src/test/TestReporterMapFlatFileImporter.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1309 08 Sep 05 enell 1 /*
1309 08 Sep 05 enell 2   $Id$
1309 08 Sep 05 enell 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Johan Enell, Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
1309 08 Sep 05 enell 7
2304 22 May 06 jari 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 9   Available at http://base.thep.lu.se/
1309 08 Sep 05 enell 10
1309 08 Sep 05 enell 11   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1309 08 Sep 05 enell 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1309 08 Sep 05 enell 14   of the License, or (at your option) any later version.
1309 08 Sep 05 enell 15
1309 08 Sep 05 enell 16   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1309 08 Sep 05 enell 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1309 08 Sep 05 enell 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1309 08 Sep 05 enell 19   GNU General Public License for more details.
1309 08 Sep 05 enell 20
1309 08 Sep 05 enell 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1309 08 Sep 05 enell 23 */
1376 22 Sep 05 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.ArrayDesign;
1376 22 Sep 05 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.BaseException;
1376 22 Sep 05 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.DbControl;
1376 22 Sep 05 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.File;
1376 22 Sep 05 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.Item;
1376 22 Sep 05 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.Job;
1376 22 Sep 05 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.ParameterType;
1376 22 Sep 05 nicklas 31 import net.sf.basedb.core.Permission;
3820 12 Oct 07 nicklas 32 import net.sf.basedb.core.Platform;
1376 22 Sep 05 nicklas 33 import net.sf.basedb.core.PluginConfiguration;
1376 22 Sep 05 nicklas 34 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
1376 22 Sep 05 nicklas 35 import net.sf.basedb.core.PluginParameter;
1376 22 Sep 05 nicklas 36 import net.sf.basedb.core.PluginConfigurationRequest;
1376 22 Sep 05 nicklas 37 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
1376 22 Sep 05 nicklas 38 import net.sf.basedb.core.ReporterType;
1376 22 Sep 05 nicklas 39 import net.sf.basedb.core.RequestInformation;
1376 22 Sep 05 nicklas 40 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
1309 08 Sep 05 enell 41
1376 22 Sep 05 nicklas 42
1309 08 Sep 05 enell 43 public class TestReporterMapFlatFileImporter
1309 08 Sep 05 enell 44 {
1309 08 Sep 05 enell 45   static boolean ok = true;
1309 08 Sep 05 enell 46
1309 08 Sep 05 enell 47   public static void main(String[] args)
1309 08 Sep 05 enell 48   {
1309 08 Sep 05 enell 49     TestUtil.checkArgs(args);
1309 08 Sep 05 enell 50     TestUtil.begin();
1309 08 Sep 05 enell 51     test_all();
1309 08 Sep 05 enell 52     TestUtil.stop();
1309 08 Sep 05 enell 53   }
1309 08 Sep 05 enell 54
1309 08 Sep 05 enell 55   static boolean test_all()
1309 08 Sep 05 enell 56   {
1309 08 Sep 05 enell 57     write("++Testing reporter map import using plugin");
1309 08 Sep 05 enell 58     
1309 08 Sep 05 enell 59     // Import reporters needed for reportermap import
1309 08 Sep 05 enell 60     // Create reporter type and upload file
1309 08 Sep 05 enell 61     int reporterTypeId = TestReporterType.test_create();
3820 12 Oct 07 nicklas 62     int arrayDesignId = TestArrayDesign.test_create(Platform.GENERIC, false);
3719 12 Sep 07 nicklas 63     int fileId = TestFile.test_create("data/test.reportermap.import.txt", false, false);
1309 08 Sep 05 enell 64     
1309 08 Sep 05 enell 65     // Create reporter plugin configuration and job
