src/test/TestSample.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
802 21 Jun 05 nicklas 1 /*
802 21 Jun 05 nicklas 2   $Id$
802 21 Jun 05 nicklas 3
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4889 06 Apr 09 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
802 21 Jun 05 nicklas 7
2304 22 May 06 jari 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 9   Available at http://base.thep.lu.se/
802 21 Jun 05 nicklas 10
802 21 Jun 05 nicklas 11   BASE is free software; you can redistribute it and/or
802 21 Jun 05 nicklas 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
4480 05 Sep 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
802 21 Jun 05 nicklas 14   of the License, or (at your option) any later version.
802 21 Jun 05 nicklas 15
802 21 Jun 05 nicklas 16   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
802 21 Jun 05 nicklas 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
802 21 Jun 05 nicklas 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
802 21 Jun 05 nicklas 19   GNU General Public License for more details.
802 21 Jun 05 nicklas 20
802 21 Jun 05 nicklas 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4514 11 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
802 21 Jun 05 nicklas 23 */
802 21 Jun 05 nicklas 24 import net.sf.basedb.core.*;
5663 22 Jun 11 nicklas 25 import net.sf.basedb.core.query.ResultList;
6775 17 Mar 15 nicklas 26 import net.sf.basedb.util.listable.BioSourceToSampleTransformer;
6775 17 Mar 15 nicklas 27 import net.sf.basedb.util.listable.SampleToBioSourceTransformer;
6775 17 Mar 15 nicklas 28 import net.sf.basedb.util.listable.SampleToChildSampleTransformer;
6775 17 Mar 15 nicklas 29 import net.sf.basedb.util.listable.SampleToParentSampleTransformer;
6775 17 Mar 15 nicklas 30 import net.sf.basedb.util.listable.SourceItemTransformer;
6775 17 Mar 15 nicklas 31 import net.sf.basedb.util.listable.TransformContext;
4366 02 Jul 08 nicklas 32
4712 19 Dec 08 nicklas 33 import java.util.Collections;
802 21 Jun 05 nicklas 34 import java.util.Date;
5340 10 May 10 nicklas 35 import java.util.Set;
802 21 Jun 05 nicklas 36
802 21 Jun 05 nicklas 37 public class TestSample
802 21 Jun 05 nicklas 38 {
802 21 Jun 05 nicklas 39
802 21 Jun 05 nicklas 40   static boolean ok = true;
802 21 Jun 05 nicklas 41   public static void main(String[] args)
802 21 Jun 05 nicklas 42   {
802 21 Jun 05 nicklas 43     TestUtil.checkArgs(args);
802 21 Jun 05 nicklas 44     TestUtil.begin();
802 21 Jun 05 nicklas 45     ok = test_all();
802 21 Jun 05 nicklas 46     TestUtil.stop();
802 21 Jun 05 nicklas 47   }
802 21 Jun 05 nicklas 48
802 21 Jun 05 nicklas 49   static boolean test_all()
802 21 Jun 05 nicklas 50   {
802 21 Jun 05 nicklas 51     write("++Testing samples");
802 21 Jun 05 nicklas 52     write_header();
802 21 Jun 05 nicklas 53     // Standard tests: create, load, list
4705 16 Dec 08 nicklas 54     int bioSourceId = TestBioSource.test_create(null, false);
6100 04 Sep 12 nicklas 55     int id = test_create(0, "Sample #1 (standalone)", 0, true);
6100 04 Sep 12 nicklas 56     int id2 = test_create(bioSourceId, "Sample #2 (biosource parent)", 0, false); 
6100 04 Sep 12 nicklas 57     int id3 = test_create(id, "Sample #3 (sample parent)", 0, false);
5663 22 Jun 11 nicklas 58     int id4 = test_create_pooled("Sample #4 (pooled)", id, id2, id3);
802 21 Jun 05 nicklas 59
802 21 Jun 05 nicklas 60     test_load(id);
802 21 Jun 05 nicklas 61     test_list(-1);
802 21 Jun 05 nicklas 62     
817 23 Jun 05 nicklas 63     write_events_header();
817 23 Jun 05 nicklas 64     test_add_event(id, 100.0f);
5663 22 Jun 11 nicklas 65     test_list_events(id, 4);  // creation event, create event for id3+id4, and extra event
817 23 Jun 05 nicklas 66     
5663 22 Jun 11 nicklas 67     write_parents_header();
817 23 Jun 05 nicklas 68     test_list_sources(id4, 3); // The three id, id2 and id3 samples
5663 22 Jun 11 nicklas 69     test_list_children(id, 2); // id3 and id4
802 21 Jun 05 nicklas 70
5663 22 Jun 11 nicklas 71     // Transformers
5663 22 Jun 11 nicklas 72     test_childrenTransformer(id, 2);
5663 22 Jun 11 nicklas 73     test_parentsTransformer(id4, 3);
