src/test/TestMetadata.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5293 30 Mar 10 nicklas 1 /*
5293 30 Mar 10 nicklas 2  $Id$
5293 30 Mar 10 nicklas 3
5293 30 Mar 10 nicklas 4   Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
5293 30 Mar 10 nicklas 5
5293 30 Mar 10 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5293 30 Mar 10 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
5293 30 Mar 10 nicklas 8
5293 30 Mar 10 nicklas 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
5293 30 Mar 10 nicklas 10  modify it under the terms of the GNU General Public License
5293 30 Mar 10 nicklas 11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
5293 30 Mar 10 nicklas 12  of the License, or (at your option) any later version.
5293 30 Mar 10 nicklas 13
5293 30 Mar 10 nicklas 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5293 30 Mar 10 nicklas 15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5293 30 Mar 10 nicklas 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5293 30 Mar 10 nicklas 17  GNU General Public License for more details.
5293 30 Mar 10 nicklas 18
5293 30 Mar 10 nicklas 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
5293 30 Mar 10 nicklas 20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5293 30 Mar 10 nicklas 21  */
5293 30 Mar 10 nicklas 22
5306 12 Apr 10 nicklas 23 import java.util.Collection;
5293 30 Mar 10 nicklas 24 import java.util.Date;
5293 30 Mar 10 nicklas 25
5306 12 Apr 10 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.BaseException;
5293 30 Mar 10 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.BasicItem;
5293 30 Mar 10 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5652 10 Jun 11 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
5641 25 May 11 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.Extract;
5293 30 Mar 10 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.Formula;
5293 30 Mar 10 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.Item;
5293 30 Mar 10 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.Metadata;
5642 26 May 11 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay;
5293 30 Mar 10 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.Platform;
5293 30 Mar 10 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
5293 30 Mar 10 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.Metadata.PropertyPath;
5632 17 May 11 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.SystemItems;
5632 17 May 11 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.Tag;
5293 30 Mar 10 nicklas 40
5293 30 Mar 10 nicklas 41 public class TestMetadata
5293 30 Mar 10 nicklas 42 {
5293 30 Mar 10 nicklas 43   
5293 30 Mar 10 nicklas 44   public static void main(String[] args)
5293 30 Mar 10 nicklas 45   {
5293 30 Mar 10 nicklas 46     TestUtil.checkArgs(args);
5293 30 Mar 10 nicklas 47     TestUtil.begin();
5293 30 Mar 10 nicklas 48     ok = test_all();
5293 30 Mar 10 nicklas 49     TestUtil.stop();
5293 30 Mar 10 nicklas 50   }
5293 30 Mar 10 nicklas 51   
5293 30 Mar 10 nicklas 52   private static boolean ok = true;
5293 30 Mar 10 nicklas 53
5293 30 Mar 10 nicklas 54   public static Boolean test_all()
5293 30 Mar 10 nicklas 55   {
5293 30 Mar 10 nicklas 56     write("++Testing metadata");
5293 30 Mar 10 nicklas 57     // Simple property on root class
5293 30 Mar 10 nicklas 58     PropertyPath<RawBioAssay, String> name = 
5306 12 Apr 10 nicklas 59       test_create_property_path(RawBioAssay.class, "name", false);
5293 30 Mar 10 nicklas 60     // Association + id property
5688 10 Aug 11 nicklas 61     PropertyPath<RawBioAssay, Integer> scan = 
5688 10 Aug 11 nicklas 62       test_create_property_path(RawBioAssay.class, "parentBioAssay.id", false);
5293 30 Mar 10 nicklas 63     // Null association
5293 30 Mar 10 nicklas 64     PropertyPath<RawBioAssay, String> protocolName = 
5688 10 Aug 11 nicklas 65       test_create_property_path(RawBioAssay.class, "parentBioAssay.protocol.name", false);
5293 30 Mar 10 nicklas 66     // Date value
