www/biomaterials/biosources/list_biosources.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1866 30 Jan 06 nicklas 1 <%-- $Id$
1866 30 Jan 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
1866 30 Jan 06 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
1866 30 Jan 06 nicklas 8
1866 30 Jan 06 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1866 30 Jan 06 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1866 30 Jan 06 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
1866 30 Jan 06 nicklas 13
1866 30 Jan 06 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1866 30 Jan 06 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1866 30 Jan 06 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1866 30 Jan 06 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
1866 30 Jan 06 nicklas 18
1866 30 Jan 06 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4510 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1866 30 Jan 06 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
1866 30 Jan 06 nicklas 22
1866 30 Jan 06 nicklas 23   @author Nicklas
1866 30 Jan 06 nicklas 24   @version 2.0
1866 30 Jan 06 nicklas 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
1866 30 Jan 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1866 30 Jan 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1866 30 Jan 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
1866 30 Jan 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.BioSource"
2404 21 Jun 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Sample"
1866 30 Jan 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
5643 26 May 11 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
1866 30 Jan 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
4560 06 Oct 08 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
1866 30 Jan 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1866 30 Jan 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Include"
1866 30 Jan 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
1866 30 Jan 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
1866 30 Jan 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
7813 19 May 20 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.ItemList"
3552 06 Jul 07 martin 42   import="net.sf.basedb.core.Nameable"
1866 30 Jan 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1866 30 Jan 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
2404 21 Jun 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.Type"
1866 30 Jan 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
1866 30 Jan 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
1866 30 Jan 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
2404 21 Jun 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
1866 30 Jan 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
1866 30 Jan 06 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
6541 29 Sep 14 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
6541 29 Sep 14 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
6541 29 Sep 14 nicklas 54   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
6541 29 Sep 14 nicklas 55   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
6541 29 Sep 14 nicklas 56   import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
1866 30 Jan 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
3552 06 Jul 07 martin 58   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
1866 30 Jan 06 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1866 30 Jan 06 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
2401 21 Jun 06 martin 61   import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
1866 30 Jan 06 nicklas 62   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2942 22 Nov 06 nicklas 63   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
7813 19 May 20 nicklas 64   import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
7813 19 May 20 nicklas 65   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.LinkedItemFormatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 66   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
4882 03 Apr 09 nicklas 67   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4882 03 Apr 09 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
4882 03 Apr 09 nicklas 69   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 70   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
4882 03 Apr 09 nicklas 71   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6038 29 Mar 12 nicklas 73   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
7337 12 Apr 17 nicklas 74   import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
4882 03 Apr 09 nicklas 75   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
2753 20 Oct 06 nicklas 76   import="net.sf.basedb.util.Values"
3552 06 Jul 07 martin 77   import="java.util.Iterator"
2942 22 Nov 06 nicklas 78   import="java.util.Date"
1866 30 Jan 06 nicklas 79   import="java.util.List"
1866 30 Jan 06 nicklas 80   import="java.util.Map"
6541 29 Sep 14 nicklas 81   import="java.util.ArrayList"
