www/biomaterials/bioplates/wells/list_biowells.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4704 11 Dec 08 martin 1 <%-- $Id$
4704 11 Dec 08 martin 2   ------------------------------------------------------------------
4704 11 Dec 08 martin 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4704 11 Dec 08 martin 5
4704 11 Dec 08 martin 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4704 11 Dec 08 martin 7   Available at http://base.thep.lu.se/
4704 11 Dec 08 martin 8
4704 11 Dec 08 martin 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4704 11 Dec 08 martin 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4704 11 Dec 08 martin 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4704 11 Dec 08 martin 12   of the License, or (at your option) any later version.
4704 11 Dec 08 martin 13
4704 11 Dec 08 martin 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4704 11 Dec 08 martin 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4704 11 Dec 08 martin 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4704 11 Dec 08 martin 17   GNU General Public License for more details.
4704 11 Dec 08 martin 18
4704 11 Dec 08 martin 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4704 11 Dec 08 martin 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4704 11 Dec 08 martin 21   ------------------------------------------------------------------
4704 11 Dec 08 martin 22
4704 11 Dec 08 martin 23   @author Martin
4704 11 Dec 08 martin 24   @version 2.10
4704 11 Dec 08 martin 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
4704 11 Dec 08 martin 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4704 11 Dec 08 martin 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
4704 11 Dec 08 martin 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
4728 14 Jan 09 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Include"
4704 11 Dec 08 martin 31   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
6590 05 Nov 14 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
4704 11 Dec 08 martin 33   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
5262 08 Mar 10 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.BioPlateType"
4704 11 Dec 08 martin 35   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
4704 11 Dec 08 martin 36   import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
5474 03 Nov 10 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
4704 11 Dec 08 martin 38   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
4704 11 Dec 08 martin 39   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
4704 11 Dec 08 martin 40   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
4704 11 Dec 08 martin 41   import="net.sf.basedb.core.Permission"
4704 11 Dec 08 martin 42   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
4704 11 Dec 08 martin 43   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
6590 05 Nov 14 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.Unit"
6590 05 Nov 14 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.Quantity"
4704 11 Dec 08 martin 46   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
4704 11 Dec 08 martin 47   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
4704 11 Dec 08 martin 48   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
4704 11 Dec 08 martin 49   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
4704 11 Dec 08 martin 50   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
4704 11 Dec 08 martin 51   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
6590 05 Nov 14 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
6590 05 Nov 14 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
6590 05 Nov 14 nicklas 54   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
6590 05 Nov 14 nicklas 55   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
6590 05 Nov 14 nicklas 56   import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
4704 11 Dec 08 martin 57   import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
6590 05 Nov 14 nicklas 58   import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
4704 11 Dec 08 martin 59   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5050 17 Aug 09 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
4704 11 Dec 08 martin 61   import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
4704 11 Dec 08 martin 62   import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
4704 11 Dec 08 martin 63   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4704 11 Dec 08 martin 64   import="net.sf.basedb.util.Values"
4704 11 Dec 08 martin 65   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
4858 27 Mar 09 nicklas 66   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
4704 11 Dec 08 martin 67   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
4882 03 Apr 09 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4882 03 Apr 09 nicklas 69   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
4882 03 Apr 09 nicklas 70   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 71   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
4882 03 Apr 09 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 73   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6038 29 Mar 12 nicklas 74   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
7337 12 Apr 17 nicklas 75   import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
4882 03 Apr 09 nicklas 76   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
6590 05 Nov 14 nicklas 77   import="java.util.ArrayList"
4704 11 Dec 08 martin 78   import="java.util.List"
4704 11 Dec 08 martin 79   import="java.util.Map"
4704 11 Dec 08 martin 80   import="java.util.Date"
4704 11 Dec 08 martin 81 %>
4704 11 Dec 08 martin 82 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
4704 11 Dec 08 martin 83 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
4704 11 Dec 08 martin 84 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
4704 11 Dec 08 martin 85 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
4882 03 Apr 09 nicklas 86 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
4704 11 Dec 08 martin 87 <%!
