src/test/TestDerivedBioAssay.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5652 10 Jun 11 nicklas 1 /*
5652 10 Jun 11 nicklas 2   $Id$
5652 10 Jun 11 nicklas 3
5652 10 Jun 11 nicklas 4   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5652 10 Jun 11 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
5652 10 Jun 11 nicklas 6
5652 10 Jun 11 nicklas 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5652 10 Jun 11 nicklas 8   Available at http://base.thep.lu.se/
5652 10 Jun 11 nicklas 9
5652 10 Jun 11 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5652 10 Jun 11 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
5652 10 Jun 11 nicklas 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5652 10 Jun 11 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
5652 10 Jun 11 nicklas 14
5652 10 Jun 11 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5652 10 Jun 11 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5652 10 Jun 11 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5652 10 Jun 11 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
5652 10 Jun 11 nicklas 19
5652 10 Jun 11 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
5652 10 Jun 11 nicklas 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5652 10 Jun 11 nicklas 22 */
5652 10 Jun 11 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.*;
5652 10 Jun 11 nicklas 24
6092 27 Aug 12 nicklas 25 import java.util.ArrayList;
5652 10 Jun 11 nicklas 26 import java.util.Date;
5652 10 Jun 11 nicklas 27 import java.util.Set;
5652 10 Jun 11 nicklas 28
5685 04 Aug 11 nicklas 29 public class TestDerivedBioAssay
5652 10 Jun 11 nicklas 30 {
5652 10 Jun 11 nicklas 31
5652 10 Jun 11 nicklas 32   static boolean ok = true;
5652 10 Jun 11 nicklas 33   public static void main(String[] args)
5652 10 Jun 11 nicklas 34   {
5652 10 Jun 11 nicklas 35     TestUtil.checkArgs(args);
5652 10 Jun 11 nicklas 36     TestUtil.begin();
5652 10 Jun 11 nicklas 37     ok = test_all();
5652 10 Jun 11 nicklas 38     TestUtil.stop();
5652 10 Jun 11 nicklas 39   }
5652 10 Jun 11 nicklas 40
5652 10 Jun 11 nicklas 41   static boolean test_all()
5652 10 Jun 11 nicklas 42   {
5685 04 Aug 11 nicklas 43     write("++Testing derived bioassays");
5652 10 Jun 11 nicklas 44     write_header();
5652 10 Jun 11 nicklas 45     
5653 13 Jun 11 nicklas 46     int extractId1 = TestExtract.test_create(0, "Extract #1", 0, 0, false);
5653 13 Jun 11 nicklas 47     int extractId2 = TestExtract.test_create(0, "Extract #2", 0, 0, false);
5653 13 Jun 11 nicklas 48     
5653 13 Jun 11 nicklas 49     int hybridizationId = TestPhysicalBioAssay.test_create(0, "Test hyb", 0, 2, extractId1, extractId2);
5652 10 Jun 11 nicklas 50     int scannerId = TestHardware.test_create(SystemItems.getId(Hardware.SCANNER), null, false);
5652 10 Jun 11 nicklas 51     int protocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.SCANNING), null, false);
5652 10 Jun 11 nicklas 52     
5652 10 Jun 11 nicklas 53     // Standard tests: create, load, list
6100 04 Sep 12 nicklas 54     int id = test_create_root("Scan #1", hybridizationId, SystemItems.getId(DerivedBioAssay.SCAN), 0, protocolId, scannerId, 0);
6100 04 Sep 12 nicklas 55     int id2 = test_create_root("Scan #2", hybridizationId, 0, 0, 0, 0, 0);
5652 10 Jun 11 nicklas 56     
5652 10 Jun 11 nicklas 57     // Children and bioassays