1866 30 Jan 06 nicklas 82 %>
1866 30 Jan 06 nicklas 83 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1866 30 Jan 06 nicklas 84 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
4882 03 Apr 09 nicklas 85 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
1866 30 Jan 06 nicklas 86 <%!
1866 30 Jan 06 nicklas 87   private static final Item itemType = Item.BIOSOURCE;
1866 30 Jan 06 nicklas 88   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
1866 30 Jan 06 nicklas 89 %>
1866 30 Jan 06 nicklas 90 <%
1866 30 Jan 06 nicklas 91 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
1866 30 Jan 06 nicklas 92 final String ID = sc.getId();
1866 30 Jan 06 nicklas 93 final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
1866 30 Jan 06 nicklas 94 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
1866 30 Jan 06 nicklas 95
1866 30 Jan 06 nicklas 96 final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
7813 19 May 20 nicklas 97 final Formatter<Nameable> nameableFormatter = mode.hasPropertyLink() ? new LinkedItemFormatter(mode.hasEditLink()) : new NameableFormatter();
1866 30 Jan 06 nicklas 98 final String callback = request.getParameter("callback");
1866 30 Jan 06 nicklas 99 final String title = mode.generateTitle("biosource", "biosources");
7954 12 May 21 nicklas 100 final DbControl dc = sc.newDbControl(":List "+itemType);
1866 30 Jan 06 nicklas 101 ItemResultIterator<BioSource> bioSources = null;
6541 29 Sep 14 nicklas 102 List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
1866 30 Jan 06 nicklas 103 try
1866 30 Jan 06 nicklas 104 {
1866 30 Jan 06 nicklas 105   final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
6541 29 Sep 14 nicklas 106   SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
7337 12 Apr 17 nicklas 107   ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
6541 29 Sep 14 nicklas 108   for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
6541 29 Sep 14 nicklas 109   {
6541 29 Sep 14 nicklas 110     annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
6541 29 Sep 14 nicklas 111   }
5643 26 May 11 nicklas 112   final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
5643 26 May 11 nicklas 113
2404 21 Jun 06 nicklas 114   final ItemQuery<Sample> sampleQuery = Sample.getQuery();
7813 19 May 20 nicklas 115   sampleQuery.setIncludes(cc.getInclude());
2404 21 Jun 06 nicklas 116   sampleQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("bioSource")));
2404 21 Jun 06 nicklas 117   sampleQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
2404 21 Jun 06 nicklas 118   final boolean createSamplePermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.SAMPLE);
1866 30 Jan 06 nicklas 119
7813 19 May 20 nicklas 120   // List membership
7813 19 May 20 nicklas 121   final ItemQuery<ItemList> listQuery = ItemList.getQuery();
7813 19 May 20 nicklas 122   listQuery.setIncludes(cc.getInclude());
7813 19 May 20 nicklas 123   listQuery.join(Hql.innerJoin("members", "m"));
7813 19 May 20 nicklas 124   listQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("memberType"), Expressions.integer(itemType.getValue())));
7813 19 May 20 nicklas 125   listQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("m"), Expressions.parameter("itemId", Type.INT)));
7813 19 May 20 nicklas 126   listQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7813 19 May 20 nicklas 127   
1866 30 Jan 06 nicklas 128   Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
7914 23 Feb 21 nicklas 129   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
2029 20 Feb 06 nicklas 130   try
2029 20 Feb 06 nicklas 131   {
7914 23 Feb 21 nicklas 132     final ItemQuery<BioSource> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, BioSource.getQuery(), mode);
2029 20 Feb 06 nicklas 133     bioSources = query.iterate(dc);
2029 20 Feb 06 nicklas 134   }
2029 20 Feb 06 nicklas 135   catch (Throwable t)
2029 20 Feb 06 nicklas 136   {
2029 20 Feb 06 nicklas 137     cc.setMessage(t.getMessage());
4560 06 Oct 08 nicklas 138     t.printStackTrace();
2029 20 Feb 06 nicklas 139   }
1866 30 Jan 06 nicklas 140   int numListed = 0;
2942 22 Nov 06 nicklas 141   Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
7604 25 Feb 19 nicklas 142   ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 143   ExtensionsInvoker<ListColumnAction<BioSource,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
1866 30 Jan 06 nicklas 144   %>
6245 25 Feb 13 nicklas 145   <base:page title="<%=title==null ? "Biosources" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
6245 25 Feb 13 nicklas 146   <base:head scripts="table.js,~biosources.js" styles="table.css,toolbar.css">
4882 03 Apr 09 nicklas 147     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
4882 03 Apr 09 nicklas 148     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
1866 30 Jan 06 nicklas 149   </base:head>
1866 30 Jan 06 nicklas 150   
5919 09 Jan 12 nicklas 151   <base:body >
5918 21 Dec 11 nicklas 152     <h1><%=title==null ? "Biosources" : title%></h1>
5918 21 Dec 11 nicklas 153     <div class="content">
5918 21 Dec 11 nicklas 154       <tbl:table 
