src/test/TestExtract.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
802 21 Jun 05 nicklas 1 /*
802 21 Jun 05 nicklas 2   $Id$
802 21 Jun 05 nicklas 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
802 21 Jun 05 nicklas 7
2304 22 May 06 jari 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 9   Available at http://base.thep.lu.se/
802 21 Jun 05 nicklas 10
802 21 Jun 05 nicklas 11   BASE is free software; you can redistribute it and/or
802 21 Jun 05 nicklas 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
802 21 Jun 05 nicklas 14   of the License, or (at your option) any later version.
802 21 Jun 05 nicklas 15
802 21 Jun 05 nicklas 16   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
802 21 Jun 05 nicklas 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
802 21 Jun 05 nicklas 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
802 21 Jun 05 nicklas 19   GNU General Public License for more details.
802 21 Jun 05 nicklas 20
802 21 Jun 05 nicklas 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
802 21 Jun 05 nicklas 23 */
802 21 Jun 05 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.*;
5688 10 Aug 11 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
5688 10 Aug 11 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
5688 10 Aug 11 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
5663 22 Jun 11 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.query.ResultList;
6775 17 Mar 15 nicklas 29 import net.sf.basedb.util.listable.ExtractToChildExtractTransformer;
6775 17 Mar 15 nicklas 30 import net.sf.basedb.util.listable.ExtractToParentExtractTransformer;
6775 17 Mar 15 nicklas 31 import net.sf.basedb.util.listable.ExtractToSampleTransformer;
6775 17 Mar 15 nicklas 32 import net.sf.basedb.util.listable.SampleToExtractTransformer;
6775 17 Mar 15 nicklas 33 import net.sf.basedb.util.listable.SourceItemTransformer;
6775 17 Mar 15 nicklas 34 import net.sf.basedb.util.listable.TransformContext;
4372 04 Jul 08 nicklas 35
5663 22 Jun 11 nicklas 36 import java.util.Collections;
802 21 Jun 05 nicklas 37 import java.util.Date;
5340 10 May 10 nicklas 38 import java.util.Set;
802 21 Jun 05 nicklas 39
802 21 Jun 05 nicklas 40 public class TestExtract
802 21 Jun 05 nicklas 41 {
802 21 Jun 05 nicklas 42
802 21 Jun 05 nicklas 43   static boolean ok = true;
802 21 Jun 05 nicklas 44   public static void main(String[] args)
802 21 Jun 05 nicklas 45   {
802 21 Jun 05 nicklas 46     TestUtil.checkArgs(args);
802 21 Jun 05 nicklas 47     TestUtil.begin();
802 21 Jun 05 nicklas 48     ok = test_all();
802 21 Jun 05 nicklas 49     TestUtil.stop();
802 21 Jun 05 nicklas 50   }
802 21 Jun 05 nicklas 51
802 21 Jun 05 nicklas 52   static boolean test_all()
802 21 Jun 05 nicklas 53   {
802 21 Jun 05 nicklas 54     write("++Testing extracts");
802 21 Jun 05 nicklas 55     write_header();
802 21 Jun 05 nicklas 56     // Standard tests: create, load, list
6100 04 Sep 12 nicklas 57     int sampleId = TestSample.test_create(0, "Parent sample", 0, true);
5641 25 May 11 nicklas 58     int tagId = TestTag.test_create("Test", SystemItems.getId(Tag.LABEL), true);
5641 25 May 11 nicklas 59     int id = test_create(0, "Extract #1 (standalone)", 0, 0, true);
5663 22 Jun 11 nicklas 60     int id2 = test_create(sampleId, "Extract #2 (sample parent)", 0, 0, false);
5663 22 Jun 11 nicklas 61     int id3 = test_create(id, "Extract #3 (extract parent+labeled)", SystemItems.getId(Extract.LABELED), tagId, false);
5663 22 Jun 11 nicklas 62     int id4 = test_create_pooled("Extract #4 (pooled)", id, id2, id3);
802 21 Jun 05 nicklas 63
5663 22 Jun 11 nicklas 64   
802 21 Jun 05 nicklas 65     test_load(id);
5688 10 Aug 11 nicklas 66     test_list(0, -1);
802 21 Jun 05 nicklas 67     
814 23 Jun 05 nicklas 68     write_events_header();
814 23 Jun 05 nicklas 69     test_add_event(id, 100.0f);
5663 22 Jun 11 nicklas 70     test_list_events(id, 4);  // creation event, create event for id3+id4, and extra event
814 23 Jun 05 nicklas 71     
5663 22 Jun 11 nicklas 72     write_parents_header();
5663 22 Jun 11 nicklas 73     test_list_sources(id4, 3); // The three id, id2 and id3 samples
5663 22 Jun 11 nicklas 74     test_list_children(id, 2); // id3 and id4
802 21 Jun 05 nicklas 75
5663 22 Jun 11 nicklas 76     // Transformers
5663 22 Jun 11 nicklas 77     test_childrenTransformer(id, 2);
5663 22 Jun 11 nicklas 78     test_parentsTransformer(id4, 3);
5663 22 Jun 11 nicklas 79     test_extractToSampleTransformer(id2, 1);
5663 22 Jun 11 nicklas 80     test_sampleToExtractTransformer(sampleId, 1);
