src/test/TestProtocol.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
557 11 May 05 enell 1 import java.util.Date;
5340 10 May 10 nicklas 2 import java.util.Set;
557 11 May 05 enell 3
4740 05 Feb 09 nicklas 4 import net.sf.basedb.core.AnnotationType;
557 11 May 05 enell 5 import net.sf.basedb.core.BaseException;
557 11 May 05 enell 6 import net.sf.basedb.core.DbControl;
557 11 May 05 enell 7 import net.sf.basedb.core.File;
5340 10 May 10 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.ItemProxy;
5630 13 May 11 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.ItemSubtype;
557 11 May 05 enell 10 import net.sf.basedb.core.Protocol;
1418 07 Oct 05 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
557 11 May 05 enell 12 import net.sf.basedb.core.SystemItems;
557 11 May 05 enell 13
557 11 May 05 enell 14 /*
557 11 May 05 enell 15  $Id$
557 11 May 05 enell 16
3675 16 Aug 07 jari 17   Copyright (C) 2005 Johan Enell, Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 18   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen
557 11 May 05 enell 19
2304 22 May 06 jari 20   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 21   Available at http://base.thep.lu.se/
557 11 May 05 enell 22
557 11 May 05 enell 23  BASE is free software; you can redistribute it and/or
557 11 May 05 enell 24  modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 25  as published by the Free Software Foundation; either version 3
557 11 May 05 enell 26  of the License, or (at your option) any later version.
557 11 May 05 enell 27
557 11 May 05 enell 28  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
557 11 May 05 enell 29  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
557 11 May 05 enell 30  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
557 11 May 05 enell 31  GNU General Public License for more details.
557 11 May 05 enell 32
557 11 May 05 enell 33  You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 34  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
557 11 May 05 enell 35  */
557 11 May 05 enell 36
557 11 May 05 enell 37 public class TestProtocol
557 11 May 05 enell 38 {
557 11 May 05 enell 39   static boolean ok = true;
557 11 May 05 enell 40
557 11 May 05 enell 41   public static void main(String[] args)
557 11 May 05 enell 42   {
557 11 May 05 enell 43     TestUtil.checkArgs(args);
557 11 May 05 enell 44     TestUtil.begin();
557 11 May 05 enell 45     ok = test_all();
557 11 May 05 enell 46     TestUtil.stop();
557 11 May 05 enell 47   }
557 11 May 05 enell 48
557 11 May 05 enell 49   static boolean test_all()
557 11 May 05 enell 50   {
557 11 May 05 enell 51     write("++Testing protocol");
557 11 May 05 enell 52     write_header();
557 11 May 05 enell 53     // Standard tests: create, load, list
5630 13 May 11 nicklas 54     int id1 = test_create(SystemItems.getId(Protocol.SAMPLING), null, true);
5630 13 May 11 nicklas 55     int id2 = test_create(SystemItems.getId(Protocol.LABELING), null, false);
664 27 May 05 enell 56     test_load(id1);
557 11 May 05 enell 57     test_list();
557 11 May 05 enell 58
557 11 May 05 enell 59     // Extra tests: attach file to protocol
3719 12 Sep 07 nicklas 60     int fileId = TestFile.test_create("test.upload.txt", false, false);
664 27 May 05 enell 61     test_attachfile(id1, fileId);
1529 27 Oct 05 nicklas 62     
1529 27 Oct 05 nicklas 63     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
664 27 May 05 enell 64     test_deattachfile(id1);
557 11 May 05 enell 65     TestFile.test_delete(fileId);
557 11 May 05 enell 66
557 11 May 05 enell 67     // Standard test: Delete
664 27 May 05 enell 68     test_delete(id1);