5918 21 Dec 11 nicklas 155         id="biosources" 
5918 21 Dec 11 nicklas 156         columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
5918 21 Dec 11 nicklas 157         sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
5918 21 Dec 11 nicklas 158         direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
5918 21 Dec 11 nicklas 159         action="index.jsp"
5918 21 Dec 11 nicklas 160         sc="<%=sc%>"
5918 21 Dec 11 nicklas 161         item="<%=itemType%>"
6701 30 Jan 15 nicklas 162         filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
5948 08 Feb 12 nicklas 163         subclass="fulltable"
7842 01 Sep 20 nicklas 164         data-relateditem-columns="true"
7982 14 Jun 21 nicklas 165         stickyheaders="<%=cc.getSetting("columns.sticky", "name")%>"
1866 30 Jan 06 nicklas 166       >
1866 30 Jan 06 nicklas 167       <tbl:hidden 
1866 30 Jan 06 nicklas 168         name="mode" 
1866 30 Jan 06 nicklas 169         value="<%=mode.getName()%>" 
1866 30 Jan 06 nicklas 170       />
1866 30 Jan 06 nicklas 171       <tbl:hidden 
1866 30 Jan 06 nicklas 172         name="callback" 
1866 30 Jan 06 nicklas 173         value="<%=callback%>" 
1866 30 Jan 06 nicklas 174         skip="<%=callback == null%>" 
1866 30 Jan 06 nicklas 175       />
1866 30 Jan 06 nicklas 176       <tbl:columndef 
1866 30 Jan 06 nicklas 177         id="name"
1866 30 Jan 06 nicklas 178         property="name"
1866 30 Jan 06 nicklas 179         datatype="string"
1866 30 Jan 06 nicklas 180         title="Name"
1866 30 Jan 06 nicklas 181         sortable="true" 
1866 30 Jan 06 nicklas 182         filterable="true"
1866 30 Jan 06 nicklas 183         exportable="true"
1866 30 Jan 06 nicklas 184         show="always" 
1866 30 Jan 06 nicklas 185       />
1866 30 Jan 06 nicklas 186       <tbl:columndef 
5643 26 May 11 nicklas 187         id="itemSubtype"
5643 26 May 11 nicklas 188         property="itemSubtype"
5643 26 May 11 nicklas 189         sortproperty="itemSubtype.name"
5666 23 Jun 11 nicklas 190         exportproperty="itemSubtype.name:string"
5643 26 May 11 nicklas 191         datatype="int"
5643 26 May 11 nicklas 192         enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
5643 26 May 11 nicklas 193         title="Type"
5643 26 May 11 nicklas 194         sortable="true" 
5643 26 May 11 nicklas 195         filterable="true"
5643 26 May 11 nicklas 196         exportable="true"
5643 26 May 11 nicklas 197       />
5643 26 May 11 nicklas 198       <tbl:columndef 
4331 11 Jun 08 martin 199          id="id"
4387 11 Aug 08 nicklas 200         clazz="uniquecol"
4331 11 Jun 08 martin 201          property="id"
4331 11 Jun 08 martin 202          datatype="int"
4331 11 Jun 08 martin 203          title="ID"
4331 11 Jun 08 martin 204          sortable="true" 
4331 11 Jun 08 martin 205          filterable="true"
4331 11 Jun 08 martin 206          exportable="true"
4331 11 Jun 08 martin 207       />
4331 11 Jun 08 martin 208       <tbl:columndef 
1866 30 Jan 06 nicklas 209         id="externalId"
1866 30 Jan 06 nicklas 210         property="externalId"
1866 30 Jan 06 nicklas 211         datatype="string"
1866 30 Jan 06 nicklas 212         title="External id"
1866 30 Jan 06 nicklas 213         sortable="true" 
1866 30 Jan 06 nicklas 214         filterable="true"
1866 30 Jan 06 nicklas 215         exportable="true"
1866 30 Jan 06 nicklas 216       />
4698 10 Dec 08 nicklas 217       <tbl:columndef 
4698 10 Dec 08 nicklas 218         id="entryDate"
4698 10 Dec 08 nicklas 219         property="entryDate"
4698 10 Dec 08 nicklas 220         datatype="date"
4698 10 Dec 08 nicklas 221         title="Registered"
4698 10 Dec 08 nicklas 222         sortable="true" 
4698 10 Dec 08 nicklas 223         filterable="true"
4698 10 Dec 08 nicklas 224         exportable="true"
4698 10 Dec 08 nicklas 225         formatter="<%=dateFormatter%>"
4698 10 Dec 08 nicklas 226       />
2404 21 Jun 06 nicklas 227       <tbl:columndef
2404 21 Jun 06 nicklas 228         id="samples"
2404 21 Jun 06 nicklas 229         title="Samples"
4613 29 Oct 08 nicklas 230         property="&children(name)"
4613 29 Oct 08 nicklas 231         datatype="string"
4613 29 Oct 08 nicklas 232         filterable="true"
4901 23 Apr 09 martin 233         exportable="true"
2404 21 Jun 06 nicklas 234       />
1866 30 Jan 06 nicklas 235       <tbl:columndef 
1866 30 Jan 06 nicklas 236         id="owner"
1866 30 Jan 06 nicklas 237         property="owner.name"
1866 30 Jan 06 nicklas 238         datatype="string"
1866 30 Jan 06 nicklas 239         title="Owner"
1866 30 Jan 06 nicklas 240         sortable="true" 
1866 30 Jan 06 nicklas 241         filterable="true"
1866 30 Jan 06 nicklas 242         exportable="true"
1866 30 Jan 06 nicklas 243       />
1866 30 Jan 06 nicklas 244       <tbl:columndef 
1866 30 Jan 06 nicklas 245         id="description"
1866 30 Jan 06 nicklas 246         property="description"
1866 30 Jan 06 nicklas 247         datatype="string"
1866 30 Jan 06 nicklas 248         title="Description" 
1866 30 Jan 06 nicklas 249         sortable="true" 
