src/test/TestBioPlate.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4670 27 Nov 08 martin 1 /**
4670 27 Nov 08 martin 2   $Id$
4670 27 Nov 08 martin 3
4670 27 Nov 08 martin 4   Copyright (C) 2007 Martin Svensson
4670 27 Nov 08 martin 5
4670 27 Nov 08 martin 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4670 27 Nov 08 martin 7   Available at http://base.thep.lu.se/
4670 27 Nov 08 martin 8
4670 27 Nov 08 martin 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4670 27 Nov 08 martin 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4670 27 Nov 08 martin 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4670 27 Nov 08 martin 12   of the License, or (at your option) any later version.
4670 27 Nov 08 martin 13
4670 27 Nov 08 martin 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4670 27 Nov 08 martin 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4670 27 Nov 08 martin 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4670 27 Nov 08 martin 17   GNU General Public License for more details.
4670 27 Nov 08 martin 18
4670 27 Nov 08 martin 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4670 27 Nov 08 martin 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4670 27 Nov 08 martin 21 */
4670 27 Nov 08 martin 22
4671 27 Nov 08 martin 23 import net.sf.basedb.core.BaseException;
4671 27 Nov 08 martin 24 import net.sf.basedb.core.BioPlate;
5260 04 Mar 10 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.BioPlateType;
5323 27 Apr 10 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.BioWell;
4671 27 Nov 08 martin 27 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5338 07 May 10 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.Extract;
4732 21 Jan 09 martin 29 import net.sf.basedb.core.Hardware;
4671 27 Nov 08 martin 30 import net.sf.basedb.core.Item;
5340 10 May 10 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.ItemProxy;
4671 27 Nov 08 martin 32 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
4685 04 Dec 08 martin 33 import net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial;
4671 27 Nov 08 martin 34 import net.sf.basedb.core.Permission;
4671 27 Nov 08 martin 35 import net.sf.basedb.core.PlateGeometry;
5630 13 May 11 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.Protocol;
5338 07 May 10 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.Sample;
4732 21 Jan 09 martin 38 import net.sf.basedb.core.SystemItems;
5632 17 May 11 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.Tag;
5445 13 Oct 10 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.Trashcan;
5338 07 May 10 nicklas 41 import net.sf.basedb.util.collections.BasicItemToIdTransformer;
5338 07 May 10 nicklas 42 import net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter;
4671 27 Nov 08 martin 43
5338 07 May 10 nicklas 44 import java.util.ArrayList;
4671 27 Nov 08 martin 45 import java.util.Date;
5338 07 May 10 nicklas 46 import java.util.List;
5340 10 May 10 nicklas 47 import java.util.Set;
4671 27 Nov 08 martin 48
4670 27 Nov 08 martin 49 /**
4671 27 Nov 08 martin 50    @author martin
4671 27 Nov 08 martin 51    @version 2.10
4672 27 Nov 08 martin 52    @base.modified $Date$
4670 27 Nov 08 martin 53  */
4670 27 Nov 08 martin 54
4670 27 Nov 08 martin 55 public class TestBioPlate 
4670 27 Nov 08 martin 56 {
4670 27 Nov 08 martin 57   static boolean ok = true;
4670 27 Nov 08 martin 58   public static void main(String[] args)
4670 27 Nov 08 martin 59   {
4670 27 Nov 08 martin 60     TestUtil.checkArgs(args);
4670 27 Nov 08 martin 61     TestUtil.begin();
4670 27 Nov 08 martin 62     ok = test_all();
4670 27 Nov 08 martin 63     TestUtil.stop();
4670 27 Nov 08 martin 64   }
4670 27 Nov 08 martin 65   
4670 27 Nov 08 martin 66   static boolean test_all()
4670 27 Nov 08 martin 67   {
4678 02 Dec 08 martin 68     write("++Testing bioplates");
4670 27 Nov 08 martin 69     write_header();
4670 27 Nov 08 martin 70     
6100 04 Sep 12 nicklas 71     int sampleId = TestSample.test_create(0, "Sample A.1", 0, true);
6100 04 Sep 12 nicklas 72     int sample2Id = TestSample.test_create(0, "Sample A.2", 0, true);
