src/test/TestRawBioAssay.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1121 24 Aug 05 nicklas 1 /*
1121 24 Aug 05 nicklas 2   $Id$
1121 24 Aug 05 nicklas 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Johan Enell, Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
1121 24 Aug 05 nicklas 7
2304 22 May 06 jari 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 9   Available at http://base.thep.lu.se/
1121 24 Aug 05 nicklas 10
1121 24 Aug 05 nicklas 11   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1121 24 Aug 05 nicklas 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1121 24 Aug 05 nicklas 14   of the License, or (at your option) any later version.
1121 24 Aug 05 nicklas 15
1121 24 Aug 05 nicklas 16   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1121 24 Aug 05 nicklas 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1121 24 Aug 05 nicklas 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1121 24 Aug 05 nicklas 19   GNU General Public License for more details.
1121 24 Aug 05 nicklas 20
1121 24 Aug 05 nicklas 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1121 24 Aug 05 nicklas 23 */
1121 24 Aug 05 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.*;
1124 24 Aug 05 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.data.RawData;
7151 04 May 16 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.query.Dynamic;
5026 28 Jul 09 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
7151 04 May 16 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.query.JoinType;
7151 04 May 16 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.query.Orders;
7151 04 May 16 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.query.SqlResult;
5026 28 Jul 09 nicklas 31 import net.sf.basedb.util.ConsoleProgressReporter;
1139 26 Aug 05 nicklas 32 import net.sf.basedb.util.FileUtil;
2203 28 Apr 06 nicklas 33 import net.sf.basedb.util.parser.FlatFileParser;
2203 28 Apr 06 nicklas 34
7151 04 May 16 nicklas 35 import java.sql.SQLException;
4426 29 Aug 08 nicklas 36 import java.util.ArrayList;
7151 04 May 16 nicklas 37 import java.util.Arrays;
1121 24 Aug 05 nicklas 38 import java.util.Date;
1121 24 Aug 05 nicklas 39 import java.util.List;
1134 25 Aug 05 nicklas 40 import java.util.Map;
5340 10 May 10 nicklas 41 import java.util.Set;
1139 26 Aug 05 nicklas 42 import java.util.regex.Pattern;
1121 24 Aug 05 nicklas 43
1121 24 Aug 05 nicklas 44 public class TestRawBioAssay
1121 24 Aug 05 nicklas 45 {
1121 24 Aug 05 nicklas 46
1121 24 Aug 05 nicklas 47   static boolean ok = true;
1121 24 Aug 05 nicklas 48   public static void main(String[] args)
1121 24 Aug 05 nicklas 49   {
1121 24 Aug 05 nicklas 50     TestUtil.checkArgs(args);
1121 24 Aug 05 nicklas 51     TestUtil.begin();
1121 24 Aug 05 nicklas 52     ok = test_all();
1121 24 Aug 05 nicklas 53     TestUtil.stop();
1121 24 Aug 05 nicklas 54   }
1121 24 Aug 05 nicklas 55
1121 24 Aug 05 nicklas 56   static boolean test_all()
1121 24 Aug 05 nicklas 57   {
1121 24 Aug 05 nicklas 58     write("++Testing raw bioassays");
1121 24 Aug 05 nicklas 59     write_header();
1121 24 Aug 05 nicklas 60     
5653 13 Jun 11 nicklas 61     int hybridizationId = TestPhysicalBioAssay.test_create(0, "Test hyb", 0, 1);
5685 04 Aug 11 nicklas 62     int bioAssaySetId = TestDerivedBioAssay.test_create_root("Scan", hybridizationId, 
6100 04 Sep 12 nicklas 63       SystemItems.getId(DerivedBioAssay.SCAN), 0, 0, 0, 0);
3820 12 Oct 07 nicklas 64     int arrayDesignId = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
5026 28 Jul 09 nicklas 65     int arrayDesignId2 = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
5026 28 Jul 09 nicklas 66     
2959 27 Nov 06 nicklas 67     TestReporter.test_import_from_file("data/test.rawdata.import.txt", 
3626 03 Aug 07 nicklas 68       "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", "\\t", 4, 3);
2959 27 Nov 06 nicklas 69     TestArrayDesign.test_import_from_file(arrayDesignId, "data/test.rawdata.import.txt", 
4246 24 Apr 08 nicklas 70       "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", null, 0, 2, 1, 4);
5026 28 Jul 09 nicklas 71     TestArrayDesign.test_import_from_file(arrayDesignId2, "data/test.rawdata.import.txt", 
5026 28 Jul 09 nicklas 72         "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*", null, 0, 2, 1, 4);
5026 28 Jul 09 nicklas 73     
5630 13 May 11 nicklas 74     int softwareId = TestSoftware.test_create(SystemItems.getId(Software.FEATURE_EXTRACTION), null, false);
5630 13 May 11 nicklas 75     int protocolId = TestProtocol.test_create(SystemItems.getId(Protocol.FEATURE_EXTRACTION), null, false);
1121 24 Aug 05 nicklas 76     
1121 24 Aug 05 nicklas 77     // Standard tests: create, load, list
5748 19 Sep 11 nicklas 78     int id = test_create(Platform.GENERIC, "genepix", null, bioAssaySetId, 0, softwareId, protocolId, arrayDesignId, true);
5748 19 Sep 11 nicklas 79     int id2 = test_create(Platform.GENERIC, "genepix", null, 0, 0, 0, 0, 0, false);    
