src/test/TestMedianRatioNormalization.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4514 11 Sep 08 jari 1 /*
4514 11 Sep 08 jari 2   $Id$
4514 11 Sep 08 jari 3
4514 11 Sep 08 jari 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg
4514 11 Sep 08 jari 5
4514 11 Sep 08 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4514 11 Sep 08 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
4514 11 Sep 08 jari 8
4514 11 Sep 08 jari 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4514 11 Sep 08 jari 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4514 11 Sep 08 jari 12   of the License, or (at your option) any later version.
4514 11 Sep 08 jari 13
4514 11 Sep 08 jari 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4514 11 Sep 08 jari 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4514 11 Sep 08 jari 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4514 11 Sep 08 jari 17   GNU General Public License for more details.
4514 11 Sep 08 jari 18
4514 11 Sep 08 jari 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4514 11 Sep 08 jari 21 */
1906 03 Feb 06 enell 22 import net.sf.basedb.core.BaseException;
1906 03 Feb 06 enell 23 import net.sf.basedb.core.BioAssaySet;
1906 03 Feb 06 enell 24 import net.sf.basedb.core.DbControl;
1906 03 Feb 06 enell 25 import net.sf.basedb.core.Experiment;
1906 03 Feb 06 enell 26 import net.sf.basedb.core.Item;
1906 03 Feb 06 enell 27 import net.sf.basedb.core.Job;
1906 03 Feb 06 enell 28 import net.sf.basedb.core.Permission;
1906 03 Feb 06 enell 29 import net.sf.basedb.core.PluginConfigurationRequest;
1906 03 Feb 06 enell 30 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
1906 03 Feb 06 enell 31 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
1906 03 Feb 06 enell 32 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
5228 03 Feb 10 nicklas 33 import net.sf.basedb.plugins.MedianRatioNormalization;
1906 03 Feb 06 enell 34
1906 03 Feb 06 enell 35 public class TestMedianRatioNormalization
1906 03 Feb 06 enell 36 {
1906 03 Feb 06 enell 37   static boolean ok = true;
1906 03 Feb 06 enell 38   public static void main(String[] args)
1906 03 Feb 06 enell 39   {
1906 03 Feb 06 enell 40     TestUtil.checkArgs(args);
1906 03 Feb 06 enell 41     TestUtil.begin();
1906 03 Feb 06 enell 42     ok = test_all();
1906 03 Feb 06 enell 43     TestUtil.stop();
1906 03 Feb 06 enell 44   }
1906 03 Feb 06 enell 45
1906 03 Feb 06 enell 46   static boolean test_all()
1906 03 Feb 06 enell 47   {
5228 03 Feb 10 nicklas 48     boolean wasSetup = TestAnalyzeUtil.setupExperiment();
5228 03 Feb 10 nicklas 49     write("++Testing MedianRatio normalization");
1906 03 Feb 06 enell 50     try
1906 03 Feb 06 enell 51     {
5228 03 Feb 10 nicklas 52       int experimentId = TestAnalyzeUtil.getItemId("experiment.genepix");
5228 03 Feb 10 nicklas 53       int rootBasId = TestAnalyzeUtil.getItemId("bioassayset.root");
5228 03 Feb 10 nicklas 54       if (experimentId == 0 || rootBasId == 0)
1906 03 Feb 06 enell 55       {
5228 03 Feb 10 nicklas 56         ok = false;
5228 03 Feb 10 nicklas 57         write("Test experiment was not setup correctly.");
5228 03 Feb 10 nicklas 58         return ok;
1906 03 Feb 06 enell 59       }
5228 03 Feb 10 nicklas 60   
5228 03 Feb 10 nicklas 61       int jobId = test_create_job(experimentId, rootBasId, "Median-ratio normalized", 100, 5, 5, 1);
5319 20 Apr 10 nicklas 62       ok &= TestJob.test_execute(jobId, false);
5228 03 Feb 10 nicklas 63       
5228 03 Feb 10 nicklas 64       int normalizedBasId = TestAnalyzeUtil.getBioAssaySetIdByName(experimentId, "Median-ratio normalized");
5228 03 Feb 10 nicklas 65       TestAnalyzeUtil.setItemId("bioassayset.median-ratio", normalizedBasId);
1906 03 Feb 06 enell 66     }
1906 03 Feb 06 enell 67     finally
1906 03 Feb 06 enell 68     {
5228 03 Feb 10 nicklas 69       // Cleanup
5228 03 Feb 10 nicklas 70       if (wasSetup) TestAnalyzeUtil.cleanupExperiment();
1906 03 Feb 06 enell 71     }