6082 14 Aug 12 nicklas 58     int child1 = test_create_child("Child #1", 0, 0, 0, 0, 0, id);
6082 14 Aug 12 nicklas 59     int child2 = test_create_child("Child #2", 0, 0, 0, 0, 0, id);
5652 10 Jun 11 nicklas 60
5652 10 Jun 11 nicklas 61     // Listing
5652 10 Jun 11 nicklas 62     test_load(id);
5652 10 Jun 11 nicklas 63     test_list(hybridizationId, 2);
5652 10 Jun 11 nicklas 64     test_list_children(id, 2);
5652 10 Jun 11 nicklas 65     
5652 10 Jun 11 nicklas 66     // Adding files
5652 10 Jun 11 nicklas 67     int samId = TestFile.test_create("data/test.assembly.sam", false, false);
5688 10 Aug 11 nicklas 68     TestDataFileType.test_set_file(Item.DERIVEDBIOASSAY, child1, DataFileType.SAM, samId);
5652 10 Jun 11 nicklas 69     
6082 14 Aug 12 nicklas 70     // A more complex setup: 
6082 14 Aug 12 nicklas 71     // Extract #1 and #2 get four child items
6082 14 Aug 12 nicklas 72     // Two of each are put on two different physical bioassays
6082 14 Aug 12 nicklas 73     // A derived bioassay is created for each child extract (2+2=4)
6082 14 Aug 12 nicklas 74     // Two merged derived bioassays are created (one for each extract)
6082 14 Aug 12 nicklas 75     int tag1 = TestTag.test_create("T1", SystemItems.getId(Tag.BARCODE), false);
6082 14 Aug 12 nicklas 76     int tag2 = TestTag.test_create("T2", SystemItems.getId(Tag.BARCODE), false);
6082 14 Aug 12 nicklas 77     
6082 14 Aug 12 nicklas 78     int e1a1 = TestExtract.test_create(extractId1, "Extract #1.a1", SystemItems.getId(Extract.LIBRARY), tag1, false);
6082 14 Aug 12 nicklas 79     int e1a2 = TestExtract.test_create(extractId1, "Extract #1.a2", SystemItems.getId(Extract.LIBRARY), tag1, false);
6082 14 Aug 12 nicklas 80     int e1a3 = TestExtract.test_create(extractId1, "Extract #1.a3", SystemItems.getId(Extract.LIBRARY), tag1, false);
6082 14 Aug 12 nicklas 81     int e1a4 = TestExtract.test_create(extractId1, "Extract #1.a4", SystemItems.getId(Extract.LIBRARY), tag1, false);
6082 14 Aug 12 nicklas 82     int e2a1 = TestExtract.test_create(extractId2, "Extract #2.a1", SystemItems.getId(Extract.LIBRARY), tag2, false);
6082 14 Aug 12 nicklas 83     int e2a2 = TestExtract.test_create(extractId2, "Extract #2.a2", SystemItems.getId(Extract.LIBRARY), tag2, false);
6082 14 Aug 12 nicklas 84     int e2a3 = TestExtract.test_create(extractId2, "Extract #2.a3", SystemItems.getId(Extract.LIBRARY), tag2, false);
6082 14 Aug 12 nicklas 85     int e2a4 = TestExtract.test_create(extractId2, "Extract #2.a4", SystemItems.getId(Extract.LIBRARY), tag2, false);
6082 14 Aug 12 nicklas 86     
6082 14 Aug 12 nicklas 87     int flowCell1 = TestPhysicalBioAssay.test_create(0, "Flow cell #1", SystemItems.getId(PhysicalBioAssay.CLONAL_AMPLIFICATION), 2);
6082 14 Aug 12 nicklas 88     TestPhysicalBioAssay.test_add_extract(flowCell1, e1a1, 1, null);
6082 14 Aug 12 nicklas 89     TestPhysicalBioAssay.test_add_extract(flowCell1, e1a2, 2, null);
6082 14 Aug 12 nicklas 90     TestPhysicalBioAssay.test_add_extract(flowCell1, e2a1, 1, null);
6082 14 Aug 12 nicklas 91     TestPhysicalBioAssay.test_add_extract(flowCell1, e2a2, 2, null);
6082 14 Aug 12 nicklas 92
6082 14 Aug 12 nicklas 93     int flowCell2 = TestPhysicalBioAssay.test_create(0, "Flow cell #2", SystemItems.getId(PhysicalBioAssay.CLONAL_AMPLIFICATION), 2);
6082 14 Aug 12 nicklas 94     TestPhysicalBioAssay.test_add_extract(flowCell2, e1a3, 1, null);