5748 19 Sep 11 nicklas 80     int id3 = test_create(Platform.AFFYMETRIX, null, null, 0, 0, 0, 0, 0, false);
1121 24 Aug 05 nicklas 81     
1121 24 Aug 05 nicklas 82     test_load(id);
1124 24 Aug 05 nicklas 83     
3820 12 Oct 07 nicklas 84     // Test adding raw data -- stored in database
1942 08 Feb 06 nicklas 85     test_add_rawdata(id2, 10);
2959 27 Nov 06 nicklas 86     test_import_from_file(id, "data/test.rawdata.import.txt");
1942 08 Feb 06 nicklas 87     test_load(id);
1134 25 Aug 05 nicklas 88     test_list(-1);
1143 29 Aug 05 nicklas 89     write_raw_data_header();
3471 11 Jun 07 nicklas 90     test_list_raw_data(id, 10, 5, 0, true);
7151 04 May 16 nicklas 91     write_dynamic_raw_data_header();
7151 04 May 16 nicklas 92     test_list_dynamic_raw_data(id, id2, 10, 5, 0);
1529 27 Oct 05 nicklas 93     
5026 28 Jul 09 nicklas 94     // Test switch array design
5026 28 Jul 09 nicklas 95     test_change_arraydesign(id, arrayDesignId2);
5026 28 Jul 09 nicklas 96     
3820 12 Oct 07 nicklas 97     // Test adding raw data -- stored in files
3820 12 Oct 07 nicklas 98     int celId = TestFile.test_create("data/test.affymetrix.cel", false, false);
5652 10 Jun 11 nicklas 99     TestDataFileType.test_set_file(Item.RAWBIOASSAY, id3, "affymetrix.cel", celId);
5652 10 Jun 11 nicklas 100     TestDataFileType.test_list_files(Item.RAWBIOASSAY, id3, 1);
5652 10 Jun 11 nicklas 101     TestDataFileType.test_list_file_types(Item.RAWBIOASSAY, id3, 1);
5652 10 Jun 11 nicklas 102     ok &= TestDataFileType.ok;    
3820 12 Oct 07 nicklas 103     
1529 27 Oct 05 nicklas 104     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
1942 08 Feb 06 nicklas 105     test_delete_raw_data(id);
1121 24 Aug 05 nicklas 106
1121 24 Aug 05 nicklas 107     // Standard test: Delete
1121 24 Aug 05 nicklas 108     test_delete(id);
1121 24 Aug 05 nicklas 109     test_delete(id2);
3820 12 Oct 07 nicklas 110     test_delete(id3);
1139 26 Aug 05 nicklas 111
3820 12 Oct 07 nicklas 112     TestFile.test_delete(celId);
5685 04 Aug 11 nicklas 113     TestDerivedBioAssay.test_delete(bioAssaySetId);
5642 26 May 11 nicklas 114     TestPhysicalBioAssay.test_delete(hybridizationId);
1121 24 Aug 05 nicklas 115     TestArrayDesign.test_delete(arrayDesignId);
5026 28 Jul 09 nicklas 116     TestArrayDesign.test_delete(arrayDesignId2);
1121 24 Aug 05 nicklas 117     TestSoftware.test_delete(softwareId);
1121 24 Aug 05 nicklas 118     TestProtocol.test_delete(protocolId);
1942 08 Feb 06 nicklas 119     TestReporter.test_delete();
1121 24 Aug 05 nicklas 120     write("++Testing raw bioassays "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
1121 24 Aug 05 nicklas 121     return ok;
1121 24 Aug 05 nicklas 122   }
1121 24 Aug 05 nicklas 123
5748 19 Sep 11 nicklas 124   static int test_create(String platformId, String rawDataType, String name, int bioAssayId, int extractId,
5748 19 Sep 11 nicklas 125     int softwareId, int protocolId, int arrayDesignId, boolean setAll)
1121 24 Aug 05 nicklas 126   {
1121 24 Aug 05 nicklas 127     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY)) return 0;
1121 24 Aug 05 nicklas 128     int id = 0;
1121 24 Aug 05 nicklas 129     DbControl dc = null;
1121 24 Aug 05 nicklas 130     try
1121 24 Aug 05 nicklas 131     {
1121 24 Aug 05 nicklas 132       dc = TestUtil.getDbControl();
3820 12 Oct 07 nicklas 133       Platform platform = Platform.getByExternalId(dc, platformId);
3820 12 Oct 07 nicklas 134       RawBioAssay rba = RawBioAssay.getNew(dc, platform, RawDataTypes.getRawDataType(rawDataType));
1121 24 Aug 05 nicklas 135       if (setAll)
1121 24 Aug 05 nicklas 136       {
1121 24 Aug 05 nicklas 137         rba.setName("Test raw bioassay");
1121 24 Aug 05 nicklas 138         rba.setDescription("Added at "+new Date());
1121 24 Aug 05 nicklas 139       }
4740 05 Feb 09 nicklas 140       if (name != null) rba.setName(name);
1121 24 Aug 05 nicklas 141       if (softwareId != 0)
1121 24 Aug 05 nicklas 142       {
1121 24 Aug 05 nicklas 143         rba.setSoftware(Software.getById(dc, softwareId));
1121 24 Aug 05 nicklas 144       }
1121 24 Aug 05 nicklas 145       if (protocolId != 0)
1121 24 Aug 05 nicklas 146       {
1121 24 Aug 05 nicklas 147         rba.setProtocol(Protocol.getById(dc, protocolId));
1121 24 Aug 05 nicklas 148       }
5652 10 Jun 11 nicklas 149       if (bioAssayId != 0)
1523 25 Oct 05 enell 150       {
5657 16 Jun 11 nicklas 151         rba.setParentBioAssay(DerivedBioAssay.getById(dc, bioAssayId));
1523 25 Oct 05 enell 152       }
5748 19 Sep 11 nicklas 153       if (extractId != 0)
5748 19 Sep 11 nicklas 154       {
5748 19 Sep 11 nicklas 155         rba.setParentExtract(Extract.getById(dc, extractId));
5748 19 Sep 11 nicklas 156       }
1523 25 Oct 05 enell 157       if (arrayDesignId != 0)
1523 25 Oct 05 enell 158       {
1523 25 Oct 05 enell 159         rba.setArrayDesign(ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId));
