src/test/TestPhysicalBioAssay.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1116 23 Aug 05 nicklas 1 /*
1116 23 Aug 05 nicklas 2   $Id$
1116 23 Aug 05 nicklas 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
1116 23 Aug 05 nicklas 6
2304 22 May 06 jari 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 8   Available at http://base.thep.lu.se/
1116 23 Aug 05 nicklas 9
1116 23 Aug 05 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1116 23 Aug 05 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1116 23 Aug 05 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
1116 23 Aug 05 nicklas 14
1116 23 Aug 05 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1116 23 Aug 05 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1116 23 Aug 05 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1116 23 Aug 05 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
1116 23 Aug 05 nicklas 19
1116 23 Aug 05 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1116 23 Aug 05 nicklas 22 */
1116 23 Aug 05 nicklas 23 import net.sf.basedb.core.*;
4426 29 Aug 08 nicklas 24
1116 23 Aug 05 nicklas 25 import java.util.Date;
5340 10 May 10 nicklas 26 import java.util.Set;
1116 23 Aug 05 nicklas 27
5642 26 May 11 nicklas 28 public class TestPhysicalBioAssay
1116 23 Aug 05 nicklas 29 {
1116 23 Aug 05 nicklas 30
1116 23 Aug 05 nicklas 31   static boolean ok = true;
1116 23 Aug 05 nicklas 32   public static void main(String[] args)
1116 23 Aug 05 nicklas 33   {
1116 23 Aug 05 nicklas 34     TestUtil.checkArgs(args);
1116 23 Aug 05 nicklas 35     TestUtil.begin();
1116 23 Aug 05 nicklas 36     ok = test_all();
1116 23 Aug 05 nicklas 37     TestUtil.stop();
1116 23 Aug 05 nicklas 38   }
1116 23 Aug 05 nicklas 39
1116 23 Aug 05 nicklas 40   static boolean test_all()
1116 23 Aug 05 nicklas 41   {
5642 26 May 11 nicklas 42     write("++Testing physical bioassays");
1116 23 Aug 05 nicklas 43     write_header();
1116 23 Aug 05 nicklas 44     // Standard tests: create, load, list
5653 13 Jun 11 nicklas 45     int id = test_create(0, "Hyb #1",SystemItems.getId(PhysicalBioAssay.HYBRIDIZATION), 1);
5739 15 Sep 11 nicklas 46     int id2 = test_create(0,"Flow cell #2",  SystemItems.getId(PhysicalBioAssay.CLONAL_AMPLIFICATION), 1);
1116 23 Aug 05 nicklas 47     
1116 23 Aug 05 nicklas 48     test_load(id);
1116 23 Aug 05 nicklas 49
3820 12 Oct 07 nicklas 50     int arrayDesignId = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
1116 23 Aug 05 nicklas 51     int arrayBatchId = TestArrayBatch.test_create(arrayDesignId, false);
1116 23 Aug 05 nicklas 52     int arraySlideId = TestArraySlide.test_create(arrayBatchId, false);
5653 13 Jun 11 nicklas 53     int id3 = test_create(arraySlideId, "Test #3", 0, 1);
1116 23 Aug 05 nicklas 54     
5641 25 May 11 nicklas 55     int cy3 = TestTag.test_load("cy3");
5641 25 May 11 nicklas 56     int cy5 = TestTag.test_load("cy5");
5641 25 May 11 nicklas 57     int labeledExtract = SystemItems.getId(Extract.LABELED);
5641 25 May 11 nicklas 58     int labeledExtractId1 = TestExtract.test_create(0, "Labeled #1", labeledExtract, cy3, false);
5641 25 May 11 nicklas 59     int labeledExtractId2 = TestExtract.test_create(0, "Labeled #2", labeledExtract, cy5, false);