6082 14 Aug 12 nicklas 95     TestPhysicalBioAssay.test_add_extract(flowCell2, e1a4, 2, null);
6082 14 Aug 12 nicklas 96     TestPhysicalBioAssay.test_add_extract(flowCell2, e2a3, 1, null);
6082 14 Aug 12 nicklas 97     TestPhysicalBioAssay.test_add_extract(flowCell2, e2a4, 2, null);
6082 14 Aug 12 nicklas 98
6082 14 Aug 12 nicklas 99     // Root derived bioassay -> one per flow cell
6100 04 Sep 12 nicklas 100     int root1 = test_create_root("Seq #1", flowCell1, SystemItems.getId(DerivedBioAssay.SEQUENCES), 0, 0, 0, 0);
6100 04 Sep 12 nicklas 101     int root2 = test_create_root("Seq #2", flowCell2, SystemItems.getId(DerivedBioAssay.SEQUENCES), 0, 0, 0, 0);
6082 14 Aug 12 nicklas 102     
6082 14 Aug 12 nicklas 103     // First child derived bioassay -> one per aliquot
6082 14 Aug 12 nicklas 104     int ARRANGEMENT = SystemItems.getId(DerivedBioAssay.ARRANGEMENT);
6082 14 Aug 12 nicklas 105     int bam1l1t1 = test_create_child("BAM #1.lane1.tag1", e1a1, ARRANGEMENT, 0, 0, 0, root1);
6082 14 Aug 12 nicklas 106     int bam1l1t2 = test_create_child("BAM #1.lane1.tag2", e2a1, ARRANGEMENT, 0, 0, 0, root1);
6082 14 Aug 12 nicklas 107     int bam1l2t1 = test_create_child("BAM #1.lane2.tag1", e1a2, ARRANGEMENT, 0, 0, 0, root1);
6082 14 Aug 12 nicklas 108     int bam1l2t2 = test_create_child("BAM #1.lane2.tag2", e2a2, ARRANGEMENT, 0, 0, 0, root1);
6082 14 Aug 12 nicklas 109
6082 14 Aug 12 nicklas 110     int bam2l1t1 = test_create_child("BAM #2.lane1.tag1", e1a3, ARRANGEMENT, 0, 0, 0, root2);
6082 14 Aug 12 nicklas 111     int bam2l1t2 = test_create_child("BAM #2.lane1.tag2", e2a3, ARRANGEMENT, 0, 0, 0, root2);
6082 14 Aug 12 nicklas 112     int bam2l2t1 = test_create_child("BAM #2.lane2.tag1", e1a4, ARRANGEMENT, 0, 0, 0, root2);
6082 14 Aug 12 nicklas 113     int bam2l2t2 = test_create_child("BAM #2.lane2.tag2", e2a4, ARRANGEMENT, 0, 0, 0, root2);
6082 14 Aug 12 nicklas 114     
6082 14 Aug 12 nicklas 115     // Merged child derived bioassay -> one per original extract
6082 14 Aug 12 nicklas 116     int merged1 = test_create_child("Extract #1.merged", extractId1, ARRANGEMENT, 0, 0, 0, bam1l1t1, bam1l2t1, bam2l1t1, bam2l2t1);
6082 14 Aug 12 nicklas 117     int merged2 = test_create_child("Extract #2.merged", extractId2, ARRANGEMENT, 0, 0, 0, bam1l1t2, bam1l2t2, bam2l1t2, bam2l2t2);
6082 14 Aug 12 nicklas 118     
5652 10 Jun 11 nicklas 119     // Standard test: Delete
5652 10 Jun 11 nicklas 120     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
6082 14 Aug 12 nicklas 121     
6082 14 Aug 12 nicklas 122     test_delete(merged1);
6082 14 Aug 12 nicklas 123     test_delete(merged2);
6082 14 Aug 12 nicklas 124     test_delete(bam1l1t1);
6082 14 Aug 12 nicklas 125     test_delete(bam1l1t2);
6082 14 Aug 12 nicklas 126     test_delete(bam1l2t1);
6082 14 Aug 12 nicklas 127     test_delete(bam1l2t2);
6082 14 Aug 12 nicklas 128     test_delete(bam2l1t1);
6082 14 Aug 12 nicklas 129     test_delete(bam2l1t2);
6082 14 Aug 12 nicklas 130     test_delete(bam2l2t1);
6082 14 Aug 12 nicklas 131     test_delete(bam2l2t2);
6082 14 Aug 12 nicklas 132     test_delete(root1);
6082 14 Aug 12 nicklas 133     test_delete(root2);
6082 14 Aug 12 nicklas 134     TestPhysicalBioAssay.test_delete(flowCell1);
6082 14 Aug 12 nicklas 135     TestPhysicalBioAssay.test_delete(flowCell2);
6082 14 Aug 12 nicklas 136     
