src/test/TestBioPlateEvent.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5523 02 Dec 10 nicklas 1 /**
5523 02 Dec 10 nicklas 2   $Id$
5523 02 Dec 10 nicklas 3
5523 02 Dec 10 nicklas 4   Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
5523 02 Dec 10 nicklas 5
5523 02 Dec 10 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5523 02 Dec 10 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
5523 02 Dec 10 nicklas 8
5523 02 Dec 10 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5523 02 Dec 10 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
5523 02 Dec 10 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5523 02 Dec 10 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
5523 02 Dec 10 nicklas 13
5523 02 Dec 10 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5523 02 Dec 10 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5523 02 Dec 10 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5523 02 Dec 10 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
5523 02 Dec 10 nicklas 18
5523 02 Dec 10 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
5523 02 Dec 10 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5523 02 Dec 10 nicklas 21 */
5523 02 Dec 10 nicklas 22
5523 02 Dec 10 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.BaseException;
5523 02 Dec 10 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent;
5523 02 Dec 10 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.BioPlateEvent;
5523 02 Dec 10 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.BioPlateEventParticipant;
5523 02 Dec 10 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.BioPlateEventType;
5523 02 Dec 10 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.BioWell;
5523 02 Dec 10 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.BioWell.LockMode;
5523 02 Dec 10 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.BioPlate;
5523 02 Dec 10 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5523 02 Dec 10 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.Extract;
5523 02 Dec 10 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.Hardware;
5523 02 Dec 10 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.Item;
5523 02 Dec 10 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.ItemProxy;
5523 02 Dec 10 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
5523 02 Dec 10 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial;
5523 02 Dec 10 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.Permission;
5523 02 Dec 10 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.Protocol;
5523 02 Dec 10 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.Sample;
5523 02 Dec 10 nicklas 41 import net.sf.basedb.core.SystemItems;
5523 02 Dec 10 nicklas 42 import net.sf.basedb.core.Trashcan;
5523 02 Dec 10 nicklas 43
5523 02 Dec 10 nicklas 44 import java.util.Date;
5523 02 Dec 10 nicklas 45 import java.util.List;
5523 02 Dec 10 nicklas 46 import java.util.Set;
5523 02 Dec 10 nicklas 47
5523 02 Dec 10 nicklas 48 /**
5523 02 Dec 10 nicklas 49    @author Nicklas
5523 02 Dec 10 nicklas 50    @since 2.17
5523 02 Dec 10 nicklas 51    @base.modified $Date$
5523 02 Dec 10 nicklas 52  */
5523 02 Dec 10 nicklas 53 public class TestBioPlateEvent 
5523 02 Dec 10 nicklas 54 {
5523 02 Dec 10 nicklas 55   static boolean ok = true;
5523 02 Dec 10 nicklas 56   public static void main(String[] args)
5523 02 Dec 10 nicklas 57   {
5523 02 Dec 10 nicklas 58     TestUtil.checkArgs(args);
5523 02 Dec 10 nicklas 59     TestUtil.begin();
5523 02 Dec 10 nicklas 60     ok = test_all();