4704 11 Dec 08 martin 88   private static final Item itemType = Item.BIOWELL;
4704 11 Dec 08 martin 89   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
4704 11 Dec 08 martin 90 %>
4704 11 Dec 08 martin 91 <%
5324 28 Apr 10 nicklas 92 final int bioPlateId = Values.getInt(request.getParameter("bioplate_id"));
4704 11 Dec 08 martin 93 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
4704 11 Dec 08 martin 94 final String ID = sc.getId();
4704 11 Dec 08 martin 95 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
4704 11 Dec 08 martin 96
4704 11 Dec 08 martin 97 final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
4704 11 Dec 08 martin 98 final String callback = request.getParameter("callback");
4704 11 Dec 08 martin 99 final String title = mode.generateTitle("biowell", "biowells");
7954 12 May 21 nicklas 100 final DbControl dc = sc.newDbControl(":List "+itemType);
4704 11 Dec 08 martin 101 ItemResultIterator<BioWell> biowells = null;
6590 05 Nov 14 nicklas 102 List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
4704 11 Dec 08 martin 103
4704 11 Dec 08 martin 104 Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
4704 11 Dec 08 martin 105 Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
4704 11 Dec 08 martin 106
4869 31 Mar 09 martin 107 WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
4869 31 Mar 09 martin 108 WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
4869 31 Mar 09 martin 109
4704 11 Dec 08 martin 110 try
4704 11 Dec 08 martin 111 {
5324 28 Apr 10 nicklas 112   final BioPlate bioplate = BioPlate.getById(dc, bioPlateId);
5262 08 Mar 10 nicklas 113   final BioPlateType bioPlateType = bioplate.getBioPlateType();
4704 11 Dec 08 martin 114   final boolean createPermission = bioplate.hasPermission(Permission.WRITE);
4704 11 Dec 08 martin 115   final boolean deletePermission = createPermission;
5459 29 Oct 10 nicklas 116   final BioWell.LockMode lockMode = bioPlateType.getLockMode();
6590 05 Nov 14 nicklas 117   final Item bioMaterialType = bioPlateType.getBioMaterialType();
4704 11 Dec 08 martin 118
4869 31 Mar 09 martin 119   Enumeration<String, String> rows = new Enumeration<String,String>();
6497 26 Jun 14 nicklas 120   for (int r = 0; r < bioplate.getPlateGeometry().getRows() && r < 256; r++)
4869 31 Mar 09 martin 121   {
4869 31 Mar 09 martin 122     rows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
4869 31 Mar 09 martin 123   }
4869 31 Mar 09 martin 124   
6497 26 Jun 14 nicklas 125   Enumeration<String, String> columns = new Enumeration<String,String>();
6497 26 Jun 14 nicklas 126   for (int c = 0; c < bioplate.getPlateGeometry().getColumns() && c < 256; c++)
6497 26 Jun 14 nicklas 127   {
6497 26 Jun 14 nicklas 128     columns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
6497 26 Jun 14 nicklas 129   }
6497 26 Jun 14 nicklas 130   
4704 11 Dec 08 martin 131   Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
6590 05 Nov 14 nicklas 132   Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
6590 05 Nov 14 nicklas 133   Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
6590 05 Nov 14 nicklas 134
6590 05 Nov 14 nicklas 135   SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
7337 12 Apr 17 nicklas 136   ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
6590 05 Nov 14 nicklas 137   if (bioMaterialType != null)
6590 05 Nov 14 nicklas 138   {
6590 05 Nov 14 nicklas 139     final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(bioMaterialType);
6590 05 Nov 14 nicklas 140     for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
6590 05 Nov 14 nicklas 141     {
6590 05 Nov 14 nicklas 142       annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
6590 05 Nov 14 nicklas 143     }
6590 05 Nov 14 nicklas 144   }
6590 05 Nov 14 nicklas 145
7914 23 Feb 21 nicklas 146   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, bioplate);
4704 11 Dec 08 martin 147   try
4704 11 Dec 08 martin 148   {
7914 23 Feb 21 nicklas 149     final ItemQuery<BioWell> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, bioplate.getBioWells(), mode);
5474 03 Nov 10 nicklas 150     query.join(Hql.leftJoin(null, "bioMaterial", "mbm", null, true));
5474 03 Nov 10 nicklas 151     query.join(Hql.leftJoin("mbm", "creationEvent", "evt", null, true));
6590 05 Nov 14 nicklas 152     query.join(Hql.leftJoin("mbm", "owner", "usr", null, false));
6590 05 Nov 14 nicklas 153     query.join(Hql.leftJoin("evt", "protocol", "pcl", null, false));
4704 11 Dec 08 martin 154     if (!"row".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("row")));
4704 11 Dec 08 martin 155     if (!"column".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("column")));
4704 11 Dec 08 martin 156     biowells = query.iterate(dc);
4704 11 Dec 08 martin 157   }
4704 11 Dec 08 martin 158   catch (Throwable t)
4704 11 Dec 08 martin 159   {
4704 11 Dec 08 martin 160     cc.setMessage(t.getMessage());
4704 11 Dec 08 martin 161     t.printStackTrace();
4704 11 Dec 08 martin 162   }
4704 11 Dec 08 martin 163   int numListed = 0;
7604 25 Feb 19 nicklas 164   ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 165   ExtensionsInvoker<ListColumnAction<BioWell,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
4704 11 Dec 08 martin 166   %>
6260 27 Mar 13 nicklas 167   <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
6260 27 Mar 13 nicklas 168   <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~biowells.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
4882 03 Apr 09 nicklas 169     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
4882 03 Apr 09 nicklas 170     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
4704 11 Dec 08 martin 171   </base:head>
