www/biomaterials/bioplates/view_bioplate.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4704 11 Dec 08 martin 1 <%-- $Id$
4704 11 Dec 08 martin 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4704 11 Dec 08 martin 4   Copyright (C) 2007 Martin Svensson
4704 11 Dec 08 martin 5
4704 11 Dec 08 martin 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4704 11 Dec 08 martin 7   Available at http://base.thep.lu.se/
4704 11 Dec 08 martin 8
4704 11 Dec 08 martin 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4704 11 Dec 08 martin 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4704 11 Dec 08 martin 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4704 11 Dec 08 martin 12   of the License, or (at your option) any later version.
4704 11 Dec 08 martin 13
4704 11 Dec 08 martin 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4704 11 Dec 08 martin 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4704 11 Dec 08 martin 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4704 11 Dec 08 martin 17   GNU General Public License for more details.
4704 11 Dec 08 martin 18
4704 11 Dec 08 martin 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4704 11 Dec 08 martin 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4704 11 Dec 08 martin 21   ------------------------------------------------------------------
4704 11 Dec 08 martin 22
4704 11 Dec 08 martin 23   @author Martin
4704 11 Dec 08 martin 24   @version 2.10
4704 11 Dec 08 martin 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
4704 11 Dec 08 martin 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4704 11 Dec 08 martin 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
4704 11 Dec 08 martin 29   import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
4704 11 Dec 08 martin 30   import="net.sf.basedb.core.Group"
4704 11 Dec 08 martin 31   import="net.sf.basedb.core.Item"
4704 11 Dec 08 martin 32   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
4704 11 Dec 08 martin 33   import="net.sf.basedb.core.Permission"
4704 11 Dec 08 martin 34   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
4704 11 Dec 08 martin 35   import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
4704 11 Dec 08 martin 36   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
5348 20 May 10 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
5348 20 May 10 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
4704 11 Dec 08 martin 39   import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
4704 11 Dec 08 martin 40   import="net.sf.basedb.core.User"
4704 11 Dec 08 martin 41   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
4704 11 Dec 08 martin 42   import="net.sf.basedb.core.Include"
4704 11 Dec 08 martin 43   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
4704 11 Dec 08 martin 44   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
4704 11 Dec 08 martin 45   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
4704 11 Dec 08 martin 46   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
4704 11 Dec 08 martin 47   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
4704 11 Dec 08 martin 48   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
4704 11 Dec 08 martin 49   import="net.sf.basedb.core.Project"
4704 11 Dec 08 martin 50   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
4704 11 Dec 08 martin 51   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
4704 11 Dec 08 martin 52   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5050 17 Aug 09 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
4704 11 Dec 08 martin 54   import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
4704 11 Dec 08 martin 55   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4704 11 Dec 08 martin 56   import="net.sf.basedb.util.Values"
5324 28 Apr 10 nicklas 57   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
5348 20 May 10 nicklas 58   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
5324 28 Apr 10 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
4882 03 Apr 09 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4882 03 Apr 09 nicklas 61   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
4882 03 Apr 09 nicklas 62   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
4882 03 Apr 09 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
4882 03 Apr 09 nicklas 65   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
4704 11 Dec 08 martin 66   import="java.util.Collections"
4704 11 Dec 08 martin 67   import="java.util.Date"
4704 11 Dec 08 martin 68   import="java.util.Map"
4704 11 Dec 08 martin 69   import="java.util.Set"
4704 11 Dec 08 martin 70   import="java.util.List"
4704 11 Dec 08 martin 71 %>
4704 11 Dec 08 martin 72 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
4704 11 Dec 08 martin 73 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
4704 11 Dec 08 martin 74 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
4704 11 Dec 08 martin 75 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
4882 03 Apr 09 nicklas 76 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
4704 11 Dec 08 martin 77 <%!
