www/biomaterials/samples/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
919 12 Jul 05 nicklas 1 <%-- $Id$
919 12 Jul 05 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
919 12 Jul 05 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
919 12 Jul 05 nicklas 8
919 12 Jul 05 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
919 12 Jul 05 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
919 12 Jul 05 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
919 12 Jul 05 nicklas 13
919 12 Jul 05 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
919 12 Jul 05 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
919 12 Jul 05 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
919 12 Jul 05 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
919 12 Jul 05 nicklas 18
919 12 Jul 05 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4510 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
919 12 Jul 05 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
919 12 Jul 05 nicklas 22
919 12 Jul 05 nicklas 23   @author Nicklas
919 12 Jul 05 nicklas 24   @version 2.0
919 12 Jul 05 nicklas 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
919 12 Jul 05 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
919 12 Jul 05 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
919 12 Jul 05 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
1872 31 Jan 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Include"
919 12 Jul 05 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Sample"
1872 31 Jan 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.BioSource"
927 13 Jul 05 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
5536 21 Dec 10 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.BioPlateEventType"
4729 14 Jan 09 martin 35   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
5645 27 May 11 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
4901 23 Apr 09 martin 37   import="net.sf.basedb.core.Extract"
6993 03 Nov 15 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.Kit"
1872 31 Jan 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.Protocol"
1418 07 Oct 05 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1418 07 Oct 05 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
919 12 Jul 05 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1872 31 Jan 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1872 31 Jan 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
4587 15 Oct 08 martin 45   import="net.sf.basedb.core.OwnedItem"
6695 28 Jan 15 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.AnnotatedItem"
1872 31 Jan 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
1872 31 Jan 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
4901 23 Apr 09 martin 49   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
4901 23 Apr 09 martin 50   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
4901 23 Apr 09 martin 51   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
4901 23 Apr 09 martin 52   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
1872 31 Jan 06 nicklas 53   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
1872 31 Jan 06 nicklas 54   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
2917 15 Nov 06 nicklas 55   import="net.sf.basedb.util.OwnableUtil"
919 12 Jul 05 nicklas 56   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1872 31 Jan 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.util.Values"
4901 23 Apr 09 martin 59   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ParentBioMaterialLoader"
5963 15 Feb 12 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.BioMaterialEventSourceFormatter"
5963 15 Feb 12 nicklas 61   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ParentBioMaterialEventSourceLoader"
4901 23 Apr 09 martin 62   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ItemQueryLoader"
919 12 Jul 05 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2942 22 Nov 06 nicklas 64   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
4869 31 Mar 09 martin 65   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
4901 23 Apr 09 martin 66   import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
5664 23 Jun 11 nicklas 67   import="net.sf.basedb.util.formatter.ItemTypeFormatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
5490 15 Nov 10 nicklas 69
5490 15 Nov 10 nicklas 70   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5490 15 Nov 10 nicklas 71   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5490 15 Nov 10 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5490 15 Nov 10 nicklas 73   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5490 15 Nov 10 nicklas 74   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 75   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5490 15 Nov 10 nicklas 76   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6029 27 Mar 12 nicklas 77   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 78   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6029 27 Mar 12 nicklas 79   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
1872 31 Jan 06 nicklas 80   import="java.util.Enumeration"
1872 31 Jan 06 nicklas 81   import="java.util.Set"
1872 31 Jan 06 nicklas 82   import="java.util.HashSet"
951 18 Jul 05 nicklas 83   import="java.util.List"
1872 31 Jan 06 nicklas 84   import="java.util.ArrayList"
1872 31 Jan 06 nicklas 85   import="java.util.Collections"
2942 22 Nov 06 nicklas 86   import="java.util.Date"
919 12 Jul 05 nicklas 87 %>
919 12 Jul 05 nicklas 88 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
919 12 Jul 05 nicklas 89 <%!
