src/test/TestItemList.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6739 17 Feb 15 nicklas 1 /*
6739 17 Feb 15 nicklas 2   $Id $
6739 17 Feb 15 nicklas 3
6739 17 Feb 15 nicklas 4   Copyright (C) 2015 Nicklas Nordborg
6739 17 Feb 15 nicklas 5
6739 17 Feb 15 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6739 17 Feb 15 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
6739 17 Feb 15 nicklas 8
6739 17 Feb 15 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
6739 17 Feb 15 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
6739 17 Feb 15 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
6739 17 Feb 15 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
6739 17 Feb 15 nicklas 13
6739 17 Feb 15 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6739 17 Feb 15 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6739 17 Feb 15 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6739 17 Feb 15 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
6739 17 Feb 15 nicklas 18
6739 17 Feb 15 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
6739 17 Feb 15 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6739 17 Feb 15 nicklas 21 */
6739 17 Feb 15 nicklas 22
6739 17 Feb 15 nicklas 23
6739 17 Feb 15 nicklas 24 import java.util.ArrayList;
6739 17 Feb 15 nicklas 25 import java.util.Date;
6739 17 Feb 15 nicklas 26 import java.util.List;
6739 17 Feb 15 nicklas 27 import java.util.Set;
6739 17 Feb 15 nicklas 28
6739 17 Feb 15 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.BaseException;
6891 29 Apr 15 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.BioSource;
6739 17 Feb 15 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.DbControl;
6739 17 Feb 15 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.Item;
6739 17 Feb 15 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.ItemList;
6739 17 Feb 15 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.ItemProxy;
6739 17 Feb 15 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
6739 17 Feb 15 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
6739 17 Feb 15 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.Listable;
6739 17 Feb 15 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.Permission;
7834 26 Jun 20 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
7834 26 Jun 20 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
7834 26 Jun 20 nicklas 41 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
6739 17 Feb 15 nicklas 42
6739 17 Feb 15 nicklas 43 public class TestItemList
6739 17 Feb 15 nicklas 44 {
6739 17 Feb 15 nicklas 45
6739 17 Feb 15 nicklas 46   static boolean ok = true;
6739 17 Feb 15 nicklas 47   public static void main(String[] args)
6739 17 Feb 15 nicklas 48   {
6739 17 Feb 15 nicklas 49     TestUtil.checkArgs(args);
6739 17 Feb 15 nicklas 50     TestUtil.begin();
6739 17 Feb 15 nicklas 51     ok = test_all();
6739 17 Feb 15 nicklas 52     TestUtil.stop();
6739 17 Feb 15 nicklas 53   }
6739 17 Feb 15 nicklas 54
6739 17 Feb 15 nicklas 55   static boolean test_all()
6739 17 Feb 15 nicklas 56   {
6739 17 Feb 15 nicklas 57     write("++Testing item lists");
6739 17 Feb 15 nicklas 58     write_header();
6739 17 Feb 15 nicklas 59     // Standard tests: create, load, list
6739 17 Feb 15 nicklas 60     int id1 = test_create(Item.BIOSOURCE, "net.sf.basedb.clients.test.bmlist1", true);
6739 17 Feb 15 nicklas 61     int id2 = test_create(Item.BIOSOURCE, "net.sf.basedb.clients.test.bmlist2", true);
6739 17 Feb 15 nicklas 62     int id3 = test_create(Item.BIOSOURCE, "net.sf.basedb.clients.test.bmlist3", true);
6739 17 Feb 15 nicklas 63     int id4 = test_create(Item.BIOSOURCE, "net.sf.basedb.clients.test.bmlist4", true);
6739 17 Feb 15 nicklas 64     int id5 = test_create(Item.BIOSOURCE, "net.sf.basedb.clients.test.bmlist5", true);
6739 17 Feb 15 nicklas 65     int id6 = test_create(Item.BIOSOURCE, "net.sf.basedb.clients.test.bmlist6", true);
6891 29 Apr 15 nicklas 66     int id7 = test_create(Item.BIOSOURCE, "net.sf.basedb.clients.test.bmlist7", true);
6739 17 Feb 15 nicklas 67     test_load(id1);
6739 17 Feb 15 nicklas 68     test_list(-1);
6739 17 Feb 15 nicklas 69
6739 17 Feb 15 nicklas 70     // Create items to use in the lists
6739 17 Feb 15 nicklas 71     int bs1 = TestBioSource.test_create("bs.1", false);
6739 17 Feb 15 nicklas 72     int bs2 = TestBioSource.test_create("bs.2", false);
