src/test/TestFormula.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2104 23 Mar 06 nicklas 1 /*
2104 23 Mar 06 nicklas 2   $Id$
2104 23 Mar 06 nicklas 3
4889 06 Apr 09 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
2104 23 Mar 06 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
2104 23 Mar 06 nicklas 8
2104 23 Mar 06 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2104 23 Mar 06 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2104 23 Mar 06 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
2104 23 Mar 06 nicklas 13
2104 23 Mar 06 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2104 23 Mar 06 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2104 23 Mar 06 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2104 23 Mar 06 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
2104 23 Mar 06 nicklas 18
2104 23 Mar 06 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2104 23 Mar 06 nicklas 21 */
2104 23 Mar 06 nicklas 22 import net.sf.basedb.core.*;
2104 23 Mar 06 nicklas 23
2104 23 Mar 06 nicklas 24 import java.util.Arrays;
2104 23 Mar 06 nicklas 25 import java.util.Date;
5340 10 May 10 nicklas 26 import java.util.Set;
2104 23 Mar 06 nicklas 27
2104 23 Mar 06 nicklas 28 public class TestFormula
2104 23 Mar 06 nicklas 29 {
2104 23 Mar 06 nicklas 30
2104 23 Mar 06 nicklas 31   static boolean ok = true;
2104 23 Mar 06 nicklas 32   public static void main(String[] args)
2104 23 Mar 06 nicklas 33   {
2104 23 Mar 06 nicklas 34     TestUtil.checkArgs(args);
2104 23 Mar 06 nicklas 35     TestUtil.begin();
2104 23 Mar 06 nicklas 36     ok = test_all();
2104 23 Mar 06 nicklas 37     TestUtil.stop();
2104 23 Mar 06 nicklas 38   }
2104 23 Mar 06 nicklas 39
2104 23 Mar 06 nicklas 40   static boolean test_all()
2104 23 Mar 06 nicklas 41   {
2104 23 Mar 06 nicklas 42     write("++Testing formulas");
2104 23 Mar 06 nicklas 43     write_header();
2104 23 Mar 06 nicklas 44     // Standard tests: create, load, list
4232 17 Apr 08 nicklas 45     int id = test_create("add", Formula.Type.COLUMN_EXPRESSION, 
4232 17 Apr 08 nicklas 46       "genepix",  new String[] { "ch(1) + ch(2)" }, true);
4232 17 Apr 08 nicklas 47     int id2 = test_create("raw fg mean", Formula.Type.INTENSITY_EXPRESSION,
4232 17 Apr 08 nicklas 48       "genepix", new String[] { "raw('ch1FgMean')", "raw('ch2FgMean')" }, false);
2104 23 Mar 06 nicklas 49     test_load(id);
2104 23 Mar 06 nicklas 50     test_list(-1);
2104 23 Mar 06 nicklas 51
2104 23 Mar 06 nicklas 52     // Standard test: Delete
2104 23 Mar 06 nicklas 53     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
2104 23 Mar 06 nicklas 54     test_delete(id);
2104 23 Mar 06 nicklas 55     test_delete(id2);
2104 23 Mar 06 nicklas 56     write("++Testing formulas "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
2104 23 Mar 06 nicklas 57     return ok;
2104 23 Mar 06 nicklas 58   }
2104 23 Mar 06 nicklas 59
4232 17 Apr 08 nicklas 60   static int test_create(String name, Formula.Type formulaType, String rawDataType, String[] formulas, boolean setAll)
2104 23 Mar 06 nicklas 61   {
2104 23 Mar 06 nicklas 62     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.FORMULA)) return 0;
2104 23 Mar 06 nicklas 63     int id = 0;
2104 23 Mar 06 nicklas 64     DbControl dc = null;
2104 23 Mar 06 nicklas 65     try
2104 23 Mar 06 nicklas 66     {
2104 23 Mar 06 nicklas 67       dc = TestUtil.getDbControl();
2104 23 Mar 06 nicklas 68       Formula f = Formula.getNew(dc);
2104 23 Mar 06 nicklas 69       if (setAll)
2104 23 Mar 06 nicklas 70       {