1309 08 Sep 05 enell 66     int reporterPluginDefinitionId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter");
1309 08 Sep 05 enell 67     int reporterPluginConfigurationId = test_create_configuration_reporter(reporterPluginDefinitionId, reporterTypeId);
3596 24 Jul 07 nicklas 68     int jobId = TestReporterFlatFileImporter.test_create_job(reporterPluginConfigurationId, fileId, "create");
1400 03 Oct 05 enell 69     
1400 03 Oct 05 enell 70     // Execute job
5319 20 Apr 10 nicklas 71     ok &= TestJob.test_execute(jobId, false);
1400 03 Oct 05 enell 72
1309 08 Sep 05 enell 73     TestJob.test_delete(jobId);
1309 08 Sep 05 enell 74     TestPluginConfiguration.test_delete(reporterPluginConfigurationId);
1309 08 Sep 05 enell 75     
1309 08 Sep 05 enell 76     // ReporterMap import
1309 08 Sep 05 enell 77     int reporterMapPluginDefinitionId  = TestPluginDefinition.test_get("net.sf.basedb.plugins.ReporterMapFlatFileImporter");
1309 08 Sep 05 enell 78     int reporterMapPluginConfigurationId = test_create_configuration_reporter_map(reporterMapPluginDefinitionId);
1309 08 Sep 05 enell 79     jobId = test_create_map_job(reporterMapPluginConfigurationId, fileId, arrayDesignId);
1309 08 Sep 05 enell 80     
1309 08 Sep 05 enell 81     // Execute job
5319 20 Apr 10 nicklas 82     ok &= TestJob.test_execute(jobId, false);
1400 03 Oct 05 enell 83     
1400 03 Oct 05 enell 84     // Print result
1400 03 Oct 05 enell 85     TestArrayDesign.write_feature_header();
1594 14 Nov 05 nicklas 86     TestArrayDesign.test_list_features(arrayDesignId, -1);
1309 08 Sep 05 enell 87
1529 27 Oct 05 nicklas 88     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
4257 29 Apr 08 nicklas 89     
4257 29 Apr 08 nicklas 90     TestArrayDesign.test_delete(arrayDesignId);
1309 08 Sep 05 enell 91     TestJob.test_delete(jobId);
1309 08 Sep 05 enell 92     TestPluginConfiguration.test_delete(reporterMapPluginConfigurationId);
1309 08 Sep 05 enell 93     TestReporter.test_delete();
1309 08 Sep 05 enell 94     TestFile.test_delete(fileId);
1309 08 Sep 05 enell 95     TestReporterType.test_delete(reporterTypeId);
1309 08 Sep 05 enell 96
1309 08 Sep 05 enell 97     write("++Testing reporter map import using plugin "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
1309 08 Sep 05 enell 98     return ok;
1309 08 Sep 05 enell 99   }
1309 08 Sep 05 enell 100
1309 08 Sep 05 enell 101   static int test_create_configuration_reporter(int pluginDefinitionId, int reporterTypeId)
1309 08 Sep 05 enell 102   {
1309 08 Sep 05 enell 103     if (pluginDefinitionId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PLUGINCONFIGURATION)) return 0;
1309 08 Sep 05 enell 104     int id = 0;
1309 08 Sep 05 enell 105     DbControl dc = null;
1309 08 Sep 05 enell 106     try
1309 08 Sep 05 enell 107     {
1309 08 Sep 05 enell 108       dc = TestUtil.getDbControl();
1309 08 Sep 05 enell 109
1309 08 Sep 05 enell 110       PluginDefinition pd = PluginDefinition.getById(dc, pluginDefinitionId);
1309 08 Sep 05 enell 111       PluginConfiguration pc = pd.newPluginConfiguration();
1309 08 Sep 05 enell 112       pc.setName(pd.getName());
1309 08 Sep 05 enell 113       
1376 22 Sep 05 nicklas 114       PluginConfigurationRequest request = pc.configure();
1309 08 Sep 05 enell 115
1309 08 Sep 05 enell 116       write_request_information(request.getRequestInformation());
1309 08 Sep 05 enell 117       
2203 28 Apr 06 nicklas 118       request.setParameterValue("dataSplitterRegexp", "\\t");
1309 08 Sep 05 enell 119       request.setParameterValue("dataHeaderRegexp", "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"ID\"\\t\"Name\"\\t\"Symbol\"");
