src/test/TestBfs.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5193 27 Nov 09 nicklas 1 /*
5215 15 Jan 10 jari 2   $Id$
5193 27 Nov 09 nicklas 3
5193 27 Nov 09 nicklas 4   Copyright (C) 2009 Nicklas Nordborg
5193 27 Nov 09 nicklas 5
5193 27 Nov 09 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5193 27 Nov 09 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
5193 27 Nov 09 nicklas 8
5193 27 Nov 09 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5193 27 Nov 09 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
5193 27 Nov 09 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5193 27 Nov 09 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
5193 27 Nov 09 nicklas 13
5193 27 Nov 09 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5193 27 Nov 09 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5193 27 Nov 09 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5193 27 Nov 09 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
5193 27 Nov 09 nicklas 18
5193 27 Nov 09 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
5193 27 Nov 09 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5193 27 Nov 09 nicklas 21 */
5193 27 Nov 09 nicklas 22 import java.io.File;
5193 27 Nov 09 nicklas 23 import java.io.FileInputStream;
5194 04 Dec 09 nicklas 24 import java.io.FileOutputStream;
5193 27 Nov 09 nicklas 25 import java.io.FileWriter;
5194 04 Dec 09 nicklas 26 import java.io.OutputStreamWriter;
5193 27 Nov 09 nicklas 27 import java.io.Writer;
7714 21 May 19 nicklas 28 import java.nio.charset.StandardCharsets;
5193 27 Nov 09 nicklas 29 import java.util.Arrays;
5193 27 Nov 09 nicklas 30
5193 27 Nov 09 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.BaseException;
5193 27 Nov 09 nicklas 32 import net.sf.basedb.util.Values;
5194 04 Dec 09 nicklas 33 import net.sf.basedb.util.bfs.AnnotationModel;
5193 27 Nov 09 nicklas 34 import net.sf.basedb.util.bfs.AnnotationParser;
5193 27 Nov 09 nicklas 35 import net.sf.basedb.util.bfs.AnnotationWriter;
5194 04 Dec 09 nicklas 36 import net.sf.basedb.util.bfs.DataParser;
5194 04 Dec 09 nicklas 37 import net.sf.basedb.util.bfs.DataWriter;
5194 04 Dec 09 nicklas 38 import net.sf.basedb.util.bfs.MatrixModel;
5193 27 Nov 09 nicklas 39 import net.sf.basedb.util.bfs.MetadataModel;
5193 27 Nov 09 nicklas 40 import net.sf.basedb.util.bfs.MetadataParser;
5193 27 Nov 09 nicklas 41 import net.sf.basedb.util.bfs.MetadataWriter;
5193 27 Nov 09 nicklas 42 import net.sf.basedb.util.bfs.MetadataModel.Section;
5193 27 Nov 09 nicklas 43
5193 27 Nov 09 nicklas 44 public class TestBfs
5193 27 Nov 09 nicklas 45 {
5193 27 Nov 09 nicklas 46
5193 27 Nov 09 nicklas 47   static boolean ok = true;
5193 27 Nov 09 nicklas 48   public static void main(String[] args)
5193 27 Nov 09 nicklas 49   {
5193 27 Nov 09 nicklas 50     TestUtil.checkArgs(args);
5193 27 Nov 09 nicklas 51     TestUtil.begin();
5193 27 Nov 09 nicklas 52     ok = test_all();
5193 27 Nov 09 nicklas 53     TestUtil.stop();
5193 27 Nov 09 nicklas 54   }
5193 27 Nov 09 nicklas 55
5193 27 Nov 09 nicklas 56   static boolean test_all()
5193 27 Nov 09 nicklas 57   {
5193 27 Nov 09 nicklas 58     write("++Testing BFS format");
5193 27 Nov 09 nicklas 59     
5193 27 Nov 09 nicklas 60     File metadata = test_create_temp_file("metadata");
5194 04 Dec 09 nicklas 61     File metadata_copy = test_create_temp_file("metadata_copy");
5193 27 Nov 09 nicklas 62     test_write_metadata(metadata);
5194 04 Dec 09 nicklas 63     test_read_metadata(metadata, metadata_copy);
5194 04 Dec 09 nicklas 64     test_read_metadata(metadata_copy, null);