5653 13 Jun 11 nicklas 60     int id4 = test_create(0, "Hyb #4", SystemItems.getId(PhysicalBioAssay.HYBRIDIZATION), 1, labeledExtractId1, labeledExtractId2);
1116 23 Aug 05 nicklas 61     
1116 23 Aug 05 nicklas 62     test_list(-1);
1999 16 Feb 06 nicklas 63     
5642 26 May 11 nicklas 64     TestExtract.test_list_bioassays(labeledExtractId1, 1);
5641 25 May 11 nicklas 65     ok = ok && TestExtract.ok;
1116 23 Aug 05 nicklas 66
1116 23 Aug 05 nicklas 67     // Standard test: Delete
1529 27 Oct 05 nicklas 68     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
1116 23 Aug 05 nicklas 69     test_delete(id);
1116 23 Aug 05 nicklas 70     test_delete(id2);
1116 23 Aug 05 nicklas 71     test_delete(id3);
1116 23 Aug 05 nicklas 72     test_delete(id4);
1116 23 Aug 05 nicklas 73     
5641 25 May 11 nicklas 74     TestExtract.test_delete(labeledExtractId1);
5641 25 May 11 nicklas 75     TestExtract.test_delete(labeledExtractId2);
1116 23 Aug 05 nicklas 76     
1116 23 Aug 05 nicklas 77     TestArraySlide.test_delete(arraySlideId);
1116 23 Aug 05 nicklas 78     TestArrayBatch.test_delete(arrayBatchId);
1116 23 Aug 05 nicklas 79     TestArrayDesign.test_delete(arrayDesignId);
5642 26 May 11 nicklas 80     write("++Testing physical bioassays "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
1116 23 Aug 05 nicklas 81     return ok;
1116 23 Aug 05 nicklas 82   }
1116 23 Aug 05 nicklas 83
5653 13 Jun 11 nicklas 84   static int test_create(int arraySlideId, String name, int subtypeId, int size, int... extractIds)
1116 23 Aug 05 nicklas 85   {
5642 26 May 11 nicklas 86     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PHYSICALBIOASSAY)) return 0;
1116 23 Aug 05 nicklas 87     int id = 0;
1116 23 Aug 05 nicklas 88     DbControl dc = null;
1116 23 Aug 05 nicklas 89     try
1116 23 Aug 05 nicklas 90     {
1116 23 Aug 05 nicklas 91       dc = TestUtil.getDbControl();
5642 26 May 11 nicklas 92       PhysicalBioAssay h = PhysicalBioAssay.getNew(dc);
5653 13 Jun 11 nicklas 93       h.setName(name);
5653 13 Jun 11 nicklas 94       h.setSize(size);
5653 13 Jun 11 nicklas 95       h.setDescription("Added at "+new Date());
5642 26 May 11 nicklas 96       if (subtypeId != 0)
5642 26 May 11 nicklas 97       {
5642 26 May 11 nicklas 98         h.setItemSubtype(ItemSubtype.getById(dc, subtypeId));
5642 26 May 11 nicklas 99       }
1116 23 Aug 05 nicklas 100       if (arraySlideId != 0)
1116 23 Aug 05 nicklas 101       {
1116 23 Aug 05 nicklas 102         h.setArraySlide(ArraySlide.getById(dc, arraySlideId));
1116 23 Aug 05 nicklas 103       }
1116 23 Aug 05 nicklas 104       BioMaterialEvent evt = h.getCreationEvent();
5652 10 Jun 11 nicklas 105       for (int extractId : extractIds)
1116 23 Aug 05 nicklas 106       {
5652 10 Jun 11 nicklas 107         Extract le = Extract.getById(dc, extractId);
5662 20 Jun 11 nicklas 108         BioMaterialEventSource eventSource = evt.addSource(le);
5662 20 Jun 11 nicklas 109         eventSource.setUsedQuantity(100.0f);
1116 23 Aug 05 nicklas 110       }
1116 23 Aug 05 nicklas 111       dc.saveItem(h);
1116 23 Aug 05 nicklas 112       dc.commit();
1116 23 Aug 05 nicklas 113       id = h.getId();
