www/biomaterials/bioplates/index.jsp

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4704 11 Dec 08 martin 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4704 11 Dec 08 martin 5
4704 11 Dec 08 martin 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4704 11 Dec 08 martin 7   Available at http://base.thep.lu.se/
4704 11 Dec 08 martin 8
4704 11 Dec 08 martin 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
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4704 11 Dec 08 martin 12   of the License, or (at your option) any later version.
4704 11 Dec 08 martin 13
4704 11 Dec 08 martin 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4704 11 Dec 08 martin 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4704 11 Dec 08 martin 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4704 11 Dec 08 martin 17   GNU General Public License for more details.
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5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
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4704 11 Dec 08 martin 30   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
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5996 05 Mar 12 nicklas 49   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
5492 16 Nov 10 nicklas 50   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
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5492 16 Nov 10 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
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7604 25 Feb 19 nicklas 55   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5492 16 Nov 10 nicklas 56   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6038 29 Mar 12 nicklas 57   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 58   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6038 29 Mar 12 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
4704 11 Dec 08 martin 60   import="java.util.Collections"
4704 11 Dec 08 martin 61   import="java.util.HashSet"
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4704 11 Dec 08 martin 66 <%!
5355 04 Jun 10 nicklas 67   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,barcode,bioPlateType,description");
4704 11 Dec 08 martin 68   private static final Item itemType = Item.BIOPLATE;
4704 11 Dec 08 martin 69 %>
4704 11 Dec 08 martin 70 <%
4704 11 Dec 08 martin 71 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
4704 11 Dec 08 martin 72 final String ID = sc.getId();
4704 11 Dec 08 martin 73 final String cmd = request.getParameter("cmd");
4704 11 Dec 08 martin 74 final String root = request.getContextPath()+"/";
4704 11 Dec 08 martin 75 final String mode = request.getParameter("mode");
4704 11 Dec 08 martin 76 final String callback = request.getParameter("callback");
4704 11 Dec 08 martin 77 final String itemId = request.getParameter("item_id");
4704 11 Dec 08 martin 78 final String listPage = "list_bioplates.jsp?ID="+ID
4704 11 Dec 08 martin 79   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
4704 11 Dec 08 martin 80   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
4704 11 Dec 08 martin 81   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
4704 11 Dec 08 martin 82 final String viewPage = "view_bioplate.jsp?ID="+ID;
4704 11 Dec 08 martin 83 final String editPage = "edit_bioplate.jsp?ID="+ID;
4704 11 Dec 08 martin 84
4704 11 Dec 08 martin 85 String forward = null;
4704 11 Dec 08 martin 86 String redirect = null;
4704 11 Dec 08 martin 87 String message = null;
4704 11 Dec 08 martin 88 DbControl dc = null;
4704 11 Dec 08 martin 89
4704 11 Dec 08 martin 90 try
4704 11 Dec 08 martin 91 {
4704 11 Dec 08 martin 92   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 93   {
4704 11 Dec 08 martin 94     // Display the list page without updatinging the current context
4704 11 Dec 08 martin 95     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
4704 11 Dec 08 martin 96     redirect = listPage;
4704 11 Dec 08 martin 97   }
4704 11 Dec 08 martin 98   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 99   {
4704 11 Dec 08 martin 100     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
4704 11 Dec 08 martin 101     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 102     redirect = listPage;
4704 11 Dec 08 martin 103   }
4704 11 Dec 08 martin 104   else if ("LoadContext".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 105   {
4704 11 Dec 08 martin 106     // Display the list page after loading a saved context
4704 11 Dec 08 martin 107     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
4704 11 Dec 08 martin 108     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 109     redirect = listPage;
4704 11 Dec 08 martin 110   }
4704 11 Dec 08 martin 111
4704 11 Dec 08 martin 112   else if ("ViewItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 113   {
4704 11 Dec 08 martin 114     // Display the view page for a single item 
4704 11 Dec 08 martin 115     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 116     forward = viewPage;
4704 11 Dec 08 martin 117   }
4704 11 Dec 08 martin 118   else if ("EditItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 119   {
4704 11 Dec 08 martin 120     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