5193 27 Nov 09 nicklas 65     
5193 27 Nov 09 nicklas 66     File annotations = test_create_temp_file("annotations");
5193 27 Nov 09 nicklas 67     test_write_annotations(annotations);
5193 27 Nov 09 nicklas 68     test_read_annotations(annotations);
5193 27 Nov 09 nicklas 69     
5194 04 Dec 09 nicklas 70     File data = test_create_temp_file("data");
5194 04 Dec 09 nicklas 71     test_write_data(data);
5194 04 Dec 09 nicklas 72     test_read_data(data);
5194 04 Dec 09 nicklas 73     
5193 27 Nov 09 nicklas 74     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
5193 27 Nov 09 nicklas 75     
5193 27 Nov 09 nicklas 76     write("++Testing BFS format "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
5193 27 Nov 09 nicklas 77     return ok;
5193 27 Nov 09 nicklas 78   }
5193 27 Nov 09 nicklas 79
5193 27 Nov 09 nicklas 80   static File test_create_temp_file(String prefix)
5193 27 Nov 09 nicklas 81   {
5193 27 Nov 09 nicklas 82     File f = null;
5193 27 Nov 09 nicklas 83     try
5193 27 Nov 09 nicklas 84     {
5193 27 Nov 09 nicklas 85       f = File.createTempFile(prefix, ".bfs.txt");
5193 27 Nov 09 nicklas 86       f.deleteOnExit();
5193 27 Nov 09 nicklas 87     }
5193 27 Nov 09 nicklas 88     catch (Throwable t)
5193 27 Nov 09 nicklas 89     {
5193 27 Nov 09 nicklas 90       write("--Create BFS " + prefix + " FAILED");
5193 27 Nov 09 nicklas 91       t.printStackTrace();
5193 27 Nov 09 nicklas 92       ok = false;
5193 27 Nov 09 nicklas 93     }
5193 27 Nov 09 nicklas 94     return f;
5193 27 Nov 09 nicklas 95   }
5193 27 Nov 09 nicklas 96   
5193 27 Nov 09 nicklas 97   static void test_write_metadata(File file)
5193 27 Nov 09 nicklas 98   {
5193 27 Nov 09 nicklas 99     if (file == null) return;
5193 27 Nov 09 nicklas 100     MetadataWriter bfs = null;
5193 27 Nov 09 nicklas 101     try
5193 27 Nov 09 nicklas 102     {
5193 27 Nov 09 nicklas 103       Writer out = new FileWriter(file);
5194 04 Dec 09 nicklas 104       bfs = new MetadataWriter(out);
5194 04 Dec 09 nicklas 105       bfs.setSubtype("test");
5193 27 Nov 09 nicklas 106       
5193 27 Nov 09 nicklas 107       // Test comments and empty lines
5193 27 Nov 09 nicklas 108       bfs.bfsPrintComment("A comment line");
5193 27 Nov 09 nicklas 109       bfs.bfsPrintEmptyLine(1);
5193 27 Nov 09 nicklas 110       bfs.bfsPrintComment("A multiline comment\nis automatically generated");
5193 27 Nov 09 nicklas 111       bfs.bfsPrintEmptyLine(1);
5193 27 Nov 09 nicklas 112
5193 27 Nov 09 nicklas 113       // First section, a duplicate key is not allowed
5193 27 Nov 09 nicklas 114       bfs.bfsPrintSection("one", true, true);
5193 27 Nov 09 nicklas 115       bfs.bfsPrintValue("first", "The first value");
5193 27 Nov 09 nicklas 116       bfs.bfsPrintValue("second", "The second value");
5193 27 Nov 09 nicklas 117       try
5193 27 Nov 09 nicklas 118       {
5193 27 Nov 09 nicklas 119         bfs.bfsPrintValue("second", "Not allowed");
5193 27 Nov 09 nicklas 120         throw new BaseException("BFSMetadataWriter did not detect duplicate value");
5193 27 Nov 09 nicklas 121       }
5193 27 Nov 09 nicklas 122       catch (IllegalArgumentException ex)
5193 27 Nov 09 nicklas 123       {} // Expected
5193 27 Nov 09 nicklas 124       
5193 27 Nov 09 nicklas 125       // Numeric values and a vector
5193 27 Nov 09 nicklas 126       bfs.bfsPrintValue("float", 8.0);
5193 27 Nov 09 nicklas 127       bfs.bfsPrintValue("vector", 1.22, 2.59999, -1.0);      
5193 27 Nov 09 nicklas 128       bfs.bfsPrintEmptyLine(1);
5193 27 Nov 09 nicklas 129       