5523 02 Dec 10 nicklas 61     TestUtil.stop();
5523 02 Dec 10 nicklas 62   }
5523 02 Dec 10 nicklas 63   
5523 02 Dec 10 nicklas 64   static boolean test_all()
5523 02 Dec 10 nicklas 65   {
5523 02 Dec 10 nicklas 66     write("++Testing bioplate events");
5523 02 Dec 10 nicklas 67     write_header();
5523 02 Dec 10 nicklas 68     
5523 02 Dec 10 nicklas 69     // Create bioplate types and bioplates
5523 02 Dec 10 nicklas 70     int samplePlateTypeId = TestBioPlateType.test_create("Sample plate", Item.SAMPLE, LockMode.LOCKED_AFTER_MOVE);
5523 02 Dec 10 nicklas 71     int extractPlateTypeId = TestBioPlateType.test_create("Extract plate", Item.EXTRACT, LockMode.LOCKED_AFTER_MOVE);
5523 02 Dec 10 nicklas 72     int storagePlateTypeId = TestBioPlateType.test_create("Storage plate", null, LockMode.UNLOCKED);
5523 02 Dec 10 nicklas 73     int plateGeometryId = TestPlateGeometry.test_create(2, 4, false);
5523 02 Dec 10 nicklas 74     int samplePlateId = TestBioPlate.test_create("Samples #1", plateGeometryId, samplePlateTypeId, 0, false);
5523 02 Dec 10 nicklas 75     int extractPlateId = TestBioPlate.test_create("Extracts #1", plateGeometryId, extractPlateTypeId, 0, false);
5523 02 Dec 10 nicklas 76     int storagePlateId = TestBioPlate.test_create("Storage #1", plateGeometryId, storagePlateTypeId, 0, false);
5523 02 Dec 10 nicklas 77
5523 02 Dec 10 nicklas 78     // Create biomaterial
6100 04 Sep 12 nicklas 79     int sampleId1 = TestSample.test_create(0, "Foo.s1", 0, false);
6100 04 Sep 12 nicklas 80     int sampleId2 = TestSample.test_create(0, "Bar.s2", 0, false);
6100 04 Sep 12 nicklas 81     int sampleId3 = TestSample.test_create(0, "Ref.s3", 0, false);
5523 02 Dec 10 nicklas 82
5630 13 May 11 nicklas 83     int protocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.EXTRACTION), "Extract on plate", false);
5630 13 May 11 nicklas 84     int hardwareId = TestHardware.test_create(SystemItems.getId(Hardware.OTHER), "Extraction bot", false);
5523 02 Dec 10 nicklas 85     
5523 02 Dec 10 nicklas 86     // Place the biomaterial on a plate using an event
5523 02 Dec 10 nicklas 87     int id1 = test_place_on_plate_event("Place samples", samplePlateId, Item.SAMPLE, sampleId1, sampleId2, sampleId3);
5523 02 Dec 10 nicklas 88     test_load(id1);
5523 02 Dec 10 nicklas 89     test_list_participants(id1, 1);
5523 02 Dec 10 nicklas 90     
5523 02 Dec 10 nicklas 91     // Create extracts from the samples on a reaction plate
5523 02 Dec 10 nicklas 92     int id2 = test_extraction_event("Create extracts", samplePlateId, extractPlateId, protocolId, hardwareId);
5523 02 Dec 10 nicklas 93     test_list_participants(id2, 2);
5523 02 Dec 10 nicklas 94     
5523 02 Dec 10 nicklas 95     // Move the samples to a storage plate
5523 02 Dec 10 nicklas 96     int id3 = test_move_event("Move samples to storage", samplePlateId, storagePlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 97     test_list_participants(id3, 2);
5523 02 Dec 10 nicklas 98     
5523 02 Dec 10 nicklas 99     test_list(-1);
5523 02 Dec 10 nicklas 100     
5523 02 Dec 10 nicklas 101     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
5523 02 Dec 10 nicklas 102     // Standard test: Delete
5523 02 Dec 10 nicklas 103     test_delete(id1);
5523 02 Dec 10 nicklas 104     test_delete(id2);
5523 02 Dec 10 nicklas 105     test_delete(id3);
5523 02 Dec 10 nicklas 106     
5689 11 Aug 11 nicklas 107     // Delete the plates and the biomaterial on them