4704 11 Dec 08 martin 78   private static final Item itemType = Item.BIOPLATE;
4704 11 Dec 08 martin 79   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
4704 11 Dec 08 martin 80 %>
4704 11 Dec 08 martin 81 <%
4704 11 Dec 08 martin 82 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
4704 11 Dec 08 martin 83 final String ID = sc.getId();
4704 11 Dec 08 martin 84 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
4704 11 Dec 08 martin 85 final int itemId = cc.getId();
6261 27 Mar 13 nicklas 86 final String tab = Values.getStringOrNull(request.getParameter("tab"));
4704 11 Dec 08 martin 87 final float scale = Base.getScale(sc);
7954 12 May 21 nicklas 88 final DbControl dc = sc.newDbControl(":View "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 89 try
4704 11 Dec 08 martin 90 {
4704 11 Dec 08 martin 91   Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
4704 11 Dec 08 martin 92
4704 11 Dec 08 martin 93   String title = null;
4704 11 Dec 08 martin 94   BioPlate bioplate = BioPlate.getById(dc, itemId);
5549 26 Jan 11 nicklas 95   Item bioMaterialType = bioplate.getBioPlateType().getBioMaterialType();
5348 20 May 10 nicklas 96   PlateGeometry geometry = bioplate.getPlateGeometry();
4704 11 Dec 08 martin 97   
4704 11 Dec 08 martin 98   final boolean writePermission = bioplate.hasPermission(Permission.WRITE);
4704 11 Dec 08 martin 99   final boolean deletePermission = bioplate.hasPermission(Permission.DELETE);
4704 11 Dec 08 martin 100   final boolean sharePermission = bioplate.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
4704 11 Dec 08 martin 101   final boolean setOwnerPermission = bioplate.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
4704 11 Dec 08 martin 102   final boolean isRemoved = bioplate.isRemoved();
4704 11 Dec 08 martin 103   final boolean isUsed = isRemoved && bioplate.isUsed();
4704 11 Dec 08 martin 104   final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
4704 11 Dec 08 martin 105   final boolean isOwner = bioplate.isOwner();
4882 03 Apr 09 nicklas 106   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, bioplate);
7604 25 Feb 19 nicklas 107   ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
5324 28 Apr 10 nicklas 108   Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
4704 11 Dec 08 martin 109   %>
6261 27 Mar 13 nicklas 110   <base:page title="<%=title%>" id="view-page">
6261 27 Mar 13 nicklas 111   <base:head scripts="tabcontrol-2.js,table.js,~bioplates.js" 
5348 20 May 10 nicklas 112     styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css,plate.css">
4882 03 Apr 09 nicklas 113     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
4882 03 Apr 09 nicklas 114     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
4704 11 Dec 08 martin 115   </base:head>
6192 31 Oct 12 nicklas 116   <base:body>
5937 27 Jan 12 nicklas 117     <p:path><p:pathelement 
5937 27 Jan 12 nicklas 118       title="Bioplates" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" /><p:pathelement 
5937 27 Jan 12 nicklas 119       title="<%=HTML.encodeTags(bioplate.getName())%>" /></p:path>
6261 27 Mar 13 nicklas 120     <div id="page-data" data-item-id="<%=itemId%>"></div>
4704 11 Dec 08 martin 121     
5937 27 Jan 12 nicklas 122     <t:tabcontrol id="main" 
5937 27 Jan 12 nicklas 123       subclass="content mastertabcontrol"
6261 27 Mar 13 nicklas 124       active="<%=tab%>">
4704 11 Dec 08 martin 125     <t:tab id="properties" title="Properties">
5937 27 Jan 12 nicklas 126       <div>
6611 20 Nov 14 nicklas 127       <table class="fullform bottomborder">
5937 27 Jan 12 nicklas 128       <tr>
5937 27 Jan 12 nicklas 129         <th class="itemstatus">
4704 11 Dec 08 martin 130           <base:icon 
5946 03 Feb 12 nicklas 131             image="shared.png" 
5937 27 Jan 12 nicklas 132             visible="<%=bioplate.isShared()%>"
5937 27 Jan 12 nicklas 133             tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects"
5937 27 Jan 12 nicklas 134           />
5937 27 Jan 12 nicklas 135           <base:icon 
6261 27 Mar 13 nicklas 136             id="btnDeletePermanently"
5946 03 Feb 12 nicklas 137             image="deleted.png"
5937 27 Jan 12 nicklas 138             tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
5937 27 Jan 12 nicklas 139             enabled="<%=deletePermanentlyPermission %>"
5937 27 Jan 12 nicklas 140             visible="<%=isRemoved%>" 
5937 27 Jan 12 nicklas 141           />