1523 25 Oct 05 enell 160       }
1121 24 Aug 05 nicklas 161       dc.saveItem(rba);
1121 24 Aug 05 nicklas 162       dc.commit();
1121 24 Aug 05 nicklas 163       id = rba.getId();
1121 24 Aug 05 nicklas 164       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 165       dc.reattachItem(rba, false);
1121 24 Aug 05 nicklas 166       write_item(0, rba);
1121 24 Aug 05 nicklas 167       write("--Create raw bioassay OK");
1121 24 Aug 05 nicklas 168     }
1121 24 Aug 05 nicklas 169     catch (Throwable ex)
1121 24 Aug 05 nicklas 170     {
1121 24 Aug 05 nicklas 171       write("--Create raw bioassay FAILED");
1121 24 Aug 05 nicklas 172       ex.printStackTrace();
1121 24 Aug 05 nicklas 173       ok = false;
1121 24 Aug 05 nicklas 174     }
1121 24 Aug 05 nicklas 175     finally
1121 24 Aug 05 nicklas 176     {
1121 24 Aug 05 nicklas 177       if (dc != null) dc.close();
1121 24 Aug 05 nicklas 178     }
1121 24 Aug 05 nicklas 179     return id;
1121 24 Aug 05 nicklas 180   }
1121 24 Aug 05 nicklas 181
1121 24 Aug 05 nicklas 182   static void test_load(int id)
1121 24 Aug 05 nicklas 183   {
1121 24 Aug 05 nicklas 184     if (id == 0) return;
1121 24 Aug 05 nicklas 185     DbControl dc = null;
1121 24 Aug 05 nicklas 186     try
1121 24 Aug 05 nicklas 187     {
1121 24 Aug 05 nicklas 188       dc = TestUtil.getDbControl();
1121 24 Aug 05 nicklas 189       RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, id);
1121 24 Aug 05 nicklas 190       write_item(0, rba);
1368 21 Sep 05 nicklas 191       if (!TestUtil.getSilent())
1368 21 Sep 05 nicklas 192       {
1368 21 Sep 05 nicklas 193         write("Headers:");
1368 21 Sep 05 nicklas 194         for (String header : rba.getHeaderNames())
1368 21 Sep 05 nicklas 195         {
1368 21 Sep 05 nicklas 196           write("\t"+header+"="+rba.getHeader(header));
1368 21 Sep 05 nicklas 197         }
1368 21 Sep 05 nicklas 198       }
1121 24 Aug 05 nicklas 199       write("--Load raw bioassay OK");
1121 24 Aug 05 nicklas 200     }
1121 24 Aug 05 nicklas 201     catch (Throwable ex)
1121 24 Aug 05 nicklas 202     {
1121 24 Aug 05 nicklas 203       write("--Load raw bioassay FAILED");
1121 24 Aug 05 nicklas 204       ex.printStackTrace();
1121 24 Aug 05 nicklas 205       ok = false;
1121 24 Aug 05 nicklas 206     }
1121 24 Aug 05 nicklas 207     finally
1121 24 Aug 05 nicklas 208     {
1121 24 Aug 05 nicklas 209       if (dc != null) dc.close();
1121 24 Aug 05 nicklas 210     }
1121 24 Aug 05 nicklas 211   }
1121 24 Aug 05 nicklas 212
5696 12 Aug 11 nicklas 213   static boolean test_list(int expectedResults)
1121 24 Aug 05 nicklas 214   {
1121 24 Aug 05 nicklas 215     DbControl dc = null;
1121 24 Aug 05 nicklas 216     try
1121 24 Aug 05 nicklas 217     {
1121 24 Aug 05 nicklas 218       dc = TestUtil.getDbControl();
1418 07 Oct 05 nicklas 219       ItemResultList<RawBioAssay> l = RawBioAssay.getQuery().list(dc);
1121 24 Aug 05 nicklas 220       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
1121 24 Aug 05 nicklas 221       {
1121 24 Aug 05 nicklas 222         write_item(i, l.get(i));
1121 24 Aug 05 nicklas 223       }
1121 24 Aug 05 nicklas 224       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
1121 24 Aug 05 nicklas 225       {
1121 24 Aug 05 nicklas 226         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
1121 24 Aug 05 nicklas 227       }
1121 24 Aug 05 nicklas 228       write("--List raw bioassays OK ("+l.size()+")");
1121 24 Aug 05 nicklas 229     }
1121 24 Aug 05 nicklas 230     catch (Throwable ex)
1121 24 Aug 05 nicklas 231     {
1121 24 Aug 05 nicklas 232       write("--List raw bioassays FAILED");
1121 24 Aug 05 nicklas 233       ex.printStackTrace();
1121 24 Aug 05 nicklas 234       ok = false;
5696 12 Aug 11 nicklas 235       return false;
1121 24 Aug 05 nicklas 236     }
1121 24 Aug 05 nicklas 237     finally
1121 24 Aug 05 nicklas 238     {
1121 24 Aug 05 nicklas 239       if (dc != null) dc.close();
1121 24 Aug 05 nicklas 240     }
5696 12 Aug 11 nicklas 241     return true;
1121 24 Aug 05 nicklas 242   }
1121 24 Aug 05 nicklas 243
1121 24 Aug 05 nicklas 244   static void test_delete(int id)
1121 24 Aug 05 nicklas 245   {
1121 24 Aug 05 nicklas 246     if (id == 0) return;
1121 24 Aug 05 nicklas 247     DbControl dc = null;
1121 24 Aug 05 nicklas 248     try
1121 24 Aug 05 nicklas 249     {
1121 24 Aug 05 nicklas 250       dc = TestUtil.getDbControl();
1121 24 Aug 05 nicklas 251       RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, id);
1121 24 Aug 05 nicklas 252       dc.deleteItem(rba);
5340 10 May 10 nicklas 253       Set<ItemProxy> using = rba.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 254       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 255       {
5340 10 May 10 nicklas 256          throw new BaseException(rba + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 257       }
1121 24 Aug 05 nicklas 258       dc.commit();
1121 24 Aug 05 nicklas 259       write("--Delete raw bioassay OK");