4704 11 Dec 08 martin 121     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 122     redirect = editPage;
4704 11 Dec 08 martin 123   }
4704 11 Dec 08 martin 124   else if ("NewItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 125   {
4704 11 Dec 08 martin 126     // Display the edit page for a new item (should be opened in a popup)
4704 11 Dec 08 martin 127     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
4704 11 Dec 08 martin 128     {
4704 11 Dec 08 martin 129       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
4704 11 Dec 08 martin 130     }
4704 11 Dec 08 martin 131     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 132     cc.setId(0);
4704 11 Dec 08 martin 133     forward = editPage;
4704 11 Dec 08 martin 134   }
4704 11 Dec 08 martin 135   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 136   {
4704 11 Dec 08 martin 137     // Update the properties on an item (will close the popup)
4704 11 Dec 08 martin 138     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 139     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
4732 21 Jan 09 martin 140     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
7605 26 Feb 19 nicklas 141     BioPlate bioPlate = cc.getObject("item");
4704 11 Dec 08 martin 142     if (bioPlate == null)
4704 11 Dec 08 martin 143     {
5262 08 Mar 10 nicklas 144       PlateGeometry pg = PlateGeometry.getById(dc, Values.getInt(request.getParameter("plategeometry_id")));
5262 08 Mar 10 nicklas 145       BioPlateType pt = BioPlateType.getById(dc, Values.getInt(request.getParameter("bioplatetype_id")));
5262 08 Mar 10 nicklas 146       bioPlate = BioPlate.getNew(dc, pg, pt);
7703 11 Apr 19 nicklas 147       cc.setRecent(Item.PLATEGEOMETRY, pg, maxRecent);
7703 11 Apr 19 nicklas 148       cc.setRecent(Item.BIOPLATETYPE, pt, maxRecent);
4704 11 Dec 08 martin 149       message = "Bioplate created";
4704 11 Dec 08 martin 150       dc.saveItem(bioPlate);
4704 11 Dec 08 martin 151     }
4704 11 Dec 08 martin 152     else
4704 11 Dec 08 martin 153     {
5060 19 Aug 09 nicklas 154       dc.reattachItem(bioPlate, false);
4704 11 Dec 08 martin 155       message = "Bioplate updated";
4704 11 Dec 08 martin 156     }
5492 16 Nov 10 nicklas 157     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.BIOPLATE), bioPlate);
7604 25 Feb 19 nicklas 158     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5492 16 Nov 10 nicklas 159     try
4732 21 Jan 09 martin 160     {
5492 16 Nov 10 nicklas 161       bioPlate.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5492 16 Nov 10 nicklas 162       bioPlate.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5492 16 Nov 10 nicklas 163       bioPlate.setBarcode(Values.getStringOrNull(request.getParameter("barcode")));
5492 16 Nov 10 nicklas 164       bioPlate.setDestroyed(Values.getBoolean(request.getParameter("destroyed")));
6306 13 Aug 13 nicklas 165       int storageId = Values.getInt(request.getParameter("storage_id"));
6306 13 Aug 13 nicklas 166       if (storageId >= 0)
5492 16 Nov 10 nicklas 167       {
6306 13 Aug 13 nicklas 168         Hardware fz = storageId == 0 ? null : Hardware.getById(dc, storageId);
5492 16 Nov 10 nicklas 169         bioPlate.setFreezer(fz);
7703 11 Apr 19 nicklas 170         cc.setRecent(Item.HARDWARE, fz, fz==null ? null : fz.getItemSubtype(), maxRecent);
5492 16 Nov 10 nicklas 171       }
6061 13 Jun 12 nicklas 172       bioPlate.setSection(Values.getStringOrNull(request.getParameter("section")));
6061 13 Jun 12 nicklas 173       bioPlate.setTray(Values.getStringOrNull(request.getParameter("tray")));
6061 13 Jun 12 nicklas 174       bioPlate.setPosition(Values.getStringOrNull(request.getParameter("position")));
6061 13 Jun 12 nicklas 175       
5996 05 Mar 12 nicklas 176       Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
5996 05 Mar 12 nicklas 177       bioPlate.setEventDate(dateFormatter.parseString(Values.getStringOrNull(request.getParameter("event_date"))));
5996 05 Mar 12 nicklas 178       
5492 16 Nov 10 nicklas 179       // Annotations tab
5492 16 Nov 10 nicklas 180       Base.updateAnnotations(dc, bioPlate, bioPlate, request);
5492 16 Nov 10 nicklas 181       
5492 16 Nov 10 nicklas 182       // OnSave extensions
5492 16 Nov 10 nicklas 183       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5492 16 Nov 10 nicklas 184       dc.commit();
5492 16 Nov 10 nicklas 185       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
4732 21 Jan 09 martin 186     }
5492 16 Nov 10 nicklas 187     catch (Exception ex)
5492 16 Nov 10 nicklas 188     {
5492 16 Nov 10 nicklas 189       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5492 16 Nov 10 nicklas 190       throw ex;
5492 16 Nov 10 nicklas 191     }
5492 16 Nov 10 nicklas 192     finally
5492 16 Nov 10 nicklas 193     {
5492 16 Nov 10 nicklas 194       cc.removeObject("item");
5492 16 Nov 10 nicklas 195     }
4704 11 Dec 08 martin 196   }
4704 11 Dec 08 martin 197   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 198   {
4704 11 Dec 08 martin 199     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 200     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 201     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 202     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
4704 11 Dec 08 martin 203     dc.commit();
