src/test/TestBasicAnalysis.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5228 03 Feb 10 nicklas 1 /*
5228 03 Feb 10 nicklas 2   $Id: TestExperiment.java 5060 2009-08-19 07:02:11Z nicklas $
5228 03 Feb 10 nicklas 3
5228 03 Feb 10 nicklas 4   Copyright (C) 2010 Nordborg
5228 03 Feb 10 nicklas 5
5228 03 Feb 10 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5228 03 Feb 10 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
5228 03 Feb 10 nicklas 8
5228 03 Feb 10 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5228 03 Feb 10 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
5228 03 Feb 10 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5228 03 Feb 10 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
5228 03 Feb 10 nicklas 13
5228 03 Feb 10 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5228 03 Feb 10 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5228 03 Feb 10 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5228 03 Feb 10 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
5228 03 Feb 10 nicklas 18
5228 03 Feb 10 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
5228 03 Feb 10 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5228 03 Feb 10 nicklas 21 */
5228 03 Feb 10 nicklas 22
5228 03 Feb 10 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.BaseException;
5228 03 Feb 10 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.BioAssay;
5228 03 Feb 10 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.BioAssaySet;
5228 03 Feb 10 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.DataFileType;
5228 03 Feb 10 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5228 03 Feb 10 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.DynamicExtraValueQuery;
5228 03 Feb 10 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.DynamicResultIterator;
5228 03 Feb 10 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.DynamicSpotQuery;
5228 03 Feb 10 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.Experiment;
5228 03 Feb 10 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.ExtraValue;
5228 03 Feb 10 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.ExtraValueType;
5228 03 Feb 10 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.File;
5228 03 Feb 10 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.FileSet;
5228 03 Feb 10 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.FileSetMember;
5228 03 Feb 10 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.FileStoreUtil;
5228 03 Feb 10 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.FilterBatcher;
5228 03 Feb 10 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.Formula;
5228 03 Feb 10 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.IntensityTransform;
5228 03 Feb 10 nicklas 41 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
5630 13 May 11 nicklas 42 import net.sf.basedb.core.ItemSubtype;
5228 03 Feb 10 nicklas 43 import net.sf.basedb.core.Path;
5228 03 Feb 10 nicklas 44 import net.sf.basedb.core.PositionExtraValueBatcher;
5228 03 Feb 10 nicklas 45 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
5228 03 Feb 10 nicklas 46 import net.sf.basedb.core.RawDataType;
5228 03 Feb 10 nicklas 47 import net.sf.basedb.core.SpotBatcher;
5228 03 Feb 10 nicklas 48 import net.sf.basedb.core.SpotExtraValueBatcher;
5228 03 Feb 10 nicklas 49 import net.sf.basedb.core.SystemItems;
5228 03 Feb 10 nicklas 50 import net.sf.basedb.core.Transformation;
5228 03 Feb 10 nicklas 51 import net.sf.basedb.core.Type;
5228 03 Feb 10 nicklas 52 import net.sf.basedb.core.VirtualColumn;
5228 03 Feb 10 nicklas 53 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
5228 03 Feb 10 nicklas 54 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
5228 03 Feb 10 nicklas 55 import net.sf.basedb.core.query.Expression;
5228 03 Feb 10 nicklas 56 import net.sf.basedb.core.query.Dynamic;
5228 03 Feb 10 nicklas 57 import net.sf.basedb.core.query.SqlResult;
5228 03 Feb 10 nicklas 58 import net.sf.basedb.core.query.JoinType;
5228 03 Feb 10 nicklas 59 import net.sf.basedb.core.query.Selects;
5228 03 Feb 10 nicklas 60
5228 03 Feb 10 nicklas 61 import net.sf.basedb.util.IntensityCalculatorUtil;
5228 03 Feb 10 nicklas 62 import net.sf.basedb.util.jep.Jep;
5228 03 Feb 10 nicklas 63 import net.sf.basedb.util.jep.RawFunction;
5228 03 Feb 10 nicklas 64 import net.sf.basedb.util.ConsoleProgressReporter;
5228 03 Feb 10 nicklas 65
5228 03 Feb 10 nicklas 66 import java.io.PrintWriter;
5228 03 Feb 10 nicklas 67 import java.util.Collections;
5228 03 Feb 10 nicklas 68 import java.util.List;
5228 03 Feb 10 nicklas 69 import java.util.ArrayList;
5228 03 Feb 10 nicklas 70
5228 03 Feb 10 nicklas 71
5228 03 Feb 10 nicklas 72 public class TestBasicAnalysis
5228 03 Feb 10 nicklas 73 {
5228 03 Feb 10 nicklas 74
5228 03 Feb 10 nicklas 75   static boolean ok = true;
5228 03 Feb 10 nicklas 76   public static void main(String[] args)
5228 03 Feb 10 nicklas 77   {
5228 03 Feb 10 nicklas 78     TestUtil.checkArgs(args);
5228 03 Feb 10 nicklas 79     TestUtil.begin();
5228 03 Feb 10 nicklas 80     ok = test_all();
5228 03 Feb 10 nicklas 81     TestUtil.stop();
5228 03 Feb 10 nicklas 82   }
5228 03 Feb 10 nicklas 83
5228 03 Feb 10 nicklas 84   static boolean test_all()
5228 03 Feb 10 nicklas 85   {
5228 03 Feb 10 nicklas 86     boolean wasSetup = TestAnalyzeUtil.setupExperiment();
5228 03 Feb 10 nicklas 87     write("++Testing basic analysis");
5228 03 Feb 10 nicklas 88     try
5228 03 Feb 10 nicklas 89     {
5228 03 Feb 10 nicklas 90       int experimentId = TestAnalyzeUtil.getItemId("experiment.genepix");
5228 03 Feb 10 nicklas 91       int rootBasId = TestAnalyzeUtil.getItemId("bioassayset.root");
5228 03 Feb 10 nicklas 92       if (experimentId == 0 || rootBasId == 0)
5228 03 Feb 10 nicklas 93       {
5228 03 Feb 10 nicklas 94         ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 95         write("Test experiment was not setup correctly.");
5228 03 Feb 10 nicklas 96         return ok;
5228 03 Feb 10 nicklas 97       }
5228 03 Feb 10 nicklas 98       
5228 03 Feb 10 nicklas 99       // Create some root bioassay sets
5228 03 Feb 10 nicklas 100       int emptyRootId = test_create_empty_root_bioassayset(experimentId, "Empty root");
5228 03 Feb 10 nicklas 101       int queryRootId = test_create_root_bioassayset_using_query(experimentId, "mean", "Query mean");
5228 03 Feb 10 nicklas 102       TestAnalyzeUtil.setItemId("bioassayset.root.empty", emptyRootId);
5228 03 Feb 10 nicklas 103       TestAnalyzeUtil.setItemId("bioassayset.root.query", queryRootId);
5228 03 Feb 10 nicklas 104   
5228 03 Feb 10 nicklas 105       // Create a filtered bioassay set using core api
5228 03 Feb 10 nicklas 106       int filterBasId = test_filter_bioassayset(queryRootId, "Filtered; ch1 > 2*ch2", 2.0f);
5228 03 Feb 10 nicklas 107       TestAnalyzeUtil.setItemId("bioassayset.filtered", filterBasId);
5228 03 Feb 10 nicklas 108       
5228 03 Feb 10 nicklas 109       // Create a transformed bioassay set using core api
5228 03 Feb 10 nicklas 110       int transformedBasId = test_transform_bioassayset(filterBasId, "Transformed; ch1*2, ch2/2", 2.0f);
5228 03 Feb 10 nicklas 111       TestAnalyzeUtil.setItemId("bioassayset.transformed", transformedBasId);
5228 03 Feb 10 nicklas 112   
5228 03 Feb 10 nicklas 113       // Create a file-only bioassay set using core api
5228 03 Feb 10 nicklas 114       int fileBasId = test_create_file_bioassayset(rootBasId, "/spotdata-" + rootBasId + ".txt", 
5228 03 Feb 10 nicklas 115         "File bioassayset");
5228 03 Feb 10 nicklas 116       TestAnalyzeUtil.setItemId("bioassayset.file-only", fileBasId);
5228 03 Feb 10 nicklas 117       
5228 03 Feb 10 nicklas 118       // Create some extra values using core api
5228 03 Feb 10 nicklas 119       int intExtraId = TestAnalyzeUtil.getItemId("extravaluetype.int");
