www/common/annotations/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2454 30 Jun 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2454 30 Jun 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2006 Nicklas Nordborg
2454 30 Jun 06 nicklas 4
2454 30 Jun 06 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2454 30 Jun 06 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
2454 30 Jun 06 nicklas 7
2454 30 Jun 06 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2454 30 Jun 06 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2454 30 Jun 06 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
2454 30 Jun 06 nicklas 12
2454 30 Jun 06 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2454 30 Jun 06 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2454 30 Jun 06 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2454 30 Jun 06 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
2454 30 Jun 06 nicklas 17
2454 30 Jun 06 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4510 11 Sep 08 jari 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2454 30 Jun 06 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
2454 30 Jun 06 nicklas 21
2454 30 Jun 06 nicklas 22   @author Nicklas
2454 30 Jun 06 nicklas 23   @version 2.0
2454 30 Jun 06 nicklas 24 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 25 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2454 30 Jun 06 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2454 30 Jun 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2454 30 Jun 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Item"
2454 30 Jun 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2454 30 Jun 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
6694 26 Jan 15 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.AnnotatedItem"
5075 24 Aug 09 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
5075 24 Aug 09 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
2454 30 Jun 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
6694 26 Jan 15 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
2454 30 Jun 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
6694 26 Jan 15 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.SimpleProgressReporter"
6694 26 Jan 15 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
6694 26 Jan 15 nicklas 39   import="net.sf.basedb.util.annotations.RunnableInheritAnnotationsManager"
6694 26 Jan 15 nicklas 40   import="net.sf.basedb.util.annotations.InheritAnnotationsManager"
6694 26 Jan 15 nicklas 41   import="net.sf.basedb.util.annotations.InheritSpecification"
2454 30 Jun 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2454 30 Jun 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.util.Values"
2454 30 Jun 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
6694 26 Jan 15 nicklas 46   import="java.util.Set"
6694 26 Jan 15 nicklas 47   import="java.util.List"
6694 26 Jan 15 nicklas 48   import="java.util.ArrayList"
6694 26 Jan 15 nicklas 49   
6694 26 Jan 15 nicklas 50   
2454 30 Jun 06 nicklas 51 %>
2454 30 Jun 06 nicklas 52 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2454 30 Jun 06 nicklas 53 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
2454 30 Jun 06 nicklas 54
2454 30 Jun 06 nicklas 55 <%
2454 30 Jun 06 nicklas 56 final String root = request.getContextPath()+"/";
2454 30 Jun 06 nicklas 57 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2454 30 Jun 06 nicklas 58 final String ID = sc.getId();
2454 30 Jun 06 nicklas 59 final String cmd = request.getParameter("cmd");
2454 30 Jun 06 nicklas 60 final int itemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