5645 27 May 11 nicklas 90   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,itemSubtype,originalQuantity,remainingQuantity,extracts,description");
1872 31 Jan 06 nicklas 91   private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
4869 31 Mar 09 martin 92   
4901 23 Apr 09 martin 93   private static void registerExportUtils(ItemContext cc)
4869 31 Mar 09 martin 94   {
4901 23 Apr 09 martin 95     // Register formatters
4869 31 Mar 09 martin 96     cc.setObject("export.formatter.bioWell.row", new WellCoordinateFormatter(true));
4869 31 Mar 09 martin 97     cc.setObject("export.formatter.bioWell.column", new WellCoordinateFormatter(false));
5963 15 Feb 12 nicklas 98     cc.setObject("export.formatter.&creationEvent.sources(bioMaterial.name)", new BioMaterialEventSourceFormatter());
5663 22 Jun 11 nicklas 99     cc.setObject("export.formatter.&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)", new NameableFormatter());
4901 23 Apr 09 martin 100     cc.setObject("export.formatter.&children(name)", new NameableFormatter());
5664 23 Jun 11 nicklas 101     cc.setObject("export.formatter.parentType", new ItemTypeFormatter());
4901 23 Apr 09 martin 102     
4901 23 Apr 09 martin 103     // Register dataloaders
5567 10 Feb 11 nicklas 104     String sampleParameter = "sample";
5567 10 Feb 11 nicklas 105
5567 10 Feb 11 nicklas 106     // Child extracts
4901 23 Apr 09 martin 107     ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
4901 23 Apr 09 martin 108     extractQuery.include(cc.getInclude());
4901 23 Apr 09 martin 109     extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter(sampleParameter)));
4901 23 Apr 09 martin 110     extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7604 25 Feb 19 nicklas 111     cc.setObject("export.dataloader.&children(name)", new ItemQueryLoader<Sample>(extractQuery, sampleParameter));
5567 10 Feb 11 nicklas 112
5567 10 Feb 11 nicklas 113     // Child samples
5567 10 Feb 11 nicklas 114     ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
5567 10 Feb 11 nicklas 115     childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
5567 10 Feb 11 nicklas 116     childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
5663 22 Jun 11 nicklas 117     childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Expressions.parameter(sampleParameter)));
5567 10 Feb 11 nicklas 118     childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
5567 10 Feb 11 nicklas 119     childSamplesQuery.include(cc.getInclude());
7604 25 Feb 19 nicklas 120     cc.setObject("export.dataloader.&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)", new ItemQueryLoader<Sample>(childSamplesQuery, sampleParameter));
5567 10 Feb 11 nicklas 121     
5567 10 Feb 11 nicklas 122     // Parent samples
5963 15 Feb 12 nicklas 123     cc.setObject("export.dataloader.&creationEvent.sources(bioMaterial.name)", new ParentBioMaterialEventSourceLoader());
4869 31 Mar 09 martin 124   }  
919 12 Jul 05 nicklas 125 %>
919 12 Jul 05 nicklas 126 <%
1872 31 Jan 06 nicklas 127 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
919 12 Jul 05 nicklas 128 final String ID = sc.getId();
1872 31 Jan 06 nicklas 129 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1872 31 Jan 06 nicklas 130 final String root = request.getContextPath()+"/";
1872 31 Jan 06 nicklas 131 final String mode = request.getParameter("mode");
1872 31 Jan 06 nicklas 132 final String callback = request.getParameter("callback");
1872 31 Jan 06 nicklas 133 final String itemId = request.getParameter("item_id");
1872 31 Jan 06 nicklas 134 final String listPage = "list_samples.jsp?ID="+ID
1872 31 Jan 06 nicklas 135   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
1872 31 Jan 06 nicklas 136   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
1872 31 Jan 06 nicklas 137   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
1872 31 Jan 06 nicklas 138 final String viewPage = "view_sample.jsp?ID="+ID;
1872 31 Jan 06 nicklas 139 final String editPage = "edit_sample.jsp?ID="+ID;
919 12 Jul 05 nicklas 140
1872 31 Jan 06 nicklas 141 String forward = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 142 String redirect = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 143 String message = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 144 DbControl dc = null;