5228 03 Feb 10 nicklas 120       int floatExtraId = TestAnalyzeUtil.getItemId("extravaluetype.float");
5228 03 Feb 10 nicklas 121       int stringExtraId = TestAnalyzeUtil.getItemId("extravaluetype.string");
5228 03 Feb 10 nicklas 122       
5228 03 Feb 10 nicklas 123       int extraSpotId = test_calculate_spotextravalues(filterBasId, "Spot extra values",
5228 03 Feb 10 nicklas 124           intExtraId, floatExtraId, stringExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 125       int extraPosId = test_calculate_positionextravalues(filterBasId, "Position extra values",
5228 03 Feb 10 nicklas 126           intExtraId, floatExtraId, stringExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 127       
5228 03 Feb 10 nicklas 128       test_list_bioassaysets(experimentId, 8);
5228 03 Feb 10 nicklas 129       test_list_bioassays(transformedBasId, 2);
5228 03 Feb 10 nicklas 130       
5228 03 Feb 10 nicklas 131       write_data_header();
5228 03 Feb 10 nicklas 132       test_list_bioassayset_data(extraSpotId, 10, 2, intExtraId, floatExtraId, stringExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 133       
5228 03 Feb 10 nicklas 134       write_extra_values_header();
5228 03 Feb 10 nicklas 135       test_list_extra_values(extraSpotId, intExtraId, 10, 2);
5228 03 Feb 10 nicklas 136       
5228 03 Feb 10 nicklas 137       if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
5230 04 Feb 10 nicklas 138       TestAnalyzeUtil.test_delete_bioassayset(extraPosId);
5228 03 Feb 10 nicklas 139       test_delete_data_files(fileBasId);
5228 03 Feb 10 nicklas 140     }
5228 03 Feb 10 nicklas 141     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 142     {
5228 03 Feb 10 nicklas 143       if (wasSetup) TestAnalyzeUtil.cleanupExperiment();
5228 03 Feb 10 nicklas 144       write("++Testing basic analysis "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
5228 03 Feb 10 nicklas 145     }
5228 03 Feb 10 nicklas 146     return ok;
5228 03 Feb 10 nicklas 147   }
5228 03 Feb 10 nicklas 148
5228 03 Feb 10 nicklas 149
5228 03 Feb 10 nicklas 150   static void write_item(int i, RawBioAssay rba)
5228 03 Feb 10 nicklas 151     throws BaseException
5228 03 Feb 10 nicklas 152   {
5228 03 Feb 10 nicklas 153     if (!TestUtil.getSilent()) 
5228 03 Feb 10 nicklas 154     {
5228 03 Feb 10 nicklas 155       System.out.println(i+":\t"+rba.getId()+"\t"+rba.getName()+"\t"+rba.getDescription()+
5228 03 Feb 10 nicklas 156         "\t"+rba.getRawDataType().getName()+"\t"+rba.getNumDbSpots()+"\t"+rba.getBytes()+"\t"+rba.getArrayDesign()+
5228 03 Feb 10 nicklas 157         "\t"+rba.getSoftware()+"\t"+rba.getProtocol());
5228 03 Feb 10 nicklas 158     }
5228 03 Feb 10 nicklas 159   }
5228 03 Feb 10 nicklas 160   static void write_item(int i, BioAssay ba)
5228 03 Feb 10 nicklas 161     throws BaseException
5228 03 Feb 10 nicklas 162   {
5228 03 Feb 10 nicklas 163     if (!TestUtil.getSilent()) 
5228 03 Feb 10 nicklas 164     {
5228 03 Feb 10 nicklas 165       System.out.println(i+":\t"+ba.getId()+"\t"+ba.getName()+"\t"+ba.getDescription()+
5228 03 Feb 10 nicklas 166         "\t"+ba.getRawDataType().getName()+"\t"+ba.getNumSpots());
5228 03 Feb 10 nicklas 167     }
5228 03 Feb 10 nicklas 168   }
5228 03 Feb 10 nicklas 169   static void write_item(int i, BioAssaySet bas)
5228 03 Feb 10 nicklas 170     throws BaseException
5228 03 Feb 10 nicklas 171   {
5228 03 Feb 10 nicklas 172     if (!TestUtil.getSilent()) 
5228 03 Feb 10 nicklas 173     {
5228 03 Feb 10 nicklas 174       System.out.println(i+":\t"+bas.getId()+"\t"+bas.getName()+"\t"+bas.getDescription()+
5228 03 Feb 10 nicklas 175         "\t"+bas.getTransformation()+"\t"+bas.getNumReporters()+"\t"+bas.getNumSpots() +
5228 03 Feb 10 nicklas 176         "\t" + bas.getNumFileReporters() + "\t" + bas.getNumFileSpots());
5228 03 Feb 10 nicklas 177     }
5228 03 Feb 10 nicklas 178   }
5228 03 Feb 10 nicklas 179   static void write_item(int i, ExtraValue ev)
5228 03 Feb 10 nicklas 180     throws BaseException
5228 03 Feb 10 nicklas 181   {
5228 03 Feb 10 nicklas 182     if (!TestUtil.getSilent()) 
5228 03 Feb 10 nicklas 183     {
5228 03 Feb 10 nicklas 184       System.out.println("\tExtra value: "+i+":\t"+ev.getId()+"\t"+ev.getValueType()+"\t"+
5228 03 Feb 10 nicklas 185         ev.getCoordinateType()+"\t"+ev.getExtraValueType().getExternalId()+"\t"+ev.getNumValues());
5228 03 Feb 10 nicklas 186     }
5228 03 Feb 10 nicklas 187   }
5228 03 Feb 10 nicklas 188   static void write_data_header()
5228 03 Feb 10 nicklas 189   {
5228 03 Feb 10 nicklas 190     if (!TestUtil.getSilent())
5228 03 Feb 10 nicklas 191     {
5228 03 Feb 10 nicklas 192       write("   \tColumn\tPosition\tChannel 1\tChannel 2\tReporter\tX  \tY  \tExtra");
5228 03 Feb 10 nicklas 193       write("-- \t------\t--------\t---------\t---------\t--------\t---\t---\t-----");
5228 03 Feb 10 nicklas 194     }
5228 03 Feb 10 nicklas 195   }
5228 03 Feb 10 nicklas 196   static void write_extra_values_header()
5228 03 Feb 10 nicklas 197   {
5228 03 Feb 10 nicklas 198     if (!TestUtil.getSilent())
5228 03 Feb 10 nicklas 199     {
5228 03 Feb 10 nicklas 200       write("   \tColumn\tPosition\tExtra");
5228 03 Feb 10 nicklas 201       write("-- \t------\t--------\t-----");
5228 03 Feb 10 nicklas 202     }
5228 03 Feb 10 nicklas 203   }
5228 03 Feb 10 nicklas 204   static void write_data(int i, short column, int position, float ch1, float ch2, 
5228 03 Feb 10 nicklas 205     String reporter, float x, float y, List<Object> extra)
5228 03 Feb 10 nicklas 206   {
5228 03 Feb 10 nicklas 207     if (!TestUtil.getSilent())
5228 03 Feb 10 nicklas 208     {
5228 03 Feb 10 nicklas 209       System.out.println(i+":\t"+column+"\t"+position+"\t"+ch1+"\t"+ch2+"\t"+reporter+
5228 03 Feb 10 nicklas 210         "\t"+x+"\t"+y+"\t"+extra);
5228 03 Feb 10 nicklas 211     }
5228 03 Feb 10 nicklas 212   }
5228 03 Feb 10 nicklas 213   static void write_extra_value(int i, short column, int position, Object extra)
5228 03 Feb 10 nicklas 214   {
5228 03 Feb 10 nicklas 215     if (!TestUtil.getSilent())
5228 03 Feb 10 nicklas 216     {
5228 03 Feb 10 nicklas 217       System.out.println(i+":\t"+column+"\t"+position+"\t"+extra);
5228 03 Feb 10 nicklas 218     }
5228 03 Feb 10 nicklas 219   }
5228 03 Feb 10 nicklas 220   
5228 03 Feb 10 nicklas 221   static void write(String message)
5228 03 Feb 10 nicklas 222   {
5228 03 Feb 10 nicklas 223     System.out.println(message);
5228 03 Feb 10 nicklas 224   }
5228 03 Feb 10 nicklas 225   
5228 03 Feb 10 nicklas 226
5228 03 Feb 10 nicklas 227
5228 03 Feb 10 nicklas 228   
5228 03 Feb 10 nicklas 229   static int test_create_root_bioassayset_using_query(int experimentId, String intensityFormula, String name)
5228 03 Feb 10 nicklas 230   {
5228 03 Feb 10 nicklas 231     if (experimentId == 0) return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 232     int id = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 233     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 234     long time;
5228 03 Feb 10 nicklas 235     try
5228 03 Feb 10 nicklas 236     {
5228 03 Feb 10 nicklas 237       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 238       Experiment e = Experiment.getById(dc, experimentId);
5228 03 Feb 10 nicklas 239       
5228 03 Feb 10 nicklas 240       List<RawBioAssay> rbaCollection = e.getRawBioAssays().list(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 241       
5228 03 Feb 10 nicklas 242       RawDataType rdt = e.getRawDataType();
5228 03 Feb 10 nicklas 243       String[] formulas = rdt.getIntensityFormula(intensityFormula).getExpressions();
5228 03 Feb 10 nicklas 244       RawFunction raw = new RawFunction(dc, e.getRawDataType(), true);
5228 03 Feb 10 nicklas 245       Expression ch1 = Jep.formulaToExpression(formulas[0], raw);