2203 28 Apr 06 nicklas 120       request.setParameterValue("reporterIdColumnMapping", "\\ID\\");
2203 28 Apr 06 nicklas 121       request.setParameterValue("nameColumnMapping", "\\Name\\");
2203 28 Apr 06 nicklas 122       request.setParameterValue("symbolColumnMapping", "\\Symbol\\");
1309 08 Sep 05 enell 123       if (reporterTypeId != 0)
1309 08 Sep 05 enell 124       {
1309 08 Sep 05 enell 125         request.setParameterValue("reporterType", ReporterType.getById(dc, reporterTypeId));
1309 08 Sep 05 enell 126       }
1309 08 Sep 05 enell 127       
1309 08 Sep 05 enell 128       PluginResponse response = request.invoke();
1309 08 Sep 05 enell 129       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
1309 08 Sep 05 enell 130       {
1779 17 Jan 06 nicklas 131         response.saveParameters(dc);
1309 08 Sep 05 enell 132         dc.saveItem(pc);
1309 08 Sep 05 enell 133         dc.commit();
1309 08 Sep 05 enell 134       }
1309 08 Sep 05 enell 135       else
1309 08 Sep 05 enell 136       {
1622 16 Nov 05 nicklas 137         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
1309 08 Sep 05 enell 138       }
1309 08 Sep 05 enell 139       id = pc.getId();
1309 08 Sep 05 enell 140       write("--Create configuration for reporter import OK");
1309 08 Sep 05 enell 141     }
1309 08 Sep 05 enell 142     catch (Throwable ex)
1309 08 Sep 05 enell 143     {
1309 08 Sep 05 enell 144       write("--Create configuration for reporter import FAILED");
1309 08 Sep 05 enell 145       ex.printStackTrace();
1309 08 Sep 05 enell 146       ok = false;
1309 08 Sep 05 enell 147     }
1309 08 Sep 05 enell 148     finally
1309 08 Sep 05 enell 149     {
1309 08 Sep 05 enell 150       if (dc != null) dc.close();
1309 08 Sep 05 enell 151     }
1309 08 Sep 05 enell 152     return id;
1309 08 Sep 05 enell 153   }
1309 08 Sep 05 enell 154
1309 08 Sep 05 enell 155   static int test_create_configuration_reporter_map(int pluginDefinitionId)
1309 08 Sep 05 enell 156   {
1309 08 Sep 05 enell 157     if (pluginDefinitionId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PLUGINCONFIGURATION)) return 0;
1309 08 Sep 05 enell 158     int id = 0;
1309 08 Sep 05 enell 159     DbControl dc = null;
1309 08 Sep 05 enell 160     try
1309 08 Sep 05 enell 161     {
1309 08 Sep 05 enell 162       dc = TestUtil.getDbControl();
1309 08 Sep 05 enell 163
1309 08 Sep 05 enell 164       PluginDefinition pd = PluginDefinition.getById(dc, pluginDefinitionId);
1309 08 Sep 05 enell 165       PluginConfiguration pc = pd.newPluginConfiguration();
1309 08 Sep 05 enell 166       pc.setName(pd.getName());
1309 08 Sep 05 enell 167       
1376 22 Sep 05 nicklas 168       PluginConfigurationRequest request = pc.configure();
1309 08 Sep 05 enell 169
1309 08 Sep 05 enell 170       write_request_information(request.getRequestInformation());
1309 08 Sep 05 enell 171       
1309 08 Sep 05 enell 172       request.setParameterValue("dataSplitterRegexp", "\"?\\t\"?");
1309 08 Sep 05 enell 173       request.setParameterValue("dataHeaderRegexp", "\"Block\"\\t\"Column\"\\t\"Row\"\\t\"ID\"\\t\"Name\"\\t\"Symbol\"");
1309 08 Sep 05 enell 174       request.setParameterValue("reporterIdColumnMapping", "\\3\\");
1309 08 Sep 05 enell 175       request.setParameterValue("blockColumnMapping", "\\0\\");
1309 08 Sep 05 enell 176       request.setParameterValue("columnColumnMapping", "\\1\\");
1309 08 Sep 05 enell 177       request.setParameterValue("rowColumnMapping", "\\2\\");
1309 08 Sep 05 enell 178       
1309 08 Sep 05 enell 179       PluginResponse response = request.invoke();
1309 08 Sep 05 enell 180       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
1309 08 Sep 05 enell 181       {
1779 17 Jan 06 nicklas 182         response.saveParameters(dc);