6100 04 Sep 12 nicklas 73     int sample3Id = TestSample.test_create(0, "Sample A.3", 0, true);
5641 25 May 11 nicklas 74     int extractId = TestExtract.test_create(sampleId, "Extract A.1", 0, 0, true);
5632 17 May 11 nicklas 75     int labelId = TestTag.test_create("Test label", SystemItems.getId(Tag.LABEL), true);
5641 25 May 11 nicklas 76     int labeledExtractId = TestExtract.test_create(extractId, "Labeled extract A.1", 
5641 25 May 11 nicklas 77         SystemItems.getId(Extract.LABELED), labelId, true);
5630 13 May 11 nicklas 78     int freezerId = TestHardware.test_create(SystemItems.getId(Hardware.FREEZER), null, false);
5630 13 May 11 nicklas 79     int protocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.SAMPLING), 
5323 27 Apr 10 nicklas 80       "A plate event protocol", false);
5630 13 May 11 nicklas 81     int hybProtocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.HYBRIDIZATION), 
5323 27 Apr 10 nicklas 82         "A hyb event protocol", false);
4685 04 Dec 08 martin 83     
4670 27 Nov 08 martin 84     // Standard tests: create, load, list
4670 27 Nov 08 martin 85     int plateGeometryId = TestPlateGeometry.test_create(8, 12, false);
5456 28 Oct 10 nicklas 86     int bioPlateTypeId = TestBioPlateType.test_create("Test for bioplate", null, BioWell.LockMode.UNLOCKED);
5456 28 Oct 10 nicklas 87     int addOnlyTypeId = TestBioPlateType.test_create("Add-only plate type", null, BioWell.LockMode.LOCKED_AFTER_ADD);
5456 28 Oct 10 nicklas 88     int moveTypeId = TestBioPlateType.test_create("Move plate type", null, BioWell.LockMode.LOCKED_AFTER_MOVE);
5452 27 Oct 10 nicklas 89     int id = test_create("Test BioPlate", plateGeometryId, bioPlateTypeId, freezerId, true);
5456 28 Oct 10 nicklas 90     int id2 = test_create("Add-only plate", plateGeometryId, addOnlyTypeId, 0, false);
5456 28 Oct 10 nicklas 91     int id3 = test_create("Move plate", plateGeometryId, moveTypeId, 0, false);
4670 27 Nov 08 martin 92     test_load(id);
4670 27 Nov 08 martin 93     test_list(-1);
4670 27 Nov 08 martin 94     
5456 28 Oct 10 nicklas 95     // Wells -- unlocked plate
5456 28 Oct 10 nicklas 96     boolean FAIL = true;
5456 28 Oct 10 nicklas 97     test_set_well(id, 0, 0, Item.SAMPLE, sampleId, !FAIL);
5456 28 Oct 10 nicklas 98     test_set_well(id, 0, 1, Item.EXTRACT, extractId, !FAIL);
5323 27 Apr 10 nicklas 99     test_list_wells(id, 2);
5456 28 Oct 10 nicklas 100     test_clear_well(id, 0, 0, !FAIL);
5456 28 Oct 10 nicklas 101     test_clear_well(id, 0, 1, !FAIL);
5456 28 Oct 10 nicklas 102     test_list_wells(id, 0);
5323 27 Apr 10 nicklas 103     
5456 28 Oct 10 nicklas 104     // Wells -- add-only plate
5456 28 Oct 10 nicklas 105     test_set_well(id2, 0, 0, Item.SAMPLE, sample2Id, !FAIL);
5456 28 Oct 10 nicklas 106     test_clear_well(id2, 0, 0, FAIL);
5456 28 Oct 10 nicklas 107     test_set_well(id2, 0, 0, Item.SAMPLE, sample3Id, FAIL);
5456 28 Oct 10 nicklas 108     
5456 28 Oct 10 nicklas 109     // Wells -- locked-after-move plate
5456 28 Oct 10 nicklas 110     test_set_well(id3, 0, 0, Item.SAMPLE, sample3Id, !FAIL);
5456 28 Oct 10 nicklas 111     test_clear_well(id3, 0, 0, !FAIL);
5456 28 Oct 10 nicklas 112     test_list_wells(id3, 0);
5456 28 Oct 10 nicklas 113     test_list_original_biomaterial(id3, 1);
5456 28 Oct 10 nicklas 114     test_set_well(id3, 0, 0, Item.SAMPLE, sample3Id, FAIL);
5456 28 Oct 10 nicklas 115     
4670 27 Nov 08 martin 116     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
4670 27 Nov 08 martin 117     // Standard test: Delete
5641 25 May 11 nicklas 118     TestExtract.test_delete(labeledExtractId);
5632 17 May 11 nicklas 119     TestTag.test_delete(labelId);
4685 04 Dec 08 martin 120     TestExtract.test_delete(extractId);
4685 04 Dec 08 martin 121     TestSample.test_delete(sampleId);
5456 28 Oct 10 nicklas 122     TestSample.test_delete(sample2Id);
5456 28 Oct 10 nicklas 123     TestSample.test_delete(sample3Id);
4670 27 Nov 08 martin 124     test_delete(id);
5456 28 Oct 10 nicklas 125     test_delete(id2);