1121 24 Aug 05 nicklas 260     }
1121 24 Aug 05 nicklas 261     catch (Throwable ex)
1121 24 Aug 05 nicklas 262     {
1121 24 Aug 05 nicklas 263       write("--Delete raw bioassay FAILED");
1121 24 Aug 05 nicklas 264       ex.printStackTrace();
1121 24 Aug 05 nicklas 265       ok = false;
1121 24 Aug 05 nicklas 266     }
1121 24 Aug 05 nicklas 267     finally
1121 24 Aug 05 nicklas 268     {
1121 24 Aug 05 nicklas 269       if (dc != null) dc.close();
1121 24 Aug 05 nicklas 270     }
1121 24 Aug 05 nicklas 271   }
1121 24 Aug 05 nicklas 272
4426 29 Aug 08 nicklas 273   static void test_delete_all()
4426 29 Aug 08 nicklas 274   {
4426 29 Aug 08 nicklas 275     DbControl dc = null;
4426 29 Aug 08 nicklas 276     try
4426 29 Aug 08 nicklas 277     {
4426 29 Aug 08 nicklas 278       dc = TestUtil.getDbControl();
4426 29 Aug 08 nicklas 279       List<RawBioAssay> l = new ArrayList<RawBioAssay>(RawBioAssay.getQuery().list(dc));
4426 29 Aug 08 nicklas 280       dc.commit();
5688 10 Aug 11 nicklas 281       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 282       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
4426 29 Aug 08 nicklas 283       write("--Delete all raw bioassays OK ("+l.size()+")");
4426 29 Aug 08 nicklas 284     }
4426 29 Aug 08 nicklas 285     catch (Throwable ex)
4426 29 Aug 08 nicklas 286     {
4426 29 Aug 08 nicklas 287       write("--Delete all raw bioassays FAILED");
4426 29 Aug 08 nicklas 288       ex.printStackTrace();
4426 29 Aug 08 nicklas 289       ok = false;
4426 29 Aug 08 nicklas 290     }
4426 29 Aug 08 nicklas 291     finally
4426 29 Aug 08 nicklas 292     {
4426 29 Aug 08 nicklas 293       if (dc != null) dc.close();
4426 29 Aug 08 nicklas 294     }
4426 29 Aug 08 nicklas 295   }
4426 29 Aug 08 nicklas 296   
1121 24 Aug 05 nicklas 297   static void write_header()
1121 24 Aug 05 nicklas 298   {
1121 24 Aug 05 nicklas 299     if (!TestUtil.getSilent())
1121 24 Aug 05 nicklas 300     {
3820 12 Oct 07 nicklas 301       write("   \tID \tName      \tDescription\tData type\tDb spots\tFile spots\tBytes\tArray Design\tSoftware\tProtocol");
3820 12 Oct 07 nicklas 302       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t---------\t--------\t-----------\t-----\t------------\t--------\t--------");
1121 24 Aug 05 nicklas 303     }
1121 24 Aug 05 nicklas 304   }
1134 25 Aug 05 nicklas 305   static void write_raw_data_header()
1134 25 Aug 05 nicklas 306   {
1134 25 Aug 05 nicklas 307     if (!TestUtil.getSilent())
1134 25 Aug 05 nicklas 308     {
1142 29 Aug 05 nicklas 309       write("   \tID \tBlock\tRow\tColumn\tGrid X\tGrid Y\tX    \tY    \tPosition\tReporter\tFeature\tExtra");
1142 29 Aug 05 nicklas 310       write("-- \t-- \t-----\t---\t------\t------\t------\t-----\t-----\t--------\t--------\t-------\t-----");
1134 25 Aug 05 nicklas 311     }
1134 25 Aug 05 nicklas 312   }
7151 04 May 16 nicklas 313   static void write_dynamic_raw_data_header()
7151 04 May 16 nicklas 314   {
7151 04 May 16 nicklas 315     if (!TestUtil.getSilent())
7151 04 May 16 nicklas 316     {
7151 04 May 16 nicklas 317       write("   \tID \tX    \tY    \tReporter\tRaw  bioassay");
7151 04 May 16 nicklas 318       write("-- \t-- \t-----\t-----\t--------\t-------------");
7151 04 May 16 nicklas 319     }
7151 04 May 16 nicklas 320   }
1121 24 Aug 05 nicklas 321   static void write_item(int i, RawBioAssay rba)
1121 24 Aug 05 nicklas 322     throws BaseException
1121 24 Aug 05 nicklas 323   {
1121 24 Aug 05 nicklas 324     if (!TestUtil.getSilent()) 
1121 24 Aug 05 nicklas 325     {
1121 24 Aug 05 nicklas 326       System.out.println(i+":\t"+rba.getId()+"\t"+rba.getName()+"\t"+rba.getDescription()+
3820 12 Oct 07 nicklas 327         "\t"+rba.getRawDataType().getName()+"\t"+rba.getNumDbSpots()+"\t"+rba.getNumFileSpots() + 
3820 12 Oct 07 nicklas 328         "\t"+rba.getBytes()+"\t"+rba.getArrayDesign()+
1121 24 Aug 05 nicklas 329         "\t"+rba.getSoftware()+"\t"+rba.getProtocol());
1121 24 Aug 05 nicklas 330     }
1121 24 Aug 05 nicklas 331   }
1134 25 Aug 05 nicklas 332   
3471 11 Jun 07 nicklas 333   static void write_item(int i, RawData rd, boolean writeExtended)
1142 29 Aug 05 nicklas 334     throws BaseException
1134 25 Aug 05 nicklas 335   {
1134 25 Aug 05 nicklas 336     if (!TestUtil.getSilent()) 
1134 25 Aug 05 nicklas 337     {
1134 25 Aug 05 nicklas 338       System.out.println(i+":\t"+rd.getId()+"\t"+rd.getBlock()+"\t"+rd.getRow()+
1134 25 Aug 05 nicklas 339         "\t"+rd.getColumn()+"\t"+rd.getMetaGridX()+"\t"+rd.getMetaGridY()+
1142 29 Aug 05 nicklas 340         "\t"+rd.getX()+"\t"+rd.getY()+"\t"+rd.getPosition()+
3471 11 Jun 07 nicklas 341         "\t"+rd.getReporter()+"\t"+rd.getFeature()+(writeExtended ? "\t"+rd.getAllExtended() : ""));
1134 25 Aug 05 nicklas 342     }
1134 25 Aug 05 nicklas 343   }
1134 25 Aug 05 nicklas 344   
7151 04 May 16 nicklas 345   static void write_item(int i, SqlResult result, int columns)