5523 02 Dec 10 nicklas 108     TestBioPlate.test_delete_contents(extractPlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 109     TestBioPlate.test_delete_contents(storagePlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 110     TestBioPlate.test_delete_contents(samplePlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 111
5523 02 Dec 10 nicklas 112     TestHardware.test_delete(hardwareId);
5523 02 Dec 10 nicklas 113     TestProtocol.test_delete(protocolId);
5523 02 Dec 10 nicklas 114
5523 02 Dec 10 nicklas 115     TestBioPlate.test_delete(storagePlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 116     TestBioPlate.test_delete(samplePlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 117     TestBioPlate.test_delete(extractPlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 118     TestPlateGeometry.test_delete(plateGeometryId);
5523 02 Dec 10 nicklas 119     TestBioPlateType.test_delete(samplePlateTypeId);
5523 02 Dec 10 nicklas 120     TestBioPlateType.test_delete(extractPlateTypeId);
5523 02 Dec 10 nicklas 121     TestBioPlateType.test_delete(storagePlateTypeId);
5523 02 Dec 10 nicklas 122     
5523 02 Dec 10 nicklas 123     write("++Testing bioplate events "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
5523 02 Dec 10 nicklas 124     return ok;
5523 02 Dec 10 nicklas 125   }
5523 02 Dec 10 nicklas 126
5523 02 Dec 10 nicklas 127   static void test_delete(int id)
5523 02 Dec 10 nicklas 128   {
5523 02 Dec 10 nicklas 129     if (id == 0) return;
5523 02 Dec 10 nicklas 130     DbControl dc = null;
5523 02 Dec 10 nicklas 131     try
5523 02 Dec 10 nicklas 132     {
5523 02 Dec 10 nicklas 133       dc = TestUtil.getDbControl();    
5523 02 Dec 10 nicklas 134       BioPlateEvent event = BioPlateEvent.getById(dc, id);
5523 02 Dec 10 nicklas 135       dc.deleteItem(event);
5523 02 Dec 10 nicklas 136       Set<ItemProxy> using = event.getUsingItems();
5523 02 Dec 10 nicklas 137       if (using.size() > 0) 
5523 02 Dec 10 nicklas 138       {
5523 02 Dec 10 nicklas 139          throw new BaseException(event + " is used by " + using);
5523 02 Dec 10 nicklas 140       }
5523 02 Dec 10 nicklas 141       dc.commit();
5523 02 Dec 10 nicklas 142       write("--Delete bioplate event OK");
5523 02 Dec 10 nicklas 143     }
5523 02 Dec 10 nicklas 144     catch (Throwable ex)
5523 02 Dec 10 nicklas 145     {
5523 02 Dec 10 nicklas 146       write("--Delete bioplate event FAILED");
5523 02 Dec 10 nicklas 147       ex.printStackTrace();
5523 02 Dec 10 nicklas 148       ok = false;
5523 02 Dec 10 nicklas 149     }
5523 02 Dec 10 nicklas 150     finally
5523 02 Dec 10 nicklas 151     {
5523 02 Dec 10 nicklas 152       if (dc != null) dc.close();
5523 02 Dec 10 nicklas 153     }
5523 02 Dec 10 nicklas 154     
5523 02 Dec 10 nicklas 155   }
5523 02 Dec 10 nicklas 156
5523 02 Dec 10 nicklas 157   static void test_list(int expectedResults)
5523 02 Dec 10 nicklas 158   {
5523 02 Dec 10 nicklas 159     DbControl dc = null;
5523 02 Dec 10 nicklas 160     try
5523 02 Dec 10 nicklas 161     {
5523 02 Dec 10 nicklas 162       dc = TestUtil.getDbControl();
5523 02 Dec 10 nicklas 163       ItemResultList<BioPlateEvent> events = BioPlateEvent.getQuery().list(dc);
5523 02 Dec 10 nicklas 164       for (int i = 0; i<events.size(); i++)
5523 02 Dec 10 nicklas 165       {
5523 02 Dec 10 nicklas 166         write_item(i, events.get(i));
5523 02 Dec 10 nicklas 167       }
5523 02 Dec 10 nicklas 168       if (expectedResults >=0 && expectedResults != events.size())
5523 02 Dec 10 nicklas 169       {
5523 02 Dec 10 nicklas 170         throw new BaseException("Expected " + expectedResults + " results, " +