5663 22 Jun 11 nicklas 81
5663 22 Jun 11 nicklas 82     
1529 27 Oct 05 nicklas 83     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
802 21 Jun 05 nicklas 84     // Standard test: Delete
814 23 Jun 05 nicklas 85     test_delete(id4);
817 23 Jun 05 nicklas 86     test_delete(id3);
817 23 Jun 05 nicklas 87     test_delete(id2);
816 23 Jun 05 nicklas 88     test_delete(id);
814 23 Jun 05 nicklas 89     TestSample.test_delete(sampleId);
802 21 Jun 05 nicklas 90   
802 21 Jun 05 nicklas 91     write("++Testing extracts "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
802 21 Jun 05 nicklas 92     return ok;
802 21 Jun 05 nicklas 93   }
802 21 Jun 05 nicklas 94
5641 25 May 11 nicklas 95   static int test_create(int parentId, String name, int subtypeId, int tagId, boolean setAll)
802 21 Jun 05 nicklas 96   {
802 21 Jun 05 nicklas 97     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT)) return 0;
802 21 Jun 05 nicklas 98     int id = 0;
802 21 Jun 05 nicklas 99     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 100     try
802 21 Jun 05 nicklas 101     {
802 21 Jun 05 nicklas 102       dc = TestUtil.getDbControl();
802 21 Jun 05 nicklas 103       Extract e = Extract.getNew(dc);
5653 13 Jun 11 nicklas 104       e.setName(name);
802 21 Jun 05 nicklas 105       if (setAll)
802 21 Jun 05 nicklas 106       {
802 21 Jun 05 nicklas 107         e.setDescription("Added at "+new Date());
802 21 Jun 05 nicklas 108         e.setExternalId("XCV-455-EXTRACT");
802 21 Jun 05 nicklas 109         e.setOriginalQuantity(500.0f);
802 21 Jun 05 nicklas 110       }
5641 25 May 11 nicklas 111       if (parentId != 0)
802 21 Jun 05 nicklas 112       {
5641 25 May 11 nicklas 113         BioMaterial parent = BioMaterial.getById(dc, parentId);
5663 22 Jun 11 nicklas 114         BioMaterialEventSource evtSrc = e.getCreationEvent().setSource(parent);
5663 22 Jun 11 nicklas 115         evtSrc.setUsedQuantity(200.0f);
802 21 Jun 05 nicklas 116       }
5641 25 May 11 nicklas 117       if (subtypeId > 0)
5641 25 May 11 nicklas 118       {
5641 25 May 11 nicklas 119         e.setItemSubtype(ItemSubtype.getById(dc, subtypeId));
5641 25 May 11 nicklas 120       }
5641 25 May 11 nicklas 121       if (tagId > 0)
5641 25 May 11 nicklas 122       {
5641 25 May 11 nicklas 123         e.setTag(Tag.getById(dc, tagId));
5641 25 May 11 nicklas 124       }
802 21 Jun 05 nicklas 125       dc.saveItem(e);
802 21 Jun 05 nicklas 126       dc.commit();
802 21 Jun 05 nicklas 127       id = e.getId();
806 22 Jun 05 nicklas 128       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 129       dc.reattachItem(e, false);
802 21 Jun 05 nicklas 130       write_item(0, e);
802 21 Jun 05 nicklas 131       write("--Create extract OK");
802 21 Jun 05 nicklas 132     }
802 21 Jun 05 nicklas 133     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 134     {
802 21 Jun 05 nicklas 135       write("--Create extract FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 136       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 137       ok = false;
802 21 Jun 05 nicklas 138     }
802 21 Jun 05 nicklas 139     finally
802 21 Jun 05 nicklas 140     {
802 21 Jun 05 nicklas 141       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 142     }
802 21 Jun 05 nicklas 143     return id;
802 21 Jun 05 nicklas 144   }
802 21 Jun 05 nicklas 145
5663 22 Jun 11 nicklas 146   static int test_create_pooled(String name, int... sourceIds)
811 22 Jun 05 nicklas 147   {
811 22 Jun 05 nicklas 148     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT)) return 0;
811 22 Jun 05 nicklas 149     int id = 0;
811 22 Jun 05 nicklas 150     DbControl dc = null;
811 22 Jun 05 nicklas 151     try
811 22 Jun 05 nicklas 152     {
811 22 Jun 05 nicklas 153       dc = TestUtil.getDbControl();
811 22 Jun 05 nicklas 154       Extract e = Extract.getNew(dc);
5663 22 Jun 11 nicklas 155       e.setName(name);
811 22 Jun 05 nicklas 156       e.setDescription("Added at "+new Date());
811 22 Jun 05 nicklas 157       e.setExternalId("POOLED-455-EXTRACT");
811 22 Jun 05 nicklas 158       e.setOriginalQuantity(500.0f);
811 22 Jun 05 nicklas 159       BioMaterialEvent evt = e.getCreationEvent();
811 22 Jun 05 nicklas 160       for (int sourceId : sourceIds)
811 22 Jun 05 nicklas 161       {
811 22 Jun 05 nicklas 162         Extract s = Extract.getById(dc, sourceId);
817 23 Jun 05 nicklas 163         Float original = s.getOriginalQuantity();
5662 20 Jun 11 nicklas 164         BioMaterialEventSource eventSource = evt.addSource(s);
