src/test/TestGalExporter.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4239 22 Apr 08 nicklas 1 /*
4239 22 Apr 08 nicklas 2  $Id$
4239 22 Apr 08 nicklas 3
4239 22 Apr 08 nicklas 4   Copyright (C) 2008 Nicklas Nordborg
4239 22 Apr 08 nicklas 5  
4239 22 Apr 08 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4239 22 Apr 08 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
4239 22 Apr 08 nicklas 8
4239 22 Apr 08 nicklas 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
4239 22 Apr 08 nicklas 10  modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
4239 22 Apr 08 nicklas 12  of the License, or (at your option) any later version.
4239 22 Apr 08 nicklas 13
4239 22 Apr 08 nicklas 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4239 22 Apr 08 nicklas 15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4239 22 Apr 08 nicklas 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4239 22 Apr 08 nicklas 17  GNU General Public License for more details.
4239 22 Apr 08 nicklas 18
4239 22 Apr 08 nicklas 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4239 22 Apr 08 nicklas 21  */
4239 22 Apr 08 nicklas 22
4239 22 Apr 08 nicklas 23 import java.io.PrintWriter;
4239 22 Apr 08 nicklas 24 import java.util.Arrays;
4239 22 Apr 08 nicklas 25
4239 22 Apr 08 nicklas 26 import org.apache.commons.io.output.NullOutputStream;
4239 22 Apr 08 nicklas 27
4239 22 Apr 08 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.ArrayDesign;
4239 22 Apr 08 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.DbControl;
4239 22 Apr 08 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.Platform;
4239 22 Apr 08 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.ProgressReporter;
4239 22 Apr 08 nicklas 32 import net.sf.basedb.plugins.GalExporter;
4239 22 Apr 08 nicklas 33 import net.sf.basedb.util.ConsoleProgressReporter;
4239 22 Apr 08 nicklas 34
4239 22 Apr 08 nicklas 35 /**
4239 22 Apr 08 nicklas 36   @base.modified $Date$
4239 22 Apr 08 nicklas 37   @author Nicklas
4239 22 Apr 08 nicklas 38   @version 2.7
4239 22 Apr 08 nicklas 39 */
4239 22 Apr 08 nicklas 40 public class TestGalExporter
4239 22 Apr 08 nicklas 41 {
4239 22 Apr 08 nicklas 42   static boolean ok = true;
4239 22 Apr 08 nicklas 43
4239 22 Apr 08 nicklas 44   public static void main(String[] args)
4239 22 Apr 08 nicklas 45   {
4239 22 Apr 08 nicklas 46     TestUtil.checkArgs(args);
4239 22 Apr 08 nicklas 47     TestUtil.begin();
4239 22 Apr 08 nicklas 48     test_all();
4239 22 Apr 08 nicklas 49     TestUtil.stop();
4239 22 Apr 08 nicklas 50   }
4239 22 Apr 08 nicklas 51
4239 22 Apr 08 nicklas 52   static boolean test_all()
4239 22 Apr 08 nicklas 53   {
4239 22 Apr 08 nicklas 54     write("++Testing GAL export");
4239 22 Apr 08 nicklas 55
4239 22 Apr 08 nicklas 56     // Import reporters
4239 22 Apr 08 nicklas 57     TestReporter.test_import_from_file("data/test.rawdata.import.txt", "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", "\\t", 4, 3);
4239 22 Apr 08 nicklas 58     
4239 22 Apr 08 nicklas 59     // Create ArrayDesign needed for print map import
4239 22 Apr 08 nicklas 60     int arrayDesignId = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
4239 22 Apr 08 nicklas 61     int plateGeometryId = TestPlateGeometry.test_create(16, 24, false);
4239 22 Apr 08 nicklas 62     int plateTypeId = TestPlateType.test_create(plateGeometryId, false);
4239 22 Apr 08 nicklas 63     int plate384 = TestPlate.test_create(plateTypeId, true);
4239 22 Apr 08 nicklas 64     int[] plates = new int[4];
4239 22 Apr 08 nicklas 65     Arrays.fill(plates, plate384);
4239 22 Apr 08 nicklas 66     TestArrayDesign.test_add_plates(arrayDesignId, plates);
4239 22 Apr 08 nicklas 67