4704 11 Dec 08 martin 172   <base:body>
4731 20 Jan 09 martin 173     <%
4731 20 Jan 09 martin 174     if (!mode.isSelectionMode())
4731 20 Jan 09 martin 175     {
4731 20 Jan 09 martin 176       %>
5951 09 Feb 12 nicklas 177       <p:path><p:pathelement 
5951 09 Feb 12 nicklas 178         title="Bioplates" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
5951 09 Feb 12 nicklas 179         /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioplate.getName())%>" 
5951 09 Feb 12 nicklas 180         /></p:path>
4731 20 Jan 09 martin 181       <%
4731 20 Jan 09 martin 182     }
5951 09 Feb 12 nicklas 183     else
5951 09 Feb 12 nicklas 184     {
5951 09 Feb 12 nicklas 185       %>
5951 09 Feb 12 nicklas 186       <h1><%=title%></h1>
5951 09 Feb 12 nicklas 187       <%
5951 09 Feb 12 nicklas 188     }
4731 20 Jan 09 martin 189     %>
5951 09 Feb 12 nicklas 190     <t:tabcontrol 
5951 09 Feb 12 nicklas 191       id="main"
5951 09 Feb 12 nicklas 192       subclass="content mastertabcontrol"
6260 27 Mar 13 nicklas 193       active="biowells" 
5951 09 Feb 12 nicklas 194       notabs="<%=mode.isSelectionMode()%>"
5951 09 Feb 12 nicklas 195       >
4704 11 Dec 08 martin 196     <t:tab id="properties" title="Properties" />
4729 14 Jan 09 martin 197     <t:tab id="annotations" title="Annotations" />        
5324 28 Apr 10 nicklas 198     <t:tab id="biowells" title="Wells">
4704 11 Dec 08 martin 199     <tbl:table 
4704 11 Dec 08 martin 200       id="biowells" 
4704 11 Dec 08 martin 201       columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
4704 11 Dec 08 martin 202       sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
4704 11 Dec 08 martin 203       direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
4704 11 Dec 08 martin 204       action="index.jsp"
4704 11 Dec 08 martin 205       sc="<%=sc%>"
4704 11 Dec 08 martin 206       item="<%=itemType%>"
6701 30 Jan 15 nicklas 207       filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
5951 09 Feb 12 nicklas 208       subclass="fulltable"
7982 14 Jun 21 nicklas 209       stickyheaders="<%=cc.getSetting("columns.sticky", null)%>"
4704 11 Dec 08 martin 210       >
4704 11 Dec 08 martin 211       <tbl:hidden 
4704 11 Dec 08 martin 212         name="mode" 
4704 11 Dec 08 martin 213         value="<%=mode.getName()%>" 
4704 11 Dec 08 martin 214       />
4704 11 Dec 08 martin 215       <tbl:hidden 
4704 11 Dec 08 martin 216         name="bioplate_id" 
5324 28 Apr 10 nicklas 217         value="<%=String.valueOf(bioPlateId)%>" 
4704 11 Dec 08 martin 218       />
4704 11 Dec 08 martin 219       <tbl:hidden 
4704 11 Dec 08 martin 220         name="callback" 
4704 11 Dec 08 martin 221         value="<%=callback%>" 
4704 11 Dec 08 martin 222         skip="<%=callback == null%>" 
4704 11 Dec 08 martin 223       />
4704 11 Dec 08 martin 224       <tbl:columndef 
4704 11 Dec 08 martin 225         id="row"
4704 11 Dec 08 martin 226         property="row"
4704 11 Dec 08 martin 227         datatype="int"
4704 11 Dec 08 martin 228         title="Row"
4704 11 Dec 08 martin 229         sortable="true" 
4704 11 Dec 08 martin 230         filterable="true"
4869 31 Mar 09 martin 231         enumeration="<%=rows%>"
4704 11 Dec 08 martin 232         exportable="true"
4704 11 Dec 08 martin 233         show="always" 
4869 31 Mar 09 martin 234         formatter="<%=rowFormatter%>"
4704 11 Dec 08 martin 235       />
4704 11 Dec 08 martin 236       <tbl:columndef 
4704 11 Dec 08 martin 237         id="column"
4704 11 Dec 08 martin 238         property="column"
4704 11 Dec 08 martin 239         datatype="int"
4704 11 Dec 08 martin 240         title="Column"
4704 11 Dec 08 martin 241         sortable="true" 
4704 11 Dec 08 martin 242         filterable="true"
6497 26 Jun 14 nicklas 243         enumeration="<%=columns%>"
4704 11 Dec 08 martin 244         exportable="true"
4704 11 Dec 08 martin 245         show="always" 
4869 31 Mar 09 martin 246         formatter="<%=columnFormatter%>"
4704 11 Dec 08 martin 247       />
4704 11 Dec 08 martin 248       <tbl:columndef 
4704 11 Dec 08 martin 249         id="id"
4704 11 Dec 08 martin 250         clazz="uniquecol"
4704 11 Dec 08 martin 251         property="id"
4704 11 Dec 08 martin 252         datatype="int"
4704 11 Dec 08 martin 253         title="ID"
4704 11 Dec 08 martin 254         sortable="true"
4704 11 Dec 08 martin 255         filterable="true"
4704 11 Dec 08 martin 256         exportable="true"
4729 14 Jan 09 martin 257       />  
4704 11 Dec 08 martin 258       <tbl:columndef 
4704 11 Dec 08 martin 259         id="bioMaterial.name"
5474 03 Nov 10 nicklas 260         property="$mbm.name"
6076 31 Jul 12 nicklas 261         exportproperty="bioMaterial.name"
4704 11 Dec 08 martin 262         datatype="string"
6590 05 Nov 14 nicklas 263         title="Name"
4704 11 Dec 08 martin 264         sortable="true" 
4704 11 Dec 08 martin 265         filterable="true"
4704 11 Dec 08 martin 266         exportable="true"
4704 11 Dec 08 martin 267       />
4704 11 Dec 08 martin 268       <tbl:columndef 
6590 05 Nov 14 nicklas 269         id="bioMaterial.externalId"
6590 05 Nov 14 nicklas 270         property="$mbm.externalId"
6590 05 Nov 14 nicklas 271         exportproperty="bioMaterial.externalId"
4704 11 Dec 08 martin 272         datatype="string"
6590 05 Nov 14 nicklas 273         title="External id"
4704 11 Dec 08 martin 274         sortable="true" 
6590 05 Nov 14 nicklas 275         filterable="true"
4704 11 Dec 08 martin 276         exportable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 277       />      
6590 05 Nov 14 nicklas 278       <tbl:columndef 
6590 05 Nov 14 nicklas 279         id="bioMaterial.originalQuantity"