5663 22 Jun 11 nicklas 74     test_sampleToBioSourceTransformer(id2, 1);
5663 22 Jun 11 nicklas 75     test_bioSourceToSampleTransformer(bioSourceId, 1);
5663 22 Jun 11 nicklas 76
802 21 Jun 05 nicklas 77     // Standard test: Delete
1529 27 Oct 05 nicklas 78     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
817 23 Jun 05 nicklas 79     test_delete(id4);
817 23 Jun 05 nicklas 80     test_delete(id3);
817 23 Jun 05 nicklas 81     test_delete(id2);
802 21 Jun 05 nicklas 82     test_delete(id);
802 21 Jun 05 nicklas 83     TestBioSource.test_delete(bioSourceId);
802 21 Jun 05 nicklas 84   
802 21 Jun 05 nicklas 85     write("++Testing samples "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
802 21 Jun 05 nicklas 86     return ok;
802 21 Jun 05 nicklas 87   }
802 21 Jun 05 nicklas 88
6100 04 Sep 12 nicklas 89   static int test_create(int parentId, String name, int subtypeId, boolean setAll)
802 21 Jun 05 nicklas 90   {
802 21 Jun 05 nicklas 91     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.SAMPLE)) return 0;
802 21 Jun 05 nicklas 92     int id = 0;
802 21 Jun 05 nicklas 93     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 94     try
802 21 Jun 05 nicklas 95     {
802 21 Jun 05 nicklas 96       dc = TestUtil.getDbControl();
802 21 Jun 05 nicklas 97       Sample s = Sample.getNew(dc);
802 21 Jun 05 nicklas 98       if (setAll)
802 21 Jun 05 nicklas 99       {
802 21 Jun 05 nicklas 100         s.setName("Test sample");
802 21 Jun 05 nicklas 101         s.setDescription("Added at "+new Date());
802 21 Jun 05 nicklas 102         s.setExternalId("XCV-455-SAMPLE");
802 21 Jun 05 nicklas 103         s.setOriginalQuantity(500.0f);
802 21 Jun 05 nicklas 104       }
5663 22 Jun 11 nicklas 105       if (parentId != 0)
802 21 Jun 05 nicklas 106       {
5663 22 Jun 11 nicklas 107         BioMaterial parent = BioMaterial.getById(dc, parentId);
5663 22 Jun 11 nicklas 108         s.getCreationEvent().setSource(parent);
5663 22 Jun 11 nicklas 109         s.setName(parent.getName() + ".s");
802 21 Jun 05 nicklas 110       }
4740 05 Feb 09 nicklas 111       if (name != null) s.setName(name);
6100 04 Sep 12 nicklas 112       if (subtypeId != 0) s.setItemSubtype(ItemSubtype.getById(dc, subtypeId));
802 21 Jun 05 nicklas 113       dc.saveItem(s);
802 21 Jun 05 nicklas 114       dc.commit();
802 21 Jun 05 nicklas 115       id = s.getId();
806 22 Jun 05 nicklas 116       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 117       dc.reattachItem(s, false);
802 21 Jun 05 nicklas 118       write_item(0, s);
802 21 Jun 05 nicklas 119       write("--Create sample OK");
802 21 Jun 05 nicklas 120     }
802 21 Jun 05 nicklas 121     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 122     {
802 21 Jun 05 nicklas 123       write("--Create sample FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 124       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 125       ok = false;
802 21 Jun 05 nicklas 126     }
802 21 Jun 05 nicklas 127     finally
802 21 Jun 05 nicklas 128     {
802 21 Jun 05 nicklas 129       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 130     }
802 21 Jun 05 nicklas 131     return id;
802 21 Jun 05 nicklas 132   }
802 21 Jun 05 nicklas 133
5663 22 Jun 11 nicklas 134   static int test_create_pooled(String name, int... sourceIds)
817 23 Jun 05 nicklas 135   {
817 23 Jun 05 nicklas 136     if (!TestUtil.hasPermission(Permission.CREATE, Item.SAMPLE)) return 0;
817 23 Jun 05 nicklas 137     int id = 0;
817 23 Jun 05 nicklas 138     DbControl dc = null;
817 23 Jun 05 nicklas 139     try
817 23 Jun 05 nicklas 140     {
817 23 Jun 05 nicklas 141       dc = TestUtil.getDbControl();
817 23 Jun 05 nicklas 142       Sample s = Sample.getNew(dc);
5663 22 Jun 11 nicklas 143       s.setName(name);
817 23 Jun 05 nicklas 144       s.setDescription("Added at "+new Date());
817 23 Jun 05 nicklas 145       s.setExternalId("POOLED-455-SAMPLE");
817 23 Jun 05 nicklas 146       s.setOriginalQuantity(500.0f);
817 23 Jun 05 nicklas 147       BioMaterialEvent evt = s.getCreationEvent();
817 23 Jun 05 nicklas 148       for (int sourceId : sourceIds)
817 23 Jun 05 nicklas 149       {
817 23 Jun 05 nicklas 150         Sample src = Sample.getById(dc, sourceId);