2454 30 Jun 06 nicklas 61
2454 30 Jun 06 nicklas 62 DbControl newDc = null;
2454 30 Jun 06 nicklas 63 DbControl oldDc = null;
2454 30 Jun 06 nicklas 64 String forward = null;
2454 30 Jun 06 nicklas 65 String message = null;
2454 30 Jun 06 nicklas 66 String redirect = null;
2454 30 Jun 06 nicklas 67 try
2454 30 Jun 06 nicklas 68 {
5075 24 Aug 09 nicklas 69   if ("EditItem".equals(cmd))
2454 30 Jun 06 nicklas 70   {
7954 12 May 21 nicklas 71     newDc = sc.newDbControl(":Edit annotation");
5075 24 Aug 09 nicklas 72     Annotation a = Annotation.getById(newDc, itemId);
5075 24 Aug 09 nicklas 73     AnnotationType at = a.getAnnotationType();
5075 24 Aug 09 nicklas 74     Annotatable item = a.getAnnotationSet().getItem();
5075 24 Aug 09 nicklas 75     
5075 24 Aug 09 nicklas 76     redirect = "annotate.jsp?ID=" + ID + "&item_id=" + item.getId() + 
5075 24 Aug 09 nicklas 77         "&item_type=" + item.getType().name() + 
7110 15 Mar 16 nicklas 78         "&annotation_id="+itemId+
5075 24 Aug 09 nicklas 79         "&annotationtype_id=" + at.getId() + "&standalone=1";
5075 24 Aug 09 nicklas 80     newDc.close();
5075 24 Aug 09 nicklas 81   }
5075 24 Aug 09 nicklas 82   else if ("SaveAnnotations".equals(cmd))
5075 24 Aug 09 nicklas 83   {
5075 24 Aug 09 nicklas 84     final Item itemType = Item.valueOf(request.getParameter("item_type"));
7954 12 May 21 nicklas 85     newDc = sc.newDbControl(":Edit annotations");
7954 12 May 21 nicklas 86     oldDc = sc.newDbControl(":Edit annotations");
2454 30 Jun 06 nicklas 87     ItemContext cc = sc.getCurrentContext(itemType);
7605 26 Feb 19 nicklas 88     Annotatable oldItem = cc.getObject("item");
2454 30 Jun 06 nicklas 89     Annotatable newItem = (Annotatable)itemType.getById(newDc, itemId);
5060 19 Aug 09 nicklas 90     oldDc.reattachItem((BasicItem)oldItem, false);
2454 30 Jun 06 nicklas 91     Base.updateAnnotations(newDc, oldItem, newItem, request);
2454 30 Jun 06 nicklas 92     oldDc.close();
2454 30 Jun 06 nicklas 93     newDc.commit();
2454 30 Jun 06 nicklas 94     cc.removeObject("item");
2454 30 Jun 06 nicklas 95     message = "Annotations saved";
2454 30 Jun 06 nicklas 96   }
6694 26 Jan 15 nicklas 97   else if ("BatchInherit".equals(cmd))
6694 26 Jan 15 nicklas 98   {
6694 26 Jan 15 nicklas 99     final Item itemType = Item.valueOf(request.getParameter("item_type"));
6694 26 Jan 15 nicklas 100     final String subContext = Values.getString(request.getParameter("subcontext"), "");
6694 26 Jan 15 nicklas 101     final ItemContext cc = sc.getCurrentContext(itemType, subContext);
6694 26 Jan 15 nicklas 102     
7954 12 May 21 nicklas 103     newDc = sc.newDbControl(":Inherit annotations");
6694 26 Jan 15 nicklas 104
7605 26 Feb 19 nicklas 105     Set<AnnotatedItem> items = cc.getObject("AnnotatedItems");
6694 26 Jan 15 nicklas 106     cc.removeObject("AnnotatedItems");
6694 26 Jan 15 nicklas 107     
6694 26 Jan 15 nicklas 108     RunnableInheritAnnotationsManager manager = new RunnableInheritAnnotationsManager(sc);
6694 26 Jan 15 nicklas 109     manager.addAllItems(items);
6694 26 Jan 15 nicklas 110     
6694 26 Jan 15 nicklas 111     for (Integer atId : Values.getInt(request.getParameter("annotationTypes").split(",")))
6694 26 Jan 15 nicklas 112     {
6694 26 Jan 15 nicklas 113       AnnotationType at = AnnotationType.getById(newDc, atId);
6729 13 Feb 15 nicklas 114       if (at.getDisableInheritance()) continue; // Inheritance has been disabled
6729 13 Feb 15 nicklas 115       
6694 26 Jan 15 nicklas 116       InheritSpecification spec = new InheritSpecification(at);