6739 17 Feb 15 nicklas 73     int bs3 = TestBioSource.test_create("bs.3", false);
6739 17 Feb 15 nicklas 74     int bs4 = TestBioSource.test_create("bs.4", false);
6739 17 Feb 15 nicklas 75     int bs5 = TestBioSource.test_create("bs.5", false);
6739 17 Feb 15 nicklas 76
6739 17 Feb 15 nicklas 77     test_add_members(id1, bs1, bs2, bs3);
6739 17 Feb 15 nicklas 78     test_list_members(id1, 3);
6739 17 Feb 15 nicklas 79     test_add_members(id2, bs3, bs4, bs5); // One in common with 'id1'
6891 29 Apr 15 nicklas 80
6891 29 Apr 15 nicklas 81     int bs6 = test_create_and_add_member(id7);
6891 29 Apr 15 nicklas 82     test_list_members(id7, 1);
6739 17 Feb 15 nicklas 83     
7834 26 Jun 20 nicklas 84     test_add_by_query(id7, "bs.%", 6); // 'id7' should now have all bs.* + the original one
7834 26 Jun 20 nicklas 85     
6891 29 Apr 15 nicklas 86     int bs7 = test_union(id3, 6, id1, id2); // 'id3' is now the union of 'id1' and 'id2' + one new item
6891 29 Apr 15 nicklas 87     test_list_members(id3, 6);
6891 29 Apr 15 nicklas 88     
6891 29 Apr 15 nicklas 89     int bs8 = test_intersect(id4, 3, id1, id2); // 'id4' is now the intersection of 'id1' and 'id2' + one new item
6891 29 Apr 15 nicklas 90     test_list_members(id4, 3);
6891 29 Apr 15 nicklas 91     
6739 17 Feb 15 nicklas 92     test_remove(id5, id3, 4, id4); // 'id5' is now the complement of 'id3' to 'id4'
6891 29 Apr 15 nicklas 93     test_retain(id6, id2, 3, id1); // 'id6' is now the intersection on 'id1' and 'id2'
6739 17 Feb 15 nicklas 94     
6739 17 Feb 15 nicklas 95     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
6741 17 Feb 15 nicklas 96     
6741 17 Feb 15 nicklas 97     // Remove an item and check that the size property is correct
6819 31 Mar 15 nicklas 98     TestBioSource.test_delete(bs3);
6891 29 Apr 15 nicklas 99     test_list_members(id1, 4);
6741 17 Feb 15 nicklas 100     
6891 29 Apr 15 nicklas 101     test_remove_members(id1, bs1, bs2, bs7, bs8);
6819 31 Mar 15 nicklas 102     test_list_members(id1, 0);
7834 26 Jun 20 nicklas 103     
7834 26 Jun 20 nicklas 104     test_remove_by_query(id7, "bs.%", 1); // 'id7' should now only the original biosource
7834 26 Jun 20 nicklas 105
6741 17 Feb 15 nicklas 106     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
6739 17 Feb 15 nicklas 107     
6739 17 Feb 15 nicklas 108     // Standard test: Delete
6739 17 Feb 15 nicklas 109     test_delete(id1);
6739 17 Feb 15 nicklas 110     test_delete(id2);
6739 17 Feb 15 nicklas 111     test_delete(id3);
6739 17 Feb 15 nicklas 112     test_delete(id4);
6739 17 Feb 15 nicklas 113     test_delete(id5);
6739 17 Feb 15 nicklas 114     test_delete(id6);
6891 29 Apr 15 nicklas 115     test_delete(id7);
6739 17 Feb 15 nicklas 116     TestBioSource.test_delete(bs1);
6739 17 Feb 15 nicklas 117     TestBioSource.test_delete(bs2);
6739 17 Feb 15 nicklas 118     TestBioSource.test_delete(bs4);
6739 17 Feb 15 nicklas 119     TestBioSource.test_delete(bs5);
6891 29 Apr 15 nicklas 120     TestBioSource.test_delete(bs6);
6891 29 Apr 15 nicklas 121     TestBioSource.test_delete(bs7);
6891 29 Apr 15 nicklas 122     TestBioSource.test_delete(bs8);
6739 17 Feb 15 nicklas 123     write("++Testing item lists "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
6739 17 Feb 15 nicklas 124     return ok;
6739 17 Feb 15 nicklas 125   }
6739 17 Feb 15 nicklas 126
6739 17 Feb 15 nicklas 127   static int test_create(Item memberType, String externalId, boolean setAll)
6739 17 Feb 15 nicklas 128   {
6756 20 Feb 15 nicklas 129     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)) return 0;
6739 17 Feb 15 nicklas 130     int id = 0;
6739 17 Feb 15 nicklas 131     DbControl dc = null;
6739 17 Feb 15 nicklas 132     try
6739 17 Feb 15 nicklas 133     {
6739 17 Feb 15 nicklas 134       dc = TestUtil.getDbControl();
6739 17 Feb 15 nicklas 135       ItemList bl = ItemList.getNew(dc, memberType);
6739 17 Feb 15 nicklas 136       bl.setExternalId(externalId);
6739 17 Feb 15 nicklas 137       if (setAll)
6739 17 Feb 15 nicklas 138       {
6739 17 Feb 15 nicklas 139         bl.setName("Test item list");
6739 17 Feb 15 nicklas 140         bl.setDescription("Added at "+new Date());
6739 17 Feb 15 nicklas 141       }
6739 17 Feb 15 nicklas 142       dc.saveItem(bl);
6739 17 Feb 15 nicklas 143       dc.commit();
6739 17 Feb 15 nicklas 144       id = bl.getId();
6739 17 Feb 15 nicklas 145       write_item(0, bl);