7151 04 May 16 nicklas 346     throws BaseException, SQLException
7151 04 May 16 nicklas 347   {
7151 04 May 16 nicklas 348     if (!TestUtil.getSilent()) 
7151 04 May 16 nicklas 349     {
7151 04 May 16 nicklas 350       StringBuilder sb = new StringBuilder();
7151 04 May 16 nicklas 351       sb.append(i);
7151 04 May 16 nicklas 352       for (int col = 1; col <= columns; col++)
7151 04 May 16 nicklas 353       {
7151 04 May 16 nicklas 354         sb.append("\t").append(result.getString(col));
7151 04 May 16 nicklas 355       }
7151 04 May 16 nicklas 356       System.out.println(sb.toString());
7151 04 May 16 nicklas 357     }
7151 04 May 16 nicklas 358   }
7151 04 May 16 nicklas 359   
3820 12 Oct 07 nicklas 360   static void write_item(int i, DataFileType type)
3820 12 Oct 07 nicklas 361     throws BaseException
3820 12 Oct 07 nicklas 362   {
3820 12 Oct 07 nicklas 363     if (!TestUtil.getSilent()) 
3820 12 Oct 07 nicklas 364     {
3820 12 Oct 07 nicklas 365       System.out.println(i+":\t"+type.getId()+"\t"+type.getName()+"\t"+
3820 12 Oct 07 nicklas 366         type.getDescription());
3820 12 Oct 07 nicklas 367     }
3820 12 Oct 07 nicklas 368   }
3820 12 Oct 07 nicklas 369
3820 12 Oct 07 nicklas 370   
1121 24 Aug 05 nicklas 371   static void write(String message)
1121 24 Aug 05 nicklas 372   {
1121 24 Aug 05 nicklas 373     System.out.println(message);
1121 24 Aug 05 nicklas 374   }
1121 24 Aug 05 nicklas 375   
1124 24 Aug 05 nicklas 376   static void test_add_rawdata(int rawBioAssayId, int numSpots)
1124 24 Aug 05 nicklas 377   {
1124 24 Aug 05 nicklas 378     if (rawBioAssayId == 0) return;
1124 24 Aug 05 nicklas 379     DbControl dc = null;
1124 24 Aug 05 nicklas 380     long time;
1124 24 Aug 05 nicklas 381     try
1124 24 Aug 05 nicklas 382     {
1124 24 Aug 05 nicklas 383       write("--Start adding raw data ("+numSpots+" spots)");
1124 24 Aug 05 nicklas 384       dc = TestUtil.getDbControl();
1124 24 Aug 05 nicklas 385       RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId);
1134 25 Aug 05 nicklas 386       RawDataType rdt = rba.getRawDataType();
1134 25 Aug 05 nicklas 387       List<RawDataProperty> extraProperties = rdt.getProperties();
4256 29 Apr 08 nicklas 388       RawDataBatcher rdb = rba.getRawDataBatcher(null, null);
1124 24 Aug 05 nicklas 389       int block = 1;
1124 24 Aug 05 nicklas 390       int row = 1;
1124 24 Aug 05 nicklas 391       int column = 1;
1124 24 Aug 05 nicklas 392       time = System.currentTimeMillis();
1124 24 Aug 05 nicklas 393       for (int i = 0; i < numSpots; i++)
1124 24 Aug 05 nicklas 394       {
1134 25 Aug 05 nicklas 395         RawData rd = rdb.newRawData();
1134 25 Aug 05 nicklas 396         rd.setBlock(block);
1134 25 Aug 05 nicklas 397         rd.setRow(row);
1134 25 Aug 05 nicklas 398         rd.setColumn(column);
1134 25 Aug 05 nicklas 399         rd.setX((float)Math.random() * 50000);
1134 25 Aug 05 nicklas 400         rd.setY((float)Math.random() * 50000);
1134 25 Aug 05 nicklas 401         
1134 25 Aug 05 nicklas 402         Map<String, Object> extra = rd.getAllExtended();
1134 25 Aug 05 nicklas 403         for (RawDataProperty p : extraProperties)
1134 25 Aug 05 nicklas 404         {
1134 25 Aug 05 nicklas 405           Type t = p.getType();
1134 25 Aug 05 nicklas 406           Object value = null;
1134 25 Aug 05 nicklas 407           if (t == Type.INT)
1134 25 Aug 05 nicklas 408           {
1134 25 Aug 05 nicklas 409             value = (int)(Math.random() * 50000);
1134 25 Aug 05 nicklas 410           }
1134 25 Aug 05 nicklas 411           else if (t == Type.FLOAT)
1134 25 Aug 05 nicklas 412           {
1134 25 Aug 05 nicklas 413             value =  (float)Math.random() * 50000;
1134 25 Aug 05 nicklas 414           }
1134 25 Aug 05 nicklas 415           else if (t == Type.STRING)
1134 25 Aug 05 nicklas 416           {
1134 25 Aug 05 nicklas 417             value =  "ABCDEF";
1134 25 Aug 05 nicklas 418           }
1134 25 Aug 05 nicklas 419           extra.put(p.getName(), value);
1134 25 Aug 05 nicklas 420         }
1134 25 Aug 05 nicklas 421         rdb.insert(rd);
1124 24 Aug 05 nicklas 422         row++;
1124 24 Aug 05 nicklas 423         if (row == 11)
1124 24 Aug 05 nicklas 424         {
1124 24 Aug 05 nicklas 425           row = 1;
1124 24 Aug 05 nicklas 426           column++;
1124 24 Aug 05 nicklas 427           if (column == 11)
1124 24 Aug 05 nicklas 428           {
1124 24 Aug 05 nicklas 429             column = 1;
1124 24 Aug 05 nicklas 430             block++;
1124 24 Aug 05 nicklas 431           }
1124 24 Aug 05 nicklas 432         }
1124 24 Aug 05 nicklas 433       }
1124 24 Aug 05 nicklas 434       dc.commit();
1124 24 Aug 05 nicklas 435       time = System.currentTimeMillis()-time;
1124 24 Aug 05 nicklas 436       write("--Add raw data OK ("+time+" ms)");
1124 24 Aug 05 nicklas 437     }
1124 24 Aug 05 nicklas 438     catch (Throwable ex)
1124 24 Aug 05 nicklas 439     {
