src/test/TestItemImporter.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4366 02 Jul 08 nicklas 1 /*
4366 02 Jul 08 nicklas 2   $Id$
4366 02 Jul 08 nicklas 3
4366 02 Jul 08 nicklas 4   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
4366 02 Jul 08 nicklas 5
4366 02 Jul 08 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4366 02 Jul 08 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
4366 02 Jul 08 nicklas 8
4366 02 Jul 08 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4366 02 Jul 08 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4366 02 Jul 08 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
4366 02 Jul 08 nicklas 13
4366 02 Jul 08 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4366 02 Jul 08 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4366 02 Jul 08 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4366 02 Jul 08 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
4366 02 Jul 08 nicklas 18
4366 02 Jul 08 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4366 02 Jul 08 nicklas 21 */
4366 02 Jul 08 nicklas 22
5934 25 Jan 12 nicklas 23 import java.util.Collections;
5934 25 Jan 12 nicklas 24
4366 02 Jul 08 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.BaseException;
4366 02 Jul 08 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5696 12 Aug 11 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
6520 18 Aug 14 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.Directory;
5688 10 Aug 11 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.Extract;
4366 02 Jul 08 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.File;
5630 13 May 11 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.Hardware;
4366 02 Jul 08 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.Item;
5934 25 Jan 12 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.ItemSubtype;
4366 02 Jul 08 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.Job;
4366 02 Jul 08 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.ParameterType;
6520 18 Aug 14 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.Path;
4426 29 Aug 08 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.Platform;
4366 02 Jul 08 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.PluginConfigurationRequest;
4366 02 Jul 08 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
4366 02 Jul 08 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.PluginParameter;
4366 02 Jul 08 nicklas 41 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
5630 13 May 11 nicklas 42 import net.sf.basedb.core.Protocol;
4366 02 Jul 08 nicklas 43 import net.sf.basedb.core.RequestInformation;
5630 13 May 11 nicklas 44 import net.sf.basedb.core.Software;
4366 02 Jul 08 nicklas 45 import net.sf.basedb.core.SystemItems;
4366 02 Jul 08 nicklas 46 import net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext;
4366 02 Jul 08 nicklas 47 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
4366 02 Jul 08 nicklas 48
4366 02 Jul 08 nicklas 49
4366 02 Jul 08 nicklas 50 public class TestItemImporter
4366 02 Jul 08 nicklas 51 {
4366 02 Jul 08 nicklas 52   static boolean ok = true;
4366 02 Jul 08 nicklas 53
4366 02 Jul 08 nicklas 54   public static void main(String[] args)
4366 02 Jul 08 nicklas 55   {
4366 02 Jul 08 nicklas 56     TestUtil.checkArgs(args);
4366 02 Jul 08 nicklas 57     TestUtil.begin();
4366 02 Jul 08 nicklas 58     test_all();
4366 02 Jul 08 nicklas 59     TestUtil.stop();
4366 02 Jul 08 nicklas 60   }
4366 02 Jul 08 nicklas 61
4366 02 Jul 08 nicklas 62   static boolean test_all()
4366 02 Jul 08 nicklas 63   {
4366 02 Jul 08 nicklas 64     write("++Testing item import using plugin");
4366 02 Jul 08 nicklas 65     
5899 06 Dec 11 nicklas 66     // Project
5899 06 Dec 11 nicklas 67     int projectId = TestProject.test_create("Default project", false);
5899 06 Dec 11 nicklas 68     TestProject.test_activate_project(projectId, null);
5899 06 Dec 11 nicklas 69     
4366 02 Jul 08 nicklas 70     // Create referenced items
7099 07 Mar 16 nicklas 71     int annotationTypeCategoryId = TestAnnotationTypeCategory.test_create("Batch import", false);
7101 08 Mar 16 nicklas 72     int annotationTypeCategoryId2 = TestAnnotationTypeCategory.test_create("Batch2", false);
5630 13 May 11 nicklas 73     int samplingProtocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.SAMPLING), "Sampling", false);
5899 06 Dec 11 nicklas 74     int defaultSamplingProtocolId =  TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.SAMPLING), "Sampling.def", false);
5630 13 May 11 nicklas 75     int extractionProtocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.EXTRACTION), "Extraction", false);
5630 13 May 11 nicklas 76     int labelingProtocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.LABELING), "Labeling", false);
5630 13 May 11 nicklas 77     int poolingProtocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.POOLING), "Pooling", false);
5630 13 May 11 nicklas 78     int hybProtocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.HYBRIDIZATION), "Hybridization", false);
5630 13 May 11 nicklas 79     int hybStationId = TestHardware.test_create(SystemItems.getId(Hardware.HYBRIDIZATION_STATION), "Hybstation", false);