6261 27 Mar 13 nicklas 142           <base:icon
6261 27 Mar 13 nicklas 143             id="btnUsingItems"
6261 27 Mar 13 nicklas 144             image="used.png" 
5937 27 Jan 12 nicklas 145             tooltip="This item is used by other items and can't be permanently deleted. Show the items that are using this one"
5937 27 Jan 12 nicklas 146             visible="<%=isRemoved && isUsed%>" />
5937 27 Jan 12 nicklas 147         </th>
6611 20 Nov 14 nicklas 148         <td style="padding: 0px;" colspan="2">
6605 18 Nov 14 nicklas 149           <tbl:toolbar subclass="bottomborder bg-filled-50">
5937 27 Jan 12 nicklas 150             <tbl:button 
6261 27 Mar 13 nicklas 151               id="btnEdit"
5942 01 Feb 12 nicklas 152               disabled="<%=!writePermission%>" 
5945 02 Feb 12 nicklas 153               image="edit.png" 
5937 27 Jan 12 nicklas 154               title="Edit&hellip;" 
5937 27 Jan 12 nicklas 155               tooltip="<%=writePermission ? "Edit this bioplate" : "You do not have permission to edit this bioplate"%>" 
5937 27 Jan 12 nicklas 156             />
5937 27 Jan 12 nicklas 157             <tbl:button 
6261 27 Mar 13 nicklas 158               id="btnDelete"
5942 01 Feb 12 nicklas 159               disabled="<%=!deletePermission%>" 
5946 03 Feb 12 nicklas 160               image="delete.png" 
5937 27 Jan 12 nicklas 161               title="Delete"
5937 27 Jan 12 nicklas 162               visible="<%=!bioplate.isRemoved()%>"
5937 27 Jan 12 nicklas 163               tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this bioplate" : "You do not have permission to delete this bioplate"%>" 
5937 27 Jan 12 nicklas 164             />
5937 27 Jan 12 nicklas 165             <tbl:button 
6261 27 Mar 13 nicklas 166               id="btnRestore"
5942 01 Feb 12 nicklas 167               disabled="<%=!writePermission%>" 
5946 03 Feb 12 nicklas 168               image="restore.png" 
5937 27 Jan 12 nicklas 169               title="Restore"
5937 27 Jan 12 nicklas 170               visible="<%=bioplate.isRemoved()%>"
5937 27 Jan 12 nicklas 171               tooltip="<%=writePermission ? "Restore this bioplate" : "You do not have permission to restore this bioplate"%>" 
5937 27 Jan 12 nicklas 172             />
5937 27 Jan 12 nicklas 173             <tbl:button 
6261 27 Mar 13 nicklas 174               id="btnShare"
5942 01 Feb 12 nicklas 175               disabled="<%=!sharePermission%>"
5945 02 Feb 12 nicklas 176               image="share.png"
5937 27 Jan 12 nicklas 177               title="Share&hellip;" 
5937 27 Jan 12 nicklas 178               tooltip="<%=sharePermission ? "Share this bioplate to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this bioplate"%>"
5937 27 Jan 12 nicklas 179             />
5937 27 Jan 12 nicklas 180             <tbl:button 
6261 27 Mar 13 nicklas 181               id="btnSetOwner"
5942 01 Feb 12 nicklas 182               disabled="<%=!setOwnerPermission%>"
5937 27 Jan 12 nicklas 183               image="take_ownership.png"
5937 27 Jan 12 nicklas 184               title="Set owner&hellip;"
5937 27 Jan 12 nicklas 185               tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
5937 27 Jan 12 nicklas 186             />
5937 27 Jan 12 nicklas 187             <tbl:button 
6261 27 Mar 13 nicklas 188               id="btnMoveBioMaterial"
5937 27 Jan 12 nicklas 189               image="move_to_plate.png" 
5937 27 Jan 12 nicklas 190               title="Move biomaterial&hellip;" 
5937 27 Jan 12 nicklas 191               tooltip="Move biomaterial on this plate to another plate" 
5937 27 Jan 12 nicklas 192             />
5937 27 Jan 12 nicklas 193             <tbl:button 
6261 27 Mar 13 nicklas 194               id="btnCreateChildBioPlate"
5937 27 Jan 12 nicklas 195               image="add.png" 
5937 27 Jan 12 nicklas 196               title="<%="Create child bioplate" + (bioMaterialType == Item.EXTRACT ? "/bioassay" : "") +"&hellip;"%>" 
5937 27 Jan 12 nicklas 197               tooltip="Create one or more child biomaterial plates" 
5937 27 Jan 12 nicklas 198               visible="<%=bioMaterialType != null%>"
5937 27 Jan 12 nicklas 199             />
5937 27 Jan 12 nicklas 200             <tbl:button 
6261 27 Mar 13 nicklas 201               id="btnImport"
5946 03 Feb 12 nicklas 202               image="import.png" 
6261 27 Mar 13 nicklas 203               data-plugin-type="IMPORT"  
5937 27 Jan 12 nicklas 204               title="Import&hellip;" 
