src/test/TestKit.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6990 02 Nov 15 nicklas 1 import java.util.Date;
6990 02 Nov 15 nicklas 2 import java.util.Set;
6990 02 Nov 15 nicklas 3
6990 02 Nov 15 nicklas 4 import net.sf.basedb.core.BaseException;
6990 02 Nov 15 nicklas 5 import net.sf.basedb.core.DbControl;
6990 02 Nov 15 nicklas 6 import net.sf.basedb.core.Extract;
6990 02 Nov 15 nicklas 7 import net.sf.basedb.core.ItemProxy;
6990 02 Nov 15 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.ItemSubtype;
6990 02 Nov 15 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.Kit;
6998 04 Nov 15 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.Trashcan;
6990 02 Nov 15 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
6990 02 Nov 15 nicklas 12
6990 02 Nov 15 nicklas 13 /*
6990 02 Nov 15 nicklas 14  $Id$
6990 02 Nov 15 nicklas 15
6990 02 Nov 15 nicklas 16   Copyright (C) 2015 Nicklas Nordborg
6990 02 Nov 15 nicklas 17
6990 02 Nov 15 nicklas 18   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6990 02 Nov 15 nicklas 19   Available at http://base.thep.lu.se/
6990 02 Nov 15 nicklas 20
6990 02 Nov 15 nicklas 21  BASE is free software; you can redistribute it and/or
6990 02 Nov 15 nicklas 22  modify it under the terms of the GNU General Public License
6990 02 Nov 15 nicklas 23  as published by the Free Software Foundation; either version 3
6990 02 Nov 15 nicklas 24  of the License, or (at your option) any later version.
6990 02 Nov 15 nicklas 25
6990 02 Nov 15 nicklas 26  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6990 02 Nov 15 nicklas 27  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6990 02 Nov 15 nicklas 28  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6990 02 Nov 15 nicklas 29  GNU General Public License for more details.
6990 02 Nov 15 nicklas 30
6990 02 Nov 15 nicklas 31  You should have received a copy of the GNU General Public License
6990 02 Nov 15 nicklas 32  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6990 02 Nov 15 nicklas 33  */
6990 02 Nov 15 nicklas 34
6990 02 Nov 15 nicklas 35 public class TestKit
6990 02 Nov 15 nicklas 36 {
6990 02 Nov 15 nicklas 37   static boolean ok = true;
6990 02 Nov 15 nicklas 38
6990 02 Nov 15 nicklas 39   public static void main(String[] args)
6990 02 Nov 15 nicklas 40   {
6990 02 Nov 15 nicklas 41     TestUtil.checkArgs(args);
6990 02 Nov 15 nicklas 42     TestUtil.begin();
6990 02 Nov 15 nicklas 43     ok = test_all();
6990 02 Nov 15 nicklas 44     TestUtil.stop();
6990 02 Nov 15 nicklas 45   }
6990 02 Nov 15 nicklas 46
6990 02 Nov 15 nicklas 47   static boolean test_all()
6990 02 Nov 15 nicklas 48   {
6990 02 Nov 15 nicklas 49     write("++Testing kits");
6990 02 Nov 15 nicklas 50     write_header();
6990 02 Nov 15 nicklas 51     // Standard tests: create, load, list
6990 02 Nov 15 nicklas 52     int id1 = test_create(0, null, true);
6990 02 Nov 15 nicklas 53     int id2 = test_create(0, null, false);
6990 02 Nov 15 nicklas 54     test_load(id1);
6998 04 Nov 15 nicklas 55     test_list(-1);
6990 02 Nov 15 nicklas 56
6990 02 Nov 15 nicklas 57     int extractId = TestExtract.test_create(0, "Extract with kit", 0, 0, false);
6990 02 Nov 15 nicklas 58     test_use_kit(id1, extractId);
6990 02 Nov 15 nicklas 59     
6990 02 Nov 15 nicklas 60     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
6990 02 Nov 15 nicklas 61
6990 02 Nov 15 nicklas 62     TestExtract.test_delete(extractId);
6990 02 Nov 15 nicklas 63     
6990 02 Nov 15 nicklas 64     // Standard test: Delete
