src/test/TestReporterFlatFileImporter.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1783 18 Jan 06 enell 1 import net.sf.basedb.core.BaseException;
1783 18 Jan 06 enell 2 import net.sf.basedb.core.DbControl;
1783 18 Jan 06 enell 3 import net.sf.basedb.core.File;
1783 18 Jan 06 enell 4 import net.sf.basedb.core.Item;
1783 18 Jan 06 enell 5 import net.sf.basedb.core.Job;
1783 18 Jan 06 enell 6 import net.sf.basedb.core.ParameterType;
1783 18 Jan 06 enell 7 import net.sf.basedb.core.Permission;
1783 18 Jan 06 enell 8 import net.sf.basedb.core.PluginConfiguration;
1783 18 Jan 06 enell 9 import net.sf.basedb.core.PluginConfigurationRequest;
1783 18 Jan 06 enell 10 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
1783 18 Jan 06 enell 11 import net.sf.basedb.core.PluginParameter;
1783 18 Jan 06 enell 12 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
1783 18 Jan 06 enell 13 import net.sf.basedb.core.ReporterType;
1783 18 Jan 06 enell 14 import net.sf.basedb.core.RequestInformation;
3596 24 Jul 07 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext;
1783 18 Jan 06 enell 16 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
1783 18 Jan 06 enell 17
1256 06 Sep 05 nicklas 18 /*
1256 06 Sep 05 nicklas 19   $Id$
1256 06 Sep 05 nicklas 20
3675 16 Aug 07 jari 21   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 22   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 23   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
1256 06 Sep 05 nicklas 24
2304 22 May 06 jari 25   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 26   Available at http://base.thep.lu.se/
1256 06 Sep 05 nicklas 27
1256 06 Sep 05 nicklas 28   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1256 06 Sep 05 nicklas 29   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 30   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1256 06 Sep 05 nicklas 31   of the License, or (at your option) any later version.
1256 06 Sep 05 nicklas 32
1256 06 Sep 05 nicklas 33   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1256 06 Sep 05 nicklas 34   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1256 06 Sep 05 nicklas 35   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1256 06 Sep 05 nicklas 36   GNU General Public License for more details.
1256 06 Sep 05 nicklas 37
1256 06 Sep 05 nicklas 38   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 39   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1256 06 Sep 05 nicklas 40 */
1256 06 Sep 05 nicklas 41
1256 06 Sep 05 nicklas 42 public class TestReporterFlatFileImporter
1256 06 Sep 05 nicklas 43 {
1256 06 Sep 05 nicklas 44   static boolean ok = true;
1256 06 Sep 05 nicklas 45
1256 06 Sep 05 nicklas 46   public static void main(String[] args)
1256 06 Sep 05 nicklas 47   {
1256 06 Sep 05 nicklas 48     TestUtil.checkArgs(args);
1256 06 Sep 05 nicklas 49     TestUtil.begin();
1256 06 Sep 05 nicklas 50     test_all();
1256 06 Sep 05 nicklas 51     TestUtil.stop();
1256 06 Sep 05 nicklas 52   }
1256 06 Sep 05 nicklas 53
1256 06 Sep 05 nicklas 54   static boolean test_all()
1256 06 Sep 05 nicklas 55   {
1265 06 Sep 05 nicklas 56     write("++Testing reporter import using plugin");
1263 06 Sep 05 nicklas 57     // Create reporter type and upload file
1263 06 Sep 05 nicklas 58     int reporterTypeId = TestReporterType.test_create();
3719 12 Sep 07 nicklas 59     int fileId = TestFile.test_create("data/test.reporter.import.txt", false, false);
1263 06 Sep 05 nicklas 60     
1263 06 Sep 05 nicklas 61     // Create plugin configuration and job