4704 11 Dec 08 martin 204     redirect = viewPage;
4704 11 Dec 08 martin 205   }
4704 11 Dec 08 martin 206   else if ("DeleteItems".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 207   {
4704 11 Dec 08 martin 208     // Delete all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 209     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 210     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 211     int numTotal = cc.getSelected().size();
4704 11 Dec 08 martin 212     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), true);
4704 11 Dec 08 martin 213     dc.commit();
4704 11 Dec 08 martin 214     if (numTotal != numRemoved)
4704 11 Dec 08 martin 215     {
4704 11 Dec 08 martin 216       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be deleted, because you have no DELETE permission";
4704 11 Dec 08 martin 217     }
6192 31 Oct 12 nicklas 218     redirect = listPage;
4704 11 Dec 08 martin 219   }
4704 11 Dec 08 martin 220   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 221   {
4704 11 Dec 08 martin 222     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 223     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 224     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 225     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
4704 11 Dec 08 martin 226     dc.commit();
4704 11 Dec 08 martin 227     redirect = viewPage;
4704 11 Dec 08 martin 228   }
4704 11 Dec 08 martin 229   else if ("RestoreItems".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 230   {
4704 11 Dec 08 martin 231     // Restore all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 232     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 233     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 234     int numTotal = cc.getSelected().size();
4704 11 Dec 08 martin 235     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), false);
4704 11 Dec 08 martin 236     dc.commit();
4704 11 Dec 08 martin 237     if (numTotal != numRemoved)
4704 11 Dec 08 martin 238     {
4704 11 Dec 08 martin 239       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be restored, because you have no WRITE permission";
4704 11 Dec 08 martin 240     }
6192 31 Oct 12 nicklas 241     redirect = listPage;
4704 11 Dec 08 martin 242   }
4704 11 Dec 08 martin 243   else if ("ShareItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 244   {
4704 11 Dec 08 martin 245     // Display a popup window for sharing a single item
7954 12 May 21 nicklas 246     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 247     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 248     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()));
4704 11 Dec 08 martin 249     dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 250     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
4704 11 Dec 08 martin 251     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
4704 11 Dec 08 martin 252   }
4704 11 Dec 08 martin 253   else if ("ShareItems".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 254   {
4704 11 Dec 08 martin 255     // Display a popup window for sharing all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 256     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 257     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 258     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, cc.getSelected());
4704 11 Dec 08 martin 259     dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 260     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
4704 11 Dec 08 martin 261     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
4704 11 Dec 08 martin 262   }
4704 11 Dec 08 martin 263   else if ("SetOwnerOfItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 264   {
4704 11 Dec 08 martin 265     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 266     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 267     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 268     OwnedItem item = (OwnedItem)itemType.getById(dc, cc.getId());
4704 11 Dec 08 martin 269     cc.setObject("OwnedItems", Collections.singleton(item));
4704 11 Dec 08 martin 270     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
4704 11 Dec 08 martin 271   }
4704 11 Dec 08 martin 272   else if ("SetOwnerOfItems".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 273   {
4704 11 Dec 08 martin 274     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 275     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 276     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 277     Set<OwnedItem> items = new HashSet<OwnedItem>();
4704 11 Dec 08 martin 278     for (Integer id : cc.getSelected())
4704 11 Dec 08 martin 279     {
4704 11 Dec 08 martin 280       if (id != null) items.add((OwnedItem)itemType.getById(dc, id));
4704 11 Dec 08 martin 281     }
4704 11 Dec 08 martin 282     dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 283     cc.setObject("OwnedItems", items);
4704 11 Dec 08 martin 284     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
4704 11 Dec 08 martin 285   }
4704 11 Dec 08 martin 286   else if ("ExportItems".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 287   {
4704 11 Dec 08 martin 288     // Run an export plugin in a list context