5523 02 Dec 10 nicklas 171             "not " + events.size());
5523 02 Dec 10 nicklas 172       }
5523 02 Dec 10 nicklas 173       write ("--List bioplate events OK (" + events.size() +")");
5523 02 Dec 10 nicklas 174     }
5523 02 Dec 10 nicklas 175     catch (Throwable ex)
5523 02 Dec 10 nicklas 176     {
5523 02 Dec 10 nicklas 177       write("--List bioplate events FAILED");
5523 02 Dec 10 nicklas 178       ex.printStackTrace();
5523 02 Dec 10 nicklas 179       ok = false;
5523 02 Dec 10 nicklas 180     }
5523 02 Dec 10 nicklas 181     finally
5523 02 Dec 10 nicklas 182     {
5523 02 Dec 10 nicklas 183       if (dc != null) dc.close();
5523 02 Dec 10 nicklas 184     }
5523 02 Dec 10 nicklas 185   }
5523 02 Dec 10 nicklas 186
5523 02 Dec 10 nicklas 187   static void test_load(int id)
5523 02 Dec 10 nicklas 188   {
5523 02 Dec 10 nicklas 189     if (id == 0) return;
5523 02 Dec 10 nicklas 190     DbControl dc = null;
5523 02 Dec 10 nicklas 191     try
5523 02 Dec 10 nicklas 192     {
5523 02 Dec 10 nicklas 193       dc = TestUtil.getDbControl();
5523 02 Dec 10 nicklas 194       BioPlateEvent event = BioPlateEvent.getById(dc, id);
5523 02 Dec 10 nicklas 195       write_item(0, event);
5523 02 Dec 10 nicklas 196       write("--Load bioplate event OK");
5523 02 Dec 10 nicklas 197     }
5523 02 Dec 10 nicklas 198     catch (Throwable ex)
5523 02 Dec 10 nicklas 199     {
5523 02 Dec 10 nicklas 200       write("--Load bioplate event FAILED");
5523 02 Dec 10 nicklas 201       ex.printStackTrace();
5523 02 Dec 10 nicklas 202       ok = false;
5523 02 Dec 10 nicklas 203     }
5523 02 Dec 10 nicklas 204     finally
5523 02 Dec 10 nicklas 205     {
5523 02 Dec 10 nicklas 206       if (dc != null) dc.close();
5523 02 Dec 10 nicklas 207     }
5523 02 Dec 10 nicklas 208   }
5523 02 Dec 10 nicklas 209
5523 02 Dec 10 nicklas 210   static void test_delete_all()
5523 02 Dec 10 nicklas 211   {
5523 02 Dec 10 nicklas 212     DbControl dc = null;
5523 02 Dec 10 nicklas 213     try
5523 02 Dec 10 nicklas 214     {
5523 02 Dec 10 nicklas 215       dc = TestUtil.getDbControl();
5523 02 Dec 10 nicklas 216       ItemResultList<BioPlateEvent> l = BioPlateEvent.getQuery().list(dc);
5688 10 Aug 11 nicklas 217       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 218       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
5523 02 Dec 10 nicklas 219       dc.commit();
5523 02 Dec 10 nicklas 220       write("--Delete all bioplate events OK ("+l.size()+")");
5523 02 Dec 10 nicklas 221     }
5523 02 Dec 10 nicklas 222     catch (Throwable ex)
5523 02 Dec 10 nicklas 223     {
5523 02 Dec 10 nicklas 224       write("--Delete all bioplate events FAILED");
5523 02 Dec 10 nicklas 225       ex.printStackTrace();
5523 02 Dec 10 nicklas 226       ok = false;
5523 02 Dec 10 nicklas 227     }
5523 02 Dec 10 nicklas 228     finally
5523 02 Dec 10 nicklas 229     {
5523 02 Dec 10 nicklas 230       if (dc != null) dc.close();
5523 02 Dec 10 nicklas 231     }
5523 02 Dec 10 nicklas 232   }
5523 02 Dec 10 nicklas 233   
5523 02 Dec 10 nicklas 234   static void write_header()
5523 02 Dec 10 nicklas 235   {
5523 02 Dec 10 nicklas 236     if (!TestUtil.getSilent())
5523 02 Dec 10 nicklas 237     {
5523 02 Dec 10 nicklas 238       System.out.println("   \tID \tName      \tEvent type\tEvent date\tEntry date\tDescription\tProtocol\tHardware");
5523 02 Dec 10 nicklas 239       System.out.println("-- \t-- \t----------\t----------\t----------\t----------\t-----------\t--------\t--------");
5523 02 Dec 10 nicklas 240     }