2104 23 Mar 06 nicklas 71         f.setName("Test formula");
2104 23 Mar 06 nicklas 72         f.setDescription("Added at "+new Date());
2104 23 Mar 06 nicklas 73         f.setChannels(2);
2104 23 Mar 06 nicklas 74         f.setParser(Formula.Parser.JEP);
5319 20 Apr 10 nicklas 75         Coloring c = f.getColoring();
5319 20 Apr 10 nicklas 76         c.setLogarithmic(true);
5319 20 Apr 10 nicklas 77         c.setMidValue(0f);
5319 20 Apr 10 nicklas 78         c.setMinValue(-10f);
5319 20 Apr 10 nicklas 79         c.setMaxValue(10f);
5319 20 Apr 10 nicklas 80         c.setUsingColors(true);
2104 23 Mar 06 nicklas 81       }
4232 17 Apr 08 nicklas 82       if (name != null) f.setName(name);
2104 23 Mar 06 nicklas 83       f.setFormulaType(formulaType);
2104 23 Mar 06 nicklas 84       f.setRawDataType(RawDataTypes.getRawDataType(rawDataType));
2104 23 Mar 06 nicklas 85       f.setFormulas(Arrays.asList(formulas));
2104 23 Mar 06 nicklas 86       dc.saveItem(f);
2104 23 Mar 06 nicklas 87       dc.commit();
2104 23 Mar 06 nicklas 88       id = f.getId();
2104 23 Mar 06 nicklas 89       write_item(0, f);
2104 23 Mar 06 nicklas 90       write("--Create formula OK");
2104 23 Mar 06 nicklas 91     }
2104 23 Mar 06 nicklas 92     catch (Throwable ex)
2104 23 Mar 06 nicklas 93     {
2104 23 Mar 06 nicklas 94       write("--Create formula FAILED");
2104 23 Mar 06 nicklas 95       ex.printStackTrace();
2104 23 Mar 06 nicklas 96       ok = false;
2104 23 Mar 06 nicklas 97     }
2104 23 Mar 06 nicklas 98     finally
2104 23 Mar 06 nicklas 99     {
2104 23 Mar 06 nicklas 100       if (dc != null) dc.close();
2104 23 Mar 06 nicklas 101     }
2104 23 Mar 06 nicklas 102     return id;
2104 23 Mar 06 nicklas 103   }
2104 23 Mar 06 nicklas 104
2104 23 Mar 06 nicklas 105   static void test_load(int id)
2104 23 Mar 06 nicklas 106   {
2104 23 Mar 06 nicklas 107     if (id == 0) return;
2104 23 Mar 06 nicklas 108     DbControl dc = null;
2104 23 Mar 06 nicklas 109     try
2104 23 Mar 06 nicklas 110     {
2104 23 Mar 06 nicklas 111       dc = TestUtil.getDbControl();
2104 23 Mar 06 nicklas 112       Formula f = Formula.getById(dc, id);
2104 23 Mar 06 nicklas 113       write_item(0, f);
2104 23 Mar 06 nicklas 114       write("--Load formula OK");
2104 23 Mar 06 nicklas 115     }
2104 23 Mar 06 nicklas 116     catch (Throwable ex)
2104 23 Mar 06 nicklas 117     {
2104 23 Mar 06 nicklas 118       write("--Load formula FAILED");
2104 23 Mar 06 nicklas 119       ex.printStackTrace();
2104 23 Mar 06 nicklas 120       ok = false;
2104 23 Mar 06 nicklas 121     }
2104 23 Mar 06 nicklas 122     finally
2104 23 Mar 06 nicklas 123     {
2104 23 Mar 06 nicklas 124       if (dc != null) dc.close();
2104 23 Mar 06 nicklas 125     }
2104 23 Mar 06 nicklas 126   }
2104 23 Mar 06 nicklas 127
2104 23 Mar 06 nicklas 128   static void test_list(int expectedResults)
2104 23 Mar 06 nicklas 129   {
2104 23 Mar 06 nicklas 130     DbControl dc = null;
2104 23 Mar 06 nicklas 131     try
2104 23 Mar 06 nicklas 132     {
2104 23 Mar 06 nicklas 133       dc = TestUtil.getDbControl();
2104 23 Mar 06 nicklas 134       ItemResultList<Formula> l = Formula.getQuery().list(dc);
2104 23 Mar 06 nicklas 135       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
2104 23 Mar 06 nicklas 136       {
2104 23 Mar 06 nicklas 137         write_item(i, l.get(i));
2104 23 Mar 06 nicklas 138       }
2104 23 Mar 06 nicklas 139       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
2104 23 Mar 06 nicklas 140       {