5937 27 Jan 12 nicklas 205               tooltip="Import data" 
5937 27 Jan 12 nicklas 206               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
5937 27 Jan 12 nicklas 207             />
5937 27 Jan 12 nicklas 208             <tbl:button 
6261 27 Mar 13 nicklas 209               id="btnExport"
6261 27 Mar 13 nicklas 210               image="export.png"
6261 27 Mar 13 nicklas 211               data-plugin-type="EXPORT" 
5937 27 Jan 12 nicklas 212               title="Export&hellip;" 
5937 27 Jan 12 nicklas 213               tooltip="Export data" 
5937 27 Jan 12 nicklas 214               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
5937 27 Jan 12 nicklas 215             />
5937 27 Jan 12 nicklas 216             <tbl:button 
6261 27 Mar 13 nicklas 217               id="btnRunPlugin"
6261 27 Mar 13 nicklas 218               image="runplugin.png"  
6261 27 Mar 13 nicklas 219               data-plugin-type="OTHER" 
5937 27 Jan 12 nicklas 220               title="Run plugin&hellip;" 
5937 27 Jan 12 nicklas 221               tooltip="Run a plugin" 
5937 27 Jan 12 nicklas 222               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
5937 27 Jan 12 nicklas 223             />
5937 27 Jan 12 nicklas 224             <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
7604 25 Feb 19 nicklas 225               wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
5937 27 Jan 12 nicklas 226             <tbl:button
5937 27 Jan 12 nicklas 227               image="help.png"
6261 27 Mar 13 nicklas 228               subclass="auto-init"
6261 27 Mar 13 nicklas 229               data-auto-init="help"
6261 27 Mar 13 nicklas 230               data-help-id="plate.view.properties"
5937 27 Jan 12 nicklas 231               title="Help&hellip;"
5937 27 Jan 12 nicklas 232               tooltip="Get help about this page"
5937 27 Jan 12 nicklas 233             />
5937 27 Jan 12 nicklas 234           </tbl:toolbar>
5937 27 Jan 12 nicklas 235         </td>
5937 27 Jan 12 nicklas 236       </tr>
4704 11 Dec 08 martin 237       <tr>
5937 27 Jan 12 nicklas 238         <th>Name</th>
4704 11 Dec 08 martin 239         <td><%=HTML.encodeTags(bioplate.getName())%></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 240         <td rowspan="12" style="width: 50%; vertical-align: top;">
6611 20 Nov 14 nicklas 241         
6611 20 Nov 14 nicklas 242         <table class="plate" style="margin-top: 1em;" id="bioplate">
5348 20 May 10 nicklas 243         <%
5348 20 May 10 nicklas 244         int columns = geometry.getColumns();
5348 20 May 10 nicklas 245         int rows = geometry.getRows();
5348 20 May 10 nicklas 246         WellCoordinateFormatter rowF = new WellCoordinateFormatter(true);
5348 20 May 10 nicklas 247         WellCoordinateFormatter colF = new WellCoordinateFormatter(false);
5348 20 May 10 nicklas 248         %>
6615 24 Nov 14 nicklas 249         <tr>
6615 24 Nov 14 nicklas 250           <td class="bg-filled-100">
6615 24 Nov 14 nicklas 251             <div class="notify" id="wellInfo" style="display:none; width: 20em; min-height: 3em;"></div>
6615 24 Nov 14 nicklas 252           </td>
5348 20 May 10 nicklas 253         <%
5348 20 May 10 nicklas 254         for (int c = 0; c < columns; ++c)
5348 20 May 10 nicklas 255         {
5348 20 May 10 nicklas 256           %>
6611 20 Nov 14 nicklas 257           <td class="columnheader bg-filled-100"><%=colF.format(c)%></td>
5348 20 May 10 nicklas 258           <%
5348 20 May 10 nicklas 259         }
5348 20 May 10 nicklas 260         %>
5348 20 May 10 nicklas 261         </tr>
5348 20 May 10 nicklas 262         <%
5348 20 May 10 nicklas 263         for (int r = 0; r < rows; ++r)
5348 20 May 10 nicklas 264         {
5348 20 May 10 nicklas 265           String row = rowF.format(r);
5348 20 May 10 nicklas 266           %>
6611 20 Nov 14 nicklas 267           <tr><td class="rowheader bg-filled-100"><%=row%></td>
5348 20 May 10 nicklas 268           <%
5348 20 May 10 nicklas 269           for (int c = 0; c < columns; ++c)
5348 20 May 10 nicklas 270           {
5348 20 May 10 nicklas 271             BioWell well = bioplate.getBioWell(r, c);
5937 27 Jan 12 nicklas 272             if (well == null) continue;
5348 20 May 10 nicklas 273             boolean isEmpty = well.isEmpty();
5459 29 Oct 10 nicklas 274             boolean hasBeenUsed = well.hasBeenUsed();
5459 29 Oct 10 nicklas 275             boolean canAddBioMaterial = well.canAddBioMaterial();