5523 02 Dec 10 nicklas 241   }
5523 02 Dec 10 nicklas 242   
5523 02 Dec 10 nicklas 243   static void write(String message)
5523 02 Dec 10 nicklas 244   {
5523 02 Dec 10 nicklas 245     System.out.println(message);
5523 02 Dec 10 nicklas 246   }
5523 02 Dec 10 nicklas 247   
5523 02 Dec 10 nicklas 248   static void write_item(int i, BioPlateEvent event)
5523 02 Dec 10 nicklas 249   {
5523 02 Dec 10 nicklas 250     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+event.getId()+"\t"+event.getName()+"\t"+event.getEventType()+
5523 02 Dec 10 nicklas 251         "\t" + event.getEventDate()+"\t"+event.getEntryDate()+"\t"+event.getDescription()+
5523 02 Dec 10 nicklas 252         "\t"+event.getProtocol()+"\t"+event.getHardware());
5523 02 Dec 10 nicklas 253   }
5523 02 Dec 10 nicklas 254   
5523 02 Dec 10 nicklas 255   static void write_item(int i, BioPlateEventParticipant participant)
5523 02 Dec 10 nicklas 256   {
5523 02 Dec 10 nicklas 257     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+participant.getId()+"\t"+participant.getRole()+
5523 02 Dec 10 nicklas 258         "\t"+participant.getIndex()+"\t" + participant.getBioPlate());
5523 02 Dec 10 nicklas 259   }
5523 02 Dec 10 nicklas 260
5523 02 Dec 10 nicklas 261   
5523 02 Dec 10 nicklas 262   static int test_place_on_plate_event(String name, int bioPlateId, Item bioMaterialType, int... bioMaterialIds)
5523 02 Dec 10 nicklas 263   {
5523 02 Dec 10 nicklas 264     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOPLATEEVENT) || bioPlateId == 0)
5523 02 Dec 10 nicklas 265     {
5523 02 Dec 10 nicklas 266       return 0;
5523 02 Dec 10 nicklas 267     }
5523 02 Dec 10 nicklas 268     int id = 0;
5523 02 Dec 10 nicklas 269     DbControl dc = null;
5523 02 Dec 10 nicklas 270     try
5523 02 Dec 10 nicklas 271     {
5523 02 Dec 10 nicklas 272       dc = TestUtil.getDbControl();
5523 02 Dec 10 nicklas 273       
5523 02 Dec 10 nicklas 274       BioPlate plate = BioPlate.getById(dc, bioPlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 275       BioPlateEventType eventType = BioPlateEventType.getById(dc, BioPlateEventType.PLACE_ON_PLATE);
5523 02 Dec 10 nicklas 276       
5523 02 Dec 10 nicklas 277       BioPlateEvent event = BioPlateEvent.getNew(dc, eventType);
5523 02 Dec 10 nicklas 278       event.setName(name);
5523 02 Dec 10 nicklas 279       event.setEventDate(new Date());
5523 02 Dec 10 nicklas 280       BioPlateEventParticipant destination = event.addParticipant(plate, "destination", 1);
5523 02 Dec 10 nicklas 281       dc.saveItem(event);
5523 02 Dec 10 nicklas 282       
5523 02 Dec 10 nicklas 283       if (bioMaterialType != null && bioMaterialIds != null)
5523 02 Dec 10 nicklas 284       {
5523 02 Dec 10 nicklas 285         List<BioWell> wells = plate.getBioWells().list(dc);
5523 02 Dec 10 nicklas 286         for (int i = 0; i < wells.size() && i < bioMaterialIds.length; ++i)
5523 02 Dec 10 nicklas 287         {
5523 02 Dec 10 nicklas 288           MeasuredBioMaterial bm = (MeasuredBioMaterial)bioMaterialType.getById(dc, bioMaterialIds[i]);
5523 02 Dec 10 nicklas 289           BioWell well = wells.get(i);
5523 02 Dec 10 nicklas 290           bm.setBioWell(well);
5523 02 Dec 10 nicklas 291           BioMaterialEvent bmEvent = bm.newEvent(destination);
5525 06 Dec 10 nicklas 292           bmEvent.setComment("Well: " + well.getCoordinate());
5523 02 Dec 10 nicklas 293           dc.saveItem(bmEvent);
5523 02 Dec 10 nicklas 294         }
5523 02 Dec 10 nicklas 295       }
5523 02 Dec 10 nicklas 296       dc.commit();