6082 14 Aug 12 nicklas 137     TestExtract.test_delete(e1a1);
6082 14 Aug 12 nicklas 138     TestExtract.test_delete(e1a2);
6082 14 Aug 12 nicklas 139     TestExtract.test_delete(e1a3);
6082 14 Aug 12 nicklas 140     TestExtract.test_delete(e1a4);
6082 14 Aug 12 nicklas 141     TestExtract.test_delete(e2a1);
6082 14 Aug 12 nicklas 142     TestExtract.test_delete(e2a2);
6082 14 Aug 12 nicklas 143     TestExtract.test_delete(e2a3);
6082 14 Aug 12 nicklas 144     TestExtract.test_delete(e2a4);
6082 14 Aug 12 nicklas 145     
6082 14 Aug 12 nicklas 146     TestTag.test_delete(tag1);
6082 14 Aug 12 nicklas 147     TestTag.test_delete(tag2);
6082 14 Aug 12 nicklas 148     
5652 10 Jun 11 nicklas 149     test_delete(child1);
5652 10 Jun 11 nicklas 150     test_delete(child2);
5652 10 Jun 11 nicklas 151     test_delete(id);
5652 10 Jun 11 nicklas 152     test_delete(id2);
5652 10 Jun 11 nicklas 153     
5652 10 Jun 11 nicklas 154     TestFile.test_delete(samId);
5652 10 Jun 11 nicklas 155     TestPhysicalBioAssay.test_delete(hybridizationId);
5720 06 Sep 11 nicklas 156     TestExtract.test_delete(extractId2);
5720 06 Sep 11 nicklas 157     TestExtract.test_delete(extractId1);
5652 10 Jun 11 nicklas 158     TestHardware.test_delete(scannerId);
5652 10 Jun 11 nicklas 159     TestProtocol.test_delete(protocolId);
5685 04 Aug 11 nicklas 160     write("++Testing derived bioassays "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
5652 10 Jun 11 nicklas 161     return ok;
5652 10 Jun 11 nicklas 162   }
5652 10 Jun 11 nicklas 163
6100 04 Sep 12 nicklas 164   static int test_create_root(String name, int bioAssayId, int subtypeId, int extractId, int protocolId, int hardwareId, int softwareId)
5652 10 Jun 11 nicklas 165   {
5685 04 Aug 11 nicklas 166     if (bioAssayId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY)) return 0;
5652 10 Jun 11 nicklas 167     int id = 0;
5652 10 Jun 11 nicklas 168     DbControl dc = null;
5652 10 Jun 11 nicklas 169     try
5652 10 Jun 11 nicklas 170     {
5652 10 Jun 11 nicklas 171       dc = TestUtil.getDbControl();
5729 08 Sep 11 nicklas 172       DerivedBioAssay dbas = DerivedBioAssay.getNew(dc, PhysicalBioAssay.getById(dc, bioAssayId), null);
5652 10 Jun 11 nicklas 173       dbas.setName(name);
5652 10 Jun 11 nicklas 174       dbas.setDescription("Added at "+new Date());
5652 10 Jun 11 nicklas 175       if (subtypeId != 0)
5652 10 Jun 11 nicklas 176       {
5652 10 Jun 11 nicklas 177         dbas.setItemSubtype(ItemSubtype.getById(dc, subtypeId));
5652 10 Jun 11 nicklas 178       }
6100 04 Sep 12 nicklas 179       if (extractId != 0)
6100 04 Sep 12 nicklas 180       {
6100 04 Sep 12 nicklas 181         dbas.setExtract(Extract.getById(dc, extractId));
6100 04 Sep 12 nicklas 182       }
5652 10 Jun 11 nicklas 183       if (hardwareId != 0)
5652 10 Jun 11 nicklas 184       {
5652 10 Jun 11 nicklas 185         dbas.setHardware(Hardware.getById(dc, hardwareId));
5652 10 Jun 11 nicklas 186       }
5652 10 Jun 11 nicklas 187       if (softwareId != 0)
5652 10 Jun 11 nicklas 188       {
5652 10 Jun 11 nicklas 189         dbas.setSoftware(Software.getById(dc, softwareId));
5652 10 Jun 11 nicklas 190       }
5652 10 Jun 11 nicklas 191       if (protocolId != 0)
5652 10 Jun 11 nicklas 192       {
5652 10 Jun 11 nicklas 193         dbas.setProtocol(Protocol.getById(dc, protocolId));
5652 10 Jun 11 nicklas 194       }