6739 17 Feb 15 nicklas 146       write("--Create item list OK");
6739 17 Feb 15 nicklas 147     }
6739 17 Feb 15 nicklas 148     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 149     {
6739 17 Feb 15 nicklas 150       write("--Create item list FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 151       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 152       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 153     }
6739 17 Feb 15 nicklas 154     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 155     {
6739 17 Feb 15 nicklas 156       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 157     }
6739 17 Feb 15 nicklas 158     return id;
6739 17 Feb 15 nicklas 159   }
6891 29 Apr 15 nicklas 160   
6739 17 Feb 15 nicklas 161   static void test_load(int id)
6739 17 Feb 15 nicklas 162   {
6739 17 Feb 15 nicklas 163     if (id == 0) return;
6739 17 Feb 15 nicklas 164     DbControl dc = null;
6739 17 Feb 15 nicklas 165     try
6739 17 Feb 15 nicklas 166     {
6739 17 Feb 15 nicklas 167       dc = TestUtil.getDbControl();
6739 17 Feb 15 nicklas 168       ItemList bl = ItemList.getById(dc, id);
6739 17 Feb 15 nicklas 169       write_item(0, bl);
6739 17 Feb 15 nicklas 170       write("--Load item list OK");
6739 17 Feb 15 nicklas 171     }
6739 17 Feb 15 nicklas 172     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 173     {
6739 17 Feb 15 nicklas 174       write("--Load item list FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 175       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 176       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 177     }
6739 17 Feb 15 nicklas 178     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 179     {
6739 17 Feb 15 nicklas 180       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 181     }
6739 17 Feb 15 nicklas 182   }
6739 17 Feb 15 nicklas 183
6739 17 Feb 15 nicklas 184
6739 17 Feb 15 nicklas 185   static void test_list(int expectedResults)
6739 17 Feb 15 nicklas 186   {
6739 17 Feb 15 nicklas 187     DbControl dc = null;
6739 17 Feb 15 nicklas 188     try
6739 17 Feb 15 nicklas 189     {
6739 17 Feb 15 nicklas 190       dc = TestUtil.getDbControl();
6739 17 Feb 15 nicklas 191       ItemQuery<ItemList> q = ItemList.getQuery();
6739 17 Feb 15 nicklas 192       ItemResultList<ItemList> l = q.list(dc);
6739 17 Feb 15 nicklas 193       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
6739 17 Feb 15 nicklas 194       {
6739 17 Feb 15 nicklas 195         write_item(i, l.get(i));
6739 17 Feb 15 nicklas 196       }
6739 17 Feb 15 nicklas 197       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
6739 17 Feb 15 nicklas 198       {
6739 17 Feb 15 nicklas 199         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
6739 17 Feb 15 nicklas 200       }
6739 17 Feb 15 nicklas 201       write("--List item lists OK ("+l.size()+")");
6739 17 Feb 15 nicklas 202     }
6739 17 Feb 15 nicklas 203     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 204     {
6739 17 Feb 15 nicklas 205       write("--List item lists FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 206       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 207       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 208     }
6739 17 Feb 15 nicklas 209     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 210     {
6739 17 Feb 15 nicklas 211       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 212     }
6739 17 Feb 15 nicklas 213   }
6739 17 Feb 15 nicklas 214
6739 17 Feb 15 nicklas 215   static void test_delete(int id)
6739 17 Feb 15 nicklas 216   {
6739 17 Feb 15 nicklas 217     if (id == 0) return;
6739 17 Feb 15 nicklas 218     DbControl dc = null;
6739 17 Feb 15 nicklas 219     try
6739 17 Feb 15 nicklas 220     {
6739 17 Feb 15 nicklas 221       dc = TestUtil.getDbControl();
6739 17 Feb 15 nicklas 222       ItemList bl = ItemList.getById(dc, id);
6739 17 Feb 15 nicklas 223       dc.deleteItem(bl);
6739 17 Feb 15 nicklas 224       Set<ItemProxy> using = bl.getUsingItems();
6739 17 Feb 15 nicklas 225       if (using.size() > 0) 
6739 17 Feb 15 nicklas 226       {
6739 17 Feb 15 nicklas 227          throw new BaseException(bl + " is used by " + using);
6739 17 Feb 15 nicklas 228       }
6739 17 Feb 15 nicklas 229       dc.commit();
6739 17 Feb 15 nicklas 230       write("--Delete item list OK");
6739 17 Feb 15 nicklas 231     }