5630 13 May 11 nicklas 80     int scanProtocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.SCANNING), "Scanning", false);
5630 13 May 11 nicklas 81     int scannerId = TestHardware.test_create(SystemItems.getId(Hardware.SCANNER), "Scanner", false);
5630 13 May 11 nicklas 82     int featureProtocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.FEATURE_EXTRACTION), "Feature", false);
5630 13 May 11 nicklas 83     int featureSoftwareId = TestSoftware.test_create(SystemItems.getId(Software.FEATURE_EXTRACTION), "Feature", false);
4426 29 Aug 08 nicklas 84     int genericId = TestPlatform.test_get(Platform.GENERIC);
4434 02 Sep 08 nicklas 85     int variantId = TestPlatform.test_create_variant(genericId, "Variant", "test.variant", null, 0, null);
5630 13 May 11 nicklas 86     int robotId = TestHardware.test_create(SystemItems.getId(Hardware.PRINT_ROBOT), "Robot", false);
5630 13 May 11 nicklas 87     int printProtocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.PRINTING), "Printing", false);
5630 13 May 11 nicklas 88     int freezerId = TestHardware.test_create(SystemItems.getId(Hardware.FREEZER), "Freezer", false);
5696 12 Aug 11 nicklas 89     int childScanId = TestItemSubtype.test_create(Item.DERIVEDBIOASSAY, "ChildScan", SystemItems.getId(DerivedBioAssay.SCAN));
5934 25 Jan 12 nicklas 90     int allSamplesSubtypeId = TestItemSubtype.test_create(Item.SAMPLE, "All samples");
6520 18 Aug 14 nicklas 91
5899 06 Dec 11 nicklas 92     TestProject.test_defaultItem(projectId, Item.PROTOCOL, defaultSamplingProtocolId);
5899 06 Dec 11 nicklas 93     TestProject.test_defaultItem(projectId, Item.PROTOCOL, hybProtocolId);
5899 06 Dec 11 nicklas 94     TestProject.test_defaultItem(projectId, Item.HARDWARE, hybStationId);
5899 06 Dec 11 nicklas 95     
6520 18 Aug 14 nicklas 96     // Import files
6520 18 Aug 14 nicklas 97     int rootDirectoryId = TestDirectory.test_create(true, "file-import");
6520 18 Aug 14 nicklas 98     int filesFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.files.txt", false, false);
6520 18 Aug 14 nicklas 99     int fileImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.FileImporter");
6520 18 Aug 14 nicklas 100     int fileJobId = test_create_item_import_job(Item.FILE, fileImporterId, filesFileId, 0);
6520 18 Aug 14 nicklas 101     ok = ok & TestJob.test_execute(fileJobId, false);
6520 18 Aug 14 nicklas 102     ok = ok & TestDirectory.test_list("/file-import", 2); // 'raw' and 'ext'
6520 18 Aug 14 nicklas 103     ok = ok & TestFile.test_list("/file-import", 1);  // 'reporters.txt'
6520 18 Aug 14 nicklas 104     ok = ok & TestFile.test_list("/file-import/raw", 2);  // 'file1.txt' and 'file2.txt'
8083 20 Oct 22 nicklas 105     ok = ok & TestFile.test_list("/file-import/ext", 1);  // 'robots.txt'
6520 18 Aug 14 nicklas 106     
7099 07 Mar 16 nicklas 107     // Import annotation types
7099 07 Mar 16 nicklas 108     int annotationTypeFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.annotationtypes.txt", false, false);
7099 07 Mar 16 nicklas 109     int annotationTypeImporterId = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.AnnotationTypeImporter");
7099 07 Mar 16 nicklas 110     int annotationTypeJobId = test_create_item_import_job(Item.ANNOTATIONTYPE, annotationTypeImporterId, annotationTypeFileId, 0);
7099 07 Mar 16 nicklas 111     ok = ok & TestJob.test_execute(annotationTypeJobId, false);
7099 07 Mar 16 nicklas 112     ok = ok & TestAnnotationType.test_list("Batch import", 10);
7099 07 Mar 16 nicklas 113         
6998 04 Nov 15 nicklas 114     // Import kits
6998 04 Nov 15 nicklas 115     int kitFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.kits.txt", false, false);
6998 04 Nov 15 nicklas 116     int kitImporterId = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.KitImporter");
6998 04 Nov 15 nicklas 117     int kitJobId = test_create_item_import_job(Item.KIT, kitImporterId, kitFileId, 0);
6998 04 Nov 15 nicklas 118     ok = ok & TestJob.test_execute(kitJobId, false);
6998 04 Nov 15 nicklas 119     ok = ok & TestKit.test_list(4);
6998 04 Nov 15 nicklas 120     
5445 13 Oct 10 nicklas 121     // Import bioplates
5445 13 Oct 10 nicklas 122     int bioPlateFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.bioplates.txt", false, false);
5445 13 Oct 10 nicklas 123     int bioPlateImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.BioPlateImporter");
5934 25 Jan 12 nicklas 124     int bioPlateJobId = test_create_item_import_job(Item.BIOPLATE, bioPlateImporterId, bioPlateFileId, 0);
5696 12 Aug 11 nicklas 125     ok = ok & TestJob.test_execute(bioPlateJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 126     ok = ok & TestBioPlate.test_list(2);
5445 13 Oct 10 nicklas 127     
4366 02 Jul 08 nicklas 128     // Import biosources
4366 02 Jul 08 nicklas 129     int bioSourceFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.biosources.txt", false, false);
4366 02 Jul 08 nicklas 130     int bioSourceImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.BioSourceImporter");
5934 25 Jan 12 nicklas 131     int bioSourceJobId = test_create_item_import_job(Item.BIOSOURCE, bioSourceImporterId, bioSourceFileId, 0);
5696 12 Aug 11 nicklas 132     ok = ok & TestJob.test_execute(bioSourceJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 133     ok = ok & TestBioSource.test_list(3);