6590 05 Nov 14 nicklas 280         property="$mbm.originalQuantity"
6590 05 Nov 14 nicklas 281         exportproperty="bioMaterial.originalQuantity"
6590 05 Nov 14 nicklas 282         datatype="float"
6590 05 Nov 14 nicklas 283         title="Original quantity (µg)"
6590 05 Nov 14 nicklas 284         sortable="true" 
6590 05 Nov 14 nicklas 285         filterable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 286         exportable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 287         unit="<%=microGram%>"
6590 05 Nov 14 nicklas 288         formatter="<%=numericFormatter%>"
4704 11 Dec 08 martin 289       />
4704 11 Dec 08 martin 290       <tbl:columndef 
6590 05 Nov 14 nicklas 291         id="bioMaterial.remainingQuantity"
6590 05 Nov 14 nicklas 292         property="$mbm.remainingQuantity"
6590 05 Nov 14 nicklas 293         exportproperty="bioMaterial.remainingQuantity"
6590 05 Nov 14 nicklas 294         datatype="float"
6590 05 Nov 14 nicklas 295         title="Remaining quantity (µg)"
6590 05 Nov 14 nicklas 296         sortable="true" 
6590 05 Nov 14 nicklas 297         filterable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 298         exportable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 299         unit="<%=microGram%>"
6590 05 Nov 14 nicklas 300         formatter="<%=numericFormatter%>"
6590 05 Nov 14 nicklas 301       />
6590 05 Nov 14 nicklas 302       <tbl:columndef 
6590 05 Nov 14 nicklas 303         id="bioMaterial.protocol"
6590 05 Nov 14 nicklas 304         property="$evt.protocol"
6590 05 Nov 14 nicklas 305         sortproperty="$pcl.name"
6590 05 Nov 14 nicklas 306         filterproperty="$pcl.name"
6590 05 Nov 14 nicklas 307         exportproperty="bioMaterial.creationEvent.protocol.name"
6590 05 Nov 14 nicklas 308         datatype="string"
6590 05 Nov 14 nicklas 309         title="Protocol"
6590 05 Nov 14 nicklas 310         sortable="true" 
6590 05 Nov 14 nicklas 311         filterable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 312         exportable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 313       />
6590 05 Nov 14 nicklas 314       <tbl:columndef 
4704 11 Dec 08 martin 315         id="bioMaterial.entryDate"
5474 03 Nov 10 nicklas 316         property="$evt.entryDate"
6076 31 Jul 12 nicklas 317         exportproperty="bioMaterial.creationEvent.entryDate"
4704 11 Dec 08 martin 318         datatype="date"
6590 05 Nov 14 nicklas 319         title="Registered"
4704 11 Dec 08 martin 320         sortable="true" 
4704 11 Dec 08 martin 321         filterable="true"
4704 11 Dec 08 martin 322         exportable="true"
4704 11 Dec 08 martin 323         formatter="<%=dateFormatter%>"
4704 11 Dec 08 martin 324       />
6590 05 Nov 14 nicklas 325       <tbl:columndef 
6590 05 Nov 14 nicklas 326         id="bioMaterial.eventDate"
6590 05 Nov 14 nicklas 327         property="$evt.eventDate"
6590 05 Nov 14 nicklas 328         exportproperty="bioMaterial.creationEvent.eventDate"
6590 05 Nov 14 nicklas 329         datatype="date"
6590 05 Nov 14 nicklas 330         title="Created"
6590 05 Nov 14 nicklas 331         sortable="true" 
6590 05 Nov 14 nicklas 332         filterable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 333         exportable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 334         formatter="<%=dateFormatter%>"
6590 05 Nov 14 nicklas 335       />
6590 05 Nov 14 nicklas 336       <tbl:columndef 
6590 05 Nov 14 nicklas 337         id="bioMaterial.owner"
6590 05 Nov 14 nicklas 338         property="$usr.name"
6590 05 Nov 14 nicklas 339         exportproperty="bioMaterial.owner.name"
6590 05 Nov 14 nicklas 340         datatype="string"
6590 05 Nov 14 nicklas 341         title="Owner"
6590 05 Nov 14 nicklas 342         sortable="true" 
6590 05 Nov 14 nicklas 343         filterable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 344         exportable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 345       />
6590 05 Nov 14 nicklas 346       <tbl:columndef 
6590 05 Nov 14 nicklas 347         id="bioMaterial.description"
6590 05 Nov 14 nicklas 348         property="$mbm.description"
6590 05 Nov 14 nicklas 349         exportproperty="bioMaterial.description"
6590 05 Nov 14 nicklas 350         datatype="string"
6590 05 Nov 14 nicklas 351         title="Description" 
6590 05 Nov 14 nicklas 352         sortable="true" 
6590 05 Nov 14 nicklas 353         filterable="true" 
6590 05 Nov 14 nicklas 354         exportable="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 355       />
4704 11 Dec 08 martin 356       <tbl:columndef
6756 20 Feb 15 nicklas 357         id="itemList"
6756 20 Feb 15 nicklas 358         property="$mbm.§itemLists"
4728 14 Jan 09 nicklas 359         datatype="int"
6756 20 Feb 15 nicklas 360         title="Item list"
4728 14 Jan 09 nicklas 361         filterable="true"
6756 20 Feb 15 nicklas 362         enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, bioMaterialType, cc.getInclude())%>"
4728 14 Jan 09 nicklas 363       />
5459 29 Oct 10 nicklas 364       <tbl:columndef 
5459 29 Oct 10 nicklas 365         id="originalBioMaterial.name"
5459 29 Oct 10 nicklas 366         property="originalBioMaterial.name"
5459 29 Oct 10 nicklas 367         datatype="string"
6590 05 Nov 14 nicklas 368         title="Original biomaterial"
5459 29 Oct 10 nicklas 369         sortable="true" 
5459 29 Oct 10 nicklas 370         filterable="true"
5459 29 Oct 10 nicklas 371         exportable="true"
5459 29 Oct 10 nicklas 372       />
6590 05 Nov 14 nicklas 373       <%
6590 05 Nov 14 nicklas 374       for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
6590 05 Nov 14 nicklas 375       {