5459 29 Oct 10 nicklas 276             boolean canClearBioMaterial = well.canClearBioMaterial();
5538 11 Jan 11 nicklas 277             boolean usePermission = well.hasPermission(Permission.USE);
5538 11 Jan 11 nicklas 278             
5538 11 Jan 11 nicklas 279             boolean deniedBioMaterial = false;
6261 27 Mar 13 nicklas 280             boolean allowEdit = false;
6261 27 Mar 13 nicklas 281             boolean showInfo = false;
5538 11 Jan 11 nicklas 282             
6261 27 Mar 13 nicklas 283             String cls = "well auto-init";
5348 20 May 10 nicklas 284             String tooltip = "";
5538 11 Jan 11 nicklas 285             if (isEmpty)
5348 20 May 10 nicklas 286             {
5348 20 May 10 nicklas 287               cls += " empty";
5538 11 Jan 11 nicklas 288               if (usePermission && canAddBioMaterial)
5348 20 May 10 nicklas 289               {
5538 11 Jan 11 nicklas 290                 // The used is allowed to add biomaterial to the empty well
5538 11 Jan 11 nicklas 291                 cls += " editable";
6261 27 Mar 13 nicklas 292                 allowEdit = true;
5348 20 May 10 nicklas 293                 tooltip = "Add biomaterial to this well";
5348 20 May 10 nicklas 294               }
5538 11 Jan 11 nicklas 295               else if (hasBeenUsed) 
5459 29 Oct 10 nicklas 296               {
5538 11 Jan 11 nicklas 297                 // The well has been used and it is not allowed to add biomaterial
5927 16 Jan 12 nicklas 298                 cls += " wasused";
6261 27 Mar 13 nicklas 299                 showInfo = true;
5538 11 Jan 11 nicklas 300                 tooltip = "This well has already been used";
5459 29 Oct 10 nicklas 301               }
5348 20 May 10 nicklas 302               else
5348 20 May 10 nicklas 303               {
5538 11 Jan 11 nicklas 304                 // The user doesn't have permission to add biomaterial
5538 11 Jan 11 nicklas 305                 cls += " locked";
5538 11 Jan 11 nicklas 306                 tooltip = "You are not allowed to add biomaterial to this well";
5348 20 May 10 nicklas 307               }
5348 20 May 10 nicklas 308             }
5348 20 May 10 nicklas 309             else
5348 20 May 10 nicklas 310             {
5927 16 Jan 12 nicklas 311               cls += " used";
5538 11 Jan 11 nicklas 312               try
5348 20 May 10 nicklas 313               {
5538 11 Jan 11 nicklas 314                 MeasuredBioMaterial bioMaterial = well.getBioMaterial();
6261 27 Mar 13 nicklas 315                 showInfo = true;
5538 11 Jan 11 nicklas 316                 if (usePermission && canClearBioMaterial && bioMaterial.hasPermission(Permission.WRITE))
5538 11 Jan 11 nicklas 317                 {
5538 11 Jan 11 nicklas 318                   // The user is allowed to replace/remove the biomaterial in the well
5538 11 Jan 11 nicklas 319                   cls += " editable";
6261 27 Mar 13 nicklas 320                   allowEdit = true;
5538 11 Jan 11 nicklas 321                   if (canAddBioMaterial)
5538 11 Jan 11 nicklas 322                   {
5538 11 Jan 11 nicklas 323                     // Replace and/or remove
5538 11 Jan 11 nicklas 324                     tooltip = "Change biomaterial in this well";
5538 11 Jan 11 nicklas 325                   }
5538 11 Jan 11 nicklas 326                   else
5538 11 Jan 11 nicklas 327                   {
5538 11 Jan 11 nicklas 328                     // Remove only
5538 11 Jan 11 nicklas 329                     tooltip = "Remove the biomaterial from this well";
5538 11 Jan 11 nicklas 330                   }
5538 11 Jan 11 nicklas 331                 }
5538 11 Jan 11 nicklas 332                 else
5538 11 Jan 11 nicklas 333                 {
5538 11 Jan 11 nicklas 334                   cls += " locked";
5538 11 Jan 11 nicklas 335                   tooltip = "This well is locked for modifications";
5538 11 Jan 11 nicklas 336                 }
5348 20 May 10 nicklas 337               }
5538 11 Jan 11 nicklas 338               catch (PermissionDeniedException ex)
5459 29 Oct 10 nicklas 339               {
5538 11 Jan 11 nicklas 340                 cls += " denied";
5538 11 Jan 11 nicklas 341                 tooltip = "Access denied";
5459 29 Oct 10 nicklas 342               }
5348 20 May 10 nicklas 343             }
5348 20 May 10 nicklas 344             %>
6261 27 Mar 13 nicklas 345             <td class="<%=cls%>" 
6261 27 Mar 13 nicklas 346               id="well.<%=well.getId()%>"