5523 02 Dec 10 nicklas 297       id = event.getId();
5523 02 Dec 10 nicklas 298       dc = TestUtil.getDbControl();
5523 02 Dec 10 nicklas 299       dc.reattachItem(event, false);
5523 02 Dec 10 nicklas 300       write_item(0, event);
5523 02 Dec 10 nicklas 301       write("--Create 'place-on-plate' event OK");
5523 02 Dec 10 nicklas 302     }
5523 02 Dec 10 nicklas 303     catch (Throwable ex)
5523 02 Dec 10 nicklas 304     {
5523 02 Dec 10 nicklas 305       write("--Create 'place-on-plate' event FAIILED");
5523 02 Dec 10 nicklas 306       ex.printStackTrace();
5523 02 Dec 10 nicklas 307       ok = false;
5523 02 Dec 10 nicklas 308     }
5523 02 Dec 10 nicklas 309     finally
5523 02 Dec 10 nicklas 310     {
5523 02 Dec 10 nicklas 311       if (dc != null) dc.close();
5523 02 Dec 10 nicklas 312     }
5523 02 Dec 10 nicklas 313     return id;
5523 02 Dec 10 nicklas 314   }
5523 02 Dec 10 nicklas 315
5523 02 Dec 10 nicklas 316   static int test_extraction_event(String name, int samplePlateId, int extractPlateId, int protocolId, int hardwareId)
5523 02 Dec 10 nicklas 317   {
5523 02 Dec 10 nicklas 318     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOPLATEEVENT) || samplePlateId == 0 || extractPlateId == 0)
5523 02 Dec 10 nicklas 319     {
5523 02 Dec 10 nicklas 320       return 0;
5523 02 Dec 10 nicklas 321     }
5523 02 Dec 10 nicklas 322     int id = 0;
5523 02 Dec 10 nicklas 323     DbControl dc = null;
5523 02 Dec 10 nicklas 324     try
5523 02 Dec 10 nicklas 325     {
5523 02 Dec 10 nicklas 326       dc = TestUtil.getDbControl();
5523 02 Dec 10 nicklas 327       
5523 02 Dec 10 nicklas 328       BioPlate samples = BioPlate.getById(dc, samplePlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 329       BioPlate extracts = BioPlate.getById(dc, extractPlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 330       BioPlateEventType eventType = BioPlateEventType.getById(dc, BioPlateEventType.CREATE_BIOMATERIAL);
5523 02 Dec 10 nicklas 331       
5523 02 Dec 10 nicklas 332       // Create the master event
5523 02 Dec 10 nicklas 333       BioPlateEvent event = BioPlateEvent.getNew(dc, eventType);
5523 02 Dec 10 nicklas 334       event.setName(name);
5523 02 Dec 10 nicklas 335       event.setEventDate(new Date());
5523 02 Dec 10 nicklas 336       if (protocolId != 0)
5523 02 Dec 10 nicklas 337       {
5523 02 Dec 10 nicklas 338         event.setProtocol(Protocol.getById(dc, protocolId));
5523 02 Dec 10 nicklas 339       }
5523 02 Dec 10 nicklas 340       if (hardwareId != 0)
5523 02 Dec 10 nicklas 341       {
5523 02 Dec 10 nicklas 342         event.setHardware(Hardware.getById(dc, hardwareId));
5523 02 Dec 10 nicklas 343       }
5523 02 Dec 10 nicklas 344       // Add participating plates
5523 02 Dec 10 nicklas 345       BioPlateEventParticipant source = event.addParticipant(samples, "source", 1);
5523 02 Dec 10 nicklas 346       BioPlateEventParticipant destination = event.addParticipant(extracts, "destination", 1);
5523 02 Dec 10 nicklas 347       dc.saveItem(event);
5523 02 Dec 10 nicklas 348       
5523 02 Dec 10 nicklas 349       // Create child extracts
5523 02 Dec 10 nicklas 350       for (BioWell well : samples.getBioWells().list(dc))
5523 02 Dec 10 nicklas 351       {
5523 02 Dec 10 nicklas 352         Sample s = (Sample)well.getBioMaterial();
5523 02 Dec 10 nicklas 353         if (s != null)
5523 02 Dec 10 nicklas 354         {
5523 02 Dec 10 nicklas 355           // Create a new extract and put it in the same coordinate on the
5523 02 Dec 10 nicklas 356           // extracts plate