817 23 Jun 05 nicklas 151         Float original = src.getOriginalQuantity();
5662 20 Jun 11 nicklas 152         BioMaterialEventSource eventSource = evt.addSource(src);
5662 20 Jun 11 nicklas 153         if (original != null)
5662 20 Jun 11 nicklas 154         {
5662 20 Jun 11 nicklas 155           eventSource.setUsedQuantity(original/2);
5662 20 Jun 11 nicklas 156         }
817 23 Jun 05 nicklas 157       }
817 23 Jun 05 nicklas 158       dc.saveItem(s);
817 23 Jun 05 nicklas 159       dc.commit();
817 23 Jun 05 nicklas 160       id = s.getId();
817 23 Jun 05 nicklas 161       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 162       dc.reattachItem(s, false);
817 23 Jun 05 nicklas 163       write_item(0, s);
817 23 Jun 05 nicklas 164       write("--Create pooled sample OK");
817 23 Jun 05 nicklas 165     }
817 23 Jun 05 nicklas 166     catch (Throwable ex)
817 23 Jun 05 nicklas 167     {
817 23 Jun 05 nicklas 168       write("--Create pooled sample FAILED");
817 23 Jun 05 nicklas 169       ex.printStackTrace();
817 23 Jun 05 nicklas 170       ok = false;
817 23 Jun 05 nicklas 171     }
817 23 Jun 05 nicklas 172     finally
817 23 Jun 05 nicklas 173     {
817 23 Jun 05 nicklas 174       if (dc != null) dc.close();
817 23 Jun 05 nicklas 175     }
817 23 Jun 05 nicklas 176     return id;
817 23 Jun 05 nicklas 177   }
817 23 Jun 05 nicklas 178
802 21 Jun 05 nicklas 179   static void test_load(int id)
802 21 Jun 05 nicklas 180   {
802 21 Jun 05 nicklas 181     if (id == 0) return;
802 21 Jun 05 nicklas 182     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 183     try
802 21 Jun 05 nicklas 184     {
802 21 Jun 05 nicklas 185       dc = TestUtil.getDbControl();
802 21 Jun 05 nicklas 186       Sample s = Sample.getById(dc, id);
802 21 Jun 05 nicklas 187       write_item(0, s);
802 21 Jun 05 nicklas 188       write("--Load sample OK");
802 21 Jun 05 nicklas 189     }
802 21 Jun 05 nicklas 190     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 191     {
802 21 Jun 05 nicklas 192       write("--Load sample FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 193       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 194       ok = false;
802 21 Jun 05 nicklas 195     }
802 21 Jun 05 nicklas 196     finally
802 21 Jun 05 nicklas 197     {
802 21 Jun 05 nicklas 198       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 199     }
802 21 Jun 05 nicklas 200   }
802 21 Jun 05 nicklas 201
5696 12 Aug 11 nicklas 202   static boolean test_list(int expectedResults)
802 21 Jun 05 nicklas 203   {
802 21 Jun 05 nicklas 204     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 205     try
802 21 Jun 05 nicklas 206     {
802 21 Jun 05 nicklas 207       dc = TestUtil.getDbControl();
1418 07 Oct 05 nicklas 208       ItemResultList<Sample> l = Sample.getQuery().list(dc);
802 21 Jun 05 nicklas 209       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
802 21 Jun 05 nicklas 210       {
802 21 Jun 05 nicklas 211         write_item(i, l.get(i));
802 21 Jun 05 nicklas 212       }
802 21 Jun 05 nicklas 213       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
802 21 Jun 05 nicklas 214       {
802 21 Jun 05 nicklas 215         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
802 21 Jun 05 nicklas 216       }
802 21 Jun 05 nicklas 217       write("--List samples OK ("+l.size()+")");
802 21 Jun 05 nicklas 218     }
802 21 Jun 05 nicklas 219     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 220     {
802 21 Jun 05 nicklas 221       write("--List samples FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 222       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 223       ok = false;
5696 12 Aug 11 nicklas 224       return false;
802 21 Jun 05 nicklas 225     }
802 21 Jun 05 nicklas 226     finally
802 21 Jun 05 nicklas 227     {
802 21 Jun 05 nicklas 228       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 229     }
5696 12 Aug 11 nicklas 230     return true;
802 21 Jun 05 nicklas 231   }
802 21 Jun 05 nicklas 232
802 21 Jun 05 nicklas 233   static void test_delete(int id)
802 21 Jun 05 nicklas 234   {
802 21 Jun 05 nicklas 235     if (id == 0) return;