4366 02 Jul 08 nicklas 134     
4366 02 Jul 08 nicklas 135     // Import samples
4366 02 Jul 08 nicklas 136     int sampleFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.samples.txt", false, false);
4366 02 Jul 08 nicklas 137     int sampleImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.SampleImporter");
5934 25 Jan 12 nicklas 138     int sampleJobId = test_create_item_import_job(Item.SAMPLE, sampleImporterId, sampleFileId, allSamplesSubtypeId);
5696 12 Aug 11 nicklas 139     ok = ok & TestJob.test_execute(sampleJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 140     ok = ok & TestSample.test_list(4);
4372 04 Jul 08 nicklas 141
4372 04 Jul 08 nicklas 142     // Import extracts
4372 04 Jul 08 nicklas 143     int extractFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.extracts.txt", false, false);
4372 04 Jul 08 nicklas 144     int extractImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.ExtractImporter");
5934 25 Jan 12 nicklas 145     int extractJobId = test_create_item_import_job(Item.EXTRACT, extractImporterId, extractFileId, 0);
5696 12 Aug 11 nicklas 146     ok = ok & TestJob.test_execute(extractJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 147     ok = ok & TestExtract.test_list(0, 4);
4372 04 Jul 08 nicklas 148
4372 04 Jul 08 nicklas 149     // Import labeled extracts
4372 04 Jul 08 nicklas 150     int labledExtractFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.labeledextracts.txt", false, false);
5648 30 May 11 nicklas 151     int labledExtractImporterId  = extractImporterId;
5934 25 Jan 12 nicklas 152     int labledExtractJobId = test_create_item_import_job(Item.EXTRACT, labledExtractImporterId, labledExtractFileId, 0);
5696 12 Aug 11 nicklas 153     ok = ok & TestJob.test_execute(labledExtractJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 154     ok = ok & TestExtract.test_list(SystemItems.getId(Extract.LABELED), 7);
4366 02 Jul 08 nicklas 155     
4434 02 Sep 08 nicklas 156     // Import array designs
4434 02 Sep 08 nicklas 157     int cdfId = TestFile.test_create("data/test.affymetrix.cdf", false, false);
4434 02 Sep 08 nicklas 158     TestFile.test_rename(cdfId, "test.cdf");
4434 02 Sep 08 nicklas 159     int mapId = TestFile.test_create("data/test.reportermap.import.txt", false, false);
4434 02 Sep 08 nicklas 160     TestFile.test_rename(mapId, "test.map");
4434 02 Sep 08 nicklas 161     int designFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.arraydesigns.txt", false, false);
4434 02 Sep 08 nicklas 162     int designImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.ArrayDesignImporter");
5934 25 Jan 12 nicklas 163     int designJobId = test_create_item_import_job(Item.ARRAYDESIGN, designImporterId, designFileId, 0);
5696 12 Aug 11 nicklas 164     ok = ok & TestJob.test_execute(designJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 165     ok = ok & TestArrayDesign.test_list(3);
4434 02 Sep 08 nicklas 166     
4434 02 Sep 08 nicklas 167     // Import array batches
4434 02 Sep 08 nicklas 168     int arrayBatchFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.arraybatches.txt", false, false);
4434 02 Sep 08 nicklas 169     int arrayBatchImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.ArrayBatchImporter");
5934 25 Jan 12 nicklas 170     int arrayBatchJobId = test_create_item_import_job(Item.ARRAYBATCH, arrayBatchImporterId, arrayBatchFileId, 0);
5696 12 Aug 11 nicklas 171     ok = ok & TestJob.test_execute(arrayBatchJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 172     ok = ok & TestArrayBatch.test_list(3);
4434 02 Sep 08 nicklas 173
4434 02 Sep 08 nicklas 174     // Import array slides
4434 02 Sep 08 nicklas 175     int arraySlideFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.arrayslides.txt", false, false);
4434 02 Sep 08 nicklas 176     int arraySlideImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.ArraySlideImporter");
5934 25 Jan 12 nicklas 177     int arraySlideJobId = test_create_item_import_job(Item.ARRAYSLIDE, arraySlideImporterId, arraySlideFileId, 0);
5696 12 Aug 11 nicklas 178     ok = ok & TestJob.test_execute(arraySlideJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 179     ok = ok & TestArraySlide.test_list(5);
4434 02 Sep 08 nicklas 180     
4426 29 Aug 08 nicklas 181     // Import hybridizations
4426 29 Aug 08 nicklas 182     int hybFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.hybridizations.txt", false, false);
5649 30 May 11 nicklas 183     int hybImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.PhysicalBioAssayImporter");
5934 25 Jan 12 nicklas 184     int hybJobId = test_create_item_import_job(Item.PHYSICALBIOASSAY, hybImporterId, hybFileId, 0);
5696 12 Aug 11 nicklas 185     ok = ok & TestJob.test_execute(hybJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 186     ok = ok & TestPhysicalBioAssay.test_list(3);
5667 23 Jun 11 nicklas 187
4426 29 Aug 08 nicklas 188     // Import scans
5696 12 Aug 11 nicklas 189     int samId = TestFile.test_create("data/test.assembly.sam", false, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 190     TestFile.test_rename(samId, "test.sam");
