src/test/TestSourceItemTransformer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7837 28 Aug 20 nicklas 1 /*
7837 28 Aug 20 nicklas 2   $Id: TestGenericOverview.java 6100 2012-09-04 08:43:21Z nicklas $
7837 28 Aug 20 nicklas 3
7837 28 Aug 20 nicklas 4   Copyright (C) 2009 Nicklas Nordborg
7837 28 Aug 20 nicklas 5
7837 28 Aug 20 nicklas 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7837 28 Aug 20 nicklas 7   Available at http://base.thep.lu.se/
7837 28 Aug 20 nicklas 8
7837 28 Aug 20 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
7837 28 Aug 20 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
7837 28 Aug 20 nicklas 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
7837 28 Aug 20 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
7837 28 Aug 20 nicklas 13   
7837 28 Aug 20 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7837 28 Aug 20 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7837 28 Aug 20 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7837 28 Aug 20 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
7837 28 Aug 20 nicklas 18   
7837 28 Aug 20 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
7837 28 Aug 20 nicklas 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7837 28 Aug 20 nicklas 21 */
7837 28 Aug 20 nicklas 22 import java.util.Arrays;
7837 28 Aug 20 nicklas 23 import java.util.HashSet;
7837 28 Aug 20 nicklas 24 import java.util.Set;
7837 28 Aug 20 nicklas 25
7837 28 Aug 20 nicklas 26 import net.sf.basedb.core.BaseException;
7837 28 Aug 20 nicklas 27 import net.sf.basedb.core.DbControl;
7837 28 Aug 20 nicklas 28 import net.sf.basedb.core.Item;
7837 28 Aug 20 nicklas 29 import net.sf.basedb.core.Nameable;
7837 28 Aug 20 nicklas 30 import net.sf.basedb.core.SyncFilter.SourceItemTransform;
7837 28 Aug 20 nicklas 31 import net.sf.basedb.util.listable.ListableUtil;
7837 28 Aug 20 nicklas 32 import net.sf.basedb.util.listable.SourceItemTransformer;
7837 28 Aug 20 nicklas 33 import net.sf.basedb.util.listable.TransformContext;
7837 28 Aug 20 nicklas 34
7837 28 Aug 20 nicklas 35 public class TestSourceItemTransformer
7837 28 Aug 20 nicklas 36 {
7837 28 Aug 20 nicklas 37   static boolean ok = true;
7837 28 Aug 20 nicklas 38
7837 28 Aug 20 nicklas 39   public static void main(String[] args)
7837 28 Aug 20 nicklas 40   {
7837 28 Aug 20 nicklas 41     TestUtil.checkArgs(args);
7837 28 Aug 20 nicklas 42     TestUtil.begin();
7837 28 Aug 20 nicklas 43     ok = test_all();
7837 28 Aug 20 nicklas 44     TestUtil.stop();
7837 28 Aug 20 nicklas 45   }
7837 28 Aug 20 nicklas 46
7837 28 Aug 20 nicklas 47   static boolean test_all()
7837 28 Aug 20 nicklas 48   {
7837 28 Aug 20 nicklas 49     write("++Testing source item transformer");
7837 28 Aug 20 nicklas 50     
7837 28 Aug 20 nicklas 51     // Create extracts: RNA, Library, Pooled library
7837 28 Aug 20 nicklas 52     int rna1 = TestExtract.test_create(0, "RNA.1", 0, 0, false);
7837 28 Aug 20 nicklas 53     int rna2 = TestExtract.test_create(0, "RNA.2", 0, 0, false);
7837 28 Aug 20 nicklas 54     int lib1 = TestExtract.test_create(rna1, "Lib.1", 0, 0, false);
7837 28 Aug 20 nicklas 55     int lib2 = TestExtract.test_create(rna2, "Lib.2", 0, 0, false);
7837 28 Aug 20 nicklas 56     int pool = TestExtract.test_create_pooled("Pool.1", lib1, lib2);
7837 28 Aug 20 nicklas 57     
7837 28 Aug 20 nicklas 58     // Create physical bioassay: Flow cell
7837 28 Aug 20 nicklas 59     int fc1 = TestPhysicalBioAssay.test_create(0, "FlowCell.1", 0, 1);
7837 28 Aug 20 nicklas 60     TestPhysicalBioAssay.test_add_extract(fc1, pool, 1, null);
