www/biomaterials/wizards/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5528 15 Dec 10 nicklas 1 <%-- $Id$
5528 15 Dec 10 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5528 15 Dec 10 nicklas 3   Copyright (C) 2010 Nicklas Nordborg
5528 15 Dec 10 nicklas 4
5528 15 Dec 10 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5528 15 Dec 10 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
5528 15 Dec 10 nicklas 7
5528 15 Dec 10 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5528 15 Dec 10 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
5528 15 Dec 10 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5528 15 Dec 10 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
5528 15 Dec 10 nicklas 12
5528 15 Dec 10 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5528 15 Dec 10 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5528 15 Dec 10 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5528 15 Dec 10 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
5528 15 Dec 10 nicklas 17
5528 15 Dec 10 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
5528 15 Dec 10 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5528 15 Dec 10 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
5528 15 Dec 10 nicklas 21
5528 15 Dec 10 nicklas 22   @author Nicklas
5528 15 Dec 10 nicklas 23 --%>
5528 15 Dec 10 nicklas 24 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
5528 15 Dec 10 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5535 21 Dec 10 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.BioMaterial"
5528 15 Dec 10 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
5722 07 Sep 11 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
5528 15 Dec 10 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
5548 24 Jan 11 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.BioPlateType"
5528 15 Dec 10 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.BioPlateEvent"
5528 15 Dec 10 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.BioPlateEventType"
5528 15 Dec 10 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioPlateEventParticipant"
5528 15 Dec 10 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
5642 26 May 11 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
5528 15 Dec 10 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5528 15 Dec 10 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Item"
5528 15 Dec 10 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
5528 15 Dec 10 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
5528 15 Dec 10 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.Hardware"
6997 03 Nov 15 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.Kit"
5528 15 Dec 10 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.Protocol"
5548 24 Jan 11 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.Sample"
5548 24 Jan 11 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.Extract"
5641 25 May 11 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.Tag"
5723 07 Sep 11 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
5528 15 Dec 10 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
5549 26 Jan 11 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.InvalidDataException"
5528 15 Dec 10 nicklas 49   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5528 15 Dec 10 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
5528 15 Dec 10 nicklas 51   import="net.sf.basedb.util.Values"
5528 15 Dec 10 nicklas 52   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