1256 06 Sep 05 nicklas 62     int pluginDefinitionId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter");
1256 06 Sep 05 nicklas 63     int pluginConfigurationId = test_create_configuration(pluginDefinitionId, reporterTypeId);
1265 06 Sep 05 nicklas 64     TestPluginConfiguration.test_load(pluginConfigurationId);
3596 24 Jul 07 nicklas 65     int jobId = test_create_job(pluginConfigurationId, fileId, "update");
1256 06 Sep 05 nicklas 66     
1256 06 Sep 05 nicklas 67     // Execute job
5319 20 Apr 10 nicklas 68     ok &= TestJob.test_execute(jobId, false);
1256 06 Sep 05 nicklas 69     
1256 06 Sep 05 nicklas 70     // Test: list the result
1293 08 Sep 05 nicklas 71     TestReporter.write_header();
1256 06 Sep 05 nicklas 72     TestReporter.test_list(-1);
1529 27 Oct 05 nicklas 73     
1529 27 Oct 05 nicklas 74     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
3596 24 Jul 07 nicklas 75     int jobId2 = test_create_job(pluginConfigurationId, fileId, "delete");
5319 20 Apr 10 nicklas 76     ok &= TestJob.test_execute(jobId2, false);
3596 24 Jul 07 nicklas 77     
1258 06 Sep 05 nicklas 78     TestJob.test_delete(jobId);
3596 24 Jul 07 nicklas 79     TestJob.test_delete(jobId2);
1256 06 Sep 05 nicklas 80     TestPluginConfiguration.test_delete(pluginConfigurationId);
1256 06 Sep 05 nicklas 81     TestFile.test_delete(fileId);
1256 06 Sep 05 nicklas 82     TestReporterType.test_delete(reporterTypeId);
1256 06 Sep 05 nicklas 83
1265 06 Sep 05 nicklas 84     write("++Testing reporter import using plugin "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
1256 06 Sep 05 nicklas 85     return ok;
1256 06 Sep 05 nicklas 86   }
1256 06 Sep 05 nicklas 87
1256 06 Sep 05 nicklas 88   static int test_create_configuration(int pluginDefinitionId, int reporterTypeId)
1256 06 Sep 05 nicklas 89   {
1256 06 Sep 05 nicklas 90     if (pluginDefinitionId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PLUGINCONFIGURATION)) return 0;
1256 06 Sep 05 nicklas 91     int id = 0;
1256 06 Sep 05 nicklas 92     DbControl dc = null;
1256 06 Sep 05 nicklas 93     try
1256 06 Sep 05 nicklas 94     {
1256 06 Sep 05 nicklas 95       dc = TestUtil.getDbControl();
1256 06 Sep 05 nicklas 96
1256 06 Sep 05 nicklas 97       PluginDefinition pd = PluginDefinition.getById(dc, pluginDefinitionId);
1256 06 Sep 05 nicklas 98       PluginConfiguration pc = pd.newPluginConfiguration();
1256 06 Sep 05 nicklas 99       pc.setName(pd.getName());
1256 06 Sep 05 nicklas 100       
1376 22 Sep 05 nicklas 101       PluginConfigurationRequest request = pc.configure();
1256 06 Sep 05 nicklas 102
1256 06 Sep 05 nicklas 103       write_request_information(request.getRequestInformation());
1256 06 Sep 05 nicklas 104       
2203 28 Apr 06 nicklas 105       request.setParameterValue("dataSplitterRegexp", "\\t");
1256 06 Sep 05 nicklas 106       request.setParameterValue("dataHeaderRegexp", "Reporter ID\\tCluster\\tGene sym.*");
2203 28 Apr 06 nicklas 107       request.setParameterValue("reporterIdColumnMapping", "\\Reporter ID\\");
2203 28 Apr 06 nicklas 108       request.setParameterValue("nameColumnMapping", "\\Reporter name\\");
2203 28 Apr 06 nicklas 109       request.setParameterValue("symbolColumnMapping", "\\Gene sym.\\");