5228 03 Feb 10 nicklas 246       Expression ch2 = Jep.formulaToExpression(formulas[1], raw);
5228 03 Feb 10 nicklas 247
5228 03 Feb 10 nicklas 248       time = System.currentTimeMillis();
5228 03 Feb 10 nicklas 249       BioAssaySet root = IntensityCalculatorUtil.createRootBioAssaySet(
5228 03 Feb 10 nicklas 250         dc, e, rbaCollection, null, new Expression[] { ch1, ch2 }, 
5228 03 Feb 10 nicklas 251         TestUtil.getSilent() ? null : new ConsoleProgressReporter() );
5228 03 Feb 10 nicklas 252       root.setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 253       root.getTransformation().setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 254       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 255
5228 03 Feb 10 nicklas 256       time = System.currentTimeMillis()-time;
5228 03 Feb 10 nicklas 257       int numSpots = root.getNumSpots();
5228 03 Feb 10 nicklas 258       id = root.getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 259       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 260       dc.reattachItem(root, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 261       write_item(0, root);
5228 03 Feb 10 nicklas 262       write("--Create root bioassayset using query OK ("+numSpots+" spots inserted; "+time+" ms)");
5228 03 Feb 10 nicklas 263     }
5228 03 Feb 10 nicklas 264     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 265     {
5228 03 Feb 10 nicklas 266       write("--Create root bioassayset using query FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 267       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 268       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 269     }
5228 03 Feb 10 nicklas 270     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 271     {
5228 03 Feb 10 nicklas 272       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 273     }
5228 03 Feb 10 nicklas 274     return id;
5228 03 Feb 10 nicklas 275   }
5228 03 Feb 10 nicklas 276   
5228 03 Feb 10 nicklas 277   static int test_create_empty_root_bioassayset(int experimentId, String name)
5228 03 Feb 10 nicklas 278   {
5228 03 Feb 10 nicklas 279     if (experimentId == 0) return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 280     int id = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 281     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 282     try
5228 03 Feb 10 nicklas 283     {
5228 03 Feb 10 nicklas 284       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 285       Experiment e = Experiment.getById(dc, experimentId);
5228 03 Feb 10 nicklas 286       
5228 03 Feb 10 nicklas 287       List<RawBioAssay> rbaCollection = e.getRawBioAssays().list(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 288       
5228 03 Feb 10 nicklas 289       Transformation t = e.newTransformation(null, rbaCollection);
5228 03 Feb 10 nicklas 290       t.setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 291       BioAssaySet root = t.newProduct("new", "new", false);
5228 03 Feb 10 nicklas 292       root.setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 293       dc.saveItem(t);
5228 03 Feb 10 nicklas 294       dc.saveItem(root);
5228 03 Feb 10 nicklas 295       
5228 03 Feb 10 nicklas 296       for (RawBioAssay rba : rbaCollection)
5228 03 Feb 10 nicklas 297       {
5228 03 Feb 10 nicklas 298         // Create a new BioAssay for each raw bioassay
5228 03 Feb 10 nicklas 299         BioAssay ba = root.newRootBioAssay(Collections.singleton(rba));
5228 03 Feb 10 nicklas 300         ba.setName(rba.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 301         dc.saveItem(ba);
5228 03 Feb 10 nicklas 302       }
5228 03 Feb 10 nicklas 303       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 304
5228 03 Feb 10 nicklas 305       int numSpots = root.getNumSpots();
5228 03 Feb 10 nicklas 306       id = root.getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 307       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 308       dc.reattachItem(root, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 309       write_item(0, root);
5228 03 Feb 10 nicklas 310       write("--Create empty root bioassayset OK ("+numSpots+" spots inserted)");
5228 03 Feb 10 nicklas 311     }
5228 03 Feb 10 nicklas 312     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 313     {
5228 03 Feb 10 nicklas 314       write("--Create empty root bioassayset FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 315       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 316       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 317     }
5228 03 Feb 10 nicklas 318     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 319     {
5228 03 Feb 10 nicklas 320       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 321     }
5228 03 Feb 10 nicklas 322     return id;
5228 03 Feb 10 nicklas 323   }
5228 03 Feb 10 nicklas 324   
5228 03 Feb 10 nicklas 325   
5228 03 Feb 10 nicklas 326   static int test_create_file_bioassayset(int bioAssaySetId, String path, String name)
5228 03 Feb 10 nicklas 327   {
5228 03 Feb 10 nicklas 328     if (bioAssaySetId == 0) return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 329     int id = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 330     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 331     try
5228 03 Feb 10 nicklas 332     {
5228 03 Feb 10 nicklas 333       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 334       
5228 03 Feb 10 nicklas 335       BioAssaySet source = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5228 03 Feb 10 nicklas 336       Transformation t = source.newTransformation(null);
5228 03 Feb 10 nicklas 337       t.setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 338       dc.saveItem(t);
5228 03 Feb 10 nicklas 339
5228 03 Feb 10 nicklas 340       BioAssaySet bas = t.newProduct(null, "new", false);
5228 03 Feb 10 nicklas 341       bas.setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 342       dc.saveItem(bas);
5228 03 Feb 10 nicklas 343
5228 03 Feb 10 nicklas 344       for (BioAssay parentBa : source.getBioAssays().list(dc))
5228 03 Feb 10 nicklas 345       {
5228 03 Feb 10 nicklas 346         BioAssay childBa = bas.newBioAssay(parentBa);
5228 03 Feb 10 nicklas 347         childBa.setNumFileSpots(parentBa.getNumSpots());
5228 03 Feb 10 nicklas 348         dc.saveItem(childBa);
5228 03 Feb 10 nicklas 349       }
5228 03 Feb 10 nicklas 350       
5228 03 Feb 10 nicklas 351       File f = File.getByPath(dc, new Path(path, Path.Type.FILE), true);
5228 03 Feb 10 nicklas 352       f.setMimeType("text/plain");
5630 13 May 11 nicklas 353       f.setItemSubtype(ItemSubtype.getById(dc, SystemItems.getId(File.SPOT_DATA)));
5228 03 Feb 10 nicklas 354       if (!f.isInDatabase()) dc.saveItem(f);
5228 03 Feb 10 nicklas 355       FileStoreUtil.setDataFile(dc, bas, DataFileType.GENERIC_SPOT_DATA, f);
5228 03 Feb 10 nicklas 356       bas.setNumFileSpots(source.getNumSpots());
5228 03 Feb 10 nicklas 357       bas.setNumFileReporters(source.getNumReporters());
5228 03 Feb 10 nicklas 358       
5228 03 Feb 10 nicklas 359       PrintWriter out = new PrintWriter(f.getUploadStream(false));
5228 03 Feb 10 nicklas 360       int numChannels = bas.getRawDataType().getChannels();
5228 03 Feb 10 nicklas 361       out.print("REPORTER\tASSAY\tPOSITION");
5228 03 Feb 10 nicklas 362       for (int ch = 1; ch <= numChannels; ++ch)
5228 03 Feb 10 nicklas 363       {
5228 03 Feb 10 nicklas 364         out.print("\tCH");
5228 03 Feb 10 nicklas 365         out.print(ch);
5228 03 Feb 10 nicklas 366       }
5228 03 Feb 10 nicklas 367       out.print('\n');
5228 03 Feb 10 nicklas 368       
5228 03 Feb 10 nicklas 369       DynamicSpotQuery query = source.getSpotData();
5228 03 Feb 10 nicklas 370       query.select(Dynamic.selectReporter("externalId"));