664 27 May 05 enell 69     test_delete(id2);
557 11 May 05 enell 70     write("++Testing protocol "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
557 11 May 05 enell 71     return ok;
557 11 May 05 enell 72   }
557 11 May 05 enell 73   
4366 02 Jul 08 nicklas 74   static int test_create(int protocoltypeId, String name, boolean setAll)
557 11 May 05 enell 75   {
557 11 May 05 enell 76     int id = 0;
557 11 May 05 enell 77     DbControl dc = null;
557 11 May 05 enell 78     try
557 11 May 05 enell 79     {
557 11 May 05 enell 80       dc = TestUtil.getDbControl();
5630 13 May 11 nicklas 81       Protocol p = Protocol.getNew(dc);
5630 13 May 11 nicklas 82       if (protocoltypeId > 0)
5630 13 May 11 nicklas 83       {
5630 13 May 11 nicklas 84         p.setItemSubtype(ItemSubtype.getById(dc, protocoltypeId));
5630 13 May 11 nicklas 85       }
664 27 May 05 enell 86       if(setAll)
664 27 May 05 enell 87       {
664 27 May 05 enell 88         p.setName("Test protocol");
664 27 May 05 enell 89         p.setDescription("Added at "+new Date());
5248 17 Feb 10 nicklas 90         p.setExternalId("External protocol id");
664 27 May 05 enell 91       }
5249 17 Feb 10 nicklas 92       if (name != null) 
5249 17 Feb 10 nicklas 93       {
5249 17 Feb 10 nicklas 94         p.setName(name);
5249 17 Feb 10 nicklas 95         p.setExternalId(name + ".id");
5249 17 Feb 10 nicklas 96       }
557 11 May 05 enell 97       dc.saveItem(p);
557 11 May 05 enell 98       dc.commit();
557 11 May 05 enell 99       id = p.getId();
806 22 Jun 05 nicklas 100       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 101       dc.reattachItem(p, false);
557 11 May 05 enell 102       write_item(0, p);
557 11 May 05 enell 103       write("--Create protocol OK");
557 11 May 05 enell 104     }
816 23 Jun 05 nicklas 105     catch (Throwable ex)
557 11 May 05 enell 106     {
557 11 May 05 enell 107       write("--Create protocol FAILED");
557 11 May 05 enell 108       ex.printStackTrace();
557 11 May 05 enell 109       ok = false;
557 11 May 05 enell 110     }
557 11 May 05 enell 111     finally
557 11 May 05 enell 112     {
557 11 May 05 enell 113       if (dc != null) dc.close();
557 11 May 05 enell 114     }
557 11 May 05 enell 115     return id;
557 11 May 05 enell 116   }
557 11 May 05 enell 117   
557 11 May 05 enell 118   static void test_delete(int id)
557 11 May 05 enell 119   {
557 11 May 05 enell 120     if (id == 0) return;
557 11 May 05 enell 121     DbControl dc = null;
557 11 May 05 enell 122     try
557 11 May 05 enell 123     {
557 11 May 05 enell 124       dc = TestUtil.getDbControl();
557 11 May 05 enell 125       Protocol p = Protocol.getById(dc, id);
557 11 May 05 enell 126       dc.deleteItem(p);
5340 10 May 10 nicklas 127       Set<ItemProxy> using = p.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 128       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 129       {
5340 10 May 10 nicklas 130          throw new BaseException(p + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 131       }
557 11 May 05 enell 132       dc.commit();
557 11 May 05 enell 133       write("--Delete protocol OK");
557 11 May 05 enell 134     }
816 23 Jun 05 nicklas 135     catch (Throwable ex)
557 11 May 05 enell 136     {
557 11 May 05 enell 137       write("--Delete protocol FAILED");
557 11 May 05 enell 138       ex.printStackTrace();
557 11 May 05 enell 139       ok = false;
557 11 May 05 enell 140     }
557 11 May 05 enell 141     finally
557 11 May 05 enell 142     {
557 11 May 05 enell 143       if (dc != null) dc.close();
557 11 May 05 enell 144     }
557 11 May 05 enell 145   }
557 11 May 05 enell 146   
557 11 May 05 enell 147   static void test_load(int id)