4426 29 Aug 08 nicklas 191     int scanFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.scans.txt", false, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 192     int scanImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.DerivedBioAssayImporter");
5934 25 Jan 12 nicklas 193     int scanJobId = test_create_item_import_job(Item.DERIVEDBIOASSAY, scanImporterId, scanFileId, 0);
5696 12 Aug 11 nicklas 194     ok = ok & TestJob.test_execute(scanJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 195     ok = ok & TestDerivedBioAssay.test_list(0, 4);
4426 29 Aug 08 nicklas 196   
4426 29 Aug 08 nicklas 197     // Import raw bioassays
4426 29 Aug 08 nicklas 198     int celId = TestFile.test_create("data/test.affymetrix.cel", false, false);
4426 29 Aug 08 nicklas 199     TestFile.test_rename(celId, "test.cel");
4426 29 Aug 08 nicklas 200     int gprId = TestFile.test_create("data/test.rawdata.import.txt", false, false);
4426 29 Aug 08 nicklas 201     TestFile.test_rename(gprId, "test.gpr");
4426 29 Aug 08 nicklas 202     int rbaFileId = TestFile.test_create("data/test.batchimport.rawbioassays.txt", false, false);
4426 29 Aug 08 nicklas 203     int rbaImporterId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.batchimport.RawBioAssayImporter");
5934 25 Jan 12 nicklas 204     int rbaJobId = test_create_item_import_job(Item.RAWBIOASSAY, rbaImporterId, rbaFileId, 0);
5696 12 Aug 11 nicklas 205     ok = ok & TestJob.test_execute(rbaJobId, false);
5696 12 Aug 11 nicklas 206     ok = ok & TestRawBioAssay.test_list(4);
4426 29 Aug 08 nicklas 207     
4366 02 Jul 08 nicklas 208     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
4366 02 Jul 08 nicklas 209
4426 29 Aug 08 nicklas 210     // Delete raw bioassays
4426 29 Aug 08 nicklas 211     TestRawBioAssay.test_delete_all();
4426 29 Aug 08 nicklas 212     TestJob.test_delete(rbaJobId);
4426 29 Aug 08 nicklas 213     TestFile.test_delete(rbaFileId);
4426 29 Aug 08 nicklas 214     TestFile.test_delete(celId);
4426 29 Aug 08 nicklas 215     TestFile.test_delete(gprId);
4426 29 Aug 08 nicklas 216     
4426 29 Aug 08 nicklas 217     // Delete scans
5688 10 Aug 11 nicklas 218     TestDerivedBioAssay.test_delete_all();
4426 29 Aug 08 nicklas 219     TestJob.test_delete(scanJobId);
4426 29 Aug 08 nicklas 220     TestFile.test_delete(scanFileId);
5696 12 Aug 11 nicklas 221     TestFile.test_delete(samId);
4426 29 Aug 08 nicklas 222
4426 29 Aug 08 nicklas 223     // Delete hybridizations
5642 26 May 11 nicklas 224     TestPhysicalBioAssay.test_delete_all();
4426 29 Aug 08 nicklas 225     TestJob.test_delete(hybJobId);
4426 29 Aug 08 nicklas 226     TestFile.test_delete(hybFileId);
4434 02 Sep 08 nicklas 227
4434 02 Sep 08 nicklas 228     // Delete array slides
4434 02 Sep 08 nicklas 229     TestArraySlide.test_delete_all();
4434 02 Sep 08 nicklas 230     TestJob.test_delete(arraySlideJobId);
4434 02 Sep 08 nicklas 231     TestFile.test_delete(arraySlideFileId);
4426 29 Aug 08 nicklas 232     
4434 02 Sep 08 nicklas 233     // Delete array batches
4434 02 Sep 08 nicklas 234     TestArrayBatch.test_delete_all();
4434 02 Sep 08 nicklas 235     TestJob.test_delete(arrayBatchJobId);
4434 02 Sep 08 nicklas 236     TestFile.test_delete(arrayBatchFileId);
4434 02 Sep 08 nicklas 237     
4434 02 Sep 08 nicklas 238     // Delete array designs
4434 02 Sep 08 nicklas 239     TestArrayDesign.test_delete_all();
4434 02 Sep 08 nicklas 240     TestJob.test_delete(designJobId);
4434 02 Sep 08 nicklas 241     TestFile.test_delete(designFileId);
4434 02 Sep 08 nicklas 242     TestFile.test_delete(cdfId);
4434 02 Sep 08 nicklas 243     TestFile.test_delete(mapId);
4434 02 Sep 08 nicklas 244     
4372 04 Jul 08 nicklas 245     // Delete labeled extracts
5641 25 May 11 nicklas 246     TestExtract.test_delete_all();
4372 04 Jul 08 nicklas 247     TestJob.test_delete(labledExtractJobId);
4372 04 Jul 08 nicklas 248     TestFile.test_delete(labledExtractFileId);
4372 04 Jul 08 nicklas 249
4372 04 Jul 08 nicklas 250     // Delete extracts
4372 04 Jul 08 nicklas 251     TestExtract.test_delete_all();
4372 04 Jul 08 nicklas 252     TestJob.test_delete(extractJobId);
4372 04 Jul 08 nicklas 253     TestFile.test_delete(extractFileId);
5667 23 Jun 11 nicklas 254
4366 02 Jul 08 nicklas 255     // Delete samples
4366 02 Jul 08 nicklas 256     TestSample.test_delete_all();
4366 02 Jul 08 nicklas 257     TestJob.test_delete(sampleJobId);
4366 02 Jul 08 nicklas 258     TestFile.test_delete(sampleFileId);
4366 02 Jul 08 nicklas 259
4366 02 Jul 08 nicklas 260     // Delete biosources
4366 02 Jul 08 nicklas 261     TestBioSource.test_delete_all();
4366 02 Jul 08 nicklas 262     TestJob.test_delete(bioSourceJobId);
4366 02 Jul 08 nicklas 263     TestFile.test_delete(bioSourceFileId);
4366 02 Jul 08 nicklas 264
5445 13 Oct 10 nicklas 265     // Delete bioplates
5445 13 Oct 10 nicklas 266     TestBioPlate.test_delete_all();
5445 13 Oct 10 nicklas 267     TestJob.test_delete(bioPlateJobId);
5445 13 Oct 10 nicklas 268     TestFile.test_delete(bioPlateFileId);
5445 13 Oct 10 nicklas 269     
6998 04 Nov 15 nicklas 270     // Delete kits
6998 04 Nov 15 nicklas 271     TestKit.test_delete_all();
6998 04 Nov 15 nicklas 272     TestJob.test_delete(kitJobId);
