src/test/TestDirty.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3468 08 Jun 07 nicklas 1 /*
3468 08 Jun 07 nicklas 2   $Id$
3468 08 Jun 07 nicklas 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
3468 08 Jun 07 nicklas 5
3468 08 Jun 07 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
3468 08 Jun 07 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
3468 08 Jun 07 nicklas 8
3468 08 Jun 07 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
3468 08 Jun 07 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
3468 08 Jun 07 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
3468 08 Jun 07 nicklas 13
3468 08 Jun 07 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
3468 08 Jun 07 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3468 08 Jun 07 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
3468 08 Jun 07 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
3468 08 Jun 07 nicklas 18
3468 08 Jun 07 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3468 08 Jun 07 nicklas 21 */
3468 08 Jun 07 nicklas 22 import net.sf.basedb.core.*;
3472 11 Jun 07 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.query.Aggregations;
3472 11 Jun 07 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.query.Dynamic;
3472 11 Jun 07 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.query.Expression;
3472 11 Jun 07 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.query.Selects;
3472 11 Jun 07 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.query.SqlResult;
3468 08 Jun 07 nicklas 28
3468 08 Jun 07 nicklas 29 public class TestDirty
3468 08 Jun 07 nicklas 30 {
3468 08 Jun 07 nicklas 31   static boolean ok = true;
3468 08 Jun 07 nicklas 32
3468 08 Jun 07 nicklas 33   public static void main(String[] args)
3468 08 Jun 07 nicklas 34   {
3468 08 Jun 07 nicklas 35     TestUtil.checkArgs(args);
3468 08 Jun 07 nicklas 36     TestUtil.begin();
3468 08 Jun 07 nicklas 37     ok = test_all();
3468 08 Jun 07 nicklas 38     TestUtil.stop();
3468 08 Jun 07 nicklas 39   }
3468 08 Jun 07 nicklas 40
3468 08 Jun 07 nicklas 41   static boolean test_all()
3468 08 Jun 07 nicklas 42   {
3468 08 Jun 07 nicklas 43     write("++Testing import of dirty data");
3468 08 Jun 07 nicklas 44     boolean caseInsensitive = HibernateUtil.getDbEngine().caseInsensitiveComparison();
3468 08 Jun 07 nicklas 45     write("--case insensitive = " + caseInsensitive);
3468 08 Jun 07 nicklas 46     
3468 08 Jun 07 nicklas 47     // Tests for checking case sensitivity and white space truncation
3626 03 Aug 07 nicklas 48     TestReporter.test_import_from_file("data/test.import.dirty.txt", "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", "\\t", 4, 3);
3468 08 Jun 07 nicklas 49
3468 08 Jun 07 nicklas 50     // If DB is case sensitive the two reporters should be different
3468 08 Jun 07 nicklas 51     int id1 = TestReporter.test_externalId("demoblank");
3468 08 Jun 07 nicklas 52     int id2= TestReporter.test_externalId("demoBLANK");
3468 08 Jun 07 nicklas 53     if (caseInsensitive)
3468 08 Jun 07 nicklas 54     {
3468 08 Jun 07 nicklas 55       write("--demoblank == demoBLANK " + (id1 == id2 ? "OK" : "FAILED"));
3471 11 Jun 07 nicklas 56       ok = ok && (id1 == id2);
3468 08 Jun 07 nicklas 57     }
3468 08 Jun 07 nicklas 58     else
3468 08 Jun 07 nicklas 59     {
3468 08 Jun 07 nicklas 60       write("--demoblank != demoBLANK " + (id1 != id2 ? "OK" : "FAILED"));
3471 11 Jun 07 nicklas 61       ok = ok && (id1 != id2);
3468 08 Jun 07 nicklas 62     }
3468 08 Jun 07 nicklas 63     
3468 08 Jun 07 nicklas 64     // Check that white space has been trimmed
3471 11 Jun 07 nicklas 65     int id3 = TestReporter.test_externalId("demoB");
3471 11 Jun 07 nicklas 66     int id4 = TestReporter.test_externalId("demoB ");
3471 11 Jun 07 nicklas 67     write("--demoB == demoB<space> " + (id3 == id4 ? "OK" : "FAILED"));
3471 11 Jun 07 nicklas 68     ok = ok && (id3 == id4);
3468 08 Jun 07 nicklas 69     
3633 06 Aug 07 nicklas 70     ok = ok && TestReporter.test_list(caseInsensitive ? 3 : 4);
3471 11 Jun 07 nicklas 71     
3468 08 Jun 07 nicklas 72     // Test import raw data
3820 12 Oct 07 nicklas 73     int arrayDesignId = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
3468 08 Jun 07 nicklas 74     TestArrayDesign.test_import_from_file(arrayDesignId, "data/test.import.dirty.txt", 
4246 24 Apr 08 nicklas 75         "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", null, 0, 2, 1, 4);
3468 08 Jun 07 nicklas 76     
5748 19 Sep 11 nicklas 77     int rawBioAssayId = TestRawBioAssay.test_create(Platform.GENERIC, "genepix", null, 0, 0, 0, 0, arrayDesignId, false);