6739 17 Feb 15 nicklas 232     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 233     {
6739 17 Feb 15 nicklas 234       write("--Delete item list FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 235       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 236       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 237     }
6739 17 Feb 15 nicklas 238     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 239     {
6739 17 Feb 15 nicklas 240       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 241     }
6739 17 Feb 15 nicklas 242   }
6739 17 Feb 15 nicklas 243
6739 17 Feb 15 nicklas 244   static void write_header()
6739 17 Feb 15 nicklas 245   {
6739 17 Feb 15 nicklas 246     if (!TestUtil.getSilent())
6739 17 Feb 15 nicklas 247     {
6739 17 Feb 15 nicklas 248       write("   \tID \tName      \tDescription\tExternal ID\tSize");
6739 17 Feb 15 nicklas 249       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t-----------\t----");
6739 17 Feb 15 nicklas 250     }
6739 17 Feb 15 nicklas 251   }
6739 17 Feb 15 nicklas 252   static void write_item(int i, ItemList bl)
6739 17 Feb 15 nicklas 253     throws BaseException
6739 17 Feb 15 nicklas 254   {
6739 17 Feb 15 nicklas 255     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+bl.getId()+"\t"+bl.getName()+"\t"+
6739 17 Feb 15 nicklas 256       bl.getDescription()+"\t"+bl.getExternalId()+"\t"+bl.getSize());
6739 17 Feb 15 nicklas 257   }
6741 17 Feb 15 nicklas 258   static void write_item(int i, Listable bm)
6739 17 Feb 15 nicklas 259     throws BaseException
6739 17 Feb 15 nicklas 260   {
6739 17 Feb 15 nicklas 261     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+bm.getId()+"\t"+bm.getName()+"\t"+
6739 17 Feb 15 nicklas 262       bm.getType());
6739 17 Feb 15 nicklas 263   }
6739 17 Feb 15 nicklas 264   static void write(String message)
6739 17 Feb 15 nicklas 265   {
6739 17 Feb 15 nicklas 266     System.out.println(message);
6739 17 Feb 15 nicklas 267   }
6739 17 Feb 15 nicklas 268
6739 17 Feb 15 nicklas 269   static void test_add_members(int id, int... itemIds)
6739 17 Feb 15 nicklas 270   {
6739 17 Feb 15 nicklas 271     if (id == 0 || itemIds == null || itemIds.length == 0) return;
6739 17 Feb 15 nicklas 272     DbControl dc = null;
6739 17 Feb 15 nicklas 273     try
6739 17 Feb 15 nicklas 274     {
6739 17 Feb 15 nicklas 275       dc = TestUtil.getDbControl();
6739 17 Feb 15 nicklas 276       ItemList bl = ItemList.getById(dc, id);
6739 17 Feb 15 nicklas 277       int oldSize = bl.getSize();
6739 17 Feb 15 nicklas 278       for (int iid : itemIds)
6739 17 Feb 15 nicklas 279       {
6739 17 Feb 15 nicklas 280         Listable bm = (Listable)bl.getMemberType().getById(dc, iid);
6739 17 Feb 15 nicklas 281         bl.add(bm);
6739 17 Feb 15 nicklas 282       }
6739 17 Feb 15 nicklas 283       dc.commit();
6739 17 Feb 15 nicklas 284       
6739 17 Feb 15 nicklas 285       dc = TestUtil.getDbControl();
6739 17 Feb 15 nicklas 286       bl = ItemList.getById(dc, id);
6739 17 Feb 15 nicklas 287       int newSize = bl.getSize();
6739 17 Feb 15 nicklas 288       if (newSize != oldSize + itemIds.length)
6739 17 Feb 15 nicklas 289       {
6739 17 Feb 15 nicklas 290         throw new BaseException("new size=" + newSize + "; old size="+oldSize);
6739 17 Feb 15 nicklas 291       }
6739 17 Feb 15 nicklas 292       write("--Add items to list OK (new size=" + newSize + ")");
6739 17 Feb 15 nicklas 293     }
6739 17 Feb 15 nicklas 294     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 295     {
6739 17 Feb 15 nicklas 296       write("--Add items to list FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 297       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 298       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 299     }
6739 17 Feb 15 nicklas 300     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 301     {
6739 17 Feb 15 nicklas 302       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 303     }
6739 17 Feb 15 nicklas 304   }
7834 26 Jun 20 nicklas 305   
7834 26 Jun 20 nicklas 306   static void test_add_by_query(int id, String nameFilter, int expectedSize)
7834 26 Jun 20 nicklas 307   {
7834 26 Jun 20 nicklas 308     if (id == 0 ) return;
7834 26 Jun 20 nicklas 309     DbControl dc = null;
7834 26 Jun 20 nicklas 310     try
7834 26 Jun 20 nicklas 311     {
7834 26 Jun 20 nicklas 312       dc = TestUtil.getDbControl();
7834 26 Jun 20 nicklas 313       ItemList bl = ItemList.getById(dc, id);
