src/test/TestLowessNormalization.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2036 21 Feb 06 enell 1 /*
2205 28 Apr 06 enell 2   $Id$
2036 21 Feb 06 enell 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg
2205 28 Apr 06 enell 5
2205 28 Apr 06 enell 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2205 28 Apr 06 enell 7   Available at http://base.thep.lu.se/
2205 28 Apr 06 enell 8
2205 28 Apr 06 enell 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
2205 28 Apr 06 enell 10   under the terms of the GNU General Public License as published by
4480 05 Sep 08 jari 11   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
2205 28 Apr 06 enell 12   (at your option) any later version.
2205 28 Apr 06 enell 13
2205 28 Apr 06 enell 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
2205 28 Apr 06 enell 15   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2205 28 Apr 06 enell 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
2205 28 Apr 06 enell 17   General Public License for more details.
2205 28 Apr 06 enell 18
2205 28 Apr 06 enell 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2205 28 Apr 06 enell 21 */
5228 03 Feb 10 nicklas 22 import net.sf.basedb.core.BaseException;
5228 03 Feb 10 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.BioAssaySet;
5228 03 Feb 10 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5228 03 Feb 10 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.Experiment;
5228 03 Feb 10 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.Item;
5228 03 Feb 10 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.Job;
5228 03 Feb 10 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.Permission;
5228 03 Feb 10 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.PluginConfigurationRequest;
5228 03 Feb 10 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
5228 03 Feb 10 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
5228 03 Feb 10 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
5228 03 Feb 10 nicklas 33 import net.sf.basedb.plugins.LowessNormalization;
2205 28 Apr 06 enell 34
2036 21 Feb 06 enell 35 public class TestLowessNormalization
2036 21 Feb 06 enell 36 {
2036 21 Feb 06 enell 37   static boolean ok = true;
2036 21 Feb 06 enell 38   public static void main(String[] args)
2036 21 Feb 06 enell 39   {
2036 21 Feb 06 enell 40     TestUtil.checkArgs(args);
2036 21 Feb 06 enell 41     TestUtil.begin();
2036 21 Feb 06 enell 42     ok = test_all();
2036 21 Feb 06 enell 43     TestUtil.stop();
2036 21 Feb 06 enell 44   }
2036 21 Feb 06 enell 45
2036 21 Feb 06 enell 46   static boolean test_all()
2036 21 Feb 06 enell 47   {
5228 03 Feb 10 nicklas 48     boolean wasSetup = TestAnalyzeUtil.setupExperiment();
5228 03 Feb 10 nicklas 49     write("++Testing Lowess normalization");
2036 21 Feb 06 enell 50     try
2036 21 Feb 06 enell 51     {
5228 03 Feb 10 nicklas 52       int experimentId = TestAnalyzeUtil.getItemId("experiment.genepix");
5228 03 Feb 10 nicklas 53       int rootBasId = TestAnalyzeUtil.getItemId("bioassayset.root");
5228 03 Feb 10 nicklas 54       if (experimentId == 0 || rootBasId == 0)
2036 21 Feb 06 enell 55       {
5228 03 Feb 10 nicklas 56         ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 57         write("Test experiment was not setup correctly.");
5228 03 Feb 10 nicklas 58         return ok;
2036 21 Feb 06 enell 59       }
5228 03 Feb 10 nicklas 60   
5228 03 Feb 10 nicklas 61       int jobId = test_create_job(experimentId, rootBasId, "Lowess normalized", 0.33F, 0.1F, 4, 1);
5319 20 Apr 10 nicklas 62       ok &= TestJob.test_execute(jobId, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 63       int normalizedBasId = TestAnalyzeUtil.getBioAssaySetIdByName(experimentId, "Lowess normalized");
5228 03 Feb 10 nicklas 64       TestAnalyzeUtil.setItemId("bioassayset.lowess", normalizedBasId);
5228 03 Feb 10 nicklas 65       
2036 21 Feb 06 enell 66     }
2036 21 Feb 06 enell 67     finally