1116 23 Aug 05 nicklas 114       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 115       dc.reattachItem(h, false);
5060 19 Aug 09 nicklas 116       dc.reattachItem(h.getCreationEvent(), false);
1116 23 Aug 05 nicklas 117       write_item(0, h);
5642 26 May 11 nicklas 118       write("--Create physical bioassay OK");
1116 23 Aug 05 nicklas 119     }
1116 23 Aug 05 nicklas 120     catch (Throwable ex)
1116 23 Aug 05 nicklas 121     {
5642 26 May 11 nicklas 122       write("--Create physical bioassay FAILED");
1116 23 Aug 05 nicklas 123       ex.printStackTrace();
1116 23 Aug 05 nicklas 124       ok = false;
1116 23 Aug 05 nicklas 125     }
1116 23 Aug 05 nicklas 126     finally
1116 23 Aug 05 nicklas 127     {
1116 23 Aug 05 nicklas 128       if (dc != null) dc.close();
1116 23 Aug 05 nicklas 129     }
1116 23 Aug 05 nicklas 130     return id;
1116 23 Aug 05 nicklas 131   }
1116 23 Aug 05 nicklas 132
1116 23 Aug 05 nicklas 133   static void test_load(int id)
1116 23 Aug 05 nicklas 134   {
1116 23 Aug 05 nicklas 135     if (id == 0) return;
1116 23 Aug 05 nicklas 136     DbControl dc = null;
1116 23 Aug 05 nicklas 137     try
1116 23 Aug 05 nicklas 138     {
1116 23 Aug 05 nicklas 139       dc = TestUtil.getDbControl();
5642 26 May 11 nicklas 140       PhysicalBioAssay h = PhysicalBioAssay.getById(dc, id);
1116 23 Aug 05 nicklas 141       write_item(0, h);
5642 26 May 11 nicklas 142       write("--Load physical bioassay OK");
1116 23 Aug 05 nicklas 143     }
1116 23 Aug 05 nicklas 144     catch (Throwable ex)
1116 23 Aug 05 nicklas 145     {
5642 26 May 11 nicklas 146       write("--Load physical bioassay FAILED");
1116 23 Aug 05 nicklas 147       ex.printStackTrace();
1116 23 Aug 05 nicklas 148       ok = false;
1116 23 Aug 05 nicklas 149     }
1116 23 Aug 05 nicklas 150     finally
1116 23 Aug 05 nicklas 151     {
1116 23 Aug 05 nicklas 152       if (dc != null) dc.close();
1116 23 Aug 05 nicklas 153     }
1116 23 Aug 05 nicklas 154   }
1116 23 Aug 05 nicklas 155
5696 12 Aug 11 nicklas 156   static boolean test_list(int expectedResults)
1116 23 Aug 05 nicklas 157   {
1116 23 Aug 05 nicklas 158     DbControl dc = null;
1116 23 Aug 05 nicklas 159     try
1116 23 Aug 05 nicklas 160     {
1116 23 Aug 05 nicklas 161       dc = TestUtil.getDbControl();
5642 26 May 11 nicklas 162       ItemResultList<PhysicalBioAssay> l = PhysicalBioAssay.getQuery().list(dc);
1116 23 Aug 05 nicklas 163       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
1116 23 Aug 05 nicklas 164       {
1116 23 Aug 05 nicklas 165         write_item(i, l.get(i));
1116 23 Aug 05 nicklas 166       }
1116 23 Aug 05 nicklas 167       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
1116 23 Aug 05 nicklas 168       {
1116 23 Aug 05 nicklas 169         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
1116 23 Aug 05 nicklas 170       }
5642 26 May 11 nicklas 171       write("--List physical bioassay OK ("+l.size()+")");
1116 23 Aug 05 nicklas 172     }
1116 23 Aug 05 nicklas 173     catch (Throwable ex)
1116 23 Aug 05 nicklas 174     {
5642 26 May 11 nicklas 175       write("--List physical bioassay FAILED");
1116 23 Aug 05 nicklas 176       ex.printStackTrace();
1116 23 Aug 05 nicklas 177       ok = false;