1872 31 Jan 06 nicklas 145
919 12 Jul 05 nicklas 146 try
919 12 Jul 05 nicklas 147 {
1872 31 Jan 06 nicklas 148   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
941 15 Jul 05 nicklas 149   {
1872 31 Jan 06 nicklas 150     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 151     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
1872 31 Jan 06 nicklas 152     redirect = listPage;
941 15 Jul 05 nicklas 153   }
1872 31 Jan 06 nicklas 154   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 155   {
1872 31 Jan 06 nicklas 156     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
1872 31 Jan 06 nicklas 157     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 158     redirect = listPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 159   }
1872 31 Jan 06 nicklas 160   else if ("LoadContext".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 161   {
1872 31 Jan 06 nicklas 162     // Display the list page after loading a saved context
1872 31 Jan 06 nicklas 163     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
1872 31 Jan 06 nicklas 164     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 165     redirect = listPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 166   }
941 15 Jul 05 nicklas 167
1872 31 Jan 06 nicklas 168   else if ("ViewItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 169   {
1872 31 Jan 06 nicklas 170     // Display the view page for a single item 
1872 31 Jan 06 nicklas 171     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 172     forward = viewPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 173   }
1872 31 Jan 06 nicklas 174   else if ("EditItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 175   {
1872 31 Jan 06 nicklas 176     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
1872 31 Jan 06 nicklas 177     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 178     redirect = editPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 179   }
1872 31 Jan 06 nicklas 180   else if ("NewItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 181   {
1872 31 Jan 06 nicklas 182     // Display the edit page for a new item (should be opened in a popup)
1872 31 Jan 06 nicklas 183     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
919 12 Jul 05 nicklas 184     {
1872 31 Jan 06 nicklas 185       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
919 12 Jul 05 nicklas 186     }
1872 31 Jan 06 nicklas 187     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 188     cc.setId(0);
2404 21 Jun 06 nicklas 189     forward = editPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 190   }
2472 31 Jul 06 martin 191   else if ("NewPooledItem".equals(cmd))
2472 31 Jul 06 martin 192   {
2472 31 Jul 06 martin 193     // Display the edit page for a new pooled item (should be opened in a popup)
2472 31 Jul 06 martin 194     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
2472 31 Jul 06 martin 195     {
2472 31 Jul 06 martin 196       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
2472 31 Jul 06 martin 197     }
2472 31 Jul 06 martin 198     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2472 31 Jul 06 martin 199     cc.setId(0);
2472 31 Jul 06 martin 200     forward = editPage+"&pooled="+true;
2472 31 Jul 06 martin 201   }
1872 31 Jan 06 nicklas 202   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 203   {
1872 31 Jan 06 nicklas 204     // Update the properties on an item (will close the popup)
1872 31 Jan 06 nicklas 205     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
2597 25 Aug 06 nicklas 206     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
7954 12 May 21 nicklas 207     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
7605 26 Feb 19 nicklas 208     Sample sample = cc.getObject("item");
1872 31 Jan 06 nicklas 209     if (sample == null)
919 12 Jul 05 nicklas 210     {
1872 31 Jan 06 nicklas 211       sample = Sample.getNew(dc);
1872 31 Jan 06 nicklas 212       message = "Sample created";
1872 31 Jan 06 nicklas 213       dc.saveItem(sample);
919 12 Jul 05 nicklas 214     }
1872 31 Jan 06 nicklas 215     else
919 12 Jul 05 nicklas 216     {
5060 19 Aug 09 nicklas 217       dc.reattachItem(sample, false);
5060 19 Aug 09 nicklas 218       dc.reattachItem(sample.getCreationEvent(), false);