4704 11 Dec 08 martin 289     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 290     final ItemQuery<BioPlate> query = BioPlate.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 291     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 292     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 293     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6038 29 Mar 12 nicklas 294     cc.setQuery(query);
7604 25 Feb 19 nicklas 295     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<BioPlate,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 296     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<BioPlate>(cc));
5590 16 Mar 11 nicklas 297     dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 298     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+bioplates";
4704 11 Dec 08 martin 299   }
4704 11 Dec 08 martin 300   else if ("ExportItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 301   {
4704 11 Dec 08 martin 302     // Run an export plugin in single-item context
4704 11 Dec 08 martin 303     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 304     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+bioplate";
4704 11 Dec 08 martin 305   }
4704 11 Dec 08 martin 306   else if ("ImportItems".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 307   {
4704 11 Dec 08 martin 308     // Run an import plugin in a list context
4704 11 Dec 08 martin 309     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 310     final ItemQuery<BioPlate> query = BioPlate.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 311     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 312     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 313     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 314     dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 315     cc.setQuery(query);
4704 11 Dec 08 martin 316     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+plates";
4704 11 Dec 08 martin 317   }
4704 11 Dec 08 martin 318   else if ("ImportItem".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 319   {
4704 11 Dec 08 martin 320     // Run an import plugin in single-item context
4704 11 Dec 08 martin 321     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 322     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+plates";
4704 11 Dec 08 martin 323   }
4704 11 Dec 08 martin 324   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 325   {
4704 11 Dec 08 martin 326     // Run another plugin in a list context
4704 11 Dec 08 martin 327     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 328     final ItemQuery<BioPlate> query = BioPlate.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 329     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 330     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 331     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 332     dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 333     cc.setQuery(query);
4704 11 Dec 08 martin 334     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
4704 11 Dec 08 martin 335   }
4704 11 Dec 08 martin 336   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
4704 11 Dec 08 martin 337   {
4704 11 Dec 08 martin 338     // Run another plugin in single-item context
4704 11 Dec 08 martin 339     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4704 11 Dec 08 martin 340     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
4704 11 Dec 08 martin 341   }
5532 16 Dec 10 nicklas 342   else if ("MoveBioMaterial".equals(cmd))
5532 16 Dec 10 nicklas 343   {
5535 21 Dec 10 nicklas 344     redirect = "../wizards/move_biomaterial.jsp?ID="+ID+"&sourceplate_id=" + itemId;
5532 16 Dec 10 nicklas 345   }
5548 24 Jan 11 nicklas 346   else if ("CreateChildBioPlate".equals(cmd))
5548 24 Jan 11 nicklas 347   {
5548 24 Jan 11 nicklas 348     redirect = "../wizards/create_child_bioplate_step1.jsp?ID="+ID+"&sourceplate_id=" + itemId;
5548 24 Jan 11 nicklas 349   }
4704 11 Dec 08 martin 350   else
4704 11 Dec 08 martin 351   {
4704 11 Dec 08 martin 352     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
4704 11 Dec 08 martin 353   }
4704 11 Dec 08 martin 354 }
4704 11 Dec 08 martin 355 finally
4704 11 Dec 08 martin 356 {
4704 11 Dec 08 martin 357   if (dc != null) dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 358 }
4704 11 Dec 08 martin 359
4704 11 Dec 08 martin 360 if (forward != null)
4704 11 Dec 08 martin 361 {
6192 31 Oct 12 nicklas 362   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
4704 11 Dec 08 martin 363   pageContext.forward(forward);
4704 11 Dec 08 martin 364 }
4704 11 Dec 08 martin 365 else if (redirect != null)
4704 11 Dec 08 martin 366 {
6192 31 Oct 12 nicklas 367   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
4704 11 Dec 08 martin 368   response.sendRedirect(redirect);
4704 11 Dec 08 martin 369 }
4704 11 Dec 08 martin 370 else if (message == null)
4704 11 Dec 08 martin 371 {
4704 11 Dec 08 martin 372   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
4704 11 Dec 08 martin 373 }
4704 11 Dec 08 martin 374 else
4704 11 Dec 08 martin 375 {
4704 11 Dec 08 martin 376   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
4704 11 Dec 08 martin 377 }
4704 11 Dec 08 martin 378 %>

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