7813 19 May 20 nicklas 250         filterable="true" 
1866 30 Jan 06 nicklas 251         exportable="true"
2401 21 Jun 06 martin 252       />      
4728 14 Jan 09 nicklas 253       <tbl:columndef
6756 20 Feb 15 nicklas 254         id="itemList"
6756 20 Feb 15 nicklas 255         property="§itemLists"
4728 14 Jan 09 nicklas 256         datatype="int"
6756 20 Feb 15 nicklas 257         title="Item list"
6756 20 Feb 15 nicklas 258         filterable="true"
6756 20 Feb 15 nicklas 259         enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
4728 14 Jan 09 nicklas 260       />
1866 30 Jan 06 nicklas 261       <%
6541 29 Sep 14 nicklas 262       for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
1866 30 Jan 06 nicklas 263       {
6541 29 Sep 14 nicklas 264         AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
1866 30 Jan 06 nicklas 265         Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
7605 26 Feb 19 nicklas 266         Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
1866 30 Jan 06 nicklas 267         if (at.isEnumeration())
1866 30 Jan 06 nicklas 268         {
1866 30 Jan 06 nicklas 269           annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
6784 18 Mar 15 nicklas 270           if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
1866 30 Jan 06 nicklas 271           List<?> values = at.getValues();
1866 30 Jan 06 nicklas 272           for (Object value : values)
1866 30 Jan 06 nicklas 273           {
2942 22 Nov 06 nicklas 274             String encoded = formatter.format(value);
1866 30 Jan 06 nicklas 275             annotationEnum.add(encoded, encoded);
1866 30 Jan 06 nicklas 276           }
1866 30 Jan 06 nicklas 277         }
1866 30 Jan 06 nicklas 278         %>
1866 30 Jan 06 nicklas 279         <tbl:columndef 
1866 30 Jan 06 nicklas 280           id="<%="at"+at.getId()%>"
1866 30 Jan 06 nicklas 281           title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
1866 30 Jan 06 nicklas 282           property="<%="#"+at.getId()%>"
1866 30 Jan 06 nicklas 283           annotation="true"
1866 30 Jan 06 nicklas 284           datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
1866 30 Jan 06 nicklas 285           enumeration="<%=annotationEnum%>"
5674 27 Jun 11 nicklas 286           smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
6027 23 Mar 12 nicklas 287           sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
1866 30 Jan 06 nicklas 288           filterable="true" 
1866 30 Jan 06 nicklas 289           exportable="true"
2942 22 Nov 06 nicklas 290           formatter="<%=formatter%>"
4560 06 Oct 08 nicklas 291           unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
1866 30 Jan 06 nicklas 292         />
1866 30 Jan 06 nicklas 293         <%
1866 30 Jan 06 nicklas 294       }
1866 30 Jan 06 nicklas 295       %>
2401 21 Jun 06 martin 296       <tbl:columndef
2401 21 Jun 06 martin 297         id="permission"
2401 21 Jun 06 martin 298         title="Permission"
2401 21 Jun 06 martin 299       />
5165 28 Oct 09 nicklas 300       <tbl:columndef
3552 06 Jul 07 martin 301         id="sharedTo"
3552 06 Jul 07 martin 302         title="Shared to"
5165 28 Oct 09 nicklas 303         filterable="true"
5165 28 Oct 09 nicklas 304         filterproperty="!sharedTo.name"
5165 28 Oct 09 nicklas 305         datatype="string"
3552 06 Jul 07 martin 306       />
6038 29 Mar 12 nicklas 307       <tbl:columndef 
6038 29 Mar 12 nicklas 308         id="xt-columns" 
6038 29 Mar 12 nicklas 309         extensions="<%=columnsInvoker%>" 
6038 29 Mar 12 nicklas 310         jspcontext="<%=jspContext%>" 
6038 29 Mar 12 nicklas 311       />
6604 18 Nov 14 nicklas 312       <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
5948 08 Feb 12 nicklas 313         <tbl:toolbar
5948 08 Feb 12 nicklas 314           visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
5951 09 Feb 12 nicklas 315           subclass="bottomborder"
5948 08 Feb 12 nicklas 316           >
5948 08 Feb 12 nicklas 317           <tbl:button 
6245 25 Feb 13 nicklas 318             id="btnNewItem"
5948 08 Feb 12 nicklas 319             disabled="<%=!createPermission%>" 
5948 08 Feb 12 nicklas 320             image="new.png" 
5948 08 Feb 12 nicklas 321             title="New&hellip;" 
5948 08 Feb 12 nicklas 322             tooltip="<%=createPermission ? "Create new biosource" : "You do not have permission to create biosources"%>" 
5948 08 Feb 12 nicklas 323           />
5948 08 Feb 12 nicklas 324           <tbl:button 
6245 25 Feb 13 nicklas 325             id="btnDeleteItems"
5948 08 Feb 12 nicklas 326             image="delete.png"
5948 08 Feb 12 nicklas 327             title="Delete" 
5948 08 Feb 12 nicklas 328             tooltip="Delete the selected items" 
5948 08 Feb 12 nicklas 329           />
5948 08 Feb 12 nicklas 330           <tbl:button 
6245 25 Feb 13 nicklas 331             id="btnRestoreItems"
5948 08 Feb 12 nicklas 332             image="restore.png"
5948 08 Feb 12 nicklas 333             title="Restore" 