5456 28 Oct 10 nicklas 126     test_delete(id3);
5456 28 Oct 10 nicklas 127     
4670 27 Nov 08 martin 128     TestPlateGeometry.test_delete(plateGeometryId);
5260 04 Mar 10 nicklas 129     TestBioPlateType.test_delete(bioPlateTypeId);
5456 28 Oct 10 nicklas 130     TestBioPlateType.test_delete(addOnlyTypeId);
5456 28 Oct 10 nicklas 131     TestBioPlateType.test_delete(moveTypeId);
4732 21 Jan 09 martin 132     TestHardware.test_delete(freezerId);
5323 27 Apr 10 nicklas 133     TestProtocol.test_delete(protocolId);
5323 27 Apr 10 nicklas 134     TestProtocol.test_delete(hybProtocolId);
4670 27 Nov 08 martin 135     
4670 27 Nov 08 martin 136     write("++Testing plates "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
4670 27 Nov 08 martin 137     return ok;
4670 27 Nov 08 martin 138   }
4670 27 Nov 08 martin 139
4670 27 Nov 08 martin 140   static void test_delete(int id)
4670 27 Nov 08 martin 141   {
4670 27 Nov 08 martin 142     if (id == 0) return;
4678 02 Dec 08 martin 143     DbControl dc = null;
4678 02 Dec 08 martin 144     try
4678 02 Dec 08 martin 145     {
4678 02 Dec 08 martin 146       dc = TestUtil.getDbControl();    
4678 02 Dec 08 martin 147       BioPlate bp = BioPlate.getById(dc, id);
4678 02 Dec 08 martin 148       dc.deleteItem(bp);
5340 10 May 10 nicklas 149       Set<ItemProxy> using = bp.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 150       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 151       {
5340 10 May 10 nicklas 152          throw new BaseException(bp + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 153       }
4678 02 Dec 08 martin 154       dc.commit();
4685 04 Dec 08 martin 155       write("--Delete bioplate OK");
4678 02 Dec 08 martin 156     }
4678 02 Dec 08 martin 157     catch (Throwable ex)
4678 02 Dec 08 martin 158     {
4678 02 Dec 08 martin 159       write("--Delete bioplate FAILED");
4678 02 Dec 08 martin 160       ex.printStackTrace();
4678 02 Dec 08 martin 161       ok = false;
4678 02 Dec 08 martin 162     }
4678 02 Dec 08 martin 163     finally
4678 02 Dec 08 martin 164     {
4678 02 Dec 08 martin 165       if (dc != null) dc.close();
4678 02 Dec 08 martin 166     }
4685 04 Dec 08 martin 167     
4670 27 Nov 08 martin 168   }
4670 27 Nov 08 martin 169
5696 12 Aug 11 nicklas 170   static boolean test_list(int expectedResults)
4670 27 Nov 08 martin 171   {
4670 27 Nov 08 martin 172     DbControl dc = null;
4670 27 Nov 08 martin 173     try
4670 27 Nov 08 martin 174     {
4670 27 Nov 08 martin 175       dc = TestUtil.getDbControl();
4670 27 Nov 08 martin 176       ItemResultList<BioPlate> plates = BioPlate.getQuery().list(dc);
4670 27 Nov 08 martin 177       for (int i = 0; i<plates.size(); i++)
4670 27 Nov 08 martin 178       {
4670 27 Nov 08 martin 179         write_item(i, plates.get(i));
4670 27 Nov 08 martin 180       }
4670 27 Nov 08 martin 181       if (expectedResults >=0 && expectedResults != plates.size())
4670 27 Nov 08 martin 182       {
4670 27 Nov 08 martin 183         throw new BaseException("Expected " + expectedResults + " results, " +
4670 27 Nov 08 martin 184             "not " + plates.size());
4670 27 Nov 08 martin 185       }
4670 27 Nov 08 martin 186       write ("--List bioplates OK (" + plates.size() +")");
4670 27 Nov 08 martin 187     }
4670 27 Nov 08 martin 188     catch (Throwable ex)
4670 27 Nov 08 martin 189     {
4670 27 Nov 08 martin 190       write("--List bioplates FAILED");
4670 27 Nov 08 martin 191       ex.printStackTrace();
4670 27 Nov 08 martin 192       ok = false;
5696 12 Aug 11 nicklas 193       return false;
4670 27 Nov 08 martin 194     }
4670 27 Nov 08 martin 195     finally
4670 27 Nov 08 martin 196     {
4670 27 Nov 08 martin 197       if (dc != null) dc.close();
4670 27 Nov 08 martin 198     }
5696 12 Aug 11 nicklas 199     return ok;
4670 27 Nov 08 martin 200   }
4670 27 Nov 08 martin 201
4670 27 Nov 08 martin 202   static void test_load(int id)
4670 27 Nov 08 martin 203   {
4678 02 Dec 08 martin 204     if (id == 0) return;
4678 02 Dec 08 martin 205     DbControl dc = null;