5228 03 Feb 10 nicklas 371       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.COLUMN));
5228 03 Feb 10 nicklas 372       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.POSITION));
5228 03 Feb 10 nicklas 373       for (int ch = 1; ch <= numChannels; ++ch)
5228 03 Feb 10 nicklas 374       {
5228 03 Feb 10 nicklas 375         query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.channelRaw(ch)));
5228 03 Feb 10 nicklas 376       }
5228 03 Feb 10 nicklas 377       DynamicResultIterator it = query.iterate(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 378
5228 03 Feb 10 nicklas 379       while (it.hasNext())
5228 03 Feb 10 nicklas 380       {
5228 03 Feb 10 nicklas 381         SqlResult result = it.next();
5228 03 Feb 10 nicklas 382         out.print(result.getString(1)); // Reporter
5228 03 Feb 10 nicklas 383         out.print('\t');
5228 03 Feb 10 nicklas 384         out.print(result.getInt(2)); // Assay
5228 03 Feb 10 nicklas 385         out.print('\t');
5228 03 Feb 10 nicklas 386         out.print(result.getInt(3)); // Position
5228 03 Feb 10 nicklas 387         
5228 03 Feb 10 nicklas 388         for (int ch = 1; ch <= numChannels; ++ch)
5228 03 Feb 10 nicklas 389         {
5228 03 Feb 10 nicklas 390           out.print('\t');
5228 03 Feb 10 nicklas 391           out.print(result.getFloat(3+ch));
5228 03 Feb 10 nicklas 392         }
5228 03 Feb 10 nicklas 393         out.print('\n');
5228 03 Feb 10 nicklas 394       }
5228 03 Feb 10 nicklas 395       out.flush();
5228 03 Feb 10 nicklas 396       out.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 397
5228 03 Feb 10 nicklas 398       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 399       id = bas.getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 400       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 401       dc.reattachItem(bas, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 402       write_item(0, bas);
5228 03 Feb 10 nicklas 403       write("--Create file bioassayset OK ("+bas.getNumFileSpots()+" spots inserted)");
5228 03 Feb 10 nicklas 404     }
5228 03 Feb 10 nicklas 405     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 406     {
5228 03 Feb 10 nicklas 407       write("--Create file bioassayset FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 408       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 409       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 410     }
5228 03 Feb 10 nicklas 411     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 412     {
5228 03 Feb 10 nicklas 413       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 414     }
5228 03 Feb 10 nicklas 415     return id;
5228 03 Feb 10 nicklas 416   }
5228 03 Feb 10 nicklas 417   
5228 03 Feb 10 nicklas 418   
5228 03 Feb 10 nicklas 419   static int test_transform_bioassayset(int bioAssaySetId, String name, float factor)
5228 03 Feb 10 nicklas 420   {
5228 03 Feb 10 nicklas 421     if (bioAssaySetId == 0) return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 422     int id = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 423     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 424     try
5228 03 Feb 10 nicklas 425     {
5228 03 Feb 10 nicklas 426       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 427       BioAssaySet source = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5228 03 Feb 10 nicklas 428       
5228 03 Feb 10 nicklas 429       Transformation t = source.newTransformation(null);
5228 03 Feb 10 nicklas 430       t.setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 431       dc.saveItem(t);
5228 03 Feb 10 nicklas 432
5228 03 Feb 10 nicklas 433       BioAssaySet bas = t.newProduct(null, "new", true);
5228 03 Feb 10 nicklas 434       bas.setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 435       bas.setIntensityTransform(source.getIntensityTransform());
5228 03 Feb 10 nicklas 436       dc.saveItem(bas);
5228 03 Feb 10 nicklas 437
5228 03 Feb 10 nicklas 438       int numSpots = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 439       SpotBatcher spotBatcher = bas.getSpotBatcher();
5228 03 Feb 10 nicklas 440       
5228 03 Feb 10 nicklas 441       DynamicSpotQuery query = source.getSpotData();
5228 03 Feb 10 nicklas 442       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.COLUMN));
5228 03 Feb 10 nicklas 443       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.POSITION));
5228 03 Feb 10 nicklas 444       query.select(
5228 03 Feb 10 nicklas 445         Selects.expression(
5228 03 Feb 10 nicklas 446           Expressions.multiply(
5228 03 Feb 10 nicklas 447             Dynamic.column(VirtualColumn.channelRaw(1)),
5228 03 Feb 10 nicklas 448             Expressions.aFloat(factor)
5228 03 Feb 10 nicklas 449           ),
5228 03 Feb 10 nicklas 450           "ch1"
5228 03 Feb 10 nicklas 451         )
5228 03 Feb 10 nicklas 452       );
5228 03 Feb 10 nicklas 453       query.select(
5228 03 Feb 10 nicklas 454         Selects.expression(
5228 03 Feb 10 nicklas 455           Expressions.divide(
5228 03 Feb 10 nicklas 456             Dynamic.column(VirtualColumn.channelRaw(2)),
5228 03 Feb 10 nicklas 457             Expressions.aFloat(factor)
5228 03 Feb 10 nicklas 458           ),
5228 03 Feb 10 nicklas 459           "ch2"
5228 03 Feb 10 nicklas 460         )
5228 03 Feb 10 nicklas 461       );
5228 03 Feb 10 nicklas 462       spotBatcher.insert(query);
5228 03 Feb 10 nicklas 463       spotBatcher.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 464
5228 03 Feb 10 nicklas 465       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 466       id = bas.getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 467       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 468       dc.reattachItem(bas, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 469       write_item(0, bas);
5228 03 Feb 10 nicklas 470       write("--Create bioassayset OK ("+numSpots+" spots inserted)");
5228 03 Feb 10 nicklas 471     }
5228 03 Feb 10 nicklas 472     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 473     {
5228 03 Feb 10 nicklas 474       write("--Create bioassayset FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 475       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 476       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 477     }
5228 03 Feb 10 nicklas 478     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 479     {
5228 03 Feb 10 nicklas 480       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 481     }
5228 03 Feb 10 nicklas 482     return id;
5228 03 Feb 10 nicklas 483   }
5228 03 Feb 10 nicklas 484
5228 03 Feb 10 nicklas 485   static int test_filter_bioassayset(int bioAssaySetId, String name, float factor)
5228 03 Feb 10 nicklas 486   {
5228 03 Feb 10 nicklas 487     if (bioAssaySetId == 0) return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 488     int id = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 489     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 490     try
5228 03 Feb 10 nicklas 491     {
5228 03 Feb 10 nicklas 492       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 493       BioAssaySet source = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5228 03 Feb 10 nicklas 494       
5228 03 Feb 10 nicklas 495       Transformation t = source.newTransformation(null);
5228 03 Feb 10 nicklas 496       t.setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 497       dc.saveItem(t);
5228 03 Feb 10 nicklas 498
5228 03 Feb 10 nicklas 499       BioAssaySet bas = t.newProduct(null, null, true);
5228 03 Feb 10 nicklas 500       bas.setName(name);
5228 03 Feb 10 nicklas 501       bas.setIntensityTransform(source.getIntensityTransform());
5228 03 Feb 10 nicklas 502       dc.saveItem(bas);
5228 03 Feb 10 nicklas 503
5228 03 Feb 10 nicklas 504       DynamicSpotQuery query = source.getSpotData();