6590 05 Nov 14 nicklas 376         AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
6590 05 Nov 14 nicklas 377         Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
7605 26 Feb 19 nicklas 378         Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
6590 05 Nov 14 nicklas 379         if (at.isEnumeration())
6590 05 Nov 14 nicklas 380         {
6590 05 Nov 14 nicklas 381           annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
6784 18 Mar 15 nicklas 382           if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
6590 05 Nov 14 nicklas 383           List<?> values = at.getValues();
6590 05 Nov 14 nicklas 384           for (Object value : values)
6590 05 Nov 14 nicklas 385           {
6590 05 Nov 14 nicklas 386             String encoded = formatter.format(value);
6590 05 Nov 14 nicklas 387             annotationEnum.add(encoded, encoded);
6590 05 Nov 14 nicklas 388           }
6590 05 Nov 14 nicklas 389         }
6590 05 Nov 14 nicklas 390         %>
6590 05 Nov 14 nicklas 391         <tbl:columndef 
6590 05 Nov 14 nicklas 392           id="<%="at"+at.getId()%>"
6590 05 Nov 14 nicklas 393           title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
6590 05 Nov 14 nicklas 394           property="<%="$mbm.#"+at.getId()%>"
6590 05 Nov 14 nicklas 395           annotation="true"
6590 05 Nov 14 nicklas 396           datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
6590 05 Nov 14 nicklas 397           enumeration="<%=annotationEnum%>"
6590 05 Nov 14 nicklas 398           smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
6590 05 Nov 14 nicklas 399           sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
6590 05 Nov 14 nicklas 400           filterable="true" 
6590 05 Nov 14 nicklas 401           exportable="false"
6590 05 Nov 14 nicklas 402           formatter="<%=formatter%>"
6590 05 Nov 14 nicklas 403           unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
6590 05 Nov 14 nicklas 404         />
6590 05 Nov 14 nicklas 405         <%
6590 05 Nov 14 nicklas 406       }
6590 05 Nov 14 nicklas 407       %>
6038 29 Mar 12 nicklas 408       <tbl:columndef 
6038 29 Mar 12 nicklas 409         id="xt-columns" 
6038 29 Mar 12 nicklas 410         extensions="<%=columnsInvoker%>" 
6038 29 Mar 12 nicklas 411         jspcontext="<%=jspContext%>" 
6038 29 Mar 12 nicklas 412       />
6604 18 Nov 14 nicklas 413       <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
5951 09 Feb 12 nicklas 414         <tbl:toolbar
5951 09 Feb 12 nicklas 415           visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
5951 09 Feb 12 nicklas 416           subclass="bottomborder"
5951 09 Feb 12 nicklas 417           >
5951 09 Feb 12 nicklas 418           <tbl:button 
6260 27 Mar 13 nicklas 419             id="btnColumns"
5951 09 Feb 12 nicklas 420             image="columns.png" 
5951 09 Feb 12 nicklas 421             title="Columns&hellip;" 
5951 09 Feb 12 nicklas 422             tooltip="Show, hide and re-order columns" 
5951 09 Feb 12 nicklas 423           />
5951 09 Feb 12 nicklas 424           <tbl:button 
6260 27 Mar 13 nicklas 425             id="btnImport"
6260 27 Mar 13 nicklas 426             data-plugin-type="IMPORT"
5951 09 Feb 12 nicklas 427             image="import.png" 
5951 09 Feb 12 nicklas 428             title="Import&hellip;" 
5951 09 Feb 12 nicklas 429             tooltip="Import data" 
5951 09 Feb 12 nicklas 430             visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
5951 09 Feb 12 nicklas 431           />
5951 09 Feb 12 nicklas 432           <tbl:button 
6260 27 Mar 13 nicklas 433             id="btnExport"
6260 27 Mar 13 nicklas 434             data-plugin-type="EXPORT"
5951 09 Feb 12 nicklas 435             image="export.png" 
5951 09 Feb 12 nicklas 436             title="Export&hellip;" 
5951 09 Feb 12 nicklas 437             tooltip="Export data" 
5951 09 Feb 12 nicklas 438             visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
5951 09 Feb 12 nicklas 439           />
5951 09 Feb 12 nicklas 440           <tbl:button 
6260 27 Mar 13 nicklas 441             id="btnRunPlugin"
6260 27 Mar 13 nicklas 442             data-plugin-type="OTHER"
5951 09 Feb 12 nicklas 443             image="runplugin.png" 
5951 09 Feb 12 nicklas 444             title="Run plugin&hellip;" 
5951 09 Feb 12 nicklas 445             tooltip="Run a plugin" 
5951 09 Feb 12 nicklas 446             visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
5951 09 Feb 12 nicklas 447           />
5951 09 Feb 12 nicklas 448           <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
7604 25 Feb 19 nicklas 449             wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
5951 09 Feb 12 nicklas 450         </tbl:toolbar>
5951 09 Feb 12 nicklas 451         <tbl:panel>
6182 23 Oct 12 nicklas 452           <tbl:presetselector />
5951 09 Feb 12 nicklas 453           <tbl:navigator
5951 09 Feb 12 nicklas 454             page="<%=cc.getPage()%>" 
5951 09 Feb 12 nicklas 455             rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
5951 09 Feb 12 nicklas 456             totalrows="<%=biowells == null ? 0 : biowells.getTotalCount()%>" 
5951 09 Feb 12 nicklas 457             visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
5951 09 Feb 12 nicklas 458           />
5951 09 Feb 12 nicklas 459         </tbl:panel>
5951 09 Feb 12 nicklas 460       </div>
4704 11 Dec 08 martin 461       <tbl:data>
5948 08 Feb 12 nicklas 462         <tbl:headers>
5948 08 Feb 12 nicklas 463           <tbl:headerrow>
7943 04 May 21 nicklas 464             <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100" />
5948 08 Feb 12 nicklas 465             <tbl:columnheaders />