6261 27 Mar 13 nicklas 347               data-auto-init="well"
6261 27 Mar 13 nicklas 348               data-allow-edit="<%=allowEdit ? 1 : 0 %>"
6261 27 Mar 13 nicklas 349               data-show-info="<%=showInfo ? 1 : 0 %>"
6261 27 Mar 13 nicklas 350               data-item-id="<%=well.getId()%>"
6261 27 Mar 13 nicklas 351               data-coordinate="<%=well.getCoordinate()%>"
5348 20 May 10 nicklas 352               title="<%=tooltip%>"></td>
5348 20 May 10 nicklas 353             <%
5348 20 May 10 nicklas 354           }
5348 20 May 10 nicklas 355           %>
5348 20 May 10 nicklas 356           </tr>
5348 20 May 10 nicklas 357           <%
5348 20 May 10 nicklas 358         }
5348 20 May 10 nicklas 359         %>
5348 20 May 10 nicklas 360         </table>
6611 20 Nov 14 nicklas 361         
6611 20 Nov 14 nicklas 362         
6611 20 Nov 14 nicklas 363         </td>
6611 20 Nov 14 nicklas 364       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 365       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 366         <th>Barcode</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 367         <td><%=HTML.encodeTags(bioplate.getBarcode())%></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 368       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 369       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 370         <th>Created</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 371         <td><%=dateFormatter.format(bioplate.getEventDate())%></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 372       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 373       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 374         <th>Registered</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 375         <td><%=dateFormatter.format(bioplate.getEntryDate())%></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 376       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 377       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 378         <th>Destroyed</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 379         <td><%=bioplate.isDestroyed() ? "yes" : "no"%></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 380       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 381       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 382         <th>Bioplate type</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 383         <td><base:propertyvalue item="<%=bioplate%>" property="bioPlateType" /></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 384       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 385       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 386         <th>Geometry</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 387         <td><base:propertyvalue item="<%=bioplate%>" property="plateGeometry" /></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 388       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 389       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 390         <th>Free (total) wells</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 391         <td><%=bioplate.getFreeWells()%> (<%=bioplate.getTotalWells()%>)</td>
6611 20 Nov 14 nicklas 392       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 393       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 394         <th>Storage location</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 395         <td><base:propertyvalue item="<%=bioplate%>" property="freezer" /></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 396       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 397       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 398         <th class="subprompt"></th>
6611 20 Nov 14 nicklas 399         <td>
6611 20 Nov 14 nicklas 400           <b>Section</b>: <%=HTML.encodeTags(Values.getString(bioplate.getSection(), "-")) %>;
6611 20 Nov 14 nicklas 401           <b>Tray</b>: <%=HTML.encodeTags(Values.getString(bioplate.getTray(), "-")) %>;
6611 20 Nov 14 nicklas 402           <b>Position</b>: <%=HTML.encodeTags(Values.getString(bioplate.getPosition(), "-")) %>
6611 20 Nov 14 nicklas 403         </td>