4678 02 Dec 08 martin 206     try
4678 02 Dec 08 martin 207     {
4678 02 Dec 08 martin 208       dc = TestUtil.getDbControl();
4678 02 Dec 08 martin 209       BioPlate bp = BioPlate.getById(dc, id);
4678 02 Dec 08 martin 210       write("--Load bioplate OK");
4678 02 Dec 08 martin 211     }
4678 02 Dec 08 martin 212     catch (Throwable ex)
4678 02 Dec 08 martin 213     {
4678 02 Dec 08 martin 214       write("--Load bioplate FAILED");
4678 02 Dec 08 martin 215       ex.printStackTrace();
4678 02 Dec 08 martin 216       ok = false;
4678 02 Dec 08 martin 217     }
4678 02 Dec 08 martin 218     finally
4678 02 Dec 08 martin 219     {
4678 02 Dec 08 martin 220       if (dc != null) dc.close();
4678 02 Dec 08 martin 221     }
4670 27 Nov 08 martin 222   }
4670 27 Nov 08 martin 223
5452 27 Oct 10 nicklas 224   static int test_create(String name, int plateGeometryId, int plateTypeId, int freezerId, boolean setAll)
4670 27 Nov 08 martin 225   {
5260 04 Mar 10 nicklas 226     if (plateGeometryId == 0 || plateTypeId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOPLATE))
4670 27 Nov 08 martin 227     {
4670 27 Nov 08 martin 228       return 0;
4670 27 Nov 08 martin 229     }
4670 27 Nov 08 martin 230     int id = 0;
4670 27 Nov 08 martin 231     DbControl dc = null;
4670 27 Nov 08 martin 232     try
4670 27 Nov 08 martin 233     {
4678 02 Dec 08 martin 234       dc = TestUtil.getDbControl();
5260 04 Mar 10 nicklas 235       PlateGeometry pg = PlateGeometry.getById(dc, plateGeometryId);  
5260 04 Mar 10 nicklas 236       BioPlateType pt = BioPlateType.getById(dc, plateTypeId);
5452 27 Oct 10 nicklas 237       BioPlate bp = BioPlate.getNew(dc, pg, pt);
5260 04 Mar 10 nicklas 238       Item bioMaterialType = pt.getBioMaterialType();
5338 07 May 10 nicklas 239       bp.setName(name);
4670 27 Nov 08 martin 240       if (setAll)
4670 27 Nov 08 martin 241       {
4670 27 Nov 08 martin 242         bp.setDescription("Added at " + new Date());
4670 27 Nov 08 martin 243         bp.setExternalId("test.bioplate.plate1");
4670 27 Nov 08 martin 244         bp.setBarcode("995522");
6063 13 Jun 12 nicklas 245         bp.setSection("1");
6063 13 Jun 12 nicklas 246         bp.setTray("B4");
6063 13 Jun 12 nicklas 247         bp.setPosition("3");
4732 21 Jan 09 martin 248         if (freezerId > 0) bp.setFreezer(Hardware.getById(dc, freezerId));
4670 27 Nov 08 martin 249       }
4670 27 Nov 08 martin 250       dc.saveItem(bp);
4670 27 Nov 08 martin 251       dc.commit();
4670 27 Nov 08 martin 252       id = bp.getId();
4670 27 Nov 08 martin 253       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 254       dc.reattachItem(bp, false);
4670 27 Nov 08 martin 255       write_item(0, bp);
4670 27 Nov 08 martin 256       write("--Create bioplate OK");
4670 27 Nov 08 martin 257     }
4670 27 Nov 08 martin 258     catch (Throwable ex)
4670 27 Nov 08 martin 259     {
4670 27 Nov 08 martin 260       write("--Create bioplate FAIILED");
4670 27 Nov 08 martin 261       ex.printStackTrace();
4670 27 Nov 08 martin 262       ok = false;
4670 27 Nov 08 martin 263     }
4670 27 Nov 08 martin 264     finally
4670 27 Nov 08 martin 265     {
4670 27 Nov 08 martin 266       if (dc != null) dc.close();
4670 27 Nov 08 martin 267     }
4670 27 Nov 08 martin 268     return id;
4670 27 Nov 08 martin 269   }
4670 27 Nov 08 martin 270
5445 13 Oct 10 nicklas 271   static void test_delete_all()
5445 13 Oct 10 nicklas 272   {
5445 13 Oct 10 nicklas 273     DbControl dc = null;
5445 13 Oct 10 nicklas 274     try
5445 13 Oct 10 nicklas 275     {
5445 13 Oct 10 nicklas 276       dc = TestUtil.getDbControl();
5445 13 Oct 10 nicklas 277       ItemResultList<BioPlate> l = BioPlate.getQuery().list(dc);
5688 10 Aug 11 nicklas 278       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 279       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
5445 13 Oct 10 nicklas 280       dc.commit();
5445 13 Oct 10 nicklas 281       write("--Delete all bioplates OK ("+l.size()+")");
5445 13 Oct 10 nicklas 282     }
5445 13 Oct 10 nicklas 283     catch (Throwable ex)