5523 02 Dec 10 nicklas 357           Extract e = s.newExtract(null, destination);
5525 06 Dec 10 nicklas 358           e.setBioWell(extracts.getBioWell(well.getPlateCoordinate()));
5523 02 Dec 10 nicklas 359           e.setName(s.getName()+".e"+s.countChildren(false));
5525 06 Dec 10 nicklas 360           e.getCreationEvent().setComment("Well: " + well.getCoordinate());
5523 02 Dec 10 nicklas 361           dc.saveItem(e);
5523 02 Dec 10 nicklas 362         }
5523 02 Dec 10 nicklas 363       }
5523 02 Dec 10 nicklas 364       
5523 02 Dec 10 nicklas 365       dc.commit();
5523 02 Dec 10 nicklas 366       id = event.getId();
5523 02 Dec 10 nicklas 367       dc = TestUtil.getDbControl();
5523 02 Dec 10 nicklas 368       dc.reattachItem(event, false);
5523 02 Dec 10 nicklas 369       write_item(0, event);
5523 02 Dec 10 nicklas 370       write("--Create extraction plate event OK");
5523 02 Dec 10 nicklas 371     }
5523 02 Dec 10 nicklas 372     catch (Throwable ex)
5523 02 Dec 10 nicklas 373     {
5523 02 Dec 10 nicklas 374       write("--Create extraction plate event FAIILED");
5523 02 Dec 10 nicklas 375       ex.printStackTrace();
5523 02 Dec 10 nicklas 376       ok = false;
5523 02 Dec 10 nicklas 377     }
5523 02 Dec 10 nicklas 378     finally
5523 02 Dec 10 nicklas 379     {
5523 02 Dec 10 nicklas 380       if (dc != null) dc.close();
5523 02 Dec 10 nicklas 381     }
5523 02 Dec 10 nicklas 382     return id;
5523 02 Dec 10 nicklas 383   }
5523 02 Dec 10 nicklas 384
5523 02 Dec 10 nicklas 385   static int test_move_event(String name, int sourcePlateId, int destinationPlateId)
5523 02 Dec 10 nicklas 386   {
5523 02 Dec 10 nicklas 387     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOPLATEEVENT) || sourcePlateId == 0 || destinationPlateId == 0)
5523 02 Dec 10 nicklas 388     {
5523 02 Dec 10 nicklas 389       return 0;
5523 02 Dec 10 nicklas 390     }
5523 02 Dec 10 nicklas 391     int id = 0;
5523 02 Dec 10 nicklas 392     DbControl dc = null;
5523 02 Dec 10 nicklas 393     try
5523 02 Dec 10 nicklas 394     {
5523 02 Dec 10 nicklas 395       dc = TestUtil.getDbControl();
5523 02 Dec 10 nicklas 396       
5523 02 Dec 10 nicklas 397       BioPlate source = BioPlate.getById(dc, sourcePlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 398       BioPlate destination = BioPlate.getById(dc, destinationPlateId);
5523 02 Dec 10 nicklas 399       BioPlateEventType eventType = BioPlateEventType.getById(dc, BioPlateEventType.MOVE);
5523 02 Dec 10 nicklas 400       
5523 02 Dec 10 nicklas 401       // Create the master event
5523 02 Dec 10 nicklas 402       BioPlateEvent event = BioPlateEvent.getNew(dc, eventType);
5523 02 Dec 10 nicklas 403       event.setName(name);
5523 02 Dec 10 nicklas 404       event.setEventDate(new Date());
5523 02 Dec 10 nicklas 405
5523 02 Dec 10 nicklas 406       // Add participating plates
5523 02 Dec 10 nicklas 407       event.addParticipant(source, "source", 1);
5523 02 Dec 10 nicklas 408       BioPlateEventParticipant destParticipant = event.addParticipant(destination, "destination", 1);
5523 02 Dec 10 nicklas 409       dc.saveItem(event);
5523 02 Dec 10 nicklas 410       
5523 02 Dec 10 nicklas 411       // Move the biomaterial
5523 02 Dec 10 nicklas 412       for (BioWell well : source.getBioWells().list(dc))
5523 02 Dec 10 nicklas 413       {
5523 02 Dec 10 nicklas 414         MeasuredBioMaterial bm = well.getBioMaterial();
5523 02 Dec 10 nicklas 415         if (bm != null)
5523 02 Dec 10 nicklas 416         {