5696 12 Aug 11 nicklas 178       return false;
1116 23 Aug 05 nicklas 179     }
1116 23 Aug 05 nicklas 180     finally
1116 23 Aug 05 nicklas 181     {
1116 23 Aug 05 nicklas 182       if (dc != null) dc.close();
1116 23 Aug 05 nicklas 183     }
5696 12 Aug 11 nicklas 184     return true;
1116 23 Aug 05 nicklas 185   }
1116 23 Aug 05 nicklas 186
1116 23 Aug 05 nicklas 187   static void test_delete(int id)
1116 23 Aug 05 nicklas 188   {
1116 23 Aug 05 nicklas 189     if (id == 0) return;
1116 23 Aug 05 nicklas 190     DbControl dc = null;
1116 23 Aug 05 nicklas 191     try
1116 23 Aug 05 nicklas 192     {
1116 23 Aug 05 nicklas 193       dc = TestUtil.getDbControl();
5642 26 May 11 nicklas 194       PhysicalBioAssay h = PhysicalBioAssay.getById(dc, id);
1116 23 Aug 05 nicklas 195       dc.deleteItem(h);
5340 10 May 10 nicklas 196       Set<ItemProxy> using = h.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 197       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 198       {
5340 10 May 10 nicklas 199          throw new BaseException(h + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 200       }
1116 23 Aug 05 nicklas 201       dc.commit();
5642 26 May 11 nicklas 202       write("--Delete physical bioassay OK");
1116 23 Aug 05 nicklas 203     }
1116 23 Aug 05 nicklas 204     catch (Throwable ex)
1116 23 Aug 05 nicklas 205     {
5642 26 May 11 nicklas 206       write("--Delete physical bioassay FAILED");
1116 23 Aug 05 nicklas 207       ex.printStackTrace();
1116 23 Aug 05 nicklas 208       ok = false;
1116 23 Aug 05 nicklas 209     }
1116 23 Aug 05 nicklas 210     finally
1116 23 Aug 05 nicklas 211     {
1116 23 Aug 05 nicklas 212       if (dc != null) dc.close();
1116 23 Aug 05 nicklas 213     }
1116 23 Aug 05 nicklas 214   }
1116 23 Aug 05 nicklas 215
4426 29 Aug 08 nicklas 216   static void test_delete_all()
4426 29 Aug 08 nicklas 217   {
4426 29 Aug 08 nicklas 218     DbControl dc = null;
4426 29 Aug 08 nicklas 219     try
4426 29 Aug 08 nicklas 220     {
4426 29 Aug 08 nicklas 221       dc = TestUtil.getDbControl();
5642 26 May 11 nicklas 222       ItemResultList<PhysicalBioAssay> l = PhysicalBioAssay.getQuery().list(dc);
5688 10 Aug 11 nicklas 223       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 224       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
4426 29 Aug 08 nicklas 225       dc.commit();
5642 26 May 11 nicklas 226       write("--Delete all physical bioassay OK ("+l.size()+")");
4426 29 Aug 08 nicklas 227     }
4426 29 Aug 08 nicklas 228     catch (Throwable ex)
4426 29 Aug 08 nicklas 229     {
5642 26 May 11 nicklas 230       write("--Delete all physical bioassay FAILED");
4426 29 Aug 08 nicklas 231       ex.printStackTrace();
4426 29 Aug 08 nicklas 232       ok = false;
4426 29 Aug 08 nicklas 233     }
4426 29 Aug 08 nicklas 234     finally
4426 29 Aug 08 nicklas 235     {
4426 29 Aug 08 nicklas 236       if (dc != null) dc.close();
4426 29 Aug 08 nicklas 237     }
4426 29 Aug 08 nicklas 238   }
4426 29 Aug 08 nicklas 239
4426 29 Aug 08 nicklas 240   
1116 23 Aug 05 nicklas 241   static void write_header()
1116 23 Aug 05 nicklas 242   {
1116 23 Aug 05 nicklas 243     if (!TestUtil.getSilent())