557 11 May 05 enell 148   {
557 11 May 05 enell 149     if (id == 0) return;
557 11 May 05 enell 150     DbControl dc = null;
557 11 May 05 enell 151     try
557 11 May 05 enell 152     {
557 11 May 05 enell 153       dc = TestUtil.getDbControl();
557 11 May 05 enell 154       Protocol p = Protocol.getById(dc, id);
557 11 May 05 enell 155       write_item(0, p);
557 11 May 05 enell 156       write("--Load protocol OK");
557 11 May 05 enell 157     }
816 23 Jun 05 nicklas 158     catch (Throwable ex)
557 11 May 05 enell 159     {
557 11 May 05 enell 160       write("--Load protocol FAILED");
557 11 May 05 enell 161       ex.printStackTrace();
557 11 May 05 enell 162       ok = false;
557 11 May 05 enell 163     }
557 11 May 05 enell 164     finally
557 11 May 05 enell 165     {
557 11 May 05 enell 166       if (dc != null) dc.close();
557 11 May 05 enell 167     }
557 11 May 05 enell 168   }
557 11 May 05 enell 169   
557 11 May 05 enell 170   static void test_list()
557 11 May 05 enell 171   {
557 11 May 05 enell 172     DbControl dc = null;
557 11 May 05 enell 173     try
557 11 May 05 enell 174     {
557 11 May 05 enell 175       dc = TestUtil.getDbControl();
1418 07 Oct 05 nicklas 176       ItemResultList<Protocol> l = Protocol.getQuery().list(dc);
557 11 May 05 enell 177       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
557 11 May 05 enell 178       {
557 11 May 05 enell 179         write_item(i, l.get(i));
557 11 May 05 enell 180       }
557 11 May 05 enell 181       write("--List protocols OK ("+l.size()+")");
557 11 May 05 enell 182     }
816 23 Jun 05 nicklas 183     catch (Throwable ex)
557 11 May 05 enell 184     {
557 11 May 05 enell 185       write("--List protocols FAILED");
557 11 May 05 enell 186       ex.printStackTrace();
557 11 May 05 enell 187       ok = false;
557 11 May 05 enell 188     }
557 11 May 05 enell 189     finally
557 11 May 05 enell 190     {
557 11 May 05 enell 191       if (dc != null) dc.close();
557 11 May 05 enell 192     }
557 11 May 05 enell 193   }
557 11 May 05 enell 194   
557 11 May 05 enell 195   static void write_header()
557 11 May 05 enell 196   {
557 11 May 05 enell 197     if (!TestUtil.getSilent())
557 11 May 05 enell 198     {
5248 17 Feb 10 nicklas 199       write("   \tID \tName      \tDescription\tType\tExternal ID\tFile");
5248 17 Feb 10 nicklas 200       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t----\t-----------\t----");
557 11 May 05 enell 201     }
557 11 May 05 enell 202   }
557 11 May 05 enell 203   static void write_item(int i, Protocol p)
557 11 May 05 enell 204     throws BaseException
557 11 May 05 enell 205   {
557 11 May 05 enell 206     if (!TestUtil.getSilent()) 
5630 13 May 11 nicklas 207       write(i+":\t"+p.getId()+"\t"+p.getName()+"\t"+p.getDescription()+"\t"+p.getItemSubtype()+
5248 17 Feb 10 nicklas 208         "\t" + p.getExternalId() + "\t"+p.getFile());
557 11 May 05 enell 209   }
557 11 May 05 enell 210   static void write(String message)
557 11 May 05 enell 211   {
557 11 May 05 enell 212     System.out.println(message);
557 11 May 05 enell 213   }
806 22 Jun 05 nicklas 214   
806 22 Jun 05 nicklas 215   private static void test_deattachfile(int protocolId)
806 22 Jun 05 nicklas 216   {
806 22 Jun 05 nicklas 217     if (protocolId == 0) return;
806 22 Jun 05 nicklas 218     DbControl dc = null;
806 22 Jun 05 nicklas 219     try
806 22 Jun 05 nicklas 220     {
806 22 Jun 05 nicklas 221       dc = TestUtil.getDbControl();
806 22 Jun 05 nicklas 222       Protocol p = Protocol.getById(dc, protocolId);
806 22 Jun 05 nicklas 223       p.setFile(null);
806 22 Jun 05 nicklas 224       dc.commit();