5445 13 Oct 10 nicklas 284     {
5445 13 Oct 10 nicklas 285       write("--Delete all bioplates FAILED");
5445 13 Oct 10 nicklas 286       ex.printStackTrace();
5445 13 Oct 10 nicklas 287       ok = false;
5445 13 Oct 10 nicklas 288     }
5445 13 Oct 10 nicklas 289     finally
5445 13 Oct 10 nicklas 290     {
5445 13 Oct 10 nicklas 291       if (dc != null) dc.close();
5445 13 Oct 10 nicklas 292     }
5445 13 Oct 10 nicklas 293   }
5445 13 Oct 10 nicklas 294   
4670 27 Nov 08 martin 295   static void write_header()
4670 27 Nov 08 martin 296   {
4670 27 Nov 08 martin 297     if (!TestUtil.getSilent())
4670 27 Nov 08 martin 298     {
6063 13 Jun 12 nicklas 299       System.out.println("   \tID \tExternal id\tName      \tPlate type\tDescription\tBarcode\tGeometry\tFreezer\tSection\tTray\tPosition");
6063 13 Jun 12 nicklas 300       System.out.println("-- \t-- \t-----------\t----------\t----------\t-----------\t-------\t--------\t-------\t-------\t----\t--------");
4670 27 Nov 08 martin 301     }
4670 27 Nov 08 martin 302   }
4670 27 Nov 08 martin 303   
4670 27 Nov 08 martin 304   static void write(String message)
4670 27 Nov 08 martin 305   {
4670 27 Nov 08 martin 306     System.out.println(message);
4670 27 Nov 08 martin 307   }
4670 27 Nov 08 martin 308   
4670 27 Nov 08 martin 309   static void write_item(int i, BioPlate bioPlate)
4670 27 Nov 08 martin 310   {
5260 04 Mar 10 nicklas 311     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+bioPlate.getId()+"\t"+bioPlate.getExternalId()+
5260 04 Mar 10 nicklas 312         "\t"+bioPlate.getName()+"\t"+bioPlate.getBioPlateType()+"\t"+bioPlate.getDescription()+
6063 13 Jun 12 nicklas 313         "\t"+bioPlate.getBarcode()+"\t"+bioPlate.getPlateGeometry()+"\t"+bioPlate.getFreezer()+
6063 13 Jun 12 nicklas 314         "\t"+bioPlate.getSection()+"\t"+bioPlate.getTray()+"\t"+bioPlate.getPosition());
4670 27 Nov 08 martin 315   }
5323 27 Apr 10 nicklas 316   
5323 27 Apr 10 nicklas 317   static void write_item(int i, BioWell well)
5323 27 Apr 10 nicklas 318   {
5323 27 Apr 10 nicklas 319     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+well.getId()+"\t["+well.getRow()+
5456 28 Oct 10 nicklas 320         ","+well.getColumn()+"]\t"+well.getBioMaterial()+"\t"+well.getOriginalBioMaterial());
5323 27 Apr 10 nicklas 321   }
5323 27 Apr 10 nicklas 322
5323 27 Apr 10 nicklas 323   
5456 28 Oct 10 nicklas 324   static int test_set_well(int bioPlateId, int row, int column, Item bioMaterialType, int bioMaterialId, boolean shouldFail)
5323 27 Apr 10 nicklas 325   {
5323 27 Apr 10 nicklas 326     if (bioPlateId == 0 || bioMaterialId == 0)
5323 27 Apr 10 nicklas 327     {
5323 27 Apr 10 nicklas 328       return 0;
5323 27 Apr 10 nicklas 329     }
5323 27 Apr 10 nicklas 330     int wellId = 0;
5323 27 Apr 10 nicklas 331     DbControl dc = null;
5323 27 Apr 10 nicklas 332     try
5323 27 Apr 10 nicklas 333     {
5456 28 Oct 10 nicklas 334       Throwable t = null;
5456 28 Oct 10 nicklas 335       BioPlate plate = null;
5456 28 Oct 10 nicklas 336       try
5456 28 Oct 10 nicklas 337       {
5456 28 Oct 10 nicklas 338         dc = TestUtil.getDbControl();
5456 28 Oct 10 nicklas 339         plate = BioPlate.getById(dc, bioPlateId);
5456 28 Oct 10 nicklas 340         MeasuredBioMaterial bm = (MeasuredBioMaterial)bioMaterialType.getById(dc, bioMaterialId);
5456 28 Oct 10 nicklas 341         BioWell well = plate.getBioWell(row, column);
5456 28 Oct 10 nicklas 342         bm.setBioWell(well);
5456 28 Oct 10 nicklas 343         dc.commit();
5456 28 Oct 10 nicklas 344         wellId = well.getId();
5456 28 Oct 10 nicklas 345       }
5456 28 Oct 10 nicklas 346       catch (Throwable t1)
5456 28 Oct 10 nicklas 347       {
5456 28 Oct 10 nicklas 348         t = t1;
5456 28 Oct 10 nicklas 349       }
5456 28 Oct 10 nicklas 350       if (shouldFail)
5456 28 Oct 10 nicklas 351       {
5456 28 Oct 10 nicklas 352         if (t == null) throw new RuntimeException("Well shuld be locked");
5456 28 Oct 10 nicklas 353         write("--Set well " + plate + "[" + row + "," + column + "] OK (well was locked)");