6990 02 Nov 15 nicklas 65     test_delete(id1);
6990 02 Nov 15 nicklas 66     test_delete(id2);
6990 02 Nov 15 nicklas 67     write("++Testing kits "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
6990 02 Nov 15 nicklas 68     return ok;
6990 02 Nov 15 nicklas 69   }
6990 02 Nov 15 nicklas 70   
6990 02 Nov 15 nicklas 71   static int test_create(int kitTypeId, String name, boolean setAll)
6990 02 Nov 15 nicklas 72   {
6990 02 Nov 15 nicklas 73     int id = 0;
6990 02 Nov 15 nicklas 74     DbControl dc = null;
6990 02 Nov 15 nicklas 75     try
6990 02 Nov 15 nicklas 76     {
6990 02 Nov 15 nicklas 77       dc = TestUtil.getDbControl();
6990 02 Nov 15 nicklas 78       Kit k = Kit.getNew(dc);
6990 02 Nov 15 nicklas 79       if (kitTypeId > 0)
6990 02 Nov 15 nicklas 80       {
6990 02 Nov 15 nicklas 81         k.setItemSubtype(ItemSubtype.getById(dc, kitTypeId));
6990 02 Nov 15 nicklas 82       }
6990 02 Nov 15 nicklas 83       if(setAll)
6990 02 Nov 15 nicklas 84       {
6990 02 Nov 15 nicklas 85         k.setName("Test kit");
6990 02 Nov 15 nicklas 86         k.setDescription("Added at "+new Date());
6990 02 Nov 15 nicklas 87         k.setInactive(true);
6990 02 Nov 15 nicklas 88         k.setExpirationDate(new Date(System.currentTimeMillis()+48*3600*1000)); // Expire in two days
6990 02 Nov 15 nicklas 89       }
6990 02 Nov 15 nicklas 90       if (name != null) 
6990 02 Nov 15 nicklas 91       {
6990 02 Nov 15 nicklas 92         k.setName(name);
6990 02 Nov 15 nicklas 93       }
6990 02 Nov 15 nicklas 94       dc.saveItem(k);
6990 02 Nov 15 nicklas 95       dc.commit();
6990 02 Nov 15 nicklas 96       id = k.getId();
6990 02 Nov 15 nicklas 97       dc = TestUtil.getDbControl();
6990 02 Nov 15 nicklas 98       dc.reattachItem(k, false);
6990 02 Nov 15 nicklas 99       write_item(0, k);
6990 02 Nov 15 nicklas 100       write("--Create kit OK");
6990 02 Nov 15 nicklas 101     }
6990 02 Nov 15 nicklas 102     catch (Throwable ex)
6990 02 Nov 15 nicklas 103     {
6990 02 Nov 15 nicklas 104       write("--Create kit FAILED");
6990 02 Nov 15 nicklas 105       ex.printStackTrace();
6990 02 Nov 15 nicklas 106       ok = false;
6990 02 Nov 15 nicklas 107     }
6990 02 Nov 15 nicklas 108     finally
6990 02 Nov 15 nicklas 109     {
6990 02 Nov 15 nicklas 110       if (dc != null) dc.close();
6990 02 Nov 15 nicklas 111     }
6990 02 Nov 15 nicklas 112     return id;
6990 02 Nov 15 nicklas 113   }
6990 02 Nov 15 nicklas 114   
6990 02 Nov 15 nicklas 115   static void test_delete(int id)
6990 02 Nov 15 nicklas 116   {
6990 02 Nov 15 nicklas 117     if (id == 0) return;
6990 02 Nov 15 nicklas 118     DbControl dc = null;
6990 02 Nov 15 nicklas 119     try
6990 02 Nov 15 nicklas 120     {
6990 02 Nov 15 nicklas 121       dc = TestUtil.getDbControl();
6990 02 Nov 15 nicklas 122       Kit k = Kit.getById(dc, id);
6990 02 Nov 15 nicklas 123       dc.deleteItem(k);
6990 02 Nov 15 nicklas 124       Set<ItemProxy> using = k.getUsingItems();
6990 02 Nov 15 nicklas 125       if (using.size() > 0) 
6990 02 Nov 15 nicklas 126       {
6990 02 Nov 15 nicklas 127          throw new BaseException(k + " is used by " + using);
6990 02 Nov 15 nicklas 128       }
6990 02 Nov 15 nicklas 129       dc.commit();
6990 02 Nov 15 nicklas 130       write("--Delete kit OK");
6990 02 Nov 15 nicklas 131     }
6990 02 Nov 15 nicklas 132     catch (Throwable ex)
6990 02 Nov 15 nicklas 133     {
6990 02 Nov 15 nicklas 134       write("--Delete kit FAILED");
6990 02 Nov 15 nicklas 135       ex.printStackTrace();
6990 02 Nov 15 nicklas 136       ok = false;