6998 04 Nov 15 nicklas 273     TestFile.test_delete(kitFileId);
6998 04 Nov 15 nicklas 274     
7099 07 Mar 16 nicklas 275     // Delete annotation types
7099 07 Mar 16 nicklas 276     TestAnnotationType.test_delete_all("Batch import");
7099 07 Mar 16 nicklas 277     TestJob.test_delete(annotationTypeJobId);
7099 07 Mar 16 nicklas 278     TestFile.test_delete(annotationTypeFileId);
7099 07 Mar 16 nicklas 279     
6520 18 Aug 14 nicklas 280     // Delete files
6520 18 Aug 14 nicklas 281     TestDirectory.test_delete(rootDirectoryId, true);
6520 18 Aug 14 nicklas 282     TestJob.test_delete(fileJobId);
6520 18 Aug 14 nicklas 283     TestFile.test_delete(filesFileId);
6520 18 Aug 14 nicklas 284     
4366 02 Jul 08 nicklas 285     // References items
7099 07 Mar 16 nicklas 286     TestAnnotationTypeCategory.test_delete(annotationTypeCategoryId);
7101 08 Mar 16 nicklas 287     TestAnnotationTypeCategory.test_delete(annotationTypeCategoryId2);
4434 02 Sep 08 nicklas 288     TestProtocol.test_delete(printProtocolId);
4434 02 Sep 08 nicklas 289     TestHardware.test_delete(robotId);
4366 02 Jul 08 nicklas 290     TestProtocol.test_delete(samplingProtocolId);
5899 06 Dec 11 nicklas 291     TestProtocol.test_delete(defaultSamplingProtocolId);
4372 04 Jul 08 nicklas 292     TestProtocol.test_delete(extractionProtocolId);
4372 04 Jul 08 nicklas 293     TestProtocol.test_delete(labelingProtocolId);
4366 02 Jul 08 nicklas 294     TestProtocol.test_delete(poolingProtocolId);
4426 29 Aug 08 nicklas 295     TestProtocol.test_delete(hybProtocolId);
4426 29 Aug 08 nicklas 296     TestHardware.test_delete(hybStationId);
4426 29 Aug 08 nicklas 297     TestProtocol.test_delete(scanProtocolId);
4426 29 Aug 08 nicklas 298     TestHardware.test_delete(scannerId);
5445 13 Oct 10 nicklas 299     TestHardware.test_delete(freezerId);
4426 29 Aug 08 nicklas 300     TestProtocol.test_delete(featureProtocolId);
4426 29 Aug 08 nicklas 301     TestSoftware.test_delete(featureSoftwareId);
4426 29 Aug 08 nicklas 302     TestPlatform.test_delete_variant(variantId);
5696 12 Aug 11 nicklas 303     TestItemSubtype.test_delete(childScanId);
5934 25 Jan 12 nicklas 304     TestItemSubtype.test_delete(allSamplesSubtypeId);
5899 06 Dec 11 nicklas 305     TestProject.test_delete(projectId);
4366 02 Jul 08 nicklas 306
4366 02 Jul 08 nicklas 307     write("++Testing item import using plugin "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
4366 02 Jul 08 nicklas 308     return ok;
4366 02 Jul 08 nicklas 309   }
4366 02 Jul 08 nicklas 310
5934 25 Jan 12 nicklas 311   static int test_create_item_import_job(Item itemType, int pluginDefinitionId, int fileId, int subtypeId)
4366 02 Jul 08 nicklas 312   {
4366 02 Jul 08 nicklas 313     if (pluginDefinitionId == 0 || fileId == 0) return 0;
4366 02 Jul 08 nicklas 314     int id = 0;
4366 02 Jul 08 nicklas 315     DbControl dc = null;
4366 02 Jul 08 nicklas 316     try
4366 02 Jul 08 nicklas 317     {
4366 02 Jul 08 nicklas 318       dc = TestUtil.getDbControl();
4366 02 Jul 08 nicklas 319
4366 02 Jul 08 nicklas 320       PluginDefinition plugin = PluginDefinition.getById(dc, pluginDefinitionId);
4366 02 Jul 08 nicklas 321       Job j = Job.getNew(dc, plugin, null, null);
4366 02 Jul 08 nicklas 322       j.setName("Import " + itemType.toString());
4366 02 Jul 08 nicklas 323       
4366 02 Jul 08 nicklas 324       // Step 1 - file and parser regular expressions
4366 02 Jul 08 nicklas 325       PluginConfigurationRequest request = j.configure(new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST));
4366 02 Jul 08 nicklas 326       request.getRequestInformation();
5641 25 May 11 nicklas 327       File file = File.getById(dc, fileId);
5641 25 May 11 nicklas 328       request.setParameterValue("file", file);
6520 18 Aug 14 nicklas 329       setParserParameters(dc, request, itemType);
5641 25 May 11 nicklas 330       setColumnMappingParameters(request, itemType, file);
5934 25 Jan 12 nicklas 331       if (subtypeId != 0)
5934 25 Jan 12 nicklas 332       {
5934 25 Jan 12 nicklas 333         request.setParameterValues("itemSubtypes", Collections.singletonList(ItemSubtype.getById(dc, subtypeId)));
5934 25 Jan 12 nicklas 334       }
5934 25 Jan 12 nicklas 335       
5934 25 Jan 12 nicklas 336       
4366 02 Jul 08 nicklas 337       PluginResponse response = request.invoke();
4366 02 Jul 08 nicklas 338       if (response.getStatus() != Response.Status.CONTINUE)
4366 02 Jul 08 nicklas 339       {
6520 18 Aug 14 nicklas 340         Throwable t = response.getErrorList() != null ? response.getErrorList().get(0) : null;
6520 18 Aug 14 nicklas 341         throw new BaseException(response.getMessage(), t);
4366 02 Jul 08 nicklas 342       }
4366 02 Jul 08 nicklas 343
4366 02 Jul 08 nicklas 344       // Step 2 - other options and error handling
4366 02 Jul 08 nicklas 345       request = response.getNextRequest();
4366 02 Jul 08 nicklas 346       request.getRequestInformation();
4366 02 Jul 08 nicklas 347       setErrorHandlingParameters(request, itemType);
4366 02 Jul 08 nicklas 348       response = request.invoke();
4366 02 Jul 08 nicklas 349       
4366 02 Jul 08 nicklas 350       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
4366 02 Jul 08 nicklas 351       {