5652 10 Jun 11 nicklas 195       dc.saveItem(dbas);
5652 10 Jun 11 nicklas 196       dc.commit();
5652 10 Jun 11 nicklas 197       id = dbas.getId();
5652 10 Jun 11 nicklas 198       dc = TestUtil.getDbControl();
5652 10 Jun 11 nicklas 199       dc.reattachItem(dbas, false);
5652 10 Jun 11 nicklas 200       write_item(0, dbas);
5685 04 Aug 11 nicklas 201       write("--Create root derived bioassay OK");
5652 10 Jun 11 nicklas 202     }
5652 10 Jun 11 nicklas 203     catch (Throwable ex)
5652 10 Jun 11 nicklas 204     {
5685 04 Aug 11 nicklas 205       write("--Create root derived bioassay FAILED");
5652 10 Jun 11 nicklas 206       ex.printStackTrace();
5652 10 Jun 11 nicklas 207       ok = false;
5652 10 Jun 11 nicklas 208     }
5652 10 Jun 11 nicklas 209     finally
5652 10 Jun 11 nicklas 210     {
5652 10 Jun 11 nicklas 211       if (dc != null) dc.close();
5652 10 Jun 11 nicklas 212     }
5652 10 Jun 11 nicklas 213     return id;
5652 10 Jun 11 nicklas 214   }
5652 10 Jun 11 nicklas 215
6082 14 Aug 12 nicklas 216   static int test_create_child(String name, int extractId, int subtypeId, 
6082 14 Aug 12 nicklas 217       int protocolId, int hardwareId, int softwareId, int... parents)
5652 10 Jun 11 nicklas 218   {
6082 14 Aug 12 nicklas 219     if (parents == null || parents.length == 0) return 0;
5652 10 Jun 11 nicklas 220     int id = 0;
5652 10 Jun 11 nicklas 221     DbControl dc = null;
5652 10 Jun 11 nicklas 222     try
5652 10 Jun 11 nicklas 223     {
5652 10 Jun 11 nicklas 224       dc = TestUtil.getDbControl();
6082 14 Aug 12 nicklas 225       DerivedBioAssay dbas = DerivedBioAssay.getNew(dc, false, null);
5652 10 Jun 11 nicklas 226       dbas.setName(name);
5652 10 Jun 11 nicklas 227       dbas.setDescription("Added at "+new Date());
6082 14 Aug 12 nicklas 228       for (int parentId: parents)
6082 14 Aug 12 nicklas 229       {
6082 14 Aug 12 nicklas 230         dbas.addParent(DerivedBioAssay.getById(dc, parentId));
6082 14 Aug 12 nicklas 231       }
6082 14 Aug 12 nicklas 232       
5748 19 Sep 11 nicklas 233       if (extractId != 0)
5748 19 Sep 11 nicklas 234       {
5748 19 Sep 11 nicklas 235         dbas.setExtract(Extract.getById(dc, extractId));
5748 19 Sep 11 nicklas 236       }
5652 10 Jun 11 nicklas 237       if (subtypeId != 0)
5652 10 Jun 11 nicklas 238       {
5652 10 Jun 11 nicklas 239         dbas.setItemSubtype(ItemSubtype.getById(dc, subtypeId));
5652 10 Jun 11 nicklas 240       }
5652 10 Jun 11 nicklas 241       if (hardwareId != 0)
5652 10 Jun 11 nicklas 242       {
5652 10 Jun 11 nicklas 243         dbas.setHardware(Hardware.getById(dc, hardwareId));
5652 10 Jun 11 nicklas 244       }
5652 10 Jun 11 nicklas 245       if (softwareId != 0)
5652 10 Jun 11 nicklas 246       {
5652 10 Jun 11 nicklas 247         dbas.setSoftware(Software.getById(dc, softwareId));
5652 10 Jun 11 nicklas 248       }
5652 10 Jun 11 nicklas 249       if (protocolId != 0)
5652 10 Jun 11 nicklas 250       {
5652 10 Jun 11 nicklas 251         dbas.setProtocol(Protocol.getById(dc, protocolId));
5652 10 Jun 11 nicklas 252       }
5652 10 Jun 11 nicklas 253       dc.saveItem(dbas);
5652 10 Jun 11 nicklas 254       dc.commit();
5652 10 Jun 11 nicklas 255       id = dbas.getId();
5652 10 Jun 11 nicklas 256       dc = TestUtil.getDbControl();
5652 10 Jun 11 nicklas 257       dc.reattachItem(dbas, false);