5948 08 Feb 12 nicklas 466           </tbl:headerrow>
6701 30 Jan 15 nicklas 467           <%
6701 30 Jan 15 nicklas 468           int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
6701 30 Jan 15 nicklas 469           int numRows = cc.getFilterRows();
6701 30 Jan 15 nicklas 470           for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
6701 30 Jan 15 nicklas 471           {
6701 30 Jan 15 nicklas 472             boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
6701 30 Jan 15 nicklas 473             %>
6701 30 Jan 15 nicklas 474             <tbl:headerrow>
7943 04 May 21 nicklas 475               <tbl:header subclass="row-index bg-filled-100">
7943 04 May 21 nicklas 476                 <div class="index-<%=mode.getName()%>">
7943 04 May 21 nicklas 477                   <div class="index"></div>
7943 04 May 21 nicklas 478                   <div class="check">
7943 04 May 21 nicklas 479                     <base:icon 
7943 04 May 21 nicklas 480                       subclass="link table-check"
7943 04 May 21 nicklas 481                       image="check_uncheck.png" 
7943 04 May 21 nicklas 482                       tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
7943 04 May 21 nicklas 483                       visible="<%=lastRow && mode.hasCheck()%>"
7943 04 May 21 nicklas 484                     />
7943 04 May 21 nicklas 485                   </div>
7943 04 May 21 nicklas 486                   <div class="icons">
7943 04 May 21 nicklas 487                     <base:icon
7943 04 May 21 nicklas 488                       subclass="link table-filter-row-action"
7943 04 May 21 nicklas 489                       image="add.png"
7943 04 May 21 nicklas 490                       tooltip="Add extra filter row"
7943 04 May 21 nicklas 491                       visible="<%=lastRow%>"
7943 04 May 21 nicklas 492                     /><base:icon
7943 04 May 21 nicklas 493                       subclass="link table-filter-row-action"
7943 04 May 21 nicklas 494                       image="remove.png"
7943 04 May 21 nicklas 495                       tooltip="Remove this filter row"
7943 04 May 21 nicklas 496                       visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
7943 04 May 21 nicklas 497                       data-remove-row="<%=filterNo%>"
7943 04 May 21 nicklas 498                     />
7943 04 May 21 nicklas 499                   </div>
7943 04 May 21 nicklas 500                 </div>
6701 30 Jan 15 nicklas 501               </tbl:header>
6701 30 Jan 15 nicklas 502               <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
6701 30 Jan 15 nicklas 503             </tbl:headerrow>
6701 30 Jan 15 nicklas 504             <%
6701 30 Jan 15 nicklas 505           }
6701 30 Jan 15 nicklas 506           %>
7913 22 Feb 21 nicklas 507           <tbl:columnsubtitles />
5948 08 Feb 12 nicklas 508         </tbl:headers>
5948 08 Feb 12 nicklas 509         <tbl:rows>
4704 11 Dec 08 martin 510           <%
5951 09 Feb 12 nicklas 511           if (cc.getMessage() != null)
5951 09 Feb 12 nicklas 512           {
5951 09 Feb 12 nicklas 513             %>
6604 18 Nov 14 nicklas 514             <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
5951 09 Feb 12 nicklas 515               <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
5951 09 Feb 12 nicklas 516             </tbl:panel>
5951 09 Feb 12 nicklas 517             <%
5951 09 Feb 12 nicklas 518             cc.setMessage(null);
5951 09 Feb 12 nicklas 519           }
4704 11 Dec 08 martin 520           int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
4704 11 Dec 08 martin 521           int selectedItemId = cc.getId();
4704 11 Dec 08 martin 522           if (biowells != null)
4704 11 Dec 08 martin 523           {            
4704 11 Dec 08 martin 524             while (biowells.hasNext())
4704 11 Dec 08 martin 525             {
4704 11 Dec 08 martin 526               BioWell item = biowells.next();
4704 11 Dec 08 martin 527               int itemId = item.getId();
5709 26 Aug 11 nicklas 528               String coordinate = rowFormatter.format(item.getRow()) + columnFormatter.format(item.getColumn());
4704 11 Dec 08 martin 529               index++;
4704 11 Dec 08 martin 530               numListed++;
5474 03 Nov 10 nicklas 531               MeasuredBioMaterial bioMaterial = null;
5474 03 Nov 10 nicklas 532               BioMaterialEvent creationEvent = null;
6540 26 Sep 14 nicklas 533               boolean editWellPermission = item.hasPermission(Permission.USE);
5474 03 Nov 10 nicklas 534               try
5474 03 Nov 10 nicklas 535               {
5474 03 Nov 10 nicklas 536                 bioMaterial = item.getBioMaterial();
5474 03 Nov 10 nicklas 537                 if (bioMaterial != null)
5474 03 Nov 10 nicklas 538                 {
5474 03 Nov 10 nicklas 539                   creationEvent = bioMaterial.getCreationEvent();
6540 26 Sep 14 nicklas 540                   editWellPermission &= bioMaterial.hasPermission(Permission.WRITE) && !bioMaterial.isLockedInWell();
5474 03 Nov 10 nicklas 541                 }
5474 03 Nov 10 nicklas 542                 else
5474 03 Nov 10 nicklas 543                 {
6540 26 Sep 14 nicklas 544                   editWellPermission &= item.canAddBioMaterial();
5474 03 Nov 10 nicklas 545                 }
5474 03 Nov 10 nicklas 546               }
5474 03 Nov 10 nicklas 547               catch (PermissionDeniedException ex)
5474 03 Nov 10 nicklas 548               {
5474 03 Nov 10 nicklas 549                 editWellPermission = false;
5474 03 Nov 10 nicklas 550               }
4704 11 Dec 08 martin 551               %>
4704 11 Dec 08 martin 552               <tbl:row>