6611 20 Nov 14 nicklas 404       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 405       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 406         <th>Owner</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 407         <td><base:propertyvalue item="<%=bioplate%>" property="owner" /></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 408       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 409       <tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 410         <th>Permissions</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 411         <td><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(bioplate)%></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 412       </tr>
6611 20 Nov 14 nicklas 413       <tr class="dynamic">
6611 20 Nov 14 nicklas 414         <th>Description</th>
6611 20 Nov 14 nicklas 415         <td><%=HTML.niceFormat(bioplate.getDescription())%></td>
6611 20 Nov 14 nicklas 416       </tr>
5937 27 Jan 12 nicklas 417     </table>
5937 27 Jan 12 nicklas 418     </div>
5937 27 Jan 12 nicklas 419       
6611 20 Nov 14 nicklas 420         <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
6611 20 Nov 14 nicklas 421           <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6611 20 Nov 14 nicklas 422           <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6611 20 Nov 14 nicklas 423           <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6611 20 Nov 14 nicklas 424           <jsp:param name="title" value="Other items related to this bioplate" />
6611 20 Nov 14 nicklas 425         </jsp:include>
6611 20 Nov 14 nicklas 426         <jsp:include page="../../common/share/list_share.jsp">
6611 20 Nov 14 nicklas 427           <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6611 20 Nov 14 nicklas 428           <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6611 20 Nov 14 nicklas 429           <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6611 20 Nov 14 nicklas 430           <jsp:param name="title" value="Shared to" />
6611 20 Nov 14 nicklas 431         </jsp:include>
4704 11 Dec 08 martin 432       </t:tab>
4704 11 Dec 08 martin 433       
5935 26 Jan 12 nicklas 434       <t:tab id="annotations" title="Annotations" 
6261 27 Mar 13 nicklas 435         tooltip="View annotation values" clazz="white">
6255 22 Mar 13 nicklas 436         <jsp:include page="../../common/annotations/list_frameset.jsp">
4704 11 Dec 08 martin 437           <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
4704 11 Dec 08 martin 438           <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
4704 11 Dec 08 martin 439           <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
4704 11 Dec 08 martin 440         </jsp:include>
4704 11 Dec 08 martin 441       </t:tab>
5935 26 Jan 12 nicklas 442
4704 11 Dec 08 martin 443       <t:tab id="wells" title="Wells" />
5525 06 Dec 10 nicklas 444       <t:tab id="events" title="Plate events" />
6041 02 Apr 12 nicklas 445       <t:tab id="overview" title="Overview" 
6261 27 Mar 13 nicklas 446         tooltip="Display a tree overview of related items">
6242 25 Feb 13 nicklas 447         <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
6242 25 Feb 13 nicklas 448           <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6242 25 Feb 13 nicklas 449           <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6242 25 Feb 13 nicklas 450           <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6242 25 Feb 13 nicklas 451         </jsp:include>
6041 02 Apr 12 nicklas 452       </t:tab>      
7166 07 Jun 16 nicklas 453       <t:tab id="history" title="History"
7166 07 Jun 16 nicklas 454         tooltip="Displays a log with the history of this item"
6261 27 Mar 13 nicklas 455         visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
6244 25 Feb 13 nicklas 456         <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
6244 25 Feb 13 nicklas 457           <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6244 25 Feb 13 nicklas 458           <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6244 25 Feb 13 nicklas 459           <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6244 25 Feb 13 nicklas 460         </jsp:include>
5050 17 Aug 09 nicklas 461       </t:tab>
5937 27 Jan 12 nicklas 462     </t:tabcontrol>
5937 27 Jan 12 nicklas 463     
4704 11 Dec 08 martin 464   </base:body>
4704 11 Dec 08 martin 465   </base:page>
4704 11 Dec 08 martin 466   <%
4704 11 Dec 08 martin 467 }
4704 11 Dec 08 martin 468 finally
4704 11 Dec 08 martin 469 {
4704 11 Dec 08 martin 470   if (dc != null) dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 471 }
4704 11 Dec 08 martin 472 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)