5193 27 Nov 09 nicklas 130       // Second section allow duplicate keys
5193 27 Nov 09 nicklas 131       bfs.bfsPrintSection("two", true, false);
5193 27 Nov 09 nicklas 132       bfs.bfsPrintValue("float", 8.0);
5193 27 Nov 09 nicklas 133       bfs.bfsPrintValue("float", 9.0);
5193 27 Nov 09 nicklas 134       
5193 27 Nov 09 nicklas 135       // A duplicate section is not allowed
5193 27 Nov 09 nicklas 136       try
5193 27 Nov 09 nicklas 137       {
5193 27 Nov 09 nicklas 138         bfs.bfsPrintSection("two", true, false);
5193 27 Nov 09 nicklas 139         throw new BaseException("BFSMetadataWriter did not detect duplicate section");
5193 27 Nov 09 nicklas 140       }
5193 27 Nov 09 nicklas 141       catch (IllegalArgumentException ex)
5193 27 Nov 09 nicklas 142       {} // Expected
5193 27 Nov 09 nicklas 143       
5193 27 Nov 09 nicklas 144       // The 'files' section is a pre-defined section
5193 27 Nov 09 nicklas 145       bfs.bfsPrintSection("files", true, true);
5193 27 Nov 09 nicklas 146       bfs.bfsPrintValue("file-1", "abc123.txt");
5193 27 Nov 09 nicklas 147       bfs.bfsPrintValue("file-2", "def456.png");
5193 27 Nov 09 nicklas 148       
5193 27 Nov 09 nicklas 149       bfs.flush();
5193 27 Nov 09 nicklas 150       bfs.close();
5193 27 Nov 09 nicklas 151       write("--Test BFS Metadata writer OK");
5193 27 Nov 09 nicklas 152     }
5193 27 Nov 09 nicklas 153     catch (Throwable ex)
5193 27 Nov 09 nicklas 154     {
5193 27 Nov 09 nicklas 155       write("--Test BFS Metadata writer FAILED: " + file);
5193 27 Nov 09 nicklas 156       ex.printStackTrace();
5193 27 Nov 09 nicklas 157       ok = false;
5193 27 Nov 09 nicklas 158     }
5193 27 Nov 09 nicklas 159     finally
5193 27 Nov 09 nicklas 160     {
5193 27 Nov 09 nicklas 161       if (bfs != null)
5193 27 Nov 09 nicklas 162       {
5193 27 Nov 09 nicklas 163         bfs.flush();
5193 27 Nov 09 nicklas 164         bfs.close();
5193 27 Nov 09 nicklas 165       }
5193 27 Nov 09 nicklas 166     }
5193 27 Nov 09 nicklas 167   }
5193 27 Nov 09 nicklas 168
5194 04 Dec 09 nicklas 169   static void test_read_metadata(File file, File copyTo)
5193 27 Nov 09 nicklas 170   {
5193 27 Nov 09 nicklas 171     if (file == null) return;
5193 27 Nov 09 nicklas 172     boolean log = !TestUtil.getSilent();
5193 27 Nov 09 nicklas 173     if (log) write("  Parsing BFS Metadata: " + file);
5193 27 Nov 09 nicklas 174     try
5193 27 Nov 09 nicklas 175     {
5193 27 Nov 09 nicklas 176       MetadataParser bfsParser = new MetadataParser();
5194 04 Dec 09 nicklas 177       MetadataModel bfs = new MetadataModel();
5221 22 Jan 10 nicklas 178       bfsParser.setInputStream(new FileInputStream(file));
5221 22 Jan 10 nicklas 179       bfsParser.setFilename(file.getAbsolutePath());
5221 22 Jan 10 nicklas 180       bfsParser.parse(bfs);
5193 27 Nov 09 nicklas 181       
5193 27 Nov 09 nicklas 182       if (log) 
5193 27 Nov 09 nicklas 183       {
5193 27 Nov 09 nicklas 184         write("  BFS Subtype: " + bfs.getSubtype());
5193 27 Nov 09 nicklas 185         write("  Sections: " + bfs.getSectionCount());
5193 27 Nov 09 nicklas 186         for (int i = 0; i < bfs.getSectionCount(); ++i)
5193 27 Nov 09 nicklas 187         {
5193 27 Nov 09 nicklas 188           Section s = bfs.getSection(i);
5193 27 Nov 09 nicklas 189           write("  Section " + i + ": " + s.getName());
5193 27 Nov 09 nicklas 190           for (int j = 0; j < s.getEntryCount(); ++j)
5193 27 Nov 09 nicklas 191           {
5193 27 Nov 09 nicklas 192             write("    " + s.getKey(j) + "=" + s.getValue(j));
5193 27 Nov 09 nicklas 193           }