7943 04 May 21 nicklas 553                 <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
7943 04 May 21 nicklas 554                   <div class="index-<%=mode.getName()%>">
7943 04 May 21 nicklas 555                     <div class="index <%=index>999?"index-smaller":""%>"><%=index%></div>
7943 04 May 21 nicklas 556                     <div class="check">
7943 04 May 21 nicklas 557                       <base:input
7943 04 May 21 nicklas 558                         type="checkbox" 
7943 04 May 21 nicklas 559                         name="<%=itemId%>" 
7943 04 May 21 nicklas 560                         value="<%=itemId%>" 
7943 04 May 21 nicklas 561                         title="<%=coordinate%>" 
7943 04 May 21 nicklas 562                         checked="<%=cc.getSelected().contains(itemId)%>"
7943 04 May 21 nicklas 563                         visible="<%=mode.hasCheck()%>"
7943 04 May 21 nicklas 564                       />
7943 04 May 21 nicklas 565                       <base:input 
7943 04 May 21 nicklas 566                         type="radio" 
7943 04 May 21 nicklas 567                         name="item_id" 
7943 04 May 21 nicklas 568                         value="<%=itemId%>" 
7943 04 May 21 nicklas 569                         title="<%=coordinate%>" 
7943 04 May 21 nicklas 570                         checked="<%=selectedItemId == itemId%>"
7943 04 May 21 nicklas 571                         visible="<%=mode.hasRadio()%>"
7943 04 May 21 nicklas 572                       />
7943 04 May 21 nicklas 573                     </div>
7943 04 May 21 nicklas 574                     <div class="icons">
7943 04 May 21 nicklas 575                     </div>
7943 04 May 21 nicklas 576                   </div>
7943 04 May 21 nicklas 577                 </tbl:header>
4729 14 Jan 09 martin 578                 <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
4729 14 Jan 09 martin 579                 <tbl:cell column="row">
4704 11 Dec 08 martin 580                   <%
4729 14 Jan 09 martin 581                   if (mode.isSelectionMode())
4729 14 Jan 09 martin 582                   {
4729 14 Jan 09 martin 583                     %>
6260 27 Mar 13 nicklas 584                     <div 
6260 27 Mar 13 nicklas 585                       class="link table-item"
6260 27 Mar 13 nicklas 586                       data-item-id="<%=itemId%>"
6260 27 Mar 13 nicklas 587                       tabindex="0"
6260 27 Mar 13 nicklas 588                       title="Select this item">
4858 27 Mar 09 nicklas 589                       <tbl:cellvalue value="<%=item.getRow()%>" />
4729 14 Jan 09 martin 590                     </div>
4729 14 Jan 09 martin 591                   <%
4729 14 Jan 09 martin 592                   }
4858 27 Mar 09 nicklas 593                   else
4858 27 Mar 09 nicklas 594                   {
4858 27 Mar 09 nicklas 595                     %><tbl:cellvalue value="<%=item.getRow()%>" /><%
4858 27 Mar 09 nicklas 596                   }
4858 27 Mar 09 nicklas 597                   %>
4729 14 Jan 09 martin 598                 </tbl:cell>
4858 27 Mar 09 nicklas 599                 <tbl:cell column="column" value="<%=item.getColumn()%>" />
5474 03 Nov 10 nicklas 600                 <tbl:cell column="bioMaterial.name">
4731 20 Jan 09 martin 601                   <base:propertyvalue 
4731 20 Jan 09 martin 602                       item="<%=item%>" 
4731 20 Jan 09 martin 603                       property="bioMaterial"
5262 08 Mar 10 nicklas 604                       enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
4731 20 Jan 09 martin 605                       enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
4731 20 Jan 09 martin 606                   />
4731 20 Jan 09 martin 607                   <base:icon 
5262 08 Mar 10 nicklas 608                     visible="<%=editWellPermission%>"
6260 27 Mar 13 nicklas 609                     subclass="link auto-init"
6260 27 Mar 13 nicklas 610                     data-auto-init="item-link" 
6260 27 Mar 13 nicklas 611                     data-item-type="BIOWELL" 
6260 27 Mar 13 nicklas 612                     data-item-id="<%=itemId %>"
5945 02 Feb 12 nicklas 613                     image="edit.png"
5459 29 Oct 10 nicklas 614                     tooltip="<%=bioMaterial == null ? "Add biomaterial to this well" : "Change the biomaterial in this well"%>"
5262 08 Mar 10 nicklas 615                   />
5262 08 Mar 10 nicklas 616                   <base:icon 
5459 29 Oct 10 nicklas 617                     visible="<%=!editWellPermission%>"
5946 03 Feb 12 nicklas 618                     image="locked.png"
5459 29 Oct 10 nicklas 619                     tooltip="<%=item.hasBeenUsed() ? "This well has already been used" : "This well is locked for modification"%>"
5262 08 Mar 10 nicklas 620                   />
4729 14 Jan 09 martin 621                 </tbl:cell>
6590 05 Nov 14 nicklas 622                 <tbl:cell column="bioMaterial.owner"
6590 05 Nov 14 nicklas 623                   ><base:propertyvalue 
6590 05 Nov 14 nicklas 624                     item="<%=bioMaterial%>" 
6590 05 Nov 14 nicklas 625                     property="owner"
6590 05 Nov 14 nicklas 626                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
6590 05 Nov 14 nicklas 627                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"  
6590 05 Nov 14 nicklas 628                   /></tbl:cell>
6590 05 Nov 14 nicklas 629                 <tbl:cell column="bioMaterial.description"><base:propertyvalue item="<%=bioMaterial%>" property="description"/></tbl:cell>
6590 05 Nov 14 nicklas 630                 <tbl:cell column="bioMaterial.protocol"><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="protocol"/></tbl:cell>