802 21 Jun 05 nicklas 236     DbControl dc = null;
802 21 Jun 05 nicklas 237     try
802 21 Jun 05 nicklas 238     {
802 21 Jun 05 nicklas 239       dc = TestUtil.getDbControl();
802 21 Jun 05 nicklas 240       Sample s = Sample.getById(dc, id);
802 21 Jun 05 nicklas 241       dc.deleteItem(s);
5340 10 May 10 nicklas 242       Set<ItemProxy> using = s.getUsingItems();
5340 10 May 10 nicklas 243       if (using.size() > 0) 
5340 10 May 10 nicklas 244       {
5340 10 May 10 nicklas 245          throw new BaseException(s + " is used by " + using);
5340 10 May 10 nicklas 246       }
802 21 Jun 05 nicklas 247       dc.commit();
802 21 Jun 05 nicklas 248       write("--Delete sample OK");
802 21 Jun 05 nicklas 249     }
802 21 Jun 05 nicklas 250     catch (Throwable ex)
802 21 Jun 05 nicklas 251     {
802 21 Jun 05 nicklas 252       write("--Delete sample FAILED");
802 21 Jun 05 nicklas 253       ex.printStackTrace();
802 21 Jun 05 nicklas 254       ok = false;
802 21 Jun 05 nicklas 255     }
802 21 Jun 05 nicklas 256     finally
802 21 Jun 05 nicklas 257     {
802 21 Jun 05 nicklas 258       if (dc != null) dc.close();
802 21 Jun 05 nicklas 259     }
802 21 Jun 05 nicklas 260   }
802 21 Jun 05 nicklas 261
4366 02 Jul 08 nicklas 262   static void test_delete_all()
4366 02 Jul 08 nicklas 263   {
4366 02 Jul 08 nicklas 264     DbControl dc = null;
4366 02 Jul 08 nicklas 265     try
4366 02 Jul 08 nicklas 266     {
4366 02 Jul 08 nicklas 267       dc = TestUtil.getDbControl();
4366 02 Jul 08 nicklas 268       ItemResultList<Sample> l = Sample.getQuery().list(dc);
5688 10 Aug 11 nicklas 269       int numDeleted = Trashcan.delete(dc.getSessionControl(), l, true, null);
5688 10 Aug 11 nicklas 270       if (numDeleted != l.size()) throw new BaseException("Could not delete all items: " + numDeleted + " of " + l.size());
4366 02 Jul 08 nicklas 271       dc.commit();
4366 02 Jul 08 nicklas 272       write("--Delete all samples OK ("+l.size()+")");
4366 02 Jul 08 nicklas 273     }
4366 02 Jul 08 nicklas 274     catch (Throwable ex)
4366 02 Jul 08 nicklas 275     {
4366 02 Jul 08 nicklas 276       write("--Delete all samples FAILED");
4366 02 Jul 08 nicklas 277       ex.printStackTrace();
4366 02 Jul 08 nicklas 278       ok = false;
4366 02 Jul 08 nicklas 279     }
4366 02 Jul 08 nicklas 280     finally
4366 02 Jul 08 nicklas 281     {
4366 02 Jul 08 nicklas 282       if (dc != null) dc.close();
4366 02 Jul 08 nicklas 283     }
4366 02 Jul 08 nicklas 284   }
4366 02 Jul 08 nicklas 285   
802 21 Jun 05 nicklas 286   static void write_header()
802 21 Jun 05 nicklas 287   {
802 21 Jun 05 nicklas 288     if (!TestUtil.getSilent())
802 21 Jun 05 nicklas 289     {
6100 04 Sep 12 nicklas 290       write("   \tID \tName      \tSubtype\tDescription\tExternal id\tParent\tQuantity\tRemain");
6100 04 Sep 12 nicklas 291       write("-- \t-- \t--------- \t-------\t-----------\t-----------\t------\t--------\t------");
802 21 Jun 05 nicklas 292     }
802 21 Jun 05 nicklas 293   }
802 21 Jun 05 nicklas 294   static void write_item(int i, Sample s)
802 21 Jun 05 nicklas 295     throws BaseException
802 21 Jun 05 nicklas 296   {
6100 04 Sep 12 nicklas 297     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+s.getId()+"\t"+s.getName()+"\t"+s.getItemSubtype()+"\t"+s.getDescription()+
5663 22 Jun 11 nicklas 298       "\t"+s.getExternalId()+"\t"+s.getParent()+"\t"+s.getOriginalQuantity()+"\t"+s.getRemainingQuantity());
802 21 Jun 05 nicklas 299   }
817 23 Jun 05 nicklas 300   static void write_events_header()
817 23 Jun 05 nicklas 301   {
817 23 Jun 05 nicklas 302     if (!TestUtil.getSilent())
817 23 Jun 05 nicklas 303     {
817 23 Jun 05 nicklas 304       write("   \tID \tBiomaterial\tEvent type\tEvent date\tEntry date\tUsed quantity\tComment");
817 23 Jun 05 nicklas 305       write("-- \t-- \t-----------\t----------\t----------\t----------\t-------------\t-------");
817 23 Jun 05 nicklas 306     }
817 23 Jun 05 nicklas 307   }
817 23 Jun 05 nicklas 308   static void write_item(int i, BioMaterialEvent evt, Sample s)
817 23 Jun 05 nicklas 309     throws BaseException
817 23 Jun 05 nicklas 310   {