6990 02 Nov 15 nicklas 137     }
6990 02 Nov 15 nicklas 138     finally
6990 02 Nov 15 nicklas 139     {
6990 02 Nov 15 nicklas 140       if (dc != null) dc.close();
6990 02 Nov 15 nicklas 141     }
6990 02 Nov 15 nicklas 142   }
6990 02 Nov 15 nicklas 143   
6990 02 Nov 15 nicklas 144   static void test_load(int id)
6990 02 Nov 15 nicklas 145   {
6990 02 Nov 15 nicklas 146     if (id == 0) return;
6990 02 Nov 15 nicklas 147     DbControl dc = null;
6990 02 Nov 15 nicklas 148     try
6990 02 Nov 15 nicklas 149     {
6990 02 Nov 15 nicklas 150       dc = TestUtil.getDbControl();
6990 02 Nov 15 nicklas 151       Kit k = Kit.getById(dc, id);
6990 02 Nov 15 nicklas 152       write_item(0, k);
6990 02 Nov 15 nicklas 153       write("--Load kit OK");
6990 02 Nov 15 nicklas 154     }
6990 02 Nov 15 nicklas 155     catch (Throwable ex)
6990 02 Nov 15 nicklas 156     {
6990 02 Nov 15 nicklas 157       write("--Load kit FAILED");
6990 02 Nov 15 nicklas 158       ex.printStackTrace();
6990 02 Nov 15 nicklas 159       ok = false;
6990 02 Nov 15 nicklas 160     }
6990 02 Nov 15 nicklas 161     finally
6990 02 Nov 15 nicklas 162     {
6990 02 Nov 15 nicklas 163       if (dc != null) dc.close();
6990 02 Nov 15 nicklas 164     }
6990 02 Nov 15 nicklas 165   }
6990 02 Nov 15 nicklas 166   
6998 04 Nov 15 nicklas 167   static boolean test_list(int expectedResults)
6990 02 Nov 15 nicklas 168   {
6990 02 Nov 15 nicklas 169     DbControl dc = null;
6990 02 Nov 15 nicklas 170     try
6990 02 Nov 15 nicklas 171     {
6990 02 Nov 15 nicklas 172       dc = TestUtil.getDbControl();
6990 02 Nov 15 nicklas 173       ItemResultList<Kit> l = Kit.getQuery().list(dc);
6990 02 Nov 15 nicklas 174       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
6990 02 Nov 15 nicklas 175       {
6990 02 Nov 15 nicklas 176         write_item(i, l.get(i));
6990 02 Nov 15 nicklas 177       }
6998 04 Nov 15 nicklas 178       if (expectedResults >=0 && expectedResults != l.size())
6998 04 Nov 15 nicklas 179       {
6998 04 Nov 15 nicklas 180         throw new BaseException("Expected " + expectedResults + " results, " +
6998 04 Nov 15 nicklas 181             "not " + l.size());
6998 04 Nov 15 nicklas 182       }
6990 02 Nov 15 nicklas 183       write("--List kits OK ("+l.size()+")");
6990 02 Nov 15 nicklas 184     }
6990 02 Nov 15 nicklas 185     catch (Throwable ex)
6990 02 Nov 15 nicklas 186     {
6990 02 Nov 15 nicklas 187       write("--List kits FAILED");
6990 02 Nov 15 nicklas 188       ex.printStackTrace();
6990 02 Nov 15 nicklas 189       ok = false;
6990 02 Nov 15 nicklas 190     }
6990 02 Nov 15 nicklas 191     finally
6990 02 Nov 15 nicklas 192     {
6990 02 Nov 15 nicklas 193       if (dc != null) dc.close();
6990 02 Nov 15 nicklas 194     }
6998 04 Nov 15 nicklas 195     return ok;
6990 02 Nov 15 nicklas 196   }
6990 02 Nov 15 nicklas 197   
6990 02 Nov 15 nicklas 198   static void write_header()
6990 02 Nov 15 nicklas 199   {
6990 02 Nov 15 nicklas 200     if (!TestUtil.getSilent())
6990 02 Nov 15 nicklas 201     {
6990 02 Nov 15 nicklas 202       write("   \tID \tName      \tDescription\tType\tInactive\tExpiration date");
6990 02 Nov 15 nicklas 203       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t----\t--------\t---------------");
6990 02 Nov 15 nicklas 204     }
6990 02 Nov 15 nicklas 205   }
6990 02 Nov 15 nicklas 206   static void write_item(int i, Kit k)
6990 02 Nov 15 nicklas 207     throws BaseException
6990 02 Nov 15 nicklas 208   {
6990 02 Nov 15 nicklas 209     if (!TestUtil.getSilent()) 