1124 24 Aug 05 nicklas 440       write("--Add raw data FAILED");
1124 24 Aug 05 nicklas 441       ex.printStackTrace();
1124 24 Aug 05 nicklas 442       ok = false;
1124 24 Aug 05 nicklas 443     }
1124 24 Aug 05 nicklas 444     finally
1124 24 Aug 05 nicklas 445     {
1124 24 Aug 05 nicklas 446       if (dc != null) dc.close();
1124 24 Aug 05 nicklas 447     }
1124 24 Aug 05 nicklas 448   }
1134 25 Aug 05 nicklas 449   
3471 11 Jun 07 nicklas 450   static boolean test_list_raw_data(int rawBioAssayId, int limit, int offset, long expectedTotal, boolean writeExtended)
1134 25 Aug 05 nicklas 451   {
3471 11 Jun 07 nicklas 452     if (rawBioAssayId == 0) return ok;
1134 25 Aug 05 nicklas 453     DbControl dc = null;
1134 25 Aug 05 nicklas 454     try
1134 25 Aug 05 nicklas 455     {
1134 25 Aug 05 nicklas 456       dc = TestUtil.getDbControl();
1134 25 Aug 05 nicklas 457       RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId);
1545 31 Oct 05 nicklas 458       DataQuery<RawData> query = rba.getRawData();
5026 28 Jul 09 nicklas 459       query.join(Hql.leftJoin(null, "feature", "ft", null, true));
5026 28 Jul 09 nicklas 460       query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "rep", null, true));
1545 31 Oct 05 nicklas 461       query.setMaxResults(limit);
1545 31 Oct 05 nicklas 462       query.setFirstResult(offset);
1545 31 Oct 05 nicklas 463       query.setReturnTotalCount(true);
1545 31 Oct 05 nicklas 464
1545 31 Oct 05 nicklas 465       DataResultIterator<RawData> it = query.iterate(dc);
1418 07 Oct 05 nicklas 466       int counter = 0;
1418 07 Oct 05 nicklas 467       while (it.hasNext())
1142 29 Aug 05 nicklas 468       {
1418 07 Oct 05 nicklas 469         RawData rd = it.next();
1418 07 Oct 05 nicklas 470         if (counter == 0)
1418 07 Oct 05 nicklas 471         {
1418 07 Oct 05 nicklas 472           write_item(0, RawDataUtil.getRawBioAssay(dc, rd));
1418 07 Oct 05 nicklas 473         }
3471 11 Jun 07 nicklas 474         write_item(counter, rd, writeExtended);
1418 07 Oct 05 nicklas 475         counter++;
1142 29 Aug 05 nicklas 476       }
3468 08 Jun 07 nicklas 477       long totalCount = it.getTotalCount();
3468 08 Jun 07 nicklas 478       if (expectedTotal > 0 && expectedTotal != totalCount)
3468 08 Jun 07 nicklas 479       {
3468 08 Jun 07 nicklas 480         throw new Exception("Unexpected number of raw data: " + totalCount +"; expected " +expectedTotal);
3468 08 Jun 07 nicklas 481       }
3468 08 Jun 07 nicklas 482       write("--List raw data OK (listed = "+counter+"; total = "+totalCount+")");
1134 25 Aug 05 nicklas 483     }
1134 25 Aug 05 nicklas 484     catch (Throwable ex)
1134 25 Aug 05 nicklas 485     {
1134 25 Aug 05 nicklas 486       write("--List raw data FAILED");
1134 25 Aug 05 nicklas 487       ex.printStackTrace();
1134 25 Aug 05 nicklas 488       ok = false;
3471 11 Jun 07 nicklas 489       return false;
1134 25 Aug 05 nicklas 490     }
1134 25 Aug 05 nicklas 491     finally
1134 25 Aug 05 nicklas 492     {
1134 25 Aug 05 nicklas 493       if (dc != null) dc.close();
1134 25 Aug 05 nicklas 494     }
3471 11 Jun 07 nicklas 495     return true;
1134 25 Aug 05 nicklas 496   }
1139 26 Aug 05 nicklas 497   
7151 04 May 16 nicklas 498   static boolean test_list_dynamic_raw_data(int raw1, int raw2, int limit, int offset, long expectedTotal)
7151 04 May 16 nicklas 499   {
7151 04 May 16 nicklas 500     if (raw1 == 0 && raw2 == 0) return ok;
7151 04 May 16 nicklas 501     DbControl dc = null;
7151 04 May 16 nicklas 502     try
7151 04 May 16 nicklas 503     {
7151 04 May 16 nicklas 504       dc = TestUtil.getDbControl();
7151 04 May 16 nicklas 505       RawBioAssay rba1 = RawBioAssay.getById(dc, raw1);
7151 04 May 16 nicklas 506       RawBioAssay rba2 = RawBioAssay.getById(dc, raw2);
7151 04 May 16 nicklas 507       
7151 04 May 16 nicklas 508       DynamicRawDataQuery query = DynamicRawDataQuery.getQuery(Arrays.asList(rba1, rba2));
7151 04 May 16 nicklas 509       query.setAutoJoinType(JoinType.INNER);
7151 04 May 16 nicklas 510       query.select(Dynamic.selectRawData("id"));
7151 04 May 16 nicklas 511       query.select(Dynamic.selectRawData("x"));
7151 04 May 16 nicklas 512       query.select(Dynamic.selectRawData("y"));
7151 04 May 16 nicklas 513       query.select(Dynamic.selectReporter("externalId"));
7151 04 May 16 nicklas 514       query.select(Dynamic.selectRawBioAssay("name"));
7151 04 May 16 nicklas 515
7151 04 May 16 nicklas 516       query.order(Orders.asc(Dynamic.reporter("externalId")));
7151 04 May 16 nicklas 517       
7151 04 May 16 nicklas 518       query.setMaxResults(limit);
7151 04 May 16 nicklas 519       query.setFirstResult(offset);
7151 04 May 16 nicklas 520       query.setReturnTotalCount(true);
7151 04 May 16 nicklas 521       
7151 04 May 16 nicklas 522       DynamicResultIterator it = query.iterate(dc);
7151 04 May 16 nicklas 523       int counter = 0;
7151 04 May 16 nicklas 524       while (it.hasNext())
7151 04 May 16 nicklas 525       {