5293 30 Mar 10 nicklas 67     PropertyPath<RawBioAssay, Date> hybDate = 
6100 04 Sep 12 nicklas 68       test_create_property_path(RawBioAssay.class, "parentBioAssay.extract.creationEvent.entryDate", false);
5293 30 Mar 10 nicklas 69     // Long path + case insensitive
6100 04 Sep 12 nicklas 70     PropertyPath<RawBioAssay, String> sampleSubtype = 
6100 04 Sep 12 nicklas 71       test_create_property_path(RawBioAssay.class, "ParentBioAssay.Extract.Parent.ItemSubtype", false);
5293 30 Mar 10 nicklas 72     // Component
5293 30 Mar 10 nicklas 73     PropertyPath<Formula, Float> formulaMinValue = 
5306 12 Apr 10 nicklas 74       test_create_property_path(Formula.class, "coloring.minValue", false);
5293 30 Mar 10 nicklas 75     // Collection
5306 12 Apr 10 nicklas 76     PropertyPath<Formula, Collection<String>> formulaFormulas = 
5306 12 Apr 10 nicklas 77       test_create_property_path(Formula.class, "formulas", false);
5306 12 Apr 10 nicklas 78     // THE TESTS BELOW ARE INVALID PROPERTY PATHS
5306 12 Apr 10 nicklas 79     // Unknown paths
5306 12 Apr 10 nicklas 80     test_create_property_path(RawBioAssay.class, "foo", true);
5306 12 Apr 10 nicklas 81     test_create_property_path(RawBioAssay.class, "name.foo", true);
5688 10 Aug 11 nicklas 82     test_create_property_path(RawBioAssay.class, "parentBioAssay.foo", true);
5293 30 Mar 10 nicklas 83     
5306 12 Apr 10 nicklas 84     // Collection of entities should fail
5688 10 Aug 11 nicklas 85     test_create_property_path(DerivedBioAssay.class, "children", true);
5306 12 Apr 10 nicklas 86     
6100 04 Sep 12 nicklas 87     int sampleSubtypeId = TestItemSubtype.test_create(Item.SAMPLE, "Test sample subtype");
6100 04 Sep 12 nicklas 88     int sampleId = TestSample.test_create(0, "Test sample", sampleSubtypeId, false);
5632 17 May 11 nicklas 89     int labelId = TestTag.test_create("Test label", SystemItems.getId(Tag.LABEL), true);
6100 04 Sep 12 nicklas 90     int labeledExtractId = TestExtract.test_create(sampleId, "Test extract", SystemItems.getId(Extract.LABELED), labelId, true);
6100 04 Sep 12 nicklas 91     int hybId = TestPhysicalBioAssay.test_create(0, "Test hyb", SystemItems.getId(PhysicalBioAssay.HYBRIDIZATION), 1, labeledExtractId);
6100 04 Sep 12 nicklas 92     int scanId = TestDerivedBioAssay.test_create_root("Test scan", hybId, SystemItems.getId(DerivedBioAssay.SCAN), labeledExtractId, 0, 0, 0);
5293 30 Mar 10 nicklas 93     int rawId = TestRawBioAssay.test_create(Platform.GENERIC, "genepix", "My raw bioassay", 
6100 04 Sep 12 nicklas 94         scanId, labeledExtractId, 0, 0, 0, true);
5293 30 Mar 10 nicklas 95     int formulaId = TestFormula.test_create("Test metadata", Formula.Type.COLUMN_EXPRESSION, 
5293 30 Mar 10 nicklas 96       "genepix",  new String[] { "ch(1) + ch(2)" }, true);
5293 30 Mar 10 nicklas 97     int pluginId = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.AnnotationFlatFileImporter");
5293 30 Mar 10 nicklas 98     
5293 30 Mar 10 nicklas 99     test_use_property_path(name, Item.RAWBIOASSAY, rawId);
5293 30 Mar 10 nicklas 100     test_use_property_path(scan, Item.RAWBIOASSAY, rawId);
5293 30 Mar 10 nicklas 101     test_use_property_path(protocolName, Item.RAWBIOASSAY, rawId);
5293 30 Mar 10 nicklas 102     test_use_property_path(hybDate, Item.RAWBIOASSAY, rawId);
6100 04 Sep 12 nicklas 103     test_use_property_path(sampleSubtype, Item.RAWBIOASSAY, rawId);
5293 30 Mar 10 nicklas 104     test_use_property_path(formulaMinValue, Item.FORMULA, formulaId);
5306 12 Apr 10 nicklas 105     test_use_property_path(formulaFormulas, Item.FORMULA, formulaId);
5293 30 Mar 10 nicklas 106     
5293 30 Mar 10 nicklas 107     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
5293 30 Mar 10 nicklas 108     
5293 30 Mar 10 nicklas 109     TestFormula.test_delete(formulaId);
5293 30 Mar 10 nicklas 110     TestRawBioAssay.test_delete(rawId);
5688 10 Aug 11 nicklas 111     TestDerivedBioAssay.test_delete(scanId);
5642 26 May 11 nicklas 112     TestPhysicalBioAssay.test_delete(hybId);
