Jul 05 enell 226   }
982 21 Jul 05 enell 227   static void write_item(int i, ArraySlide as)
982 21 Jul 05 enell 228     throws BaseException
982 21 Jul 05 enell 229   {
982 21 Jul 05 enell 230     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+as.getId()+"\t"+as.getName()+"\t"+
982 21 Jul 05 enell 231       as.getDescription()+"\t"+as.getBatchIndex()+"\t"+as.getBarcode()+"\t"+
982 21 Jul 05 enell 232       as.getArrayBatch());
982 21 Jul 05 enell 233   }
982 21 Jul 05 enell 234   static void write(String message)
982 21 Jul 05 enell 235   {
982 21 Jul 05 enell 236     System.out.println(message);
982 21 Jul 05 enell 237   }
982 21 Jul 05 enell 238 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:28 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)