src/test/TestMACalculator.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6366 05 Dec 13 nicklas 1 /*
6366 05 Dec 13 nicklas 2   $Id: TestJep.java 5320 2010-04-21 09:48:29Z nicklas $
6366 05 Dec 13 nicklas 3
6366 05 Dec 13 nicklas 4   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
6366 05 Dec 13 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
6366 05 Dec 13 nicklas 6   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
6366 05 Dec 13 nicklas 7
6366 05 Dec 13 nicklas 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6366 05 Dec 13 nicklas 9   Available at http://base.thep.lu.se/
6366 05 Dec 13 nicklas 10
6366 05 Dec 13 nicklas 11   BASE is free software; you can redistribute it and/or
6366 05 Dec 13 nicklas 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
6366 05 Dec 13 nicklas 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
6366 05 Dec 13 nicklas 14   of the License, or (at your option) any later version.
6366 05 Dec 13 nicklas 15
6366 05 Dec 13 nicklas 16   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6366 05 Dec 13 nicklas 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6366 05 Dec 13 nicklas 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6366 05 Dec 13 nicklas 19   GNU General Public License for more details.
6366 05 Dec 13 nicklas 20
6366 05 Dec 13 nicklas 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
6366 05 Dec 13 nicklas 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6366 05 Dec 13 nicklas 23 */
6366 05 Dec 13 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.IntensityTransform;
6366 05 Dec 13 nicklas 25 import net.sf.basedb.util.ma.MACalculator;
6366 05 Dec 13 nicklas 26
6366 05 Dec 13 nicklas 27 public class TestMACalculator
6366 05 Dec 13 nicklas 28 {
6366 05 Dec 13 nicklas 29
6366 05 Dec 13 nicklas 30   static boolean ok = true;
6366 05 Dec 13 nicklas 31   public static void main(String[] args)
6366 05 Dec 13 nicklas 32   {
6366 05 Dec 13 nicklas 33     TestUtil.checkArgs(args);
6366 05 Dec 13 nicklas 34     TestUtil.begin();
6366 05 Dec 13 nicklas 35     ok = test_all();
6366 05 Dec 13 nicklas 36     TestUtil.stop();
6366 05 Dec 13 nicklas 37   }
6366 05 Dec 13 nicklas 38
6366 05 Dec 13 nicklas 39   static boolean test_all()
6366 05 Dec 13 nicklas 40   {
6366 05 Dec 13 nicklas 41     write("++Testing MA calculators");
6366 05 Dec 13 nicklas 42
6366 05 Dec 13 nicklas 43     test_calculate(1, 1, 0, 0);
6366 05 Dec 13 nicklas 44     test_calculate(2, 1, 1, 0.15051499783199059760686944736225);
6366 05 Dec 13 nicklas 45     test_calculate(1, 2, -1, 0.15051499783199059760686944736225);
6366 05 Dec 13 nicklas 46     
6366 05 Dec 13 nicklas 47     double ch1 = Math.ceil(Math.random() * 100+10);
6366 05 Dec 13 nicklas 48     double ch2 = Math.ceil(Math.random() * 100+10);
6366 05 Dec 13 nicklas 49     double M = Math.log(ch1/ch2) / Math.log(2);
6366 05 Dec 13 nicklas 50     double A = Math.log10(ch1*ch2) / 2;
6366 05 Dec 13 nicklas 51     test_calculate(ch1, ch2, M, A);
6366 05 Dec 13 nicklas 52     test_calculate(ch2, ch1, -M, A);
6366 05 Dec 13 nicklas 53     
6366 05 Dec 13 nicklas 54     test_correct(1, 1, 0, 1, 1);
6366 05 Dec 13 nicklas 55     test_correct(2, 2, 1, 1, 4);
6366 05 Dec 13 nicklas 56     double factor = Math.random()-0.5;
6366 05 Dec 13 nicklas 57     
6366 05 Dec 13 nicklas 58     test_correct(ch1, ch2, factor, ch1 / Math.pow(2, factor) , ch2 * Math.pow(2, factor));
6366 05 Dec 13 nicklas 59     