1309 08 Sep 05 enell 183         dc.saveItem(pc);
1309 08 Sep 05 enell 184         dc.commit();
1309 08 Sep 05 enell 185       }
1309 08 Sep 05 enell 186       else if (response.getStatus() == Response.Status.ERROR)
1309 08 Sep 05 enell 187       {
1622 16 Nov 05 nicklas 188         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
1309 08 Sep 05 enell 189       }
1309 08 Sep 05 enell 190       else
1309 08 Sep 05 enell 191       {
1309 08 Sep 05 enell 192         throw new BaseException("Unknown status on response: "+response.getStatus());
1309 08 Sep 05 enell 193       }
1309 08 Sep 05 enell 194       id = pc.getId();
1309 08 Sep 05 enell 195       write("--Create configuration for reporter map import OK");
1309 08 Sep 05 enell 196     }
1309 08 Sep 05 enell 197     catch (Throwable ex)
1309 08 Sep 05 enell 198     {
1309 08 Sep 05 enell 199       write("--Create configuration for reporter map import FAILED");
1309 08 Sep 05 enell 200       ex.printStackTrace();
1309 08 Sep 05 enell 201       ok = false;
1309 08 Sep 05 enell 202     }
1309 08 Sep 05 enell 203     finally
1309 08 Sep 05 enell 204     {
1309 08 Sep 05 enell 205       if (dc != null) dc.close();
1309 08 Sep 05 enell 206     }
1309 08 Sep 05 enell 207     return id;
1309 08 Sep 05 enell 208   }
1309 08 Sep 05 enell 209   
1309 08 Sep 05 enell 210   static int test_create_job(int pluginConfigurationId, int fileId)
1309 08 Sep 05 enell 211   {
1309 08 Sep 05 enell 212     if (pluginConfigurationId == 0 || fileId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.JOB)) return 0;
1309 08 Sep 05 enell 213     int id = 0;
1309 08 Sep 05 enell 214     DbControl dc = null;
1309 08 Sep 05 enell 215     try
1309 08 Sep 05 enell 216     {
1309 08 Sep 05 enell 217       dc = TestUtil.getDbControl();
1309 08 Sep 05 enell 218
1309 08 Sep 05 enell 219       PluginConfiguration pc = PluginConfiguration.getById(dc, pluginConfigurationId);
4254 28 Apr 08 nicklas 220       Job j = pc.newJob(null);
1309 08 Sep 05 enell 221       j.setName(pc.getName());
1309 08 Sep 05 enell 222       
1789 18 Jan 06 nicklas 223       PluginConfigurationRequest request = j.configure(null);
1309 08 Sep 05 enell 224       write_request_information(request.getRequestInformation());
1309 08 Sep 05 enell 225       request.setParameterValue("file", File.getById(dc, fileId));
1309 08 Sep 05 enell 226       request.setParameterValue("updateExisting", false);
1309 08 Sep 05 enell 227       
1309 08 Sep 05 enell 228       PluginResponse response = request.invoke();
1309 08 Sep 05 enell 229       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
1309 08 Sep 05 enell 230       {
1779 17 Jan 06 nicklas 231         response.saveParameters(dc);
1309 08 Sep 05 enell 232         dc.saveItem(j);
1309 08 Sep 05 enell 233         dc.commit();
1309 08 Sep 05 enell 234       }
1309 08 Sep 05 enell 235       else
1309 08 Sep 05 enell 236       {
1622 16 Nov 05 nicklas 237         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
1309 08 Sep 05 enell 238       }
1309 08 Sep 05 enell 239       id = j.getId();
1309 08 Sep 05 enell 240       write("--Create job for import OK");
1309 08 Sep 05 enell 241     }
1309 08 Sep 05 enell 242     catch (Throwable ex)
1309 08 Sep 05 enell 243     {
1309 08 Sep 05 enell 244       write("--Create job for import FAILED");
1309 08 Sep 05 enell 245       ex.printStackTrace();
1309 08 Sep 05 enell 246       ok = false;
1309 08 Sep 05 enell 247     }
1309 08 Sep 05 enell 248     finally
1309 08 Sep 05 enell 249     {
1309 08 Sep 05 enell 250       if (dc != null) dc.close();
1309 08 Sep 05 enell 251     }
1309 08 Sep 05 enell 252     return id;
1309 08 Sep 05 enell 253   }
