src/test/TestGtfInputStream.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5759 26 Sep 11 nicklas 1 /*
5759 26 Sep 11 nicklas 2   $Id$
5759 26 Sep 11 nicklas 3
5759 26 Sep 11 nicklas 4   BioArray Software Environment (BASE) - http://base.thep.lu.se/
5759 26 Sep 11 nicklas 5   Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5759 26 Sep 11 nicklas 6
5759 26 Sep 11 nicklas 7   This file is part of BASE.
5759 26 Sep 11 nicklas 8
5759 26 Sep 11 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5759 26 Sep 11 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
5759 26 Sep 11 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5759 26 Sep 11 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
5759 26 Sep 11 nicklas 13
5759 26 Sep 11 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5759 26 Sep 11 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5759 26 Sep 11 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5759 26 Sep 11 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
5759 26 Sep 11 nicklas 18
5759 26 Sep 11 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
5759 26 Sep 11 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5759 26 Sep 11 nicklas 21 */
5759 26 Sep 11 nicklas 22 import java.io.InputStream;
5759 26 Sep 11 nicklas 23 import java.util.regex.Pattern;
5759 26 Sep 11 nicklas 24
5759 26 Sep 11 nicklas 25 import net.sf.basedb.util.FileUtil;
5759 26 Sep 11 nicklas 26 import net.sf.basedb.util.gtf.GtfInputStream;
5759 26 Sep 11 nicklas 27 import net.sf.basedb.util.parser.FlatFileParser;
5759 26 Sep 11 nicklas 28
5759 26 Sep 11 nicklas 29 public class TestGtfInputStream
5759 26 Sep 11 nicklas 30 {
5759 26 Sep 11 nicklas 31
5759 26 Sep 11 nicklas 32   static boolean ok = true;
5759 26 Sep 11 nicklas 33   public static void main(String[] args)
5759 26 Sep 11 nicklas 34   {
5759 26 Sep 11 nicklas 35     TestUtil.checkArgs(args);
5759 26 Sep 11 nicklas 36     TestUtil.begin();
5759 26 Sep 11 nicklas 37     ok = test_all();
5759 26 Sep 11 nicklas 38     TestUtil.stop();
5759 26 Sep 11 nicklas 39   }
5759 26 Sep 11 nicklas 40
5759 26 Sep 11 nicklas 41   static boolean test_all()
5759 26 Sep 11 nicklas 42   {
5759 26 Sep 11 nicklas 43     write("++Testing GTFInputStream");
5759 26 Sep 11 nicklas 44     
5759 26 Sep 11 nicklas 45     test_parse("data/test.gtf", 
5770 29 Sep 11 nicklas 46       "\\<transcript_id>\\@\\<seqname>\\", "\\<source>\\", "\\<gene_id>\\", "\\<gene_name2>\\");
5759 26 Sep 11 nicklas 47
5759 26 Sep 11 nicklas 48     write("++Testing GTFInputStream "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
5759 26 Sep 11 nicklas 49     return ok;
5759 26 Sep 11 nicklas 50   }
5759 26 Sep 11 nicklas 51
5759 26 Sep 11 nicklas 52   static void write(String message)
5759 26 Sep 11 nicklas 53   {
5759 26 Sep 11 nicklas 54     System.out.println(message);
5759 26 Sep 11 nicklas 55   }
5759 26 Sep 11 nicklas 56   
5759 26 Sep 11 nicklas 57   static void test_parse(String file, String... mappings)
5759 26 Sep 11 nicklas 58   {
5759 26 Sep 11 nicklas 59     try
5759 26 Sep 11 nicklas 60     {
5759 26 Sep 11 nicklas 61       FlatFileParser ffp = new FlatFileParser();
5759 26 Sep 11 nicklas 62       ffp.setDataHeaderRegexp(Pattern.compile("\\<seqname\\>.*"));
5759 26 Sep 11 nicklas 63       ffp.setDataSplitterRegexp(Pattern.compile("\\t"));
6459 27 May 14 nicklas 64       ffp.setIgnoreRegexp(Pattern.compile("^#.*"));
5759 26 Sep 11 nicklas 65       ffp.setMinDataColumns(4);
5759 26 Sep 11 nicklas 66       ffp.setMaxDataColumns(-1);
5759 26 Sep 11 nicklas 67       
5759 26 Sep 11 nicklas 68       InputStream gtf = new GtfInputStream(FileUtil.getInputStream(new java.io.File(file)), "ISO-8859-1", true);
5759 26 Sep 11 nicklas 69       TestFlatFileParser.test_parse(ffp, file, gtf, mappings);
5759 26 Sep 11 nicklas 70       if (!TestFlatFileParser.ok)
5759 26 Sep 11 nicklas 71       {
5759 26 Sep 11 nicklas 72         ok = false;
5759 26 Sep 11 nicklas 73       }
5759 26 Sep 11 nicklas 74     }
5759 26 Sep 11 nicklas 75     catch (Throwable ex)
5759 26 Sep 11 nicklas 76     {
5759 26 Sep 11 nicklas 77       write("--Parse FAILED (" + file + ")");
5759 26 Sep 11 nicklas 78       ex.printStackTrace();
5759 26 Sep 11 nicklas 79       ok = false;
5759 26 Sep 11 nicklas 80     }
5759 26 Sep 11 nicklas 81   }
5759 26 Sep 11 nicklas 82
5759 26 Sep 11 nicklas 83 }
5759 26 Sep 11 nicklas 84

Generated on Sat Oct  7 02:41:44 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)