5193 27 Nov 09 nicklas 194         }
5193 27 Nov 09 nicklas 195       }
5193 27 Nov 09 nicklas 196       if (!"test".equals(bfs.getSubtype()))
5193 27 Nov 09 nicklas 197       {
5193 27 Nov 09 nicklas 198         throw new BaseException("Unexpected BFS subtype: " + bfs.getSubtype());
5193 27 Nov 09 nicklas 199       }
5194 04 Dec 09 nicklas 200       
5193 27 Nov 09 nicklas 201       if (bfs.getSectionCount() != 3)
5193 27 Nov 09 nicklas 202       {
5193 27 Nov 09 nicklas 203         throw new BaseException("Unexpected number of sections: " + bfs.getSectionCount());        
5193 27 Nov 09 nicklas 204       }
5193 27 Nov 09 nicklas 205       Section one = bfs.getSection(0);
5193 27 Nov 09 nicklas 206       if (!"one".equals(one.getName()))
5193 27 Nov 09 nicklas 207       {
5193 27 Nov 09 nicklas 208         throw new BaseException("Unexpected name of first section: " + one.getName());        
5193 27 Nov 09 nicklas 209       }
5193 27 Nov 09 nicklas 210       if (one.getEntryCount() != 4)
5193 27 Nov 09 nicklas 211       {
5193 27 Nov 09 nicklas 212         throw new BaseException("Unexpected number of values in section 'one': " + one.getEntryCount());        
5193 27 Nov 09 nicklas 213       }
5193 27 Nov 09 nicklas 214       if (!"first".equals(one.getKey(0)))
5193 27 Nov 09 nicklas 215       {
5193 27 Nov 09 nicklas 216         throw new BaseException("Unexpected key in section 'one', index 0: " + one.getKey(0));        
5193 27 Nov 09 nicklas 217       }
5193 27 Nov 09 nicklas 218       if (!"The first value".equals(one.getValue(0)))
5193 27 Nov 09 nicklas 219       {
5193 27 Nov 09 nicklas 220         throw new BaseException("Unexpected value in section 'one', index 0: " + one.getValue(0));        
5193 27 Nov 09 nicklas 221       }
5193 27 Nov 09 nicklas 222       if (!"The second value".equals(one.getValue("second")))
5193 27 Nov 09 nicklas 223       {
5193 27 Nov 09 nicklas 224         throw new BaseException("Unexpected value in section 'one', index 'second': " + one.getValue("second"));        
5193 27 Nov 09 nicklas 225       }
5193 27 Nov 09 nicklas 226       String[] vector = one.getValues("vector");
5193 27 Nov 09 nicklas 227       if (vector.length != 3)
5193 27 Nov 09 nicklas 228       {
5193 27 Nov 09 nicklas 229         throw new BaseException("Unexpected value in section 'one', index 'vector': " + one.getValue("vector"));
5193 27 Nov 09 nicklas 230       }
5193 27 Nov 09 nicklas 231
5193 27 Nov 09 nicklas 232       Section two = bfs.getSection("two");
5193 27 Nov 09 nicklas 233       if (two == null)
5193 27 Nov 09 nicklas 234       {
5193 27 Nov 09 nicklas 235         throw new BaseException("Can't find section: two");
5193 27 Nov 09 nicklas 236       }
5193 27 Nov 09 nicklas 237       if (two.getEntryCount() != 2)
5193 27 Nov 09 nicklas 238       {
5193 27 Nov 09 nicklas 239         throw new BaseException("Unexpected number of values in section 'two': " + two.getEntryCount());        
5193 27 Nov 09 nicklas 240       }
5193 27 Nov 09 nicklas 241       if (!"float".equals(two.getKey(0)))
5193 27 Nov 09 nicklas 242       {
5193 27 Nov 09 nicklas 243         throw new BaseException("Unexpected key in section 'two', index 0: " + two.getKey(0));        
5193 27 Nov 09 nicklas 244       }
5193 27 Nov 09 nicklas 245       if (!"float".equals(two.getKey(1)))
5193 27 Nov 09 nicklas 246       {
5193 27 Nov 09 nicklas 247         throw new BaseException("Unexpected key in section 'two', index 1: " + two.getKey(1));        
5193 27 Nov 09 nicklas 248       }
5193 27 Nov 09 nicklas 249       