5948 08 Feb 12 nicklas 334             tooltip="Restore the selected (deleted) items"
5948 08 Feb 12 nicklas 335           />
5948 08 Feb 12 nicklas 336           <tbl:button 
6245 25 Feb 13 nicklas 337             id="btnShareItems"
5948 08 Feb 12 nicklas 338             image="share.png"
5948 08 Feb 12 nicklas 339             title="Share&hellip;" 
5948 08 Feb 12 nicklas 340             tooltip="Share the selected items"
5948 08 Feb 12 nicklas 341           />
5948 08 Feb 12 nicklas 342           <tbl:button 
6245 25 Feb 13 nicklas 343             id="btnSetOwner"
5948 08 Feb 12 nicklas 344             image="take_ownership.png"
5948 08 Feb 12 nicklas 345             title="Set owner&hellip;"
5948 08 Feb 12 nicklas 346             tooltip="Change owner of the selected items"
5948 08 Feb 12 nicklas 347           />
5948 08 Feb 12 nicklas 348           <tbl:button 
6245 25 Feb 13 nicklas 349             id="btnColumns"
5948 08 Feb 12 nicklas 350             image="columns.png" 
5948 08 Feb 12 nicklas 351             title="Columns&hellip;" 
5948 08 Feb 12 nicklas 352             tooltip="Show, hide and re-order columns" 
5948 08 Feb 12 nicklas 353           />
5948 08 Feb 12 nicklas 354           <tbl:button
6756 20 Feb 15 nicklas 355             id="btnNewItemList"
5948 08 Feb 12 nicklas 356             image="add.png"
6756 20 Feb 15 nicklas 357             title="New item list&hellip;"
6756 20 Feb 15 nicklas 358             tooltip="Create a new item list from matching biosources"
6756 20 Feb 15 nicklas 359             visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
5948 08 Feb 12 nicklas 360           />
7813 19 May 20 nicklas 361           <tbl:button
7813 19 May 20 nicklas 362             id="btnAddToItemList"
7813 19 May 20 nicklas 363             image="add.png"
7813 19 May 20 nicklas 364             title="Add to item list&hellip;"
7813 19 May 20 nicklas 365             tooltip="Add items to an existing item list"
7813 19 May 20 nicklas 366           />
5948 08 Feb 12 nicklas 367           <tbl:button 
6245 25 Feb 13 nicklas 368             id="btnImport"
6245 25 Feb 13 nicklas 369             data-plugin-type="IMPORT"
5948 08 Feb 12 nicklas 370             image="import.png" 
5948 08 Feb 12 nicklas 371             title="Import&hellip;" 
5948 08 Feb 12 nicklas 372             tooltip="Import data" 
5948 08 Feb 12 nicklas 373             visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
5948 08 Feb 12 nicklas 374           />
5948 08 Feb 12 nicklas 375           <tbl:button 
6245 25 Feb 13 nicklas 376             id="btnExport"
6245 25 Feb 13 nicklas 377             data-plugin-type="EXPORT"
5948 08 Feb 12 nicklas 378             image="export.png" 
5948 08 Feb 12 nicklas 379             title="Export&hellip;" 
5948 08 Feb 12 nicklas 380             tooltip="Export data" 
5948 08 Feb 12 nicklas 381             visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
5948 08 Feb 12 nicklas 382           />
5948 08 Feb 12 nicklas 383           <tbl:button 
6245 25 Feb 13 nicklas 384             id="btnRunPlugin"
6245 25 Feb 13 nicklas 385             data-plugin-type="OTHER"
5948 08 Feb 12 nicklas 386             image="runplugin.png" 
5948 08 Feb 12 nicklas 387             title="Run plugin&hellip;" 
5948 08 Feb 12 nicklas 388             tooltip="Run a plugin" 
5948 08 Feb 12 nicklas 389             visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
5948 08 Feb 12 nicklas 390           />
5948 08 Feb 12 nicklas 391           <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
7604 25 Feb 19 nicklas 392             wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
5948 08 Feb 12 nicklas 393         </tbl:toolbar>
5948 08 Feb 12 nicklas 394         <tbl:panel>
6182 23 Oct 12 nicklas 395           <tbl:presetselector />
5948 08 Feb 12 nicklas 396           <tbl:navigator
5948 08 Feb 12 nicklas 397             page="<%=cc.getPage()%>" 
5948 08 Feb 12 nicklas 398             rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
5948 08 Feb 12 nicklas 399             totalrows="<%=bioSources == null ? 0 : bioSources.getTotalCount()%>" 
5948 08 Feb 12 nicklas 400             visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
5948 08 Feb 12 nicklas 401           />
5948 08 Feb 12 nicklas 402         </tbl:panel>
5948 08 Feb 12 nicklas 403       </div>
1866 30 Jan 06 nicklas 404       <tbl:data>
5948 08 Feb 12 nicklas 405         <tbl:headers>
5948 08 Feb 12 nicklas 406           <tbl:headerrow>
7943 04 May 21 nicklas 407             <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100" />
5948 08 Feb 12 nicklas 408             <tbl:columnheaders />
5948 08 Feb 12 nicklas 409           </tbl:headerrow>
6701 30 Jan 15 nicklas 410           <%
6701 30 Jan 15 nicklas 411           int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
6701 30 Jan 15 nicklas 412           int numRows = cc.getFilterRows();
6701 30 Jan 15 nicklas 413           for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
6701 30 Jan 15 nicklas 414           {
6701 30 Jan 15 nicklas 415             boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