5662 20 Jun 11 nicklas 165         if (original != null)
5662 20 Jun 11 nicklas 166         {
5662 20 Jun 11 nicklas 167           eventSource.setUsedQuantity(original/2);
5662 20 Jun 11 nicklas 168         }
811 22 Jun 05 nicklas 169       }
811 22 Jun 05 nicklas 170       dc.saveItem(e);
811 22 Jun 05 nicklas 171       dc.commit();
811 22 Jun 05 nicklas 172       id = e.getId();
811 22 Jun 05 nicklas 173       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 174       dc.reattachItem(e, false);
811 22 Jun 05 nicklas 175       write_item(0, e);
811 22 Jun 05 nicklas 176       write("--Create pooled extract OK");
811 22 Jun 05 nicklas 177     }
811 22 Jun 05 nicklas 178     catch (Throwable ex)
811 22 Jun 05 nicklas 179     {
811 22 Jun 05 nicklas 180       write("--Create pooled extract FAILED");
811 22 Jun 05 nicklas 181       ex.printStackTrace();
811 22 Jun 05 nicklas 182       ok = false;
811 22 Jun 05 nicklas 183     }
811 22 Jun 05 nicklas 184     finally
811 22 Jun 05 nicklas 185     {
811 22 Jun 05 nicklas 186       if (dc != null) dc.close();
811 22 Jun 05 nicklas 187     }
811 22 Jun 05 nicklas 188     return id;
811 22 Jun 05 nicklas 189   }
811 22 Jun 05 nicklas 190   
802 21 Jun 05 nicklas 191   static void test_load(int id)
802 21 Jun 05 nicklas 192   {
802 21 Jun 05 nicklas 193     if (id == 0) return;
802 21 Jun 05 nicklas 194     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 195     try
802 21 Jun 05 nicklas 196     {
802 21 Jun 05 nicklas 197       dc = TestUtil.getDbControl();
802 21 Jun 05 nicklas 198       Extract e = Extract.getById(dc, id);
802 21 Jun 05 nicklas 199       write_item(0, e);
802 21 Jun 05 nicklas 200       write("--Load extract OK");
802 21 Jun 05 nicklas 201     }
802 21 Jun 05 nicklas 202     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 203     {
802 21 Jun 05 nicklas 204       write("--Load extract FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 205       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 206       ok = false;
802 21 Jun 05 nicklas 207     }
802 21 Jun 05 nicklas 208     finally
802 21 Jun 05 nicklas 209     {
802 21 Jun 05 nicklas 210       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 211     }
802 21 Jun 05 nicklas 212   }
802 21 Jun 05 nicklas 213
5696 12 Aug 11 nicklas 214   static boolean test_list(int subtypeId, int expectedResults)
802 21 Jun 05 nicklas 215   {
802 21 Jun 05 nicklas 216     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 217     try
802 21 Jun 05 nicklas 218     {
802 21 Jun 05 nicklas 219       dc = TestUtil.getDbControl();
5688 10 Aug 11 nicklas 220       ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
5688 10 Aug 11 nicklas 221       if (subtypeId > 0)
5688 10 Aug 11 nicklas 222       {
5688 10 Aug 11 nicklas 223         query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("itemSubtype"), Expressions.integer(subtypeId)));
5688 10 Aug 11 nicklas 224       }
5688 10 Aug 11 nicklas 225       ItemResultList<Extract> l = query.list(dc);
802 21 Jun 05 nicklas 226       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
802 21 Jun 05 nicklas 227       {
802 21 Jun 05 nicklas 228         write_item(i, l.get(i));
802 21 Jun 05 nicklas 229       }
802 21 Jun 05 nicklas 230       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
802 21 Jun 05 nicklas 231       {
802 21 Jun 05 nicklas 232         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
802 21 Jun 05 nicklas 233       }
802 21 Jun 05 nicklas 234       write("--List extracts OK ("+l.size()+")");
802 21 Jun 05 nicklas 235     }
802 21 Jun 05 nicklas 236     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 237     {
802 21 Jun 05 nicklas 238       write("--List extracts FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 239       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 240       ok = false;
5696 12 Aug 11 nicklas 241       return false;
802 21 Jun 05 nicklas 242     }
802 21 Jun 05 nicklas 243     finally
802 21 Jun 05 nicklas 244     {
802 21 Jun 05 nicklas 245       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 246     }
5696 12 Aug 11 nicklas 247     return true;
802 21 Jun 05 nicklas 248   }
802 21 Jun 05 nicklas 249
802 21 Jun 05 nicklas 250   static void test_delete(int id)
802 21 Jun 05 nicklas 251   {
802 21 Jun 05 nicklas 252     if (id == 0) return;
802 21 Jun 05 nicklas 253     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 254     try
802 21 Jun 05 nicklas 255     {
802 21 Jun 05 nicklas 256       dc = TestUtil.getDbControl();