5193 27 Nov 09 nicklas 250       if (bfs.getFileCount() != 2)
5193 27 Nov 09 nicklas 251       {
5193 27 Nov 09 nicklas 252         throw new BaseException("Unexpected number of file: " + bfs.getFileCount());        
5193 27 Nov 09 nicklas 253       }
5193 27 Nov 09 nicklas 254       if (!"abc123.txt".equals(bfs.getFile(0)))
5193 27 Nov 09 nicklas 255       {
5193 27 Nov 09 nicklas 256         throw new BaseException("Unexpected file, index 0: " + bfs.getFile(0));        
5193 27 Nov 09 nicklas 257       }
5193 27 Nov 09 nicklas 258       if (!"def456.png".equals(bfs.getFile("file-2")))
5193 27 Nov 09 nicklas 259       {
5193 27 Nov 09 nicklas 260         throw new BaseException("Unexpected file, index 'file-2': " + bfs.getFile("file-2"));        
5193 27 Nov 09 nicklas 261       }
5194 04 Dec 09 nicklas 262       
5194 04 Dec 09 nicklas 263       if (copyTo != null)
5194 04 Dec 09 nicklas 264       {
7714 21 May 19 nicklas 265         bfs.print(new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(copyTo), StandardCharsets.UTF_8));
5194 04 Dec 09 nicklas 266       }
5194 04 Dec 09 nicklas 267       
5193 27 Nov 09 nicklas 268       write("--Test BFS Metadata parser OK");
5193 27 Nov 09 nicklas 269     }
5193 27 Nov 09 nicklas 270     catch (Throwable ex)
5193 27 Nov 09 nicklas 271     {
5193 27 Nov 09 nicklas 272       write("--Test BFS Metadata parser FAILED: " + file);
5193 27 Nov 09 nicklas 273       ex.printStackTrace();
5193 27 Nov 09 nicklas 274       ok = false;
5193 27 Nov 09 nicklas 275     }
5193 27 Nov 09 nicklas 276   }
5193 27 Nov 09 nicklas 277
5193 27 Nov 09 nicklas 278   static void test_write_annotations(File file)
5193 27 Nov 09 nicklas 279   {
5193 27 Nov 09 nicklas 280     if (file == null) return;
5193 27 Nov 09 nicklas 281     AnnotationWriter bfs = null;
5193 27 Nov 09 nicklas 282     try
5193 27 Nov 09 nicklas 283     {
5193 27 Nov 09 nicklas 284       Writer out = new FileWriter(file);
5193 27 Nov 09 nicklas 285       bfs = new AnnotationWriter(out);
5193 27 Nov 09 nicklas 286       
5193 27 Nov 09 nicklas 287       // Invalid headers with duplicates
5193 27 Nov 09 nicklas 288       try
5193 27 Nov 09 nicklas 289       {
5193 27 Nov 09 nicklas 290         bfs.bfsPrintHeaders("name", "description", "name");
5193 27 Nov 09 nicklas 291         throw new BaseException("AnnotationWriter did not detect duplicate column name");
5193 27 Nov 09 nicklas 292       }
5193 27 Nov 09 nicklas 293       catch (IllegalArgumentException ex)
5193 27 Nov 09 nicklas 294       {} // Expected
5193 27 Nov 09 nicklas 295       
5193 27 Nov 09 nicklas 296       // Valid headers
5193 27 Nov 09 nicklas 297       bfs.bfsPrintHeaders("name", "decription", "size");
5193 27 Nov 09 nicklas 298
5193 27 Nov 09 nicklas 299       // Two valid lines with data
5193 27 Nov 09 nicklas 300       bfs.bfsPrintData(1, "item-1", "The first item", 55.3);
5193 27 Nov 09 nicklas 301       bfs.bfsPrintData(2, "item-2", "The second item has a <\t> (tab) and <\n> (linebreak)", -44);
5193 27 Nov 09 nicklas 302       
5193 27 Nov 09 nicklas 303       // A duplicate id
5193 27 Nov 09 nicklas 304       try
5193 27 Nov 09 nicklas 305       {
5193 27 Nov 09 nicklas 306         bfs.bfsPrintData(1, "duplicate", "", null);
5193 27 Nov 09 nicklas 307         throw new BaseException("AnnotationWriter did not detect duplicate row id");
5193 27 Nov 09 nicklas 308       }
5193 27 Nov 09 nicklas 309       catch (IllegalArgumentException ex)
5193 27 Nov 09 nicklas 310       {} // Expected
5193 27 Nov 09 nicklas 311
5193 27 Nov 09 nicklas 312       // Incorrect number of columns