4366 02 Jul 08 nicklas 352         response.saveParameters(dc);
4366 02 Jul 08 nicklas 353         dc.saveItem(j);
4366 02 Jul 08 nicklas 354         dc.commit();
4366 02 Jul 08 nicklas 355       }
4366 02 Jul 08 nicklas 356       else
4366 02 Jul 08 nicklas 357       {
4366 02 Jul 08 nicklas 358         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
4366 02 Jul 08 nicklas 359       }
4366 02 Jul 08 nicklas 360       id = j.getId();
4366 02 Jul 08 nicklas 361       write("--Create job for " + itemType + " import OK");
4366 02 Jul 08 nicklas 362     }
4366 02 Jul 08 nicklas 363     catch (Throwable ex)
4366 02 Jul 08 nicklas 364     {
4366 02 Jul 08 nicklas 365       write("--Create job for " + itemType + " import FAILED");
4366 02 Jul 08 nicklas 366       ex.printStackTrace();
4366 02 Jul 08 nicklas 367       ok = false;
4366 02 Jul 08 nicklas 368     }
4366 02 Jul 08 nicklas 369     finally
4366 02 Jul 08 nicklas 370     {
4366 02 Jul 08 nicklas 371       if (dc != null) dc.close();
4366 02 Jul 08 nicklas 372     }
4366 02 Jul 08 nicklas 373     return id;
4366 02 Jul 08 nicklas 374   }
4366 02 Jul 08 nicklas 375   
4366 02 Jul 08 nicklas 376   static void write(String message)
4366 02 Jul 08 nicklas 377   {
4366 02 Jul 08 nicklas 378     System.out.println(message);
4366 02 Jul 08 nicklas 379   }
4366 02 Jul 08 nicklas 380
4366 02 Jul 08 nicklas 381
4366 02 Jul 08 nicklas 382   static void write_request_information(RequestInformation ri)
4366 02 Jul 08 nicklas 383   {
4366 02 Jul 08 nicklas 384     if (TestUtil.getSilent()) return;
4366 02 Jul 08 nicklas 385
4366 02 Jul 08 nicklas 386     write("Request information for command: "+ri.getCommand());
4366 02 Jul 08 nicklas 387     write("\tTitle:\t"+ri.getTitle());
4366 02 Jul 08 nicklas 388     write("\tDescription:\t"+ri.getDescription());
4366 02 Jul 08 nicklas 389     for (PluginParameter<?> pp : ri.getParameters())
4366 02 Jul 08 nicklas 390     {
6875 20 Apr 15 nicklas 391       ParameterType<?> pt = pp.getParameterType();
4366 02 Jul 08 nicklas 392       System.out.println("\tParameter:\t"+pp.getName() + "\t" + pp.getLabel() + "\t" + pt );
4366 02 Jul 08 nicklas 393     }
4366 02 Jul 08 nicklas 394   }
4366 02 Jul 08 nicklas 395   
6520 18 Aug 14 nicklas 396   private static void setParserParameters(DbControl dc, PluginConfigurationRequest request, Item itemType)
4366 02 Jul 08 nicklas 397   {
4366 02 Jul 08 nicklas 398     request.setParameterValue("dataSplitterRegexp", "\\t");
4366 02 Jul 08 nicklas 399     request.setParameterValue("dataHeaderRegexp", "Name.*");
4366 02 Jul 08 nicklas 400     request.setParameterValue("ignoreRegexp", "#.*");
4366 02 Jul 08 nicklas 401     
6520 18 Aug 14 nicklas 402     if (itemType == Item.FILE)
6520 18 Aug 14 nicklas 403     {
6520 18 Aug 14 nicklas 404       request.setParameterValue("dataHeaderRegexp", "Path.*");
6520 18 Aug 14 nicklas 405       request.setParameterValue("idMethod", "path");
6520 18 Aug 14 nicklas 406       request.setParameterValue("root", Directory.getByPath(dc, new Path("/file-import", Path.Type.DIRECTORY)));
6520 18 Aug 14 nicklas 407     }
6520 18 Aug 14 nicklas 408     else
6520 18 Aug 14 nicklas 409     {
6520 18 Aug 14 nicklas 410       request.setParameterValue("idMethod", "name");
6520 18 Aug 14 nicklas 411     }
7102 09 Mar 16 nicklas 412     if (itemType == Item.ANNOTATIONTYPE)
7102 09 Mar 16 nicklas 413     {
7102 09 Mar 16 nicklas 414       request.setParameterValue("enumerationSplitterRegexp", ";");
7102 09 Mar 16 nicklas 415     }
6784 18 Mar 15 nicklas 416     request.setParameterValue("mode", itemType == Item.RAWBIOASSAY ? "create" : "create+update");
5445 13 Oct 10 nicklas 417     request.setParameterValue("charset", "UTF-8");
4366 02 Jul 08 nicklas 418   }
4366 02 Jul 08 nicklas 419   
5641 25 May 11 nicklas 420   private static void setColumnMappingParameters(PluginConfigurationRequest request, Item itemType, File file)
4366 02 Jul 08 nicklas 421   {
4366 02 Jul 08 nicklas 422     request.setParameterValue("nameColumnMapping", "\\Name\\");
4366 02 Jul 08 nicklas 423     request.setParameterValue("descriptionColumnMapping", "\\Description\\");
5899 06 Dec 11 nicklas 424     request.setParameterValue("complexExpressions", "allow");
6520 18 Aug 14 nicklas 425     if (itemType == Item.FILE)
6520 18 Aug 14 nicklas 426     {
6520 18 Aug 14 nicklas 427       request.setParameterValue("pathColumnMapping", "\\Path\\");
6520 18 Aug 14 nicklas 428       request.setParameterValue("urlColumnMapping", "\\URL\\");
6520 18 Aug 14 nicklas 429       request.setParameterValue("fileServerColumnMapping", "\\File server\\");
6520 18 Aug 14 nicklas 430       request.setParameterValue("mimeTypeColumnMapping", "\\Mime type\\");
6520 18 Aug 14 nicklas 431       request.setParameterValue("subtypeColumnMapping", "\\Type\\");
6520 18 Aug 14 nicklas 432     }
7099 07 Mar 16 nicklas 433     if (itemType == Item.ANNOTATIONTYPE)
7099 07 Mar 16 nicklas 434     {
7099 07 Mar 16 nicklas 435       request.setParameterValue("valueTypeColumnMapping", "\\Value type\\");
7099 07 Mar 16 nicklas 436       request.setParameterValue("externalIdColumnMapping", "\\External id\\");
7099 07 Mar 16 nicklas 437       request.setParameterValue("categoryColumnMapping", "\\Category\\");