802 21 Jun 05 nicklas 257       Extract e = Extract.getById(dc, id);
802 21 Jun 05 nicklas 258       dc.deleteItem(e);
5340 10 May 10 nicklas 259       Set<ItemProxy> using = e.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 260       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 261       {
5340 10 May 10 nicklas 262          throw new BaseException(e + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 263       }
802 21 Jun 05 nicklas 264       dc.commit();
802 21 Jun 05 nicklas 265       write("--Delete extract OK");
802 21 Jun 05 nicklas 266     }
802 21 Jun 05 nicklas 267     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 268     {
802 21 Jun 05 nicklas 269       write("--Delete extract FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 270       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 271       ok = false;
802 21 Jun 05 nicklas 272     }
802 21 Jun 05 nicklas 273     finally
802 21 Jun 05 nicklas 274     {
802 21 Jun 05 nicklas 275       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 276     }
802 21 Jun 05 nicklas 277   }
802 21 Jun 05 nicklas 278
4372 04 Jul 08 nicklas 279   static void test_delete_all()
4372 04 Jul 08 nicklas 280   {
4372 04 Jul 08 nicklas 281     DbControl dc = null;
4372 04 Jul 08 nicklas 282     try
4372 04 Jul 08 nicklas 283     {
4372 04 Jul 08 nicklas 284       dc = TestUtil.getDbControl();
4372 04 Jul 08 nicklas 285       ItemResultList<Extract> l = Extract.getQuery().list(dc);
5688 10 Aug 11 nicklas 286       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 287       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
4372 04 Jul 08 nicklas 288       dc.commit();
4372 04 Jul 08 nicklas 289       write("--Delete all extracts OK ("+l.size()+")");
4372 04 Jul 08 nicklas 290     }
4372 04 Jul 08 nicklas 291     catch (Throwable ex)
4372 04 Jul 08 nicklas 292     {
4372 04 Jul 08 nicklas 293       write("--Delete all extracts FAILED");
4372 04 Jul 08 nicklas 294       ex.printStackTrace();
4372 04 Jul 08 nicklas 295       ok = false;
4372 04 Jul 08 nicklas 296     }
4372 04 Jul 08 nicklas 297     finally
4372 04 Jul 08 nicklas 298     {
4372 04 Jul 08 nicklas 299       if (dc != null) dc.close();
4372 04 Jul 08 nicklas 300     }
4372 04 Jul 08 nicklas 301   }
4372 04 Jul 08 nicklas 302
4372 04 Jul 08 nicklas 303   
802 21 Jun 05 nicklas 304   static void write_header()
802 21 Jun 05 nicklas 305   {
802 21 Jun 05 nicklas 306     if (!TestUtil.getSilent())
802 21 Jun 05 nicklas 307     {
5663 22 Jun 11 nicklas 308       write("   \tID \tName      \tSubtype\tDescription\tExternal id\tParent type\tParent\tTag\tQuantity\tRemain");
5663 22 Jun 11 nicklas 309       write("-- \t-- \t--------- \t-------\t-----------\t-----------\t-----------\t------\t---\t--------\t------");
802 21 Jun 05 nicklas 310     }
802 21 Jun 05 nicklas 311   }
802 21 Jun 05 nicklas 312   static void write_item(int i, Extract e)
802 21 Jun 05 nicklas 313     throws BaseException
802 21 Jun 05 nicklas 314   {
5641 25 May 11 nicklas 315     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+e.getId()+"\t"+e.getName()+"\t"+e.getItemSubtype()+"\t"+e.getDescription()+
5663 22 Jun 11 nicklas 316       "\t"+e.getExternalId()+"\t"+e.getParentType()+"\t"+e.getParent()+"\t"+e.getTag()+"\t"+e.getOriginalQuantity()+"\t"+e.getRemainingQuantity());
802 21 Jun 05 nicklas 317   }
814 23 Jun 05 nicklas 318   static void write_events_header()
814 23 Jun 05 nicklas 319   {
814 23 Jun 05 nicklas 320     if (!TestUtil.getSilent())
814 23 Jun 05 nicklas 321     {
814 23 Jun 05 nicklas 322       write("   \tID \tBiomaterial\tEvent type\tEvent date\tEntry date\tUsed quantity\tComment");
814 23 Jun 05 nicklas 323       write("-- \t-- \t-----------\t----------\t----------\t----------\t-------------\t-------");
814 23 Jun 05 nicklas 324     }
814 23 Jun 05 nicklas 325   }
814 23 Jun 05 nicklas 326   static void write_item(int i, BioMaterialEvent evt, Extract e)
814 23 Jun 05 nicklas 327     throws BaseException
814 23 Jun 05 nicklas 328   {
814 23 Jun 05 nicklas 329     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+evt.getId()+"\t"+evt.getBioMaterial()+"\t"+evt.getEventType()+
814 23 Jun 05 nicklas 330       "\t"+evt.getEventDate()+"\t"+evt.getEntryDate()+"\t"+evt.getUsedQuantity(e)+"\t"+evt.getComment());
814 23 Jun 05 nicklas 331   }
5642 26 May 11 nicklas 332   static void write_item(int i, PhysicalBioAssay h)
5641 25 May 11 nicklas 333     throws BaseException
5641 25 May 11 nicklas 334   {