5652 10 Jun 11 nicklas 258       write_item(0, dbas);
5685 04 Aug 11 nicklas 259       write("--Create child derived bioassay OK");
5652 10 Jun 11 nicklas 260     }
5652 10 Jun 11 nicklas 261     catch (Throwable ex)
5652 10 Jun 11 nicklas 262     {
5685 04 Aug 11 nicklas 263       write("--Create child derived bioassay FAILED");
5652 10 Jun 11 nicklas 264       ex.printStackTrace();
5652 10 Jun 11 nicklas 265       ok = false;
5652 10 Jun 11 nicklas 266     }
5652 10 Jun 11 nicklas 267     finally
5652 10 Jun 11 nicklas 268     {
5652 10 Jun 11 nicklas 269       if (dc != null) dc.close();
5652 10 Jun 11 nicklas 270     }
5652 10 Jun 11 nicklas 271     return id;
5652 10 Jun 11 nicklas 272   }
5652 10 Jun 11 nicklas 273
5652 10 Jun 11 nicklas 274   
5652 10 Jun 11 nicklas 275   static void test_load(int id)
5652 10 Jun 11 nicklas 276   {
5652 10 Jun 11 nicklas 277     if (id == 0) return;
5652 10 Jun 11 nicklas 278     DbControl dc = null;
5652 10 Jun 11 nicklas 279     try
5652 10 Jun 11 nicklas 280     {
5652 10 Jun 11 nicklas 281       dc = TestUtil.getDbControl();
5685 04 Aug 11 nicklas 282       DerivedBioAssay dbas = DerivedBioAssay.getById(dc, id);
5652 10 Jun 11 nicklas 283       write_item(0, dbas);
5685 04 Aug 11 nicklas 284       write("--Load derived bioassay OK");
5652 10 Jun 11 nicklas 285     }
5652 10 Jun 11 nicklas 286     catch (Throwable ex)
5652 10 Jun 11 nicklas 287     {
5685 04 Aug 11 nicklas 288       write("--Load derived bioassay FAILED");
5652 10 Jun 11 nicklas 289       ex.printStackTrace();
5652 10 Jun 11 nicklas 290       ok = false;
5652 10 Jun 11 nicklas 291     }
5652 10 Jun 11 nicklas 292     finally
5652 10 Jun 11 nicklas 293     {
5652 10 Jun 11 nicklas 294       if (dc != null) dc.close();
5652 10 Jun 11 nicklas 295     }
5652 10 Jun 11 nicklas 296   }
5652 10 Jun 11 nicklas 297
5696 12 Aug 11 nicklas 298   static boolean test_list(int physicalBioAssayId, int expectedResults)
5652 10 Jun 11 nicklas 299   {
5652 10 Jun 11 nicklas 300     DbControl dc = null;
5652 10 Jun 11 nicklas 301     try
5652 10 Jun 11 nicklas 302     {
5652 10 Jun 11 nicklas 303       dc = TestUtil.getDbControl();
5685 04 Aug 11 nicklas 304       ItemQuery<DerivedBioAssay> query = null;
5652 10 Jun 11 nicklas 305       if (physicalBioAssayId == 0)
5652 10 Jun 11 nicklas 306       {
5685 04 Aug 11 nicklas 307         query = DerivedBioAssay.getQuery();
5652 10 Jun 11 nicklas 308       }
5652 10 Jun 11 nicklas 309       else
5652 10 Jun 11 nicklas 310       {
5652 10 Jun 11 nicklas 311         PhysicalBioAssay bioAssay = PhysicalBioAssay.getById(dc, physicalBioAssayId);
5685 04 Aug 11 nicklas 312         query = bioAssay.getRootDerivedBioAssays();
5652 10 Jun 11 nicklas 313       }
5685 04 Aug 11 nicklas 314       ItemResultList<DerivedBioAssay> l = query.list(dc);
5652 10 Jun 11 nicklas 315       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
5652 10 Jun 11 nicklas 316       {
5652 10 Jun 11 nicklas 317         write_item(i, l.get(i));
5652 10 Jun 11 nicklas 318       }
5652 10 Jun 11 nicklas 319       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
5652 10 Jun 11 nicklas 320       {
5652 10 Jun 11 nicklas 321         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
5652 10 Jun 11 nicklas 322       }
5685 04 Aug 11 nicklas 323       write("--List derived bioassays OK ("+l.size()+")");