817 23 Jun 05 nicklas 311     if (!TestUtil.getSilent()) System.out.println(i+":\t"+evt.getId()+"\t"+evt.getBioMaterial()+"\t"+evt.getEventType()+
817 23 Jun 05 nicklas 312       "\t"+evt.getEventDate()+"\t"+evt.getEntryDate()+"\t"+evt.getUsedQuantity(s)+"\t"+evt.getComment());
817 23 Jun 05 nicklas 313   }
5663 22 Jun 11 nicklas 314
5663 22 Jun 11 nicklas 315   static void write_parents_header()
817 23 Jun 05 nicklas 316   {
817 23 Jun 05 nicklas 317     if (!TestUtil.getSilent())
817 23 Jun 05 nicklas 318     {
5663 22 Jun 11 nicklas 319       write("   \tID \tName      \tDescription\tExternal id\tQuantity\tRemain\tUsed");
5663 22 Jun 11 nicklas 320       write("-- \t-- \t--------- \t-----------\t-----------\t--------\t------\t----");
817 23 Jun 05 nicklas 321     }
817 23 Jun 05 nicklas 322   }
5663 22 Jun 11 nicklas 323
5663 22 Jun 11 nicklas 324   static void write_item(int i, BioMaterialEventSource evtSrc)
817 23 Jun 05 nicklas 325     throws BaseException
817 23 Jun 05 nicklas 326   {
5663 22 Jun 11 nicklas 327     if (!TestUtil.getSilent()) 
5663 22 Jun 11 nicklas 328     {
5663 22 Jun 11 nicklas 329       MeasuredBioMaterial bm = (MeasuredBioMaterial)evtSrc.getBioMaterial();
5663 22 Jun 11 nicklas 330       System.out.println(i+":\t"+bm.getId()+"\t"+bm.getName()+"\t"+bm.getDescription()+
5663 22 Jun 11 nicklas 331           "\t"+bm.getExternalId()+"\t"+"\t"+bm.getOriginalQuantity()+"\t"+bm.getRemainingQuantity()+
5663 22 Jun 11 nicklas 332           "\t"+evtSrc.getUsedQuantity());
5663 22 Jun 11 nicklas 333     }
817 23 Jun 05 nicklas 334   }
817 23 Jun 05 nicklas 335
802 21 Jun 05 nicklas 336   static void write(String message)
802 21 Jun 05 nicklas 337   {
802 21 Jun 05 nicklas 338     System.out.println(message);
802 21 Jun 05 nicklas 339   }
817 23 Jun 05 nicklas 340   
817 23 Jun 05 nicklas 341   static int test_add_event(int sampleId, float usedQuantity)
817 23 Jun 05 nicklas 342   {
817 23 Jun 05 nicklas 343     if (sampleId == 0) return 0;
817 23 Jun 05 nicklas 344     int eventId = 0;
817 23 Jun 05 nicklas 345     DbControl dc = null;
817 23 Jun 05 nicklas 346     try
817 23 Jun 05 nicklas 347     {
817 23 Jun 05 nicklas 348       dc = TestUtil.getDbControl();
817 23 Jun 05 nicklas 349       Sample s = Sample.getById(dc, sampleId);
947 18 Jul 05 nicklas 350       BioMaterialEvent bme = s.newEvent();
947 18 Jul 05 nicklas 351       bme.setUsedQuantity(usedQuantity);
817 23 Jun 05 nicklas 352       bme.setComment("Added a new event");
817 23 Jun 05 nicklas 353       dc.saveItem(bme);
817 23 Jun 05 nicklas 354       dc.commit();
817 23 Jun 05 nicklas 355       eventId = bme.getId();
817 23 Jun 05 nicklas 356       dc = TestUtil.getDbControl();
5060 19 Aug 09 nicklas 357       dc.reattachItem(bme, false);
817 23 Jun 05 nicklas 358       write_item(0, bme, s);
817 23 Jun 05 nicklas 359       write("--Add event for sample OK");
817 23 Jun 05 nicklas 360     }
817 23 Jun 05 nicklas 361     catch (Throwable ex)
817 23 Jun 05 nicklas 362     {
817 23 Jun 05 nicklas 363       write("--Add event for sample FAILED");
817 23 Jun 05 nicklas 364       ex.printStackTrace();
817 23 Jun 05 nicklas 365       ok = false;
817 23 Jun 05 nicklas 366     }
817 23 Jun 05 nicklas 367     finally
817 23 Jun 05 nicklas 368     {
817 23 Jun 05 nicklas 369       if (dc != null) dc.close();
817 23 Jun 05 nicklas 370     }
817 23 Jun 05 nicklas 371     return eventId;
817 23 Jun 05 nicklas 372   }
817 23 Jun 05 nicklas 373   
817 23 Jun 05 nicklas 374   static void test_list_events(int sampleId, int expectedResults)
817 23 Jun 05 nicklas 375   {
817 23 Jun 05 nicklas 376     if (sampleId == 0) return;
817 23 Jun 05 nicklas 377     DbControl dc = null;
817 23 Jun 05 nicklas 378     try
817 23 Jun 05 nicklas 379     {
817 23 Jun 05 nicklas 380       dc = TestUtil.getDbControl();
817 23 Jun 05 nicklas 381       Sample s = Sample.getById(dc, sampleId);
1418 07 Oct 05 nicklas 382       ItemResultList<BioMaterialEvent> l = s.getEvents().list(dc);
817 23 Jun 05 nicklas 383       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
817 23 Jun 05 nicklas 384       {
817 23 Jun 05 nicklas 385         write_item(i, l.get(i), s);
817 23 Jun 05 nicklas 386       }
817 23 Jun 05 nicklas 387       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
