src/test/TestPlateFlatFileImporter.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1557 02 Nov 05 enell 1 /*
1557 02 Nov 05 enell 2  $Id$
1557 02 Nov 05 enell 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Johan Enell, Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
1557 02 Nov 05 enell 7  
2304 22 May 06 jari 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 9   Available at http://base.thep.lu.se/
1557 02 Nov 05 enell 10
1557 02 Nov 05 enell 11  BASE is free software; you can redistribute it and/or
1557 02 Nov 05 enell 12  modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 13  as published by the Free Software Foundation; either version 3
1557 02 Nov 05 enell 14  of the License, or (at your option) any later version.
1557 02 Nov 05 enell 15
1557 02 Nov 05 enell 16  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1557 02 Nov 05 enell 17  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1557 02 Nov 05 enell 18  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1557 02 Nov 05 enell 19  GNU General Public License for more details.
1557 02 Nov 05 enell 20
1557 02 Nov 05 enell 21  You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 22  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1557 02 Nov 05 enell 23  */
1557 02 Nov 05 enell 24 import net.sf.basedb.core.BaseException;
1557 02 Nov 05 enell 25 import net.sf.basedb.core.DbControl;
1557 02 Nov 05 enell 26 import net.sf.basedb.core.File;
1557 02 Nov 05 enell 27 import net.sf.basedb.core.Item;
1557 02 Nov 05 enell 28 import net.sf.basedb.core.Job;
1557 02 Nov 05 enell 29 import net.sf.basedb.core.ParameterType;
1557 02 Nov 05 enell 30 import net.sf.basedb.core.Permission;
1557 02 Nov 05 enell 31 import net.sf.basedb.core.PlateType;
1557 02 Nov 05 enell 32 import net.sf.basedb.core.PluginConfiguration;
1557 02 Nov 05 enell 33 import net.sf.basedb.core.PluginConfigurationRequest;
1557 02 Nov 05 enell 34 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
1557 02 Nov 05 enell 35 import net.sf.basedb.core.PluginParameter;
1557 02 Nov 05 enell 36 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
1557 02 Nov 05 enell 37 import net.sf.basedb.core.RequestInformation;
1557 02 Nov 05 enell 38 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
1557 02 Nov 05 enell 39
1557 02 Nov 05 enell 40 public class TestPlateFlatFileImporter
1557 02 Nov 05 enell 41 {
1557 02 Nov 05 enell 42   static boolean ok = true;
1557 02 Nov 05 enell 43
1557 02 Nov 05 enell 44   public static void main(String[] args)
1557 02 Nov 05 enell 45   {
1557 02 Nov 05 enell 46     TestUtil.checkArgs(args);
1557 02 Nov 05 enell 47     TestUtil.begin();
1557 02 Nov 05 enell 48     test_all();
1557 02 Nov 05 enell 49     TestUtil.stop();
1557 02 Nov 05 enell 50   }
1557 02 Nov 05 enell 51
1557 02 Nov 05 enell 52   static boolean test_all()
1557 02 Nov 05 enell 53   {
1557 02 Nov 05 enell 54     write("++Testing plate import using plugin");
1557 02 Nov 05 enell 55     int pluginDefinitionId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.PlateFlatFileImporter");
1557 02 Nov 05 enell 56     // Test 96 well plate
1557 02 Nov 05 enell 57     // Create upload file and platetype
3626 03 Aug 07 nicklas 58     TestReporter.test_import_from_file("data/test.plate96.import.txt", "Plate\\tRow\\tColumn\\tCluster ID\\tClone ID\\tGene Symbol\\tBarcode", "\\t", 4, 5);
3719 12 Sep 07 nicklas 59     int fileId = TestFile.test_create("data/test.plate96.import.txt", false, false);
1557 02 Nov 05 enell 60     int plateGeometry = TestPlateGeometry.test_create(8, 12, false);
1557 02 Nov 05 enell 61     int plateTypeId = TestPlateType.test_create(plateGeometry, false);
1557 02 Nov 05 enell 62     
1557 02 Nov 05 enell 63     // Create plugin configuration and job
1557 02 Nov 05 enell 64     int pluginConfigurationId = test_create_configuration96(pluginDefinitionId);
1557 02 Nov 05 enell 65     TestPluginConfiguration.test_load(pluginConfigurationId);
1557 02 Nov 05 enell 66     int jobId = test_create_job(pluginConfigurationId, fileId, plateTypeId);