6366 05 Dec 13 nicklas 60     write("++Testing MA calculators "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
6366 05 Dec 13 nicklas 61     return ok;
6366 05 Dec 13 nicklas 62   }
6366 05 Dec 13 nicklas 63
6366 05 Dec 13 nicklas 64   static double log2(double v)
6366 05 Dec 13 nicklas 65   {
6366 05 Dec 13 nicklas 66     return Math.log(v) / Math.log(2);
6366 05 Dec 13 nicklas 67   }
6366 05 Dec 13 nicklas 68   
6366 05 Dec 13 nicklas 69   static void test_calculate(double ch1, double ch2, double M, double A)
6366 05 Dec 13 nicklas 70   {
6366 05 Dec 13 nicklas 71     String calcSummary = "MA calculation: ["+ch1+","+ch2+"]->["+M+","+A+"]";
6366 05 Dec 13 nicklas 72
6366 05 Dec 13 nicklas 73     for (IntensityTransform tf : IntensityTransform.values())
6366 05 Dec 13 nicklas 74     {
6366 05 Dec 13 nicklas 75       MACalculator mac = tf.getMACalculator();
6366 05 Dec 13 nicklas 76       double[] MA = mac.MA(tf.transform(ch1), tf.transform(ch2));
6366 05 Dec 13 nicklas 77       
6366 05 Dec 13 nicklas 78       if (!compareOk(MA[0], M) || !compareOk(MA[1], A))
6366 05 Dec 13 nicklas 79       {
6366 05 Dec 13 nicklas 80         write("--" + calcSummary +": FAILED "+mac.getClass().getSimpleName()+"["+MA[0]+","+MA[1]+"]");
6366 05 Dec 13 nicklas 81         ok = false;
6366 05 Dec 13 nicklas 82       }
6366 05 Dec 13 nicklas 83     }
6366 05 Dec 13 nicklas 84
6366 05 Dec 13 nicklas 85     if (ok)
6366 05 Dec 13 nicklas 86     {
6366 05 Dec 13 nicklas 87       write("--" + calcSummary + ": OK");
6366 05 Dec 13 nicklas 88     }
6366 05 Dec 13 nicklas 89   }
6366 05 Dec 13 nicklas 90   
6366 05 Dec 13 nicklas 91   static void test_correct(double ch1, double ch2, double factor, double ch1New, double ch2New)
6366 05 Dec 13 nicklas 92   {
6366 05 Dec 13 nicklas 93     String calcSummary = "Correction calculation: ["+ch1+","+ch2+"]("+factor+")->["+ch1New+","+ch2New+"]";
6366 05 Dec 13 nicklas 94
6366 05 Dec 13 nicklas 95     for (IntensityTransform tf : IntensityTransform.values())
6366 05 Dec 13 nicklas 96     {
6366 05 Dec 13 nicklas 97       MACalculator mac = tf.getMACalculator();
6366 05 Dec 13 nicklas 98       double[] c = mac.correct(tf.transform(ch1), tf.transform(ch2), factor);
6366 05 Dec 13 nicklas 99       
6366 05 Dec 13 nicklas 100       if (!compareOk(c[0], tf.transform(ch1New)) || !compareOk(c[1], tf.transform(ch2New)))
6366 05 Dec 13 nicklas 101       {
6366 05 Dec 13 nicklas 102         write("--" + calcSummary +": FAILED "+mac.getClass().getSimpleName()+"["+c[0]+","+c[1]+"]");
6366 05 Dec 13 nicklas 103         ok = false;
6366 05 Dec 13 nicklas 104       }
6366 05 Dec 13 nicklas 105     }
6366 05 Dec 13 nicklas 106
6366 05 Dec 13 nicklas 107     if (ok)
6366 05 Dec 13 nicklas 108     {
6366 05 Dec 13 nicklas 109       write("--" + calcSummary + ": OK");
6366 05 Dec 13 nicklas 110     }
6366 05 Dec 13 nicklas 111   }
6366 05 Dec 13 nicklas 112
6366 05 Dec 13 nicklas 113   
6366 05 Dec 13 nicklas 114   static boolean compareOk(double v1, double v2)
6366 05 Dec 13 nicklas 115   {
6366 05 Dec 13 nicklas 116     return Math.abs(v1-v2) < 0.0000001;
6366 05 Dec 13 nicklas 117   }
6366 05 Dec 13 nicklas 118   
6366 05 Dec 13 nicklas 119   static void write(String message)
6366 05 Dec 13 nicklas 120   {
6366 05 Dec 13 nicklas 121     System.out.println(message);
6366 05 Dec 13 nicklas 122   }
6366 05 Dec 13 nicklas 123   
6366 05 Dec 13 nicklas 124
6366 05 Dec 13 nicklas 125 }
6366 05 Dec 13 nicklas 126

Generated on Sat Oct  7 02:41:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)