5641 25 May 11 nicklas 335     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+h.getId()+"\t"+h.getName()+"\t"+h.getDescription());
5641 25 May 11 nicklas 336   }
5663 22 Jun 11 nicklas 337
5663 22 Jun 11 nicklas 338   static void write_parents_header()
814 23 Jun 05 nicklas 339   {
814 23 Jun 05 nicklas 340     if (!TestUtil.getSilent())
814 23 Jun 05 nicklas 341     {
5663 22 Jun 11 nicklas 342       write("   \tID \tName      \tDescription\tExternal id\tQuantity\tRemain\tUsed");
5663 22 Jun 11 nicklas 343       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t-----------\t--------\t------\t----");
814 23 Jun 05 nicklas 344     }
814 23 Jun 05 nicklas 345   }
5663 22 Jun 11 nicklas 346
814 23 Jun 05 nicklas 347   static void write_item(int i, MeasuredBioMaterial b, BioMaterialEvent evt)
814 23 Jun 05 nicklas 348     throws BaseException
814 23 Jun 05 nicklas 349   {
814 23 Jun 05 nicklas 350     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+b.getId()+"\t"+b.getName()+"\t"+b.getDescription()+
5663 22 Jun 11 nicklas 351       "\t"+b.getExternalId()+"\t"+b.getParentType()+"\t"+b.getOriginalQuantity()+"\t"+b.getRemainingQuantity()+
814 23 Jun 05 nicklas 352       "\t"+evt.getUsedQuantity(b));
814 23 Jun 05 nicklas 353   }
802 21 Jun 05 nicklas 354   static void write(String message)
802 21 Jun 05 nicklas 355   {
802 21 Jun 05 nicklas 356     System.out.println(message);
802 21 Jun 05 nicklas 357   }
814 23 Jun 05 nicklas 358   
814 23 Jun 05 nicklas 359   
814 23 Jun 05 nicklas 360   static int test_add_event(int extractId, float usedQuantity)
814 23 Jun 05 nicklas 361   {
814 23 Jun 05 nicklas 362     if (extractId == 0) return 0;
814 23 Jun 05 nicklas 363     int eventId = 0;
814 23 Jun 05 nicklas 364     DbControl dc = null;
814 23 Jun 05 nicklas 365     try
814 23 Jun 05 nicklas 366     {
814 23 Jun 05 nicklas 367       dc = TestUtil.getDbControl();
814 23 Jun 05 nicklas 368       Extract e = Extract.getById(dc, extractId);
947 18 Jul 05 nicklas 369       BioMaterialEvent bme = e.newEvent();
947 18 Jul 05 nicklas 370       bme.setUsedQuantity(usedQuantity);
814 23 Jun 05 nicklas 371       bme.setComment("Added a new event");
814 23 Jun 05 nicklas 372       dc.saveItem(bme);
814 23 Jun 05 nicklas 373       dc.commit();
814 23 Jun 05 nicklas 374       eventId = bme.getId();
814 23 Jun 05 nicklas 375       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 376       dc.reattachItem(bme, false);
814 23 Jun 05 nicklas 377       write_item(0, bme, e);
814 23 Jun 05 nicklas 378       write("--Add event for extract OK");
814 23 Jun 05 nicklas 379     }
816 23 Jun 05 nicklas 380     catch (Throwable ex)
814 23 Jun 05 nicklas 381     {
814 23 Jun 05 nicklas 382       write("--Add event for extract FAILED");
814 23 Jun 05 nicklas 383       ex.printStackTrace();
814 23 Jun 05 nicklas 384       ok = false;
814 23 Jun 05 nicklas 385     }
814 23 Jun 05 nicklas 386     finally
814 23 Jun 05 nicklas 387     {
814 23 Jun 05 nicklas 388       if (dc != null) dc.close();
814 23 Jun 05 nicklas 389     }
814 23 Jun 05 nicklas 390     return eventId;
814 23 Jun 05 nicklas 391   }
814 23 Jun 05 nicklas 392   
814 23 Jun 05 nicklas 393   static void test_list_events(int extractId, int expectedResults)
814 23 Jun 05 nicklas 394   {
814 23 Jun 05 nicklas 395     if (extractId == 0) return;
814 23 Jun 05 nicklas 396     DbControl dc = null;
814 23 Jun 05 nicklas 397     try
814 23 Jun 05 nicklas 398     {
814 23 Jun 05 nicklas 399       dc = TestUtil.getDbControl();
814 23 Jun 05 nicklas 400       Extract e = Extract.getById(dc, extractId);
1418 07 Oct 05 nicklas 401       ItemResultList<BioMaterialEvent> l = e.getEvents().list(dc);
814 23 Jun 05 nicklas 402       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
814 23 Jun 05 nicklas 403       {
814 23 Jun 05 nicklas 404         write_item(i, l.get(i), e);
814 23 Jun 05 nicklas 405       }
814 23 Jun 05 nicklas 406       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
814 23 Jun 05 nicklas 407       {
814 23 Jun 05 nicklas 408         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
814 23 Jun 05 nicklas 409       }
814 23 Jun 05 nicklas 410       write("--List events for extract OK ("+l.size()+")");
814 23 Jun 05 nicklas 411     }
816 23 Jun 05 nicklas 412     catch (Throwable ex)
814 23 Jun 05 nicklas 413     {
814 23 Jun 05 nicklas 414       write("--List events for extract FAILED");
814 23 Jun 05 nicklas 415       ex.printStackTrace();
814 23 Jun 05 nicklas 416       ok = false;
814 23 Jun 05 nicklas 417     }
814 23 Jun 05 nicklas 418     finally
814 23 Jun 05 nicklas 419     {