6701 30 Jan 15 nicklas 416             %>
6701 30 Jan 15 nicklas 417             <tbl:headerrow>
7943 04 May 21 nicklas 418               <tbl:header subclass="row-index bg-filled-100">
7943 04 May 21 nicklas 419                 <div class="index-<%=mode.getName()%>">
7943 04 May 21 nicklas 420                   <div class="index"></div>
7943 04 May 21 nicklas 421                   <div class="check">
7943 04 May 21 nicklas 422                     <base:icon 
7943 04 May 21 nicklas 423                       subclass="link table-check"
7943 04 May 21 nicklas 424                       image="check_uncheck.png" 
7943 04 May 21 nicklas 425                       tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
7943 04 May 21 nicklas 426                       visible="<%=lastRow && mode.hasCheck()%>"
7943 04 May 21 nicklas 427                     />
7943 04 May 21 nicklas 428                   </div>
7943 04 May 21 nicklas 429                   <div class="icons">
7943 04 May 21 nicklas 430                     <base:icon
7943 04 May 21 nicklas 431                       subclass="link table-filter-row-action"
7943 04 May 21 nicklas 432                       image="add.png"
7943 04 May 21 nicklas 433                       tooltip="Add extra filter row"
7943 04 May 21 nicklas 434                       visible="<%=lastRow%>"
7943 04 May 21 nicklas 435                     /><base:icon
7943 04 May 21 nicklas 436                       subclass="link table-filter-row-action"
7943 04 May 21 nicklas 437                       image="remove.png"
7943 04 May 21 nicklas 438                       tooltip="Remove this filter row"
7943 04 May 21 nicklas 439                       visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
7943 04 May 21 nicklas 440                       data-remove-row="<%=filterNo%>"
7943 04 May 21 nicklas 441                     />
7943 04 May 21 nicklas 442                   </div>
7943 04 May 21 nicklas 443                 </div>
6701 30 Jan 15 nicklas 444               </tbl:header>
6701 30 Jan 15 nicklas 445               <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
6701 30 Jan 15 nicklas 446             </tbl:headerrow>
6701 30 Jan 15 nicklas 447             <%
6701 30 Jan 15 nicklas 448           }
6701 30 Jan 15 nicklas 449           %>
7913 22 Feb 21 nicklas 450           <tbl:columnsubtitles />
5948 08 Feb 12 nicklas 451         </tbl:headers>
5948 08 Feb 12 nicklas 452         <tbl:rows>
1866 30 Jan 06 nicklas 453           <%
5948 08 Feb 12 nicklas 454           if (cc.getMessage() != null)
5948 08 Feb 12 nicklas 455           {
5948 08 Feb 12 nicklas 456             %>
6604 18 Nov 14 nicklas 457             <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
5948 08 Feb 12 nicklas 458               <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
5948 08 Feb 12 nicklas 459             </tbl:panel>
5948 08 Feb 12 nicklas 460             <%
5948 08 Feb 12 nicklas 461             cc.setMessage(null);
5948 08 Feb 12 nicklas 462           }
1866 30 Jan 06 nicklas 463           int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
1866 30 Jan 06 nicklas 464           int selectedItemId = cc.getId();
2029 20 Feb 06 nicklas 465           if (bioSources != null)
2501 09 Aug 06 martin 466           {            
2029 20 Feb 06 nicklas 467             while (bioSources.hasNext())
2029 20 Feb 06 nicklas 468             {
2029 20 Feb 06 nicklas 469               BioSource item = bioSources.next();
2029 20 Feb 06 nicklas 470               int itemId = item.getId();
2404 21 Jun 06 nicklas 471               boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
6221 10 Jan 13 nicklas 472               
6221 10 Jan 13 nicklas 473               
4003 26 Nov 07 nicklas 474               boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
2437 28 Jun 06 nicklas 475               boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
2501 09 Aug 06 martin 476               boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
2501 09 Aug 06 martin 477               String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
2501 09 Aug 06 martin 478                   "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
2029 20 Feb 06 nicklas 479               String name = HTML.encodeTags(item.getName());
2029 20 Feb 06 nicklas 480               index++;
2029 20 Feb 06 nicklas 481               numListed++;
2029 20 Feb 06 nicklas 482               %>
2029 20 Feb 06 nicklas 483               <tbl:row>
7943 04 May 21 nicklas 484                 <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
7943 04 May 21 nicklas 485                   <div class="index-<%=mode.getName()%>">
7943 04 May 21 nicklas 486                     <div class="index <%=index>999?"index-smaller":""%>"><%=index%></div>
7943 04 May 21 nicklas 487                     <div class="check">
7943 04 May 21 nicklas 488                       <base:input
7943 04 May 21 nicklas 489                         type="checkbox" 
7943 04 May 21 nicklas 490                         name="<%=itemId%>" 