5528 15 Dec 10 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
5528 15 Dec 10 nicklas 54   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterSettings"
5528 15 Dec 10 nicklas 55   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5528 15 Dec 10 nicklas 56   import="java.util.Set"
5528 15 Dec 10 nicklas 57   import="java.util.Date"
5528 15 Dec 10 nicklas 58 %>
5528 15 Dec 10 nicklas 59 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
5528 15 Dec 10 nicklas 60 <%
5528 15 Dec 10 nicklas 61 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
5528 15 Dec 10 nicklas 62 final String ID = sc.getId();
5528 15 Dec 10 nicklas 63 final String cmd = request.getParameter("cmd");
5528 15 Dec 10 nicklas 64 final String root = request.getContextPath()+"/";
5528 15 Dec 10 nicklas 65 final String mode = request.getParameter("mode");
5528 15 Dec 10 nicklas 66 final String callback = request.getParameter("callback");
5528 15 Dec 10 nicklas 67 String forward = null;
5528 15 Dec 10 nicklas 68 String redirect = null;
5528 15 Dec 10 nicklas 69 String message = null;
5528 15 Dec 10 nicklas 70 DbControl dc = null;
5528 15 Dec 10 nicklas 71
5528 15 Dec 10 nicklas 72 try
5528 15 Dec 10 nicklas 73 {
5528 15 Dec 10 nicklas 74   if ("PlaceOnPlate".equals(cmd))
5528 15 Dec 10 nicklas 75   {
7954 12 May 21 nicklas 76     dc = sc.newDbControl(":Place on plate wizard");
5528 15 Dec 10 nicklas 77     Item bioMaterialType = Item.valueOf(request.getParameter("itemType"));
5529 15 Dec 10 nicklas 78     String subContext = Values.getString(request.getParameter("subcontext"), "");
5536 21 Dec 10 nicklas 79     ItemContext cc = sc.getCurrentContext(Item.BIOPLATEEVENT, BioPlateEventType.PLACE_ON_PLATE);
5528 15 Dec 10 nicklas 80     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
5528 15 Dec 10 nicklas 81
5528 15 Dec 10 nicklas 82     sc.setUserClientSetting("place-on-plate.auto-select-unmapped-item", 
5528 15 Dec 10 nicklas 83         Values.getBoolean(request.getParameter("autoSelectUnmappedItem")) ? "1" : "0");
5528 15 Dec 10 nicklas 84     BioPlate plate = BioPlate.getById(dc, Values.getInt(request.getParameter("plate_id")));
5528 15 Dec 10 nicklas 85     int rows = Values.getInt(request.getParameter("rows"));
5528 15 Dec 10 nicklas 86     int columns = Values.getInt(request.getParameter("columns"));
5528 15 Dec 10 nicklas 87     
5528 15 Dec 10 nicklas 88     BioPlateEventType placeOnPlate = BioPlateEventType.getById(dc, BioPlateEventType.PLACE_ON_PLATE);
5528 15 Dec 10 nicklas 89     BioPlateEvent event = BioPlateEvent.getNew(dc, placeOnPlate);
5528 15 Dec 10 nicklas 90     BioPlateEventParticipant destination = event.addParticipant(plate, "destination", 1);
5528 15 Dec 10 nicklas 91     
5528 15 Dec 10 nicklas 92     event.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5528 15 Dec 10 nicklas 93     event.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5528 15 Dec 10 nicklas 94     Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
5528 15 Dec 10 nicklas 95     event.setEventDate(dateFormatter.parseString(Values.getStringOrNull(request.getParameter("event_date"))));
5528 15 Dec 10 nicklas 96     int protocolId = Values.getInt(request.getParameter("protocol_id"));
5528 15 Dec 10 nicklas 97     if (protocolId > 0) 
5528 15 Dec 10 nicklas 98     {
5528 15 Dec 10 nicklas 99       Protocol pt = Protocol.getById(dc, protocolId);
5528 15 Dec 10 nicklas 100       event.setProtocol(pt);
7703 11 Apr 19 nicklas 101       cc.setRecent(Item.PROTOCOL, pt, maxRecent);