5652 10 Jun 11 nicklas 324     }
5652 10 Jun 11 nicklas 325     catch (Throwable ex)
5652 10 Jun 11 nicklas 326     {
5685 04 Aug 11 nicklas 327       write("--List derived bioassays FAILED");
5652 10 Jun 11 nicklas 328       ex.printStackTrace();
5652 10 Jun 11 nicklas 329       ok = false;
5696 12 Aug 11 nicklas 330       return false;
5652 10 Jun 11 nicklas 331     }
5652 10 Jun 11 nicklas 332     finally
5652 10 Jun 11 nicklas 333     {
5652 10 Jun 11 nicklas 334       if (dc != null) dc.close();
5652 10 Jun 11 nicklas 335     }
5696 12 Aug 11 nicklas 336     return true;
5652 10 Jun 11 nicklas 337   }
5652 10 Jun 11 nicklas 338
5652 10 Jun 11 nicklas 339   static void test_delete(int id)
5652 10 Jun 11 nicklas 340   {
5652 10 Jun 11 nicklas 341     if (id == 0) return;
5652 10 Jun 11 nicklas 342     DbControl dc = null;
5652 10 Jun 11 nicklas 343     try
5652 10 Jun 11 nicklas 344     {
5652 10 Jun 11 nicklas 345       dc = TestUtil.getDbControl();
5685 04 Aug 11 nicklas 346       DerivedBioAssay dbas = DerivedBioAssay.getById(dc, id);
5652 10 Jun 11 nicklas 347       dc.deleteItem(dbas);
5652 10 Jun 11 nicklas 348       Set<ItemProxy> using = dbas.getUsingItems();
5652 10 Jun 11 nicklas 349       if (using.size() > 0) 
5652 10 Jun 11 nicklas 350       {
5652 10 Jun 11 nicklas 351          throw new BaseException(dbas + " is used by " + using);
5652 10 Jun 11 nicklas 352       }
5652 10 Jun 11 nicklas 353       dc.commit();
5685 04 Aug 11 nicklas 354       write("--Delete derived bioassay OK");
5652 10 Jun 11 nicklas 355     }
5652 10 Jun 11 nicklas 356     catch (Throwable ex)
5652 10 Jun 11 nicklas 357     {
5685 04 Aug 11 nicklas 358       write("--Delete derived bioassay FAILED");
5652 10 Jun 11 nicklas 359       ex.printStackTrace();
5652 10 Jun 11 nicklas 360       ok = false;
5652 10 Jun 11 nicklas 361     }
5652 10 Jun 11 nicklas 362     finally
5652 10 Jun 11 nicklas 363     {
5652 10 Jun 11 nicklas 364       if (dc != null) dc.close();
5652 10 Jun 11 nicklas 365     }
5652 10 Jun 11 nicklas 366   }
5652 10 Jun 11 nicklas 367
5652 10 Jun 11 nicklas 368   static void test_delete_all()
5652 10 Jun 11 nicklas 369   {
5652 10 Jun 11 nicklas 370     DbControl dc = null;
5652 10 Jun 11 nicklas 371     try
5652 10 Jun 11 nicklas 372     {
5652 10 Jun 11 nicklas 373       dc = TestUtil.getDbControl();
5685 04 Aug 11 nicklas 374       ItemResultList<DerivedBioAssay> l = DerivedBioAssay.getQuery().list(dc);
5688 10 Aug 11 nicklas 375       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 376       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
5652 10 Jun 11 nicklas 377       dc.commit();
5685 04 Aug 11 nicklas 378       write("--Delete all derived bioassays OK ("+l.size()+")");
5652 10 Jun 11 nicklas 379     }
5652 10 Jun 11 nicklas 380     catch (Throwable ex)
5652 10 Jun 11 nicklas 381     {
5685 04 Aug 11 nicklas 382       write("--Delete all derived bioassays FAILED");
5652 10 Jun 11 nicklas 383       ex.printStackTrace();
5652 10 Jun 11 nicklas 384       ok = false;
5652 10 Jun 11 nicklas 385     }
5652 10 Jun 11 nicklas 386     finally
5652 10 Jun 11 nicklas 387     {
5652 10 Jun 11 nicklas 388       if (dc != null) dc.close();
5652 10 Jun 11 nicklas 389     }
5652 10 Jun 11 nicklas 390   }
5652 10 Jun 11 nicklas 391
5652 10 Jun 11 nicklas 392   
5652 10 Jun 11 nicklas 393   static void write_header()