7100 08 Mar 16 nicklas 438       request.setParameterValue("multiplicityColumnMapping", "\\Multiplicity\\");
7100 08 Mar 16 nicklas 439       request.setParameterValue("defaultValueColumnMapping", "\\Default value\\");
7100 08 Mar 16 nicklas 440       request.setParameterValue("miameColumnMapping", "\\Required for MIAME\\");
7100 08 Mar 16 nicklas 441       request.setParameterValue("protocolParameterColumnMapping", "\\Protocol parameter\\");
7166 07 Jun 16 nicklas 442       request.setParameterValue("disableChangeLogColumnMapping", "\\Disable history log\\");
7100 08 Mar 16 nicklas 443       request.setParameterValue("disableInheritanceColumnMapping", "\\Disable inheritance\\");
7101 08 Mar 16 nicklas 444       request.setParameterValue("itemTypesColumnMapping", "\\Item types\\");
7101 08 Mar 16 nicklas 445       request.setParameterValue("defaultUnitColumnMapping", "\\Default unit\\");
7101 08 Mar 16 nicklas 446       request.setParameterValue("usableUnitColumnMapping", "\\Usable units\\");
7102 09 Mar 16 nicklas 447       request.setParameterValue("enumerationColumnMapping", "\\Enumeration\\");
7102 09 Mar 16 nicklas 448       request.setParameterValue("minValueColumnMapping", "\\Min value\\");
7102 09 Mar 16 nicklas 449       request.setParameterValue("maxValueColumnMapping", "\\Max value\\");
7099 07 Mar 16 nicklas 450     }
6998 04 Nov 15 nicklas 451     if (itemType == Item.KIT)
6998 04 Nov 15 nicklas 452     {
6998 04 Nov 15 nicklas 453       request.setParameterValue("expirationDateColumnMapping", "\\Expiration date\\");
6998 04 Nov 15 nicklas 454       request.setParameterValue("subtypeColumnMapping", "\\Kit type\\");
6998 04 Nov 15 nicklas 455     }
5445 13 Oct 10 nicklas 456     if (itemType == Item.BIOPLATE)
5445 13 Oct 10 nicklas 457     {
5445 13 Oct 10 nicklas 458       request.setParameterValue("bioPlateTypeColumnMapping", "\\Bioplate type\\");
5445 13 Oct 10 nicklas 459       request.setParameterValue("plateGeometryColumnMapping", "\\Plate geometry\\");
6055 04 Jun 12 nicklas 460       request.setParameterValue("createdColumnMapping", "\\Created\\");
5445 13 Oct 10 nicklas 461       request.setParameterValue("barcodeColumnMapping", "\\Barcode\\");
5445 13 Oct 10 nicklas 462       request.setParameterValue("hardwareColumnMapping", "\\Freezer\\");
6063 13 Jun 12 nicklas 463       request.setParameterValue("sectionColumnMapping", "\\Section\\");
6063 13 Jun 12 nicklas 464       request.setParameterValue("trayColumnMapping", "\\Tray\\");
6063 13 Jun 12 nicklas 465       request.setParameterValue("positionColumnMapping", "\\Position\\");
5445 13 Oct 10 nicklas 466     }
5641 25 May 11 nicklas 467     if (itemType == Item.SAMPLE || itemType == Item.EXTRACT)
4366 02 Jul 08 nicklas 468     {
4426 29 Aug 08 nicklas 469       request.setParameterValue("externalIdColumnMapping", "\\External ID\\");
5899 06 Dec 11 nicklas 470       request.setParameterValue("protocolColumnMapping", "=default(col('Protocol'))");
6998 04 Nov 15 nicklas 471       request.setParameterValue("kitColumnMapping", "\\Kit\\");
4366 02 Jul 08 nicklas 472       request.setParameterValue("createdColumnMapping", "\\Created\\");
4366 02 Jul 08 nicklas 473       request.setParameterValue("originalQuantityColumnMapping", "\\Original quantity\\");
5667 23 Jun 11 nicklas 474       request.setParameterValue("parentTypeColumnMapping", "\\Parent type\\");
4366 02 Jul 08 nicklas 475       request.setParameterValue("parentColumnMapping", "\\Parent\\");
4366 02 Jul 08 nicklas 476       request.setParameterValue("usedQuantityColumnMapping", "\\Used quantity\\");
4366 02 Jul 08 nicklas 477     }
5641 25 May 11 nicklas 478     if (file.getName().contains("labeledextracts"))
4372 04 Jul 08 nicklas 479     {
5648 30 May 11 nicklas 480       request.setParameterValue("tagColumnMapping", "\\Label\\");
5667 23 Jun 11 nicklas 481       request.setParameterValue("parentTypeColumnMapping", "EXTRACT");
5648 30 May 11 nicklas 482       request.setParameterValue("subtypeColumnMapping", "Labeled extract");
4372 04 Jul 08 nicklas 483     }
5642 26 May 11 nicklas 484     if (itemType == Item.PHYSICALBIOASSAY)
4426 29 Aug 08 nicklas 485     {
5649 30 May 11 nicklas 486       request.setParameterValue("subtypeColumnMapping", "Hybridization");
5649 30 May 11 nicklas 487       request.setParameterValue("sizeColumnMapping", "\\Size\\");
5899 06 Dec 11 nicklas 488       request.setParameterValue("protocolColumnMapping", "=default(col('Protocol'))");
6998 04 Nov 15 nicklas 489       request.setParameterValue("kitColumnMapping", "\\Kit\\");
5899 06 Dec 11 nicklas 490       request.setParameterValue("hardwareColumnMapping", "=default()");
4426 29 Aug 08 nicklas 491       request.setParameterValue("createdColumnMapping", "\\Created\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 492       request.setParameterValue("parentColumnMapping", "\\Parent\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 493       request.setParameterValue("usedQuantityColumnMapping", "\\Used quantity\\");
5649 30 May 11 nicklas 494       request.setParameterValue("extractPositionColumnMapping", "\\Position\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 495       request.setParameterValue("arraySlideColumnMapping", "\\Array slide\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 496     }