5456 28 Oct 10 nicklas 354       }
5456 28 Oct 10 nicklas 355       else
5456 28 Oct 10 nicklas 356       {
5456 28 Oct 10 nicklas 357         if (t != null) throw t;
5456 28 Oct 10 nicklas 358         write("--Set well " + plate + "[" + row + "," + column + "] OK");
5456 28 Oct 10 nicklas 359       }
5323 27 Apr 10 nicklas 360     }
5323 27 Apr 10 nicklas 361     catch (Throwable ex)
5323 27 Apr 10 nicklas 362     {
5323 27 Apr 10 nicklas 363       write("--Set well BioPlate[id=" + bioPlateId + "][" + row + "," + column + "] FAILED");
5323 27 Apr 10 nicklas 364       ex.printStackTrace();
5323 27 Apr 10 nicklas 365       ok = false;
5323 27 Apr 10 nicklas 366     }
5323 27 Apr 10 nicklas 367     finally
5323 27 Apr 10 nicklas 368     {
5323 27 Apr 10 nicklas 369       if (dc != null) dc.close();
5323 27 Apr 10 nicklas 370     }
5323 27 Apr 10 nicklas 371     return wellId;
5323 27 Apr 10 nicklas 372   }
5323 27 Apr 10 nicklas 373   
5456 28 Oct 10 nicklas 374   
5456 28 Oct 10 nicklas 375   static void test_clear_well(int bioPlateId, int row, int column, boolean shouldFail)
5456 28 Oct 10 nicklas 376   {
5456 28 Oct 10 nicklas 377     if (bioPlateId == 0) return;
5456 28 Oct 10 nicklas 378     int wellId = 0;
5456 28 Oct 10 nicklas 379     DbControl dc = null;
5456 28 Oct 10 nicklas 380     try
5456 28 Oct 10 nicklas 381     {
5456 28 Oct 10 nicklas 382       Throwable t = null;
5456 28 Oct 10 nicklas 383       BioPlate plate = null;
5456 28 Oct 10 nicklas 384       try
5456 28 Oct 10 nicklas 385       {
5456 28 Oct 10 nicklas 386         dc = TestUtil.getDbControl();
5456 28 Oct 10 nicklas 387         plate = BioPlate.getById(dc, bioPlateId);
5456 28 Oct 10 nicklas 388         BioWell well = plate.getBioWell(row, column);
5456 28 Oct 10 nicklas 389         well.getBioMaterial().setBioWell(null);
5456 28 Oct 10 nicklas 390         dc.commit();
5456 28 Oct 10 nicklas 391       }
5456 28 Oct 10 nicklas 392       catch (Throwable t1)
5456 28 Oct 10 nicklas 393       {
5456 28 Oct 10 nicklas 394         t = t1;
5456 28 Oct 10 nicklas 395       }
5456 28 Oct 10 nicklas 396       if (shouldFail)
5456 28 Oct 10 nicklas 397       {
5456 28 Oct 10 nicklas 398         if (t == null) throw new RuntimeException("Well shuld be locked");
5456 28 Oct 10 nicklas 399         write("--Clear well " + plate + "[" + row + "," + column + "] OK (well was locked)");
5456 28 Oct 10 nicklas 400       }
5456 28 Oct 10 nicklas 401       else
5456 28 Oct 10 nicklas 402       {
5456 28 Oct 10 nicklas 403         if (t != null) throw t;
5456 28 Oct 10 nicklas 404         write("--Clear well " + plate + "[" + row + "," + column + "] OK");
5456 28 Oct 10 nicklas 405       }
5456 28 Oct 10 nicklas 406     }
5456 28 Oct 10 nicklas 407     catch (Throwable ex)
5456 28 Oct 10 nicklas 408     {
5456 28 Oct 10 nicklas 409       write("--Clear well BioPlate[id=" + bioPlateId + "][" + row + "," + column + "] FAILED");
5456 28 Oct 10 nicklas 410       ex.printStackTrace();
5456 28 Oct 10 nicklas 411       ok = false;
5456 28 Oct 10 nicklas 412     }
5456 28 Oct 10 nicklas 413     finally
5456 28 Oct 10 nicklas 414     {
5456 28 Oct 10 nicklas 415       if (dc != null) dc.close();
5456 28 Oct 10 nicklas 416     }
5456 28 Oct 10 nicklas 417   }
5456 28 Oct 10 nicklas 418
5456 28 Oct 10 nicklas 419   
5323 27 Apr 10 nicklas 420   static void test_list_wells(int bioPlateId, int expectedResults)
5323 27 Apr 10 nicklas 421   {
5323 27 Apr 10 nicklas 422     if (bioPlateId == 0) return;
5323 27 Apr 10 nicklas 423     DbControl dc = null;
5323 27 Apr 10 nicklas 424     try
5323 27 Apr 10 nicklas 425     {
5323 27 Apr 10 nicklas 426       dc = TestUtil.getDbControl();
5323 27 Apr 10 nicklas 427       BioPlate plate = BioPlate.getById(dc, bioPlateId);
5323 27 Apr 10 nicklas 428       ItemResultList<BioWell> wells = plate.getBioWells().list(dc);
5323 27 Apr 10 nicklas 429       int numWells = 0;
5323 27 Apr 10 nicklas 430       for (int i = 0; i<wells.size(); i++)
5323 27 Apr 10 nicklas 431       {
5323 27 Apr 10 nicklas 432         BioWell well = wells.get(i);