7837 28 Aug 20 nicklas 61     
7837 28 Aug 20 nicklas 62     // Create derived bioassay: Sequencing, Alignment
7837 28 Aug 20 nicklas 63     int seqrun1 = TestDerivedBioAssay.test_create_root("SequencingRun.1", fc1, 0, 0, 0, 0, 0);
7837 28 Aug 20 nicklas 64     
7837 28 Aug 20 nicklas 65     int aligned1 = TestDerivedBioAssay.test_create_child("Aligned.1", lib1, 0, 0, 0, 0, seqrun1);
7837 28 Aug 20 nicklas 66     int aligned2 = TestDerivedBioAssay.test_create_child("Aligned.2", lib2, 0, 0, 0, 0, seqrun1);
7837 28 Aug 20 nicklas 67     
7837 28 Aug 20 nicklas 68     SourceItemTransformer tDown = create_transformer(Item.EXTRACT, Item.DERIVEDBIOASSAY, SourceItemTransform.PARENT_TO_CHILD);
7837 28 Aug 20 nicklas 69     SourceItemTransformer tUp = create_transformer(Item.DERIVEDBIOASSAY, Item.EXTRACT, SourceItemTransform.CHILD_TO_PARENT);
7837 28 Aug 20 nicklas 70     
7837 28 Aug 20 nicklas 71     // If we start at RNA level, we should get the Sequencing and only the Alignment that is linked
7837 28 Aug 20 nicklas 72     test_transform(tDown, new Integer[] { rna1 }, new Integer[] { seqrun1, aligned1 });
7837 28 Aug 20 nicklas 73     test_transform(tDown, new Integer[] { rna2 }, new Integer[] { seqrun1, aligned2 });
7837 28 Aug 20 nicklas 74     // If we start at the pool level, we should get all alignments
7837 28 Aug 20 nicklas 75     test_transform(tDown, new Integer[] { pool }, new Integer[] { seqrun1, aligned1, aligned2 });
7837 28 Aug 20 nicklas 76
7837 28 Aug 20 nicklas 77     // If we start at the Alignment level, we should get the pool and only the Library and RNA that is linked
7837 28 Aug 20 nicklas 78     test_transform(tUp, new Integer[] { aligned1 }, new Integer[] { pool, lib1, rna1 });
7837 28 Aug 20 nicklas 79     test_transform(tUp, new Integer[] { aligned2 }, new Integer[] { pool, lib2, rna2 });
7837 28 Aug 20 nicklas 80     // If we start at the Sequencing level, we should get all extracts
7837 28 Aug 20 nicklas 81     test_transform(tUp, new Integer[] { seqrun1 }, new Integer[] { pool, lib1, lib2, rna1, rna2 });
7837 28 Aug 20 nicklas 82     
7837 28 Aug 20 nicklas 83     // Delete items
7837 28 Aug 20 nicklas 84     if (TestUtil.waitBeforeDelete()) TestUtil.waitForEnter();
7837 28 Aug 20 nicklas 85
7837 28 Aug 20 nicklas 86     TestDerivedBioAssay.test_delete(aligned1);
7837 28 Aug 20 nicklas 87     TestDerivedBioAssay.test_delete(aligned2);
7837 28 Aug 20 nicklas 88     TestDerivedBioAssay.test_delete(seqrun1);
7837 28 Aug 20 nicklas 89     TestPhysicalBioAssay.test_delete(fc1);
7837 28 Aug 20 nicklas 90     TestExtract.test_delete(pool);
7837 28 Aug 20 nicklas 91     TestExtract.test_delete(lib1);
7837 28 Aug 20 nicklas 92     TestExtract.test_delete(lib2);
7837 28 Aug 20 nicklas 93     TestExtract.test_delete(rna1);
7837 28 Aug 20 nicklas 94     TestExtract.test_delete(rna2);
7837 28 Aug 20 nicklas 95
7837 28 Aug 20 nicklas 96     write("++Testing source item transformer "+(ok ? "OK" : "Failed")+"\n");
7837 28 Aug 20 nicklas 97     return ok;
7837 28 Aug 20 nicklas 98   }
7837 28 Aug 20 nicklas 99   
7837 28 Aug 20 nicklas 100   
7837 28 Aug 20 nicklas 101   static void write(String message)
7837 28 Aug 20 nicklas 102   {
7837 28 Aug 20 nicklas 103     System.out.println(message);
7837 28 Aug 20 nicklas 104   }
7837 28 Aug 20 nicklas 105   
7837 28 Aug 20 nicklas 106   static SourceItemTransformer create_transformer(Item sourceType, Item targetType, SourceItemTransform transform)
7837 28 Aug 20 nicklas 107   {
7837 28 Aug 20 nicklas 108     return ListableUtil.getTransformerFactory(targetType).create(sourceType, transform);