5688 10 Aug 11 nicklas 497     if (itemType == Item.DERIVEDBIOASSAY)
4426 29 Aug 08 nicklas 498     {
5696 12 Aug 11 nicklas 499       request.setParameterValue("dataDirectory", "/");
5696 12 Aug 11 nicklas 500       request.setParameterValue("subtypeColumnMapping", "\\Subtype\\");
5696 12 Aug 11 nicklas 501       request.setParameterValue("parentColumnMapping", "\\Parent\\");
5696 12 Aug 11 nicklas 502       request.setParameterValue("extractColumnMapping", "\\Extract\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 503       request.setParameterValue("protocolColumnMapping", "\\Protocol\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 504       request.setParameterValue("hardwareColumnMapping", "\\Scanner\\");
5696 12 Aug 11 nicklas 505       request.setParameterValue("fileTypeColumnMapping", "\\File type\\");
5696 12 Aug 11 nicklas 506       request.setParameterValue("fileColumnMapping", "\\File\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 507     }
4426 29 Aug 08 nicklas 508     if (itemType == Item.RAWBIOASSAY)
4426 29 Aug 08 nicklas 509     {
4434 02 Sep 08 nicklas 510       request.setParameterValue("dataDirectory", "/");
5688 10 Aug 11 nicklas 511       request.setParameterValue("bioAssayColumnMapping", "\\Scan\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 512       request.setParameterValue("protocolColumnMapping", "\\Protocol\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 513       request.setParameterValue("platformColumnMapping", "\\Platform\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 514       request.setParameterValue("variantColumnMapping", "\\Variant\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 515       request.setParameterValue("rawDataTypeColumnMapping", "\\Raw data type\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 516       request.setParameterValue("softwareColumnMapping", "\\Software\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 517       request.setParameterValue("arrayDesignColumnMapping", "\\Array design\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 518       request.setParameterValue("fileTypeColumnMapping", "\\File type\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 519       request.setParameterValue("fileColumnMapping", "\\File\\");
4426 29 Aug 08 nicklas 520     }
4434 02 Sep 08 nicklas 521     if (itemType == Item.ARRAYDESIGN)
4434 02 Sep 08 nicklas 522     {
4434 02 Sep 08 nicklas 523       request.setParameterValue("dataDirectory", "/");
4434 02 Sep 08 nicklas 524       request.setParameterValue("numArraysColumnMapping", "\\Num arrays\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 525       request.setParameterValue("platformColumnMapping", "\\Platform\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 526       request.setParameterValue("variantColumnMapping", "\\Variant\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 527       request.setParameterValue("fileTypeColumnMapping", "\\File type\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 528       request.setParameterValue("fileColumnMapping", "\\File\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 529     }
4434 02 Sep 08 nicklas 530     if (itemType == Item.ARRAYBATCH)
4434 02 Sep 08 nicklas 531     {
4434 02 Sep 08 nicklas 532       request.setParameterValue("arrayDesignColumnMapping", "\\Array design\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 533       request.setParameterValue("protocolColumnMapping", "\\Protocol\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 534       request.setParameterValue("hardwareColumnMapping", "\\Robot\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 535     }
4434 02 Sep 08 nicklas 536     if (itemType == Item.ARRAYSLIDE)
4434 02 Sep 08 nicklas 537     {
4434 02 Sep 08 nicklas 538       request.setParameterValue("arrayBatchColumnMapping", "\\Array batch\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 539       request.setParameterValue("indexColumnMapping", "\\Index\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 540       request.setParameterValue("barcodeColumnMapping", "\\Barcode\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 541       request.setParameterValue("destroyedColumnMapping", "\\Destroyed\\");
4434 02 Sep 08 nicklas 542     }
4366 02 Jul 08 nicklas 543   }
4366 02 Jul 08 nicklas 544   
4366 02 Jul 08 nicklas 545   private static void setErrorHandlingParameters(PluginConfigurationRequest request, Item itemType)
4366 02 Jul 08 nicklas 546   {
4366 02 Jul 08 nicklas 547     request.setParameterValue("defaultError", "fail");
4366 02 Jul 08 nicklas 548     request.setParameterValue("stringTooLongError", "crop");
4366 02 Jul 08 nicklas 549     request.setParameterValue("numberFormatError", "skip");
4366 02 Jul 08 nicklas 550     request.setParameterValue("numberOutOfRangeError", "skip");
5689 11 Aug 11 nicklas 551
4366 02 Jul 08 nicklas 552     request.setParameterValue("logFile", "/" + itemType.name() + ".log");
4366 02 Jul 08 nicklas 553   }
4366 02 Jul 08 nicklas 554   
4366 02 Jul 08 nicklas 555 }
4366 02 Jul 08 nicklas 556

Generated on Sat Oct  7 02:41:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)