src/test/TestBioSource.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
802 21 Jun 05 nicklas 1 /*
802 21 Jun 05 nicklas 2   $Id$
802 21 Jun 05 nicklas 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
802 21 Jun 05 nicklas 6
2304 22 May 06 jari 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 8   Available at http://base.thep.lu.se/
802 21 Jun 05 nicklas 9
802 21 Jun 05 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
802 21 Jun 05 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
802 21 Jun 05 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
802 21 Jun 05 nicklas 14
802 21 Jun 05 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
802 21 Jun 05 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
802 21 Jun 05 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
802 21 Jun 05 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
802 21 Jun 05 nicklas 19
802 21 Jun 05 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
802 21 Jun 05 nicklas 22 */
802 21 Jun 05 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.*;
4366 02 Jul 08 nicklas 24
802 21 Jun 05 nicklas 25 import java.util.Date;
5340 10 May 10 nicklas 26 import java.util.Set;
802 21 Jun 05 nicklas 27
802 21 Jun 05 nicklas 28 public class TestBioSource
802 21 Jun 05 nicklas 29 {
802 21 Jun 05 nicklas 30
802 21 Jun 05 nicklas 31   static boolean ok = true;
802 21 Jun 05 nicklas 32   public static void main(String[] args)
802 21 Jun 05 nicklas 33   {
802 21 Jun 05 nicklas 34     TestUtil.checkArgs(args);
802 21 Jun 05 nicklas 35     TestUtil.begin();
802 21 Jun 05 nicklas 36     ok = test_all();
802 21 Jun 05 nicklas 37     TestUtil.stop();
802 21 Jun 05 nicklas 38   }
802 21 Jun 05 nicklas 39
802 21 Jun 05 nicklas 40   static boolean test_all()
802 21 Jun 05 nicklas 41   {
802 21 Jun 05 nicklas 42     write("++Testing biosources");
802 21 Jun 05 nicklas 43     write_header();
802 21 Jun 05 nicklas 44     // Standard tests: create, load, list
4705 16 Dec 08 nicklas 45     int id = test_create(null, true);
4705 16 Dec 08 nicklas 46     int id2 = test_create(null, false);
802 21 Jun 05 nicklas 47     test_load(id);
802 21 Jun 05 nicklas 48     test_list(-1);
802 21 Jun 05 nicklas 49
1529 27 Oct 05 nicklas 50     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
802 21 Jun 05 nicklas 51     // Standard test: Delete
802 21 Jun 05 nicklas 52     test_delete(id);
802 21 Jun 05 nicklas 53     test_delete(id2);
802 21 Jun 05 nicklas 54     write("++Testing biosources "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
802 21 Jun 05 nicklas 55     return ok;
802 21 Jun 05 nicklas 56   }
802 21 Jun 05 nicklas 57
4705 16 Dec 08 nicklas 58   static int test_create(String name, boolean setAll)
802 21 Jun 05 nicklas 59   {
802 21 Jun 05 nicklas 60     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOSOURCE)) return 0;
802 21 Jun 05 nicklas 61     int id = 0;
802 21 Jun 05 nicklas 62     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 63     try
802 21 Jun 05 nicklas 64     {
802 21 Jun 05 nicklas 65       dc = TestUtil.getDbControl();
802 21 Jun 05 nicklas 66       BioSource b = BioSource.getNew(dc);
802 21 Jun 05 nicklas 67       if (setAll)
802 21 Jun 05 nicklas 68       {
802 21 Jun 05 nicklas 69         b.setName("Test biosource");
802 21 Jun 05 nicklas 70         b.setDescription("Added at "+new Date());
802 21 Jun 05 nicklas 71         b.setExternalId("XCV-455");
802 21 Jun 05 nicklas 72       }
4705 16 Dec 08 nicklas 73       if (name != null) b.setName(name);
802 21 Jun 05 nicklas 74       dc.saveItem(b);
802 21 Jun 05 nicklas 75       dc.commit();
802 21 Jun 05 nicklas 76       id = b.getId();
802 21 Jun 05 nicklas 77       write_item(0, b);
802 21 Jun 05 nicklas 78       write("--Create biosource OK");
802 21 Jun 05 nicklas 79     }
802 21 Jun 05 nicklas 80     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 81     {
802 21 Jun 05 nicklas 82       write("--Create biosource FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 83       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 84       ok = false;
802 21 Jun 05 nicklas 85     }
802 21 Jun 05 nicklas 86     finally
802 21 Jun 05 nicklas 87     {
802 21 Jun 05 nicklas 88       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 89     }
802 21 Jun 05 nicklas 90     return id;
802 21 Jun 05 nicklas 91   }
802 21 Jun 05 nicklas 92
802 21 Jun 05 nicklas 93   static void test_load(int id)
802 21 Jun 05 nicklas 94   {
802 21 Jun 05 nicklas 95     if (id == 0) return;
802 21 Jun 05 nicklas 96     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 97     try
802 21 Jun 05 nicklas 98     {
802 21 Jun 05 nicklas 99       dc = TestUtil.getDbControl();
802 21 Jun 05 nicklas 100       BioSource b = BioSource.getById(dc, id);
802 21 Jun 05 nicklas 101       write_item(0, b);
802 21 Jun 05 nicklas 102       write("--Load biosource OK");
802 21 Jun 05 nicklas 103     }
802 21 Jun 05 nicklas 104     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 105     {
802 21 Jun 05 nicklas 106       write("--Load biosource FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 107       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 108       ok = false;
802 21 Jun 05 nicklas 109     }
802 21 Jun 05 nicklas 110     finally
802 21 Jun 05 nicklas 111     {
802 21 Jun 05 nicklas 112       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 113     }