5228 03 Feb 10 nicklas 505       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.COLUMN));
5228 03 Feb 10 nicklas 506       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.POSITION));
5228 03 Feb 10 nicklas 507       query.restrict(
5228 03 Feb 10 nicklas 508         Restrictions.gt(
5228 03 Feb 10 nicklas 509           Dynamic.column(VirtualColumn.channelRaw(1)),
5228 03 Feb 10 nicklas 510           Expressions.multiply(
5228 03 Feb 10 nicklas 511             Expressions.parameter("factor"),
5228 03 Feb 10 nicklas 512             Dynamic.column(VirtualColumn.channelRaw(2))
5228 03 Feb 10 nicklas 513           )
5228 03 Feb 10 nicklas 514         )
5228 03 Feb 10 nicklas 515       );
5228 03 Feb 10 nicklas 516       query.setParameter("factor", factor, Type.FLOAT);
5228 03 Feb 10 nicklas 517       
5228 03 Feb 10 nicklas 518       FilterBatcher filterBatcher = bas.getFilterBatcher();
5228 03 Feb 10 nicklas 519       DynamicResultIterator spots = query.iterate(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 520       int column = spots.getIndex(VirtualColumn.COLUMN.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 521       int position = spots.getIndex(VirtualColumn.POSITION.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 522       int numSpots = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 523       while (spots.hasNext())
5228 03 Feb 10 nicklas 524       {
5228 03 Feb 10 nicklas 525         SqlResult r = spots.next();
5228 03 Feb 10 nicklas 526         filterBatcher.insert(r.getShort(column), r.getInt(position));
5228 03 Feb 10 nicklas 527         numSpots++;
5228 03 Feb 10 nicklas 528       }
5228 03 Feb 10 nicklas 529       filterBatcher.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 530
5228 03 Feb 10 nicklas 531       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 532       id = bas.getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 533       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 534       dc.reattachItem(bas, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 535       write_item(0, bas);
5228 03 Feb 10 nicklas 536       write("--Create filtered bioassayset OK ("+numSpots+" spots inserted)");
5228 03 Feb 10 nicklas 537     }
5228 03 Feb 10 nicklas 538     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 539     {
5228 03 Feb 10 nicklas 540       write("--Create filtered bioassayset FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 541       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 542       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 543     }
5228 03 Feb 10 nicklas 544     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 545     {
5228 03 Feb 10 nicklas 546       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 547     }
5228 03 Feb 10 nicklas 548     return id;
5228 03 Feb 10 nicklas 549   }
5228 03 Feb 10 nicklas 550
5228 03 Feb 10 nicklas 551   static int test_calculate_spotextravalues(int bioAssaySetId, String childName, 
5228 03 Feb 10 nicklas 552       int intExtraId, int floatExtraId, int stringExtraId)
5228 03 Feb 10 nicklas 553   {
5228 03 Feb 10 nicklas 554     if (bioAssaySetId == 0) return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 555     int id = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 556     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 557     try
5228 03 Feb 10 nicklas 558     {
5228 03 Feb 10 nicklas 559       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 560       BioAssaySet source = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5228 03 Feb 10 nicklas 561       
5228 03 Feb 10 nicklas 562       Transformation t = source.newTransformation(null);
5228 03 Feb 10 nicklas 563       dc.saveItem(t);
5228 03 Feb 10 nicklas 564
5228 03 Feb 10 nicklas 565       BioAssaySet addTo = source;
5228 03 Feb 10 nicklas 566       if (childName != null)
5228 03 Feb 10 nicklas 567       {
5228 03 Feb 10 nicklas 568         t.setName(childName);
5228 03 Feb 10 nicklas 569         BioAssaySet child = t.newProduct(null, null, true);
5228 03 Feb 10 nicklas 570         child.setName(childName);
5228 03 Feb 10 nicklas 571         dc.saveItem(child);
5228 03 Feb 10 nicklas 572         addTo = child;
5228 03 Feb 10 nicklas 573       }
5228 03 Feb 10 nicklas 574       
5228 03 Feb 10 nicklas 575       SpotExtraValueBatcher<Integer> intBatcher = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 576       if (intExtraId != 0)
5228 03 Feb 10 nicklas 577       {
5228 03 Feb 10 nicklas 578         ExtraValueType intExtraValue = ExtraValueType.getById(dc, intExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 579         intBatcher = addTo.getSpotExtraValueBatcher(Integer.class, intExtraValue, null);
5228 03 Feb 10 nicklas 580       }
5228 03 Feb 10 nicklas 581       SpotExtraValueBatcher<Float> floatBatcher = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 582       if (floatExtraId != 0)
5228 03 Feb 10 nicklas 583       {
5228 03 Feb 10 nicklas 584         ExtraValueType floatExtraValue = ExtraValueType.getById(dc, floatExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 585         floatBatcher = addTo.getSpotExtraValueBatcher(Float.class, floatExtraValue, null);
5228 03 Feb 10 nicklas 586       }
5228 03 Feb 10 nicklas 587       SpotExtraValueBatcher<String> stringBatcher = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 588       if (stringExtraId != 0)
5228 03 Feb 10 nicklas 589       {
5228 03 Feb 10 nicklas 590         ExtraValueType stringExtraValue = ExtraValueType.getById(dc, stringExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 591         stringBatcher = addTo.getSpotExtraValueBatcher(String.class, stringExtraValue, null);
5228 03 Feb 10 nicklas 592       }
5228 03 Feb 10 nicklas 593       
5228 03 Feb 10 nicklas 594       DynamicSpotQuery query = source.getSpotData();
5228 03 Feb 10 nicklas 595       DynamicResultIterator spots = query.iterate(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 596       int column = spots.getIndex(VirtualColumn.COLUMN.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 597       int position = spots.getIndex(VirtualColumn.POSITION.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 598       int ch1 = spots.getIndex(VirtualColumn.channelIntensity(1).getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 599       int ch2 = spots.getIndex(VirtualColumn.channelIntensity(2).getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 600       int numSpots = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 601       while (spots.hasNext())
5228 03 Feb 10 nicklas 602       {
5228 03 Feb 10 nicklas 603         numSpots++;
5228 03 Feb 10 nicklas 604         SqlResult r = spots.next();
5228 03 Feb 10 nicklas 605         
5228 03 Feb 10 nicklas 606         if (numSpots == 1)
5228 03 Feb 10 nicklas 607         {
5228 03 Feb 10 nicklas 608           // Test NULL and Float.NaN
5228 03 Feb 10 nicklas 609           if (intBatcher != null) intBatcher.insert(r.getShort(column), r.getInt(position), null);
5228 03 Feb 10 nicklas 610           if (floatBatcher != null) floatBatcher.insert(r.getShort(column), r.getInt(position), Float.NaN);
5228 03 Feb 10 nicklas 611           if (stringBatcher != null) stringBatcher.insert(r.getShort(column), r.getInt(position), null);
5228 03 Feb 10 nicklas 612         }
5228 03 Feb 10 nicklas 613         else
5228 03 Feb 10 nicklas 614         {
5228 03 Feb 10 nicklas 615           if (intBatcher != null) intBatcher.insert(r.getShort(column), r.getInt(position), numSpots);
5228 03 Feb 10 nicklas 616           if (floatBatcher != null) floatBatcher.insert(r.getShort(column), r.getInt(position), r.getFloat(ch1) * r.getFloat(ch2));
5228 03 Feb 10 nicklas 617           if (stringBatcher != null) stringBatcher.insert(r.getShort(column), r.getInt(position), "Spot number " + numSpots);
