src/test/TestIntensityCalculatorPlugin.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5228 03 Feb 10 nicklas 1 /*
5228 03 Feb 10 nicklas 2   $Id$
5228 03 Feb 10 nicklas 3
5228 03 Feb 10 nicklas 4   Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
5228 03 Feb 10 nicklas 5
5228 03 Feb 10 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5228 03 Feb 10 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
5228 03 Feb 10 nicklas 8
5228 03 Feb 10 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
5228 03 Feb 10 nicklas 10   under the terms of the GNU General Public License as published by
5228 03 Feb 10 nicklas 11   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
5228 03 Feb 10 nicklas 12   (at your option) any later version.
5228 03 Feb 10 nicklas 13
5228 03 Feb 10 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
5228 03 Feb 10 nicklas 15   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5228 03 Feb 10 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
5228 03 Feb 10 nicklas 17   General Public License for more details.
5228 03 Feb 10 nicklas 18
5228 03 Feb 10 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
5228 03 Feb 10 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5228 03 Feb 10 nicklas 21 */
5228 03 Feb 10 nicklas 22
5228 03 Feb 10 nicklas 23 import java.util.List;
5228 03 Feb 10 nicklas 24
5228 03 Feb 10 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.BaseException;
5228 03 Feb 10 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5228 03 Feb 10 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.Experiment;
5228 03 Feb 10 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.Formula;
5228 03 Feb 10 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.Item;
5228 03 Feb 10 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.Job;
5228 03 Feb 10 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.PluginConfigurationRequest;
5228 03 Feb 10 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
5228 03 Feb 10 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
5228 03 Feb 10 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
5228 03 Feb 10 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
5228 03 Feb 10 nicklas 36 import net.sf.basedb.plugins.IntensityCalculatorPlugin;
5228 03 Feb 10 nicklas 37
5228 03 Feb 10 nicklas 38 public class TestIntensityCalculatorPlugin
5228 03 Feb 10 nicklas 39 {
5228 03 Feb 10 nicklas 40   static boolean ok = true;
5228 03 Feb 10 nicklas 41   public static void main(String[] args)
5228 03 Feb 10 nicklas 42   {
5228 03 Feb 10 nicklas 43     TestUtil.checkArgs(args);
5228 03 Feb 10 nicklas 44     TestUtil.begin();
5228 03 Feb 10 nicklas 45     ok = test_all();
5228 03 Feb 10 nicklas 46     TestUtil.stop();
5228 03 Feb 10 nicklas 47   }
5228 03 Feb 10 nicklas 48
5228 03 Feb 10 nicklas 49   static boolean test_all()
5228 03 Feb 10 nicklas 50   {
5228 03 Feb 10 nicklas 51     boolean wasSetup = TestAnalyzeUtil.setupExperiment();
5228 03 Feb 10 nicklas 52     write("++Testing intensity calculator plug-in");
5228 03 Feb 10 nicklas 53     try
5228 03 Feb 10 nicklas 54     {
5228 03 Feb 10 nicklas 55       int experimentId = TestAnalyzeUtil.getItemId("experiment.genepix");
5228 03 Feb 10 nicklas 56       int formulaId = TestAnalyzeUtil.getItemId("formula.intensity.genepix.mean");
5228 03 Feb 10 nicklas 57       if (experimentId == 0 || formulaId == 0)
5228 03 Feb 10 nicklas 58       {
5228 03 Feb 10 nicklas 59         ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 60         write("Test experiment was not setup correctly.");
5228 03 Feb 10 nicklas 61         return ok;
5228 03 Feb 10 nicklas 62       }
5228 03 Feb 10 nicklas 63   
5228 03 Feb 10 nicklas 64       int jobId = test_create_job(experimentId, formulaId, "Intensity calculator plugin");
5319 20 Apr 10 nicklas 65       ok &= TestJob.test_execute(jobId, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 66       int rootBasId = TestAnalyzeUtil.getBioAssaySetIdByName(experimentId, "Intensity calculator plugin");
5228 03 Feb 10 nicklas 67       TestAnalyzeUtil.setItemId("bioassayset.root.intensity-calculator-plugin", rootBasId);