7943 04 May 21 nicklas 491                         value="<%=itemId%>" 
7943 04 May 21 nicklas 492                         title="<%=name%>" 
7943 04 May 21 nicklas 493                         checked="<%=cc.getSelected().contains(itemId)%>"
7943 04 May 21 nicklas 494                         visible="<%=mode.hasCheck()%>"
7943 04 May 21 nicklas 495                       />
7943 04 May 21 nicklas 496                       <base:input 
7943 04 May 21 nicklas 497                         type="radio" 
7943 04 May 21 nicklas 498                         name="item_id" 
7943 04 May 21 nicklas 499                         value="<%=itemId%>" 
7943 04 May 21 nicklas 500                         title="<%=name%>" 
7943 04 May 21 nicklas 501                         checked="<%=selectedItemId == itemId%>"
7943 04 May 21 nicklas 502                         visible="<%=mode.hasRadio()%>"
7943 04 May 21 nicklas 503                       />
7943 04 May 21 nicklas 504                     </div>
7943 04 May 21 nicklas 505                     <div class="icons">
7943 04 May 21 nicklas 506                       <base:icon 
7943 04 May 21 nicklas 507                         image="deleted.png"
7943 04 May 21 nicklas 508                         id="<%="delete."+itemId %>"
7943 04 May 21 nicklas 509                         subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
7943 04 May 21 nicklas 510                         data-item-id="<%=itemId%>"
7943 04 May 21 nicklas 511                         tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
7943 04 May 21 nicklas 512                         visible="<%=item.isRemoved()%>"
7943 04 May 21 nicklas 513                       /><base:icon 
7943 04 May 21 nicklas 514                         image="shared.png" 
7943 04 May 21 nicklas 515                         id="<%="share."+itemId %>"
7943 04 May 21 nicklas 516                         subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
7943 04 May 21 nicklas 517                         data-item-id="<%=itemId%>"
7943 04 May 21 nicklas 518                         tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
7943 04 May 21 nicklas 519                         visible="<%=item.isShared()%>"
7943 04 May 21 nicklas 520                       />
7943 04 May 21 nicklas 521                     </div>
7943 04 May 21 nicklas 522                   </div>
7943 04 May 21 nicklas 523                 </tbl:header>
6245 25 Feb 13 nicklas 524                 <tbl:cell column="name"><div 
6245 25 Feb 13 nicklas 525                   class="link table-item"
6245 25 Feb 13 nicklas 526                   data-item-id="<%=itemId%>"
6245 25 Feb 13 nicklas 527                   data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
6245 25 Feb 13 nicklas 528                   tabindex="0"
2404 21 Jun 06 nicklas 529                   title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
4331 11 Jun 08 martin 530                 <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
5643 26 May 11 nicklas 531                 <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
5643 26 May 11 nicklas 532                     item="<%=item%>" 
5643 26 May 11 nicklas 533                     property="itemSubtype"
5643 26 May 11 nicklas 534                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
5643 26 May 11 nicklas 535                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
5643 26 May 11 nicklas 536                   /></tbl:cell>
2029 20 Feb 06 nicklas 537                 <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
7813 19 May 20 nicklas 538                 <tbl:cell column="itemList">
7813 19 May 20 nicklas 539                   <%
7813 19 May 20 nicklas 540                   listQuery.setParameter("itemId", itemId, Type.INT);
7813 19 May 20 nicklas 541                   %>
7813 19 May 20 nicklas 542                   <%=Values.getString(listQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
7813 19 May 20 nicklas 543                 </tbl:cell>
2404 21 Jun 06 nicklas 544                 <tbl:cell column="samples">
2404 21 Jun 06 nicklas 545                   <%
2404 21 Jun 06 nicklas 546                   sampleQuery.setParameter("bioSource", itemId, Type.INT);
2404 21 Jun 06 nicklas 547                   %>
7813 19 May 20 nicklas 548                   <%=Values.getString(sampleQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
2404 21 Jun 06 nicklas 549                   <base:icon
6245 25 Feb 13 nicklas 550                     id="<%="newsample."+itemId%>"
2404 21 Jun 06 nicklas 551                     image="add.png" 
6245 25 Feb 13 nicklas 552                     subclass="auto-init"
6245 25 Feb 13 nicklas 553                     data-auto-init="new-sample"
6245 25 Feb 13 nicklas 554                     data-item-id="<%=itemId %>"
2404 21 Jun 06 nicklas 555                     tooltip="Create new sample" 
2404 21 Jun 06 nicklas 556                     visible="<%=mode.hasEditLink() && createSamplePermission && usePermission %>"