5523 02 Dec 10 nicklas 417           // Move the sample to the storage plate
5523 02 Dec 10 nicklas 418           bm.setBioWell(destination.getBioWell(well.getRow(), well.getColumn()));
5523 02 Dec 10 nicklas 419           BioMaterialEvent bmEvent = bm.newEvent(destParticipant);
5523 02 Dec 10 nicklas 420           bmEvent.setComment(source.getName() + " [" + well.getCoordinate() + "] → "+
5523 02 Dec 10 nicklas 421               destination.getName() + " [" + well.getCoordinate() + "]");
5523 02 Dec 10 nicklas 422           dc.saveItem(bmEvent);
5523 02 Dec 10 nicklas 423         }
5523 02 Dec 10 nicklas 424       }
5523 02 Dec 10 nicklas 425       
5523 02 Dec 10 nicklas 426       dc.commit();
5523 02 Dec 10 nicklas 427       id = event.getId();
5523 02 Dec 10 nicklas 428       dc = TestUtil.getDbControl();
5523 02 Dec 10 nicklas 429       dc.reattachItem(event, false);
5523 02 Dec 10 nicklas 430       write_item(0, event);
5523 02 Dec 10 nicklas 431       write("--Create move event OK");
5523 02 Dec 10 nicklas 432     }
5523 02 Dec 10 nicklas 433     catch (Throwable ex)
5523 02 Dec 10 nicklas 434     {
5523 02 Dec 10 nicklas 435       write("--Create move event FAIILED");
5523 02 Dec 10 nicklas 436       ex.printStackTrace();
5523 02 Dec 10 nicklas 437       ok = false;
5523 02 Dec 10 nicklas 438     }
5523 02 Dec 10 nicklas 439     finally
5523 02 Dec 10 nicklas 440     {
5523 02 Dec 10 nicklas 441       if (dc != null) dc.close();
5523 02 Dec 10 nicklas 442     }
5523 02 Dec 10 nicklas 443     return id;
5523 02 Dec 10 nicklas 444   }
5523 02 Dec 10 nicklas 445
5523 02 Dec 10 nicklas 446   
5523 02 Dec 10 nicklas 447   static void test_list_participants(int eventId, int expectedResults)
5523 02 Dec 10 nicklas 448   {
5523 02 Dec 10 nicklas 449     if (eventId == 0) return;
5523 02 Dec 10 nicklas 450     DbControl dc = null;
5523 02 Dec 10 nicklas 451     try
5523 02 Dec 10 nicklas 452     {
5523 02 Dec 10 nicklas 453       dc = TestUtil.getDbControl();
5523 02 Dec 10 nicklas 454       BioPlateEvent event = BioPlateEvent.getById(dc, eventId);
5523 02 Dec 10 nicklas 455       ItemResultList<BioPlateEventParticipant> participants = event.getParticipants().list(dc);
5523 02 Dec 10 nicklas 456       for (int i = 0; i<participants.size(); i++)
5523 02 Dec 10 nicklas 457       {
5523 02 Dec 10 nicklas 458         write_item(i, participants.get(i));
5523 02 Dec 10 nicklas 459       }
5523 02 Dec 10 nicklas 460       if (expectedResults >=0 && expectedResults != participants.size())
5523 02 Dec 10 nicklas 461       {
5523 02 Dec 10 nicklas 462         throw new BaseException("Expected " + expectedResults + " results, " +
5523 02 Dec 10 nicklas 463             "not " + participants.size());
5523 02 Dec 10 nicklas 464       }
5523 02 Dec 10 nicklas 465       write ("--List bioplate event participants OK (" + participants.size() +")");
5523 02 Dec 10 nicklas 466     }
5523 02 Dec 10 nicklas 467     catch (Throwable ex)
5523 02 Dec 10 nicklas 468     {
5523 02 Dec 10 nicklas 469       write("--List bioplate event participants FAILED");
5523 02 Dec 10 nicklas 470       ex.printStackTrace();
5523 02 Dec 10 nicklas 471       ok = false;
5523 02 Dec 10 nicklas 472     }
5523 02 Dec 10 nicklas 473     finally
5523 02 Dec 10 nicklas 474     {
5523 02 Dec 10 nicklas 475       if (dc != null) dc.close();
5523 02 Dec 10 nicklas 476     }
5523 02 Dec 10 nicklas 477   }
5523 02 Dec 10 nicklas 478
5523 02 Dec 10 nicklas 479 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:31 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)