5228 03 Feb 10 nicklas 68     }
5228 03 Feb 10 nicklas 69     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 70     {
5228 03 Feb 10 nicklas 71       if (wasSetup) TestAnalyzeUtil.cleanupExperiment();
5228 03 Feb 10 nicklas 72       write("++Testing intensity calculator plug-in "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
5228 03 Feb 10 nicklas 73     }
5228 03 Feb 10 nicklas 74     return ok;
5228 03 Feb 10 nicklas 75   }
5228 03 Feb 10 nicklas 76   
5228 03 Feb 10 nicklas 77   static int test_create_job(int experimentId, int formulaId, String rootName)
5228 03 Feb 10 nicklas 78   {
5228 03 Feb 10 nicklas 79     if (experimentId == 0 || formulaId == 0) return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 80     DbControl dc = null;
5228 03 Feb 10 nicklas 81     int id = 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 82     try
5228 03 Feb 10 nicklas 83     {
5228 03 Feb 10 nicklas 84       dc = TestUtil.getDbControl();
5228 03 Feb 10 nicklas 85       PluginDefinition plugin = PluginDefinition.getByClassName(dc, IntensityCalculatorPlugin.class.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 86       Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
5228 03 Feb 10 nicklas 87       Formula formula = Formula.getById(dc, formulaId);
5228 03 Feb 10 nicklas 88       List<RawBioAssay> rawBioAssays = experiment.getRawBioAssays().list(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 89       dc.getSessionControl().getCurrentContext(Item.EXPERIMENT).setId(experimentId);
5228 03 Feb 10 nicklas 90       Job job = Job.getNew(dc, plugin, null, experiment);
5228 03 Feb 10 nicklas 91       job.setName("Calculating root intensities using ");
5228 03 Feb 10 nicklas 92       
5228 03 Feb 10 nicklas 93       PluginConfigurationRequest request = job.configure(null);
5228 03 Feb 10 nicklas 94       request.setParameterValue("experiment", experiment);
5228 03 Feb 10 nicklas 95       request.setParameterValue("name", rootName);
5228 03 Feb 10 nicklas 96       request.setParameterValue("formula", formula);
5228 03 Feb 10 nicklas 97       request.setParameterValues("rawBioAssays", rawBioAssays);
5228 03 Feb 10 nicklas 98
5228 03 Feb 10 nicklas 99       TestJob.write_request_information(request.getRequestInformation());
5228 03 Feb 10 nicklas 100       
5228 03 Feb 10 nicklas 101       PluginResponse response = request.invoke();
5228 03 Feb 10 nicklas 102       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
5228 03 Feb 10 nicklas 103       {
5228 03 Feb 10 nicklas 104         response.saveParameters(dc);
5228 03 Feb 10 nicklas 105         dc.saveItem(job);
5228 03 Feb 10 nicklas 106         dc.commit();
5228 03 Feb 10 nicklas 107       }
5228 03 Feb 10 nicklas 108       else
5228 03 Feb 10 nicklas 109       {
5228 03 Feb 10 nicklas 110         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
5228 03 Feb 10 nicklas 111       }
5228 03 Feb 10 nicklas 112       id = job.getId();
5228 03 Feb 10 nicklas 113       
5228 03 Feb 10 nicklas 114       
5228 03 Feb 10 nicklas 115       write("--Create job for root intensity calculation OK");
5228 03 Feb 10 nicklas 116
5228 03 Feb 10 nicklas 117     }
5228 03 Feb 10 nicklas 118     catch (Throwable ex)
5228 03 Feb 10 nicklas 119     {
5228 03 Feb 10 nicklas 120       write("--Create job for root intensity calculation FAILED");
5228 03 Feb 10 nicklas 121       ex.printStackTrace();
5228 03 Feb 10 nicklas 122       ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 123     }
5228 03 Feb 10 nicklas 124     finally
5228 03 Feb 10 nicklas 125     {
5228 03 Feb 10 nicklas 126       if (dc != null) dc.close();
5228 03 Feb 10 nicklas 127     }
5228 03 Feb 10 nicklas 128     return id;
5228 03 Feb 10 nicklas 129   }
5228 03 Feb 10 nicklas 130
5228 03 Feb 10 nicklas 131
5228 03 Feb 10 nicklas 132   static void write(String message)
5228 03 Feb 10 nicklas 133   {
5228 03 Feb 10 nicklas 134     System.out.println(message);
5228 03 Feb 10 nicklas 135   }
5228 03 Feb 10 nicklas 136 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)