817 23 Jun 05 nicklas 388       {
817 23 Jun 05 nicklas 389         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
817 23 Jun 05 nicklas 390       }
817 23 Jun 05 nicklas 391       write("--List events for sample OK ("+l.size()+")");
817 23 Jun 05 nicklas 392     }
817 23 Jun 05 nicklas 393     catch (Throwable ex)
817 23 Jun 05 nicklas 394     {
817 23 Jun 05 nicklas 395       write("--List events for sample FAILED");
817 23 Jun 05 nicklas 396       ex.printStackTrace();
817 23 Jun 05 nicklas 397       ok = false;
817 23 Jun 05 nicklas 398     }
817 23 Jun 05 nicklas 399     finally
817 23 Jun 05 nicklas 400     {
817 23 Jun 05 nicklas 401       if (dc != null) dc.close();
817 23 Jun 05 nicklas 402     }
817 23 Jun 05 nicklas 403   }
817 23 Jun 05 nicklas 404
817 23 Jun 05 nicklas 405   static void test_list_sources(int sampleId, int expectedResults)
817 23 Jun 05 nicklas 406   {
817 23 Jun 05 nicklas 407     if (sampleId == 0) return;
817 23 Jun 05 nicklas 408     DbControl dc = null;
817 23 Jun 05 nicklas 409     try
817 23 Jun 05 nicklas 410     {
817 23 Jun 05 nicklas 411       dc = TestUtil.getDbControl();
817 23 Jun 05 nicklas 412       Sample s = Sample.getById(dc, sampleId);
817 23 Jun 05 nicklas 413       BioMaterialEvent evt = s.getCreationEvent();
5663 22 Jun 11 nicklas 414       ResultList<BioMaterialEventSource> l = evt.getEventSources().list(dc);
817 23 Jun 05 nicklas 415       for (int i = 0; i<l.size(); i++)
817 23 Jun 05 nicklas 416       {
5663 22 Jun 11 nicklas 417         write_item(i, l.get(i));
817 23 Jun 05 nicklas 418       }
817 23 Jun 05 nicklas 419       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != l.size())
817 23 Jun 05 nicklas 420       {
817 23 Jun 05 nicklas 421         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+l.size());
817 23 Jun 05 nicklas 422       }
817 23 Jun 05 nicklas 423       write("--List sources for sample OK ("+l.size()+")");
817 23 Jun 05 nicklas 424     }
817 23 Jun 05 nicklas 425     catch (Throwable ex)
817 23 Jun 05 nicklas 426     {
817 23 Jun 05 nicklas 427       write("--List sources for sample FAILED");
817 23 Jun 05 nicklas 428       ex.printStackTrace();
817 23 Jun 05 nicklas 429       ok = false;
817 23 Jun 05 nicklas 430     }
817 23 Jun 05 nicklas 431     finally
817 23 Jun 05 nicklas 432     {
817 23 Jun 05 nicklas 433       if (dc != null) dc.close();
817 23 Jun 05 nicklas 434     }
817 23 Jun 05 nicklas 435   }
5663 22 Jun 11 nicklas 436
5663 22 Jun 11 nicklas 437   static void test_list_children(int sampleId, int expectedResults)
4559 03 Oct 08 martin 438   {
4559 03 Oct 08 martin 439     if (sampleId == 0) return;
4559 03 Oct 08 martin 440     DbControl dc = null;
4559 03 Oct 08 martin 441     try
4559 03 Oct 08 martin 442     {
4559 03 Oct 08 martin 443       dc = TestUtil.getDbControl();
4559 03 Oct 08 martin 444       Sample s = Sample.getById(dc, sampleId);
5663 22 Jun 11 nicklas 445       ItemResultList<Sample> ev = s.getChildSamples().list(dc);
4559 03 Oct 08 martin 446       
4559 03 Oct 08 martin 447       for (int i=0; i<ev.size(); i++)
4559 03 Oct 08 martin 448       {
5663 22 Jun 11 nicklas 449         write_item(i, ev.get(i));
4559 03 Oct 08 martin 450       }
4559 03 Oct 08 martin 451       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != ev.size())
4559 03 Oct 08 martin 452       {
4559 03 Oct 08 martin 453         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+ev.size());
4559 03 Oct 08 martin 454       }
5663 22 Jun 11 nicklas 455       write("--List children for sample OK ("+ev.size()+")");
4559 03 Oct 08 martin 456     }
4559 03 Oct 08 martin 457     catch (Throwable ex)
4559 03 Oct 08 martin 458     {
5663 22 Jun 11 nicklas 459       write("--List children for sample FAILED");
4559 03 Oct 08 martin 460       ex.printStackTrace();
4559 03 Oct 08 martin 461       ok = false;
4559 03 Oct 08 martin 462     }
4559 03 Oct 08 martin 463     finally
4559 03 Oct 08 martin 464     {
4559 03 Oct 08 martin 465       if (dc != null) dc.close();
4559 03 Oct 08 martin 466     }
4559 03 Oct 08 martin 467   }
5663 22 Jun 11 nicklas 468   