1116 23 Aug 05 nicklas 244     {
5642 26 May 11 nicklas 245       write("   \tID \tName      \tType\tDescription\tArray slide\tLabeled extracts");
5642 26 May 11 nicklas 246       write("-- \t-- \t--------- \t----\t-----------\t-----------\t----------------");
1116 23 Aug 05 nicklas 247     }
1116 23 Aug 05 nicklas 248   }
5642 26 May 11 nicklas 249   static void write_item(int i, PhysicalBioAssay h)
1116 23 Aug 05 nicklas 250     throws BaseException
1116 23 Aug 05 nicklas 251   {
1116 23 Aug 05 nicklas 252     if (!TestUtil.getSilent()) 
1116 23 Aug 05 nicklas 253     {
1116 23 Aug 05 nicklas 254       StringBuilder sb = new StringBuilder();
1116 23 Aug 05 nicklas 255       sb.append("[");
5663 22 Jun 11 nicklas 256       for (BioMaterial le : h.getCreationEvent().getSources().list(h.getDbControl()))
1116 23 Aug 05 nicklas 257       {
1116 23 Aug 05 nicklas 258         sb.append(le.toString());
1116 23 Aug 05 nicklas 259         sb.append(",");
1116 23 Aug 05 nicklas 260       }
1116 23 Aug 05 nicklas 261       sb.append("]");
5642 26 May 11 nicklas 262       System.out.println(i+":\t"+h.getId()+"\t"+h.getName()+"\t"+h.getItemSubtype()+"\t"+h.getDescription()+
1116 23 Aug 05 nicklas 263         "\t"+h.getArraySlide()+"\t"+sb);
1116 23 Aug 05 nicklas 264     }
1116 23 Aug 05 nicklas 265   }
1116 23 Aug 05 nicklas 266   static void write(String message)
1116 23 Aug 05 nicklas 267   {
1116 23 Aug 05 nicklas 268     System.out.println(message);
1116 23 Aug 05 nicklas 269   }
4740 05 Feb 09 nicklas 270   
5662 20 Jun 11 nicklas 271   static void test_add_extract(int hybId, int extractId, int position, Float usedQuantity)
4740 05 Feb 09 nicklas 272   {
5652 10 Jun 11 nicklas 273     if (hybId == 0 || extractId == 0) return;
4740 05 Feb 09 nicklas 274     DbControl dc = null;
4740 05 Feb 09 nicklas 275     try
4740 05 Feb 09 nicklas 276     {
4740 05 Feb 09 nicklas 277       dc = TestUtil.getDbControl();
5642 26 May 11 nicklas 278       PhysicalBioAssay h = PhysicalBioAssay.getById(dc, hybId);
5652 10 Jun 11 nicklas 279       Extract le = Extract.getById(dc, extractId);
4740 05 Feb 09 nicklas 280       BioMaterialEvent event = h.getCreationEvent();
5662 20 Jun 11 nicklas 281       BioMaterialEventSource eventSource = event.addSource(le);
5662 20 Jun 11 nicklas 282       eventSource.setUsedQuantity(usedQuantity);
5662 20 Jun 11 nicklas 283       eventSource.setPosition(position);
4740 05 Feb 09 nicklas 284       dc.commit();
5652 10 Jun 11 nicklas 285       write("--Add extract to bioassay OK");
4740 05 Feb 09 nicklas 286     }
4740 05 Feb 09 nicklas 287     catch (Throwable ex)
4740 05 Feb 09 nicklas 288     {
5652 10 Jun 11 nicklas 289       write("--Add extract to bioassay FAILED");
4740 05 Feb 09 nicklas 290       ex.printStackTrace();
4740 05 Feb 09 nicklas 291       ok = false;
4740 05 Feb 09 nicklas 292     }
4740 05 Feb 09 nicklas 293     finally
4740 05 Feb 09 nicklas 294     {
4740 05 Feb 09 nicklas 295       if (dc != null) dc.close();
4740 05 Feb 09 nicklas 296     }
4740 05 Feb 09 nicklas 297   }
4740 05 Feb 09 nicklas 298   
1116 23 Aug 05 nicklas 299 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:55 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)