814 23 Jun 05 nicklas 420       if (dc != null) dc.close();
814 23 Jun 05 nicklas 421     }
814 23 Jun 05 nicklas 422   }
5663 22 Jun 11 nicklas 423   
814 23 Jun 05 nicklas 424   static void test_list_sources(int extractId, int expectedResults)
814 23 Jun 05 nicklas 425   {
814 23 Jun 05 nicklas 426     if (extractId == 0) return;
814 23 Jun 05 nicklas 427     DbControl dc = null;
814 23 Jun 05 nicklas 428     try
814 23 Jun 05 nicklas 429     {
814 23 Jun 05 nicklas 430       dc = TestUtil.getDbControl();
814 23 Jun 05 nicklas 431       Extract e = Extract.getById(dc, extractId);
814 23 Jun 05 nicklas 432       BioMaterialEvent evt = e.getCreationEvent();
5663 22 Jun 11 nicklas 433       ResultList<BioMaterialEventSource> l = evt.getEventSources().list(dc);
814 23 Jun 05 nicklas 434       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
814 23 Jun 05 nicklas 435       {
5663 22 Jun 11 nicklas 436         TestSample.write_item(i, l.get(i));
814 23 Jun 05 nicklas 437       }
814 23 Jun 05 nicklas 438       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
814 23 Jun 05 nicklas 439       {
814 23 Jun 05 nicklas 440         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
814 23 Jun 05 nicklas 441       }
814 23 Jun 05 nicklas 442       write("--List sources for extract OK ("+l.size()+")");
814 23 Jun 05 nicklas 443     }
816 23 Jun 05 nicklas 444     catch (Throwable ex)
814 23 Jun 05 nicklas 445     {
814 23 Jun 05 nicklas 446       write("--List sources for extract FAILED");
814 23 Jun 05 nicklas 447       ex.printStackTrace();
814 23 Jun 05 nicklas 448       ok = false;
814 23 Jun 05 nicklas 449     }
814 23 Jun 05 nicklas 450     finally
814 23 Jun 05 nicklas 451     {
814 23 Jun 05 nicklas 452       if (dc != null) dc.close();
814 23 Jun 05 nicklas 453     }
814 23 Jun 05 nicklas 454   }
5663 22 Jun 11 nicklas 455
5663 22 Jun 11 nicklas 456   static void test_list_children(int extractId, int expectedResults)
4559 03 Oct 08 martin 457   {
4559 03 Oct 08 martin 458     if (extractId == 0) return;
4559 03 Oct 08 martin 459     DbControl dc = null;
4559 03 Oct 08 martin 460     try
4559 03 Oct 08 martin 461     {
4559 03 Oct 08 martin 462       dc = TestUtil.getDbControl();
4559 03 Oct 08 martin 463       Extract e = Extract.getById(dc, extractId);
5663 22 Jun 11 nicklas 464       ItemResultList<Extract> ev = e.getChildExtracts().list(dc);
4559 03 Oct 08 martin 465       
4559 03 Oct 08 martin 466       for (int i=0; i<ev.size(); i++)
4559 03 Oct 08 martin 467       {
5663 22 Jun 11 nicklas 468         write_item(i, ev.get(i));
4559 03 Oct 08 martin 469       }
4559 03 Oct 08 martin 470       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != ev.size())
4559 03 Oct 08 martin 471       {
4559 03 Oct 08 martin 472         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+ev.size());
4559 03 Oct 08 martin 473       }
5663 22 Jun 11 nicklas 474       write("--List children for extract OK ("+ev.size()+")");
4559 03 Oct 08 martin 475     }
4559 03 Oct 08 martin 476     catch (Throwable ex)
4559 03 Oct 08 martin 477     {
5663 22 Jun 11 nicklas 478       write("--List children for extract FAILED");
4559 03 Oct 08 martin 479       ex.printStackTrace();
4559 03 Oct 08 martin 480       ok = false;
4559 03 Oct 08 martin 481     }
4559 03 Oct 08 martin 482     finally
4559 03 Oct 08 martin 483     {
4559 03 Oct 08 martin 484       if (dc != null) dc.close();
4559 03 Oct 08 martin 485     }
4559 03 Oct 08 martin 486   }
5663 22 Jun 11 nicklas 487
5641 25 May 11 nicklas 488   
5642 26 May 11 nicklas 489   static void test_list_bioassays(int extractId, int expectedResults)
5641 25 May 11 nicklas 490   {
5641 25 May 11 nicklas 491     if (extractId == 0) return;
5641 25 May 11 nicklas 492     DbControl dc = null;
5641 25 May 11 nicklas 493     try
5641 25 May 11 nicklas 494     {
5641 25 May 11 nicklas 495       dc = TestUtil.getDbControl();
5641 25 May 11 nicklas 496       Extract le = Extract.getById(dc, extractId);
5642 26 May 11 nicklas 497       ItemResultList<PhysicalBioAssay> l = le.getPhysicalBioAssays().list(dc);
5641 25 May 11 nicklas 498       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
5641 25 May 11 nicklas 499       {
5641 25 May 11 nicklas 500         write_item(i, l.get(i));
5641 25 May 11 nicklas 501       }
5641 25 May 11 nicklas 502       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
5641 25 May 11 nicklas 503       {
5641 25 May 11 nicklas 504         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