806 22 Jun 05 nicklas 225       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 226       dc.reattachItem(p, false);
806 22 Jun 05 nicklas 227       write_item(0, p);
806 22 Jun 05 nicklas 228       write("--Deattach file OK");
806 22 Jun 05 nicklas 229     }
816 23 Jun 05 nicklas 230     catch (Throwable ex)
806 22 Jun 05 nicklas 231     {
806 22 Jun 05 nicklas 232       write("--Deattach file FAILED");
806 22 Jun 05 nicklas 233       ex.printStackTrace();
806 22 Jun 05 nicklas 234       ok = false;
806 22 Jun 05 nicklas 235     }
806 22 Jun 05 nicklas 236     finally
806 22 Jun 05 nicklas 237     {
806 22 Jun 05 nicklas 238       if (dc != null) dc.close();
806 22 Jun 05 nicklas 239     }
806 22 Jun 05 nicklas 240   }
806 22 Jun 05 nicklas 241
806 22 Jun 05 nicklas 242   private static void test_attachfile(int protocolId, int fileId)
806 22 Jun 05 nicklas 243   {
806 22 Jun 05 nicklas 244     if (fileId == 0 || protocolId == 0) return;
806 22 Jun 05 nicklas 245     DbControl dc = null;
806 22 Jun 05 nicklas 246     try
806 22 Jun 05 nicklas 247     {
806 22 Jun 05 nicklas 248       dc = TestUtil.getDbControl();
806 22 Jun 05 nicklas 249       Protocol p = Protocol.getById(dc, protocolId);
806 22 Jun 05 nicklas 250       File f = File.getById(dc, fileId);
806 22 Jun 05 nicklas 251       f.setName("attachfile");
806 22 Jun 05 nicklas 252       p.setFile(f);
806 22 Jun 05 nicklas 253       dc.commit();
806 22 Jun 05 nicklas 254       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 255       dc.reattachItem(p, false);
806 22 Jun 05 nicklas 256       write_item(0, p);
806 22 Jun 05 nicklas 257       write("--Attach file OK");
806 22 Jun 05 nicklas 258     }
816 23 Jun 05 nicklas 259     catch (Throwable ex)
806 22 Jun 05 nicklas 260     {
806 22 Jun 05 nicklas 261       write("--Attach file FAILED");
806 22 Jun 05 nicklas 262       ex.printStackTrace();
806 22 Jun 05 nicklas 263       ok = false;
806 22 Jun 05 nicklas 264     }
806 22 Jun 05 nicklas 265     finally
806 22 Jun 05 nicklas 266     {
806 22 Jun 05 nicklas 267       if (dc != null) dc.close();
806 22 Jun 05 nicklas 268     }
806 22 Jun 05 nicklas 269   }
4740 05 Feb 09 nicklas 270   
4740 05 Feb 09 nicklas 271   static void test_set_protocol_parameter(int protocolId, int annotationTypeId)
4740 05 Feb 09 nicklas 272   {
4740 05 Feb 09 nicklas 273     if (annotationTypeId == 0 || protocolId == 0) return;
4740 05 Feb 09 nicklas 274     DbControl dc = null;
4740 05 Feb 09 nicklas 275     try
4740 05 Feb 09 nicklas 276     {
4740 05 Feb 09 nicklas 277       dc = TestUtil.getDbControl();
4740 05 Feb 09 nicklas 278       Protocol p = Protocol.getById(dc, protocolId);
4740 05 Feb 09 nicklas 279       AnnotationType at = AnnotationType.getById(dc, annotationTypeId);
4740 05 Feb 09 nicklas 280       at.setProtocolParameter(true);
4740 05 Feb 09 nicklas 281       p.addParameter(at);
4740 05 Feb 09 nicklas 282       dc.commit();
4740 05 Feb 09 nicklas 283       write("--Set protocol parameter OK");
4740 05 Feb 09 nicklas 284     }
4740 05 Feb 09 nicklas 285     catch (Throwable ex)
4740 05 Feb 09 nicklas 286     {
4740 05 Feb 09 nicklas 287       write("--Set protocol parameter FAILED");
4740 05 Feb 09 nicklas 288       ex.printStackTrace();
4740 05 Feb 09 nicklas 289       ok = false;
4740 05 Feb 09 nicklas 290     }
4740 05 Feb 09 nicklas 291     finally
4740 05 Feb 09 nicklas 292     {
4740 05 Feb 09 nicklas 293       if (dc != null) dc.close();
4740 05 Feb 09 nicklas 294     }
4740 05 Feb 09 nicklas 295   }
806 22 Jun 05 nicklas 296
557 11 May 05 enell 297 }

Generated on Sat Oct  7 02:42:01 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)