7837 28 Aug 20 nicklas 109   }
7837 28 Aug 20 nicklas 110
7837 28 Aug 20 nicklas 111   
7837 28 Aug 20 nicklas 112   static void test_transform(SourceItemTransformer transformer, Integer[] source, Integer[] expectedResult)
7837 28 Aug 20 nicklas 113   {
7837 28 Aug 20 nicklas 114     DbControl dc = null;
7837 28 Aug 20 nicklas 115     try
7837 28 Aug 20 nicklas 116     {
7837 28 Aug 20 nicklas 117       dc = TestUtil.getDbControl();
7837 28 Aug 20 nicklas 118       
7837 28 Aug 20 nicklas 119       Set<Integer> srcSet = new HashSet<>(Arrays.asList(source));
7837 28 Aug 20 nicklas 120       Set<Integer> expectedResultSet = new HashSet<>(Arrays.asList(expectedResult)); 
7837 28 Aug 20 nicklas 121       Set<Integer> result = transformer.transform(new TransformContext(dc), srcSet);
7837 28 Aug 20 nicklas 122
7837 28 Aug 20 nicklas 123       write_transform(dc, transformer, srcSet, result);
7837 28 Aug 20 nicklas 124       
7837 28 Aug 20 nicklas 125       if (!result.equals(expectedResultSet))
7837 28 Aug 20 nicklas 126       {
7837 28 Aug 20 nicklas 127         throw new BaseException("Expected "+expectedResultSet+" results, not "+result);
7837 28 Aug 20 nicklas 128       }
7837 28 Aug 20 nicklas 129       
7837 28 Aug 20 nicklas 130       write("--Transform " + transformer.getSourceItemType().name() + " -> " + transformer.getTargetItemType().name() + " OK");
7837 28 Aug 20 nicklas 131     }
7837 28 Aug 20 nicklas 132     catch (Throwable ex)
7837 28 Aug 20 nicklas 133     {
7837 28 Aug 20 nicklas 134       write("--Transform " + transformer.getSourceItemType().name() + " -> " + transformer.getTargetItemType().name() + " FAILED");
7837 28 Aug 20 nicklas 135       ex.printStackTrace();
7837 28 Aug 20 nicklas 136       ok = false;
7837 28 Aug 20 nicklas 137     }
7837 28 Aug 20 nicklas 138     finally
7837 28 Aug 20 nicklas 139     {
7837 28 Aug 20 nicklas 140       if (dc != null) dc.close();
7837 28 Aug 20 nicklas 141     }
7837 28 Aug 20 nicklas 142     
7837 28 Aug 20 nicklas 143   }
7837 28 Aug 20 nicklas 144   
7837 28 Aug 20 nicklas 145
7837 28 Aug 20 nicklas 146   static void write_transform(DbControl dc, SourceItemTransformer transformer, Set<Integer> src, Set<Integer> result)
7837 28 Aug 20 nicklas 147     throws BaseException
7837 28 Aug 20 nicklas 148   {
7837 28 Aug 20 nicklas 149     if (TestUtil.getSilent()) return;
7837 28 Aug 20 nicklas 150     
7837 28 Aug 20 nicklas 151     StringBuilder sb = new StringBuilder();
7837 28 Aug 20 nicklas 152     sb.append(":"+transformer.getSourceItemType().name()+"\n");
7837 28 Aug 20 nicklas 153     for (Integer id : src)
7837 28 Aug 20 nicklas 154     {
7837 28 Aug 20 nicklas 155       Nameable item = transformer.getSourceItemType().getById(dc, id);
7837 28 Aug 20 nicklas 156       sb.append("   " + item.getName()+ "\t" + item.getId() +"\n");
7837 28 Aug 20 nicklas 157     }
7837 28 Aug 20 nicklas 158     sb.append(":" + transformer.getTargetItemType().name()+"\n");
7837 28 Aug 20 nicklas 159     for (Integer id : result)
7837 28 Aug 20 nicklas 160     {
7837 28 Aug 20 nicklas 161       Nameable item = transformer.getTargetItemType().getById(dc, id);
7837 28 Aug 20 nicklas 162       sb.append("   " + item.getName()+"\t"+item.getId()+"\n");
7837 28 Aug 20 nicklas 163     }
7837 28 Aug 20 nicklas 164     System.out.print(sb.toString());
7837 28 Aug 20 nicklas 165   }
7837 28 Aug 20 nicklas 166
7837 28 Aug 20 nicklas 167   
7837 28 Aug 20 nicklas 168 }

Generated on Sat Oct  7 02:42:09 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)