2036 21 Feb 06 enell 68     {
5228 03 Feb 10 nicklas 69       if (wasSetup) TestAnalyzeUtil.cleanupExperiment();
5228 03 Feb 10 nicklas 70       write("++Testing Lowess normalization "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
2036 21 Feb 06 enell 71     }
5228 03 Feb 10 nicklas 72     return ok;
2036 21 Feb 06 enell 73   }
2036 21 Feb 06 enell 74   
5228 03 Feb 10 nicklas 75   static int test_create_job(int experimentId, int bioAssaySetId, 
5228 03 Feb 10 nicklas 76     String childName, float fitFraction, float delta, int iterations, int blockGroup)
2036 21 Feb 06 enell 77   {
5228 03 Feb 10 nicklas 78     if (experimentId == 0 || bioAssaySetId == 0 || 
5228 03 Feb 10 nicklas 79       !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.JOB)) 
5228 03 Feb 10 nicklas 80     {
5228 03 Feb 10 nicklas 81       return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 82     }
2036 21 Feb 06 enell 83     int id = 0;
2036 21 Feb 06 enell 84     DbControl dc = null;
2036 21 Feb 06 enell 85     try
2036 21 Feb 06 enell 86     {
2036 21 Feb 06 enell 87       dc = TestUtil.getDbControl();
2036 21 Feb 06 enell 88
2036 21 Feb 06 enell 89       Experiment e = Experiment.getById(dc, experimentId);
5228 03 Feb 10 nicklas 90       BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
2036 21 Feb 06 enell 91       
5228 03 Feb 10 nicklas 92       PluginDefinition plugin = PluginDefinition.getByClassName(dc, LowessNormalization.class.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 93       Job j = Job.getNew(dc, plugin, null, e);
5228 03 Feb 10 nicklas 94       j.setName("Normalizing using Lowess");
5228 03 Feb 10 nicklas 95       dc.getSessionControl().getCurrentContext(Item.BIOASSAYSET).setId(bioAssaySetId);
2036 21 Feb 06 enell 96       PluginConfigurationRequest request = j.configure(null);
5228 03 Feb 10 nicklas 97       request.setParameterValue("source", bioAssaySet);
5228 03 Feb 10 nicklas 98       request.setParameterValue("childName", childName);
2036 21 Feb 06 enell 99       request.setParameterValue("fitFraction", fitFraction);
2036 21 Feb 06 enell 100       request.setParameterValue("delta", delta);
2036 21 Feb 06 enell 101       request.setParameterValue("iter", iterations);
2036 21 Feb 06 enell 102
5228 03 Feb 10 nicklas 103       TestJob.write_request_information(request.getRequestInformation());
2036 21 Feb 06 enell 104       
2036 21 Feb 06 enell 105       PluginResponse response = request.invoke();
2036 21 Feb 06 enell 106       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
2036 21 Feb 06 enell 107       {
2036 21 Feb 06 enell 108         response.saveParameters(dc);
2036 21 Feb 06 enell 109         dc.saveItem(j);
2036 21 Feb 06 enell 110         dc.commit();
2036 21 Feb 06 enell 111       }
2036 21 Feb 06 enell 112       else
2036 21 Feb 06 enell 113       {
2036 21 Feb 06 enell 114         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
2036 21 Feb 06 enell 115       }
2036 21 Feb 06 enell 116       id = j.getId();
2036 21 Feb 06 enell 117       write("--Create job for Lowess Normalization OK");
2036 21 Feb 06 enell 118     }
2036 21 Feb 06 enell 119     catch (Throwable ex)
2036 21 Feb 06 enell 120     {
2036 21 Feb 06 enell 121       write("--Create job for Lowess Normalization FAILED");
2036 21 Feb 06 enell 122       ex.printStackTrace();
2036 21 Feb 06 enell 123       ok = false;
2036 21 Feb 06 enell 124     }
2036 21 Feb 06 enell 125     finally
2036 21 Feb 06 enell 126     {
2036 21 Feb 06 enell 127       if (dc != null) dc.close();
2036 21 Feb 06 enell 128     }
2036 21 Feb 06 enell 129     return id;
2036 21 Feb 06 enell 130   }
2036 21 Feb 06 enell 131
2036 21 Feb 06 enell 132   static void write(String message)
2036 21 Feb 06 enell 133   {
2036 21 Feb 06 enell 134     System.out.println(message);
2036 21 Feb 06 enell 135   }
2036 21 Feb 06 enell 136 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)