5193 27 Nov 09 nicklas 313       try
5193 27 Nov 09 nicklas 314       {
5193 27 Nov 09 nicklas 315         bfs.bfsPrintData(3, "item-3", "The third item is missing size");
5193 27 Nov 09 nicklas 316         throw new BaseException("AnnotationWriter did not detect incorrect number of columns");
5193 27 Nov 09 nicklas 317       }
5193 27 Nov 09 nicklas 318       catch (IllegalArgumentException ex)
5193 27 Nov 09 nicklas 319       {} // Expected
5193 27 Nov 09 nicklas 320       
5193 27 Nov 09 nicklas 321       bfs.flush();
5193 27 Nov 09 nicklas 322       bfs.close();
5193 27 Nov 09 nicklas 323       write("--Test BFS Annotation writer OK");
5193 27 Nov 09 nicklas 324     }
5193 27 Nov 09 nicklas 325     catch (Throwable ex)
5193 27 Nov 09 nicklas 326     {
5193 27 Nov 09 nicklas 327       write("--Test BFS Annotation writer FAILED: " + file);
5193 27 Nov 09 nicklas 328       ex.printStackTrace();
5193 27 Nov 09 nicklas 329       ok = false;
5193 27 Nov 09 nicklas 330     }
5193 27 Nov 09 nicklas 331     finally
5193 27 Nov 09 nicklas 332     {
5193 27 Nov 09 nicklas 333       if (bfs != null)
5193 27 Nov 09 nicklas 334       {
5193 27 Nov 09 nicklas 335         bfs.flush();
5193 27 Nov 09 nicklas 336         bfs.close();
5193 27 Nov 09 nicklas 337       }
5193 27 Nov 09 nicklas 338     }
5193 27 Nov 09 nicklas 339   }  
5193 27 Nov 09 nicklas 340   
5193 27 Nov 09 nicklas 341   static void test_read_annotations(File file)
5193 27 Nov 09 nicklas 342   {
5193 27 Nov 09 nicklas 343     if (file == null) return;
5193 27 Nov 09 nicklas 344     final boolean log = !TestUtil.getSilent();
5193 27 Nov 09 nicklas 345     if (log) write("  Parsing BFS Annotations: " + file);
5193 27 Nov 09 nicklas 346     try
5193 27 Nov 09 nicklas 347     {
5193 27 Nov 09 nicklas 348       AnnotationParser bfsParser = new AnnotationParser();
5194 04 Dec 09 nicklas 349       AnnotationModel bfs = new AnnotationModel();
5221 22 Jan 10 nicklas 350       bfsParser.setInputStream(new FileInputStream(file));
5221 22 Jan 10 nicklas 351       bfsParser.setFilename(file.getAbsolutePath());
5221 22 Jan 10 nicklas 352       bfsParser.parse(bfs);
5194 04 Dec 09 nicklas 353
5194 04 Dec 09 nicklas 354       String[] headers = bfs.getHeaders();
5194 04 Dec 09 nicklas 355       int rowCount = bfs.getRowCount();
5194 04 Dec 09 nicklas 356       int columnCount = bfs.getColumnCount();
5193 27 Nov 09 nicklas 357       
5194 04 Dec 09 nicklas 358       if (log)
5194 04 Dec 09 nicklas 359       {
5194 04 Dec 09 nicklas 360         write("  Rows: " + rowCount + "; columns: " + columnCount);
5194 04 Dec 09 nicklas 361         write("  Header: " + 
5194 04 Dec 09 nicklas 362             Values.getString(Arrays.asList(headers), "\t", false));
5194 04 Dec 09 nicklas 363         
5194 04 Dec 09 nicklas 364         for (int r = 0; r < rowCount; r++)
5193 27 Nov 09 nicklas 365         {
5194 04 Dec 09 nicklas 366           int rowId = bfs.getRowId(r);
5194 04 Dec 09 nicklas 367           String[] row = bfs.getRowById(rowId);
5194 04 Dec 09 nicklas 368           write("  Line " + r + ": " + 
5194 04 Dec 09 nicklas 369               Values.getString(Arrays.asList(row), "\t", false));
5194 04 Dec 09 nicklas 370           if (row.length != columnCount)
5193 27 Nov 09 nicklas 371           {
5194 04 Dec 09 nicklas 372             throw new BaseException("Expected " + columnCount + 
5194 04 Dec 09 nicklas 373                 " data columns, not " + row.length);
5193 27 Nov 09 nicklas 374           }
5193 27 Nov 09 nicklas 375         }
5194 04 Dec 09 nicklas 376       }