7151 04 May 16 nicklas 526         SqlResult result = it.next();
7151 04 May 16 nicklas 527         write_item(counter, result, 5);
7151 04 May 16 nicklas 528         counter++;
7151 04 May 16 nicklas 529       }
7151 04 May 16 nicklas 530       long totalCount = it.getTotalCount();
7151 04 May 16 nicklas 531       if (expectedTotal > 0 && expectedTotal != totalCount)
7151 04 May 16 nicklas 532       {
7151 04 May 16 nicklas 533         throw new Exception("Unexpected number of raw data: " + totalCount +"; expected " +expectedTotal);
7151 04 May 16 nicklas 534       }
7151 04 May 16 nicklas 535       write("--List dynamic raw data OK (listed = "+counter+"; total = "+totalCount+")");
7151 04 May 16 nicklas 536     }
7151 04 May 16 nicklas 537     catch (Throwable ex)
7151 04 May 16 nicklas 538     {
7151 04 May 16 nicklas 539       write("--List dynamic raw data FAILED");
7151 04 May 16 nicklas 540       ex.printStackTrace();
7151 04 May 16 nicklas 541       ok = false;
7151 04 May 16 nicklas 542       return false;
7151 04 May 16 nicklas 543     }
7151 04 May 16 nicklas 544     finally
7151 04 May 16 nicklas 545     {
7151 04 May 16 nicklas 546       if (dc != null) dc.close();
7151 04 May 16 nicklas 547     }
7151 04 May 16 nicklas 548     return true;
7151 04 May 16 nicklas 549   }
7151 04 May 16 nicklas 550
7151 04 May 16 nicklas 551   
1142 29 Aug 05 nicklas 552   static void test_delete_raw_data(int rawBioAssayId)
1142 29 Aug 05 nicklas 553   {
1142 29 Aug 05 nicklas 554     if (rawBioAssayId == 0) return;
1142 29 Aug 05 nicklas 555     DbControl dc = null;
1142 29 Aug 05 nicklas 556     try
1142 29 Aug 05 nicklas 557     {
1142 29 Aug 05 nicklas 558       dc = TestUtil.getDbControl();
1142 29 Aug 05 nicklas 559       RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId);
1142 29 Aug 05 nicklas 560       rba.deleteRawData();
1142 29 Aug 05 nicklas 561       write("--Delete raw data OK");
1142 29 Aug 05 nicklas 562     }
1142 29 Aug 05 nicklas 563     catch (Throwable ex)
1142 29 Aug 05 nicklas 564     {
1142 29 Aug 05 nicklas 565       write("--Delete raw data FAILED");
1142 29 Aug 05 nicklas 566       ex.printStackTrace();
1142 29 Aug 05 nicklas 567       ok = false;
1142 29 Aug 05 nicklas 568     }
1142 29 Aug 05 nicklas 569     finally
1142 29 Aug 05 nicklas 570     {
1142 29 Aug 05 nicklas 571       if (dc != null) dc.close();
1142 29 Aug 05 nicklas 572     }
1142 29 Aug 05 nicklas 573   }
1142 29 Aug 05 nicklas 574
1139 26 Aug 05 nicklas 575   static void test_import_from_file(int rawBioAssayId, String filename)
1139 26 Aug 05 nicklas 576   {
1139 26 Aug 05 nicklas 577     if (rawBioAssayId == 0) return;
1139 26 Aug 05 nicklas 578     write("--Start import raw data from file (" + filename + ")");
1139 26 Aug 05 nicklas 579     DbControl dc = null;
1139 26 Aug 05 nicklas 580     long time;
1139 26 Aug 05 nicklas 581     int i = 0;
1139 26 Aug 05 nicklas 582     try
1139 26 Aug 05 nicklas 583     {
1139 26 Aug 05 nicklas 584       dc = TestUtil.getDbControl();
1139 26 Aug 05 nicklas 585       RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId);
4256 29 Apr 08 nicklas 586       RawDataBatcher rawDataBatcher = rba.getRawDataBatcher(null, null);
1139 26 Aug 05 nicklas 587       ReporterBatcher reporterBatcher = ReporterBatcher.getNew(dc);
1139 26 Aug 05 nicklas 588     
1139 26 Aug 05 nicklas 589       FlatFileParser parser = new FlatFileParser();
1368 21 Sep 05 nicklas 590       parser.setHeaderRegexp(Pattern.compile("\"(.*)=(.*)\""));
1139 26 Aug 05 nicklas 591       parser.setDataHeaderRegexp(Pattern.compile("\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"Name\"\\t\"ID\".*"));
2203 28 Apr 06 nicklas 592       parser.setDataSplitterRegexp(Pattern.compile("\\t"));
2992 01 Dec 06 enell 593       parser.setInputStream(FileUtil.getInputStream(new java.io.File(filename)), "ISO-8859-1");
1139 26 Aug 05 nicklas 594       parser.parseHeaders();
1139 26 Aug 05 nicklas 595       
1368 21 Sep 05 nicklas 596       for (String header : parser.getHeaderNames())
1368 21 Sep 05 nicklas 597       {
1594 14 Nov 05 nicklas 598         String value = parser.getHeader(header);
1594 14 Nov 05 nicklas 599         if (header != null && value != null) rba.setHeader(header, value);
1368 21 Sep 05 nicklas 600       }
1368 21 Sep 05 nicklas 601       
1139 26 Aug 05 nicklas 602       time = System.currentTimeMillis();
1139 26 Aug 05 nicklas 603       while (parser.hasMoreData())
1139 26 Aug 05 nicklas 604       {
1139 26 Aug 05 nicklas 605         FlatFileParser.Data parsedData = parser.nextData();
1139 26 Aug 05 nicklas 606         RawData rawData = rawDataBatcher.newRawData();
7665 20 Mar 19 nicklas 607         rawData.setBlock(parsedData.getInt(0));
7665 20 Mar 19 nicklas 608         rawData.setRow(parsedData.getInt(2));
7665 20 Mar 19 nicklas 609         rawData.setColumn(parsedData.getInt(1));
7665 20 Mar 19 nicklas 610         rawData.setX(parsedData.getFloat(5));