5528 15 Dec 10 nicklas 102     }
6997 03 Nov 15 nicklas 103     int kitId = Values.getInt(request.getParameter("kit_id"));
6997 03 Nov 15 nicklas 104     if (kitId > 0) 
6997 03 Nov 15 nicklas 105     {
6997 03 Nov 15 nicklas 106       Kit kit = Kit.getById(dc, kitId);
6997 03 Nov 15 nicklas 107       event.setKit(kit);
7703 11 Apr 19 nicklas 108       cc.setRecent(Item.KIT, kit, maxRecent);
6997 03 Nov 15 nicklas 109     }
5528 15 Dec 10 nicklas 110     int hardwareId = Values.getInt(request.getParameter("hardware_id"));
5528 15 Dec 10 nicklas 111     if (hardwareId > 0)
5528 15 Dec 10 nicklas 112     {
5528 15 Dec 10 nicklas 113       Hardware hw = Hardware.getById(dc, hardwareId);
5528 15 Dec 10 nicklas 114       event.setHardware(hw);
7703 11 Apr 19 nicklas 115       cc.setRecent(Item.HARDWARE, hw, maxRecent);
5528 15 Dec 10 nicklas 116     }
5528 15 Dec 10 nicklas 117     dc.saveItem(event);
5528 15 Dec 10 nicklas 118     
5528 15 Dec 10 nicklas 119     int numPlaced = 0;
5528 15 Dec 10 nicklas 120     for (int row = 0; row < rows; ++row)
5528 15 Dec 10 nicklas 121     {
5528 15 Dec 10 nicklas 122       for (int column = 0; column < columns; ++column)
5528 15 Dec 10 nicklas 123       {
5528 15 Dec 10 nicklas 124         int bioMaterialId = Values.getInt(request.getParameter("well." + row + "." + column));
5528 15 Dec 10 nicklas 125         if (bioMaterialId > 0)
5528 15 Dec 10 nicklas 126         {
5528 15 Dec 10 nicklas 127           MeasuredBioMaterial bioMaterial = (MeasuredBioMaterial)bioMaterialType.getById(dc, bioMaterialId);
5528 15 Dec 10 nicklas 128           BioWell well = plate.getBioWell(row, column);
5528 15 Dec 10 nicklas 129           bioMaterial.setBioWell(well);
5528 15 Dec 10 nicklas 130           BioMaterialEvent bmEvent = bioMaterial.newEvent(destination);
5528 15 Dec 10 nicklas 131           bmEvent.setComment("Well: " + well.getCoordinate());
5528 15 Dec 10 nicklas 132           dc.saveItem(bmEvent);
5528 15 Dec 10 nicklas 133           numPlaced++;
5528 15 Dec 10 nicklas 134         }
5528 15 Dec 10 nicklas 135       }
5528 15 Dec 10 nicklas 136     }
5528 15 Dec 10 nicklas 137     
5528 15 Dec 10 nicklas 138     dc.commit();
5528 15 Dec 10 nicklas 139     message = "Placed " + numPlaced + " items on plate " + plate.getName();
5528 15 Dec 10 nicklas 140   }
5535 21 Dec 10 nicklas 141   else if ("MoveBioMaterial".equals(cmd))
5535 21 Dec 10 nicklas 142   {
7954 12 May 21 nicklas 143     dc = sc.newDbControl(":Move biomaterial wizard");
5535 21 Dec 10 nicklas 144     ItemContext cc = sc.getCurrentContext(Item.BIOPLATEEVENT, BioPlateEventType.MOVE);
5535 21 Dec 10 nicklas 145     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
5541 17 Jan 11 nicklas 146     sc.setUserClientSetting("move-biomaterial.show-source-coordinates", 
5541 17 Jan 11 nicklas 147         Values.getBoolean(request.getParameter("showSourceCoordinates")) ? "1" : "0");
5535 21 Dec 10 nicklas 148
5535 21 Dec 10 nicklas 149     BioPlate sourcePlate = BioPlate.getById(dc, Values.getInt(request.getParameter("sourceplate_id")));
5535 21 Dec 10 nicklas 150     BioPlate destPlate = BioPlate.getById(dc, Values.getInt(request.getParameter("destplate_id")));
5535 21 Dec 10 nicklas 151     int rows = Values.getInt(request.getParameter("rows"));
5535 21 Dec 10 nicklas 152     int columns = Values.getInt(request.getParameter("columns"));
5535 21 Dec 10 nicklas 153     
5535 21 Dec 10 nicklas 154     BioPlateEventType moveBioMaterial = BioPlateEventType.getById(dc, BioPlateEventType.MOVE);