5663 22 Jun 11 nicklas 469   static void test_childrenTransformer(int sampleId, int expectedResults)
5663 22 Jun 11 nicklas 470   {
5663 22 Jun 11 nicklas 471     if (sampleId == 0) return;
5663 22 Jun 11 nicklas 472     DbControl dc = null;
5663 22 Jun 11 nicklas 473     try
5663 22 Jun 11 nicklas 474     {
5663 22 Jun 11 nicklas 475       dc = TestUtil.getDbControl();
5663 22 Jun 11 nicklas 476       Sample s = Sample.getById(dc, sampleId);
6775 17 Mar 15 nicklas 477       SourceItemTransformer transformer = new SampleToChildSampleTransformer(false);
6775 17 Mar 15 nicklas 478       TransformContext tfc = new TransformContext(dc);
6775 17 Mar 15 nicklas 479       Set<Integer> children = transformer.transform(tfc, Collections.singleton(s.getId()));
4712 19 Dec 08 nicklas 480
5663 22 Jun 11 nicklas 481       int i = 0;
6775 17 Mar 15 nicklas 482       for (int childId : children)
5663 22 Jun 11 nicklas 483       {
6775 17 Mar 15 nicklas 484         write_item(i, Sample.getById(dc, childId));
5663 22 Jun 11 nicklas 485         i++;
5663 22 Jun 11 nicklas 486       }
5663 22 Jun 11 nicklas 487       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != children.size())
5663 22 Jun 11 nicklas 488       {
5663 22 Jun 11 nicklas 489         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+children.size());
5663 22 Jun 11 nicklas 490       }
5663 22 Jun 11 nicklas 491       write("--List children for sample using transformer OK ("+children.size()+")");
5663 22 Jun 11 nicklas 492     }
5663 22 Jun 11 nicklas 493     catch (Throwable ex)
5663 22 Jun 11 nicklas 494     {
5663 22 Jun 11 nicklas 495       write("--List children for sample using transformer FAILED");
5663 22 Jun 11 nicklas 496       ex.printStackTrace();
5663 22 Jun 11 nicklas 497       ok = false;
5663 22 Jun 11 nicklas 498     }
5663 22 Jun 11 nicklas 499     finally
5663 22 Jun 11 nicklas 500     {
5663 22 Jun 11 nicklas 501       if (dc != null) dc.close();
5663 22 Jun 11 nicklas 502     }
5663 22 Jun 11 nicklas 503   }
5663 22 Jun 11 nicklas 504
5663 22 Jun 11 nicklas 505   static void test_parentsTransformer(int sampleId, int expectedResults)
4712 19 Dec 08 nicklas 506   {
4712 19 Dec 08 nicklas 507     if (sampleId == 0) return;
4712 19 Dec 08 nicklas 508     DbControl dc = null;
4712 19 Dec 08 nicklas 509     try
4712 19 Dec 08 nicklas 510     {
4712 19 Dec 08 nicklas 511       dc = TestUtil.getDbControl();
4712 19 Dec 08 nicklas 512       Sample s = Sample.getById(dc, sampleId);
6775 17 Mar 15 nicklas 513       
6775 17 Mar 15 nicklas 514       SourceItemTransformer transformer = new SampleToParentSampleTransformer(false);
6775 17 Mar 15 nicklas 515       TransformContext tfc = new TransformContext(dc);
6775 17 Mar 15 nicklas 516       Set<Integer> parents = transformer.transform(tfc, Collections.singleton(s.getId()));
4712 19 Dec 08 nicklas 517
5663 22 Jun 11 nicklas 518       int i = 0;
6775 17 Mar 15 nicklas 519       for (int parentId : parents)
4712 19 Dec 08 nicklas 520       {
6775 17 Mar 15 nicklas 521         write_item(i, Sample.getById(dc, parentId));
5663 22 Jun 11 nicklas 522         i++;
4712 19 Dec 08 nicklas 523       }
5663 22 Jun 11 nicklas 524       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != parents.size())
4712 19 Dec 08 nicklas 525       {
5663 22 Jun 11 nicklas 526         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+parents.size());
4712 19 Dec 08 nicklas 527       }
5663 22 Jun 11 nicklas 528       write("--List parents for sample using transformer OK ("+parents.size()+")");
4712 19 Dec 08 nicklas 529     }
4712 19 Dec 08 nicklas 530     catch (Throwable ex)
4712 19 Dec 08 nicklas 531     {
5663 22 Jun 11 nicklas 532       write("--List parents for sample using transformer FAILED");
4712 19 Dec 08 nicklas 533       ex.printStackTrace();
4712 19 Dec 08 nicklas 534       ok = false;
4712 19 Dec 08 nicklas 535     }
4712 19 Dec 08 nicklas 536     finally
4712 19 Dec 08 nicklas 537     {
4712 19 Dec 08 nicklas 538       if (dc != null) dc.close();
4712 19 Dec 08 nicklas 539     }
4712 19 Dec 08 nicklas 540   }
4712 19 Dec 08 nicklas 541
5663 22 Jun 11 nicklas 542   static void test_sampleToBioSourceTransformer(int sampleId, int expectedResults)