1557 02 Nov 05 enell 67     
1557 02 Nov 05 enell 68     // Execute job
5319 20 Apr 10 nicklas 69     ok &= TestJob.test_execute(jobId, false);
1557 02 Nov 05 enell 70     
1557 02 Nov 05 enell 71     // Test: list the result
1557 02 Nov 05 enell 72     TestPlate.write_header();
1557 02 Nov 05 enell 73     TestPlate.test_list(-1);
1557 02 Nov 05 enell 74     
1557 02 Nov 05 enell 75     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
1557 02 Nov 05 enell 76
1557 02 Nov 05 enell 77     // Cleanup
1557 02 Nov 05 enell 78     TestJob.test_delete(jobId);
1557 02 Nov 05 enell 79     TestPluginConfiguration.test_delete(pluginConfigurationId);
1568 04 Nov 05 enell 80     TestPlate.test_delete_all();
1557 02 Nov 05 enell 81     TestPlateType.test_delete(plateTypeId);
1557 02 Nov 05 enell 82     TestPlateGeometry.test_delete(plateGeometry);
1557 02 Nov 05 enell 83     TestReporter.test_delete();
1557 02 Nov 05 enell 84     TestFile.test_delete(fileId);
1557 02 Nov 05 enell 85
1627 17 Nov 05 enell 86     write("++Testing plate import using plugin "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
1557 02 Nov 05 enell 87     return ok;
1557 02 Nov 05 enell 88   }
1557 02 Nov 05 enell 89
1557 02 Nov 05 enell 90   static int test_create_configuration96(int pluginDefinitionId)
1557 02 Nov 05 enell 91   {
1557 02 Nov 05 enell 92     if (pluginDefinitionId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PLUGINCONFIGURATION)) return 0;
1557 02 Nov 05 enell 93     int id = 0;
1557 02 Nov 05 enell 94     DbControl dc = null;
1557 02 Nov 05 enell 95     try
1557 02 Nov 05 enell 96     {
1557 02 Nov 05 enell 97       dc = TestUtil.getDbControl();
1557 02 Nov 05 enell 98
1557 02 Nov 05 enell 99       PluginDefinition pd = PluginDefinition.getById(dc, pluginDefinitionId);
1557 02 Nov 05 enell 100       PluginConfiguration pc = pd.newPluginConfiguration();
1557 02 Nov 05 enell 101       pc.setName(pd.getName());
1557 02 Nov 05 enell 102       
1557 02 Nov 05 enell 103       PluginConfigurationRequest request = pc.configure();
1557 02 Nov 05 enell 104
1557 02 Nov 05 enell 105       write_request_information(request.getRequestInformation());
1557 02 Nov 05 enell 106       
2203 28 Apr 06 nicklas 107       request.setParameterValue("dataSplitterRegexp", "\\t");
1557 02 Nov 05 enell 108       request.setParameterValue("dataHeaderRegexp", "Plate.*");
1557 02 Nov 05 enell 109       
2203 28 Apr 06 nicklas 110       request.setParameterValue("nameColumnMapping", "\\Plate\\");
2203 28 Apr 06 nicklas 111       request.setParameterValue("rowColumnMapping", "\\Row\\");
2203 28 Apr 06 nicklas 112       request.setParameterValue("columnColumnMapping", "\\Column\\");
2203 28 Apr 06 nicklas 113       request.setParameterValue("reporterColumnMapping", "\\Clone ID\\");
2203 28 Apr 06 nicklas 114       request.setParameterValue("barcodeColumnMapping", "\\Barcode\\");
1557 02 Nov 05 enell 115       
1557 02 Nov 05 enell 116       request.setParameterValue("minDataColumns", 7);
1557 02 Nov 05 enell 117       request.setParameterValue("maxDataColumns", 7);
1557 02 Nov 05 enell 118       
1557 02 Nov 05 enell 119       PluginResponse response = request.invoke();
1557 02 Nov 05 enell 120       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
1557 02 Nov 05 enell 121       {
1780 17 Jan 06 nicklas 122         response.saveParameters(dc);
1557 02 Nov 05 enell 123         dc.saveItem(pc);
1557 02 Nov 05 enell 124         dc.commit();
1557 02 Nov 05 enell 125       }
1557 02 Nov 05 enell 126       else
1557 02 Nov 05 enell 127       {
1622 16 Nov 05 nicklas 128         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
1557 02 Nov 05 enell 129       }
1557 02 Nov 05 enell 130       id = pc.getId();
1557 02 Nov 05 enell 131       write("--Create configuration for 96 plate import OK");
1557 02 Nov 05 enell 132     }
1557 02 Nov 05 enell 133     catch (Throwable ex)
1557 02 Nov 05 enell 134     {
1557 02 Nov 05 enell 135       write("--Create configuration for 96 plate import FAILED");