5535 21 Dec 10 nicklas 155     BioPlateEvent event = BioPlateEvent.getNew(dc, moveBioMaterial);
5535 21 Dec 10 nicklas 156     BioPlateEventParticipant destination = event.addParticipant(destPlate, "destination", 1);
5535 21 Dec 10 nicklas 157     BioPlateEventParticipant source = event.addParticipant(sourcePlate, "source", 1);
5535 21 Dec 10 nicklas 158     
5535 21 Dec 10 nicklas 159     event.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5535 21 Dec 10 nicklas 160     event.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5535 21 Dec 10 nicklas 161     Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
5535 21 Dec 10 nicklas 162     event.setEventDate(dateFormatter.parseString(Values.getStringOrNull(request.getParameter("event_date"))));
5535 21 Dec 10 nicklas 163     int protocolId = Values.getInt(request.getParameter("protocol_id"));
5535 21 Dec 10 nicklas 164     if (protocolId > 0) 
5535 21 Dec 10 nicklas 165     {
5535 21 Dec 10 nicklas 166       Protocol pt = Protocol.getById(dc, protocolId);
5535 21 Dec 10 nicklas 167       event.setProtocol(pt);
7703 11 Apr 19 nicklas 168       cc.setRecent(Item.PROTOCOL, pt, maxRecent);
5535 21 Dec 10 nicklas 169     }
6997 03 Nov 15 nicklas 170     int kitId = Values.getInt(request.getParameter("kit_id"));
6997 03 Nov 15 nicklas 171     if (kitId > 0) 
6997 03 Nov 15 nicklas 172     {
6997 03 Nov 15 nicklas 173       Kit kit = Kit.getById(dc, kitId);
6997 03 Nov 15 nicklas 174       event.setKit(kit);
7703 11 Apr 19 nicklas 175       cc.setRecent(Item.KIT, kit, maxRecent);
6997 03 Nov 15 nicklas 176     }
5535 21 Dec 10 nicklas 177     int hardwareId = Values.getInt(request.getParameter("hardware_id"));
5535 21 Dec 10 nicklas 178     if (hardwareId > 0)
5535 21 Dec 10 nicklas 179     {
5535 21 Dec 10 nicklas 180       Hardware hw = Hardware.getById(dc, hardwareId);
5535 21 Dec 10 nicklas 181       event.setHardware(hw);
7703 11 Apr 19 nicklas 182       cc.setRecent(Item.HARDWARE, hw, maxRecent);
5535 21 Dec 10 nicklas 183     }
5535 21 Dec 10 nicklas 184     dc.saveItem(event);
5535 21 Dec 10 nicklas 185     
5535 21 Dec 10 nicklas 186     int numMoved = 0;
5535 21 Dec 10 nicklas 187     for (int row = 0; row < rows; ++row)
5535 21 Dec 10 nicklas 188     {
5535 21 Dec 10 nicklas 189       for (int column = 0; column < columns; ++column)
5535 21 Dec 10 nicklas 190       {
5535 21 Dec 10 nicklas 191         int bioMaterialId = Values.getInt(request.getParameter("well." + row + "." + column));
5535 21 Dec 10 nicklas 192         if (bioMaterialId > 0)
5535 21 Dec 10 nicklas 193         {
5535 21 Dec 10 nicklas 194           MeasuredBioMaterial bioMaterial = (MeasuredBioMaterial)BioMaterial.getById(dc, bioMaterialId);
5535 21 Dec 10 nicklas 195           BioWell well = destPlate.getBioWell(row, column);
5535 21 Dec 10 nicklas 196           bioMaterial.setBioWell(well);
5535 21 Dec 10 nicklas 197           BioMaterialEvent bmEvent = bioMaterial.newEvent(destination);
5535 21 Dec 10 nicklas 198           bmEvent.setComment("Well: " + well.getCoordinate());
5535 21 Dec 10 nicklas 199           dc.saveItem(bmEvent);
5535 21 Dec 10 nicklas 200           numMoved++;
5535 21 Dec 10 nicklas 201         }
5535 21 Dec 10 nicklas 202       }
5535 21 Dec 10 nicklas 203     }
5535 21 Dec 10 nicklas 204     
5535 21 Dec 10 nicklas 205     dc.commit();
5535 21 Dec 10 nicklas 206     message = "Moved " + numMoved + " items to plate " + destPlate.getName();
5535 21 Dec 10 nicklas 207   }