7834 26 Jun 20 nicklas 314       
7834 26 Jun 20 nicklas 315       ItemQuery<BioSource> query = BioSource.getQuery();
7834 26 Jun 20 nicklas 316       query.restrict(Restrictions.like(Hql.property("name"), Expressions.string(nameFilter)));
7834 26 Jun 20 nicklas 317       bl.add(query);
7834 26 Jun 20 nicklas 318       dc.commit();
7834 26 Jun 20 nicklas 319       
7834 26 Jun 20 nicklas 320       dc = TestUtil.getDbControl();
7834 26 Jun 20 nicklas 321       bl = ItemList.getById(dc, id);
7834 26 Jun 20 nicklas 322       if (bl.getSize() != expectedSize)
7834 26 Jun 20 nicklas 323       {
7834 26 Jun 20 nicklas 324         throw new BaseException("Incorrect size; expected=" + expectedSize + "; actual=" + bl.getSize());
7834 26 Jun 20 nicklas 325       }
7834 26 Jun 20 nicklas 326       write("--Add items to list by query OK (new size=" + expectedSize + ")");
7834 26 Jun 20 nicklas 327     }
7834 26 Jun 20 nicklas 328     catch (Throwable ex)
7834 26 Jun 20 nicklas 329     {
7834 26 Jun 20 nicklas 330       write("--Add items to list by query FAILED");
7834 26 Jun 20 nicklas 331       ex.printStackTrace();
7834 26 Jun 20 nicklas 332       ok = false;
7834 26 Jun 20 nicklas 333     }
7834 26 Jun 20 nicklas 334     finally
7834 26 Jun 20 nicklas 335     {
7834 26 Jun 20 nicklas 336       if (dc != null) dc.close();
7834 26 Jun 20 nicklas 337     }
7834 26 Jun 20 nicklas 338   }
7834 26 Jun 20 nicklas 339   
7834 26 Jun 20 nicklas 340   static void test_remove_by_query(int id, String nameFilter, int expectedSize)
7834 26 Jun 20 nicklas 341   {
7834 26 Jun 20 nicklas 342     if (id == 0 ) return;
7834 26 Jun 20 nicklas 343     DbControl dc = null;
7834 26 Jun 20 nicklas 344     try
7834 26 Jun 20 nicklas 345     {
7834 26 Jun 20 nicklas 346       dc = TestUtil.getDbControl();
7834 26 Jun 20 nicklas 347       ItemList bl = ItemList.getById(dc, id);
7834 26 Jun 20 nicklas 348       
7834 26 Jun 20 nicklas 349       ItemQuery<BioSource> query = BioSource.getQuery();
7834 26 Jun 20 nicklas 350       query.restrict(Restrictions.like(Hql.property("name"), Expressions.string(nameFilter)));
7834 26 Jun 20 nicklas 351       bl.removeItems(query);
7834 26 Jun 20 nicklas 352       dc.commit();
7834 26 Jun 20 nicklas 353       
7834 26 Jun 20 nicklas 354       dc = TestUtil.getDbControl();
7834 26 Jun 20 nicklas 355       bl = ItemList.getById(dc, id);
7834 26 Jun 20 nicklas 356       if (bl.getSize() != expectedSize)
7834 26 Jun 20 nicklas 357       {
7834 26 Jun 20 nicklas 358         throw new BaseException("Incorrect size; expected=" + expectedSize + "; actual=" + bl.getSize());
7834 26 Jun 20 nicklas 359       }
7834 26 Jun 20 nicklas 360       write("--Remove items from list by query OK (new size=" + expectedSize + ")");
7834 26 Jun 20 nicklas 361     }
7834 26 Jun 20 nicklas 362     catch (Throwable ex)
7834 26 Jun 20 nicklas 363     {
7834 26 Jun 20 nicklas 364       write("--Remove items from list by query FAILED");
7834 26 Jun 20 nicklas 365       ex.printStackTrace();
7834 26 Jun 20 nicklas 366       ok = false;
7834 26 Jun 20 nicklas 367     }
7834 26 Jun 20 nicklas 368     finally
7834 26 Jun 20 nicklas 369     {
7834 26 Jun 20 nicklas 370       if (dc != null) dc.close();
7834 26 Jun 20 nicklas 371     }
7834 26 Jun 20 nicklas 372   }
6739 17 Feb 15 nicklas 373
6891 29 Apr 15 nicklas 374   static int test_create_and_add_member(int id)
6739 17 Feb 15 nicklas 375   {
6891 29 Apr 15 nicklas 376     if (id == 0) return 0;
6739 17 Feb 15 nicklas 377     DbControl dc = null;
6739 17 Feb 15 nicklas 378     try
6739 17 Feb 15 nicklas 379     {
6739 17 Feb 15 nicklas 380       dc = TestUtil.getDbControl();
6891 29 Apr 15 nicklas 381       
6891 29 Apr 15 nicklas 382       BioSource bs = BioSource.getNew(dc);
6891 29 Apr 15 nicklas 383       dc.saveItem(bs);
6891 29 Apr 15 nicklas 384       
6739 17 Feb 15 nicklas 385       ItemList bl = ItemList.getById(dc, id);
6891 29 Apr 15 nicklas 386       bl.add(bs);
6891 29 Apr 15 nicklas 387       
6891 29 Apr 15 nicklas 388       dc.commit();
6891 29 Apr 15 nicklas 389       id = bs.getId();
6891 29 Apr 15 nicklas 390       write_item(0, bs);
6891 29 Apr 15 nicklas 391       write("--Create and add member to list OK");
6891 29 Apr 15 nicklas 392     }
6891 29 Apr 15 nicklas 393     catch (Throwable ex)
6891 29 Apr 15 nicklas 394     {