5194 04 Dec 09 nicklas 377       
5194 04 Dec 09 nicklas 378       if (columnCount != 4)
5194 04 Dec 09 nicklas 379       {
5194 04 Dec 09 nicklas 380         throw new BaseException("Expected 4 header columns, not " + headers.length);
5194 04 Dec 09 nicklas 381       }
5194 04 Dec 09 nicklas 382       
5194 04 Dec 09 nicklas 383       if (rowCount != 2)
5194 04 Dec 09 nicklas 384       {
5194 04 Dec 09 nicklas 385         throw new BaseException("Expected 2 lines with data, not " + rowCount);
5194 04 Dec 09 nicklas 386       }
5194 04 Dec 09 nicklas 387       
5194 04 Dec 09 nicklas 388       if (bfs.getRowId(0) != 1)
5194 04 Dec 09 nicklas 389       {
5194 04 Dec 09 nicklas 390         throw new BaseException("Unexpected row id at line 0: " + bfs.getRowId(0));
5194 04 Dec 09 nicklas 391       }
5194 04 Dec 09 nicklas 392       if (bfs.getRowIndex(2) != 1)
5194 04 Dec 09 nicklas 393       {
5194 04 Dec 09 nicklas 394         throw new BaseException("Unexpected row indx for row id '2': " + bfs.getRowIndex(2));
5194 04 Dec 09 nicklas 395       }
5194 04 Dec 09 nicklas 396       
5193 27 Nov 09 nicklas 397       write("--Test BFS Annotation parser OK");
5193 27 Nov 09 nicklas 398     }
5193 27 Nov 09 nicklas 399     catch (Throwable ex)
5193 27 Nov 09 nicklas 400     {
5193 27 Nov 09 nicklas 401       write("--Test BFS Annotation parser FAILED: " + file);
5193 27 Nov 09 nicklas 402       ex.printStackTrace();
5193 27 Nov 09 nicklas 403       ok = false;
5193 27 Nov 09 nicklas 404     }
5193 27 Nov 09 nicklas 405   }
5193 27 Nov 09 nicklas 406   
5194 04 Dec 09 nicklas 407   static void test_write_data(File file)
5194 04 Dec 09 nicklas 408   {
5194 04 Dec 09 nicklas 409     if (file == null) return;
5194 04 Dec 09 nicklas 410     DataWriter bfs = null;
5194 04 Dec 09 nicklas 411     try
5194 04 Dec 09 nicklas 412     {
5194 04 Dec 09 nicklas 413       Writer out = new FileWriter(file);
5194 04 Dec 09 nicklas 414       bfs = new DataWriter(out);
5194 04 Dec 09 nicklas 415       
5194 04 Dec 09 nicklas 416       bfs.setColumnCount(4);
5194 04 Dec 09 nicklas 417       
5194 04 Dec 09 nicklas 418
5194 04 Dec 09 nicklas 419       // Two valid lines with data
5194 04 Dec 09 nicklas 420       bfs.bfsPrintData(1, "item-1", "The first item", 55.3);
5194 04 Dec 09 nicklas 421       bfs.bfsPrintData(2, "item-2", "The second item has a <\t> (tab) and <\n> (linebreak)", -44);
5194 04 Dec 09 nicklas 422       
5194 04 Dec 09 nicklas 423       // Incorrect number of columns
5194 04 Dec 09 nicklas 424       try
5194 04 Dec 09 nicklas 425       {
5194 04 Dec 09 nicklas 426         bfs.bfsPrintData(3, "item-3", "The third line is missing a column");
5194 04 Dec 09 nicklas 427         throw new BaseException("DataWriter did not detect incorrect number of columns");
5194 04 Dec 09 nicklas 428       }
5194 04 Dec 09 nicklas 429       catch (IllegalArgumentException ex)
5194 04 Dec 09 nicklas 430       {} // Expected
5194 04 Dec 09 nicklas 431       
5194 04 Dec 09 nicklas 432       bfs.flush();
5194 04 Dec 09 nicklas 433       bfs.close();
5194 04 Dec 09 nicklas 434       write("--Test BFS Data writer OK");
5194 04 Dec 09 nicklas 435     }
5194 04 Dec 09 nicklas 436     catch (Throwable ex)
5194 04 Dec 09 nicklas 437     {
5194 04 Dec 09 nicklas 438       write("--Test BFS Data writer FAILED: " + file);
5194 04 Dec 09 nicklas 439       ex.printStackTrace();
5194 04 Dec 09 nicklas 440       ok = false;
5194 04 Dec 09 nicklas 441     }
5194 04 Dec 09 nicklas 442     finally
5194 04 Dec 09 nicklas 443     {