5548 24 Jan 11 nicklas 208   else if ("CreateChildPlate".equals(cmd))
5548 24 Jan 11 nicklas 209   {
7954 12 May 21 nicklas 210     dc = sc.newDbControl(":Create child plate wizard");
5548 24 Jan 11 nicklas 211     ItemContext cc = sc.getCurrentContext(Item.BIOPLATEEVENT, BioPlateEventType.CREATE_BIOMATERIAL);
5548 24 Jan 11 nicklas 212     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
5548 24 Jan 11 nicklas 213     sc.setUserClientSetting("create-child-plate.show-source-coordinates", 
5548 24 Jan 11 nicklas 214         Values.getBoolean(request.getParameter("showSourceCoordinates")) ? "1" : "0");
5548 24 Jan 11 nicklas 215
5548 24 Jan 11 nicklas 216     BioPlate sourcePlate = BioPlate.getById(dc, Values.getInt(request.getParameter("sourceplate_id")));
5549 26 Jan 11 nicklas 217     Item sourceBioMaterialType = sourcePlate.getBioPlateType().getBioMaterialType();
5549 26 Jan 11 nicklas 218     Item childBioMaterialType = Item.valueOf(request.getParameter("child_biomaterial_type"));
5642 26 May 11 nicklas 219     boolean isBioAssayEvent = childBioMaterialType == Item.PHYSICALBIOASSAY;
5559 31 Jan 11 nicklas 220     
5548 24 Jan 11 nicklas 221     // The event object
5559 31 Jan 11 nicklas 222     BioPlateEventType createBioMaterial = BioPlateEventType.getById(dc, 
5642 26 May 11 nicklas 223         isBioAssayEvent ? BioPlateEventType.PHYSICAL_BIOASSAY :  BioPlateEventType.CREATE_BIOMATERIAL);
5548 24 Jan 11 nicklas 224     BioPlateEvent event = BioPlateEvent.getNew(dc, createBioMaterial);
5548 24 Jan 11 nicklas 225     event.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("event_name")));
5548 24 Jan 11 nicklas 226     event.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("event_description")));
5559 31 Jan 11 nicklas 227     BioPlateEventParticipant sourceParticipant = event.addParticipant(sourcePlate, "source", 1);
5548 24 Jan 11 nicklas 228     Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
5548 24 Jan 11 nicklas 229     event.setEventDate(dateFormatter.parseString(Values.getStringOrNull(request.getParameter("event_date"))));
5548 24 Jan 11 nicklas 230     int protocolId = Values.getInt(request.getParameter("protocol_id"));
5548 24 Jan 11 nicklas 231     if (protocolId > 0) 
5548 24 Jan 11 nicklas 232     {
5548 24 Jan 11 nicklas 233       Protocol pt = Protocol.getById(dc, protocolId);
5548 24 Jan 11 nicklas 234       event.setProtocol(pt);
7703 11 Apr 19 nicklas 235       cc.setRecent(Item.PROTOCOL, pt, sourceBioMaterialType.name(), maxRecent);
5548 24 Jan 11 nicklas 236     }
6997 03 Nov 15 nicklas 237     int kitId = Values.getInt(request.getParameter("kit_id"));
6997 03 Nov 15 nicklas 238     if (kitId > 0) 
6997 03 Nov 15 nicklas 239     {
6997 03 Nov 15 nicklas 240       Kit kit = Kit.getById(dc, kitId);
6997 03 Nov 15 nicklas 241       event.setKit(kit);
7703 11 Apr 19 nicklas 242       cc.setRecent(Item.KIT, kit, sourceBioMaterialType.name(), maxRecent);
6997 03 Nov 15 nicklas 243     }
5548 24 Jan 11 nicklas 244     int hardwareId = Values.getInt(request.getParameter("hardware_id"));
5548 24 Jan 11 nicklas 245     if (hardwareId > 0)
5548 24 Jan 11 nicklas 246     {
5548 24 Jan 11 nicklas 247       Hardware hw = Hardware.getById(dc, hardwareId);
5548 24 Jan 11 nicklas 248       event.setHardware(hw);
7703 11 Apr 19 nicklas 249       cc.setRecent(Item.HARDWARE, hw, sourceBioMaterialType.name(), maxRecent);
5548 24 Jan 11 nicklas 250     }
5548 24 Jan 11 nicklas 251     dc.saveItem(event);
5548 24 Jan 11 nicklas 252