1872 31 Jan 06 nicklas 219       message = "Sample updated";
919 12 Jul 05 nicklas 220     }
5490 15 Nov 10 nicklas 221
5490 15 Nov 10 nicklas 222     // Create extension context
5490 15 Nov 10 nicklas 223     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.SAMPLE), sample);
7604 25 Feb 19 nicklas 224     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5490 15 Nov 10 nicklas 225     try
919 12 Jul 05 nicklas 226     {
5490 15 Nov 10 nicklas 227       sample.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5490 15 Nov 10 nicklas 228       sample.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5490 15 Nov 10 nicklas 229       sample.setExternalId(Values.getStringOrNull(request.getParameter("external_id")));
5490 15 Nov 10 nicklas 230       sample.setOriginalQuantity(Values.getFloat(request.getParameter("original_quantity"), null));
5686 05 Aug 11 nicklas 231
5686 05 Aug 11 nicklas 232       int subtypeId = Values.getInt(request.getParameter("subtype_id"), -1);
5686 05 Aug 11 nicklas 233       ItemSubtype subtype = null;
5686 05 Aug 11 nicklas 234       if (subtypeId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5686 05 Aug 11 nicklas 235       {
5686 05 Aug 11 nicklas 236         if (subtypeId > 0) subtype = ItemSubtype.getById(dc, subtypeId);
5686 05 Aug 11 nicklas 237         sample.setItemSubtype(subtype);
7703 11 Apr 19 nicklas 238         cc.setRecent(Item.ITEMSUBTYPE, subtype, maxRecent);
5686 05 Aug 11 nicklas 239       }
5490 15 Nov 10 nicklas 240       
5490 15 Nov 10 nicklas 241       BioMaterialEvent creationEvent = sample.getCreationEvent();
5490 15 Nov 10 nicklas 242       if (creationEvent.hasPermission(Permission.WRITE))
5383 10 Aug 10 nicklas 243       {
5490 15 Nov 10 nicklas 244         Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
5490 15 Nov 10 nicklas 245         creationEvent.setEventDate(dateFormatter.parseString(Values.getStringOrNull(request.getParameter("event_date"))));
5490 15 Nov 10 nicklas 246         int protocolId = Values.getInt(request.getParameter("protocol_id"), -1);
5490 15 Nov 10 nicklas 247         if (protocolId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5490 15 Nov 10 nicklas 248         {
5490 15 Nov 10 nicklas 249           Protocol pt = protocolId == 0 ? null : Protocol.getById(dc, protocolId);
5490 15 Nov 10 nicklas 250           creationEvent.setProtocol(pt);
7703 11 Apr 19 nicklas 251           cc.setRecent(Item.PROTOCOL, pt, subtype, maxRecent);
5490 15 Nov 10 nicklas 252         }
6993 03 Nov 15 nicklas 253         int kitId = Values.getInt(request.getParameter("kit_id"), -1);
6993 03 Nov 15 nicklas 254         if (kitId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
6993 03 Nov 15 nicklas 255         {
6993 03 Nov 15 nicklas 256           Kit kit = kitId == 0 ? null : Kit.getById(dc, kitId);
6993 03 Nov 15 nicklas 257           creationEvent.setKit(kit);
7703 11 Apr 19 nicklas 258           cc.setRecent(Item.KIT, kit, subtype, maxRecent);
6993 03 Nov 15 nicklas 259         }
5383 10 Aug 10 nicklas 260       }
5686 05 Aug 11 nicklas 261   
5490 15 Nov 10 nicklas 262       int biowellId = Values.getInt(request.getParameter("biowell_id"), -1);
5490 15 Nov 10 nicklas 263       if (biowellId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
4730 15 Jan 09 martin 264       {
5490 15 Nov 10 nicklas 265         BioWell bw = biowellId == 0 ? null : BioWell.getById(dc, biowellId);
5490 15 Nov 10 nicklas 266         if (bw != null && bw.getBioMaterial() != null)
5490 15 Nov 10 nicklas 267         {
5490 15 Nov 10 nicklas 268           throw new WebException("popup", "Biowell can not be used",
5490 15 Nov 10 nicklas 269               "The biowell [{1}] on bioplate {2} is already connected to another biomaterial", 
5490 15 Nov 10 nicklas 270               HTML.encodeTags(bw.getRow()+"," + bw.getColumn()), HTML.encodeTags(bw.getPlate().getName()));
5490 15 Nov 10 nicklas 271         }
5490 15 Nov 10 nicklas 272         sample.setBioWell(bw);
7703 11 Apr 19 nicklas 273         cc.setRecent(Item.BIOPLATE, bw == null ? null : bw.getPlate(), subtype, maxRecent);
4730 15 Jan 09 martin 274       }
5490 15 Nov 10 nicklas 275   
5490 15 Nov 10 nicklas 276       // Parents tab
5663 22 Jun 11 nicklas 277       Item parentType = Item.valueOf(request.getParameter("parentType"));