6891 29 Apr 15 nicklas 395       write("--Create and add member to list FAILED");
6891 29 Apr 15 nicklas 396       ex.printStackTrace();
6891 29 Apr 15 nicklas 397       ok = false;
6891 29 Apr 15 nicklas 398     }
6891 29 Apr 15 nicklas 399     finally
6891 29 Apr 15 nicklas 400     {
6891 29 Apr 15 nicklas 401       if (dc != null) dc.close();
6891 29 Apr 15 nicklas 402     }
6891 29 Apr 15 nicklas 403     return id;
6891 29 Apr 15 nicklas 404   }
6891 29 Apr 15 nicklas 405
6891 29 Apr 15 nicklas 406   
6891 29 Apr 15 nicklas 407   static void test_remove_members(int id, int... items)
6891 29 Apr 15 nicklas 408   {
6891 29 Apr 15 nicklas 409     if (id == 0) return;
6891 29 Apr 15 nicklas 410     DbControl dc = null;
6891 29 Apr 15 nicklas 411     try
6891 29 Apr 15 nicklas 412     {
6891 29 Apr 15 nicklas 413       dc = TestUtil.getDbControl();
6891 29 Apr 15 nicklas 414       ItemList bl = ItemList.getById(dc, id);
6739 17 Feb 15 nicklas 415       int oldSize = bl.getSize();
6891 29 Apr 15 nicklas 416       for (int itemId : items)
6891 29 Apr 15 nicklas 417       {
6891 29 Apr 15 nicklas 418         Listable bm = (Listable)bl.getMemberType().getById(dc, itemId);
7599 22 Feb 19 nicklas 419         bl.removeItem(bm);
6891 29 Apr 15 nicklas 420       }
6739 17 Feb 15 nicklas 421       dc.commit();
6739 17 Feb 15 nicklas 422       dc = TestUtil.getDbControl();
6739 17 Feb 15 nicklas 423       bl = ItemList.getById(dc, id);
6739 17 Feb 15 nicklas 424       int newSize = bl.getSize();
6891 29 Apr 15 nicklas 425       if (newSize != oldSize - items.length)
6739 17 Feb 15 nicklas 426       {
6739 17 Feb 15 nicklas 427         throw new BaseException("new size=" + newSize + "; old size="+oldSize);
6739 17 Feb 15 nicklas 428       }
6739 17 Feb 15 nicklas 429       write("--Remove items from list OK (new size=" + newSize + ")");
6739 17 Feb 15 nicklas 430     }
6739 17 Feb 15 nicklas 431     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 432     {
6739 17 Feb 15 nicklas 433       write("--Remove items from list FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 434       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 435       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 436     }
6739 17 Feb 15 nicklas 437     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 438     {
6739 17 Feb 15 nicklas 439       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 440     }
6739 17 Feb 15 nicklas 441   }
6739 17 Feb 15 nicklas 442   
6739 17 Feb 15 nicklas 443   static void test_list_members(int id, int expectedResults)
6739 17 Feb 15 nicklas 444   {
6739 17 Feb 15 nicklas 445     if (id == 0) return;
6739 17 Feb 15 nicklas 446     DbControl dc = null;
6739 17 Feb 15 nicklas 447     try
6739 17 Feb 15 nicklas 448     {
6739 17 Feb 15 nicklas 449       dc = TestUtil.getDbControl();
6739 17 Feb 15 nicklas 450       ItemList bl = ItemList.getById(dc, id);
6739 17 Feb 15 nicklas 451       ItemQuery<? extends Listable> query = bl.getMembers();
6739 17 Feb 15 nicklas 452       ItemResultList<? extends Listable> l = query.list(dc);
6739 17 Feb 15 nicklas 453       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
6739 17 Feb 15 nicklas 454       {
6741 17 Feb 15 nicklas 455         write_item(i, l.get(i));
6739 17 Feb 15 nicklas 456       }
6741 17 Feb 15 nicklas 457       if (bl.getSize() != l.size())
6741 17 Feb 15 nicklas 458       {
6741 17 Feb 15 nicklas 459         String msg = "List size is " + bl.getSize() + " but query returned " + l.size() + " members";
6741 17 Feb 15 nicklas 460         if (expectedResults >= 0)
6741 17 Feb 15 nicklas 461         {
6741 17 Feb 15 nicklas 462           msg += " (expected " + expectedResults +")";
6741 17 Feb 15 nicklas 463         }
6741 17 Feb 15 nicklas 464         throw new BaseException(msg);
6741 17 Feb 15 nicklas 465       }
6739 17 Feb 15 nicklas 466       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
6739 17 Feb 15 nicklas 467       {
6739 17 Feb 15 nicklas 468         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
6739 17 Feb 15 nicklas 469       }
6739 17 Feb 15 nicklas 470       write("--List members in item list OK (" + l.size() + ")");
6739 17 Feb 15 nicklas 471     }
6739 17 Feb 15 nicklas 472     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 473     {