5548 24 Jan 11 nicklas 253     // Child plates & biomaterial
5548 24 Jan 11 nicklas 254     Hardware freezer = null;
5642 26 May 11 nicklas 255     if (!isBioAssayEvent)
5548 24 Jan 11 nicklas 256     {
5559 31 Jan 11 nicklas 257       int freezerId = Values.getInt(request.getParameter("freezer_id"));
5559 31 Jan 11 nicklas 258       if (freezerId > 0)
5559 31 Jan 11 nicklas 259       {
5559 31 Jan 11 nicklas 260         freezer = Hardware.getById(dc, freezerId);
7703 11 Apr 19 nicklas 261         cc.setRecent(Item.HARDWARE, freezer, "freezer", maxRecent);
5559 31 Jan 11 nicklas 262       }
5548 24 Jan 11 nicklas 263     }
5723 07 Sep 11 nicklas 264     ItemSubtype subtype = null;
5723 07 Sep 11 nicklas 265     int subtypeId = Values.getInt(request.getParameter("subtype_id"));
5723 07 Sep 11 nicklas 266     if (subtypeId > 0) 
5723 07 Sep 11 nicklas 267     {
5723 07 Sep 11 nicklas 268       subtype = ItemSubtype.getById(dc, subtypeId);
7703 11 Apr 19 nicklas 269       cc.setRecent(Item.ITEMSUBTYPE, subtype, sourceBioMaterialType.name(), maxRecent);
5723 07 Sep 11 nicklas 270     }
5723 07 Sep 11 nicklas 271     Tag tag = null;
5723 07 Sep 11 nicklas 272     int tagId = Values.getInt(request.getParameter("tag_id"));
5723 07 Sep 11 nicklas 273     if (tagId > 0) 
5723 07 Sep 11 nicklas 274     {
5723 07 Sep 11 nicklas 275       tag = Tag.getById(dc, tagId);
5723 07 Sep 11 nicklas 276     }
5548 24 Jan 11 nicklas 277     int numChildPlates = Values.getInt(request.getParameter("number_of_plates"));
5642 26 May 11 nicklas 278     int size = Values.getInt(request.getParameter("size"));
5561 02 Feb 11 nicklas 279     PlateGeometry childGeometry = null;
5642 26 May 11 nicklas 280     if (!isBioAssayEvent)
5561 02 Feb 11 nicklas 281     {
5561 02 Feb 11 nicklas 282       childGeometry = PlateGeometry.getById(dc, Values.getInt(request.getParameter("plategeometry_id")));
7703 11 Apr 19 nicklas 283       cc.setRecent(Item.PLATEGEOMETRY, childGeometry, sourceBioMaterialType.name(), maxRecent);
5561 02 Feb 11 nicklas 284     }
5642 26 May 11 nicklas 285     int rows = isBioAssayEvent ? 1 : childGeometry.getRows();
5642 26 May 11 nicklas 286     int columns = isBioAssayEvent ? size : childGeometry.getColumns();
5548 24 Jan 11 nicklas 287     int numCreated = 0;
5559 31 Jan 11 nicklas 288     BioPlateType childPlateType = null;
5642 26 May 11 nicklas 289     if (!isBioAssayEvent)
5559 31 Jan 11 nicklas 290     {
5559 31 Jan 11 nicklas 291       childPlateType = BioPlateType.getById(dc, Values.getInt(request.getParameter("bioplatetype_id")));
7703 11 Apr 19 nicklas 292       cc.setRecent(Item.BIOPLATETYPE, childPlateType, sourceBioMaterialType.name(), maxRecent);
5559 31 Jan 11 nicklas 293     }
5559 31 Jan 11 nicklas 294     Float usedQuantity = Values.getFloat(request.getParameter("used_quantity"));
5559 31 Jan 11 nicklas 295     Float originalQuantity = Values.getFloat(request.getParameter("original_quantity"));
5548 24 Jan 11 nicklas 296     for (int plateNo = 0; plateNo < numChildPlates; ++plateNo)
5548 24 Jan 11 nicklas 297     {
5642 26 May 11 nicklas 298       PhysicalBioAssay pba = null;
5642 26 May 11 nicklas 299       BioMaterialEvent pbaCreationEvent = null;
5559 31 Jan 11 nicklas 300       BioPlate childPlate = null;
5559 31 Jan 11 nicklas 301       BioPlateEventParticipant destParticipant = null;
5642 26 May 11 nicklas 302       if (isBioAssayEvent)
5559 31 Jan 11 nicklas 303       {
5642 26 May 11 nicklas 304         pba = PhysicalBioAssay.getNew(dc, sourceParticipant);