6990 02 Nov 15 nicklas 210       write(i+":\t"+k.getId()+"\t"+k.getName()+"\t"+k.getDescription()+"\t"+k.getItemSubtype()+
6990 02 Nov 15 nicklas 211         "\t"+k.isInactive()+"\t"+k.getExpirationDate()
6990 02 Nov 15 nicklas 212         );
6990 02 Nov 15 nicklas 213   }
6990 02 Nov 15 nicklas 214   static void write_item(int i, Extract e)
6990 02 Nov 15 nicklas 215       throws BaseException
6990 02 Nov 15 nicklas 216     {
6990 02 Nov 15 nicklas 217       if (!TestUtil.getSilent()) 
6990 02 Nov 15 nicklas 218         write(i+":\t"+e.getId()+"\t"+e.getName()+"\t"+e.getCreationEvent().getKit());
6990 02 Nov 15 nicklas 219     }
6990 02 Nov 15 nicklas 220   static void write(String message)
6990 02 Nov 15 nicklas 221   {
6990 02 Nov 15 nicklas 222     System.out.println(message);
6990 02 Nov 15 nicklas 223   }
6990 02 Nov 15 nicklas 224     
6990 02 Nov 15 nicklas 225   static void test_use_kit(int kitId, int extractId)
6990 02 Nov 15 nicklas 226   {
6990 02 Nov 15 nicklas 227     if (extractId == 0 || kitId == 0) return;
6990 02 Nov 15 nicklas 228     DbControl dc = null;
6990 02 Nov 15 nicklas 229     try
6990 02 Nov 15 nicklas 230     {
6990 02 Nov 15 nicklas 231       dc = TestUtil.getDbControl();
6990 02 Nov 15 nicklas 232       Kit k = Kit.getById(dc, kitId);
6990 02 Nov 15 nicklas 233       Extract e = Extract.getById(dc, extractId);
6990 02 Nov 15 nicklas 234       e.getCreationEvent().setKit(k);
6990 02 Nov 15 nicklas 235       dc.commit();
6990 02 Nov 15 nicklas 236       dc = TestUtil.getDbControl();
6990 02 Nov 15 nicklas 237       e = Extract.getById(dc, extractId);
6990 02 Nov 15 nicklas 238       write_item(0, e);
6990 02 Nov 15 nicklas 239       write("--Use kit OK");
6990 02 Nov 15 nicklas 240     }
6990 02 Nov 15 nicklas 241     catch (Throwable ex)
6990 02 Nov 15 nicklas 242     {
6990 02 Nov 15 nicklas 243       write("--Use kit FAILED");
6990 02 Nov 15 nicklas 244       ex.printStackTrace();
6990 02 Nov 15 nicklas 245       ok = false;
6990 02 Nov 15 nicklas 246     }
6990 02 Nov 15 nicklas 247     finally
6990 02 Nov 15 nicklas 248     {
6990 02 Nov 15 nicklas 249       if (dc != null) dc.close();
6990 02 Nov 15 nicklas 250     }
6990 02 Nov 15 nicklas 251   }
6998 04 Nov 15 nicklas 252   
6998 04 Nov 15 nicklas 253   static void test_delete_all()
6998 04 Nov 15 nicklas 254   {
6998 04 Nov 15 nicklas 255     DbControl dc = null;
6998 04 Nov 15 nicklas 256     try
6998 04 Nov 15 nicklas 257     {
6998 04 Nov 15 nicklas 258       dc = TestUtil.getDbControl();
6998 04 Nov 15 nicklas 259       ItemResultList<Kit> l = Kit.getQuery().list(dc);
6998 04 Nov 15 nicklas 260       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
6998 04 Nov 15 nicklas 261       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
6998 04 Nov 15 nicklas 262       dc.commit();
6998 04 Nov 15 nicklas 263       write("--Delete all kits OK ("+l.size()+")");
6998 04 Nov 15 nicklas 264     }
6998 04 Nov 15 nicklas 265     catch (Throwable ex)
6998 04 Nov 15 nicklas 266     {
6998 04 Nov 15 nicklas 267       write("--Delete all kits FAILED");
6998 04 Nov 15 nicklas 268       ex.printStackTrace();
6998 04 Nov 15 nicklas 269       ok = false;
6998 04 Nov 15 nicklas 270     }
6998 04 Nov 15 nicklas 271     finally
6998 04 Nov 15 nicklas 272     {
6998 04 Nov 15 nicklas 273       if (dc != null) dc.close();
6998 04 Nov 15 nicklas 274     }
6998 04 Nov 15 nicklas 275   }
6990 02 Nov 15 nicklas 276
6990 02 Nov 15 nicklas 277 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)