5228 03 Feb 10 nicklas 618         }
5228 03 Feb 10 nicklas 619       }
5228 03 Feb 10 nicklas 620
5228 03 Feb 10 nicklas 621       if (intBatcher != null) intBatcher.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 622       if (floatBatcher != null) floatBatcher.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 623       if (stringBatcher != null) stringBatcher.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 624
5228 03 Feb 10 nicklas 625       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 626       id = addTo.getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 627       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 628       dc.reattachItem(addTo, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 629       write_item(0, addTo);
5228 03 Feb 10 nicklas 630       write("--Calculate spot extra values OK ("+numSpots+" values inserted)");
5228 03 Feb 10 nicklas 631
5228 03 Feb 10 nicklas 632     }
5228 03 Feb 10 nicklas 633     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 634     {
5228 03 Feb 10 nicklas 635       write("--Calculate spot extra values FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 636       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 637       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 638     }
5228 03 Feb 10 nicklas 639     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 640     {
5228 03 Feb 10 nicklas 641       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 642     }
5228 03 Feb 10 nicklas 643     return id;
5228 03 Feb 10 nicklas 644   }
5228 03 Feb 10 nicklas 645
5228 03 Feb 10 nicklas 646   static int test_calculate_positionextravalues(int bioAssaySetId, String childName, int intExtraId, int floatExtraId, int stringExtraId)
5228 03 Feb 10 nicklas 647   {
5228 03 Feb 10 nicklas 648     if (bioAssaySetId == 0) return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 649     int id = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 650     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 651     try
5228 03 Feb 10 nicklas 652     {
5228 03 Feb 10 nicklas 653       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 654       BioAssaySet source = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5228 03 Feb 10 nicklas 655       
5228 03 Feb 10 nicklas 656       Transformation t = source.newTransformation(null);
5228 03 Feb 10 nicklas 657       t.setName(childName);
5228 03 Feb 10 nicklas 658       dc.saveItem(t);
5228 03 Feb 10 nicklas 659
5228 03 Feb 10 nicklas 660       BioAssaySet bas = t.newProduct(null, null, true);
5228 03 Feb 10 nicklas 661       bas.setName(childName);
5228 03 Feb 10 nicklas 662       IntensityTransform transform = source.getIntensityTransform();
5228 03 Feb 10 nicklas 663       bas.setIntensityTransform(transform);
5228 03 Feb 10 nicklas 664       dc.saveItem(bas);
5228 03 Feb 10 nicklas 665       
5228 03 Feb 10 nicklas 666       PositionExtraValueBatcher<Integer> intBatcher = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 667       if (intExtraId != 0)
5228 03 Feb 10 nicklas 668       {
5228 03 Feb 10 nicklas 669         ExtraValueType intExtraValue = ExtraValueType.getById(dc, intExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 670         intBatcher = bas.getPositionExtraValueBatcher(Integer.class, intExtraValue, null);
5228 03 Feb 10 nicklas 671       }
5228 03 Feb 10 nicklas 672       PositionExtraValueBatcher<Float> floatBatcher = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 673       if (floatExtraId != 0)
5228 03 Feb 10 nicklas 674       {
5228 03 Feb 10 nicklas 675         ExtraValueType floatExtraValue = ExtraValueType.getById(dc, floatExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 676         floatBatcher = bas.getPositionExtraValueBatcher(Float.class, floatExtraValue, null);
5228 03 Feb 10 nicklas 677       }
5228 03 Feb 10 nicklas 678       PositionExtraValueBatcher<String> stringBatcher = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 679       if (stringExtraId != 0)
5228 03 Feb 10 nicklas 680       {
5228 03 Feb 10 nicklas 681         ExtraValueType stringExtraValue = ExtraValueType.getById(dc, stringExtraId);
5228 03 Feb 10 nicklas 682         stringBatcher = bas.getPositionExtraValueBatcher(String.class, stringExtraValue, null);
5228 03 Feb 10 nicklas 683       }
5228 03 Feb 10 nicklas 684
5228 03 Feb 10 nicklas 685       Formula.AverageMethod avgMethod = transform.getAverageMethod();
5228 03 Feb 10 nicklas 686       Expression avgCh1 = avgMethod.getAverageExpression(Dynamic.column(VirtualColumn.channelRaw(1)));
5228 03 Feb 10 nicklas 687       Expression avgCh2 = avgMethod.getAverageExpression(Dynamic.column(VirtualColumn.channelRaw(2)));
5228 03 Feb 10 nicklas 688       Expression product = Expressions.multiply(avgCh1, avgCh2);
5228 03 Feb 10 nicklas 689       DynamicSpotQuery query = source.getSpotData();
5228 03 Feb 10 nicklas 690       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.POSITION));
5228 03 Feb 10 nicklas 691       query.select(Selects.expression(product, "product"));
5228 03 Feb 10 nicklas 692       query.select(Selects.expression(Expressions.string("static"), "static"));
5228 03 Feb 10 nicklas 693       query.group(Dynamic.column(VirtualColumn.POSITION));
5228 03 Feb 10 nicklas 694
5228 03 Feb 10 nicklas 695       DynamicResultIterator spots = query.iterate(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 696       int position = spots.getIndex(VirtualColumn.POSITION.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 697       int prod = spots.getIndex("product");
5228 03 Feb 10 nicklas 698       int stat = spots.getIndex("static");
5228 03 Feb 10 nicklas 699       int numSpots = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 700       while (spots.hasNext())
5228 03 Feb 10 nicklas 701       {
5228 03 Feb 10 nicklas 702         numSpots++;
5228 03 Feb 10 nicklas 703         SqlResult r = spots.next();
5228 03 Feb 10 nicklas 704         if (numSpots == 1)
5228 03 Feb 10 nicklas 705         {
5228 03 Feb 10 nicklas 706           if (intBatcher != null) intBatcher.insert(r.getInt(position), null);
5228 03 Feb 10 nicklas 707           if (floatBatcher != null) floatBatcher.insert(r.getInt(position), Float.NaN);
5228 03 Feb 10 nicklas 708           if (stringBatcher != null) stringBatcher.insert(r.getInt(position), null);
5228 03 Feb 10 nicklas 709         }
5228 03 Feb 10 nicklas 710         else
5228 03 Feb 10 nicklas 711         {
5228 03 Feb 10 nicklas 712           if (intBatcher != null) intBatcher.insert(r.getInt(position), numSpots);
5228 03 Feb 10 nicklas 713           if (floatBatcher != null) floatBatcher.insert(r.getInt(position), r.getFloat(prod));
5228 03 Feb 10 nicklas 714           if (stringBatcher != null) stringBatcher.insert(r.getInt(position), r.getString(stat));
5228 03 Feb 10 nicklas 715         }
5228 03 Feb 10 nicklas 716       }
5228 03 Feb 10 nicklas 717
5228 03 Feb 10 nicklas 718       if (intBatcher != null) intBatcher.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 719       if (floatBatcher != null) floatBatcher.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 720       if (stringBatcher != null) stringBatcher.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 721
5228 03 Feb 10 nicklas 722       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 723       id = bas.getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 724       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 725       dc.reattachItem(bas, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 726       write_item(0, bas);
5228 03 Feb 10 nicklas 727       write("--Calculate position extra values OK ("+numSpots+" values inserted)");
5228 03 Feb 10 nicklas 728
5228 03 Feb 10 nicklas 729     }