5642 26 May 11 nicklas 305         pba.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("plate." + plateNo + ".name")));
5642 26 May 11 nicklas 306         pba.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("plate_description")));
5642 26 May 11 nicklas 307         pba.setSize(size);
5723 07 Sep 11 nicklas 308         pba.setItemSubtype(subtype);
5642 26 May 11 nicklas 309         dc.saveItem(pba);
5642 26 May 11 nicklas 310         pbaCreationEvent = pba.getCreationEvent();
5996 05 Mar 12 nicklas 311         pbaCreationEvent.setEventDate(event.getEventDate());
5559 31 Jan 11 nicklas 312       }
5559 31 Jan 11 nicklas 313       else
5559 31 Jan 11 nicklas 314       {
5559 31 Jan 11 nicklas 315         childPlate = BioPlate.getNew(dc, childGeometry, childPlateType);
5559 31 Jan 11 nicklas 316         childPlate.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("plate." + plateNo + ".name")));
5559 31 Jan 11 nicklas 317         childPlate.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("plate_description")));
5996 05 Mar 12 nicklas 318         childPlate.setEventDate(event.getEventDate());
5559 31 Jan 11 nicklas 319         if (freezer != null) childPlate.setFreezer(freezer);
5559 31 Jan 11 nicklas 320         childPlate.setBarcode(Values.getStringOrNull(request.getParameter("plate." + plateNo + ".barcode")));
5559 31 Jan 11 nicklas 321         dc.saveItem(childPlate);
5559 31 Jan 11 nicklas 322         destParticipant = event.addParticipant(childPlate, "destination", plateNo);
5559 31 Jan 11 nicklas 323       }
5548 24 Jan 11 nicklas 324       for (int row = 0; row < rows; ++row)
5548 24 Jan 11 nicklas 325       {
5548 24 Jan 11 nicklas 326         for (int column = 0; column < columns; ++column)
5548 24 Jan 11 nicklas 327         {
5549 26 Jan 11 nicklas 328           String prefix = "well." + +plateNo + "." + row + "." + column;
5549 26 Jan 11 nicklas 329           int bioMaterialId = Values.getInt(request.getParameter(prefix));
5548 24 Jan 11 nicklas 330           if (bioMaterialId > 0)
5548 24 Jan 11 nicklas 331           {
5549 26 Jan 11 nicklas 332             MeasuredBioMaterial parent = (MeasuredBioMaterial)sourceBioMaterialType.getById(dc, bioMaterialId);
5642 26 May 11 nicklas 333             if (isBioAssayEvent)
5549 26 Jan 11 nicklas 334             {
5662 20 Jun 11 nicklas 335               BioMaterialEventSource evtSrc = pbaCreationEvent.addSource(parent);
5662 20 Jun 11 nicklas 336               evtSrc.setUsedQuantity(usedQuantity);
5662 20 Jun 11 nicklas 337               evtSrc.setPosition(column+1);
5549 26 Jan 11 nicklas 338             }
5549 26 Jan 11 nicklas 339             else
5549 26 Jan 11 nicklas 340             {
5559 31 Jan 11 nicklas 341               BioWell well = childPlate.getBioWell(row, column);
5559 31 Jan 11 nicklas 342               MeasuredBioMaterial child = null;
5559 31 Jan 11 nicklas 343               if (childBioMaterialType == Item.SAMPLE)
5559 31 Jan 11 nicklas 344               {
5559 31 Jan 11 nicklas 345                 child = Sample.getNew(dc, destParticipant);
5559 31 Jan 11 nicklas 346               }
5559 31 Jan 11 nicklas 347               else if (childBioMaterialType == Item.EXTRACT)
5559 31 Jan 11 nicklas 348               {
5723 07 Sep 11 nicklas 349                 Extract extract = Extract.getNew(dc, destParticipant);
5723 07 Sep 11 nicklas 350                 if (tag != null)
5723 07 Sep 11 nicklas 351                 {