5228 03 Feb 10 nicklas 72     write("++Testing Median-ratio normalization "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
5228 03 Feb 10 nicklas 73     return ok;
1906 03 Feb 06 enell 74   }
1906 03 Feb 06 enell 75   
5228 03 Feb 10 nicklas 76   
5228 03 Feb 10 nicklas 77   static int test_create_job(int experimentId, int bioAssaySetId, String childName, 
5228 03 Feb 10 nicklas 78     float minIntensity, float lowExclude, float highExclude, int blockGroup)
1906 03 Feb 06 enell 79   {
5228 03 Feb 10 nicklas 80     if (experimentId == 0 || bioAssaySetId == 0 || 
5228 03 Feb 10 nicklas 81       !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.JOB)) 
5228 03 Feb 10 nicklas 82     {
5228 03 Feb 10 nicklas 83       return 0;
5228 03 Feb 10 nicklas 84     }
1906 03 Feb 06 enell 85     int id = 0;
1906 03 Feb 06 enell 86     DbControl dc = null;
1906 03 Feb 06 enell 87     try
1906 03 Feb 06 enell 88     {
1906 03 Feb 06 enell 89       dc = TestUtil.getDbControl();
1906 03 Feb 06 enell 90
1906 03 Feb 06 enell 91       Experiment e = Experiment.getById(dc, experimentId);
5228 03 Feb 10 nicklas 92       BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5228 03 Feb 10 nicklas 93             
5228 03 Feb 10 nicklas 94       PluginDefinition plugin = PluginDefinition.getByClassName(dc, MedianRatioNormalization.class.getName());
5228 03 Feb 10 nicklas 95       Job j = Job.getNew(dc, plugin, null, e);
5228 03 Feb 10 nicklas 96       j.setName("Normalizing using Media-ratio");
5228 03 Feb 10 nicklas 97       dc.getSessionControl().getCurrentContext(Item.BIOASSAYSET).setId(bioAssaySetId);
1906 03 Feb 06 enell 98       PluginConfigurationRequest request = j.configure(null);
5228 03 Feb 10 nicklas 99       request.setParameterValue("source", bioAssaySet);
5228 03 Feb 10 nicklas 100       request.setParameterValue("childName", childName);
1906 03 Feb 06 enell 101       request.setParameterValue("minIntensity", minIntensity);
1906 03 Feb 06 enell 102       request.setParameterValue("lowExclude", lowExclude);
1906 03 Feb 06 enell 103       request.setParameterValue("highExclude", highExclude);
1906 03 Feb 06 enell 104       request.setParameterValue("blockGroup", blockGroup);
1906 03 Feb 06 enell 105
5228 03 Feb 10 nicklas 106       TestJob.write_request_information(request.getRequestInformation());
1906 03 Feb 06 enell 107       
1906 03 Feb 06 enell 108       PluginResponse response = request.invoke();
1906 03 Feb 06 enell 109       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
1906 03 Feb 06 enell 110       {
1906 03 Feb 06 enell 111         response.saveParameters(dc);
1906 03 Feb 06 enell 112         dc.saveItem(j);
1906 03 Feb 06 enell 113         dc.commit();
1906 03 Feb 06 enell 114       }
1906 03 Feb 06 enell 115       else
1906 03 Feb 06 enell 116       {
1906 03 Feb 06 enell 117         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
1906 03 Feb 06 enell 118       }
1906 03 Feb 06 enell 119       id = j.getId();
1906 03 Feb 06 enell 120       write("--Create job for Median Ratio Normalization OK");
1906 03 Feb 06 enell 121     }
1906 03 Feb 06 enell 122     catch (Throwable ex)
1906 03 Feb 06 enell 123     {
1906 03 Feb 06 enell 124       write("--Create job for Median Ratio Normalization FAILED");
1906 03 Feb 06 enell 125       ex.printStackTrace();
1906 03 Feb 06 enell 126       ok = false;
1906 03 Feb 06 enell 127     }
1906 03 Feb 06 enell 128     finally
1906 03 Feb 06 enell 129     {
1906 03 Feb 06 enell 130       if (dc != null) dc.close();
1906 03 Feb 06 enell 131     }
1906 03 Feb 06 enell 132     return id;
1906 03 Feb 06 enell 133   }
1906 03 Feb 06 enell 134
1906 03 Feb 06 enell 135   static void write(String message)
1906 03 Feb 06 enell 136   {
1906 03 Feb 06 enell 137     System.out.println(message);
1906 03 Feb 06 enell 138   }
1906 03 Feb 06 enell 139
1906 03 Feb 06 enell 140 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:51 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)