5641 25 May 11 nicklas 505       }
5642 26 May 11 nicklas 506       write("--List bioassays for extract OK ("+l.size()+")");
5641 25 May 11 nicklas 507     }
5641 25 May 11 nicklas 508     catch (Throwable ex)
5641 25 May 11 nicklas 509     {
5642 26 May 11 nicklas 510       write("--List bioassays for extract FAILED");
5641 25 May 11 nicklas 511       ex.printStackTrace();
5641 25 May 11 nicklas 512       ok = false;
5641 25 May 11 nicklas 513     }
5641 25 May 11 nicklas 514     finally
5641 25 May 11 nicklas 515     {
5641 25 May 11 nicklas 516       if (dc != null) dc.close();
5641 25 May 11 nicklas 517     }
5641 25 May 11 nicklas 518   }
5641 25 May 11 nicklas 519   
5663 22 Jun 11 nicklas 520   
5663 22 Jun 11 nicklas 521   static void test_childrenTransformer(int extractId, int expectedResults)
5663 22 Jun 11 nicklas 522   {
5663 22 Jun 11 nicklas 523     if (extractId == 0) return;
5663 22 Jun 11 nicklas 524     DbControl dc = null;
5663 22 Jun 11 nicklas 525     try
5663 22 Jun 11 nicklas 526     {
5663 22 Jun 11 nicklas 527       dc = TestUtil.getDbControl();
5663 22 Jun 11 nicklas 528       Extract e = Extract.getById(dc, extractId);
6775 17 Mar 15 nicklas 529       SourceItemTransformer transformer = new ExtractToChildExtractTransformer(false);
6775 17 Mar 15 nicklas 530       TransformContext tfc = new TransformContext(dc);
6775 17 Mar 15 nicklas 531       Set<Integer> children = transformer.transform(tfc, Collections.singleton(e.getId()));
5663 22 Jun 11 nicklas 532
5663 22 Jun 11 nicklas 533       int i = 0;
6775 17 Mar 15 nicklas 534       for (int childId : children)
5663 22 Jun 11 nicklas 535       {
6775 17 Mar 15 nicklas 536         write_item(i, Extract.getById(dc, childId));
5663 22 Jun 11 nicklas 537         i++;
5663 22 Jun 11 nicklas 538       }
5663 22 Jun 11 nicklas 539       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != children.size())
5663 22 Jun 11 nicklas 540       {
5663 22 Jun 11 nicklas 541         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+children.size());
5663 22 Jun 11 nicklas 542       }
5663 22 Jun 11 nicklas 543       write("--List children for extract using transformer OK ("+children.size()+")");
5663 22 Jun 11 nicklas 544     }
5663 22 Jun 11 nicklas 545     catch (Throwable ex)
5663 22 Jun 11 nicklas 546     {
5663 22 Jun 11 nicklas 547       write("--List children for extract using transformer FAILED");
5663 22 Jun 11 nicklas 548       ex.printStackTrace();
5663 22 Jun 11 nicklas 549       ok = false;
5663 22 Jun 11 nicklas 550     }
5663 22 Jun 11 nicklas 551     finally
5663 22 Jun 11 nicklas 552     {
5663 22 Jun 11 nicklas 553       if (dc != null) dc.close();
5663 22 Jun 11 nicklas 554     }
5663 22 Jun 11 nicklas 555   }
5663 22 Jun 11 nicklas 556
5663 22 Jun 11 nicklas 557   static void test_parentsTransformer(int extractId, int expectedResults)
5663 22 Jun 11 nicklas 558   {
5663 22 Jun 11 nicklas 559     if (extractId == 0) return;
5663 22 Jun 11 nicklas 560     DbControl dc = null;
5663 22 Jun 11 nicklas 561     try
5663 22 Jun 11 nicklas 562     {
5663 22 Jun 11 nicklas 563       dc = TestUtil.getDbControl();
5663 22 Jun 11 nicklas 564       Extract e = Extract.getById(dc, extractId);
5663 22 Jun 11 nicklas 565
6775 17 Mar 15 nicklas 566       SourceItemTransformer transformer = new ExtractToParentExtractTransformer(false);
6775 17 Mar 15 nicklas 567       TransformContext tfc = new TransformContext(dc);
6775 17 Mar 15 nicklas 568       Set<Integer> parents = transformer.transform(tfc, Collections.singleton(e.getId()));
6775 17 Mar 15 nicklas 569
5663 22 Jun 11 nicklas 570       int i = 0;
6775 17 Mar 15 nicklas 571       for (int parentId : parents)
5663 22 Jun 11 nicklas 572       {
6775 17 Mar 15 nicklas 573         write_item(i, Extract.getById(dc, parentId));
5663 22 Jun 11 nicklas 574         i++;
5663 22 Jun 11 nicklas 575       }
5663 22 Jun 11 nicklas 576       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != parents.size())
5663 22 Jun 11 nicklas 577       {
5663 22 Jun 11 nicklas 578         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+parents.size());
5663 22 Jun 11 nicklas 579       }
5663 22 Jun 11 nicklas 580       write("--List parents for extract using transformer OK ("+parents.size()+")");
5663 22 Jun 11 nicklas 581     }
5663 22 Jun 11 nicklas 582     catch (Throwable ex)
5663 22 Jun 11 nicklas 583     {
5663 22 Jun 11 nicklas 584       write("--List parents for extract using transformer FAILED");
5663 22 Jun 11 nicklas 585       ex.printStackTrace();
5663 22 Jun 11 nicklas 586       ok = false;