6739 17 Feb 15 nicklas 474       write("--List members in item list FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 475       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 476       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 477     }
6739 17 Feb 15 nicklas 478     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 479     {
6739 17 Feb 15 nicklas 480       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 481     }
6739 17 Feb 15 nicklas 482   }
6739 17 Feb 15 nicklas 483
6891 29 Apr 15 nicklas 484   static int test_union(int toId, int expectedSize, int... fromId)
6739 17 Feb 15 nicklas 485   {
6891 29 Apr 15 nicklas 486     if (toId == 0) return 0;
6739 17 Feb 15 nicklas 487     DbControl dc = null;
6891 29 Apr 15 nicklas 488     int id = 0;
6739 17 Feb 15 nicklas 489     try
6739 17 Feb 15 nicklas 490     {
6739 17 Feb 15 nicklas 491       dc = TestUtil.getDbControl();
6891 29 Apr 15 nicklas 492       
6891 29 Apr 15 nicklas 493       BioSource bs = BioSource.getNew(dc);
6891 29 Apr 15 nicklas 494       dc.saveItem(bs);
6891 29 Apr 15 nicklas 495       
6739 17 Feb 15 nicklas 496       ItemList to = ItemList.getById(dc, toId);
6739 17 Feb 15 nicklas 497       List<ItemList> from = new ArrayList<ItemList>(fromId.length);
6739 17 Feb 15 nicklas 498       for (int rlId : fromId)
6739 17 Feb 15 nicklas 499       {
6891 29 Apr 15 nicklas 500         ItemList list = ItemList.getById(dc, rlId);
6891 29 Apr 15 nicklas 501         list.add(bs);
6891 29 Apr 15 nicklas 502         from.add(list);
6739 17 Feb 15 nicklas 503       }
6739 17 Feb 15 nicklas 504       to.addUnion(from);
6739 17 Feb 15 nicklas 505       dc.commit();
6891 29 Apr 15 nicklas 506       id = bs.getId();
6739 17 Feb 15 nicklas 507       if (expectedSize != to.getSize())
6739 17 Feb 15 nicklas 508       {
6739 17 Feb 15 nicklas 509         throw new BaseException("Incorrect size; expected=" + expectedSize + "; actual=" + to.getSize());
6739 17 Feb 15 nicklas 510       }
6739 17 Feb 15 nicklas 511       write("--Create union OK (size=" + expectedSize + ")");
6739 17 Feb 15 nicklas 512     }
6739 17 Feb 15 nicklas 513     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 514     {
6739 17 Feb 15 nicklas 515       write ("--Create union FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 516       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 517       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 518     }
6739 17 Feb 15 nicklas 519     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 520     {
6739 17 Feb 15 nicklas 521       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 522     }
6891 29 Apr 15 nicklas 523     return id;
6739 17 Feb 15 nicklas 524   }
6739 17 Feb 15 nicklas 525
6891 29 Apr 15 nicklas 526   static int test_intersect(int toId, int expectedSize, int... fromId)
6739 17 Feb 15 nicklas 527   {
6891 29 Apr 15 nicklas 528     if (toId == 0) return 0;
6739 17 Feb 15 nicklas 529     DbControl dc = null;
6891 29 Apr 15 nicklas 530     int id = 0;
6739 17 Feb 15 nicklas 531     try
6739 17 Feb 15 nicklas 532     {
6739 17 Feb 15 nicklas 533       dc = TestUtil.getDbControl();
6891 29 Apr 15 nicklas 534       
6891 29 Apr 15 nicklas 535       BioSource bs = BioSource.getNew(dc);
6891 29 Apr 15 nicklas 536       dc.saveItem(bs);
6891 29 Apr 15 nicklas 537       
6739 17 Feb 15 nicklas 538       ItemList to = ItemList.getById(dc, toId);
6739 17 Feb 15 nicklas 539       List<ItemList> from = new ArrayList<ItemList>(fromId.length);
6739 17 Feb 15 nicklas 540       for (int rlId : fromId)
6739 17 Feb 15 nicklas 541       {
6891 29 Apr 15 nicklas 542         ItemList list = ItemList.getById(dc, rlId);
6891 29 Apr 15 nicklas 543         list.add(bs);
6891 29 Apr 15 nicklas 544         from.add(list);
6739 17 Feb 15 nicklas 545       }
6739 17 Feb 15 nicklas 546       to.addIntersection(from);
6739 17 Feb 15 nicklas 547       dc.commit();
6891 29 Apr 15 nicklas 548       id = bs.getId();
6739 17 Feb 15 nicklas 549       if (expectedSize != to.getSize())
6739 17 Feb 15 nicklas 550       {
6739 17 Feb 15 nicklas 551         throw new BaseException("Incorrect size; expected=" + expectedSize + "; actual=" + to.getSize());
6739 17 Feb 15 nicklas 552       }
6739 17 Feb 15 nicklas 553       write("--Create intersection OK (size=" + expectedSize + ")");
6739 17 Feb 15 nicklas 554     }
6739 17 Feb 15 nicklas 555     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 556     {