5474 03 Nov 10 nicklas 631                 <tbl:cell column="bioMaterial.entryDate" value="<%=creationEvent == null ? null : creationEvent.getEntryDate() %>" />
6590 05 Nov 14 nicklas 632                 <tbl:cell column="bioMaterial.eventDate" value="<%=creationEvent == null ? null : creationEvent.getEntryDate() %>" />
6590 05 Nov 14 nicklas 633                 <tbl:cell column="bioMaterial.externalId"><%=HTML.encodeTags(bioMaterial == null ? null : bioMaterial.getExternalId())%></tbl:cell>                
6590 05 Nov 14 nicklas 634                 <tbl:cell column="bioMaterial.originalQuantity" value="<%=bioMaterial == null ? null : bioMaterial.getOriginalQuantity()%>" />
6590 05 Nov 14 nicklas 635                 <tbl:cell column="bioMaterial.remainingQuantity" value="<%=bioMaterial == null ? null : bioMaterial.getRemainingQuantity()%>" />
5459 29 Oct 10 nicklas 636                 <tbl:cell column="originalBioMaterial.name"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="originalBioMaterial" /></tbl:cell>
6590 05 Nov 14 nicklas 637                 <%
6590 05 Nov 14 nicklas 638                 if (bioMaterial != null && bioMaterial.isAnnotated())
6590 05 Nov 14 nicklas 639                 {
6590 05 Nov 14 nicklas 640                   AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, bioMaterial.getAnnotationSet().getId());
6590 05 Nov 14 nicklas 641                   for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
6590 05 Nov 14 nicklas 642                   {
6721 10 Feb 15 nicklas 643                     %>
6721 10 Feb 15 nicklas 644                     <tbl:cell 
6721 10 Feb 15 nicklas 645                       column="<%="at"+loader.getId()%>"
6721 10 Feb 15 nicklas 646                       ><%
7337 12 Apr 17 nicklas 647                       if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
6721 10 Feb 15 nicklas 648                       {
6721 10 Feb 15 nicklas 649                         %><tbl:cellvalue 
6590 05 Nov 14 nicklas 650                           list="<%=loader.getValues()%>"
8160 07 Jun 23 nicklas 651                           bulletlist="<%=loader.useBulletList() %>"
6590 05 Nov 14 nicklas 652                           suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 653                           clazz="<%=psInfo.hasProjectSpecificAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
6721 10 Feb 15 nicklas 654                         /><%
6721 10 Feb 15 nicklas 655                       }
6721 10 Feb 15 nicklas 656                       %></tbl:cell>
6721 10 Feb 15 nicklas 657                     <%
6590 05 Nov 14 nicklas 658                   }
6590 05 Nov 14 nicklas 659                 }
6590 05 Nov 14 nicklas 660                 %>
4729 14 Jan 09 martin 661                 <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
6038 29 Mar 12 nicklas 662                 <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
6038 29 Mar 12 nicklas 663                   <tbl:cell column="xt-columns" />
6038 29 Mar 12 nicklas 664                 </tbl:xt-cells>
4704 11 Dec 08 martin 665               </tbl:row>
4704 11 Dec 08 martin 666               <%
4704 11 Dec 08 martin 667             }
4704 11 Dec 08 martin 668           }
5951 09 Feb 12 nicklas 669           if (numListed == 0)
5951 09 Feb 12 nicklas 670           {
5951 09 Feb 12 nicklas 671             %>
6604 18 Nov 14 nicklas 672             <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
5951 09 Feb 12 nicklas 673               <div class="messagecontainer note">
5951 09 Feb 12 nicklas 674                 <%=biowells == null || biowells.getTotalCount() == 0 ? "No biowells were found" : "No biowells on this page. Please select another page!" %>
5951 09 Feb 12 nicklas 675               </div>
5951 09 Feb 12 nicklas 676             </tbl:panel>
5951 09 Feb 12 nicklas 677             <%
5951 09 Feb 12 nicklas 678           }
4704 11 Dec 08 martin 679           %>
5951 09 Feb 12 nicklas 680         </tbl:rows>
5951 09 Feb 12 nicklas 681       </tbl:data>
4704 11 Dec 08 martin 682     </tbl:table>
4704 11 Dec 08 martin 683     </t:tab>
6145 21 Sep 12 nicklas 684     
5525 06 Dec 10 nicklas 685     <t:tab id="events" title="Plate events" />
6041 02 Apr 12 nicklas 686     <t:tab id="overview" title="Overview" 
6041 02 Apr 12 nicklas 687       tooltip="Display a tree overview of related items" />
7166 07 Jun 16 nicklas 688     <t:tab id="history" title="History"
7166 07 Jun 16 nicklas 689       tooltip="Displays a log with the history of this item"
7166 07 Jun 16 nicklas 690       visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>" />
4704 11 Dec 08 martin 691     </t:tabcontrol>
4704 11 Dec 08 martin 692
5951 09 Feb 12 nicklas 693     <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
6260 27 Mar 13 nicklas 694       <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
6260 27 Mar 13 nicklas 695       <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
6260 27 Mar 13 nicklas 696       <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
5951 09 Feb 12 nicklas 697     </base:buttongroup>
5951 09 Feb 12 nicklas 698
4704 11 Dec 08 martin 699   </base:body>
4704 11 Dec 08 martin 700   </base:page>
4704 11 Dec 08 martin 701   <%
4704 11 Dec 08 martin 702 }
4704 11 Dec 08 martin 703 finally
4704 11 Dec 08 martin 704 {
4704 11 Dec 08 martin 705   if (biowells != null) biowells.close();
4704 11 Dec 08 martin 706   if (dc != null) dc.close();
4704 11 Dec 08 martin 707 }
4704 11 Dec 08 martin 708 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:02 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)