802 21 Jun 05 nicklas 114   }
802 21 Jun 05 nicklas 115
5696 12 Aug 11 nicklas 116   static boolean test_list(int expectedResults)
802 21 Jun 05 nicklas 117   {
802 21 Jun 05 nicklas 118     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 119     try
802 21 Jun 05 nicklas 120     {
802 21 Jun 05 nicklas 121       dc = TestUtil.getDbControl();
1418 07 Oct 05 nicklas 122       ItemResultList<BioSource> l = BioSource.getQuery().list(dc);
802 21 Jun 05 nicklas 123       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
802 21 Jun 05 nicklas 124       {
802 21 Jun 05 nicklas 125         write_item(i, l.get(i));
802 21 Jun 05 nicklas 126       }
802 21 Jun 05 nicklas 127       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
802 21 Jun 05 nicklas 128       {
802 21 Jun 05 nicklas 129         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
802 21 Jun 05 nicklas 130       }
802 21 Jun 05 nicklas 131       write("--List biosources OK ("+l.size()+")");
802 21 Jun 05 nicklas 132     }
802 21 Jun 05 nicklas 133     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 134     {
802 21 Jun 05 nicklas 135       write("--List biosources FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 136       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 137       ok = false;
5696 12 Aug 11 nicklas 138       return false;
802 21 Jun 05 nicklas 139     }
802 21 Jun 05 nicklas 140     finally
802 21 Jun 05 nicklas 141     {
802 21 Jun 05 nicklas 142       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 143     }
5696 12 Aug 11 nicklas 144     return true;
802 21 Jun 05 nicklas 145   }
802 21 Jun 05 nicklas 146
802 21 Jun 05 nicklas 147   static void test_delete(int id)
802 21 Jun 05 nicklas 148   {
802 21 Jun 05 nicklas 149     if (id == 0) return;
802 21 Jun 05 nicklas 150     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 151     try
802 21 Jun 05 nicklas 152     {
802 21 Jun 05 nicklas 153       dc = TestUtil.getDbControl();
802 21 Jun 05 nicklas 154       BioSource b = BioSource.getById(dc, id);
802 21 Jun 05 nicklas 155       dc.deleteItem(b);
5340 10 May 10 nicklas 156       Set<ItemProxy> using = b.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 157       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 158       {
5340 10 May 10 nicklas 159          throw new BaseException(b + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 160       }
802 21 Jun 05 nicklas 161       dc.commit();
802 21 Jun 05 nicklas 162       write("--Delete biosource OK");
802 21 Jun 05 nicklas 163     }
802 21 Jun 05 nicklas 164     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 165     {
802 21 Jun 05 nicklas 166       write("--Delete biosource FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 167       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 168       ok = false;
802 21 Jun 05 nicklas 169     }
802 21 Jun 05 nicklas 170     finally
802 21 Jun 05 nicklas 171     {
802 21 Jun 05 nicklas 172       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 173     }
802 21 Jun 05 nicklas 174   }
802 21 Jun 05 nicklas 175
4366 02 Jul 08 nicklas 176   static void test_delete_all()
4366 02 Jul 08 nicklas 177   {
4366 02 Jul 08 nicklas 178     DbControl dc = null;
4366 02 Jul 08 nicklas 179     try
4366 02 Jul 08 nicklas 180     {
4366 02 Jul 08 nicklas 181       dc = TestUtil.getDbControl();
4366 02 Jul 08 nicklas 182       ItemResultList<BioSource> l = BioSource.getQuery().list(dc);
5688 10 Aug 11 nicklas 183       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 184       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
4366 02 Jul 08 nicklas 185       dc.commit();
4366 02 Jul 08 nicklas 186       write("--Delete all biosources OK ("+l.size()+")");
4366 02 Jul 08 nicklas 187     }
4366 02 Jul 08 nicklas 188     catch (Throwable ex)
4366 02 Jul 08 nicklas 189     {
4366 02 Jul 08 nicklas 190       write("--Delete all biosources FAILED");
4366 02 Jul 08 nicklas 191       ex.printStackTrace();
4366 02 Jul 08 nicklas 192       ok = false;
4366 02 Jul 08 nicklas 193     }
4366 02 Jul 08 nicklas 194     finally
4366 02 Jul 08 nicklas 195     {
4366 02 Jul 08 nicklas 196       if (dc != null) dc.close();
4366 02 Jul 08 nicklas 197     }
4366 02 Jul 08 nicklas 198   }
802 21 Jun 05 nicklas 199   static void write_header()
802 21 Jun 05 nicklas 200   {
802 21 Jun 05 nicklas 201     if (!TestUtil.getSilent())
802 21 Jun 05 nicklas 202     {
802 21 Jun 05 nicklas 203       write("   \tID \tName      \tDescription\tExternal id");
802 21 Jun 05 nicklas 204       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t-----------");
802 21 Jun 05 nicklas 205     }
802 21 Jun 05 nicklas 206   }
802 21 Jun 05 nicklas 207   static void write_item(int i, BioSource b)
802 21 Jun 05 nicklas 208     throws BaseException
802 21 Jun 05 nicklas 209   {
802 21 Jun 05 nicklas 210     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+b.getId()+"\t"+b.getName()+"\t"+b.getDescription()+
802 21 Jun 05 nicklas 211       "\t"+b.getExternalId());
802 21 Jun 05 nicklas 212   }
802 21 Jun 05 nicklas 213   static void write(String message)
802 21 Jun 05 nicklas 214   {
802 21 Jun 05 nicklas 215     System.out.println(message);
802 21 Jun 05 nicklas 216   }
802 21 Jun 05 nicklas 217 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:31 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)