5228 03 Feb 10 nicklas 730     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 731     {
5228 03 Feb 10 nicklas 732       write("--Calculate position extra values FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 733       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 734       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 735     }
5228 03 Feb 10 nicklas 736     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 737     {
5228 03 Feb 10 nicklas 738       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 739     }
5228 03 Feb 10 nicklas 740     return id;
5228 03 Feb 10 nicklas 741   }
5228 03 Feb 10 nicklas 742
5228 03 Feb 10 nicklas 743   
5230 04 Feb 10 nicklas 744
5228 03 Feb 10 nicklas 745   
5228 03 Feb 10 nicklas 746   static void test_list_bioassays(int bioassaysetId, int expectedResults)
5228 03 Feb 10 nicklas 747   {
5228 03 Feb 10 nicklas 748     if (bioassaysetId == 0) return;
5228 03 Feb 10 nicklas 749     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 750     try
5228 03 Feb 10 nicklas 751     {
5228 03 Feb 10 nicklas 752       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 753       BioAssaySet bas = BioAssaySet.getById(dc, bioassaysetId);
5228 03 Feb 10 nicklas 754       
5228 03 Feb 10 nicklas 755       ItemResultList<BioAssay> l = bas.getBioAssays().list(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 756       for (int i = 0; i < l.size(); i++)
5228 03 Feb 10 nicklas 757       {
5228 03 Feb 10 nicklas 758         BioAssay ba = l.get(i);
5228 03 Feb 10 nicklas 759         write_item(i, ba);
5228 03 Feb 10 nicklas 760         for (RawBioAssay rba : ba.getRawBioAssays().list(dc))
5228 03 Feb 10 nicklas 761         {
5228 03 Feb 10 nicklas 762           write_item(i, rba);
5228 03 Feb 10 nicklas 763         }
5228 03 Feb 10 nicklas 764       }
5228 03 Feb 10 nicklas 765       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
5228 03 Feb 10 nicklas 766       {
5228 03 Feb 10 nicklas 767         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
5228 03 Feb 10 nicklas 768       }
5228 03 Feb 10 nicklas 769       write("--List bioassays OK ("+l.size()+")");
5228 03 Feb 10 nicklas 770     }
5228 03 Feb 10 nicklas 771     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 772     {
5228 03 Feb 10 nicklas 773       write("--List bioassays FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 774       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 775       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 776     }
5228 03 Feb 10 nicklas 777     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 778     {
5228 03 Feb 10 nicklas 779       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 780     }
5228 03 Feb 10 nicklas 781   }
5228 03 Feb 10 nicklas 782   
5228 03 Feb 10 nicklas 783   static void test_list_bioassaysets(int experimentId, int expectedResults)
5228 03 Feb 10 nicklas 784   {
5228 03 Feb 10 nicklas 785     if (experimentId == 0) return;
5228 03 Feb 10 nicklas 786     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 787     try
5228 03 Feb 10 nicklas 788     {
5228 03 Feb 10 nicklas 789       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 790       Experiment e = Experiment.getById(dc, experimentId);
5228 03 Feb 10 nicklas 791
5228 03 Feb 10 nicklas 792       ItemResultList<BioAssaySet> l = e.getBioAssaySets().list(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 793       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
5228 03 Feb 10 nicklas 794       {
5228 03 Feb 10 nicklas 795         BioAssaySet bas = l.get(i);
5228 03 Feb 10 nicklas 796         write_item(i, bas);
5228 03 Feb 10 nicklas 797         
5228 03 Feb 10 nicklas 798         ItemResultList<ExtraValue> ev = bas.getExtraValues().list(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 799         
5228 03 Feb 10 nicklas 800         for (int j = 0; j < ev.size(); j++)
5228 03 Feb 10 nicklas 801         {
5228 03 Feb 10 nicklas 802           write_item(j, ev.get(j));  
5228 03 Feb 10 nicklas 803         }
5228 03 Feb 10 nicklas 804       }
5228 03 Feb 10 nicklas 805       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
5228 03 Feb 10 nicklas 806       {
5228 03 Feb 10 nicklas 807         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
5228 03 Feb 10 nicklas 808       }
5228 03 Feb 10 nicklas 809       write("--List bioassaysets OK ("+l.size()+")");
5228 03 Feb 10 nicklas 810     }
5228 03 Feb 10 nicklas 811     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 812     {
5228 03 Feb 10 nicklas 813       write("--List bioassaysets FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 814       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 815       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 816     }
5228 03 Feb 10 nicklas 817     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 818     {
5228 03 Feb 10 nicklas 819       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 820     }
5228 03 Feb 10 nicklas 821   }
5228 03 Feb 10 nicklas 822   
5228 03 Feb 10 nicklas 823   static void test_list_bioassayset_data(int bioAssaySetId, int limit, int offset, int... extraValueTypes)
5228 03 Feb 10 nicklas 824   {
5228 03 Feb 10 nicklas 825     if (bioAssaySetId == 0) return;
5228 03 Feb 10 nicklas 826     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 827     try
5228 03 Feb 10 nicklas 828     {
5228 03 Feb 10 nicklas 829       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 830       BioAssaySet bas = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5228 03 Feb 10 nicklas 831       
5228 03 Feb 10 nicklas 832       DynamicSpotQuery query = bas.getSpotData();
5228 03 Feb 10 nicklas 833       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.COLUMN));
5228 03 Feb 10 nicklas 834       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.POSITION));
5228 03 Feb 10 nicklas 835       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.channelRaw(1)));
5228 03 Feb 10 nicklas 836       query.select(Dynamic.select(VirtualColumn.channelRaw(2)));
5228 03 Feb 10 nicklas 837       query.select(Dynamic.selectReporter("externalId"));
5228 03 Feb 10 nicklas 838       query.select(Dynamic.selectRawData("x"));
5228 03 Feb 10 nicklas 839       query.select(Dynamic.selectRawData("y"));
5228 03 Feb 10 nicklas 840       query.joinReporters(JoinType.LEFT);
5228 03 Feb 10 nicklas 841       query.joinRawData(JoinType.LEFT);
5228 03 Feb 10 nicklas 842       
5228 03 Feb 10 nicklas 843       for (int extraValueTypeId : extraValueTypes)
5228 03 Feb 10 nicklas 844       {
5228 03 Feb 10 nicklas 845         ExtraValueType evt = ExtraValueType.getById(dc, extraValueTypeId);
5228 03 Feb 10 nicklas 846         ExtraValue ev = bas.getExtraValue(evt);
5228 03 Feb 10 nicklas 847         query.joinExtraValue(ev, JoinType.INNER);
5228 03 Feb 10 nicklas 848         query.select(Dynamic.select(ev, "ev"+extraValueTypeId));
5228 03 Feb 10 nicklas 849       }
5228 03 Feb 10 nicklas 850       
5228 03 Feb 10 nicklas 851       query.setMaxResults(limit);
5228 03 Feb 10 nicklas 852       query.setFirstResult(offset);
5228 03 Feb 10 nicklas 853       query.setReturnTotalCount(true);
5228 03 Feb 10 nicklas 854       
5228 03 Feb 10 nicklas 855       DynamicResultIterator spots = query.iterate(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 856       int column = spots.getIndex(VirtualColumn.COLUMN.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 857       int position = spots.getIndex(VirtualColumn.POSITION.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 858       int ch1 = spots.getIndex(VirtualColumn.channelRaw(1).getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 859       int ch2 = spots.getIndex(VirtualColumn.channelRaw(2).getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 860       int reporter = spots.getIndex("externalId");