5663 22 Jun 11 nicklas 278       if (parentType == Item.BIOSOURCE)
919 12 Jul 05 nicklas 279       {
5490 15 Nov 10 nicklas 280         int bioSourceId = Values.getInt(request.getParameter("biosource_id"), -1);
5490 15 Nov 10 nicklas 281         if (bioSourceId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5490 15 Nov 10 nicklas 282         {
5490 15 Nov 10 nicklas 283           BioSource bs = bioSourceId == 0 ? null : BioSource.getById(dc, bioSourceId);
5663 22 Jun 11 nicklas 284           creationEvent.setSource(bs);
7703 11 Apr 19 nicklas 285           cc.setRecent(Item.BIOSOURCE, bs, maxRecent);
5490 15 Nov 10 nicklas 286         }
919 12 Jul 05 nicklas 287       }
5490 15 Nov 10 nicklas 288       else
919 12 Jul 05 nicklas 289       {
5663 22 Jun 11 nicklas 290         if (sample.getParentType() != Item.SAMPLE)
5663 22 Jun 11 nicklas 291         {
5663 22 Jun 11 nicklas 292           creationEvent.clearSources();
5663 22 Jun 11 nicklas 293         }
6312 28 Aug 13 nicklas 294         String[] modifiedSamples = Values.getString(request.getParameter("+SAMPLE")).split(",");
5490 15 Nov 10 nicklas 295         for (int i = 0; i < modifiedSamples.length; ++i)
951 18 Jul 05 nicklas 296         {
5490 15 Nov 10 nicklas 297           int sId = Values.getInt(modifiedSamples[i], -1);
5490 15 Nov 10 nicklas 298           if (sId != -1) 
5490 15 Nov 10 nicklas 299           {
5490 15 Nov 10 nicklas 300             Sample s = Sample.getById(dc, sId);
6312 28 Aug 13 nicklas 301             creationEvent.addSource(s).setUsedQuantity(Values.getFloat(request.getParameter("SAMPLE."+sId), null));
5490 15 Nov 10 nicklas 302           }
951 18 Jul 05 nicklas 303         }
6312 28 Aug 13 nicklas 304         String[] removedSamples = Values.getString(request.getParameter("-SAMPLE")).split(",");
5490 15 Nov 10 nicklas 305         for (int i = 0; i < removedSamples.length; ++i)
5490 15 Nov 10 nicklas 306         {
5490 15 Nov 10 nicklas 307           int sId = Values.getInt(removedSamples[i], -1);
5490 15 Nov 10 nicklas 308           if (sId != -1) creationEvent.removeSource(Sample.getById(dc, sId));
5490 15 Nov 10 nicklas 309         }
919 12 Jul 05 nicklas 310       }
5490 15 Nov 10 nicklas 311   
5490 15 Nov 10 nicklas 312       // Annotations tab
5490 15 Nov 10 nicklas 313       Base.updateAnnotations(dc, sample, sample, request);
5490 15 Nov 10 nicklas 314       
5490 15 Nov 10 nicklas 315       // OnSave extensions
5490 15 Nov 10 nicklas 316       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5490 15 Nov 10 nicklas 317       dc.commit();
5490 15 Nov 10 nicklas 318       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
1872 31 Jan 06 nicklas 319     }
5490 15 Nov 10 nicklas 320     catch (Exception ex)
5490 15 Nov 10 nicklas 321     {
5490 15 Nov 10 nicklas 322       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5490 15 Nov 10 nicklas 323       throw ex;
5490 15 Nov 10 nicklas 324     }
5490 15 Nov 10 nicklas 325     finally
5490 15 Nov 10 nicklas 326     {
5490 15 Nov 10 nicklas 327       cc.removeObject("item");
5490 15 Nov 10 nicklas 328     }
1872 31 Jan 06 nicklas 329   }
1872 31 Jan 06 nicklas 330   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 331   {
1872 31 Jan 06 nicklas 332     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 333     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 334     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 335     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
1872 31 Jan 06 nicklas 336     dc.commit();
1872 31 Jan 06 nicklas 337     redirect = viewPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 338   }
1872 31 Jan 06 nicklas 339   else if ("DeleteItems".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 340   {
1872 31 Jan 06 nicklas 341     // Delete all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 342     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 343     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 344     int numTotal = cc.getSelected().size();
1872 31 Jan 06 nicklas 345     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), true);
1872 31 Jan 06 nicklas 346     dc.commit();
1872 31 Jan 06 nicklas 347     if (numTotal != numRemoved)
1872 31 Jan 06 nicklas 348     {
