src/test/TestPrintMapFlatFileImporter.java

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1793 19 Jan 06 enell 1 import java.util.Arrays;
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1793 19 Jan 06 enell 3 import net.sf.basedb.core.ArrayDesign;
1793 19 Jan 06 enell 4 import net.sf.basedb.core.BaseException;
1793 19 Jan 06 enell 5 import net.sf.basedb.core.DbControl;
1793 19 Jan 06 enell 6 import net.sf.basedb.core.File;
1793 19 Jan 06 enell 7 import net.sf.basedb.core.Item;
1793 19 Jan 06 enell 8 import net.sf.basedb.core.Job;
1793 19 Jan 06 enell 9 import net.sf.basedb.core.ParameterType;
1793 19 Jan 06 enell 10 import net.sf.basedb.core.Permission;
3820 12 Oct 07 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.Platform;
1793 19 Jan 06 enell 12 import net.sf.basedb.core.PluginConfigurationRequest;
1793 19 Jan 06 enell 13 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
1793 19 Jan 06 enell 14 import net.sf.basedb.core.PluginParameter;
1793 19 Jan 06 enell 15 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
1793 19 Jan 06 enell 16 import net.sf.basedb.core.RequestInformation;
1793 19 Jan 06 enell 17 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
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1793 19 Jan 06 enell 19 /*
1793 19 Jan 06 enell 20  $Id$
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4889 06 Apr 09 nicklas 22   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
1793 19 Jan 06 enell 23  
2304 22 May 06 jari 24   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 25   Available at http://base.thep.lu.se/
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4514 11 Sep 08 jari 38  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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1793 19 Jan 06 enell 44  @author Enell
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1793 19 Jan 06 enell 47 public class TestPrintMapFlatFileImporter
1793 19 Jan 06 enell 48 {
1793 19 Jan 06 enell 49   static boolean ok = true;
1793 19 Jan 06 enell 50
1793 19 Jan 06 enell 51   public static void main(String[] args)
1793 19 Jan 06 enell 52   {
1793 19 Jan 06 enell 53     TestUtil.checkArgs(args);
1793 19 Jan 06 enell 54     TestUtil.begin();
1793 19 Jan 06 enell 55     test_all();
1793 19 Jan 06 enell 56     TestUtil.stop();
1793 19 Jan 06 enell 57   }
1793 19 Jan 06 enell 58
1793 19 Jan 06 enell 59   static boolean test_all()
1793 19 Jan 06 enell 60   {
1793 19 Jan 06 enell 61     write("++Testing print map import using plugin");
1793 19 Jan 06 enell 62     
4239 22 Apr 08 nicklas 63     // Import reporters
4239 22 Apr 08 nicklas 64     TestReporter.test_import_from_file("data/test.rawdata.import.txt", "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", "\\t", 4, 3);
4239 22 Apr 08 nicklas 65     
1793 19 Jan 06 enell 66     // Create ArrayDesign needed for print map import
3820 12 Oct 07 nicklas 67     int arrayDesignId = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
1793 19 Jan 06 enell 68     int plateGeometryId = TestPlateGeometry.test_create(16, 24, false);
1793 19 Jan 06 enell 69     int plateTypeId = TestPlateType.test_create(plateGeometryId, false);
4239 22 Apr 08 nicklas 70     int plate384 = TestPlate.test_create(plateTypeId, true);
1793 19 Jan 06 enell 71     int[] plates = new int[4];
1793 19 Jan 06 enell 72     Arrays.fill(plates, plate384);
1793 19 Jan 06 enell 73     TestArrayDesign.test_add_plates(arrayDesignId, plates);
2512 10 Aug 06 nicklas 74     TestArrayDesign.test_list_plates(arrayDesignId, 4);
1793 19 Jan 06 enell 75
2512 10 Aug 06 nicklas 76     // Print map import
3719 12 Sep 07 nicklas 77     int fileId = TestFile.test_create("data/test.parse.printmap.tam", false, false);
1793 19 Jan 06 enell 78     int printMapPluginDefinitionId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.PrintMapFlatFileImporter");
2512 10 Aug 06 nicklas 79     int jobId = test_create_job_printmap(printMapPluginDefinitionId, fileId, arrayDesignId);
1793 19 Jan 06 enell 80     
1793 19 Jan 06 enell 81     // Execute job
5319 20 Apr 10 nicklas 82     ok &= TestJob.test_execute(jobId, false);
1793 19 Jan 06 enell 83     
1793 19 Jan 06 enell 84     // Print result
1793 19 Jan 06 enell 85     TestArrayDesign.write_feature_header();
1793 19 Jan 06 enell 86     TestArrayDesign.test_list_features(arrayDesignId, -1);
1793 19 Jan 06 enell 87
1793 19 Jan 06 enell 88     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