5228 03 Feb 10 nicklas 861       int x = spots.getIndex("x");
5228 03 Feb 10 nicklas 862       int y = spots.getIndex("y");
5228 03 Feb 10 nicklas 863       int[] extraIndex = new int[extraValueTypes.length];
5228 03 Feb 10 nicklas 864       for (int i = 0; i < extraIndex.length; ++i)
5228 03 Feb 10 nicklas 865       {
5228 03 Feb 10 nicklas 866         extraIndex[i] = spots.getIndex("ev"+extraValueTypes[i]);  
5228 03 Feb 10 nicklas 867       }
5228 03 Feb 10 nicklas 868       List<Object> extraValues = new ArrayList<Object>(extraIndex.length);
5228 03 Feb 10 nicklas 869       int listed = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 870       while (spots.hasNext())
5228 03 Feb 10 nicklas 871       {
5228 03 Feb 10 nicklas 872         SqlResult r = spots.next();
5228 03 Feb 10 nicklas 873         for (int i = 0; i < extraIndex.length; ++i)
5228 03 Feb 10 nicklas 874         {
5228 03 Feb 10 nicklas 875           extraValues.add(r.getObject(extraIndex[i]));  
5228 03 Feb 10 nicklas 876         }
5228 03 Feb 10 nicklas 877         write_data(listed, r.getShort(column), r.getInt(position), 
5228 03 Feb 10 nicklas 878           r.getFloat(ch1), r.getFloat(ch2), r.getString(reporter), 
5228 03 Feb 10 nicklas 879           r.getFloat(x), r.getFloat(y), extraValues);
5228 03 Feb 10 nicklas 880         extraValues.clear();
5228 03 Feb 10 nicklas 881         listed++;
5228 03 Feb 10 nicklas 882       }
5228 03 Feb 10 nicklas 883       spots.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 884       
5228 03 Feb 10 nicklas 885       dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 886       write("--List bioassayset data (listed = " + listed + "; total = " + spots.getTotalCount() + ") OK");
5228 03 Feb 10 nicklas 887     }
5228 03 Feb 10 nicklas 888     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 889     {
5228 03 Feb 10 nicklas 890       write("--List bioassayset data FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 891       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 892       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 893     }
5228 03 Feb 10 nicklas 894     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 895     {
5228 03 Feb 10 nicklas 896       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 897     }
5228 03 Feb 10 nicklas 898   }
5228 03 Feb 10 nicklas 899
5228 03 Feb 10 nicklas 900   static void test_list_extra_values(int bioAssaySetId, int extraValueTypeId, int limit, int offset)
5228 03 Feb 10 nicklas 901   {
5228 03 Feb 10 nicklas 902     if (bioAssaySetId == 0 || extraValueTypeId == 0) return;
5228 03 Feb 10 nicklas 903     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 904     try
5228 03 Feb 10 nicklas 905     {
5228 03 Feb 10 nicklas 906       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 907       BioAssaySet bas = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5228 03 Feb 10 nicklas 908       ExtraValueType evt = ExtraValueType.getById(dc, extraValueTypeId);
5228 03 Feb 10 nicklas 909       ExtraValue ev = bas.getExtraValue(evt);
5228 03 Feb 10 nicklas 910   
5228 03 Feb 10 nicklas 911       DynamicExtraValueQuery query = ev.getValues();
5228 03 Feb 10 nicklas 912       query.setMaxResults(limit);
5228 03 Feb 10 nicklas 913       query.setFirstResult(offset);
5228 03 Feb 10 nicklas 914       query.setReturnTotalCount(true);
5228 03 Feb 10 nicklas 915       
5228 03 Feb 10 nicklas 916       DynamicResultIterator values = query.iterate(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 917       int column = values.getIndex(VirtualColumn.COLUMN.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 918       int position = values.getIndex(VirtualColumn.POSITION.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 919       int extra = values.getIndex(ev.getVirtualColumn().getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 920       int listed = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 921       while (values.hasNext())
5228 03 Feb 10 nicklas 922       {
5228 03 Feb 10 nicklas 923         SqlResult r = values.next();
5228 03 Feb 10 nicklas 924         write_extra_value(listed, r.getShort(column), r.getInt(position), 
5228 03 Feb 10 nicklas 925           r.getObject(extra));
5228 03 Feb 10 nicklas 926         listed++;
5228 03 Feb 10 nicklas 927       }
5228 03 Feb 10 nicklas 928       values.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 929       
5228 03 Feb 10 nicklas 930       dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 931       write("--List extra values (listed = " + listed + "; total = " + values.getTotalCount() + ") OK");
5228 03 Feb 10 nicklas 932     }
5228 03 Feb 10 nicklas 933     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 934     {
5228 03 Feb 10 nicklas 935       write("--List extra values FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 936       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 937       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 938     }
5228 03 Feb 10 nicklas 939     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 940     {
5228 03 Feb 10 nicklas 941       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 942     }
5228 03 Feb 10 nicklas 943
5228 03 Feb 10 nicklas 944   }
5228 03 Feb 10 nicklas 945
5228 03 Feb 10 nicklas 946   static void test_delete_data_files(int bioAssaySetId)
5228 03 Feb 10 nicklas 947   {
5228 03 Feb 10 nicklas 948     if (bioAssaySetId == 0) return;
5228 03 Feb 10 nicklas 949     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 950     try
5228 03 Feb 10 nicklas 951     {
5228 03 Feb 10 nicklas 952       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 953       BioAssaySet bas = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5228 03 Feb 10 nicklas 954       List<File> files = new ArrayList<File>();
5228 03 Feb 10 nicklas 955       if (bas.hasFileSet())
5228 03 Feb 10 nicklas 956       {
5228 03 Feb 10 nicklas 957         FileSet fs = bas.getFileSet();
5228 03 Feb 10 nicklas 958         List<FileSetMember> members = fs.getMembers().list(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 959         for (FileSetMember fm : members)
5228 03 Feb 10 nicklas 960         {
5228 03 Feb 10 nicklas 961           files.add(fm.getFile());
5713 02 Sep 11 nicklas 962           fs.removeMember(fm);
5228 03 Feb 10 nicklas 963         }
5228 03 Feb 10 nicklas 964       }
5228 03 Feb 10 nicklas 965       bas.setNumFileReporters(0);
5228 03 Feb 10 nicklas 966       bas.setNumFileSpots(0);
5228 03 Feb 10 nicklas 967       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 968       
5228 03 Feb 10 nicklas 969       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 970       for (File f : files)
5228 03 Feb 10 nicklas 971       {
5228 03 Feb 10 nicklas 972         dc.deleteItem(f);
5228 03 Feb 10 nicklas 973       }
5228 03 Feb 10 nicklas 974       dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 975       write("--Delete data files OK (" + files.size() + ")");
5228 03 Feb 10 nicklas 976     }
5228 03 Feb 10 nicklas 977     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 978     {
5228 03 Feb 10 nicklas 979       write("--Delete data files FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 980       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 981       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 982     }
5228 03 Feb 10 nicklas 983     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 984     {
5228 03 Feb 10 nicklas 985       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 986     }
5228 03 Feb 10 nicklas 987   }
5228 03 Feb 10 nicklas 988 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:29 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)