1872 31 Jan 06 nicklas 349       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be deleted, because you have no DELETE permission";
1872 31 Jan 06 nicklas 350     }
6192 31 Oct 12 nicklas 351     redirect = listPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 352   }
1872 31 Jan 06 nicklas 353   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 354   {
1872 31 Jan 06 nicklas 355     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 356     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 357     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 358     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
1872 31 Jan 06 nicklas 359     dc.commit();
1872 31 Jan 06 nicklas 360     redirect = viewPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 361   }
1872 31 Jan 06 nicklas 362   else if ("RestoreItems".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 363   {
1872 31 Jan 06 nicklas 364     // Restore all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 365     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 366     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 367     int numTotal = cc.getSelected().size();
1872 31 Jan 06 nicklas 368     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), false);
1872 31 Jan 06 nicklas 369     dc.commit();
1872 31 Jan 06 nicklas 370     if (numTotal != numRemoved)
1872 31 Jan 06 nicklas 371     {
2528 15 Aug 06 martin 372       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be restored, because you have no WRITE permission";
1872 31 Jan 06 nicklas 373     }
6192 31 Oct 12 nicklas 374     redirect = listPage;
1872 31 Jan 06 nicklas 375   }
1872 31 Jan 06 nicklas 376   else if ("ShareItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 377   {
1872 31 Jan 06 nicklas 378     // Display a popup window for sharing a single item
7954 12 May 21 nicklas 379     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 380     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 381     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()));
1872 31 Jan 06 nicklas 382     dc.close();
1872 31 Jan 06 nicklas 383     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1872 31 Jan 06 nicklas 384     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1872 31 Jan 06 nicklas 385   }
1872 31 Jan 06 nicklas 386   else if ("ShareItems".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 387   {
1872 31 Jan 06 nicklas 388     // Display a popup window for sharing all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 389     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1872 31 Jan 06 nicklas 390     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 391     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, cc.getSelected());
1872 31 Jan 06 nicklas 392     dc.close();
1872 31 Jan 06 nicklas 393     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1872 31 Jan 06 nicklas 394     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1872 31 Jan 06 nicklas 395   }
4578 13 Oct 08 martin 396   else if ("SetOwnerOfItem".equals(cmd))
2917 15 Nov 06 nicklas 397   {
4578 13 Oct 08 martin 398     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 399     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2917 15 Nov 06 nicklas 400     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 401     OwnedItem item = (OwnedItem)itemType.getById(dc, cc.getId());
4587 15 Oct 08 martin 402     cc.setObject("OwnedItems", Collections.singleton(item));
4578 13 Oct 08 martin 403     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2917 15 Nov 06 nicklas 404   }
4578 13 Oct 08 martin 405   else if ("SetOwnerOfItems".equals(cmd))
2917 15 Nov 06 nicklas 406   {
4578 13 Oct 08 martin 407     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 408     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2917 15 Nov 06 nicklas 409     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 410     Set<OwnedItem> items = new HashSet<OwnedItem>();
4587 15 Oct 08 martin 411     for (Integer id : cc.getSelected())
4587 15 Oct 08 martin 412     {
4587 15 Oct 08 martin 413       if (id != null) items.add((OwnedItem)itemType.getById(dc, id));
4587 15 Oct 08 martin 414     }
4587 15 Oct 08 martin 415     dc.close();
4587 15 Oct 08 martin 416     cc.setObject("OwnedItems", items);