1793 19 Jan 06 enell 89     
4257 29 Apr 08 nicklas 90     TestArrayDesign.test_delete(arrayDesignId);
1793 19 Jan 06 enell 91     TestJob.test_delete(jobId);
1793 19 Jan 06 enell 92     TestPlate.test_delete(plate384);
1793 19 Jan 06 enell 93     TestPlateType.test_delete(plateTypeId);
1793 19 Jan 06 enell 94     TestPlateGeometry.test_delete(plateGeometryId);
1793 19 Jan 06 enell 95     TestReporter.test_delete();
1793 19 Jan 06 enell 96     TestFile.test_delete(fileId);
1793 19 Jan 06 enell 97
1793 19 Jan 06 enell 98     write("++Testing print map import using plugin "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
1793 19 Jan 06 enell 99     return ok;
1793 19 Jan 06 enell 100   }
1793 19 Jan 06 enell 101   
1793 19 Jan 06 enell 102   
4239 22 Apr 08 nicklas 103   static int test_create_job_printmap(int pluginDefinitionId, int fileId, int arrayDesignId)
1793 19 Jan 06 enell 104   {
2512 10 Aug 06 nicklas 105     if (pluginDefinitionId == 0 || fileId == 0 || arrayDesignId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.JOB)) return 0;
1793 19 Jan 06 enell 106     int id = 0;
1793 19 Jan 06 enell 107     DbControl dc = null;
1793 19 Jan 06 enell 108     try
1793 19 Jan 06 enell 109     {
1793 19 Jan 06 enell 110       dc = TestUtil.getDbControl();
1793 19 Jan 06 enell 111
2512 10 Aug 06 nicklas 112       PluginDefinition pd = PluginDefinition.getById(dc, pluginDefinitionId);
4254 28 Apr 08 nicklas 113       Job j = Job.getNew(dc, pd, null, null);
2512 10 Aug 06 nicklas 114       j.setName(pd.getName());
1793 19 Jan 06 enell 115       
1793 19 Jan 06 enell 116       PluginConfigurationRequest request = j.configure(null);
1793 19 Jan 06 enell 117       write_request_information(request.getRequestInformation());
1793 19 Jan 06 enell 118       request.setParameterValue("file", File.getById(dc, fileId));
1793 19 Jan 06 enell 119       request.setParameterValue("arrayDesign", ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId));
1793 19 Jan 06 enell 120       
1793 19 Jan 06 enell 121       PluginResponse response = request.invoke();
1793 19 Jan 06 enell 122       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
1793 19 Jan 06 enell 123       {
1793 19 Jan 06 enell 124         response.saveParameters(dc);
1793 19 Jan 06 enell 125         dc.saveItem(j);
1793 19 Jan 06 enell 126         dc.commit();
1793 19 Jan 06 enell 127       }
1793 19 Jan 06 enell 128       else
1793 19 Jan 06 enell 129       {
1793 19 Jan 06 enell 130         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
1793 19 Jan 06 enell 131       }
1793 19 Jan 06 enell 132       id = j.getId();
1793 19 Jan 06 enell 133       write("--Create job for print map import OK");
1793 19 Jan 06 enell 134     }
1793 19 Jan 06 enell 135     catch (Throwable ex)
1793 19 Jan 06 enell 136     {
1793 19 Jan 06 enell 137       write("--Create job for print map import FAILED");
1793 19 Jan 06 enell 138       ex.printStackTrace();
1793 19 Jan 06 enell 139       ok = false;
1793 19 Jan 06 enell 140     }
1793 19 Jan 06 enell 141     finally
1793 19 Jan 06 enell 142     {
1793 19 Jan 06 enell 143       if (dc != null) dc.close();
1793 19 Jan 06 enell 144     }
1793 19 Jan 06 enell 145     return id;
1793 19 Jan 06 enell 146   }
1793 19 Jan 06 enell 147
1793 19 Jan 06 enell 148   static void write(String message)
1793 19 Jan 06 enell 149   {
1793 19 Jan 06 enell 150     System.out.println(message);
1793 19 Jan 06 enell 151   }
1793 19 Jan 06 enell 152
1793 19 Jan 06 enell 153   static void write_request_information(RequestInformation ri)
1793 19 Jan 06 enell 154   {
1793 19 Jan 06 enell 155     if (TestUtil.getSilent()) return;
1793 19 Jan 06 enell 156
1793 19 Jan 06 enell 157     write("Request information for command: "+ri.getCommand());
1793 19 Jan 06 enell 158     write("\tTitle:\t"+ri.getTitle());
1793 19 Jan 06 enell 159     write("\tDescription:\t"+ri.getDescription());
2188 25 Apr 06 nicklas 160     if (ri.getParameters() != null)
1793 19 Jan 06 enell 161     {
2188 25 Apr 06 nicklas 162       for (PluginParameter<?> pp : ri.getParameters())
2188 25 Apr 06 nicklas 163       {
6875 20 Apr 15 nicklas 164         ParameterType<?> pt = pp.getParameterType();
2188 25 Apr 06 nicklas 165         write("\tParameter:\t"+pp.getName() + "\t" + pp.getLabel() + "\t" + pt );
2188 25 Apr 06 nicklas 166       }
1793 19 Jan 06 enell 167     }
1793 19 Jan 06 enell 168   }
1793 19 Jan 06 enell 169 }

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