2104 23 Mar 06 nicklas 141         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
2104 23 Mar 06 nicklas 142       }
2104 23 Mar 06 nicklas 143       write("--List formulas OK ("+l.size()+")");
2104 23 Mar 06 nicklas 144     }
2104 23 Mar 06 nicklas 145     catch (Throwable ex)
2104 23 Mar 06 nicklas 146     {
2104 23 Mar 06 nicklas 147       write("--List formulas FAILED");
2104 23 Mar 06 nicklas 148       ex.printStackTrace();
2104 23 Mar 06 nicklas 149       ok = false;
2104 23 Mar 06 nicklas 150     }
2104 23 Mar 06 nicklas 151     finally
2104 23 Mar 06 nicklas 152     {
2104 23 Mar 06 nicklas 153       if (dc != null) dc.close();
2104 23 Mar 06 nicklas 154     }
2104 23 Mar 06 nicklas 155   }
2104 23 Mar 06 nicklas 156
2104 23 Mar 06 nicklas 157   static void test_delete(int id)
2104 23 Mar 06 nicklas 158   {
2104 23 Mar 06 nicklas 159     if (id == 0) return;
2104 23 Mar 06 nicklas 160     DbControl dc = null;
2104 23 Mar 06 nicklas 161     try
2104 23 Mar 06 nicklas 162     {
2104 23 Mar 06 nicklas 163       dc = TestUtil.getDbControl();
2104 23 Mar 06 nicklas 164       Formula f = Formula.getById(dc, id);
2104 23 Mar 06 nicklas 165       dc.deleteItem(f);
5340 10 May 10 nicklas 166       Set<ItemProxy> using = f.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 167       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 168       {
5340 10 May 10 nicklas 169          throw new BaseException(f + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 170       }
2104 23 Mar 06 nicklas 171       dc.commit();
2104 23 Mar 06 nicklas 172       write("--Delete formula OK");
2104 23 Mar 06 nicklas 173     }
2104 23 Mar 06 nicklas 174     catch (Throwable ex)
2104 23 Mar 06 nicklas 175     {
2104 23 Mar 06 nicklas 176       write("--Delete formula FAILED");
2104 23 Mar 06 nicklas 177       ex.printStackTrace();
2104 23 Mar 06 nicklas 178       ok = false;
2104 23 Mar 06 nicklas 179     }
2104 23 Mar 06 nicklas 180     finally
2104 23 Mar 06 nicklas 181     {
2104 23 Mar 06 nicklas 182       if (dc != null) dc.close();
2104 23 Mar 06 nicklas 183     }
2104 23 Mar 06 nicklas 184   }
2104 23 Mar 06 nicklas 185
2104 23 Mar 06 nicklas 186   static void write_header()
2104 23 Mar 06 nicklas 187   {
2104 23 Mar 06 nicklas 188     if (!TestUtil.getSilent())
2104 23 Mar 06 nicklas 189     {
2104 23 Mar 06 nicklas 190       write("   \tID \tName      \tDescription\tType\tParser\tRaw data type\tChannels\tFormulas");
2104 23 Mar 06 nicklas 191       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t----\t------\t-------------\t--------\t--------");
2104 23 Mar 06 nicklas 192     }
2104 23 Mar 06 nicklas 193   }
2104 23 Mar 06 nicklas 194   static void write_item(int i, Formula f)
2104 23 Mar 06 nicklas 195     throws BaseException
2104 23 Mar 06 nicklas 196   {
2104 23 Mar 06 nicklas 197     if (!TestUtil.getSilent()) 
2104 23 Mar 06 nicklas 198     {
2104 23 Mar 06 nicklas 199       System.out.println(i+":\t"+f.getId()+"\t"+f.getName()+"\t"+f.getDescription()+"\t"+
2104 23 Mar 06 nicklas 200         f.getFormulaType()+"\t"+f.getParser()+"\t"+f.getRawDataType()+"\t"+f.getChannels()+"\t"+
2104 23 Mar 06 nicklas 201         f.getFormulas()
2104 23 Mar 06 nicklas 202       );
2104 23 Mar 06 nicklas 203     }
2104 23 Mar 06 nicklas 204   }
2104 23 Mar 06 nicklas 205   static void write(String message)
2104 23 Mar 06 nicklas 206   {
2104 23 Mar 06 nicklas 207     System.out.println(message);
2104 23 Mar 06 nicklas 208   }
2104 23 Mar 06 nicklas 209 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)