5652 10 Jun 11 nicklas 394   {
5652 10 Jun 11 nicklas 395     if (!TestUtil.getSilent())
5652 10 Jun 11 nicklas 396     {
6092 27 Aug 12 nicklas 397       write("   \tID \tName      \tType\tDescription\tParents\tPhysical bioassays\tProtocol\tHardware\tSoftware");
6092 27 Aug 12 nicklas 398       write("-- \t-- \t--------- \t----\t-----------\t-------\t------------------\t--------\t--------\t--------");
5652 10 Jun 11 nicklas 399     }
5652 10 Jun 11 nicklas 400   }
5685 04 Aug 11 nicklas 401   static void write_item(int i, DerivedBioAssay dbas)
5652 10 Jun 11 nicklas 402     throws BaseException
5652 10 Jun 11 nicklas 403   {
5652 10 Jun 11 nicklas 404     if (!TestUtil.getSilent()) 
5652 10 Jun 11 nicklas 405     {
6092 27 Aug 12 nicklas 406       DbControl dc = dbas.getDbControl();
5652 10 Jun 11 nicklas 407       System.out.println(i+":\t"+dbas.getId()+"\t"+dbas.getName()+"\t"+dbas.getItemSubtype()+"\t"+dbas.getDescription()+
6092 27 Aug 12 nicklas 408         "\t"+new ArrayList<DerivedBioAssay>(dbas.getParents().list(dc))+
6092 27 Aug 12 nicklas 409         "\t"+new ArrayList<PhysicalBioAssay>(dbas.getPhysicalBioAssays().list(dc))+
5652 10 Jun 11 nicklas 410         "\t"+dbas.getProtocol()+"\t"+dbas.getHardware()+"\t"+dbas.getSoftware());
5652 10 Jun 11 nicklas 411     }
5652 10 Jun 11 nicklas 412   }
5652 10 Jun 11 nicklas 413   
5652 10 Jun 11 nicklas 414   static void write(String message)
5652 10 Jun 11 nicklas 415   {
5652 10 Jun 11 nicklas 416     System.out.println(message);
5652 10 Jun 11 nicklas 417   }
5652 10 Jun 11 nicklas 418   
5652 10 Jun 11 nicklas 419   static void test_list_children(int id, int expectedResults)
5652 10 Jun 11 nicklas 420   {
5652 10 Jun 11 nicklas 421     if (id == 0) return;
5652 10 Jun 11 nicklas 422     DbControl dc = null;
5652 10 Jun 11 nicklas 423     try
5652 10 Jun 11 nicklas 424     {
5652 10 Jun 11 nicklas 425       dc = TestUtil.getDbControl();
5685 04 Aug 11 nicklas 426       DerivedBioAssay parent = DerivedBioAssay.getById(dc, id);
5685 04 Aug 11 nicklas 427       ItemResultList<DerivedBioAssay> l = parent.getChildren().list(dc);
5652 10 Jun 11 nicklas 428       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
5652 10 Jun 11 nicklas 429       {
5652 10 Jun 11 nicklas 430         write_item(i, l.get(i));
5652 10 Jun 11 nicklas 431       }
5652 10 Jun 11 nicklas 432       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
5652 10 Jun 11 nicklas 433       {
5652 10 Jun 11 nicklas 434         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
5652 10 Jun 11 nicklas 435       }
5652 10 Jun 11 nicklas 436       write("--List child derived bioassays OK ("+l.size()+")");
5652 10 Jun 11 nicklas 437     }
5652 10 Jun 11 nicklas 438     catch (Throwable ex)
5652 10 Jun 11 nicklas 439     {
5652 10 Jun 11 nicklas 440       write("--List child derived bioassays FAILED");
5652 10 Jun 11 nicklas 441       ex.printStackTrace();
5652 10 Jun 11 nicklas 442       ok = false;
5652 10 Jun 11 nicklas 443     }
5652 10 Jun 11 nicklas 444     finally
5652 10 Jun 11 nicklas 445     {
5652 10 Jun 11 nicklas 446       if (dc != null) dc.close();
5652 10 Jun 11 nicklas 447     }
5652 10 Jun 11 nicklas 448   }
5652 10 Jun 11 nicklas 449
5652 10 Jun 11 nicklas 450 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:35 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)