5323 27 Apr 10 nicklas 433         if (well.getBioMaterial() != null)
5323 27 Apr 10 nicklas 434         {
5323 27 Apr 10 nicklas 435           write_item(i, well);
5323 27 Apr 10 nicklas 436           numWells++;
5323 27 Apr 10 nicklas 437         }
5323 27 Apr 10 nicklas 438       }
5323 27 Apr 10 nicklas 439       if (expectedResults >=0 && expectedResults != numWells)
5323 27 Apr 10 nicklas 440       {
5323 27 Apr 10 nicklas 441         throw new BaseException("Expected " + expectedResults + " results, " +
5323 27 Apr 10 nicklas 442             "not " + numWells);
5323 27 Apr 10 nicklas 443       }
5323 27 Apr 10 nicklas 444       write ("--List wells OK (" + numWells +")");
5323 27 Apr 10 nicklas 445     }
5323 27 Apr 10 nicklas 446     catch (Throwable ex)
5323 27 Apr 10 nicklas 447     {
5323 27 Apr 10 nicklas 448       write("--List wells FAILED");
5323 27 Apr 10 nicklas 449       ex.printStackTrace();
5323 27 Apr 10 nicklas 450       ok = false;
5323 27 Apr 10 nicklas 451     }
5323 27 Apr 10 nicklas 452     finally
5323 27 Apr 10 nicklas 453     {
5323 27 Apr 10 nicklas 454       if (dc != null) dc.close();
5323 27 Apr 10 nicklas 455     }
5323 27 Apr 10 nicklas 456   }
5456 28 Oct 10 nicklas 457
5456 28 Oct 10 nicklas 458   static void test_list_original_biomaterial(int bioPlateId, int expectedResults)
5456 28 Oct 10 nicklas 459   {
5456 28 Oct 10 nicklas 460     if (bioPlateId == 0) return;
5456 28 Oct 10 nicklas 461     DbControl dc = null;
5456 28 Oct 10 nicklas 462     try
5456 28 Oct 10 nicklas 463     {
5456 28 Oct 10 nicklas 464       dc = TestUtil.getDbControl();
5456 28 Oct 10 nicklas 465       BioPlate plate = BioPlate.getById(dc, bioPlateId);
5456 28 Oct 10 nicklas 466       ItemResultList<BioWell> wells = plate.getBioWells().list(dc);
5456 28 Oct 10 nicklas 467       int numWells = 0;
5456 28 Oct 10 nicklas 468       for (int i = 0; i<wells.size(); i++)
5456 28 Oct 10 nicklas 469       {
5456 28 Oct 10 nicklas 470         BioWell well = wells.get(i);
5456 28 Oct 10 nicklas 471         if (well.getOriginalBioMaterial() != null)
5456 28 Oct 10 nicklas 472         {
5456 28 Oct 10 nicklas 473           write_item(i, well);
5456 28 Oct 10 nicklas 474           numWells++;
5456 28 Oct 10 nicklas 475         }
5456 28 Oct 10 nicklas 476       }
5456 28 Oct 10 nicklas 477       if (expectedResults >=0 && expectedResults != numWells)
5456 28 Oct 10 nicklas 478       {
5456 28 Oct 10 nicklas 479         throw new BaseException("Expected " + expectedResults + " results, " +
5456 28 Oct 10 nicklas 480             "not " + numWells);
5456 28 Oct 10 nicklas 481       }
5456 28 Oct 10 nicklas 482       write ("--List wells with original biomaterial OK (" + numWells +")");
5456 28 Oct 10 nicklas 483     }
5456 28 Oct 10 nicklas 484     catch (Throwable ex)
5456 28 Oct 10 nicklas 485     {
5456 28 Oct 10 nicklas 486       write("--List wells with original biomaterial FAILED");
5456 28 Oct 10 nicklas 487       ex.printStackTrace();
5456 28 Oct 10 nicklas 488       ok = false;
5456 28 Oct 10 nicklas 489     }
5456 28 Oct 10 nicklas 490     finally
5456 28 Oct 10 nicklas 491     {
5456 28 Oct 10 nicklas 492       if (dc != null) dc.close();
5456 28 Oct 10 nicklas 493     }
5456 28 Oct 10 nicklas 494   }
5456 28 Oct 10 nicklas 495
5323 27 Apr 10 nicklas 496   
5632 17 May 11 nicklas 497   static List<Integer> test_fill(int bioPlateId, Item itemType, String rootName, int tagId)
5338 07 May 10 nicklas 498   {
5338 07 May 10 nicklas 499     if (bioPlateId == 0) return null;
5338 07 May 10 nicklas 500     List<Integer> ids = null;
5338 07 May 10 nicklas 501     DbControl dc = null;
5338 07 May 10 nicklas 502     try
5338 07 May 10 nicklas 503     {
5338 07 May 10 nicklas 504       dc = TestUtil.getDbControl();
5338 07 May 10 nicklas 505       BioPlate plate = BioPlate.getById(dc, bioPlateId);
5632 17 May 11 nicklas 506       Tag label = tagId == 0 ? null : Tag.getById(dc, tagId);
5338 07 May 10 nicklas 507       PlateGeometry geometry = plate.getPlateGeometry();