1557 02 Nov 05 enell 136       ex.printStackTrace();
1557 02 Nov 05 enell 137       ok = false;
1557 02 Nov 05 enell 138     }
1557 02 Nov 05 enell 139     finally
1557 02 Nov 05 enell 140     {
1557 02 Nov 05 enell 141       if (dc != null) dc.close();
1557 02 Nov 05 enell 142     }
1557 02 Nov 05 enell 143     return id;
1557 02 Nov 05 enell 144   }
1557 02 Nov 05 enell 145
1557 02 Nov 05 enell 146   static int test_create_job(int pluginConfigurationId, int fileId, int plateTypeId)
1557 02 Nov 05 enell 147   {
1557 02 Nov 05 enell 148     if (plateTypeId == 0 || pluginConfigurationId == 0 || fileId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.JOB)) return 0;
1557 02 Nov 05 enell 149     int id = 0;
1557 02 Nov 05 enell 150     DbControl dc = null;
1557 02 Nov 05 enell 151     try
1557 02 Nov 05 enell 152     {
1557 02 Nov 05 enell 153       dc = TestUtil.getDbControl();
1557 02 Nov 05 enell 154
1557 02 Nov 05 enell 155       PluginConfiguration pc = PluginConfiguration.getById(dc, pluginConfigurationId);
4254 28 Apr 08 nicklas 156       Job j = pc.newJob(null);
1557 02 Nov 05 enell 157       j.setName(pc.getName());
1557 02 Nov 05 enell 158       
1789 18 Jan 06 nicklas 159       PluginConfigurationRequest request = j.configure(null);
1557 02 Nov 05 enell 160       write_request_information(request.getRequestInformation());
1557 02 Nov 05 enell 161       request.setParameterValue("file", File.getById(dc, fileId));
1557 02 Nov 05 enell 162       request.setParameterValue("plateType", PlateType.getById(dc, plateTypeId));
1557 02 Nov 05 enell 163       
1557 02 Nov 05 enell 164       PluginResponse response = request.invoke();
1557 02 Nov 05 enell 165       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
1557 02 Nov 05 enell 166       {
1780 17 Jan 06 nicklas 167         response.saveParameters(dc);
1557 02 Nov 05 enell 168         dc.saveItem(j);
1557 02 Nov 05 enell 169         dc.commit();
1557 02 Nov 05 enell 170       }
1557 02 Nov 05 enell 171       else
1557 02 Nov 05 enell 172       {
1622 16 Nov 05 nicklas 173         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
1557 02 Nov 05 enell 174       }
1557 02 Nov 05 enell 175       id = j.getId();
1789 18 Jan 06 nicklas 176       write("--Create job for plate import OK");
1557 02 Nov 05 enell 177     }
1557 02 Nov 05 enell 178     catch (Throwable ex)
1557 02 Nov 05 enell 179     {
1789 18 Jan 06 nicklas 180       write("--Create job for plate import FAILED");
1557 02 Nov 05 enell 181       ex.printStackTrace();
1557 02 Nov 05 enell 182       ok = false;
1557 02 Nov 05 enell 183     }
1557 02 Nov 05 enell 184     finally
1557 02 Nov 05 enell 185     {
1557 02 Nov 05 enell 186       if (dc != null) dc.close();
1557 02 Nov 05 enell 187     }
1557 02 Nov 05 enell 188     return id;
1557 02 Nov 05 enell 189   }
1557 02 Nov 05 enell 190   
1557 02 Nov 05 enell 191   static void write(String message)
1557 02 Nov 05 enell 192   {
1557 02 Nov 05 enell 193     System.out.println(message);
1557 02 Nov 05 enell 194   }
1557 02 Nov 05 enell 195
1557 02 Nov 05 enell 196
1557 02 Nov 05 enell 197   static void write_request_information(RequestInformation ri)
1557 02 Nov 05 enell 198   {
1557 02 Nov 05 enell 199     if (TestUtil.getSilent()) return;
1557 02 Nov 05 enell 200
1557 02 Nov 05 enell 201     write("Request information for command: "+ri.getCommand());
1557 02 Nov 05 enell 202     write("\tTitle:\t"+ri.getTitle());
1557 02 Nov 05 enell 203     write("\tDescription:\t"+ri.getDescription());
6875 20 Apr 15 nicklas 204     for (PluginParameter<?> pp : ri.getParameters())
1557 02 Nov 05 enell 205     {
6875 20 Apr 15 nicklas 206       ParameterType<?> pt = pp.getParameterType();
1557 02 Nov 05 enell 207       System.out.println("\tParameter:\t"+pp.getName() + "\t" + pp.getLabel() + "\t" + pt );
1557 02 Nov 05 enell 208     }
1557 02 Nov 05 enell 209   }
1557 02 Nov 05 enell 210 }

Generated on Sat Oct  7 02:41:56 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)