3719 12 Sep 07 nicklas 78     int fileId = TestFile.test_create("data/test.import.dirty.txt", false, false);
3468 08 Jun 07 nicklas 79     
3468 08 Jun 07 nicklas 80     int pluginDefinitionId = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter");
3468 08 Jun 07 nicklas 81     int pluginConfigurationId = TestRawDataFlatFileImporter.test_create_configuration(pluginDefinitionId);
3468 08 Jun 07 nicklas 82     int jobId = TestRawDataFlatFileImporter.test_create_job(pluginConfigurationId, rawBioAssayId, fileId);
5319 20 Apr 10 nicklas 83     ok = ok && TestJob.test_execute(jobId, false);
3471 11 Jun 07 nicklas 84     ok = ok && TestRawBioAssay.test_list_raw_data(rawBioAssayId, 0, 0, 5, false);
3472 11 Jun 07 nicklas 85     test_sum_count(rawBioAssayId, "x", 9920f, 5);
3472 11 Jun 07 nicklas 86     test_sum_count(rawBioAssayId, "y", 22930f, 4);
3666 14 Aug 07 nicklas 87     test_sum_count(rawBioAssayId, "diameter", 240f, 4);
3468 08 Jun 07 nicklas 88     
3468 08 Jun 07 nicklas 89     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
4256 29 Apr 08 nicklas 90     TestRawBioAssay.test_delete(rawBioAssayId);
4256 29 Apr 08 nicklas 91     TestArrayDesign.test_delete(arrayDesignId);
3468 08 Jun 07 nicklas 92     TestJob.test_delete(jobId);
3468 08 Jun 07 nicklas 93     TestPluginConfiguration.test_delete(pluginConfigurationId);
3820 12 Oct 07 nicklas 94     TestFile.test_delete(fileId);
3468 08 Jun 07 nicklas 95     TestReporter.test_delete();
3468 08 Jun 07 nicklas 96     write("++Testing import of dirty data "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
3468 08 Jun 07 nicklas 97     return ok;
3468 08 Jun 07 nicklas 98   }
3468 08 Jun 07 nicklas 99   
3468 08 Jun 07 nicklas 100   static void write(String message)
3468 08 Jun 07 nicklas 101   {
3468 08 Jun 07 nicklas 102     System.out.println(message);
3468 08 Jun 07 nicklas 103   }
3468 08 Jun 07 nicklas 104   
3472 11 Jun 07 nicklas 105   static void test_sum_count(int rawBioAssayId, String property, float expectedSum, int expectedCount)
3472 11 Jun 07 nicklas 106   {
3472 11 Jun 07 nicklas 107     if (rawBioAssayId == 0) return;
3472 11 Jun 07 nicklas 108     DbControl dc = null;
3472 11 Jun 07 nicklas 109     try
3472 11 Jun 07 nicklas 110     {
3472 11 Jun 07 nicklas 111       dc = TestUtil.getDbControl();
3472 11 Jun 07 nicklas 112       Expression rawExpression = Dynamic.rawData(property);
3472 11 Jun 07 nicklas 113       RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId);
3472 11 Jun 07 nicklas 114       DynamicRawDataQuery query = rba.getDynamicRawData();
3472 11 Jun 07 nicklas 115       query.select(Selects.expression(Aggregations.sum(rawExpression), "s"));
3472 11 Jun 07 nicklas 116       query.select(Selects.expression(Aggregations.count(rawExpression, false), "c"));
3472 11 Jun 07 nicklas 117       
3472 11 Jun 07 nicklas 118       DynamicResultIterator iterator = query.iterate(dc);
3472 11 Jun 07 nicklas 119       SqlResult result = iterator.next();
3472 11 Jun 07 nicklas 120       
3472 11 Jun 07 nicklas 121       float sum = result.getFloat(1);
3472 11 Jun 07 nicklas 122       int count = result.getInt(2);
3472 11 Jun 07 nicklas 123       
3666 14 Aug 07 nicklas 124       if (Math.abs(expectedSum - sum) > 0.1)
3472 11 Jun 07 nicklas 125       {
3472 11 Jun 07 nicklas 126         throw new Exception("Unexpected sum for '"+property+"': " + sum +"; expected " +expectedSum);
3472 11 Jun 07 nicklas 127       }
3472 11 Jun 07 nicklas 128       if (expectedCount != count)
3472 11 Jun 07 nicklas 129       {
3472 11 Jun 07 nicklas 130         throw new Exception("Unexpected count for '"+property+"': " + count +"; expected " +expectedCount);
3472 11 Jun 07 nicklas 131       }
3472 11 Jun 07 nicklas 132       write("--Test sum and count for '" + property + "' OK (sum=" + sum + "; count="+ count +")");
3472 11 Jun 07 nicklas 133     }
3472 11 Jun 07 nicklas 134     catch (Throwable ex)
3472 11 Jun 07 nicklas 135     {
3472 11 Jun 07 nicklas 136       write("--Test sum and count FAILED");
3472 11 Jun 07 nicklas 137       ex.printStackTrace();
3472 11 Jun 07 nicklas 138       ok = false;
3472 11 Jun 07 nicklas 139     }
3472 11 Jun 07 nicklas 140     finally
3472 11 Jun 07 nicklas 141     {
3472 11 Jun 07 nicklas 142       if (dc != null) dc.close();
3472 11 Jun 07 nicklas 143     }
3472 11 Jun 07 nicklas 144   }
3472 11 Jun 07 nicklas 145   
3468 08 Jun 07 nicklas 146 }
3468 08 Jun 07 nicklas 147

Generated on Sat Oct  7 02:41:36 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)