5723 07 Sep 11 nicklas 352                   extract.setTag(tag);
5723 07 Sep 11 nicklas 353                 }
5723 07 Sep 11 nicklas 354                 else if (parent instanceof Extract)
5723 07 Sep 11 nicklas 355                 {
5723 07 Sep 11 nicklas 356                   extract.setTag(((Extract)parent).getTag());
5723 07 Sep 11 nicklas 357                 }
5723 07 Sep 11 nicklas 358                 child = extract;
5559 31 Jan 11 nicklas 359               }
5559 31 Jan 11 nicklas 360               else
5559 31 Jan 11 nicklas 361               {
5559 31 Jan 11 nicklas 362                 throw new InvalidDataException("Can't create child biomaterial of type: " + childBioMaterialType);
5559 31 Jan 11 nicklas 363               }
5723 07 Sep 11 nicklas 364               child.setItemSubtype(subtype);
5559 31 Jan 11 nicklas 365               child.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter(prefix + ".name")));
5559 31 Jan 11 nicklas 366               child.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("child_description")));
5559 31 Jan 11 nicklas 367               child.setBioWell(well);
5559 31 Jan 11 nicklas 368               child.setOriginalQuantity(originalQuantity);
5723 07 Sep 11 nicklas 369               child.getCreationEvent().setSource(parent).setUsedQuantity(usedQuantity);
5559 31 Jan 11 nicklas 370               dc.saveItem(child);
5549 26 Jan 11 nicklas 371             }
5548 24 Jan 11 nicklas 372             numCreated++;
5548 24 Jan 11 nicklas 373           }
5548 24 Jan 11 nicklas 374         }
5548 24 Jan 11 nicklas 375       }
5548 24 Jan 11 nicklas 376     }
5548 24 Jan 11 nicklas 377
5548 24 Jan 11 nicklas 378     dc.commit();
5642 26 May 11 nicklas 379     if (isBioAssayEvent)
5559 31 Jan 11 nicklas 380     {
5642 26 May 11 nicklas 381       message = "Used " + numCreated + " items on " + numChildPlates + " physical bioassay(s)";
5559 31 Jan 11 nicklas 382     }
5559 31 Jan 11 nicklas 383     else
5559 31 Jan 11 nicklas 384     {
5559 31 Jan 11 nicklas 385       message = "Created " + numCreated + " items on " + numChildPlates + " child plate(s)";
5559 31 Jan 11 nicklas 386     }
5548 24 Jan 11 nicklas 387   }
5528 15 Dec 10 nicklas 388   else
5528 15 Dec 10 nicklas 389   {
5528 15 Dec 10 nicklas 390     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
5528 15 Dec 10 nicklas 391   }
5528 15 Dec 10 nicklas 392 }
5528 15 Dec 10 nicklas 393 finally
5528 15 Dec 10 nicklas 394 {
5528 15 Dec 10 nicklas 395   if (dc != null) dc.close();
5528 15 Dec 10 nicklas 396 }
5528 15 Dec 10 nicklas 397
5528 15 Dec 10 nicklas 398 if (forward != null)
5528 15 Dec 10 nicklas 399 {
6192 31 Oct 12 nicklas 400   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
5528 15 Dec 10 nicklas 401   pageContext.forward(forward);
5528 15 Dec 10 nicklas 402 }
5528 15 Dec 10 nicklas 403 else if (redirect != null)
5528 15 Dec 10 nicklas 404 {
6192 31 Oct 12 nicklas 405   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
5528 15 Dec 10 nicklas 406   response.sendRedirect(redirect);
5528 15 Dec 10 nicklas 407 }
5528 15 Dec 10 nicklas 408 else if (message == null)
5528 15 Dec 10 nicklas 409 {
5528 15 Dec 10 nicklas 410   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
5528 15 Dec 10 nicklas 411 }
5528 15 Dec 10 nicklas 412 else
5528 15 Dec 10 nicklas 413 {
5528 15 Dec 10 nicklas 414   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
5528 15 Dec 10 nicklas 415 }
5528 15 Dec 10 nicklas 416 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)