5663 22 Jun 11 nicklas 587     }
5663 22 Jun 11 nicklas 588     finally
5663 22 Jun 11 nicklas 589     {
5663 22 Jun 11 nicklas 590       if (dc != null) dc.close();
5663 22 Jun 11 nicklas 591     }
5663 22 Jun 11 nicklas 592   }
5663 22 Jun 11 nicklas 593
5663 22 Jun 11 nicklas 594   static void test_extractToSampleTransformer(int extractId, int expectedResults)
5663 22 Jun 11 nicklas 595   {
5663 22 Jun 11 nicklas 596     if (extractId == 0) return;
5663 22 Jun 11 nicklas 597     DbControl dc = null;
5663 22 Jun 11 nicklas 598     try
5663 22 Jun 11 nicklas 599     {
5663 22 Jun 11 nicklas 600       dc = TestUtil.getDbControl();
5663 22 Jun 11 nicklas 601       Extract e = Extract.getById(dc, extractId);
6775 17 Mar 15 nicklas 602       
6775 17 Mar 15 nicklas 603       SourceItemTransformer transformer = new ExtractToSampleTransformer();
6775 17 Mar 15 nicklas 604       TransformContext tfc = new TransformContext(dc);
6775 17 Mar 15 nicklas 605       Set<Integer> parents = transformer.transform(tfc, Collections.singleton(e.getId()));
5663 22 Jun 11 nicklas 606
5663 22 Jun 11 nicklas 607       int i = 0;
6775 17 Mar 15 nicklas 608       for (int parentId : parents)
5663 22 Jun 11 nicklas 609       {
6775 17 Mar 15 nicklas 610         TestSample.write_item(i, Sample.getById(dc, parentId));
5663 22 Jun 11 nicklas 611         i++;
5663 22 Jun 11 nicklas 612       }
5663 22 Jun 11 nicklas 613       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != parents.size())
5663 22 Jun 11 nicklas 614       {
5663 22 Jun 11 nicklas 615         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+parents.size());
5663 22 Jun 11 nicklas 616       }
5663 22 Jun 11 nicklas 617       write("--List sample for extract using transformer OK ("+parents.size()+")");
5663 22 Jun 11 nicklas 618     }
5663 22 Jun 11 nicklas 619     catch (Throwable ex)
5663 22 Jun 11 nicklas 620     {
5663 22 Jun 11 nicklas 621       write("--List sample for extract using transformer FAILED");
5663 22 Jun 11 nicklas 622       ex.printStackTrace();
5663 22 Jun 11 nicklas 623       ok = false;
5663 22 Jun 11 nicklas 624     }
5663 22 Jun 11 nicklas 625     finally
5663 22 Jun 11 nicklas 626     {
5663 22 Jun 11 nicklas 627       if (dc != null) dc.close();
5663 22 Jun 11 nicklas 628     }
5663 22 Jun 11 nicklas 629   }
5663 22 Jun 11 nicklas 630
5663 22 Jun 11 nicklas 631   static void test_sampleToExtractTransformer(int sampleId, int expectedResults)
5663 22 Jun 11 nicklas 632   {
5663 22 Jun 11 nicklas 633     if (sampleId == 0) return;
5663 22 Jun 11 nicklas 634     DbControl dc = null;
5663 22 Jun 11 nicklas 635     try
5663 22 Jun 11 nicklas 636     {
5663 22 Jun 11 nicklas 637       dc = TestUtil.getDbControl();
5663 22 Jun 11 nicklas 638       Sample s = Sample.getById(dc, sampleId);
6775 17 Mar 15 nicklas 639       
6775 17 Mar 15 nicklas 640       SourceItemTransformer transformer = new SampleToExtractTransformer();
6775 17 Mar 15 nicklas 641       TransformContext tfc = new TransformContext(dc);
6775 17 Mar 15 nicklas 642       Set<Integer> children = transformer.transform(tfc, Collections.singleton(s.getId()));
5663 22 Jun 11 nicklas 643
5663 22 Jun 11 nicklas 644       int i = 0;
6775 17 Mar 15 nicklas 645       for (int childId : children)
5663 22 Jun 11 nicklas 646       {
6775 17 Mar 15 nicklas 647         write_item(i, Extract.getById(dc, childId));
5663 22 Jun 11 nicklas 648         i++;
5663 22 Jun 11 nicklas 649       }
5663 22 Jun 11 nicklas 650       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != children.size())
5663 22 Jun 11 nicklas 651       {
5663 22 Jun 11 nicklas 652         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+children.size());
5663 22 Jun 11 nicklas 653       }
5663 22 Jun 11 nicklas 654       write("--List extracts for sample using transformer OK ("+children.size()+")");
5663 22 Jun 11 nicklas 655     }
5663 22 Jun 11 nicklas 656     catch (Throwable ex)
5663 22 Jun 11 nicklas 657     {
5663 22 Jun 11 nicklas 658       write("--List extracts for sample using transformer FAILED");
5663 22 Jun 11 nicklas 659       ex.printStackTrace();
5663 22 Jun 11 nicklas 660       ok = false;
5663 22 Jun 11 nicklas 661     }
5663 22 Jun 11 nicklas 662     finally
5663 22 Jun 11 nicklas 663     {
5663 22 Jun 11 nicklas 664       if (dc != null) dc.close();
5663 22 Jun 11 nicklas 665     }
5663 22 Jun 11 nicklas 666   }
5663 22 Jun 11 nicklas 667   
5663 22 Jun 11 nicklas 668   
802 21 Jun 05 nicklas 669 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)