4578 13 Oct 08 martin 417     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2917 15 Nov 06 nicklas 418   }
6695 28 Jan 15 nicklas 419   else if ("InheritAnnotations".equals(cmd))
6695 28 Jan 15 nicklas 420   {
6695 28 Jan 15 nicklas 421     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 422     dc = sc.newDbControl(":Inherit annotations");
6695 28 Jan 15 nicklas 423     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6695 28 Jan 15 nicklas 424     Set<AnnotatedItem> items = new HashSet<AnnotatedItem>();
6695 28 Jan 15 nicklas 425     for (Integer id : cc.getSelected())
6695 28 Jan 15 nicklas 426     {
6695 28 Jan 15 nicklas 427       if (id != null) items.add((AnnotatedItem)itemType.getById(dc, id));
6695 28 Jan 15 nicklas 428     }
6695 28 Jan 15 nicklas 429     dc.close();
6695 28 Jan 15 nicklas 430     cc.setObject("AnnotatedItems", items);
6695 28 Jan 15 nicklas 431     redirect = "../../common/annotations/batch_inherit.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
6695 28 Jan 15 nicklas 432   }
1872 31 Jan 06 nicklas 433   else if ("ExportItems".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 434   {
1872 31 Jan 06 nicklas 435     // Run an export plugin in a list context
1872 31 Jan 06 nicklas 436     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 437     final ItemQuery<Sample> query = Sample.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 438     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 439     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 440     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6030 28 Mar 12 nicklas 441     registerExportUtils(cc);
6030 28 Mar 12 nicklas 442     cc.setQuery(query);
7604 25 Feb 19 nicklas 443     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Sample,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 444     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<Sample>(cc));
5590 16 Mar 11 nicklas 445     dc.close();
1872 31 Jan 06 nicklas 446     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+samples";
1872 31 Jan 06 nicklas 447   }
1872 31 Jan 06 nicklas 448   else if ("ExportItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 449   {
1872 31 Jan 06 nicklas 450     // Run an export plugin in single-item context
1872 31 Jan 06 nicklas 451     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4901 23 Apr 09 martin 452     registerExportUtils(cc);
1872 31 Jan 06 nicklas 453     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+sample";
1872 31 Jan 06 nicklas 454   }
1872 31 Jan 06 nicklas 455   else if ("ImportItems".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 456   {
1872 31 Jan 06 nicklas 457     // Run an import plugin in a list context
1872 31 Jan 06 nicklas 458     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 459     final ItemQuery<Sample> query = Sample.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 460     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 461     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 462     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 463     dc.close();
1872 31 Jan 06 nicklas 464     cc.setQuery(query);
1872 31 Jan 06 nicklas 465     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+sample";
1872 31 Jan 06 nicklas 466   }
1872 31 Jan 06 nicklas 467   else if ("ImportItem".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 468   {
1872 31 Jan 06 nicklas 469     // Run an import plugin in single-item context
1872 31 Jan 06 nicklas 470     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 471     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+sample";
1872 31 Jan 06 nicklas 472   }
1872 31 Jan 06 nicklas 473   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 474   {
1872 31 Jan 06 nicklas 475     // Run another plugin in a list context
1872 31 Jan 06 nicklas 476     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 477     final ItemQuery<Sample> query = Sample.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 478     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 479     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 480     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 481     dc.close();
1872 31 Jan 06 nicklas 482     cc.setQuery(query);