6739 17 Feb 15 nicklas 557       write ("--Create intersection FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 558       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 559       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 560     }
6739 17 Feb 15 nicklas 561     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 562     {
6739 17 Feb 15 nicklas 563       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 564     }
6891 29 Apr 15 nicklas 565     return id;
6739 17 Feb 15 nicklas 566   }
6739 17 Feb 15 nicklas 567
6739 17 Feb 15 nicklas 568   static void test_remove(int toId, int baseId, int expectedSize, int... complementId)
6739 17 Feb 15 nicklas 569   {
6739 17 Feb 15 nicklas 570     if (toId == 0) return;
6739 17 Feb 15 nicklas 571     DbControl dc = null;
6739 17 Feb 15 nicklas 572     try
6739 17 Feb 15 nicklas 573     {
6739 17 Feb 15 nicklas 574       dc = TestUtil.getDbControl();
6739 17 Feb 15 nicklas 575       ItemList to = ItemList.getById(dc, toId);
6739 17 Feb 15 nicklas 576       to.addAll(ItemList.getById(dc, baseId));
6739 17 Feb 15 nicklas 577       List<ItemList> from = new ArrayList<ItemList>(complementId.length);
6739 17 Feb 15 nicklas 578       for (int rlId : complementId)
6739 17 Feb 15 nicklas 579       {
6739 17 Feb 15 nicklas 580         from.add(ItemList.getById(dc, rlId));
6739 17 Feb 15 nicklas 581       }
6739 17 Feb 15 nicklas 582       to.removeUnion(from);
6739 17 Feb 15 nicklas 583       dc.commit();
6739 17 Feb 15 nicklas 584       if (expectedSize != to.getSize())
6739 17 Feb 15 nicklas 585       {
6739 17 Feb 15 nicklas 586         throw new BaseException("Incorrect size; expected=" + expectedSize + "; actual=" + to.getSize());
6739 17 Feb 15 nicklas 587       }
6739 17 Feb 15 nicklas 588       write("--Remove items OK (size=" + expectedSize + ")");
6739 17 Feb 15 nicklas 589     }
6739 17 Feb 15 nicklas 590     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 591     {
6739 17 Feb 15 nicklas 592       write ("--Remove items FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 593       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 594       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 595     }
6739 17 Feb 15 nicklas 596     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 597     {
6739 17 Feb 15 nicklas 598       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 599     }
6739 17 Feb 15 nicklas 600   }
6739 17 Feb 15 nicklas 601   
6739 17 Feb 15 nicklas 602   static void test_retain(int toId, int baseId, int expectedSize, int... complementId)
6739 17 Feb 15 nicklas 603   {
6739 17 Feb 15 nicklas 604     if (toId == 0) return;
6739 17 Feb 15 nicklas 605     DbControl dc = null;
6739 17 Feb 15 nicklas 606     try
6739 17 Feb 15 nicklas 607     {
6739 17 Feb 15 nicklas 608       dc = TestUtil.getDbControl();
6739 17 Feb 15 nicklas 609       ItemList to = ItemList.getById(dc, toId);
6739 17 Feb 15 nicklas 610       to.addAll(ItemList.getById(dc, baseId));
6739 17 Feb 15 nicklas 611       List<ItemList> from = new ArrayList<ItemList>(complementId.length);
6739 17 Feb 15 nicklas 612       for (int rlId : complementId)
6739 17 Feb 15 nicklas 613       {
6739 17 Feb 15 nicklas 614         from.add(ItemList.getById(dc, rlId));
6739 17 Feb 15 nicklas 615       }
6739 17 Feb 15 nicklas 616       to.retainUnion(from);
6739 17 Feb 15 nicklas 617       dc.commit();
6739 17 Feb 15 nicklas 618       if (expectedSize != to.getSize())
6739 17 Feb 15 nicklas 619       {
6739 17 Feb 15 nicklas 620         throw new BaseException("Incorrect size; expected=" + expectedSize + "; actual=" + to.getSize());
6739 17 Feb 15 nicklas 621       }
6739 17 Feb 15 nicklas 622       write("--Retain items OK (size=" + expectedSize + ")");
6739 17 Feb 15 nicklas 623     }
6739 17 Feb 15 nicklas 624     catch (Throwable ex)
6739 17 Feb 15 nicklas 625     {
6739 17 Feb 15 nicklas 626       write ("--Retain items FAILED");
6739 17 Feb 15 nicklas 627       ex.printStackTrace();
6739 17 Feb 15 nicklas 628       ok = false;
6739 17 Feb 15 nicklas 629     }
6739 17 Feb 15 nicklas 630     finally
6739 17 Feb 15 nicklas 631     {
6739 17 Feb 15 nicklas 632       if (dc != null) dc.close();
6739 17 Feb 15 nicklas 633     }
6739 17 Feb 15 nicklas 634   }
6739 17 Feb 15 nicklas 635
6739 17 Feb 15 nicklas 636   
6739 17 Feb 15 nicklas 637 }
6739 17 Feb 15 nicklas 638

Generated on Sat Oct  7 02:41:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)