2203 28 Apr 06 nicklas 110       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.clusterId", "\\Cluster\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 111       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.sequence", "\\5\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 112       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.vector", "\\6\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 113       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.tissue", "\\7\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 114       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.library", "\\8\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 115       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.accession", "\\9\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 116       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.nid", "\\10\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 117       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.chromosome", "\\11\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 118       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.cytoband", "\\12\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 119       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.markers", "\\13\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 120       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.antibiotics", "\\14\\");
1265 06 Sep 05 nicklas 121       request.setParameterValue("extendedColumnMapping.locusLink", "\\15\\");
1275 08 Sep 05 nicklas 122       request.setParameterValue("minDataColumns", 20);
1275 08 Sep 05 nicklas 123       request.setParameterValue("maxDataColumns", 20);
1256 06 Sep 05 nicklas 124       if (reporterTypeId != 0)
1256 06 Sep 05 nicklas 125       {
1256 06 Sep 05 nicklas 126         request.setParameterValue("reporterType", ReporterType.getById(dc, reporterTypeId));
1256 06 Sep 05 nicklas 127       }
1256 06 Sep 05 nicklas 128       
1256 06 Sep 05 nicklas 129       PluginResponse response = request.invoke();
1256 06 Sep 05 nicklas 130       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
1256 06 Sep 05 nicklas 131       {
1779 17 Jan 06 nicklas 132         response.saveParameters(dc);
1256 06 Sep 05 nicklas 133         dc.saveItem(pc);
1256 06 Sep 05 nicklas 134         dc.commit();
1256 06 Sep 05 nicklas 135       }
1256 06 Sep 05 nicklas 136       else
1256 06 Sep 05 nicklas 137       {
1622 16 Nov 05 nicklas 138         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
1256 06 Sep 05 nicklas 139       }
1256 06 Sep 05 nicklas 140       id = pc.getId();
1256 06 Sep 05 nicklas 141       write("--Create configuration for reporter import OK");
1256 06 Sep 05 nicklas 142     }
1256 06 Sep 05 nicklas 143     catch (Throwable ex)
1256 06 Sep 05 nicklas 144     {
1256 06 Sep 05 nicklas 145       write("--Create configuration for reporter import FAILED");
1256 06 Sep 05 nicklas 146       ex.printStackTrace();
1256 06 Sep 05 nicklas 147       ok = false;
1256 06 Sep 05 nicklas 148     }
1256 06 Sep 05 nicklas 149     finally
1256 06 Sep 05 nicklas 150     {
1256 06 Sep 05 nicklas 151       if (dc != null) dc.close();
1256 06 Sep 05 nicklas 152     }
1256 06 Sep 05 nicklas 153     return id;
1256 06 Sep 05 nicklas 154   }
1256 06 Sep 05 nicklas 155
3596 24 Jul 07 nicklas 156   static int test_create_job(int pluginConfigurationId, int fileId, String mode)
1256 06 Sep 05 nicklas 157   {
1256 06 Sep 05 nicklas 158     if (pluginConfigurationId == 0 || fileId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.JOB)) return 0;
1256 06 Sep 05 nicklas 159     int id = 0;
1256 06 Sep 05 nicklas 160     DbControl dc = null;
1256 06 Sep 05 nicklas 161     try
1256 06 Sep 05 nicklas 162     {
1256 06 Sep 05 nicklas 163       dc = TestUtil.getDbControl();
1256 06 Sep 05 nicklas 164
1256 06 Sep 05 nicklas 165       PluginConfiguration pc = PluginConfiguration.getById(dc, pluginConfigurationId);