6694 26 Jan 15 nicklas 117       String action = request.getParameter("action_"+atId);
6694 26 Jan 15 nicklas 118       
6694 26 Jan 15 nicklas 119       if ("remove".equals(action))
6694 26 Jan 15 nicklas 120       {
6694 26 Jan 15 nicklas 121         spec.setRemove(true);
6694 26 Jan 15 nicklas 122       }
6926 03 Jun 15 nicklas 123       else if ("resync".equals(action))
6926 03 Jun 15 nicklas 124       {
6926 03 Jun 15 nicklas 125         spec.setResyncCloned(true);
6926 03 Jun 15 nicklas 126       }
6694 26 Jan 15 nicklas 127       else
6694 26 Jan 15 nicklas 128       {
6925 03 Jun 15 nicklas 129         spec.setClone("clone".equals(action));
6694 26 Jan 15 nicklas 130         int subtypeId = Values.getInt(request.getParameter("from_"+atId));
6694 26 Jan 15 nicklas 131         boolean noDup = Values.getBoolean(request.getParameter("nodup_"+atId));
6694 26 Jan 15 nicklas 132         boolean replaceExisting = Values.getBoolean(request.getParameter("replace_"+atId));
6694 26 Jan 15 nicklas 133         if (subtypeId != 0)
6694 26 Jan 15 nicklas 134         {
6694 26 Jan 15 nicklas 135           spec.setItemSubtype(ItemSubtype.getById(newDc, subtypeId));
6694 26 Jan 15 nicklas 136         }
6694 26 Jan 15 nicklas 137         spec.setNoDuplicates(noDup);
6694 26 Jan 15 nicklas 138         spec.setReplaceExisting(replaceExisting);
6694 26 Jan 15 nicklas 139       }
6694 26 Jan 15 nicklas 140       manager.addSpecification(spec);
6694 26 Jan 15 nicklas 141     }
6694 26 Jan 15 nicklas 142     newDc.commit();
6694 26 Jan 15 nicklas 143     
6694 26 Jan 15 nicklas 144     SimpleProgressReporter progress = new SimpleProgressReporter(null);
6694 26 Jan 15 nicklas 145     sc.setSessionSetting("progress.inherit-annotations", progress);
6694 26 Jan 15 nicklas 146     manager.setProgressReporter(progress);
6694 26 Jan 15 nicklas 147     new Thread(manager).start();
6694 26 Jan 15 nicklas 148     
6694 26 Jan 15 nicklas 149     redirect = "../../common/progress_reporter.jsp?ID="+ID+
7209 19 Oct 16 nicklas 150       "&progress=inherit-annotations&title=Inheriting+annotations+to+" + items.size() + "+items";
6694 26 Jan 15 nicklas 151
6694 26 Jan 15 nicklas 152   }
2454 30 Jun 06 nicklas 153   else
2454 30 Jun 06 nicklas 154   {
2454 30 Jun 06 nicklas 155     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
2454 30 Jun 06 nicklas 156   }
2454 30 Jun 06 nicklas 157 }
2454 30 Jun 06 nicklas 158 finally
2454 30 Jun 06 nicklas 159 {
2454 30 Jun 06 nicklas 160   if (oldDc != null) oldDc.close();
2454 30 Jun 06 nicklas 161   if (newDc != null) newDc.close();
2454 30 Jun 06 nicklas 162 }
2454 30 Jun 06 nicklas 163
2454 30 Jun 06 nicklas 164 if (forward != null)
2454 30 Jun 06 nicklas 165 {
6192 31 Oct 12 nicklas 166   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2454 30 Jun 06 nicklas 167   pageContext.forward(forward);
2454 30 Jun 06 nicklas 168 }
2454 30 Jun 06 nicklas 169 else if (redirect != null)
2454 30 Jun 06 nicklas 170 {
6192 31 Oct 12 nicklas 171   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2454 30 Jun 06 nicklas 172   response.sendRedirect(redirect);
2454 30 Jun 06 nicklas 173 }
2454 30 Jun 06 nicklas 174 else if (message == null)
2454 30 Jun 06 nicklas 175 {
2454 30 Jun 06 nicklas 176   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
2454 30 Jun 06 nicklas 177 }
2454 30 Jun 06 nicklas 178 else
2454 30 Jun 06 nicklas 179 {
2454 30 Jun 06 nicklas 180   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
2454 30 Jun 06 nicklas 181 }
2454 30 Jun 06 nicklas 182 %>
2454 30 Jun 06 nicklas 183

Generated on Sat Oct  7 02:44:36 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)