7665 20 Mar 19 nicklas 611         rawData.setY(parsedData.getFloat(6));
7665 20 Mar 19 nicklas 612         String reporterId = parsedData.getString(4);
1594 14 Nov 05 nicklas 613         rawData.setReporter(reporterId == null ? null : reporterBatcher.getByExternalId(reporterId));
1139 26 Aug 05 nicklas 614         
1139 26 Aug 05 nicklas 615         Map<String, Object> extraData = rawData.getAllExtended();
7665 20 Mar 19 nicklas 616         extraData.put("diameter", parsedData.getFloat(7));
7665 20 Mar 19 nicklas 617         extraData.put("ch1FgMedian", parsedData.getFloat(8));
7665 20 Mar 19 nicklas 618         extraData.put("ch1FgMean", parsedData.getFloat(9));
7665 20 Mar 19 nicklas 619         extraData.put("ch1FgSd", parsedData.getFloat(10));
7665 20 Mar 19 nicklas 620         extraData.put("ch1BgMedian", parsedData.getFloat(11));
7665 20 Mar 19 nicklas 621         extraData.put("ch1BgMean", parsedData.getFloat(12));
7665 20 Mar 19 nicklas 622         extraData.put("ch1BgSd", parsedData.getFloat(13));
7665 20 Mar 19 nicklas 623         extraData.put("ch1PercSd1", parsedData.getInt(14));
7665 20 Mar 19 nicklas 624         extraData.put("ch1PercSd2", parsedData.getInt(15));
7665 20 Mar 19 nicklas 625         extraData.put("ch1PercSat", parsedData.getInt(16));
7665 20 Mar 19 nicklas 626         extraData.put("ch2FgMedian", parsedData.getFloat(17));
7665 20 Mar 19 nicklas 627         extraData.put("ch2FgMean", parsedData.getFloat(18));
7665 20 Mar 19 nicklas 628         extraData.put("ch2FgSd", parsedData.getFloat(19));
7665 20 Mar 19 nicklas 629         extraData.put("ch2BgMedian", parsedData.getFloat(20));
7665 20 Mar 19 nicklas 630         extraData.put("ch2BgMean", parsedData.getFloat(21));
7665 20 Mar 19 nicklas 631         extraData.put("ch2BgSd", parsedData.getFloat(22));
7665 20 Mar 19 nicklas 632         extraData.put("ch2PercSd1", parsedData.getInt(23));
7665 20 Mar 19 nicklas 633         extraData.put("ch2PercSd2", parsedData.getInt(24));
7665 20 Mar 19 nicklas 634         extraData.put("ch2PercSat", parsedData.getInt(25));
1139 26 Aug 05 nicklas 635
4097 23 Jan 08 nicklas 636         try
4097 23 Jan 08 nicklas 637         {
4097 23 Jan 08 nicklas 638           rawDataBatcher.insert(rawData);
4097 23 Jan 08 nicklas 639           i++;
4097 23 Jan 08 nicklas 640         }
4097 23 Jan 08 nicklas 641         catch (ItemAlreadyExistsException ex)
4097 23 Jan 08 nicklas 642         {
4097 23 Jan 08 nicklas 643           // Ignore duplicate features
4097 23 Jan 08 nicklas 644         }
1139 26 Aug 05 nicklas 645       }
1139 26 Aug 05 nicklas 646       dc.commit();
1139 26 Aug 05 nicklas 647       time = System.currentTimeMillis()-time;
1139 26 Aug 05 nicklas 648
1139 26 Aug 05 nicklas 649       write("--Import raw data from file OK ("+i+", time="+time+" ms)");
1139 26 Aug 05 nicklas 650     }
1139 26 Aug 05 nicklas 651     catch (Throwable ex)
1139 26 Aug 05 nicklas 652     {
1139 26 Aug 05 nicklas 653       write("--Import raw data from file FAILED ("+i+")");
1139 26 Aug 05 nicklas 654       ex.printStackTrace();
1139 26 Aug 05 nicklas 655       ok = false;
1139 26 Aug 05 nicklas 656     }
1139 26 Aug 05 nicklas 657     finally
1139 26 Aug 05 nicklas 658     {
1139 26 Aug 05 nicklas 659       if (dc != null) dc.close();
1139 26 Aug 05 nicklas 660     }
1139 26 Aug 05 nicklas 661   }
3820 12 Oct 07 nicklas 662   
5026 28 Jul 09 nicklas 663   static void test_change_arraydesign(int id, int arrayDesignId)
5026 28 Jul 09 nicklas 664   {
5026 28 Jul 09 nicklas 665     if (id == 0 || arrayDesignId == 0) return;
5026 28 Jul 09 nicklas 666     DbControl dc = null;
5026 28 Jul 09 nicklas 667     try
5026 28 Jul 09 nicklas 668     {
5026 28 Jul 09 nicklas 669       dc = TestUtil.getDbControl();
5026 28 Jul 09 nicklas 670       RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, id);
5026 28 Jul 09 nicklas 671       ArrayDesign ad = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
5026 28 Jul 09 nicklas 672       ProgressReporter progress = TestUtil.getSilent() ?
5026 28 Jul 09 nicklas 673           null : new ConsoleProgressReporter();
5026 28 Jul 09 nicklas 674       rba.updateArrayDesign(ad, null, progress);
5026 28 Jul 09 nicklas 675       dc.commit();
5026 28 Jul 09 nicklas 676       write("--Change array design OK");
5026 28 Jul 09 nicklas 677     }
5026 28 Jul 09 nicklas 678     catch (Throwable ex)
5026 28 Jul 09 nicklas 679     {
5026 28 Jul 09 nicklas 680       write("--Change array design FAILED");
5026 28 Jul 09 nicklas 681       ex.printStackTrace();
5026 28 Jul 09 nicklas 682       ok = false;
5026 28 Jul 09 nicklas 683     }
5026 28 Jul 09 nicklas 684     finally
5026 28 Jul 09 nicklas 685     {
5026 28 Jul 09 nicklas 686       if (dc != null) dc.close();
5026 28 Jul 09 nicklas 687     }
5026 28 Jul 09 nicklas 688   }
5026 28 Jul 09 nicklas 689
1121 24 Aug 05 nicklas 690 }

Generated on Sat Oct  7 02:42:03 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)