4254 28 Apr 08 nicklas 166       Job j = pc.newJob(null);
1256 06 Sep 05 nicklas 167       j.setName(pc.getName());
1256 06 Sep 05 nicklas 168       
3596 24 Jul 07 nicklas 169       PluginConfigurationRequest request = j.configure(new GuiContext(Item.REPORTER, GuiContext.Type.LIST));
1256 06 Sep 05 nicklas 170       write_request_information(request.getRequestInformation());
6875 20 Apr 15 nicklas 171       for (PluginParameter<?> pp : request.getRequestInformation().getParameters())
5241 10 Feb 10 nicklas 172       {
5241 10 Feb 10 nicklas 173         Object value = request.getCurrentParameterValue(pp.getName());
5241 10 Feb 10 nicklas 174         if (value != null) request.setParameterValue(pp.getName(), value);
5241 10 Feb 10 nicklas 175       }
1256 06 Sep 05 nicklas 176       request.setParameterValue("file", File.getById(dc, fileId));
3596 24 Jul 07 nicklas 177       request.setParameterValue("mode", mode);
2751 20 Oct 06 nicklas 178       request.setParameterValue("invalidUseOfNullError", "skip");
5241 10 Feb 10 nicklas 179       
1256 06 Sep 05 nicklas 180       PluginResponse response = request.invoke();
1256 06 Sep 05 nicklas 181       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
1256 06 Sep 05 nicklas 182       {
1779 17 Jan 06 nicklas 183         response.saveParameters(dc);
1256 06 Sep 05 nicklas 184         dc.saveItem(j);
1256 06 Sep 05 nicklas 185         dc.commit();
1256 06 Sep 05 nicklas 186       }
1256 06 Sep 05 nicklas 187       else
1256 06 Sep 05 nicklas 188       {
1622 16 Nov 05 nicklas 189         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
1256 06 Sep 05 nicklas 190       }
1256 06 Sep 05 nicklas 191       id = j.getId();
3596 24 Jul 07 nicklas 192       write("--Create job for reporter import (mode="+mode+") OK");
1256 06 Sep 05 nicklas 193     }
1256 06 Sep 05 nicklas 194     catch (Throwable ex)
1256 06 Sep 05 nicklas 195     {
3596 24 Jul 07 nicklas 196       write("--Create job for reporter import (mode="+mode+") FAILED");
1256 06 Sep 05 nicklas 197       ex.printStackTrace();
1256 06 Sep 05 nicklas 198       ok = false;
1256 06 Sep 05 nicklas 199     }
1256 06 Sep 05 nicklas 200     finally
1256 06 Sep 05 nicklas 201     {
1256 06 Sep 05 nicklas 202       if (dc != null) dc.close();
1256 06 Sep 05 nicklas 203     }
1256 06 Sep 05 nicklas 204     return id;
1256 06 Sep 05 nicklas 205   }
1256 06 Sep 05 nicklas 206   
1256 06 Sep 05 nicklas 207   static void write(String message)
1256 06 Sep 05 nicklas 208   {
1256 06 Sep 05 nicklas 209     System.out.println(message);
1256 06 Sep 05 nicklas 210   }
1256 06 Sep 05 nicklas 211
1256 06 Sep 05 nicklas 212
1256 06 Sep 05 nicklas 213   static void write_request_information(RequestInformation ri)
1256 06 Sep 05 nicklas 214   {
1256 06 Sep 05 nicklas 215     if (TestUtil.getSilent()) return;
1256 06 Sep 05 nicklas 216
1265 06 Sep 05 nicklas 217     write("Request information for command: "+ri.getCommand());
1265 06 Sep 05 nicklas 218     write("\tTitle:\t"+ri.getTitle());
1265 06 Sep 05 nicklas 219     write("\tDescription:\t"+ri.getDescription());
1783 18 Jan 06 enell 220     for (PluginParameter<?> pp : ri.getParameters())
1256 06 Sep 05 nicklas 221     {
6875 20 Apr 15 nicklas 222       ParameterType<?> pt = pp.getParameterType();
1265 06 Sep 05 nicklas 223       System.out.println("\tParameter:\t"+pp.getName() + "\t" + pp.getLabel() + "\t" + pt );
1256 06 Sep 05 nicklas 224     }
1256 06 Sep 05 nicklas 225   }
1256 06 Sep 05 nicklas 226 }
1256 06 Sep 05 nicklas 227

Generated on Sat Oct  7 02:42:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)