1872 31 Jan 06 nicklas 483     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1872 31 Jan 06 nicklas 484   }
1872 31 Jan 06 nicklas 485   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
1872 31 Jan 06 nicklas 486   {
1872 31 Jan 06 nicklas 487     // Run another plugin in single-item context
1872 31 Jan 06 nicklas 488     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1872 31 Jan 06 nicklas 489     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1872 31 Jan 06 nicklas 490   }
6750 19 Feb 15 nicklas 491   else if ("CreateItemList".equals(cmd))
6750 19 Feb 15 nicklas 492   {
6750 19 Feb 15 nicklas 493     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6750 19 Feb 15 nicklas 494     final ItemQuery<Sample> query = Sample.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 495     dc = sc.newDbControl(":Create "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 496     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 497     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6750 19 Feb 15 nicklas 498     dc.close();
6750 19 Feb 15 nicklas 499     cc.setQuery(query);
6750 19 Feb 15 nicklas 500     redirect = "../../views/itemlists/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=NewItem&addItems=1&memberType=SAMPLE&formId=samples";
6750 19 Feb 15 nicklas 501   }
7813 19 May 20 nicklas 502   else if ("AddItemsToList".equals(cmd))
7813 19 May 20 nicklas 503   {
7813 19 May 20 nicklas 504     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7813 19 May 20 nicklas 505     final ItemQuery<Sample> query = Sample.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 506     dc = sc.newDbControl(":Add to "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 507     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 508     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
7813 19 May 20 nicklas 509     dc.close();
7813 19 May 20 nicklas 510     cc.setQuery(query);
7813 19 May 20 nicklas 511     redirect = "../../views/itemlists/add_items.jsp?ID="+ID+"&memberType=SAMPLE&formId=samples";
7813 19 May 20 nicklas 512   }
5527 13 Dec 10 nicklas 513   else if ("PlaceOnPlate".equals(cmd))
5527 13 Dec 10 nicklas 514   {
5527 13 Dec 10 nicklas 515     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5527 13 Dec 10 nicklas 516     final ItemQuery<Sample> query = Sample.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 517     dc = sc.newDbControl(":Place on plate");
7914 23 Feb 21 nicklas 518     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 519     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 520     dc.close();
5536 21 Dec 10 nicklas 521     cc.filterOnSelectedItems(query);
5536 21 Dec 10 nicklas 522     sc.getCurrentContext(Item.BIOPLATEEVENT, BioPlateEventType.PLACE_ON_PLATE).setQuery(query);
5527 13 Dec 10 nicklas 523     redirect = "../wizards/place_on_plate.jsp?ID="+ID+"&itemType=SAMPLE";
5527 13 Dec 10 nicklas 524   }
1872 31 Jan 06 nicklas 525   else
1872 31 Jan 06 nicklas 526   {
1872 31 Jan 06 nicklas 527     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1872 31 Jan 06 nicklas 528   }
919 12 Jul 05 nicklas 529 }
919 12 Jul 05 nicklas 530 finally
919 12 Jul 05 nicklas 531 {
919 12 Jul 05 nicklas 532   if (dc != null) dc.close();
919 12 Jul 05 nicklas 533 }
1872 31 Jan 06 nicklas 534
1872 31 Jan 06 nicklas 535 if (forward != null)
1872 31 Jan 06 nicklas 536 {
6192 31 Oct 12 nicklas 537   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1872 31 Jan 06 nicklas 538   pageContext.forward(forward);
1872 31 Jan 06 nicklas 539 }
1872 31 Jan 06 nicklas 540 else if (redirect != null)
1872 31 Jan 06 nicklas 541 {
6192 31 Oct 12 nicklas 542   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1872 31 Jan 06 nicklas 543   response.sendRedirect(redirect);
1872 31 Jan 06 nicklas 544 }
1872 31 Jan 06 nicklas 545 else if (message == null)
1872 31 Jan 06 nicklas 546 {
1872 31 Jan 06 nicklas 547   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1872 31 Jan 06 nicklas 548 }
1872 31 Jan 06 nicklas 549 else
1872 31 Jan 06 nicklas 550 {
1872 31 Jan 06 nicklas 551   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1872 31 Jan 06 nicklas 552 }
1872 31 Jan 06 nicklas 553 %>
1872 31 Jan 06 nicklas 554

Generated on Sat Oct  7 02:44:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)