1309 08 Sep 05 enell 254
1309 08 Sep 05 enell 255   static int test_create_map_job(int pluginConfigurationId, int fileId, int arrayDesignId)
1309 08 Sep 05 enell 256   {
1309 08 Sep 05 enell 257     if (pluginConfigurationId == 0 || fileId == 0 || arrayDesignId == 0 || !TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.JOB)) return 0;
1309 08 Sep 05 enell 258     int id = 0;
1309 08 Sep 05 enell 259     DbControl dc = null;
1309 08 Sep 05 enell 260     try
1309 08 Sep 05 enell 261     {
1309 08 Sep 05 enell 262       dc = TestUtil.getDbControl();
1309 08 Sep 05 enell 263
1309 08 Sep 05 enell 264       PluginConfiguration pc = PluginConfiguration.getById(dc, pluginConfigurationId);
4254 28 Apr 08 nicklas 265       Job j = pc.newJob(null);
1309 08 Sep 05 enell 266       j.setName(pc.getName());
1309 08 Sep 05 enell 267       
1789 18 Jan 06 nicklas 268       PluginConfigurationRequest request = j.configure(null);
1309 08 Sep 05 enell 269       write_request_information(request.getRequestInformation());
1309 08 Sep 05 enell 270       request.setParameterValue("file", File.getById(dc, fileId));
1309 08 Sep 05 enell 271       request.setParameterValue("arrayDesign", ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId));
1309 08 Sep 05 enell 272       
1309 08 Sep 05 enell 273       PluginResponse response = request.invoke();
1309 08 Sep 05 enell 274       if (response.getStatus() == Response.Status.DONE)
1309 08 Sep 05 enell 275       {
1779 17 Jan 06 nicklas 276         response.saveParameters(dc);
1309 08 Sep 05 enell 277         dc.saveItem(j);
1309 08 Sep 05 enell 278         dc.commit();
1309 08 Sep 05 enell 279       }
1309 08 Sep 05 enell 280       else
1309 08 Sep 05 enell 281       {
1622 16 Nov 05 nicklas 282         throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
1309 08 Sep 05 enell 283       }
1309 08 Sep 05 enell 284       id = j.getId();
1309 08 Sep 05 enell 285       write("--Create job for map import OK");
1309 08 Sep 05 enell 286     }
1309 08 Sep 05 enell 287     catch (Throwable ex)
1309 08 Sep 05 enell 288     {
1309 08 Sep 05 enell 289       write("--Create job for map import FAILED");
1309 08 Sep 05 enell 290       ex.printStackTrace();
1309 08 Sep 05 enell 291       ok = false;
1309 08 Sep 05 enell 292     }
1309 08 Sep 05 enell 293     finally
1309 08 Sep 05 enell 294     {
1309 08 Sep 05 enell 295       if (dc != null) dc.close();
1309 08 Sep 05 enell 296     }
1309 08 Sep 05 enell 297     return id;
1309 08 Sep 05 enell 298   }
1309 08 Sep 05 enell 299   
1309 08 Sep 05 enell 300
1309 08 Sep 05 enell 301   static void write(String message)
1309 08 Sep 05 enell 302   {
1309 08 Sep 05 enell 303     System.out.println(message);
1309 08 Sep 05 enell 304   }
1309 08 Sep 05 enell 305
1309 08 Sep 05 enell 306
1309 08 Sep 05 enell 307   static void write_request_information(RequestInformation ri)
1309 08 Sep 05 enell 308   {
1309 08 Sep 05 enell 309     if (TestUtil.getSilent()) return;
1309 08 Sep 05 enell 310
1309 08 Sep 05 enell 311     write("Request information for command: "+ri.getCommand());
1309 08 Sep 05 enell 312     write("\tTitle:\t"+ri.getTitle());
1309 08 Sep 05 enell 313     write("\tDescription:\t"+ri.getDescription());
1396 03 Oct 05 enell 314     for (PluginParameter<?> pp : ri.getParameters())
1309 08 Sep 05 enell 315     {
6875 20 Apr 15 nicklas 316       ParameterType<?> pt = pp.getParameterType();
1309 08 Sep 05 enell 317       write("\tParameter:\t"+pp.getName() + "\t" + pp.getLabel() + "\t" + pt );
1309 08 Sep 05 enell 318     }
1309 08 Sep 05 enell 319   }
1309 08 Sep 05 enell 320 }
1309 08 Sep 05 enell 321

Generated on Sat Oct  7 02:42:06 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)