5338 07 May 10 nicklas 508       int rows = geometry.getRows();
5338 07 May 10 nicklas 509       int cols = geometry.getColumns();
5338 07 May 10 nicklas 510       List<MeasuredBioMaterial> items = new ArrayList<MeasuredBioMaterial>(rows * cols);
5338 07 May 10 nicklas 511       WellCoordinateFormatter rowFormat = new WellCoordinateFormatter(true);
5338 07 May 10 nicklas 512       WellCoordinateFormatter colFormat = new WellCoordinateFormatter(false);
5338 07 May 10 nicklas 513       for (int row = 0; row < rows; ++row)
5338 07 May 10 nicklas 514       {
5338 07 May 10 nicklas 515         for (int col = 0; col < cols; ++col)
5338 07 May 10 nicklas 516         {
5338 07 May 10 nicklas 517           BioWell well = plate.getBioWell(row, col);
5338 07 May 10 nicklas 518           MeasuredBioMaterial item = null;
5338 07 May 10 nicklas 519           if (itemType == Item.SAMPLE)
5338 07 May 10 nicklas 520           {
5338 07 May 10 nicklas 521             item = Sample.getNew(dc);
5338 07 May 10 nicklas 522           }
5338 07 May 10 nicklas 523           else if (itemType == Item.EXTRACT)
5338 07 May 10 nicklas 524           {
5338 07 May 10 nicklas 525             item = Extract.getNew(dc);
5338 07 May 10 nicklas 526           }
5338 07 May 10 nicklas 527           item.setName(rootName + " [" + rowFormat.format(row) + colFormat.format(col) + "]");
5338 07 May 10 nicklas 528           dc.saveItem(item);
5338 07 May 10 nicklas 529           item.setBioWell(well);
5338 07 May 10 nicklas 530           items.add(item);
5338 07 May 10 nicklas 531         }
5338 07 May 10 nicklas 532       }
5338 07 May 10 nicklas 533       dc.commit();
5338 07 May 10 nicklas 534       ids = new ArrayList<Integer>(items.size());
5338 07 May 10 nicklas 535       new BasicItemToIdTransformer().transform(items, ids);
5338 07 May 10 nicklas 536       write("--Fill bioplate OK");
5338 07 May 10 nicklas 537     }
5338 07 May 10 nicklas 538     catch (Throwable ex)
5338 07 May 10 nicklas 539     {
5338 07 May 10 nicklas 540       write("--Fill bioplate FAILED");
5338 07 May 10 nicklas 541       ex.printStackTrace();
5338 07 May 10 nicklas 542       ok = false;
5338 07 May 10 nicklas 543     }
5338 07 May 10 nicklas 544     finally
5338 07 May 10 nicklas 545     {
5338 07 May 10 nicklas 546       if (dc != null) dc.close();
5338 07 May 10 nicklas 547     }
5338 07 May 10 nicklas 548     return ids;
5338 07 May 10 nicklas 549   }
5323 27 Apr 10 nicklas 550   
5323 27 Apr 10 nicklas 551   
5338 07 May 10 nicklas 552   static void test_delete_contents(int id)
5338 07 May 10 nicklas 553   {
5338 07 May 10 nicklas 554     if (id == 0) return;
5338 07 May 10 nicklas 555     DbControl dc = null;
5338 07 May 10 nicklas 556     try
5338 07 May 10 nicklas 557     {
5338 07 May 10 nicklas 558       dc = TestUtil.getDbControl();    
5338 07 May 10 nicklas 559       BioPlate bp = BioPlate.getById(dc, id);
5338 07 May 10 nicklas 560       List<BioWell> wells = bp.getBioWells().list(dc);
5338 07 May 10 nicklas 561       for (BioWell well : wells)
5338 07 May 10 nicklas 562       {
5338 07 May 10 nicklas 563         MeasuredBioMaterial item = well.getBioMaterial();
5338 07 May 10 nicklas 564         if (item != null) dc.deleteItem(item);
5338 07 May 10 nicklas 565       }
5338 07 May 10 nicklas 566       dc.commit();
5338 07 May 10 nicklas 567       write("--Delete bioplate contents OK");
5338 07 May 10 nicklas 568     }
5338 07 May 10 nicklas 569     catch (Throwable ex)
5338 07 May 10 nicklas 570     {
5338 07 May 10 nicklas 571       write("--Delete bioplate contents FAILED");
5338 07 May 10 nicklas 572       ex.printStackTrace();
5338 07 May 10 nicklas 573       ok = false;
5338 07 May 10 nicklas 574     }
5338 07 May 10 nicklas 575     finally
5338 07 May 10 nicklas 576     {
5338 07 May 10 nicklas 577       if (dc != null) dc.close();
5338 07 May 10 nicklas 578     }
5338 07 May 10 nicklas 579     
5338 07 May 10 nicklas 580   }
5338 07 May 10 nicklas 581
5338 07 May 10 nicklas 582   
4670 27 Nov 08 martin 583 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)