5663 22 Jun 11 nicklas 543   {
5663 22 Jun 11 nicklas 544     if (sampleId == 0) return;
5663 22 Jun 11 nicklas 545     DbControl dc = null;
5663 22 Jun 11 nicklas 546     try
5663 22 Jun 11 nicklas 547     {
5663 22 Jun 11 nicklas 548       dc = TestUtil.getDbControl();
5663 22 Jun 11 nicklas 549       Sample s = Sample.getById(dc, sampleId);
6775 17 Mar 15 nicklas 550       SourceItemTransformer transformer = new SampleToBioSourceTransformer();
6775 17 Mar 15 nicklas 551       TransformContext tfc = new TransformContext(dc);
6775 17 Mar 15 nicklas 552       Set<Integer> parents = transformer.transform(tfc, Collections.singleton(s.getId()));
6775 17 Mar 15 nicklas 553       
5663 22 Jun 11 nicklas 554       int i = 0;
6775 17 Mar 15 nicklas 555       for (int parentId : parents)
5663 22 Jun 11 nicklas 556       {
6775 17 Mar 15 nicklas 557         TestBioSource.write_item(i, BioSource.getById(dc, parentId));
5663 22 Jun 11 nicklas 558         i++;
5663 22 Jun 11 nicklas 559       }
5663 22 Jun 11 nicklas 560       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != parents.size())
5663 22 Jun 11 nicklas 561       {
5663 22 Jun 11 nicklas 562         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+parents.size());
5663 22 Jun 11 nicklas 563       }
5663 22 Jun 11 nicklas 564       write("--List biosource for sample using transformer OK ("+parents.size()+")");
5663 22 Jun 11 nicklas 565     }
5663 22 Jun 11 nicklas 566     catch (Throwable ex)
5663 22 Jun 11 nicklas 567     {
5663 22 Jun 11 nicklas 568       write("--List biosource for sample using transformer FAILED");
5663 22 Jun 11 nicklas 569       ex.printStackTrace();
5663 22 Jun 11 nicklas 570       ok = false;
5663 22 Jun 11 nicklas 571     }
5663 22 Jun 11 nicklas 572     finally
5663 22 Jun 11 nicklas 573     {
5663 22 Jun 11 nicklas 574       if (dc != null) dc.close();
5663 22 Jun 11 nicklas 575     }
5663 22 Jun 11 nicklas 576   }
5663 22 Jun 11 nicklas 577
5663 22 Jun 11 nicklas 578   static void test_bioSourceToSampleTransformer(int bioSourceId, int expectedResults)
5663 22 Jun 11 nicklas 579   {
5663 22 Jun 11 nicklas 580     if (bioSourceId == 0) return;
5663 22 Jun 11 nicklas 581     DbControl dc = null;
5663 22 Jun 11 nicklas 582     try
5663 22 Jun 11 nicklas 583     {
5663 22 Jun 11 nicklas 584       dc = TestUtil.getDbControl();
5663 22 Jun 11 nicklas 585       BioSource bs = BioSource.getById(dc, bioSourceId);
6775 17 Mar 15 nicklas 586       
6775 17 Mar 15 nicklas 587       SourceItemTransformer transformer = new BioSourceToSampleTransformer();
6775 17 Mar 15 nicklas 588       TransformContext tfc = new TransformContext(dc);
6775 17 Mar 15 nicklas 589       Set<Integer> children = transformer.transform(tfc, Collections.singleton(bs.getId()));
5663 22 Jun 11 nicklas 590
5663 22 Jun 11 nicklas 591       int i = 0;
6775 17 Mar 15 nicklas 592       for (int childId : children)
5663 22 Jun 11 nicklas 593       {
6775 17 Mar 15 nicklas 594         write_item(i, Sample.getById(dc, childId));
5663 22 Jun 11 nicklas 595         i++;
5663 22 Jun 11 nicklas 596       }
5663 22 Jun 11 nicklas 597       if (expectedResults >= 0 && expectedResults != children.size())
5663 22 Jun 11 nicklas 598       {
5663 22 Jun 11 nicklas 599         throw new BaseException("Expected "+expectedResults+" results, not "+children.size());
5663 22 Jun 11 nicklas 600       }
5663 22 Jun 11 nicklas 601       write("--List sample for biosource using transformer OK ("+children.size()+")");
5663 22 Jun 11 nicklas 602     }
5663 22 Jun 11 nicklas 603     catch (Throwable ex)
5663 22 Jun 11 nicklas 604     {
5663 22 Jun 11 nicklas 605       write("--List sample for biosource using transformer FAILED");
5663 22 Jun 11 nicklas 606       ex.printStackTrace();
5663 22 Jun 11 nicklas 607       ok = false;
5663 22 Jun 11 nicklas 608     }
5663 22 Jun 11 nicklas 609     finally
5663 22 Jun 11 nicklas 610     {
5663 22 Jun 11 nicklas 611       if (dc != null) dc.close();
5663 22 Jun 11 nicklas 612     }
5663 22 Jun 11 nicklas 613   }
5663 22 Jun 11 nicklas 614   
802 21 Jun 05 nicklas 615 }

Generated on Sat Oct  7 02:42:07 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)