5641 25 May 11 nicklas 113     TestExtract.test_delete(labeledExtractId);
5632 17 May 11 nicklas 114     TestTag.test_delete(labelId);
6100 04 Sep 12 nicklas 115     TestSample.test_delete(sampleId);
6100 04 Sep 12 nicklas 116     TestItemSubtype.test_delete(sampleSubtypeId);
5293 30 Mar 10 nicklas 117     
5293 30 Mar 10 nicklas 118     write("++Testing metadata "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
5293 30 Mar 10 nicklas 119     return ok;
5293 30 Mar 10 nicklas 120   }
5293 30 Mar 10 nicklas 121   
5306 12 Apr 10 nicklas 122   static <I, V> PropertyPath<I, V> test_create_property_path(Class<I> itemClass, String path, boolean shouldFail)
5293 30 Mar 10 nicklas 123   {
5293 30 Mar 10 nicklas 124     PropertyPath<I, V> propertyPath = null;;
5293 30 Mar 10 nicklas 125     try
5293 30 Mar 10 nicklas 126     {
5306 12 Apr 10 nicklas 127       Throwable t = null;
5306 12 Apr 10 nicklas 128       try
5306 12 Apr 10 nicklas 129       {
5306 12 Apr 10 nicklas 130         Metadata<I> metadata = Metadata.getInstance(itemClass);
5306 12 Apr 10 nicklas 131         propertyPath = metadata.getPropertyPath(path, true);
5306 12 Apr 10 nicklas 132       }
5306 12 Apr 10 nicklas 133       catch (Throwable t1)
5306 12 Apr 10 nicklas 134       {
5306 12 Apr 10 nicklas 135         t = t1;
5306 12 Apr 10 nicklas 136       }
5306 12 Apr 10 nicklas 137       if (shouldFail)
5306 12 Apr 10 nicklas 138       {
5306 12 Apr 10 nicklas 139         if (t == null) throw new BaseException("Expected path failure");
5475 03 Nov 10 nicklas 140         write("--Create property path: "+propertyPath+" OK [" + t.getMessage() + "]");
5306 12 Apr 10 nicklas 141       }
5306 12 Apr 10 nicklas 142       else
5306 12 Apr 10 nicklas 143       {
5306 12 Apr 10 nicklas 144         if (t != null) throw t;
5306 12 Apr 10 nicklas 145         write("--Create property path '"+propertyPath+"' OK");
5306 12 Apr 10 nicklas 146       }
5293 30 Mar 10 nicklas 147     }
5293 30 Mar 10 nicklas 148     catch (Throwable ex)
5293 30 Mar 10 nicklas 149     {
5475 03 Nov 10 nicklas 150       write("--Create property path '" + itemClass.getSimpleName() + "."+path+"' FAILED");
5293 30 Mar 10 nicklas 151       ex.printStackTrace();
5293 30 Mar 10 nicklas 152       ok = false;
5293 30 Mar 10 nicklas 153     }
5293 30 Mar 10 nicklas 154     return propertyPath;
5293 30 Mar 10 nicklas 155   }
5293 30 Mar 10 nicklas 156   
6875 20 Apr 15 nicklas 157   @SuppressWarnings({ "unchecked", "rawtypes" })
5293 30 Mar 10 nicklas 158   static void test_use_property_path(PropertyPath path, Item itemType, int itemId)
5293 30 Mar 10 nicklas 159   {
5293 30 Mar 10 nicklas 160     if (itemId == 0 || path == null) return;
5293 30 Mar 10 nicklas 161     DbControl dc = null;
5293 30 Mar 10 nicklas 162     try
5293 30 Mar 10 nicklas 163     {
5293 30 Mar 10 nicklas 164       dc = TestUtil.getDbControl();
5293 30 Mar 10 nicklas 165       BasicItem item = itemType.getById(dc, itemId);
5293 30 Mar 10 nicklas 166       Object value = path.getValue(dc, item);
5293 30 Mar 10 nicklas 167       write("--Use property path '"+path+"' OK: " + value);
5293 30 Mar 10 nicklas 168     }
5293 30 Mar 10 nicklas 169     catch (Throwable ex)
5293 30 Mar 10 nicklas 170     {
5293 30 Mar 10 nicklas 171       write("--Use property path '"+path+"' FAILED");
5293 30 Mar 10 nicklas 172       ex.printStackTrace();
5293 30 Mar 10 nicklas 173       ok = false;
5293 30 Mar 10 nicklas 174     }
5293 30 Mar 10 nicklas 175     finally
5293 30 Mar 10 nicklas 176     {
5293 30 Mar 10 nicklas 177       if (dc != null) dc.close();
5293 30 Mar 10 nicklas 178     }
5293 30 Mar 10 nicklas 179   }
5293 30 Mar 10 nicklas 180   
5293 30 Mar 10 nicklas 181   static void write(String message)
5293 30 Mar 10 nicklas 182   {
5293 30 Mar 10 nicklas 183     System.out.println(message);
5293 30 Mar 10 nicklas 184   }
5293 30 Mar 10 nicklas 185 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:52 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)