5194 04 Dec 09 nicklas 444       if (bfs != null)
5194 04 Dec 09 nicklas 445       {
5194 04 Dec 09 nicklas 446         bfs.flush();
5194 04 Dec 09 nicklas 447         bfs.close();
5194 04 Dec 09 nicklas 448       }
5194 04 Dec 09 nicklas 449     }
5194 04 Dec 09 nicklas 450   }
5194 04 Dec 09 nicklas 451
5194 04 Dec 09 nicklas 452   static void test_read_data(File file)
5194 04 Dec 09 nicklas 453   {
5194 04 Dec 09 nicklas 454     if (file == null) return;
5194 04 Dec 09 nicklas 455     final boolean log = !TestUtil.getSilent();
5194 04 Dec 09 nicklas 456     if (log) write("  Parsing BFS Data: " + file);
5194 04 Dec 09 nicklas 457     try
5194 04 Dec 09 nicklas 458     {
5194 04 Dec 09 nicklas 459       DataParser bfsParser = new DataParser();
5194 04 Dec 09 nicklas 460       MatrixModel bfs = new MatrixModel();
5221 22 Jan 10 nicklas 461       bfsParser.setInputStream(new FileInputStream(file));
5221 22 Jan 10 nicklas 462       bfsParser.setFilename(file.getAbsolutePath());
5221 22 Jan 10 nicklas 463       bfsParser.parse(bfs);
5194 04 Dec 09 nicklas 464
5194 04 Dec 09 nicklas 465       int rowCount = bfs.getRowCount();
5194 04 Dec 09 nicklas 466       int columnCount = bfs.getColumnCount();
5194 04 Dec 09 nicklas 467       
5194 04 Dec 09 nicklas 468       if (log)
5194 04 Dec 09 nicklas 469       {
5194 04 Dec 09 nicklas 470         write("  Rows: " + rowCount + "; columns: " + columnCount);
5194 04 Dec 09 nicklas 471         
5194 04 Dec 09 nicklas 472         for (int r = 0; r < rowCount; r++)
5194 04 Dec 09 nicklas 473         {
5194 04 Dec 09 nicklas 474           String[] row = bfs.getRowByIndex(r);
5194 04 Dec 09 nicklas 475           write("  Line " + r + ": " + 
5194 04 Dec 09 nicklas 476               Values.getString(Arrays.asList(row), "\t", false));
5194 04 Dec 09 nicklas 477           if (row.length != columnCount)
5194 04 Dec 09 nicklas 478           {
5194 04 Dec 09 nicklas 479             throw new BaseException("Expected " + columnCount + 
5194 04 Dec 09 nicklas 480                 " data columns, not " + row.length);
5194 04 Dec 09 nicklas 481           }
5194 04 Dec 09 nicklas 482         }
5194 04 Dec 09 nicklas 483       }
5194 04 Dec 09 nicklas 484       
5194 04 Dec 09 nicklas 485       if (columnCount != 4)
5194 04 Dec 09 nicklas 486       {
5194 04 Dec 09 nicklas 487         throw new BaseException("Expected 4 data columns, not " + columnCount);
5194 04 Dec 09 nicklas 488       }
5194 04 Dec 09 nicklas 489       
5194 04 Dec 09 nicklas 490       if (rowCount != 2)
5194 04 Dec 09 nicklas 491       {
5194 04 Dec 09 nicklas 492         throw new BaseException("Expected 2 lines with data, not " + rowCount);
5194 04 Dec 09 nicklas 493       }
5194 04 Dec 09 nicklas 494             
5194 04 Dec 09 nicklas 495       write("--Test BFS Data parser OK");
5194 04 Dec 09 nicklas 496     }
5194 04 Dec 09 nicklas 497     catch (Throwable ex)
5194 04 Dec 09 nicklas 498     {
5194 04 Dec 09 nicklas 499       write("--Test BFS Data parser FAILED: " + file);
5194 04 Dec 09 nicklas 500       ex.printStackTrace();
5194 04 Dec 09 nicklas 501       ok = false;
5194 04 Dec 09 nicklas 502     }
5194 04 Dec 09 nicklas 503   }
5194 04 Dec 09 nicklas 504
5194 04 Dec 09 nicklas 505   
5193 27 Nov 09 nicklas 506   static void write(String message)
5193 27 Nov 09 nicklas 507   {
5193 27 Nov 09 nicklas 508     System.out.println(message);
5193 27 Nov 09 nicklas 509   }
5193 27 Nov 09 nicklas 510   
5193 27 Nov 09 nicklas 511 }
5193 27 Nov 09 nicklas 512

Generated on Sat Oct  7 02:41:29 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)