4239 22 Apr 08 nicklas 68     // Print map import
4239 22 Apr 08 nicklas 69     int fileId = TestFile.test_create("data/test.parse.printmap.tam", false, false);
4239 22 Apr 08 nicklas 70     int printMapPluginDefinitionId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.PrintMapFlatFileImporter");
4239 22 Apr 08 nicklas 71     int jobId = TestPrintMapFlatFileImporter.test_create_job_printmap(printMapPluginDefinitionId, fileId, arrayDesignId);
5319 20 Apr 10 nicklas 72     ok &= TestJob.test_execute(jobId, false);
4239 22 Apr 08 nicklas 73     
4239 22 Apr 08 nicklas 74     // Export as GAL
4239 22 Apr 08 nicklas 75     test_gal_export(arrayDesignId);
4239 22 Apr 08 nicklas 76
4239 22 Apr 08 nicklas 77     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
4239 22 Apr 08 nicklas 78     
4257 29 Apr 08 nicklas 79     TestArrayDesign.test_delete(arrayDesignId);
4239 22 Apr 08 nicklas 80     TestJob.test_delete(jobId);
4239 22 Apr 08 nicklas 81     TestPlate.test_delete(plate384);
4239 22 Apr 08 nicklas 82     TestPlateType.test_delete(plateTypeId);
4239 22 Apr 08 nicklas 83     TestPlateGeometry.test_delete(plateGeometryId);
4239 22 Apr 08 nicklas 84     TestReporter.test_delete();
4239 22 Apr 08 nicklas 85     TestFile.test_delete(fileId);
4239 22 Apr 08 nicklas 86
4239 22 Apr 08 nicklas 87     write("++Testing GAL export "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
4239 22 Apr 08 nicklas 88     return ok;
4239 22 Apr 08 nicklas 89   }
4239 22 Apr 08 nicklas 90   
4239 22 Apr 08 nicklas 91   
4239 22 Apr 08 nicklas 92   private static void test_gal_export(int arrayDesignId)
4239 22 Apr 08 nicklas 93   {
4239 22 Apr 08 nicklas 94     if (arrayDesignId == 0) return;
4239 22 Apr 08 nicklas 95     int id = 0;
4239 22 Apr 08 nicklas 96     DbControl dc = null;
4239 22 Apr 08 nicklas 97     try
4239 22 Apr 08 nicklas 98     {
4239 22 Apr 08 nicklas 99       dc = TestUtil.getDbControl();
4239 22 Apr 08 nicklas 100
4239 22 Apr 08 nicklas 101       ProgressReporter progress = null;
4239 22 Apr 08 nicklas 102       PrintWriter writer = null;
4239 22 Apr 08 nicklas 103       if (!TestUtil.getSilent()) 
4239 22 Apr 08 nicklas 104       {
4239 22 Apr 08 nicklas 105         writer = new PrintWriter(System.out);
4239 22 Apr 08 nicklas 106         progress = new ConsoleProgressReporter();
4239 22 Apr 08 nicklas 107       }
4239 22 Apr 08 nicklas 108       else
4239 22 Apr 08 nicklas 109       {
4239 22 Apr 08 nicklas 110         writer = new PrintWriter(new NullOutputStream());
4239 22 Apr 08 nicklas 111       }
4239 22 Apr 08 nicklas 112       ArrayDesign design = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
4239 22 Apr 08 nicklas 113       GalExporter exporter = new GalExporter();
4348 18 Jun 08 nicklas 114       exporter.exportGal(dc, design, null, writer, progress);
4239 22 Apr 08 nicklas 115       write("--GAL export OK");
4239 22 Apr 08 nicklas 116     }
4239 22 Apr 08 nicklas 117     catch (Throwable ex)
4239 22 Apr 08 nicklas 118     {
4239 22 Apr 08 nicklas 119       write("--GAL export FAILED");
4239 22 Apr 08 nicklas 120       ex.printStackTrace();
4239 22 Apr 08 nicklas 121       ok = false;
4239 22 Apr 08 nicklas 122     }
4239 22 Apr 08 nicklas 123     finally
4239 22 Apr 08 nicklas 124     {
4239 22 Apr 08 nicklas 125       if (dc != null) dc.close();
4239 22 Apr 08 nicklas 126     }
4239 22 Apr 08 nicklas 127   }
4239 22 Apr 08 nicklas 128
4239 22 Apr 08 nicklas 129   static void write(String message)
4239 22 Apr 08 nicklas 130   {
4239 22 Apr 08 nicklas 131     System.out.println(message);
4239 22 Apr 08 nicklas 132   }
4239 22 Apr 08 nicklas 133
4239 22 Apr 08 nicklas 134 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)