2404 21 Jun 06 nicklas 557                   />
2404 21 Jun 06 nicklas 558                 </tbl:cell>
2354 07 Jun 06 martin 559                 <tbl:cell column="owner"
2354 07 Jun 06 martin 560                   ><base:propertyvalue 
2354 07 Jun 06 martin 561                     item="<%=item%>" 
2354 07 Jun 06 martin 562                     property="owner"
2354 07 Jun 06 martin 563                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
2354 07 Jun 06 martin 564                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
2354 07 Jun 06 martin 565                   /></tbl:cell>
4698 10 Dec 08 nicklas 566                 <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
2401 21 Jun 06 martin 567                 <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>                
2029 20 Feb 06 nicklas 568                 <%
6541 29 Sep 14 nicklas 569                 if (item.isAnnotated())
2029 20 Feb 06 nicklas 570                 {
6541 29 Sep 14 nicklas 571                   AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
6541 29 Sep 14 nicklas 572                   for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
2942 22 Nov 06 nicklas 573                   {
6721 10 Feb 15 nicklas 574                     %>
6721 10 Feb 15 nicklas 575                     <tbl:cell 
6721 10 Feb 15 nicklas 576                       column="<%="at"+loader.getId()%>"
6721 10 Feb 15 nicklas 577                       ><%
7337 12 Apr 17 nicklas 578                       if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
6721 10 Feb 15 nicklas 579                       {
6721 10 Feb 15 nicklas 580                         %><tbl:cellvalue 
6541 29 Sep 14 nicklas 581                           list="<%=loader.getValues()%>"
8160 07 Jun 23 nicklas 582                           bulletlist="<%=loader.useBulletList() %>"
6541 29 Sep 14 nicklas 583                           suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 584                           clazz="<%=psInfo.hasProjectSpecificAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
6721 10 Feb 15 nicklas 585                         /><%
6721 10 Feb 15 nicklas 586                       }
6721 10 Feb 15 nicklas 587                       %></tbl:cell>
6721 10 Feb 15 nicklas 588                     <%
2942 22 Nov 06 nicklas 589                   }
2029 20 Feb 06 nicklas 590                 }
2029 20 Feb 06 nicklas 591                 %>
2401 21 Jun 06 martin 592                 <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
3552 06 Jul 07 martin 593                 <tbl:cell column="sharedTo">
7813 19 May 20 nicklas 594                   <%=Values.getString(ShareableUtil.getSharedTo(dc, item), ", ", false, nameableFormatter) %>
3552 06 Jul 07 martin 595                 </tbl:cell>
6038 29 Mar 12 nicklas 596                 <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
6038 29 Mar 12 nicklas 597                   <tbl:cell column="xt-columns" />
6038 29 Mar 12 nicklas 598                 </tbl:xt-cells>
2029 20 Feb 06 nicklas 599               </tbl:row>
1866 30 Jan 06 nicklas 600               <%
1866 30 Jan 06 nicklas 601               }
1866 30 Jan 06 nicklas 602             }
5948 08 Feb 12 nicklas 603             if (numListed == 0)
5948 08 Feb 12 nicklas 604             {
5948 08 Feb 12 nicklas 605               %>
6604 18 Nov 14 nicklas 606               <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
5948 08 Feb 12 nicklas 607                 <div class="messagecontainer note">
5948 08 Feb 12 nicklas 608                 <%=bioSources == null || bioSources.getTotalCount() == 0 ? "No biosources were found" : "No biosources on this page. Please select another page!" %>
5948 08 Feb 12 nicklas 609                 </div>
5948 08 Feb 12 nicklas 610               </tbl:panel>
5948 08 Feb 12 nicklas 611               <%
5948 08 Feb 12 nicklas 612             }
1866 30 Jan 06 nicklas 613           %>
5948 08 Feb 12 nicklas 614         </tbl:rows>
1866 30 Jan 06 nicklas 615       </tbl:data>
1866 30 Jan 06 nicklas 616     </tbl:table>
5918 21 Dec 11 nicklas 617     </div>
5918 21 Dec 11 nicklas 618
5918 21 Dec 11 nicklas 619     <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
6245 25 Feb 13 nicklas 620       <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
6245 25 Feb 13 nicklas 621       <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
6245 25 Feb 13 nicklas 622       <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
1866 30 Jan 06 nicklas 623     </base:buttongroup>
1866 30 Jan 06 nicklas 624   </base:body>
1866 30 Jan 06 nicklas 625   </base:page>
1866 30 Jan 06 nicklas 626   <%
1866 30 Jan 06 nicklas 627 }
1866 30 Jan 06 nicklas 628 finally
1866 30 Jan 06 nicklas 629 {
1866 30 Jan 06 nicklas 630   if (bioSources != null) bioSources.close();
1866 30 Jan 06 nicklas 631   if (dc != null) dc.close();
1866 30 Jan 06 nicklas 632 }
3675 16 Aug 07 jari 633 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:10 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)